A microbiota residente é aquela que vive e se multiplica no organismo, e a microbiota transitória se caracteriza como organismos que sobrevivem na superfície da pele, seja atrelado à sujeira ou oleosidades da pele. Enquanto o a microbiota transitória consegue ser eliminada com a lavagem de mãos realizada da forma correta, a eliminação da microbiota residente se dá apenas com o uso de antissépticos cirúrgicos.
Podem ser distinguidas a microbiota residente, constituida por organismos específicos, encontrados frequentemente em determinadas áreas e a microbiota transitória que consiste de micro organismos proveniente do ambiente.
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