O complexo de Golgi ao formar as bolsas menores, conhecidas como vesículas, também tem papel fundamental na digestão celular, a organela reúne todas as enzimas que possuem função digestiva como proteases e nucleases e as empacota em vesículas chamadas lisossomos.
O complexo de Golgi é responsável pelo brotamento de vesículas, que são bolsas construídas a partir de proteínas de cobertura associadas lateralmente capazes de envolver matéria. Os lisossomos são constituídos de diversos tipos de enzimas envolvidas pela vesícula formada pelo Complexo de Golgi.
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