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SEQUENCIAMENTO GENÉTICO Alunos: Camila Mendes, Cinthia Catharina, Lucas Campos, Victor Orientadora: Prof. Alzira PONTIFÍCIA UNIVERSIDADE CATÓLICA DE MINAS GERAIS Programa de Graduação em Biomedicina Introdução 1 • 1953 Watson e Crick desvendaram a estrutura tridimensional do DNA ; • Muitos avanços aconteceram e contribuíram para elucidar a replicação do DNA; • Os cientistas conseguiam mensurar a composição dos nucleotídeos, mas não a sua ordem; • Na década de 70 os primeiros métodos para sequenciamento de DNA foram criados. O que é o sequenciamento? • O sequenciamento de DNA tem por finalidade determinar a ordem dos nucleotídeos (guanina, citosina, adenina e timina) em amostras de DNA, e isso se dá por meio de vários processos bioquímicos. 2 3 Método de Sanger • Primeiro e mais utilizado método de sequenciamento; • Desenvolvido pelo bioquímico britânico Frederick Sanger na década de 70; • O método consiste na adição de nucleotídeos modificados, chamados didesoxiribonucleotídeos (ddNTP’s); Método de Sanger 4 • O DNA é formado por moléculas de desoxirribonucleotídeos • 1 fosfato • 1 desorribose • 1 base nitrogenada (A ou G ou C ou T) • Para este método é necessário: • 1 amostra de DNA • Enzima DNA polimerase • Primer • Desorribonucleotídeos (dNTPs) • Didesoxiribonucleotídeos (ddNTPs) Método de Sanger 5 6 7 8 9 10 Ion Torrent 11 • Plataforma de sequenciamento atualmente distribuída pela Thermo Fisher • Baseada em sequenciamento semicondutor (por pH). • Plataforma focada em velocidade e praticidade (é considerada a mais rápida para sequenciamento de genomas). • Parecido com o pirosequenciamento. • Ideal para DNA pequeno e médio. • Evolução do processo acompanha a informática. • Análises rápidas ~2H • Elevada sensibilidade e baixo custo. Ion Torrent funcionamento • DNA é fragmentado • Adição de marcadores. • Cada fragmento liga-se a um “bead”. • “Beads” são posicionados em poços. • Ocorre replicação do fragmento. • Cobre o “bead”. • Poços individuais • Banho de dNTP, caso dNTP ligue-se libera H+. • O chip detecta variaçao de pH 12 Método Ion Torrent 13 Pirosequenciamento • Proposto por Mostafa Ronaghi (1996) no instituto Real Tecnológico da Suécia. • Pesquisador na Universidade de Stanford. • Vice-presidente da Illumina Company. • Primeira alternativa ao método de Sanger para sequenciamento do DNA. 14 Pirosequenciamento - Princípios • Detecção através da Luz. • Liberação de Pirofosfato na adição de um nucleotídeo. • Ação de 4 diferentes enzimas: DNA polimerase, ATP sulfurilase, Luciferase, Apirase. • Substratos utilizados: Adenosina 5’ fosfossulfato (APS), Luciferina. • Resultados obtidos rapidamente. Pirosequenciamento Conclusão . Referências Referências PINTO, S.; KREMER, F, S. Plataformas de Sequenciamento de Nova Geração & Préprocessamento de dados. Disponível em: : <http://labbioinfo.ufpel.edu.br/aulas_2016/Capitulo%203.pdf>. Acesso em : 04 out. 2018 RONAGHI, M. Pyrosequencing sheds light on DNA sequencing. Genome research, v.11, p.3-11, 2001. Disponível em: <http://genome.cshlp.org/content/11/1/3.long>. Acesso em: 04 out. 2018
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