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– Enzimas de restrição são encontradas em bactérias (e outros procariontes). Elas reconhecem e se ligam a sequências específicas de DNA, chamadas sítios de restrição. Cada enzima de restrição reconhece apenas um ou alguns sítios de restrição. Quando ela encontra suas sequências alvo, a enzima de restrição fará um corte na dupla hélice da molécula de DNA. Normalmente, o corte é no sítio de restrição ou próximo a ele e ocorre em um padrão arrumado, previsível. Como um exemplo de como uma enzima de restrição reconhece e corta uma sequência de DNA, vamos considerar Eco RI, uma enzima de restrição comum usada em laboratórios. Eco RI corta no seguinte sítio: Quando EcoRI reconhece e corta este sítio, ela sempre faz isso em um padrão muito específico que produz extremidades com DNA fita simples. Se outro pedaço de DNA tiver terminação correspondente (por exemplo, porque ele também foi cortado pela EcoRI), as terminações podem se juntar por pareamento de bases complementares. Por esta razão, diz-se que enzimas que deixam terminações de fita única produzem extremidades pegajosas. Extremidades pegajosas são úteis em clonagem porque seguram dois pedaços de DNA que podem ser ligados pela DNA ligase. Nem todas as enzimas de restrição produzem extremidades adesivas. Algumas são "cortadoras bruscas" que cortam no meio de uma sequência alvo e não deixam terminação. A enzima de restrição SmaI é um exemplo de enzima que faz cortes bruscos: Fragmentos com corte perpendicular, sem terminações de fita única, podem ser unidos um ao outro pela DNA ligase. No entanto, fragmentos deste tipo são mais difíceis de se ligarem (a reação de ligação é menos eficiente e mais propensa a falhar) porque não há terminações de fita única para manter as moléculas de DNA na posição. Resumindo: Enzimas de restrição são enzimas que cortam o DNA. Cada enzima reconhece um ou mais sequências alvo e corta o DNA nestas sequências ou perto delas. Muitas enzimas de restrição fazem cortes escalonados, produzindo terminações com DNA fita simples. No entanto, algumas produzem extremidades rombas.
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