Como fica a situação do suplente quando titular é exonerado do cargo de Ministro?

O suplente assume o cargo.....

O deputado ou senador voltará ao cargo anterior ocupado(deixando de ser ministro, devido a exoneração), já o suplente voltará para a suplência. Penso que seja isto, seria melhor reformular sua pergunta apresentando mais detalhes.

Quando um parlamentar é nomeado ministro de Estado, deixa o cargo e assume a função ministerial. Contudo, esse afastamento não é definitivo, de modo que, uma vez desligado do ministério, retornará ao cargo parlamentar.

O mesmo acontece com o seu suplente: durante o afastamento do titular para exercício de função no ministério, o suplente toma assento no parlamento; retornando o titular, retornará o suplente à condição de suplência.

CF/88, art. 56. Não perderá o mandato o Deputado ou Senador:

I - investido no cargo de Ministro de Estado, Governador de Território, Secretário de Estado, do Distrito Federal, de Território, de Prefeitura de Capital ou chefe de missão diplomática temporária;

Perceba que a Constituição afirma que o suplente será "convocado", de onde se depreende que se trata de situação precária. Aquele que é convocado, pode tambem ser dispensado, retornando à função anterior, caso cesse o motivo que originou a convocação.