As universidades estaduais se caracterizam como autarquias especiais ?

Amigo, são autarquias fundacionais.

As fundaçoes pública de direito público são criadas por lei especifica (como as autarquias). O STF entendeu que estas fundações são espécies do genero autarquia, sendo conhecida entao por autarquias fundacionais.

Segundo a professora Irene Nohara, as universidades são sim autarquias especiais. Vejamos:

“autarquias em regime especial são: as universidades e os estabelecimentos de ensino e as agências reguladoras” (Fonte: https://direitoadm.com.br/28o-procurador-da-republica-2015-autarquias/)