Se os pais tinham consciência de relacionamento de filha menor de 14 anos, ainda é uma Ação pública incondicionada?

Sim. Mas na prática o MP vai colher a denúncia dos pais.

Nesse relacionamento mesmo que consensual o namorado (namorada) está praticando o crime de estupro de vulnerável contra essa menor de 14 anos. Por ter os pais consciência desses atos e se omitem no resguardo de sua filha também estão cometendo o crime de estupro de vulnerável na forma omissiva imprópria, pois, os pais estão na condição de garantidor. 

A ação penal no caso em questão é pública incondicionada  conforme o artigo 225 do Código penal que dispõe:

Art. 225.  Nos crimes definidos nos Capítulos I e II deste Título, procede-se mediante ação penal pública incondicionada.