Todos os aminoácidos têm a mesma estrutura geral, mas o grupo R é diferente para cada um. Os grupos R projetam-se da cadeia de peptídeo recém-sintetizada, estando em posição para reagirem uns com os outros. Há 4 níveis de estrutura das proteínas: primária, secundária, terciária e quaternária e os aminoácidos são divididos em 7 tipos funcionais, entre eles o enxofre e o aromático.
Aminoácidos são compostos quaternários de carbono, hidrogênio, oxigênio e nitrogênio, que às vezes pode conter enxofre. A estrutura geral dos aminoácidos envolve um grupo amina e um grupo carboxilo, ambos ligados ao carbono α (o primeiro depois do grupo carboxílico). O carbono α também é ligado a um hidrogénio e a uma cadeia lateral, que é representada pela letra R. O grupo R determina a identidade de um aminoácido específico. Os vários alfa-aminoácidos diferem em qual cadeia lateral (grupo- R) está ligado o seu carbono alfa, e podem variar em tamanho a partir de apenas um átomo de hidrogênio na glicina a um grupo heterocíclico grande, como no caso do triptofano. Temos ainda que a classificação quanto ao substituinte pode ser feita em: aminoácidos apolares, aminoácidos polares neutros, aminoácidos ácidos, e aminoácidos básicos.
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