O diagnóstico diferencial (e alguns definitivos) são obtidos mediante um exame clínico completo do paciente associado a alguns exames laboratoriais
-Histórico da entrada do alimento contaminado, contado pelo paciente
-Sintomas gerais como mal estar, dor abdominal, fraqueza, perda de apetite
-Exame físico em busca de sinais de desidratação e sua gravidade (boca seca, pele, oligúria, pulso fraco e hipotensão causada pela diarreia), febre, sinais de paralisia (comum em botulismo), caracterização da diarreia (com sangue ou muco)
-Exames laboratoriais de rotina como hemograma
-Exame protoparasitológico
-Teste de toxoplasmose (em grávidas), retosigmoidoscopia (em lactentes)
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