Seleção direta é como o próprio nome diz, quando você seleciona diretamente pelo caráter. Por exemplo, eu quero selecionar as plantas mais precoces, então eu vou selecionar plantas que floresçam antecipadamente. Seleção indireta é quando o caráter em questão é de difícil mensuração, ou com baixa herdabilidade, então se utiliza de uma outra característica que possui alta correlação com o caráter de interesse mas que tenha a mensuração mais fácil ou ainda, maior herdabilidade. Assim seleciona-se para a característica 2 mas pensando nos ganhos que se obterá para a característica 1.
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