Atividades - BIOINFORMÁTICA

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BIOINFORMÁTICA
UNIDADE I
	
	 
		
	
		1.
		 A seguir temos três afirmativas sobre as potencialidades da bioinformática. Julgue-as como verdadeiras ou falsas.
I) A análise de sequências possibilita comparar várias sequências de genes e determinar a relação evolutiva entra elas.
II) A análise de sequências permite encontrar genes em meio a longas sequências de DNA.
III) Com apenas a sequência do gene não é possível determinar sua através de métodos de bioinformática.
	
	
	
	Apenas a afirmativa II está correta.
	
	
	Apenas a afirmativa III está correta.
	
	
	As afirmativas I e II estão corretas.
	
	
	Apenas a afirmativa I está correta.
	
	
	Todas as afirmativas estão corretas.
	
Explicação:
Pode ser realizado um alinhamento usando a sequência do gene contra sequências presentes em um banco de dados para determinar sua função, por exemplo.
	
	
	
	 
		
	
		2.
		Os _______________________ guardam informações como sequências de nucleotídeos e aminoácidos, artigos científicos ou estrutura de proteínas. Além de organizar essas informações, eles permitem que elas sejam atualizadas, consultadas e recuperadas.
	
	
	
	Bancos de dados biológicos.
	
	
	DNA e RNA
	
	
	Indivíduos
	
	
	Fragmentos de DNA
	
	
	Materiais genéticos
	
Explicação:
Os chamados bancos de dados biológicos guardam informações como sequências de nucleotídeos e aminoácidos, artigos científicos ou estrutura de proteínas. Além de organizar essas informações, eles permitem que elas sejam atualizadas, consultadas e recuperadas.
	
	
	
	 
		
	
		3.
		Sobre a bioinformática, qual das afirmativas abaixo está incorreta?
	
	
	
	O desenvolvimento de tecnologias para sequenciar o DNA foi um dos principais pilares para o surgimento da bioinformática.
	
	
	A bioinformática é considerada uma área interdisciplinar, que envolve profissionais de diferentes graduações.
	
	
	Um bioinformata atua interpretando dados biológicos e desenvolvendo/aprimorando algoritmos computacionais.
	
	
	A bioinformática usa ferramentas computacionais para estudar informações biológicas.
	
	
	Um bioinformata não é capaz de desenvolver ferramentas computacionais que ajudam na interpretação de dados obtidos de experimentos na bancada, ele só utiliza essas ferramentas.
	
Explicação:
O bioinformata pode sim desenvolver ferramentas computacionais.
	
	
	
	 
		
	
		4.
		Um profissional em bioinformática precisa ter conhecimento em qual das seguintes áreas abaixo?
	
	
	
	Todas as alternativas anteriores.
	
	
	Matemática.
	
	
	Biologia molecular.
	
	
	Estatística.
	
	
	Computação.
	
Explicação:
A bioinformática é uma área interdisciplinar.
	
	
	
	 
		
	
		5.
		Qual dos cientistas a seguir teve grande contribuição para o avanço da bioinformática como área da ciência?
	
	
	
	Werner Karl Heisenberg, pela criação da mecânica quântica.
	
	
	Magaret Dayhoff, que usou computadores para o estudo de proteínas, criando o primeiro ¿Atlas de Proteínas¿.
	
	
	Alexander Fleming, com a descoberta da penicilina.
	
	
	Marie Curie, pela sua pesquisa sobre dois novos elementos químicos: o rádio e polônio.
	
	
	Charles Darwin, com a publicação do livro ¿A origem das espécies¿.
	
Explicação:
A brilhante Magaret Dayhoff  desvendou a ordem dos aminoácidos que formavam algumas proteínas e a forma que essas proteínas tinham, criando o primeiro ¿Atlas de Proteínas¿. Este é considerado um dos primeiros experimentos em bioinformática, que foi publicado em 1965.
	
	
	
	 
		
	
		6.
		1. QUAL A ASSOCIAÇÃO PODEMOS REALIZAR ENTRE A ÁRVORE GENEALÓGICA E AS SEQUÊNCIAS DOS INDIVÍDUOS?
	
	
	
	NÃO EXISTE NENHUMA RELAÇÃO ENTRE O ESTUDO DA ÁRVORE GENEALÓGICA COM AS SEQUENCIAS DE CADA INDIVIDUO
	
	
	O ESTUDO DA RELAÇÃO EVOLUTIVA NÃO INFLUENCIA NA AVALIAÇÃO DA SEQUÊNCIA
	
	
	NÃO SÃO IMPORTANTES, POIS O ESTUDO DA EVOLUÇÃO NÃO FAZ PARTE DA BIOINFORMÁTICA
	
	
	NÃO É PRECISO ENTENDER ESSA EVOLUÇÃO DENTRO DA AVALIAÇÃO DAS SEQUENCIAS.
	
	
	É IMPORTANTE POIS CONSEGUIMOS AVALIAR A RELAÇÃO EVOLUTIVA ENTRE AS SEQUÊNCIAS OBSERVADAS
	
Explicação:
AATRAVÉS DO ESTUDO DA ÁRVORE GENEALÓGICA, É POSSÍVEL ENTÃO, DETERMINAR QUAIS OS HISTÓRICOS DA EVOLUÇÃO DOS SERES.
UNIDADE II
	
	 
		
	
		1.
		Sobre os processos evolutivos de analogia e homologia, marque a opção correta.
	
	
	
	 A homologia é um processo evolutivo que relaciona semelhança anatômica e semelhança funcional.
	
	
	A analogia é um processo evolutivo que associa indivíduos não relacionados à semelhanças anatômicas e funcional.
 
	
	
	A analogia é um processo evolutivo que associa indivíduos relacionados à semelhanças anatômicas e funcional.
	
	
	Tanto a homologia quanto a analogia relacionam ancestralidade comum, semelhança anatômicas e divergência funcional.
	
	
	 
Tanto a homologia quanto a analogia relaciona, ancestralidade comum e as divergências funcionais
 
	
Explicação:
Letra D. A analogia é um processo evolutivo relacionado a convergência evolutiva
	
	
	
	 
		
	
		2.
		Qual das alternativas apresenta um par de estruturas homólogas?
	
	
	
	Asa de morcego e asa de borboleta.
	
	
	Concha de caramujo e escama de peixe.
	
	
	Nadadeira de peixe e asa de borboleta.
	
	
	 Carapaça de tatu e concha de caramujo.
	
	
	Asa de ave e asa de morcego.
	
Explicação:
As asas de aves e morcegos, apesar de possuírem funções diferentes, apresentam esqueletos homólogos. 
	
	
	
	 
		
	
		3.
		Alguns organismos de espécies diferentes possuem órgãos que exercem a mesma função, mas que possuem origem embrionária diferenciada. A asa de uma borboleta e a de uma ave, por exemplo, obedecem a esse princípio.
Analise as alternativas a seguir e marque aquela que indica corretamente o nome dado a esses órgãos.
	
	
	
	divergentes.
	
	
	convergentes. 
	
	
	 homólogos.
	
	
	 vestigiais.
	
	
	análogos.
	
Explicação:
Os órgãos análogos são aqueles que desempenham funções semelhantes em espécies diferentes, mas não possuem a mesma origem embrionária.
	
	
	
	 
		
	
		4.
		A respeito dos computadores, marque a(S) alternativa(S) INCORRETA(S).
	
	
	
	Software é composto por programas como o Windows, pelo HD e memória enquanto o hardware é composto por placa mãe e memória secundária
	
	
	Os computadores podem ser classificados quanto a sua utilização em: pessoais, científico e comercias.
	
	
	Todo computador é divido em dois sistemas eletrônicos: software e hardware
	
	
	O software dos computadores nada é do que o sistema e o programa que executam os comandos do usuário.
	
	
	Os supercomputadores são aqueles que apresentam uma velocidade maior no processamento de dados, sendo ideal para serem utilizados em estudos de bioinformática.
	
Explicação:
Todo computador necessita de um sofware e um hardware para funcionar.
	
	
	
	 
		
	
		5.
		(FGV) Atualmente são bem conhecidos os efeitos adversos à saúde humana causados por diversos poluentes ambientais, especialmente aqueles que possuem potencialidades mutagênicas ou carcinogênicas, os quais, devido à sua interação com mecanismos genéticos, podem causar mutações e doenças nas gerações futuras. Assinale as afirmações corretas.
 
I. Mutações são modificações bruscas do material genético que podem ser transmitidas à prole (descendência ou células-filhas).
 
II. A mutação pode ser espontânea ou induzida por agentes físicos, químicos ou biológicos com potencial mutagênico.
 
III. Mutação é toda alteração do material genético que resulta sempre de segregação ou recombinação cromossômica.
 
IV. Mutações gênicas podem ser causadas por poluentes ambientais e provocar alterações responsáveis pelo aparecimento de genótipos diferentes em uma população.
 
A alternativa que contém as afirmações corretas é:
	
	
	
	III.
	
	
	II e III.
	
	
	I e III.
	
	
	IV e III.
	
	
	I, II e IV.
	
Explicação:
 A alternativa II está errada porque as mutações são alteraçõesno DNA causadas por uma replicação incorreta ou por fatores externos, como radiação e exposição a produtos químicos.
	
	
	
	 
		
	
		6.
		Sobre a Teoria Sintética de Evolução, assinale V (verdadeiro) e F (falso) as afirmações abaixo, em seguida marque a letra com SEQUÊNCIA CORRETA:
(  ) Há dois fatores principais na variabilidade genética: mutações e recombinações genéticas;
(  ) Mutação não é a única maneira de surgirem novos genes em uma população;
(  ) Alterações provocadas pelo ambiente nas características físicas de um indivíduo adulto são transmitidas a sua prole;
(  ) A Teoria Sintética de Evolução conseguiu explicar o rearranjo dos genes que chegam aos gametas, permitindo variabilidade genética a partir de fenômenos como a Reprodução Sexuada e Crossing-Over;
(  ) A mutação mistura novos genes e a recombinação cria os genes já existentes;
	
	
	
	V-V-F-V-F
	
	
	F-F-V-V-V
	
	
	V-F-V-F-F
	
	
	V-F-F-F-V
 
	
	
	V-F-F-V-F
	
Explicação:
Resposta correta é a letra E, pois a mutação não é o unico mecanismo associado a variação gênica e as alterações associadas a células sométicas (caracteristicas físicas) não são passadas para prole, apenas as alterações em células gaméticas que são herdadas pela prole. Além disso a mutação leva a alteração de um gene já existente: subsitituição, adição, deleção ...
	
	
	
	 
		
	
		7.
		A especiação é um evolutivo que contribuiu para biodiversidade, podendo ser  classificada como simpátrica e alopátrica. A respeito desta temática, marque a alternativa correta;
	
	
	
	 a especiação simpátrica, o fluxo gênico entre as populações é interrompido, mas elas não compartilham a mesma região geográfica.
	
	
	a especiação alopátrica, o fluxo gênico entre as populações é interrompido, mas as  elas ainda compartilham a mesma região geográfica.
	
	
	 Na especiação alopátrica, a interrupção do fluxo gênico se dá a partir do surgimento de uma barreira geográfica que separou as duas populações
	
	
	O processo de especiação alopátrica é raro na natureza quando comparado com a simpátrica.
 
	
	
	 Na especiação simpatrica, a interrupção do fluxo gênico se dá a partir do surgimento de uma barreira geográfica que separou as duas populações
	
Explicação:
Resposta correta letra c
 
	
	
	
	 
		
	
		8.
		Quais são os principais eventos genéticos responsáveis pela variação gênica dos organismos ?
 
	
	
	
	Inserção e translocação genica
 
	
	
	Translocação cromossômica e mutação
	
	
	Mutação e duplicação gênica
	
	
	Mutação e duplicação cromossômica
 
	
	
	Inversão e duplicação gênica
 
	
Explicação:
Letra C
UNIDADE 3
	
	 
		
	
		1.
		1. A imagem abaixo mostra um processo denominado splicing de mRNA::
Sobre splicing é correto afirmar que:
 
	
	
	
	Consiste na retirada de sequências não codificadoras denominadas éxons.
	
	
	Consiste em um processamento necessário para tornar o mRNA funcional, exclusivo dos organismos pertencentes aos domínios Archaea e Eukarya.
	
	
	Durante o processamento ocorre a adição de bases nitrogenadas na extremidade 3¿ (cap de guanina), que protegem o mRNA da degradação.
	
	
	Consiste num processamento realizado pelo RNAm.
	
	
	Antes considerados DNA lixo, sabe-se atualmente que os íntrons permitem a codificação de múltiplas proteínas por um mesmo gene, através do splicing alternativo.
	
Explicação:
Retornar na aula 4, no tópico de splicing.
	
	
	
	 
		
	
		2.
		Avalie as afirmações sobre genes, expressão gênica e seu controle.
I- Um gene indutível é transcrito quando há presença de uma determinada substância.
II- Um gene está sob controle negativo quando a ação de uma pequena molécula é necessária para que a proteína repressora seja deslocada do seu sítio do DNA e, então, permita a transcrição gênica.
 
III- Um gene em estado normal ativado está sob controle positivo, sendo transcrito mediante o estímulo de um ativador transcricional.
 
IV- Um gene estrutural está sob controle positivo induzido quando a expressão constitutiva desse gene resulta em uma mutação que elimina a proteína ativadora.
 
V- Em um gene estrutural que se encontra sob controle negativo induzido, uma mutação que elimina a proteína repressora resultará na expressão constitutiva desse gene.
Está correto apenas o que se afirma em:
	
	
	
		IV.
	
	
	II, III e V
	
	
	I, II, III e V
	
	
	II e III.
	
	
		I, IV e V.
	
Explicação:
 Todas as afirmativas estão corretas em relação a expressão gênica.
	
	
	
	 
		
	
		3.
		São afirmativas relacionadas à terapia gênica, exceto:
 
	
	
	
	Forma de tratamento que consiste na transferência de material genético exógeno para dentro de células de um indivíduo.
	
	
	Não há risco na sua utilização e, desta forma, a terapia gênica não apresenta potencial para desencadear outras doenças.
	
	
	Técnica em que são inseridos genes funcionais em uma célula para que ela interrompa a produção de proteínas defeituosas.
	
	
	Transferência de genes para células com finalidade terapêutica.
	
	
	Manipulação ou correção da expressão gênica em células-alvo.
	
Explicação:
Apesar dos enormes benefícios relacionados à terapia gênica, há o risco do tratamento desencadear outras doenças, como câncer.
	
	
	
	 
		
	
		4.
		 A regulação da expressão gênica resulta em respostas fisiológicas bastante variadas nos diversos organismos, como o desaparecimento da cauda em girinos e a utilização de determinados tipos de ¿açúcares¿ (carboidratos) em bactérias. Acerca desse assunto, assinale a opção correta
	
	
	
	Em bactérias, um exemplo de controle da expressão gênica é o exercido pelo operon lac, que é ativado quando a lactose presente no meio induz a ligação de um coativador à região promotora do gene da lactase.
	
	
	A acetilação e a desacetilação de histonas são processos que influenciam no controle da expressão gênica. A acetilação, em geral, promove a transcrição de genes e desacetilação a inibe.
	
	
	A associação do DNA com proteínas chamadas histonas não exerce papel regulatório sobre a transcrição de genes em eucariotos, mas sim, na manutenção da integridade do material genético.
	
	
	O sistema operon trp (triptofano) pode ser ativado em humanos por uma dieta rica em triptofano, como, por exemplo, o consumo da carne de peru.
	
	
	Metilações podem ocorrer tanto no DNA quanto em histonas, promovidas pela ação de uma mesma enzima. Em ambos os casos, o resultado é a diminuição da transcrição do gene localizado naquela parte do DNA.
	
Explicação:
RETORNAR NA AULA 3, TÓPICO DE EXPRESSÃO GÊNICA.
	
	
	
	 
		
	
		5.
		[UEL 2011] Doping pode ser compreendido como a utilização de substâncias ou método que possa melhorar o desempenho esportivo e atente contra a ética esportiva em determinado tempo e lugar, com ou sem prejuízo à saúde do esportista. Em uma época em que as ciências do esporte aportam cada vez mais decisivamente elementos para a melhoria do desempenho esportivo dos praticantes de esporte de alto rendimento, em particular, e de atividades físicas, em geral, ganham em importância discussões acerca da utilização de metodologias biomoleculares e substâncias em suas mais amplas aplicações.
Quer do ponto de vista sanitário ou ético, o doping genético tem suscitado debates tão intensos quanto questionáveis do ponto de vista científico. A questão que se coloca consiste em indagar se o recurso obtido com tecnologias biomoleculares se choca com a ideia de espírito esportivo, essência do Olimpismo, pautado pela busca do equilíbrio entre corpo, mente e espírito.
(Adaptado de: RAMIREZ, A.; RIBEIRO, Á. Doping genético e esporte.)
 
Com base no texto e nos conhecimentos sobre terapia gênica, considere as afirmativas a seguir.
 
I. Um gene funcional pode ser inserido em local não específico do genoma para a substituição de um gene não funcional.
II. Um gene não funcional pode ser substituído por um gene funcional por recombinação genética.
III. Um gene não funcionalpode ser corrigido por apoptose, o que retorna o gene à sua composição normal.
IV. Uma cópia funcional do alelo pode ser adicionada em substituição ao alelo não funcional.
 
Assinale a alternativa correta.
	
	
	
	. Somente as afirmativas II, III e IV são corretas.
	
	
	Somente as afirmativas I e II são corretas.
	
	
	Somente as afirmativas III e IV são corretas.
	
	
	Somente as afirmativas I, II e IV são corretas.
	
	
	Somente as afirmativas I e III são corretas.
	
Explicação:
Retornar na aula 3, no tópico de terapia gênica.
	
	
	
	 
		
	
		6.
		O Dogma Central da Biologia Molecular mostra os processos pelos quais os ácidos nucleicos podem passar. O DNA, por exemplo, pode dar origem a uma nova molécula de DNA por meio de um processo chamado de:
	
	
	
	transcrição.
	
	
	 tradução.
	
	
	replicação.
	
	
	reprodução.
	
	
	transcrição reversa.
	
Explicação:
A replicação do DNA, também chamada de duplicação do DNA, é um processo em que uma molécula de DNA dá origem à outra fita idêntica à original.
	
	
	
	 
		
	
		7.
		Sobre o splicing, é incorreto afirmar que:
	
	
	
	Mecanismo complexo, altamente regulado, onde uma mutação em um elemento regulador, pode ocasionar uma falha no processo.
	
	
	Consiste na retirada de sequências não codificadoras denominadas íntrons.
	
	
	Necessária a formação de grandes arranjos compostos por snRNPs e precursores de RNAm.
	
	
	Antes considerados DNA lixo, sabe-se atualmente que os éxons permitem a codificação de múltiplas proteínas por um mesmo gene, através do splicing alternativo.
	
	
	Consiste em um processamento necessário para tornar o mRNA funcional.
	
Explicação:
Antes considerados DNA lixo, sabe-se atualmente que os íntrons permitem a codificação de múltiplas proteínas por um mesmo gene, através do splicing alternativo.
	
	
	
	 
		
	
		8.
		Qual das alternativas abaixo não está relacionada ao controle pós-transcricional de um gene?
	
	
	
	Atuação de ativadores e de repressores eucarióticos por meio de vários mecanismos.
	
	
	Modificação covalente de ambas as extremidades do RNA.
	
	
	Adição de cauda poli-A e do CAP 5'. 
	
	
	Remoção de íntrons e união dos éxons.
	
	
	Ocorrência após a RNA-polimerase ter se ligado ao promotor do gene e iniciado a síntese do RNA.
	
Explicação:
Os ativadores e os repressores eucarióticos atuam por meio de vários mecanismos ¿ geralmente alterando a estrutura local da cromatina e controlando a associação dos fatores gerais de transcrição e da RNA-polimerase no promotor e estão envolvidos no controle transcricional do gene.
UNIDADE 4
	
	 
		
	
		1.
		1. A imagem abaixo mostra um processo denominado splicing de mRNA::
Sobre splicing é correto afirmar que:
 
	
	
	
	Consiste na retirada de sequências não codificadoras denominadas éxons.
	
	
	Consiste em um processamento necessário para tornar o mRNA funcional, exclusivo dos organismos pertencentes aos domínios Archaea e Eukarya.
	
	
	Durante o processamento ocorre a adição de bases nitrogenadas na extremidade 3¿ (cap de guanina), que protegem o mRNA da degradação.
	
	
	Consiste num processamento realizado pelo RNAm.
	
	
	Antes considerados DNA lixo, sabe-se atualmente que os íntrons permitem a codificação de múltiplas proteínas por um mesmo gene, através do splicing alternativo.
	
Explicação:
Retornar na aula 4, no tópico de splicing.
	
	
	
	 
		
	
		2.
		Avalie as afirmações sobre genes, expressão gênica e seu controle.
I- Um gene indutível é transcrito quando há presença de uma determinada substância.
II- Um gene está sob controle negativo quando a ação de uma pequena molécula é necessária para que a proteína repressora seja deslocada do seu sítio do DNA e, então, permita a transcrição gênica.
 
III- Um gene em estado normal ativado está sob controle positivo, sendo transcrito mediante o estímulo de um ativador transcricional.
 
IV- Um gene estrutural está sob controle positivo induzido quando a expressão constitutiva desse gene resulta em uma mutação que elimina a proteína ativadora.
 
V- Em um gene estrutural que se encontra sob controle negativo induzido, uma mutação que elimina a proteína repressora resultará na expressão constitutiva desse gene.
Está correto apenas o que se afirma em:
	
	
	
		IV.
	
	
	II, III e V
	
	
	I, II, III e V
	
	
	II e III.
	
	
		I, IV e V.
	
Explicação:
 Todas as afirmativas estão corretas em relação a expressão gênica.
	
	
	
	 
		
	
		3.
		São afirmativas relacionadas à terapia gênica, exceto:
 
	
	
	
	Forma de tratamento que consiste na transferência de material genético exógeno para dentro de células de um indivíduo.
	
	
	Não há risco na sua utilização e, desta forma, a terapia gênica não apresenta potencial para desencadear outras doenças.
	
	
	Técnica em que são inseridos genes funcionais em uma célula para que ela interrompa a produção de proteínas defeituosas.
	
	
	Transferência de genes para células com finalidade terapêutica.
	
	
	Manipulação ou correção da expressão gênica em células-alvo.
	
Explicação:
Apesar dos enormes benefícios relacionados à terapia gênica, há o risco do tratamento desencadear outras doenças, como câncer.
	
	
	
	 
		
	
		4.
		 A regulação da expressão gênica resulta em respostas fisiológicas bastante variadas nos diversos organismos, como o desaparecimento da cauda em girinos e a utilização de determinados tipos de ¿açúcares¿ (carboidratos) em bactérias. Acerca desse assunto, assinale a opção correta
	
	
	
	Em bactérias, um exemplo de controle da expressão gênica é o exercido pelo operon lac, que é ativado quando a lactose presente no meio induz a ligação de um coativador à região promotora do gene da lactase.
	
	
	A acetilação e a desacetilação de histonas são processos que influenciam no controle da expressão gênica. A acetilação, em geral, promove a transcrição de genes e desacetilação a inibe.
	
	
	A associação do DNA com proteínas chamadas histonas não exerce papel regulatório sobre a transcrição de genes em eucariotos, mas sim, na manutenção da integridade do material genético.
	
	
	O sistema operon trp (triptofano) pode ser ativado em humanos por uma dieta rica em triptofano, como, por exemplo, o consumo da carne de peru.
	
	
	Metilações podem ocorrer tanto no DNA quanto em histonas, promovidas pela ação de uma mesma enzima. Em ambos os casos, o resultado é a diminuição da transcrição do gene localizado naquela parte do DNA.
	
Explicação:
RETORNAR NA AULA 3, TÓPICO DE EXPRESSÃO GÊNICA.
	
	
	
	 
		
	
		5.
		[UEL 2011] Doping pode ser compreendido como a utilização de substâncias ou método que possa melhorar o desempenho esportivo e atente contra a ética esportiva em determinado tempo e lugar, com ou sem prejuízo à saúde do esportista. Em uma época em que as ciências do esporte aportam cada vez mais decisivamente elementos para a melhoria do desempenho esportivo dos praticantes de esporte de alto rendimento, em particular, e de atividades físicas, em geral, ganham em importância discussões acerca da utilização de metodologias biomoleculares e substâncias em suas mais amplas aplicações.
Quer do ponto de vista sanitário ou ético, o doping genético tem suscitado debates tão intensos quanto questionáveis do ponto de vista científico. A questão que se coloca consiste em indagar se o recurso obtido com tecnologias biomoleculares se choca com a ideia de espírito esportivo, essência do Olimpismo, pautado pela busca do equilíbrio entre corpo, mente e espírito.
(Adaptado de: RAMIREZ, A.; RIBEIRO, Á. Doping genético e esporte.)
 
Com base no texto e nos conhecimentos sobre terapia gênica, considere as afirmativas a seguir.
 
I. Um gene funcional pode ser inserido em local não específico do genoma para a substituição de um gene não funcional.
II. Um gene não funcional pode ser substituído por um gene funcional por recombinação genética.
III. Um gene não funcional pode sercorrigido por apoptose, o que retorna o gene à sua composição normal.
IV. Uma cópia funcional do alelo pode ser adicionada em substituição ao alelo não funcional.
 
Assinale a alternativa correta.
	
	
	
	. Somente as afirmativas II, III e IV são corretas.
	
	
	Somente as afirmativas I e II são corretas.
	
	
	Somente as afirmativas III e IV são corretas.
	
	
	Somente as afirmativas I, II e IV são corretas.
	
	
	Somente as afirmativas I e III são corretas.
	
Explicação:
Retornar na aula 3, no tópico de terapia gênica.
	
	
	
	 
		
	
		6.
		O Dogma Central da Biologia Molecular mostra os processos pelos quais os ácidos nucleicos podem passar. O DNA, por exemplo, pode dar origem a uma nova molécula de DNA por meio de um processo chamado de:
	
	
	
	transcrição.
	
	
	 tradução.
	
	
	replicação.
	
	
	reprodução.
	
	
	transcrição reversa.
	
Explicação:
A replicação do DNA, também chamada de duplicação do DNA, é um processo em que uma molécula de DNA dá origem à outra fita idêntica à original.
	
	
	
	 
		
	
		7.
		Sobre o splicing, é incorreto afirmar que:
	
	
	
	Mecanismo complexo, altamente regulado, onde uma mutação em um elemento regulador, pode ocasionar uma falha no processo.
	
	
	Consiste na retirada de sequências não codificadoras denominadas íntrons.
	
	
	Necessária a formação de grandes arranjos compostos por snRNPs e precursores de RNAm.
	
	
	Antes considerados DNA lixo, sabe-se atualmente que os éxons permitem a codificação de múltiplas proteínas por um mesmo gene, através do splicing alternativo.
	
	
	Consiste em um processamento necessário para tornar o mRNA funcional.
	
Explicação:
Antes considerados DNA lixo, sabe-se atualmente que os íntrons permitem a codificação de múltiplas proteínas por um mesmo gene, através do splicing alternativo.
	
	
	
	 
		
	
		8.
		Qual das alternativas abaixo não está relacionada ao controle pós-transcricional de um gene?
	
	
	
	Atuação de ativadores e de repressores eucarióticos por meio de vários mecanismos.
	
	
	Modificação covalente de ambas as extremidades do RNA.
	
	
	Adição de cauda poli-A e do CAP 5'. 
	
	
	Remoção de íntrons e união dos éxons.
	
	
	Ocorrência após a RNA-polimerase ter se ligado ao promotor do gene e iniciado a síntese do RNA.
	
Explicação:
Os ativadores e os repressores eucarióticos atuam por meio de vários mecanismos ¿ geralmente alterando a estrutura local da cromatina e controlando a associação dos fatores gerais de transcrição e da RNA-polimerase no promotor e estão envolvidos no controle transcricional do gene.
UNIDADE 5
		1.
		(MPU2007) Um pesquisador deseja isolar um gene de uma espécie de planta hipotética que codifica uma proteína capaz de inibir a proliferação de fungos que crescem sobre a superfície das suas folhas. O pesquisador tem disponível em seu laboratório uma biblioteca genômica, várias bibliotecas de cDNA, uma biblioteca de expressão dessa espécie de planta e a proteína purificada. O pesquisador encontrará mais rapidamente o gene desejado se:
	
	
	
	seqüenciar os aminoácidos das proteínas produzidas na biblioteca de expressão até identificar a proteína desejada.
	
	
	clonar o cDNA da espécie e com ele triar a biblioteca genômica.
	
	
	produzir um anticorpo específico para essa proteína e com ele triar a biblioteca de expressão.
	
	
	seqüenciar o DNA da biblioteca genômica e procurar os ESTs.
	
	
	seqüenciar o DNA da biblioteca de cDNA e pesquisar os quadros de leitura.
	
Explicação:
Aula 5, retornar em sequenciamento.
	
	
	
	 
		
	
		2.
		A respeito dos sequenciadores, marque a alternativa INCORRETA.
	
	
	
	No SoLiD, a reação de sequenciamento é catalisada por uma DNA ligase e não pela DNA polimerase
	
	
	O Ion Torrent que é um equipamento entre 2º e 3º geração utiliza a variação do pH como mecanismo de detecção.
	
	
	Os sequenciadores de 1º geração produzem fragmentos sequenciados maiores, porém os de 2º geração são muito mais rápidos.  
	
	
	O Ilumina assim  como o método de Sanger realiza síntese usando DNA polimerase e dideoxinucleotídeos marcados e não constrói biblioteca.
	
	
	 O pirossequenciador mede a liberação do pirofosfato por quimioluminescência
	
Explicação:
Resposta letra D. O Ilumina utiliza didesoxinucleotídeos assim como o sequenciamento por Sanger, porém ele constrói bibliotecas a a partir do PCR de emulsão.
	
	
	
	 
		
	
		3.
		A respeito do sequenciamento de Sanger e o Pirossequenciamento, marque V para as verdadeiras e F para as falsas.
	
	
	          
	No pirossequenciamento a liberação do pirofosfato proveniente da formação da ligação fosfodiester, é convertido em luz e lido no sequenciador.
	
	          
	O pirossequenciador é classificado como de 3º geração e o sequenciamento automático de Sanger como 1º geração.
	
	          
	No sequenciamento automático de Sanger, a reação da fita complementar é interrompida pela adição dos didesoxirribonucleotídeos.
	
	          
	O Pirossequenciador é um aparelho classificado na segunda geração
	
	          
	O Pirossequenciador e o Sequenciador automático de Sanger pertencem a 1º geração dos sequenciadores.
	
Explicação:
O pirossequenciador é um aparelho classificado como de 2º geração
	
	
	
	 
		
	
		4.
		Uma fita de DNA apresenta a seguinte sequência:
TCAAGT
Marque a alternativa que indica corretamente a sequência encontrada na fita complementar:
	
	
	
	AGUUCA
	
	
	AGTTCA
	
	
	ATAAUA
	
	
	AGUUGA
	
	
	UCTTGU
	
Explicação:
 É importante perceber que o DNA é composto por duas fitas e que uma complementa a outra. Sabemos que na molécula de DNA a adenina sempre se une à timina e que a citosina sempre se liga à guanina. Sendo assim, uma sequência TCAAGT liga-se a uma sequência AGTTCA.
	
	
	
	 
		
	
		5.
		(PCERJ) O DNA (ácido desoxirribonucléico) é constituído por uma longa fita dupla de nucleotídeos. O sequenciamento de DNA é um processo que determina a ordem desses nucleotídeos. A fita dupla é formada pelo pareamento das bases. Desta forma, referente ao pareamento desses nucleotídeos, não é correto afirmar:
	
	
	
	As bases dos nucleotídeos são adenina (A), timina (T), guanina (G) e citosina (C)
	
	
	A guanina se pareia com adenina
	
	
	A guanina se pareia com citosina.
	
	
	Adenina se pareia com timina
	
	
	A sequência desse pareamento é responsável pelas características genéticas do homem e de todos os seres vivos
	
Explicação:
Retornar na aula 5, no topico de sequenciamento
	
	
	
	 
		
	
		6.
		Marque a alternativa que melhor define um gene.
	
	
	
	O gene é uma porção da célula.
	
	
	Trecho do RNA que contém sequências de nucleotídeos que são usados para a síntese de proteínas.
	
	
	O gene é uma porção da molécula de RNA que determina uma característica.
	
	
	O gene é uma sequência de nucleotídeos em que está contida a informação que será usada para a síntese de proteínas.
	
	
	 O gene é uma região do DNA que é responsável pela síntese de carboidratos, determinando nossas características.
	
Explicação:
O gene é uma porção de DNA (sequência de nucleotídeos) onde estão contidas as informações que serão essenciais para a formação das proteínas.
	
	
	
	 
		
	
		7.
		Assinale a alternativa CORRETA:
 
	
	
	
	O método de sequenciamento de DNA por interrupção de cadeia é idêntico ao modelo original descrito por Sanger e Coulson (1977) e também se mantém o método confiável em termos de qualidade das sequências.
	
	
	O método de Sanger e Coulson (1977) para sequenciamento de DNA também é conhecido como método de sequenciamento por interrupção de cadeia.
	
	
	É atribuído a Sanger e Coulson o mérito do sequenciamento do DNA por interrupção de cadeia, porque a técnica foi desenvolvida em 1975 e demorou 2 anos para ser publicada.
	
	
	O projeto original e, na verdade, o primeiro método de sequenciamento de DNA por interrupção de cadeia, datade 1976, cujos autores são Allan Maxam e Walter Gilbert.
	
	
	O método de Sanger e Coulson (1977) foi o primeiro método que permitiu aos cientistas determinar a sequência de nucleotídeos de uma determinada molécula de DNA.
	
Explicação:
Primeiro método se sequenciamento de primeira geração.
UNIDADE 6
	
	 
		
	
		1.
		(ESFCEX) Em relação às contribuições das pesquisas genômicas com vistas ao controle da doença, analise as afirmativas abaixo e, a seguir, assinale a alternativa correta.
I. Estudos em genômica permitirão a manipulação do código, alterando-se o significado dos códons.
II. O conhecimento da totalidade dos genes do vetor resultará na desejada erradicação da espécie.
III. O conhecimento do inseto vetor no nível molecular pode conduzir a novas estratégias terapêuticas contra a doença.
IV. A análise dos genomas dos insetos situados em diferentes regiões geográficas revela a história evolutiva do grupo.
Assinale a alternativa correta.
	
	
	
	Somente III e IV estão corretas.
	
	
	Somente I e IV estão corretas.
	
	
	Somente II e IV estão corretas.
	
	
	Somente I e III estão corretas
	
	
	Somente II e III estão corretas.
	
Explicação:
Retornar ao tópico sobrte explicação genomica.
	
	
	
	 
		
	
		2.
		Dentre as vertentes das ômicas, marque a alternativa CORRETA.
	
	
	
	A metabolômica avalia apenas metabólitos de origem proteica e lipídica.
	
	
	A transcriptômica tem como objetivo avaliar os genes transcritos em determinado organismo sobre determinada condição. Para isto a transcriptômica utiliza técnicas como a Eletroforese.
	
	
	A genômica estrutural é sinônimo transcriptômica, já que as duas avaliam a expressão gênica
	
	
	Técnicas muito comuns usadas na metabolômica são a ressonância nuclear e as cromatografias.
	
	
	A proteômica estuda a estrutura das proteínas e uma das técnicas utilizadas nesta ciência é o sequenciador automático.
	
Explicação:
Resposta correta letra C. RMN e cromografias são as técnicas mais utilizadas para identificação e caracterização dos metabólitos 
	
	
	
	 
		
	
		3.
		Em relação às ômicas e sua importância para as pesquisas científicas, qual das alternativas a seguir está incorreta:
	
	
	
	A tecnologia de microarranjos de DNA possibilita a avaliação simultânea da expressão de milhares de genes em diferentes tecidos de um determinado organismo, e em diferentes estágios de desenvolvimento ou condições ambientais.
	
	
	Entre os grandes dificultadores nos estudos de biologia molecular estão a necessidade de acesso a várias fontes de dados para responder uma questão simples e a utilização de ferramentas de análise sofisticadas.
	
	
	Um projeto de pesquisa só pode ser iniciado a partir de sequências genômicas conhecidas, não havendo possibilidade de efetuar estudos com sequências desconhecidas.
	
	
	A genômica pode ser estrutural ou funcional; a primeira objetiva a caracterização da natureza física dos genomas completos e a segunda busca caracterizar a função biológica dos genes.
	
	
	A metabolômica pode auxiliar na demonstração de como os genótipos estão associados aos fenótipos, além de permitir simulações de mecanismos celulares em larga escala.
	
Explicação:
Um projeto de pesquisa pode iniciar com uma série de sequências genômicas, conhecidas ou não. As sequências desconhecidas podem ser submetidas a uma busca em bancos de dados por sequências similares, como será visto na próxima aula, ou podem ter suas identidades e funções preditas por meio do uso de algoritmos computacionais.
	
	
	
	 
		
	
		4.
		São aspectos relacionados à transcriptômica, exceto:
	
	
	
	Tem sido utilizada para o estudo das respostas metabólicas de organismos a fatores bióticos e abióticos.
	
	
	Uma de suas limitações está relacionada ao fato de que a abundância do mRNA nem sempre é bem correlacionada com a abundância da proteína.
	
	
	Tem como objetivo determinar os perfis da expressão de todos os genes presentes em um genoma.
	
	
	Várias técnicas podem ser aplicadas para seu estudo, a exemplo dos microarranjos de DNA.
	
	
	Sua análise é característica de cada tipo de célula, e pode diferir em função de diferentes situações fisiológicas ou patológicas.
	
Explicação:
A metabolômica estuda as mudanças na expressão de pequenas moléculas orgânicas, conhecidas como metabólitos.
	
	
	
	 
		
	
		5.
		A análise proteômica e a proteômica quantitativa são áreas da química de proteínas que vem se desenvolvendo com grande rapidez ao longo dos últimos anos. Sobre o tema, assinale a alternativa incorreta.
	
	
	
	A análise proteômica permite a detecção de modificações pós-traducionais, o que amplia a relevância biológica dos dados obtidos.
	
	
	Um dos pré-requisitos básicos da proteômica é que o organismo analisado já tenha seu genoma sequenciado, ou pelo menos uma boa coleção de cDNAs esteja disponível.
	
	
	Uma das grandes limitações atuais da análise proteômica reside no número de proteínas que pode ser analisada em cada experimento, que sempre representará apenas uma fração das proteínas expressas em determinada situação.
	
	
	A análise proteômica é limitada a proteínas solúveis, não sendo aplicável a proteínas mais complexas como as proteínas de membrana.
	
	
	Uma vantagem da análise proteômica sobre a análise da expressão gênica no nível de RNA é que a proteômica identifica produtos gênicos que são de fato expressos e não apenas mRNAs que podem não ser traduzidos.
	
Explicação:
A análise proteômica pode ser realizada em qualquer proteína, independente da sua composição.
	
	
	
	 
		
	
		6.
		Em relação ao estudo da genômica, podemos encontrá-las divididas em dois diferentes grupos, sendo chamados de genômica funcional e estrutural, em relação a genômica estrutural, assinale a alternativa correta:
	
	
	
	 Objetiva a caracterização da natureza física dos genomas completos.
	
	
	Busca entender a classificação dos genes.
	
	
	Visa avaliar e comparar os genomas do indivíduo
	
	
	Busca caracterizar a função biológica dos genes.
	
	
	Caracteriza a atividade genética dos genes.
	
Explicação:
Retorne a definição do trecho de genomica da aula 6.
	
	
	
	 
		
	
		7.
		(FIOCRUZ) Em última análise, as interações estabelecidas entre os aminoácidos componentes de uma dada cadeia polipetídica irão, em conjunto com outros fatores, definir a estrutura tridimensional que a cadeia irá assumir em solução. A determinação desta estrutura pode, em muitas das vezes, auxilar a compreensão do mecanismo de ação desta cadeia polipeptídica, e permitir o esclarecimento de suas funções em um determinado organismo que a produz. Assinale abaixo a afirmativa que não expressa uma estratégia experimental aplicável para a caracterização da estrutura tridimensional das cadeias polipeptídicas.
 
	
	
	
	Ressonância magnética nuclear.
	
	
	Dicroismo circular.
	
	
	Método Ad initio.
	
	
	Citometria de fluxo.
	
	
	Modelagem comparativa por homologia.
	
Explicação:
A citometria de fluxo permite avaliar estudos populacionais, inclusive de classes de proteínas.
	
	
	
	 
		
	
		8.
		Em relação ao estudo da genômica, podemos encontrá-las divididas em dois diferentes grupos, sendo chamados de genômica funcional e estrutural, em relação a genômica funcional, assinale a alternativa correta:
	
	
	
	Busca caracterizar a função biológica dos genes.
	
	
	Objetiva a caracterização da natureza física dos genomas completos.
	
	
	Visa avaliar e comparar os genomas do indivíduo
	
	
	Caracteriza a atividade genética dos genes.
	
	
	Busca entender a classificação dos genes.
	
Explicação:
Retorne a definição de genômica estrutural e funcional.
UNIDADE 7
	
	 
		
	
		1.
		A respeito da confecção dos primers, marque a resposta correta.
	
	
	
	Primers devem apresentar hompolinucleotídeos na sua sequência.
 
	
	
	O primer deve apresentar temperatura de melt inferior a 50ºC.
	
	
	O programaPRIMER 3 é utilizado de forma customizada para a confecção de primers para uma sequência dada.
	
	
	Primers são iniciados específicos confeccionados com tamanho variando de 50 a 100 pares de bases
	
	
	O primer deve ter um conteúdo de GC de cerca de 75%.
	
Explicação:
Resposta correta letra C. 
	
	
	
	 
		
	
		2.
		O blast é um software de alinhamento local básico gerenciado pelo NCBI e muito utilizado nos estudos em bioinformática. A respeito desta ferramenta, marque a alternativa correta.
	
	
	
	É um algoritmo capaz de realizar buscas baseadas em alinhamento que, apesar serem exatas apresentam um tempo de processamento alto.
 
	
	
	O blastn usa uma sequência de nucleotídeo de entrada e da como resultado uma sequência de proteína
	
	
	É um algoritmo capaz de realizar buscas baseadas em alinhamento que, apesar de não serem exatas, são confiáveis e muito rápidas.
	
	
	É uma ferramenta que compara uma sequência desconhecida com aquelas depositadas no computador do usuário.
	
	
	O blastp usa uma sequência de nucleotídeo de entrada e da como resultado uma sequência de proteína
	
Explicação:
Resposta letra A. O blast é uma ferramenta confiavel para análises rápidas e iniciais de um trabalho. 
	
	
	
	 
		
	
		3.
		O BLAST permite um alinhamento localizado de fragmentos de sequência a partir da seleção das sequências mais similares. O resultado da busca é apresentado em valores de score que expressam a significância do alinhamento.Em relação ao algortimo blast assinale a alternatica correta:
	
	
	
	O algoritmo do BLAST realiza buscas baseadas em alinhamentos que não são tão fidedignos, porém são confiáveis e rápidos. Isto faz com que o programa não ofereça vantagens em relação a outras ferramentas de alinhamento.
	
	
	O algoritmo do BLAST realiza buscas baseadas em alinhamentos  são fidedignos, porém são confiáveis e rápidos. Isto faz com que o programa ofereça vantagens em relação a outras ferramentas de alinhamento.
	
	
	O algoritmo do BLAST realiza buscas baseadas em alinhamentos que não são tão fidedignos, porém são confiáveis mas não são rápidos. Isto faz com que o programa não ofereça vantagens em relação a outras ferramentas de alinhamento.
	
	
	O algoritmo do BLAST realiza buscas baseadas em alinhamentos que não são tão fidedignos, porém não confiáveis e nem rápidos. Isto faz com que o programa ofereça vantagens em relação a outras ferramentas de alinhamento.
	
	
	O algoritmo do BLAST realiza buscas baseadas em alinhamentos que não são tão fidedignos, porém são confiáveis e rápidos. Isto faz com que o programa ofereça vantagens em relação a outras ferramentas de alinhamento.
	
Explicação:
O algoritmo do BLAST realiza buscas baseadas em alinhamentos que não são tão fidedignos, porém são confiáveis e rápidos. Isto faz com que o programa ofereça vantagens em relação a outras ferramentas de alinhamento.
	
	
	
	 
		
	
		4.
		Para isolar um determinado gene, podemos utilizar uma técnica de Biologia Molecular chamada de PCR (Polymerase chain reaction). Para realizar ua PCR, nós necessitamos de nucleotídeos, da enzima DNA polimerase, do cofator enzimático e de um par de____________.
Complete a lacuna com a alternativa correta:
	
	
	
	nucleotídeos
	
	
	Primers
	
	
	Genomas
	
	
	Helicases
	
	
	Polimerases
	
Explicação:
Para realizar ua PCR, nós necessitamos de nucleotídeos, da enzima DNA polimerase, do cofator enzimático e de um par de primers.
	
	
	
	 
		
	
		5.
		A respeito dos alinhamentos genômicos, marque a alternativa correta.
	
	
	
	O alinhamento global buscam pequenas regiões de similaridade.
	
	
	O alinhamento local é aquele que levam em consideração toda a extensão das sequências.
	
	
	O alinhamento global busca o maior número de matches do início ao final das sequências
	
	
	Nos alinhamentos busca-se a menor quantidade de similaridade
	
	
	O ClustalW é programas de alinhamento local do genoma.
	
Explicação:
O alinhamento global analisa toda a extensão da sequência, buscando o maior número de matches. 
	
	
	
	 
		
	
		6.
		Com relação aos bancos de dados genômicos e alinhamento de sequências, marque a (s) alternativas que você julga como CORRETA(S) com V e a(S) INCORRETA(S) com F.
 
	
	
	          
	O alinhamento múltiplo de sequências pode ser local ou global
	
	          
	A análise filogenética usa geralmente o alinhamento múltiplo de sequências.
	
	          
	O NCBI (National Center for Biotechnology Information) mantém o GenBank, que é uma coleção anotada de sequências de DNA disponíveis publicamente.
	
	          
	O CLUSTALW é uma das ferramentas mais comuns para alinhamento múltiplo de sequências.
	
	          
	Os métodos progressivos de alinhamento múltiplo de n sequências possibilitam calcular, na última fase, o alinhamento de todos os possíveis pares de sequências.
	
Explicação:
A unica incorreta é a letra  C  . Nos alinhamentos progressivos são Inicialmente realizados alinhamentos par-a-par de todos os possíveis pares. Nesta comparação, verifica-se apenas o número de caracteres diferentes entre as duas sequências (distância evolutiva).O algoritmo construirá um alinhamento através de programação dinâmica para estas duas sequências. A partir deste primeiro alinhamento, estas duas sequências serão agora tratadas como uma, e serão alinhadas à próxima sequência filogeneticamente relacionada. Todo o restante das sequências será alinhado baseando-se neste primeiro par. É um método rápido e amplamente utilizado para alinhar um grande número de sequências.
	
	
	
	 
		
	
		7.
		Á respeito da temática "alinhamento genômico" marque a opção correta.
	
	
	
	O BLAST é uma ferramenta de busca por alinhamento global básico par-a-par 
	
	
	Os alinhamentos multiplos globais são método  que exigem pouca capacidade computacional e, dependendo da quantidade de sequências envolvidas, pode requerer tempos curtos para processamento.
	
	
	Softwares de alinhamento genômico analisam os diferentes tipos de alinhamentos e nos sugerem o ¿alinhamento ótimo¿ no final do processo. 
	
	
	Os traços que podem aparecer nas sequencias após o alinhamento  são os indels, que representam as translocações que foram realizadas naquele genoma.
	
	
	Os alinhamentos genômicos são técnicas de comparação entre sequências biológicas, que utilizam algoritmos computacionais apenas para apontar as diferenças localizadas na mesma posição das sequências analisadas
	
Explicação:
Resposta correta letra C
Atividade 8
		1.
		Em relação ao desenho de primers, é incorreto, afirmar que:
	
	
	
	O número máximo de repetições aceitável é de 4 dinucleotdeos
	
	
	O tamanho dos primers determina especificidade e afeta seu anelamento com o DNA molde
	
	
	Primers de tamanho muito curto leva a  baixa especifcidade, resultando em amplifcação não específca
	
	
	Repetições não aumenta o potencial de anelamento incorreto/inespecífco
	
	
	Incompatibilidade signifcativa do par de primers pode levar à má amplifcação
	
Explicação:
Repetições longas aumenta o potencial de anelamento inespecífco, pois pode ocorrer um erro de leitura da fita. O ideal é que no desenho de primers, não exista repetições longas para que não ocorra o anelamento inespecífico.
	
	
	
	 
		
	
		2.
		Com relação aos bancos de dados e uma melhor cobertura das análises metabolômicas, podemos afirmar que: 
	
	
	
	As ferramentas usadas para as análises de transcriptômica e proteômica são totalmente apropriadas para as análises metabolômicas. 
	
	
	A normalização dos dados é desnecessária em quaisquer análises metabolômicas.
	
	
	Para garantir maior confiabilidade, as análises não devem se restringir ao uso de uma única base de dados . 
	
	
	Atualmente, os bancos de dados são atualizados o suficiente para garantir uma ampla cobertura sem entradas replicadas. 
	
	
	Os dados gerados por microarranjos de DNA são suficientes para gerar bancos dedados completos. 
	
Explicação:
A única alternativa correta é a letra "a".
	
	
	
	 
		
	
		3.
		Uma das formas de definirmos as sequências, é em relação, a quantidade de sequencias que participam do processo de alinhamento. Nesse caso, temos o que chamamos de sequências simples e multiplas. Qual seria a principal definição listada abaixo relacionada a uma sequência simples?
	
	
	
	Ocorre quando temos uma sequência com as mesmas bases nitrogenadas.
	
	
	Ocorre quando comparamos apenas duas sequências entre si.
	
	
	São sequências que apresentam apenas Timina e Adenina.
	
	
	Ocorre quando é possível comparar três ou mais sequências.
	
	
	Não podem ser realizadas pelo programa Blast.
	
Explicação:
Nesse tipo de alinhamento é possível compararmos duas sequências entre si.
	
	
	
	 
		
	
		4.
		Em relação a análise da precisão dos alinhamentos, eles podem ser definidos por:
	
	
	
	Simples e Múltiplo
	
	
	Local e Global
	
	
	Heurístico e Ótimo
	
	
	Algoritmo Needleman-Wunsch.
	
	
	Blast e Clustal W
	
Explicação:
Algo que deve ser levado em consideração sempre que se deseja fazer alinhamentos de seqüências é o fato de que o alinhamento desejado seja o melhor possível de ser obtido através de ferramentas computacionais ou se desejamos apenas uma aproximação válida desse melhor resultado. É evidente que, em condições normais, desejaríamos sempre obter o melhor resultado de alinhamento possível e, portanto, utilizaríamos os algoritmos que produzem resultados ótimos. Entretanto, algumas vezes precisamos obter uma maior rapidez de busca e, portanto, aceitamos que o resultado obtido não seja ¿o melhor possível¿ e, assim, utilizamos algoritmos que apresentam algum tipo de heurística.
	
	
	
	 
		
	
		5.
		Qual a primeira ferramenta utilizada para desenho de primers, sondas e comparação de sequências?
	
	
	
	Blast
	
	
	Blastn
	
	
	Blastx
	
	
	Blastp
	
	
	NCBI
	
Explicação:
Retorne ao tópico NCBI e suas aplicabilidades.
	
	
	
	 
		
	
		6.
		Em relação ao alinhamento de sequência, ela pode ocorrer sendo alinhamento global ou local. Em relação ao alinhamento global, é correto, afirmar que:
	
	
	
	é uma forma de otimização global que "força" o alinhamento a cobrir todo o comprimento de todas as sequencias interrogadas (query).
	
	
	Localiza similaridades apenas de um ponto específico da sequência.
	
	
	identificam regiões de similaridade dentro de sequencias longas que são geralmente bastante divergentes em um todo.
	
	
	É realizado através do desenho primer
	
	
	Ocorre pelo programa clustal W
	
Explicação:
É um tipo de alinhamento, aonde ocorre a leitura de toda a sequência para que posteriormente, possam ser analisados os pontos de similaridade.
	
	
	
	 
		
	
		7.
		A metagenômica é uma técnica que permite estudar os genomas de microrganismos___________.
	
	
	
	de um nicho ecológico com necessidade de fazer culturas individuais.
	
	
	de um nicho ecológico sem necessidade de fazer culturas coletivas.
	
	
	de um nicho ecológico com necessidade de fazer culturas coletivas.
	
	
	​​​​​de um nicho ecológico sem necessidade de fazer culturas individuais.
	
	
	de um nicho ecológico com necessidade de fazer culturas individuais e coletivas.
	
Explicação:
Retornar a definição de metagenômica.
ATIVIDADE 9
	
	 
		
	
		1.
		A anotação funcional de um gene inclui saber a função da proteína codificada pelo gene e também identificar a qual processo biológico aquela proteína faz parte. Dentre os processos que ocorrem em uma célula podemos incluir as reações metabólicas e o processamento da informação genética.  Qual dos bancos de dados abaixo auxilia na busca por informações sobre processos biológicos?
	
	
	
	Nenhuma das opções anteriores.
	
	
	PDB.
	
	
	KEGG.
	
	
	GenBank.
	
	
	SWISS-Prot.
	
Explicação:
KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) é um banco de dados extremamente completo. Conseguimos extrair dele informações como qual via metabólica a proteína está inserida, doenças relacionadas, dentre outras.
	
	
	
	 
		
	
		2.
		A função dos genes que possuem o código para a síntese de uma proteína pode ser estabelecida da seguinte maneira:
	
	
	
	A função do gene e da proteína codificada por ele mesmo.
	
	
	A função do gene não tem relação com função da proteína codificada por ele.
	
	
	A função do gene é igual à função da proteína codificada por ele.
	
	
	A função do gene é igual à função da proteína que não será codificada por ele.
	
	
	A função do gene é diferente à função da proteína codificada por ele.
	
Explicação:
Retorne na aula sobre a explicação de genes.
	
	
	
	 
		
	
		3.
		Em que consiste o GenBank?
	
	
	
	é um banco que armazena a anotação detalhada de proteínas
	
	
	é um banco de dados extremamente completo
	
	
	Anotar a função de genes é um processo basicamente comparativo
	
	
	é um algoritmo para alinhamento de sequências
	
	
	é uma coleção de todas as sequências de DNA disponíveis ao público.
	
Explicação:
Retorne no tópico sobre GenBank.
	
	
	
	 
		
	
		4.
		Em que consiste o bando de dados KEGG?
	
	
	
	Anotar a função de genes é um processo basicamente comparativo
	
	
	é um banco que armazena a anotação detalhada de proteínas
	
	
	é um banco de dados extremamente completo
	
	
	é uma coleção de todas as sequências de DNA disponíveis ao público.
	
	
	é um algoritmo para alinhamento de sequências
	
Explicação:
Retorne a explicação e definição sobre KEGG.
	
	
	
	 
		
	
		5.
		Através de estudos usando a bioinformática, um pesquisador identificou que um gene chamado p53 estava modificado em pacientes com câncer de pulmão agressivo em relação a outros pacientes que vêm tendo uma evolução mais lenta e favorável da doença. Caso esse pesquisador queira descobrir a FUNÇÃO desse gene usando a bioinformática, o que você recomendaria a ele?
	
	
	
	Silenciar esse gene no genoma de células em laboratório, e após isso observar as consequências.
	
	
	Produzir um embrião com ausência desse gene, e acompanhar o desenvolvimento desse indivíduo geneticamente modificado ao longo da vida.
	
	
	Identificar o códon de iniciação e o códon de parada do gene p53.
	
	
	Não é possível determinar a função de um gene usando apenas métodos de bioinformática.
	
	
	Comparar a sequência de nucleotídeos do gene p53 com outras sequências de genes com funções conhecidas, usando para isso bancos de dados biológicos.
	
Explicação:
A alternativa descreve a etapa da anotação funcional, que pertence a anotação gênica.
	
	
	
	 
		
	
		6.
		Escolha a sequência correta de etapas envolvidas no processo de interpretação do genoma de um organismo:
	
	
	
	extração do DNA -> sequenciamento -> anotação funcional -> predição gênica.
	
	
	extração do DNA -> sequenciamento -> predição gênica -> anotação funcional.
	
	
	predição gênica -> extração do DNA -> anotação funcional -> sequenciamento.
	
	
	sequenciamento -> predição gênica -> anotação funcional -> extração do DNA.
	
	
	extração do DNA -> predição gênica -> sequenciamento -> anotação funcional.
	
Explicação:
Primeiro é necessário obter o material biológico (DNA), determinar sua sequência de bases nitrogenadas, encontrar os genes e por fim determinar a função dessses genes.
ATIVIDADE 10
	
	 
		
	
		1.
		"O ____________ busca usar um número limitado de palavras para descrever três conjuntos de informações sobre uma proteína. O conjunto "biological process" (processo biológico) representa objetivos específicos que o organismo é geneticamente programado para atingir, como por exemplo o processo biológico da divisão celular resulta na criação de duas células filhas a partir de uma única célula-mãe. Qual opção completa corretamente a lacuna?
	
	
	
	CARD.
	
	
	KEGG.
	
	
	Gene Ontology (GO).
	
	
	GenBank.
	
	
	PDB.
	
Explicação:A descrição corresponde ao banco Gene Ontology.
	
	
	
	 
		
	
		2.
		Qual a aplicabilidade do Banco de Dados Protein Data Bank (PDB)?
	
	
	
	é um banco que armazena a anotação detalhada de proteínas
	
	
	Anotar a função de genes é um processo basicamente comparativo
	
	
	único repositório mundial de estruturas 3D de grandes moléculas biológicas, incluindo proteínas e ácidos nucleicos.
	
	
	é uma coleção de todas as sequências de DNA disponíveis ao público.
	
	
	é um banco de dados extremamente completo
	
Explicação:
Leia sobre a definição e atividade da plataforma PDB.
	
	
	
	 
		
	
		3.
		Em qual dos bancos de dados abaixo, podemos encontrar informações correpondentes a atividades metabólica deum determinado gene, por exemplo. Assinale abaixo a alternatica correta.
	
	
	
	Gene Ontology
	
	
	 UniProt
	
	
	KEGG
	
	
	NCBI
	
	
	Swiss-Prot.
	
Explicação:
É possível extrair do KEGG informações como em qual via ou processo celular aquela proteína está inserida, incluindo exatamente o momento em que ela entra em ação.
	
	
	
	 
		
	
		4.
		O repositório mundial de estruturas 3D de grandes moléculas biológicas, incluindo proteínas e ácidos nucleicos é o:
	
	
	
	PDB.
	
	
	KEGG.
	
	
	GenBank.
	
	
	SWISS-Prot.
	
	
	Gene Ontology (GO).
	
Explicação:
PDB: Protein Data Banking
	
	
	
	 
		
	
		5.
		Qual das alternativas abaixo NÃO é um banco de dados biológico?
	
	
	
	BLAST.
	
	
	PDB.
	
	
	GenBank.
	
	
	KEGG.
	
	
	SWISS-Prot.
	
Explicação:
BLAST é um algoritmo de alinhamento local.
	
	
	
	 
		
	
		6.
		Em relação a banco de dados públicos, qual o único banco em que encontramos um repositório mundial de estruturas 3D de grandes moléculas  biológicas, incluindo proteínas e ácidos nucléicos. Assinale a alternativa que é referente a esse banco. 
	
	
	
	Blastn
	
	
	Gene Ontology
	
	
	 Protein Data Bank (PDB)
	
	
	GenBank
	
	
	Blastx
	
Explicação:
O Protein Data Bank (PDB) é o único repositório mundial de estruturas 3D de grandes moléculas biológicas, incluindo proteínas e ácidos nucleicos.
V
F
V
V