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Capítu lo 18 I Genética de Populações 567 Variação de nucleotídios no gene G6PD em seres humanos Indivíduo Origem Ale lo SNP o 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 Q. ·-.. -o -Q. A G A c c G c c c c c G G c T c A c ftl :e 1 Sul da África A- G A G • G • • T • T • • • • c • G • 1 2 África Central A- G A G • G • • T • T • • • • c • G • 1 3 África Central A- G A G • G • • T • T • • • • c • G • 1 4 Afro-americana A- G A G • G • • T • T • • • • c • G • 1 5 Afro-americana A- G A G • G • • T • T • • • • c • G • 1 6 África Central A- G A G • G • • T • T • • • • c • G • 1 7 , Africa Central A+ G • G • • • • • • T • • • • c • G • 2 8 , Africa Central A+ G • G • • • • • • T • • • • c • G • 2 9 , Africa Central B • • • • • • • • • • • • • • c • G • 3 10 , Sul da Africa B • • • • • • • • • • • A • • c T G • 4 11 , Sul da Africa B • • • • • • • • • • • A • • c T G • 4 12 , Sul da Africa B • • • T • • • • • • • • • • c T G • 5 13 , Sul da Africa B • • • • • • • • • • • • • • c T G • 6 14 , Sul da Africa B • • • • • • • • • • T • A • c • G • 7 15 , Africa Central B • • • • • • • • • • • • • T c • G • 8 16 Europeia B • • • • • • • • • • • • • T c • G • 8 17 Europeia B • • • • • • • • • • • • • T c • G • 8 18 Europeia B • • • • • • • • • • • • • T c • G • 8 19 Sudeste Asiático B • • • • • • • • • • • • • T c • G • 8 20 Leste Asiático B • • • • • • • • • • • • • • c • G • 3 21 Indígenas norte-americanos B • • • • • A T • • • • • • • c • G • 9 22 , Sul da Africa B • • • • • • • • • • • • • • • • • • 10 23 Indígenas norte-americanos B • • • • • • • • • • • • • • • • • • 10 24 Indígenas norte-americanos B • • • • • • • • • • • • • • • • • • 10 25 Indígenas norte-americanos B • • • • • • • • • • • • • • • • • • 10 26 Indígenas norte-americanos B • • • • • • • • • • • • • • • • • • 10 27 Indígenas norte-americanos B • • • • • • • • • • • • • • • • • • 10 28 Indígenas norte-americanos B • • • • • • • • • • • • • • • • • • 10 29 Indígenas norte-americanos B • • • • • • • • • • • • • • • • • • 10 30 Indígenas norte-americanos B • • • • • • • • • • • • • • • • • • 10 31 Indígenas norte-americanos B • • • • • • • • • • • • • • • • • • 10 32 Europeia B • • • • • • • • • • • • • • • • • • 10 33 Europeia B • • • • • • • • • • • • • • • • • • 10 34 Europeia B • • • • • • • • • • • • • • • • • • 10 35 Europeia B • • • • • • • • • • • • • • • • • • 10 36 Europeia B • • • • • • • • • • • • • • • • • • 10 37 Europeia B • • • • • • • • • • • • • • • • • • 10 38 Sudeste Asiático B • • • • • • • • • • • • • • • • • • 10 39 Leste Asiático B • • • • • • • • • • • • • • • • • • 10 40 Leste Asiático B • • • • • • • • • • • • • • • • • • 10 41 Leste Asiático B • • • • • • • • • • • • • • • • • • 10 42 Leste Asiático B • • • • • • • • • • • • • • • • • • 10 43 Leste Asiático B • • • • • • • • • • • • • • • • • • 10 44 Leste Asiático B • • • • • • • • • • • • • • • • • • 10 45 Leste Asiático B • • • • • • • • • • • • • • • • • • 10 46 Ilhas do Pacífico B • • • • • • • • T • • • • • • • • • 11 47 Leste Asiático B • • • • • • • • • • • • • • • • • T 12 Figura 18.14 Variação nos nucleotíd ios de 5.102 pb do gene C6PD em uma amostra mundial de 47 homens. Apenas os 18 sítios variá- veis são mostrados. A classe alélica funcional (A-, A+ ou 8) é mostrada para cada sequência. O SNP2 é um SNP não sinônimo que causa troca de valina por metionina, acarretando as diferenças na atividade enzimática associada ao alelo A-. O SNPJ é um SNP não sinônimo que causa troca de aminoácido de ácido aspártico por asparagina. [De M . A. Saunders et ai., Genetics 162, 2002, 1849-1867.J 568 Introdução à Genética alelos retirados ao acaso do conjunto gênico sejam diferentes. A probabilidade de retirar dois alelos diferentes é igual a 1 menos a probabilidade de retirar duas cópias do mesmo alelo somada a todos os alelos do locus. Portanto, GD=1 - l:Pf = 1 - (p2+ p2+ p2+ p2) 1 2 3 " ' n na qual Pi é a frequência do i-ésimo alelo e I é o sinal de soma- tório, indicando que acrescentamos os quadrados de todos os valores n observados de p para i = 1,2, até o n-ésimo alelo. O valor de GD pode variar de O a 1. Ele irá aproximar-se de 1 quando houver grande número de alelos de frequências apro- ximadamente iguais. Ele será O quando houver um único alelo, e próximo de O se houver um único alelo muito comum com frequência de 0,99 ou maior. A Tabela 18.4 mostra que a diver- sidade gênica é bastante alta nos africanos (0,59). Como os não africanos têm apenas o alelo B, a diversidade gênica é O. O valor de GD é igual à proporção esperada de heterozi- gotos sob equilfbrio de Hardy-Weinberg, heterozigosidade (H). Entretanto, como conceito, H aplica-se apenas a diploi- des, e não se aplicaria a Zoei ligados ao X no sexo masculino. Assim, em termos conceituais, a diversidade gênica (GD) é mais apropriada mesmo se matematicamente for a mesma quantidade de Hem populações de diploides sob equilfbrio de Hardy-Weinberg. A diversidade gênica pode ser calculada para um único , sftio nucleotfdico. E possível obter-se uma média de todos os sítios nucleotídicos em um gene, caso em que é conhe- cida como diversidade nucleotídica. Visto que a grande maioria dos nucleotídios em quaisquer duas cópias de um gene de uma espécie é tipicamente a mesma, os valores da diversidade nucleotídica para genes costumam ser muito pequenos. No caso de G6PD, há apenas 18 sítios nucleotídi- cos polimórficos, mas 5.084 sítios invariáveis. A diversidade nucleotídica média para toda a sequência do gene G6PD é de 0,0008 em africanos, 0,0002 em não africanos e 0,0006 em toda a amostra. Esses valores nos dizem que os africanos têm uma diversidade nucleotídica em G6PD quatro vezes maior do que os não africanos. A Figura 18.15 mostra o nível de diversidade nucleotídi- ca em vários organismos. Os eucariotos unicelulares são os mais diversos, seguidos pelas plantas e pelos invertebrados. Os vertebrados são o grupo com a menor diversidade; no entanto, a maioria dos vertebrados ainda apresenta conside- rável diversidade nucleotídica. No caso dos seres humanos, a diversidade nucleotídica é de cerca de 0,001, significando que Diversidade nucleotídica em diversos organismos Vertebrados 1 2 3 4 5 6 ......._ 7 t::=~ 8 ,__~ 9 Invertebrados 1 O r----~ Plantas 11 12 13 0---., 14 15 16 17 18 19 20 21 22 Eucariotos unicelulares o 0,02 0,04 0,06 0,08 o, 1 Diversidade nucleotídica Figura 18.15 Níveis de diversidade nucleotídica em sítios sinôni- mos e silenciosos em alguns organismos diferentes. (1) Mus muscu/us, (2) Homo sapiens, (3) Oryza sativa, (4) Plasmodium falciparum, (5) Fugu rubripes, (6) Strongylocentrotus purpuratus, (7) Anophe/es gam- biae, (8) Ciona intestina/is, (9) Arabidopsis thaliana, (10) Caenorhab- ditis elegans, (11) Zea mays, (12) Encephalitozoon cuniculi, (13) Drosophila melanogaster, (14) Leishmania major, (15) espécies de Trypanosoma, (16) Toxoplasma gondii, (17) Giardia lamblia, (18) Neu- rospora crassa, (19) Dictyostelium discoideum, (20) Saccharomyces cerevisiae, (21) Cryptosporidium parvum, (22) Cryptococcus neofor- mans. [De M. Lynch e}. S. Conery, Science 302, 2003, 1401-1404.] quaisquer dois cromossomos escolhidos aleatoriamente vão diferir cerca de 1 pb por mil. Com três bilhões de pb em nosso genoma, podem chegar a um total de cerca de três milhões as diferenças entre o conjunto de cromossomos herdados da mãe de uma pessoa e o conjunto herdado do pai, no caso de indivíduos não aparentados. Mensagem. As populações biológicas em geral são ricas em variação genética. Essa diversidade pode ser quantificada por métodos estatísticos diferentes para compararmos os níveis de variação entre populações e espécies. 18.5 Modulação da variação genética Quais as forças que modulam a variação genética em uma população? Como novos alelos entram no conjunto gênico? Tabela 18.4 Dados de diversidade para glicose-6-fosfatodesidrogenase (G6PD) em humanos. Amostra total Africanos Não africanos Tamanho da amostra 47 16 31 Número de sítios segregantes 18 14 7 Número de haplótipos 12 9 6 Diversidade gênica ( GD) no SNP2 0,22 0,47 o Diversidade nucleotídica 0,0006 0,0008 0,0002 Que forças removem os alelos do conjunto gênico? Como as variantes genéticas podem ser recombinadas para criar novas combinações de alelos? As respostas a essas questões for- mam a base do entendimento do processo de evolução. Nesta seção, vamos examinar os papéis da mutação, da migração, da recombinação, da deriva genética (aleatória) e da seleção na formação da composição genética das populações. Novos alelos entram na população: mutação e migração A mutação é a fonte definitiva de toda variação genéti- ca. No Capítulo 16, discutimos os mecanismos molecu- lares subjacentes a mutações em pequena escala, como as mutações pontuais, indels e alterações no número de unidades repetidas em microssatélites. Os geneticistas de populações estão particularmente interessados na taxa de mutação, que é a probabilidade de uma cópia de alelo mudar para alguma outra forma alélica em uma geração. A taxa de mutação é tipicamente simbolizada pela letra grega µ.,. Como veremos adiante, se conhecermos a taxa de mutação e o número de diferenças nucleotídicas entre duas sequências, poderemos estimar há quanto tempo as sequências divergiram. Como os geneticistas estimam a taxa de mutação? Eles podem estimar as taxas de mutação começando com um úni- co indivíduo homozigoto e acompanhando o heredograma de seus descendentes por várias gerações. Então, eles podem comparar a sequência do DNA do indivíduo fundador com as sequências de DNA dos descendentes várias gerações depois e registrar quaisquer novas mutações que tenham ocorrido. O número de mutações observadas por genoma por geração fornece uma estimativa da taxa de mutação. Como os even- tos observados são um tanto raros, é necessário sequenciar bilhões de nucleotídios para encontrar poucas mutações de SNP. Em 2009, a taxa de mutação de SNP para uma parte do cromossomo humano Y foi estimada por essa abordagem como sendo de 3 X 10-8 mutações/nucleotídio/geração, ou cerca de uma mutação a cada 30 milhões de pb. Se extra- polarmos para o genoma humano inteiro (3 bilhões de pb), então cada um de nós herdou 100 novas mutações de cada um de nossos pais. Felizmente, em sua grande maioria as mutações não são prejudiciais, pois ocorrem em regiões não críticas do genoma. A Tabela 18.5 arrola as taxas de mutação para SNP e microssatélites em vários organismos-modelo. A taxa de mutação de SNP é várias ordens de magnitude mais baixa que a de microssatélite. Suas taxas de mutação e variações maiores tornam os microssatélites particularmente úteis na genética de populações e no DNA forense. A taxa de mutação de SNP por geração parece ser mais baixa em organismos unicelulares do que nos grandes organismos multicelulares. Essa diferença pode ser explicada, pelo menos em parte, pelo número de divisões celulares por geração. Há cerca de 200 divisões celulares do zigoto ao gameta em seres humanos, porém apenas uma em E. coli. Se a taxa humana for dividida por 200, então a taxa por divisão celular em seres humanos é notavelmente próxima da taxa em E. coli. Capítu lo 18 I Genética de Populações 569 Tabela 18.5 Taxas de mutação aproximadas por geração por genoma haploide. Organismo Arabidopsis Milho E. coli Levedura e. elegans Drosophila Camundongo Ser humano Mutações de SNP (por pb) 7 X 10-9 3 X 10-8 5 X 10-10 5 X 10-10 3 X 10-9 4 X 10-9 4 X 10-9 3 X 10-8 Microssatélite 9 X 10-4 8 X 10-4 4 X 10-5 4 X 10-3 9 X 10-6 3 X 10-4 6 X 10-4 Nota: a taxa de microssatélite é para repetições de dinucleotídios ou trinucleotídios. Fonte: dados de vários estudos publicados. Afora a mutação, só há um único outro meio de uma nova variação entrar em uma população: por migração ou fluxo gênico, o movimento de indivíduos (ou gametas) entre populações. A maioria das espécies é dividida em um conjunto de pequenas populações locais ou subpopulações. Barreiras físicas como oceanos, rios ou montanhas reduzem o fluxo gênico entre subpopulações, mas frequentemente existe algum grau de fluxo gênico apesar de tais barreiras. Nas subpopulações, um indivíduo pode ter uma chance de acasalar com outro membro do sexo oposto, mas indivíduos de subpopulações diferentes não podem fazer isso, a menos que haja migração. Subpopulações isoladas tendem a divergir, pois cada uma acumula mutações singulares. O fluxo gênico limita a divergência genética entre subpopulações. Uma das conse- quências genéticas da migração é a mistura genética, a mistura de genes que resulta quando os indivíduos têm ancestrais de mais de uma subpopulação. Esse fenômeno é comum em populações humanas, sendo fácil observá-, lo na Africa do Sul, onde há migrantes de todo o mundo. Como mostra a Figura 18.16, os genomas dos sul-africanos de ancestralidade mista são complexos e incluem partes da , população do sul da Africa mais contribuições de migrantes , , do Africa ocidental, da Europa, da India, do Leste Asiático e de outras regiões. Mensagem. A mutação é a fonte definitiva de toda variação genética. A migração pode acrescentar variação genética a uma população por meio de fluxo gênico proveniente de outra popu- lação da mesma espécie. Recombinação e desequilíbrio de ligação A recombinação é uma força crítica para moldar os padrões de variação genética em populações. Nesse caso, não há ganho nem perda de alelos; em vez disso, a recombinação cria novos haplótipos. Vamos ver como isso funciona. Consi- deremos os Zoei A e B ligados. Poderia ser uma população em 570 Introdução à Genética Migrantes de todo o mundo contribuíram para os genomas de alguns sul-africanos ~ +-' e e ~ ·- (/) -o ·- (!) ~ -o e <U ê E :;::::; o e e o (!) u Cl (/) o .~ -o ·- - C> <U (!) .a .... e ê (!) a.. Indivíduos D África do Sul • África ocidental • Europa D Leste Asiático • Índia 100 o Figura 18.16 Representação gráfic~ da mistura genética em 39 pessoas de ancestralidade mista da Africa do Sul. Cada coluna representa o genoma de uma pessoa e as cores representam as partes de seu genoma que foram contribuição de seus ancestrais, vindos de muitas regiões do mundo. A figura é baseada na análise genética de populações de mais de 800 microssatélites e SOO indels que foram classificados em quase 4.000 pessoas de todo o mundo, incluindo as , 39 de ancestralidade mista da Africa do Sul. [De 5. A. Tishkoff et ai., Science 324, 2009, 1035-1044.] que apenas dois haplótipos fossem encontrados na geração t0: AB e ab. Suponha que um indivíduo nessa população seja heterozigoto para esses dois haplótipos: A B a b Se ocorresse um crossing over nesse indivíduo, poderiam ser formados gametas com dois novos haplótipos, Ab e aB, que entrariam na população na geração t1• A B a B Assim, a recombinação pode criar uma variação que assume a forma de novos haplótipos. Os novos haplótipos podem ter propriedades únicas que alteram a função proteica. Por exem- plo, suponha que um aminoácido variante em uma proteína em um haplótipo duplique a atividade enzimática da proteí- na e um segundo aminoácido variante em outro haplótipo também duplique a atividade. Um evento de recombinação que combinasse essas duas variantes produziria uma proteí- na com atividade quatro vezes maior. Agora vamos considerar as frequências observadas e espe- radas dos quatro haplótipos possíveis para dois Zoei, cada um com dois alelos. Os Zoei ligados, A e B, têm alelos A e a e B e b, com frequências p A, pª' PB e pb, respectivamente. Os quatro haplótipos possíveis são AB, Ab, aB e ab, com as fre- quências observadas PAB' PAb' P aB e Pab· Com que frequência esperamos encontrar cada um desses quatro haplótipos? Se houver uma relação aleatória entre os alelosnos dois Zoei, então a frequência de qualquer haplótipo será o produto das frequências dos dois alelos que compõem aquele haplótipo: PAB = PA X PB PAb = PA X Pb paB = Pa X PB P ab = Pa X Pb Por exemplo, suponha que a frequência de cada um dos alelos seja de 0,5, ou seja, PA = pª= PB = pb = 0,5. Quando obtemos uma amostra do conjunto gênico, a probabilidade de retirar um cromossomo com um alelo A é de 0,5. Se a relação entre os alelos no Zocus A e os alelos no Zocus B for aleatória, então a probabilidade de que o cromossomo selecionado tenha o alelo B também será de 0,5. Portanto, a probabilidade de retirarmos um cromossomo com o haplótipo AB é p AB = p A X PB = 0,5 X 0,5 = 0,25 Se a associação entre os alelos nos dois Zoei for aleatória, con- forme descrito, diz-se que os dois Zoei estão em equilíbrio de ligação. Nesse caso, as frequências observada e esperada serão as mesmas. A Figura 18.17 apresenta o diagrama de um caso de dois Zoei em equilíbrio de ligação. Se a associação entre os alelos nos dois Zoei não for alea- tória, diz-se que os Zoei estão em desequilíbrio de ligação (LD). Nesse caso, um alelo específico no primeiro Zocus está associado a um alelo específico no segundo Zoeus mais fre- O desequilíbrio de ligação é a associação não aleatória entre dois loci (a} Equilíbrio de ligação -® ®- --® ®-- -® ®- -® ®- --@ ®-- --1@ @1-- -@ ®- -@ ®- PA = 0,5 Pa = 0,5 Pa= 0,5 Pb = 0,5 PAa = 0,25 PAb = 0,25 P88 = 0,25 Pab= 0,25 (b} Desequilíbrio de ligação -® ®- --® ®-- -® ®- -® ®- --@ ®-- --1@ @1-- -@ @- -@ @- PA = 0,5 Pa = 0,5 Ps= 0,5 Pb = 0,5 PAB = 0,5 PAb= O Pas= O Pab= O Figura 18.17 (a) Equ ilíbrio de ligação e (b) desequilíbrio de liga- ção para dois toei (A e 8). quentemente do que o esperado por acaso. A Figura 18.17b é um diagrama de um caso de LD completo entre dois loci. O alelo A está sempre associado ao alelo B, enquanto o alelo a está sempre associado ao alelo b. Não há cromossomos com haplótipos Ab ou aB. Nesse caso, as frequências observada e esperada não serão as mesmas. Podemos quantificar o nível de LD entre dois loci como a diferença (D) entre a frequência observada de um haplótipo e a frequência esperada diante de uma associação aleatória entre alelos nos dois loci. Se ambos os loci envolvidos têm dois alelos, então D= PAB - PAPB Na Figura 18.17a, D= O, pois não há LD, e na Figura 18.17b, D = 0,25, maior do que zero, indicando a existência de LD. Como surge o LD? Sempre que uma nova mutação ocorre em um locus, ela surge em um único cromossomo específico e, assim, liga-se (ou associa-se) instantaneamente a alelos especí- ficos em quaisquer loci vizinhos naquele cromossomo. Vamos considerar uma população em que há dois haplótipos: AB e Ab. Se surgir uma nova mutação (a) no locus A em um cro- mossomo que já tem o alelo b no locus B, então seria formado um novo haplótipo ab. Com o tempo, a frequência desse novo haplótipo ab aumentaria na população. Outros cromossomos na população teriam haplótipos AB ou Ab nesses dois loci, mas nenhum cromossomo teria aB. Portanto, os loci estariam em LD. A migração também pode causar LD quando uma subpopulação tem apenas o haplótipo AB e outra apenas o haplótipo ab. Quaisquer migrantes entre as subpopulações poderiam causar LD na subpopulação que os recebeu. O LD entre dois loci declinará com o tempo, à medida que os crossing overs entre eles randomizarem a relação entre seus alelos. A taxa em que isso acontece depende da frequência de recombinantes (FR) entre os dois loci nos gametas que formam a geração seguinte (veja o Capítulo 4). Na genética de populações, essa frequência é citada como a frequência de recombinação e é simbolizada pela letra r minúscula. Se D0 é o valor do desequilíbrio de ligação entre dois loci na geração atual, então o valor na geração seguinte (D1) é dado pela equação: D1 = D0(1 - r) Em outras palavras, o desequihôrio de ligação é medido pelo declínio de D a uma taxa de (1 - r) por geração. Quando r é pequena, D declina lentamente com o tempo. Quando r está em seu máximo (0,5), D declina pela metade a cada geração. Visto que LD cai em função do tempo e da fração de recombinação, os geneticistas de populações podem usar o nível de LD entre uma mutação e os loci circundantes para estimar o tempo em gerações desde que a mutação surgiu pela primeira vez na população. Mutações mais antigas têm pouco LD com os loci vizinhos, enquanto mutações recentes mostram alto nível de LD com loci vizinhos. Se você olhar de novo a Figura 18.14, verá que há LD considerável entre o SNP2 no G6PD e os SNP vizinhos. O SNP2 codifica a troca do aminoácido valina por metionina no alelo A-, que confere Capítu lo 18 I Genética de Populações 571 resistência à malária. Os geneticistas de populações usaram o LD no G6PD para estimar que o alelo A- surgiu há cerca de 10.000 anos. Até então, não se acreditava que a malária fosse , prevalente na Africa. Portanto, o A- surgiu por mutação ale- atória, mas foi mantido na população porque proporcionou proteção contra a malária. Mensagem. O desequilíbrio de ligação resulta do fato de que novas mutações surgem em um único haplótipo. O desequi líbrio de l igação diminui com o tempo por causa da recombinação. Deriva genética e tamanho da população A lei de Hardy-Weinberg nos diz que as frequências alélicas permanecem as mesmas de uma geração para a seguinte em uma população infinitamente grande. Contudo, as populações reais de organismos na natureza são finitas em vez de infini- tas. Nas populações finitas, as frequências alélicas se modi- ficam de uma geração para a seguinte em decorrência do acaso (erro de amostragem) quando gametas são retirados do conjunto gênico para formar a geração seguinte. A alteração das frequências alélicas entre gerações consequente a erro de amostragem denomina-se deriva genética aleatória ou simplesmente deriva. Vamos considerar um caso simples embora extremo - uma população composta por um único indivíduo heterozigoto (AI a) (N = 1) na geração t0• Vamos permitir a autofertilização. Nesse caso, o conjunto gênico pode ser descrito como tendo dois alelos, A e a, cada um presente na frequência de p = q = 0,5. O tamanho da população continua o mesmo, N = 1, na geração subsequente, t1• Qual é a probabilidade de que as frequências alélicas mudem ("derivem") para p = 1 e q = O na geração t1? Em outras palavras, qual é a probabilidade de que a população torne-se fixada para o alelo A, de modo que ela consista em um único indivíduo homozigoto AI A? Como N = 1, precisamos retirar apenas dois gametas do conjunto gênico para formar um único indivíduo. A probabilidade de retirarmos dois A é de p 2 = 0,52 = 0,25. Portanto, em 25o/o do tempo essa população irá "desviar-se" das frequências alélicas iniciais e fixar o alelo A após somente uma geração. O que acontece se aumentarmos o tamanho da população para N = 2 e o conjunto gênico ainda tiver p = q = 0,5? As frequências alélicas vão mudar para p = 1 e q = O na geração seguinte apenas se a população consistir em dois indivíduos AI A. Para isso acontecer, precisamos retirar quatro alelos A, cada um com uma probabilidade de p = 0,5, de modo que a probabilidade de que a próxima geração tenha p = 1 e q = O seja de p4 = (0,5)4 = 0,0625, ou pouco mais de 6º/o. Assim, uma população de N = 2 é menos propensa à deriva para fixação do alelo A do que uma população de N = 1. Em termos mais gerais, a probabilidade de uma população sofrer deriva para a fixação do alelo A em uma única geração é de p2N, e, portanto, essa probabilidade torna-se progressivamente menor à medida que o tamanho da população (N) aumenta. A deriva é uma força mais fraca em populações grandes. Deriva significa qualquer alteração nas frequências alé- licas devida a erro de amostragem, não à perda ou fixação 572 Introdução à Genética de um alelo. Em uma população de N = 500 com dois alelos em uma frequênciade p = q = 0,5, há 500 cópias de A e 500 cópias de a. Se a geração seguinte tiver 501 cópias de A (p = 0,501) e 499 cópias de a (q = 0,499), terá ocorrido deriva genética, embora um nível de deriva muito modesto. O Boxe 18.4 apresenta uma fórmula geral para calcular a probabilidade de observar um número específico de cópias de um alelo na geração seguinte, fornecidas as frequências na geração atual. Quando a deriva ocorre em uma população finita, é pos- sível calcular as probabilidades de diferentes resultados, mas não se pode prever com exatidão o desfecho específico que ocorrerá. O processo é como um jogo com dados. Em qual- quer locus, a deriva pode continuar a partir de uma geração para a seguinte até um alelo ser fixado. Também, em uma população específica, a frequência do alelo A pode aumentar da geração t0 para a geração t1, mas em seguida diminuir da geração t1 para a t2• A deriva não prossegue em um sentido específico para a perda ou a fixação de um alelo. As Figuras 18.18a e 18.18b mostram ensaios aleatórios simulados em computador (rolagem de dados) para seis populações de tamanho N = 10 e N = 500. Cada população começa tendo dois alelos em uma frequência de p = q = 0,5, em seguida os ensaios aleatórios prosseguem por 30 gera- ções. Primeiro, note que o processo é aleatório de uma gera- ção para a subsequente. Por exemplo, a frequência de A na população assinalada pela linha amarela na Figura 18.18a sal- ta para cima e para baixo de uma geração para a seguinte, com queda de p = 0,15 na t 16, mas então volta a subir para p = 0,75 na t 30• Em segundo lugar, se N = 10 ou N = 500, note que nenhuma das duas populações tem exatamente a mesma trajetória. A deriva é um processo aleatório, e não é possível observar exatamente o mesmo resultado com populações diferentes em muitas gerações, exceto quando N é muito pequeno. Terceiro, note que, quando N = 10, as populações ficaram fixadas (ou p = 1 ou p = O) antes da geração 20 em cinco dos seis ensaios. No entanto, quando N = 500, as popu- lações retiveram ambos os alelos em todos os seis ensaios, mesmo após 30 gerações. Além do tamanho da população, o destino de um alelo é determinado por sua frequência na população. Em termos específicos, a probabilidade de que um alelo sofra deriva para fixação em uma geração futura é igual à sua frequência na geração presente. Um alelo com frequência de 0,5 tem chance de 50:50 de fixar-se ou ser perdido da população em uma gera- ção futura. Pode-se ver o efeito da frequência alélica sobre o destino de um alelo na Figura 18.18c. Em 10 populações com frequência inicial de p = 0,1, oito populações perderam o alelo A, em uma ele foi fixado e uma reteve ambos os alelos após 30 gerações. Isso está muito perto da expectativa de que em 10o/o das vezes haverá fixação de A quando p = 0,1. O fato de que a frequência de um alelo é igual à sua pro- babilidade de fixação significa que a maioria das mutações surgidas recentemente acabará sendo perdida de uma popu- lação por causa da deriva. A frequência inicial de uma nova - • A • I' mutaçao no con1unto geruco e 1 2N Boxe 18.4 A frequência alélica é modificada pela deriva genética Considere uma população de N indivíduos diploides que segrega dois alelos A e a no locus A com frequências p e q, respectivamente. A população se acasala aleatoriamente e seu tamanho permanece o mesmo (N) em cada geração. Quando se obtém uma amostra do conjunto gênico para criar a próxima geração, o número exato de cópias obtidas do alelo A não pode ser previsto com exatidão por causa de erro de amostragem. No entanto, pode-se calcular a pro- babilidade de que um número específico de cópias de A seja obtido usando-se a fórmula binomial. Estabelecemos k como o número específico de cópias do alelo A. A probabi- lidade de obter k cópias é Prob(k) = ( 2N! ) pk q<ZN-k) k! (2N - k)! Se estabelecermos N = 10 e p = q = 0,5, então a probabilida- de de obter 10 cópias do alelo A é Prob(10) = ( 2º' ) O 51º0 5<20-10) =O 176 10!(20 - 10)! ' ' ' Portanto, em apenas 17,6°/o do tempo a geração seguinte terá a mesma frequência de A e a que a geração original. Podemos usar essa fórmula para calcular os desfechos de todos os valores possíveis de k e obter uma distribuição de probabilidade, mostrada na figura a seguir. Q) "O <O :o 0,2 = o 1 ..e ' <O ..e e a.. - - .. - o o 1 2 3 4 5 6 7 8 9 1 o 11 1213 14 15 16 17 18 19 20 Cópias de A Distribuição de probabilidade mostrando a probabilidade de que valores diferentes de A estarão presentes após uma geração. O desfecho isolado mais provável é não ocorrer deriva, com k = 10 e uma probabilidade de 0,176. Entretanto, todos os outros desfechos envolvem alguma deriva, de maneira que a probabilidade de que a população terá alguma deriva é de 0,824. Capítu lo 18 I Genética de Populações 573 A deriva genética aleatória é mais fraca em grandes populações (a} 1,0 N= 10 -s cu (.) •Q) cu . cu (.) 0,5 e <Q) :::l C'" [!! LL 10 20 30 Gerações (t) (b} 1,0 N=500 ºo 10 20 30 Gerações (t) (e} 1,0 N= 10 -s cu (.) •Q) cu cu 0,5 (.) e <Q) :::l ~ LL 10 20 30 Gerações (t) Figura 18.18 Simulações computadorizadas de deriva genética aleatória. Cada l inha colorida representa uma população simulada por 30 gerações. (a) N = 10, p = q = 0,5. (b) N = 500, p = q = 0,5. (c) N = 10, p = 0,1, q = 0,9. Mesmo que N seja apenas modestamente grande, como 10.000, a probabilidade de que uma nova mutação acabe por fixar-se é extremamente pequena: 1/2N = 1120.000 = 5 X 10-s. A probabilidade de que uma nova mutação acabe sendo perdida da população é 2N - 1 = l - 1 2N 2N que é quase 1 em grandes populações, sendo de 0,99995 em uma população de 10.000. A Figura 18.19a é uma representação gráfica do destino de novas mutações em uma população. O eixo x representa o tempo e o eixo y o número de cópias de um alelo. As linhas pretas mostram o destino da maioria das novas mutações. Elas surgem e logo são perdidas na população. As linhas colo- ridas mostram as poucas mutações novas "sortudas" que se fixaram. A partir da teoria genética de populações, sabe-se que o tempo médio necessário para que uma mutação tenha a sorte de ser fixada é de 4N gerações. A Figura 18.19b mostra uma população que corresponde à metade do tamanho da população na Figura 18.19a. Portanto, 4N gerações corres- pondem à metade do tempo e as novas mutações sortudas são fixadas mais rapidamente. Uma consequência importante da deriva é que alelos ligei- ramente deletérios podem chegar a fixar-se ou alelos vantajo- sos podem ser perdidos por esse processo aleatório. Suponha que um novo alelo surja em uma população e o indivíduo portador dele passe a ter um sistema imune mais forte. Esse indivíduo pode transmitir o alelo vantajoso para sua prole, 574 Introdução à Genética A deriva genética faz com que algumas mutações fixem-se com o tempo (a} 4N o 2N Q) (ij o "'C (/) Cll a. 'º (.) Q) "'C e Q) E •:J z o Tempo (b} o Q) 4N -Cll o 2N "'C (/) Cll a. 'º (.) Q) "'C e Q) o E Tempo •:J z Figura 18.19 (a) Representação gráfica do aparecimento, da perda e da incorporação final de novas mutações em uma população com o tempo, sob a ação da deriva genética. As linhas cinzentas mostram o destino da maioria das novas mutações, que surgem e então são perdidas pela população em algumasgerações. As linhas coloridas mostram o destino das poucas mutações "sortudas" cuja frequência con- tinua a aumentar até serem fixadas. (b) Uma população que tem a metade do tamanho da população da parte a. Em tal população, 4N gerações são a metade do tempo e as novas mutações sortudas são fixadas mais rapidamente. [Adaptada de J. Crow e M. Kimura, An lntroduc- tion to Population Genetics Theory, Harper and Row, 7970.] mas a prole pode morrer antes de se reproduzir devido a algum evento aleatório, como ser atingida por um raio.Ou, se o indivíduo portador do alelo favorável fosse heterozigoto, poderia transmitir apenas o alelo menos favorável para sua prole ao acaso. Ao calcular as probabilidades de diferentes desfechos sob deriva genética, vamos supor que os alelos A e a não con- firam diferenças na viabilidade ou no sucesso reprodutivo dos indivíduos que os carreiam. Suponhamos que os indiví- duos AI A, AI a e ai a tenham todos a mesma probabilidade de sobreviver e reproduzir-se. Nesse caso, A e a seriam denomi- nados alelos neutros (ou variantes) em relação um ao outro. A alteração nas frequências de alelos neutros com o tempo devido à deriva denomina-se evolução neutra. O processo de evolução neutra é o fundamento do relógio molecular, a taxa constante de substituição de variantes alélicas recém- surgidas por variantes preexistentes durante longos perío- dos (Boxe 18.15). A evolução neutra é distinta da evolução darwiniana, pois a frequência de alelos favoráveis aumenta porque os indivíduos portadores deles deixam prole maior. Vamos discutir a evolução darwiniana na próxima seção deste capítulo e no Capítulo 20. Até agora, consideramos a deriva no contexto de popu- lações que continuam do mesmo tamanho de uma geração para a seguinte. Na verdade, as populações frequentemente aumentam ou diminuem de tamanho com o passar do tempo. Por exemplo, subitamente pode formar-se uma nova popu- lação de tamanho muito menor quando um número rela- tivamente pequeno de membros de uma população migra para um novo local e estabelece uma nova população. Os migrantes, ou "fundadores", da nova população não carreiam todos os alelos presentes na população original ou carreiam os mesmos alelos, porém em frequências diferentes. A deriva genética causada pela amostragem aleatória da população original para criar a nova população é conhecida como efei- to fundador. Um dos muitos efeitos fundadores na história humana ocorreu quando as pessoas cruzaram o estreito de , Bering da Asia para as Américas durante a idade do gelo há cerca de 15.000 a 30.000 anos. Como resultado, a diversidade entre os indígenas americanos é mais baixa do que entre pessoas em outras regiões do mundo (Figura 18.20). O tamanho da população também pode mudar em um mesmo local. Um período de uma ou várias gerações suces- sivas de contração no tamanho da população é conhecido como gargalo populacional e ocorre em populações natu- rais devido a flutuações ambientais, como redução na oferta de alimentos ou aumento na predação. O lobo cinzento, o bisão norte-americano, a águia-calva, o condor da Califórnia, o grou-americano e muitas espécies de baleias são alguns exemplos familiares de espécies que sofreram gargalos recen- tes por serem caçadas ou terem seu habitat invadido por seres humanos. A redução no tamanho da população durante um gargalo aumenta o nível de deriva em uma população. Con- forme explicado antes neste capítulo, o nível de endocru- Boxe 18.5 O relógio molecular Visto que as espécies divergem ao longo do tempo, suas se- quências de DNA ficam cada vez mais diferentes conforme as mutações surgem e se fixam na população. Com que taxa as sequências divergem? Para responder a essa questão, con- sideremos uma população na geração t0• O número de mu- tações que irá aparecer na geração t1 é o produto do número de cópias da sequência no conjunto gênico (2N) vezes a taxa em que sofrem mutação(µ.,), ou seja, 2Nµ.,. Se uma mutação for neutra, então a probabilidade de que ela derive para fixa- ção é de 1/2N. A cada geração, 2N µ., novas mutações entram no conjunto gênico e 1!2N delas se fixará. O produto desses dois números é a taxa (k) em que as sequências evoluem: 1 k = 2Nµ X = µ 2N O valor de k é chamado taxa de substituição e é igual à taxa de mutação para mutações neutras. Se a taxa de mutação permanecer constante ao longo do tempo, então a taxa de substituição irá "sinalizar" regularmente como um relógio, o relógio molecular. Considere duas espécies A e B e seu ancestral comum. Vamos definir d como o número de substituições neutras em sítios de nucleotídios na sequência do DNA de um gene que ocorreram desde que A e B divergiram de seu ancestral. (/) Q) 10 ~ ffi C) E Q) 8. E , , ~ Ancestral comum Espécie A Espécie B zamento nas populações também depende do tamanho da população. Portanto, gargalos também causam aumento do nível de endocruzamento. O condor da Califórnia é um exemplo notável disso. Essa espécie habitava uma ampla área, mas na década de 1980 sua população reprodutiva era de apenas 14 aves vivendo em cativeiro. Agora há cerca de 300 indivíduos, mas a heterozi- gosidade média no genoma caiu 8o/o durante o gargalo inicial. Além disso, um alelo recessivo deletério para uma forma letal de nanismo ocorre com frequência de cerca de 9°/o entre os animais sobreviventes, presumivelmente como resultado da deriva de uma frequência menor na população pré-gargalo. Para resolver esses problemas, os biólogos conservacionis- tas elaboraram um programa de cruzamento dos animais em cativeiro para minimizar endocruzamentos adicionais e remover alelos deletérios da população. O Boxe 18.6 apresenta uma discussão sobre o gargalo bem caracterizado que ocorreu durante a domesticação de espécies cultiváveis, explicando por que nossas plantações têm muito menos diversidade genética do que seus ancestrais selvagens. Capítu lo 18 I Genética de Populações 575 O valor esperado de d será o produto da taxa (k) em que ocorrem as substituições e duas vezes o tempo em gerações (2t) durante o qual a substituição se acumulou. O 2 é ne- cessário porque há duas linhagens levando ao afastamento do ancestral comum. Assim, temos d= 2tk Essa equação pode ser reescrita como t = _E_ 2k mostrando como podemos calcular o tempo em gerações desde a divergência de duas espécies se conhecemos d e k. A taxa de mutação de SNP por geração(µ.,) é conhecida em muitos grupos de organismos (Tabela 18.5) e é ames- ma que a taxa de substituição (k) para mutações neutras. , E possível sequenciar um ou mais genes de duas espécies e determinar a proporção de sítios nucleotídicos silencio- sos (neutros) em que eles diferem e usar essa proporção como uma estimativa para d. Assim, pode-se calcular o tempo desde que duas sequências (duas espécies) divergi- ram usando-se o relógio molecular. Entre seres humanos e chimpanzés, há cerca de 0,018 de diferenças de bases em sítios sinônimos em sequências codificadoras. A taxa de mutação de SNP em seres humanos é de 3 X 10-s e o tempo de geração é de cerca de 20 anos. Usando-se esses valores e a equação anterior, o tempo de divergência estimado dos seres humanos em relação aos chimpanzés é de 6 milhões de anos. Esses cálculos partem do princípio de que as subs- tituições são neutras e a taxa de substituição foi constante ao longo do tempo. Mensagem. O tamanho da população é um fator fundamental que afeta a var iação genética nas populações. A deriva genética é mais forte em populações pequenas do que nas grandes. A probabil idade de que um alelo se fixe (ou sej a perdido) em uma população por deriva depende de sua frequência na população e do tamanho desta. A maioria das novas mutações neutras é perdida das populações por causa de deriva. Seleção Até agora, vimos como novos alelos entram em uma população mediante mutação e migração e como se fixam (ou são perdi- dos) em uma população por deriva aleatória. Mas a mutação, a migração e a deriva não podem explicar por que os organismos parecem tão bem adaptados aos seus respectivos ambientes. Não podem explicar as adaptações, aspectos da forma ou da fisiologia de um organismo que lhe permitem enfrentar melhor as condições ambientais em que vive. Para explicar a origem das adaptações, Charles Darwin, em 1859, em seu livro histórico A Origem das Espécies, propôs que as adaptações 576 Introdução à Genética As populações humanas têm níveis diferentes de diversidadegenética o a. 0,8 , +-' 'º a. • cu ..r::. ~ i Q) 0,7 -e Q) -g • -e • • ·- 0,6 (/) •• o C"l • ·-N e • Q) 0,5 Q) • • I 0,5 0,6 0,7 0,8 Heterozigosidade de microssatélite • África • Europa • Oriente Médio • Ásia Central/ Sul da Ásia • Leste Asiático • Oceania • Américas Figura 18.20 O gráfico da heterozigosidade de haplótipo versus a heterozigosidade de microssatélite mostra a diversidade genética em diferentes grupos geográficos de seres humanos. A diversidade genética é menor nos americanos nativos devido ao efeito fundador. [De D . F. Conrad et ai., Nat. Genet. 38, 2006, 1251-1260.] Boxe 18.6 O gargalo da domesticação Até 10.000 anos, nossos ancestrais em todo o mundo ca- çavam animais selvagens e colhiam vegetais comestíveis selvagens. Naquela época, as sociedades humanas come- çaram a desenvolver a agricultura e a pecuária. As pesso- as pegavam plantas e animais selvagens locais, cultivavam plantações e domesticavam os animais. Alguns dos prin- cipais cultivas domesticados que remontam àquela época ; incluem o trigo no Oriente Médio, o arroz na Asia, o sorgo ; na Africa e o milho no México. Quando os primeiros fazendeiros colhiam sementes sel- vagens para começar a cultivá-las, eles retiravam uma amos- tra do conjunto gênico selvagem. Tal amostra tinha apenas um subconjunto da variação genética encontrada na planta selvagem. Era como se as populações domesticadas passas- sem por um gargalo. Em consequência, as plantas cultivadas e os animais domesticados tipicamente tinham menos varia- ção genética do que seus progenitores selvagens. O cultivo científico moderno de plantas com vistas ao aprimoramento dos vegetais criou um segundo gargalo. Ao obter amostras do conjunto gênico das variedades tradicio- nais de plantas, os agricultores modernos criaram varieda- des de elite com traços de valor comercial, como alta produ- ção e adequação à coleta e ao processamento mecânicos. Em consequência, as variedades de elite ou modernas têm ainda menos variação genética do que as variedades tradicionais. A perda de variação genética resultante do gargalo da domesticação e do melhoramento pode ser uma ameaça. surgem pela ação de outro processo, a que denominou "seleção natural". Nesta seção, vamos explorar o papel da seleção natu- ral na modulação da variação genética nas populações. Depois, no Capítulo 20, vamos considerar os efeitos da seleção natural na evolução de genes e traços por longos períodos. Vamos definir seleção natural como o processo pelo qual indivíduos com determinadas características hereditárias têm maior probabilidade de sobreviver e reproduzir-se do que ou- tros sem tais características. Conforme delineado por Darwin, o processo funciona da seguinte maneira. Em cada geração, nascem mais indivíduos do que os que conseguem sobreviver e reproduzir-se no ambiente. A natureza tem um mecanismo (mutação) para gerar novas formas ou variantes hereditárias. Os indivíduos com variantes específicas de algumas caracterís- ticas têm maior probabilidade de sobreviver e reproduzir-se. Os indivíduos com características que aumentam sua capacidade de sobrevivência e reprodução transmitem tais característi- cas para sua prole. Com o tempo, a frequência dessas carac- terísticas na população aumentará. Portanto, as populações mudam com o tempo (evoluir), na medida em que o ambiente (a natureza) favorece (seleciona) características que acentuam a capacidade de sobreviver e se reproduzir. Essa é a teoria de Darwin da evolução por meio da seleção natural. Como há menos alelos por locus, as plantas cultivadas têm um repertório menor de alelos nos genes de resistência a doenças e potencialmente maior suscetibilidade a patóge- nos emergentes. Para reduzir essa vulnerabilidade, os cria- dores fazem cruzamentos entre as variedades modernas e seus parentes selvagens (ou variedades tradicionais) para reintroduzir alelos de importância crítica nas plantações modernas. Selvagem • • º•º . •ºº•. o •• • o • • o• e • Domesticação Tradicional • • º•º . • ºº • . o • • • o • •o•• Aprimoramento Elite o • º•º . •ºº •. o •• o o • Gargalos da domesticação e do aprimoramento dos cultivos. Os pontos coloridos representam alelos diferentes. [M. Yamasaki et al. , Plant Cell 17, 2005, 2859-2872.] Com frequência, a evolução darwiniana é descrita pela expressão "a sobrevivência do mais apto", que pode ser engana- dora. Um indivíduo fisicamente forte, resistente a doenças e que tem uma vida longa mas não tem prole não é adaptado no sentido darwiniano. A adaptabilidade darwiniana refere- se à capacidade de sobreviver e se reproduzir. Ela considera tanto viabilidade como fecundidade. Uma medida da adap- tabilidade darwiniana é simplesmente o tamanho da prole de um indivíduo. Essa medida denomina-se adaptabilidade absoluta e vamos simbolizá-la com um W maiúsculo. No caso de um indivíduo sem prole, W é igual a O, no de um indivíduo com um descendente, W é igual a 1, no de um indivíduo com 2 descendentes, W é igual a 2 e assim por diante. W também é o número de alelos em um locus com que um indivíduo contribui para o conjunto gênico. A adaptabilidade absoluta mistura o tamanho da popula- ção e diferenças no sucesso reprodutivo entre indivíduos. Os geneticistas de populações estão interessados primariamente no último, motivo pelo qual usam uma medida denominada adaptabilidade relativa (simbolizada por um w minúscu- lo), que é a adaptabilidade de um indivíduo em relação à de algum outro, em geral o mais adaptado na população. Se o indivíduo X tiver dois descendentes e o indivíduo mais adaptado, Y, tiver 10, então a adaptabilidade relativa de X é w = 2110 = 0,2. A adaptabilidade relativa de Y é w = 10110 = 1. Para cada 10 alelos com que Y contribui para a próxima geração, X contribuirá com dois. O conceito de adaptabilidade aplica-se tanto aos genótipos quanto aos indivíduos. A adaptabilidade absoluta do genóti- po AI A (WA1A) é o número médio de descendentes dos indi- víduos com aquele genótipo. Se soubermos adaptabilidade absoluta de todos os genótipos em um locus, poderemos cal- cular a adaptabilidade relativa de cada um dos genótipos. Vamos ver como as frequências alélicas podem mudar ao longo do tempo quando genótipos diferentes têm adaptabili- dades diferentes, ou seja, quando a seleção natural entra em ação. Seguem-se as adaptabilidades e as frequências genotí- picas de três genótipos no locus A em uma população. Nesse caso, A é um alelo dominante favorecido, pois as adaptabi- lidades dos indivíduos AI A e AI a são iguais e superiores as dos indivíduos ala. Vamos supor que essa população segue a lei de Hardy-Weinberg, com p = 0,1 e q = 0,9. AIA Ala ala Número médio de prole (W) 10 10 5 Adaptabilidade relativa ( w) 1,0 1,0 0,5 Frequência genotípica 0,01 0,18 0,81 A contribuição relativa de cada genótipo para o conjunto gênico é determinada pelo produto de seu valor adaptativo e sua frequência. Quanto mais adaptado e maior a frequência de um genótipo, mais ele contribui. Genótipo Contribuição relativa AIA Ala 1 X 0,01 1 X 0,18 =o 01 =o 18 ' ' ala 0,5 X 0,81 = 0,405 Soma 0,595 Capítu lo 18 I Genética de Populações 577 As contribuições relativas não somam 1, de modo que pre- cisamos redimensioná-las dividindo cada uma pela soma de todas as três (0,595) para obtermos as frequências esperadas genotípicas que contribuem para o conjunto gênico. Genótipo AIA Ala ala Soma Frequências genotípicas 0,02 0,30 0,68 1,0 Usando essas frequências genotípicas esperadas e a lei de Hardy-Weinberg, podemos calcular as frequências dos alelos na geração seguinte: p' = 0,02 + (t X 0,3) = 0,17 e q, = 0 68 + (! X 0 3) = 0 83 ' 2 ' ' A diferença entre p' e q' (~p = p' - p) é 0,17 - 0,1 = 0,07, de modo que concluímos que o alelo A aumentou 7°/o em uma geração devido à seleção natural. No Boxe 18.7, apresentamos as equações padrões para calcular alterações nas frequências alélicasao longo do tempo, devidas à seleção natural. Poderíamos seguir esse processo de maneira recursiva, usando as frequências alélicas da primeira geração para cal- cular aquelas na segunda geração, e em seguida usando as da segunda para calcular as da terceira e assim por dian- te. Se colocássemos em um gráfico p pelo tempo medido em número de gerações (t), teríamos um quadro do tempo que as frequências alélicas levam para mudar sob a força da seleção natural. A Figura 18.21 mostra um gráfico desse tipo tanto para um alelo dominante favorecido quanto para um alelo recessivo favorecido. O alelo dominante aumenta As frequências alélicas mudam sob a força da seleção natural 1,0 Dominante ro favorecido ·º •Q) ro ro ·g 0,5 <Q) ::i C'" ~ LL Recessivo favorecido º~~:::::=---- º 200 400 600 Tempo em gerações Figura 18.21 Mudança na frequência alélica de um alelo dominan- te favorecido (em vermelho) e um alelo recessivo favorecido (em azul) impulsionada por seleção natural no decorrer de 600 gerações. 578 Introdução à Genética Boxe 18.7 O efeito da seleção sobre as frequências alélicas A seleção causa alteração nas frequências alélicas entre gerações porque alguns genótipos contribuem com mais alelos para o conjunto gênico que outros. Vamos descre- ver um conjunto de equações para prever as frequências gênicas na geração seguinte quando a seleção natural está em ação. As frequências genotípicas e o valor adaptativo absoluto são simbolizados como segue: , . genotlpo frequência adaptabilidade absoluta AIA p2 WAIA Ala 2pq a/a q2 Yfu1a O número médio de alelos com que indivíduos de determi- nado genótipo contribui é a frequência do genótipo vezes a adaptabilidade absoluta. Se N for o tamanho da população, o número total de alelos com que todos os indivíduos de determinado genótipo contribuem é N multiplicado pelo número médio de alelos com que indivíduos de determi- nado genótipo contribui: número médio número total 2pq WA/a q2Wa/a N (2pq) WA/a N ( q2) Yfu1a Assim, o conjunto gênico terá número de alelos A= N(p2)WAIA + ~ [N (2pq)WA1a] número de alelos a= N(q2)Wa1a + ~[N(2pq)WNa] A adaptabilidade média da população é W = p2WNA + 2pqWA!a + q2Wa!a que é o número médio de alelos com que os indivíduos contribuiram para o conjunto gênico. NW é o número total de alelos no conjunto (pool) gênico. Agora podemos calcular a proporção de alelos A no con- junto gênico da próxima geração como 1 Np2~JA + J\Pq~/a p= - NW Essa equação se reduz a 1 P~JA +q~/a p =p - w rapidamente no início, mas então atinge um platô e só lenta- mente aproxima-se da fixação. Assim que o alelo dominante favorecido atinge uma alta frequência, o alelo recessivo des- favorecido ocorre principalmente em heterozigotos e rara- mente em homozigotos com adaptabilidade reduzida, de modo que a seleção é inefetiva no sentido de eliminá-lo da população. O recessivo favorecido comporta-se da maneira oposta - aumenta lentamente em frequência no início, pois homozigotos ai a com adaptabilidade aumentada são raros, Note a expressão p WAIA + q WAia· Ela representa a adaptabili- dade alélica ou adaptabilidade média de alelos A (WA): WA = pWAIA + qWA/a A partir da lei de Hardy-Weinberg, sabemos que uma pro- porção p de todos os alelos A está presente em homozigo- tos com outro A, caso em que eles têm uma adaptabilidade de WA1A, enquanto uma proporção q de todos os alelos A está presente nos heterozigotos com a e tem uma adapta- bilidade de WNa· Substituindo-se ~na equação anterior, obtemos w p'= p A w Essa equação pode ser usada para calcular a frequência de A na geração seguinte e usada de maneira recursiva para acompanhar a alteração em p ao longo do tempo. Embora tenhamos obtido essas fórmulas usando o valor adaptativo absoluto, em geral não estamos interessados no tamanho da população, de modo que usamos formas des- sas equações com adaptabilidade relativa: - 2 2 2 W= p WA!A + pqwA/a +q Wa/a WA = pwA!A +qwA/a w p' = p ! w Por fim, podemos expressar alteração na frequência alélica entre gerações como w f1p = p' - p = p _A - p w _ p(wA - w) -w Mas w, a adaptabilidade relativa média da população, é a média de w A e wª' que são as adaptabilidades alélicas de A e a, respectivamente: w =pwA + qwª Substituindo-se essa expressão para w na fórmula por tip e lembrando que q = 1 - p, obtemos mas prossegue mais rapidamente depois para a fixação. Como a classe heterozigota tem adaptabilidade reduzida, o alelo dominante desfavorecido por fim pode ser eliminado da população. Formas de seleção A seleção natural pode operar de várias maneiras diferentes. A seleção direcional, que já discutimos, move a frequência de um alelo em uma direção até que ele alcance fixação ou seja perdido. A seleção direcional pode ser positiva ou purifi- cadora. A seleção positiva faz com que uma nova mutação ou um novo alelo favoráveis atinjam alta frequência. Esse tipo de seleção atua quando evoluem novas adaptações. Ocorre uma varredura seletiva quando um alelo favorável consegue fixar-se. A seleção direcional também pode funcionar para remover mutações deletérias da população. Essa forma de seleção, denominada seleção purificadora, impede a degra- dação ou perda de características adaptativas existentes. A seleção nem sempre prossegue de maneira direcional até a perda ou fixação de um alelo. Se a classe heterozigota tem maior adaptabilidade do que as classes homozigotas, então a seleção natural irá favorecer a manutenção de ambos os alelos na população. Nesse caso, o locus está sob seleção balanceadora e a seleção natural moverá a população para um ponto de equihôrio no qual os dois alelos sejam mantidos na população (veja o Capítulo 20) . As formas diferentes de seleção têm uma assinatura distinta na sequência de DNA perto do locus-alvo em uma população. Por exemplo, a seleção positiva pode ser detectada nas sequências de DNA por seus efeitos sobre a diversidade genética e o desequihôrio de ligação. A Figura 18.22 mostra esquemas de haplótipos antes e após um episódio de seleção positiva. No painel que mostra os haplótipos antes da sele- ção, a região entre os colchetes tem muitos polimorfismos e múltiplos haplótipos. No entanto, após a seleção, há apenas um único haplótipo nessa região e, portanto, nenhum poli- morfismo. Quando a seleção é aplicada ao sítio-alvo (mos- trado em vermelho), o alvo e os sítios vizinhos podem todos ser varridos para fixação antes que a recombinação quebre o haplótipo em que a mutação favorável ocorreu primeiro. O resultado é uma diversidade menor e LD maior perto do ' alvo. A medida que a distância do alvo aumenta, há mais oportunidade para recombinação, e assim a diversidade volta gradualmente. A seleção positiva deixa uma assinatura distinta Haplótipos antes da seleção ,........,____. ___ ,. A B A 8 Varredura seletiva Figura 18.22 Representação esquemática de haplótipos encon- trados em uma população antes e após um alelo favorecido (em vermelho) ser varrido para fixação. Existem no total 11 toei. Há dois alelos (em vermelho e c inza) no locus que foi o alvo da seleção. Há dois alelos (negro e c inza) em cada locus l igado ao /ocus-alvo. Após a seleção, o alvo e alguns sítios v iz inhos foram todos varridos para fixação. Capítulo 18 I Genética de Populações 579 A Figura 18.23 mostra o padrão de diversidade na região que circunda o gene SLC24A5 em seres humanos. Esse gene influencia a deposição da melanina na pele. Quando as pesso- ; as migraram da Africa para a Europa, uma varredura seletiva no SLC24A5 causou perda de toda a diversidade nesse locus. Em consequência, há um único alelo e um único haplótipo nesse locus na Europa. O único alelo que foi selecionado na Europa produz pele de cor mais clara. Afastando-se do gene em qualquer direção, o número de haplótipos aumenta nas populações europeias desde que a recombinação acabou como desequihôrio de ligação entre o SCL24A5 e sítios mais dis- tantes. A pele clara seria uma adaptação às latitudes do norte. As pessoas são capazes de sintetizar vitamina D, mas para fazê-lo precisam absorver radiação ultravioleta através da pele. Nas latitudes equatoriais, as pessoas ficam expostas a altos níveis de luz UV e podem sintetizar vitamina D mesmo com a pele bastante pigmentada. Quanto maior a distância do equador, menos são expostas à luz UV e a pele mais clara facilita a síntese de vitamina D nessas latitudes. A Tabela 18.6 lista alguns dos genes que mostram evidên- cias de seleção natural nos seres humanos modernos. Esses genes se encaixam em algumas categorias básicas. Um grupo fortalece a resistência a patógenos. Os genes G6PD, pynulo e Hb (hemoglobina B, o gene da anemia falciforme) ajudam os seres humanos a se adaptarem à ameaça de malária. A Figura 18.11b mostra que a frequência de pynulo é maior na ; parte central da Africa, onde também é encontrada a maior prevalência de malária, sugerindo que a seleção direcionou o pynulo para sua maior frequência na região onde a pressão de seleção é maior. Recentemente, geneticistas descobriram o gene CCR5 (receptor de quimiocina 5), que tem um ale- lo ( CCR5-ô.32) que fornece resistência à AIDS. Esse alelo é agora um alvo de seleção natural. Enquanto houver patóge- nos, a seleção natural continuará a operar nas populações humanas. Na Europa, uma varredura seletiva causou perda de toda a diversidade no locus SLC24A5 6 S2- 0,3 ~ e: 0,2 <Q) C') Q) "O <U :o ~ 0,1 Q) .> o América r-'+'"'\ África Leste Asiático 50 150 200 SLC24A5 Distância em quilopares de bases Figura 18.23 Diversidade gênica em grupos humanos continen- tais ao longo de um segmento de 2 milhões de pb do cromosso- mo humano 15 que circunda o gene SLC24A5. [De Human Diversity Genome Project, www.hgdp.uchicago.edu.] 580 Introdução à Genética Tabela 18.6 Alguns genes que exibem evidências de seleção natural em populações humanas específicas. Gene Traço presumído População EDA2R (receptor A2 da ectodisplasina) EDAR (receptor A da ectodisplasina) pynulo (antígeno Duffy) G6PD (glicose-6-fosfato-desidrogenase) Hb (hemoglobina B) KITLG (ligante KIT) LARGE (glicosiltransferase) Padrão de calvície masculina Morfologia capilar Resistência à malária Resistência à malária Resistência à malária Pigmentação da pele Resistência à febre de Lassa Europeia Leste Asiático Africana Africana Africana Leste Asiático e europeia Africana LCT (lactase) Persistência da lactase; capacidade de digerir o açúcar do leite como um adulto Africana, europeia LPR (receptor de leptina) MC1R (receptor de melanocortina) MHC (complexo de histocompatibilida- de principal) Processamento de gorduras dietéticas Pigmentação dos pelos e da pele Leste Asiático Leste Asiático Resistência a doenças infecciosas Várias OCA2 (albinismo oculocutâneo) PPARD (receptor delta de peroxissomo ativado por proliferador) Pigmentação da pele e cor dos olhos Processamento de gorduras dietéticas Europeia Europeia SI (sacarase-isomaltase) SLC24A5 (portador de soluto da família 24) Metabolismo da sacarose Pigmentação da pele Leste Asiático Europeia e Leste Asiático TYRP1 (proteína relacionada com a tiro sinas e 1) Pigmentação da pele Europeia Fon te: P. C. Sabeti et al., Science 312, 2006, 1614-1620; P. C. Sabeti et al., Nature 449, 2007, 913-919; B. F. Voight et al., PLoS Biology 4, 2006, 446-458; J. K. Pickrell et al., Genome Research 19, 2009, 826-837. Outro grupo de genes selecionados na Tabela 18.6 adap- ta as pessoas às dietas regionais. Há cerca de 10.000 anos, todos os seres humanos eram caçadores e colhedores. Mais recentemente, a maioria dos seres humanos passou a cultivar alimentos, mas há diferenças regionais na alimentação. No , norte da Europa e em partes da Africa, os derivados do leite constituem parte substancial da alimentação. Na maioria das populações, a enzima lactase que digere o açúcar do leite (lactose) expressa-se durante a infância mas deixa de ser pro- duzida nos adultos. No entanto, em regiões da Europa e na , Africa, onde os adultos bebem leite, a frequência de alelos especiais do gene da lactase que continuam a expressar a enzima lactase durante a idade adulta aumentou devido à seleção natural. Por fim, a Tabela 18.6 inclui alguns genes para adaptação ao clima, entre eles o da pigmentação da pele, como o SLC24A5 citado anteriormente. Enquanto a seleção direcional causa perda de variação genética na região em torno do locus-alvo, a seleção balan- ceadora pode evitar a perda de diversidade por deriva gené- tica aleatória, resultando em regiões de diversidade genética incomumente alta no genoma. Uma região de alta diversidade genética circunda o complexo de histocompatibilidade princi- pal (MHC) no cromossomo 6. A Figura 18.24 mostra um pico distinto no número de SNP no MHC. Esse complexo inclui os genes do antígeno leucocitário humano (HLA) envolvidos no reconhecimento dos patógenos (e na resposta a eles) pelo sistema imune. A seleção balanceadora é uma hipótese propos- ta para explicar a alta diversidade observada no MHC. Como os heterozigotos têm dois alelos, podem ser resistentes a um repertório maior de tipos patogênicos, o que constitui uma vantagem para os heterozigotos em termos de adaptação. Por fim, a seleção pode ser imposta por outro agente além da natureza. Os seres humanos impuseram a seleção no pro- cesso de domesticação e aprimoramento de plantas cultiva- das e animais. Essa forma de seleção denomina-se seleção artificial. Nesse caso, os indivíduos com traços que os seres humanos preferem contribuem com mais alelos para o con- junto (pool) gênico do que os indivíduos com traços desfavo- A seleção balanceadora pode levar a regiões de diversidade genética incomumente alta .o ~ o ~ a.. 100 z C/) MHC 10 20 30 40 50 Distância em megapares de bases Figura 18.24 Número de sítios segregantes (5) ou SNP em janelas de 20 quilopares de bases ao longo do braço curto do cromossomo humano 6. Há um pico de alta diversidade no locus do MHC. [De lnternational HapMap Project, www.hapmap.org.J ráveis. Com o tempo, a frequência dos alelos que conferem os traços favorecidos aumenta na população. As muitas raças de cães e vacas leiteiras e variedades de plantas de jardim e cereais são produtos de seleção artificial. Mensagem. A seleção natural é uma força que tanto pode direcionar alelos favoráveis em um locus para fixação quanto manter múltiplos alelos em um locus em uma população. A sele- ção deixa uma assinatura no genoma, na forma de um padrão de diversidade genética em torno do alvo da seleção. Os geneticistas de populações identificaram um número de genes que foram alvos de seleção em seres humanos. Equilíbrio entre mutação e deriva Consideramos as forças que regulam a variação nas popu- lações individualmente. Agora, vamos considerar os efeitos opostos da mutação e da deriva, a primeira acrescentando variação e a última removendo-a das populações. Quando essas duas forças estão equilibradas, uma população pode alcançar um equilfbrio em que a perda e o ganho de varia- ção são iguais. Vamos usar a heterozigosidade (H) como uma medida de variação. Lembre-se de que H ficará perto de zero quando uma população estiver próxima da fixação de um único alelo (variação baixa) e se aproximará de 1 quando houver muitos alelos de frequência igual (alta variação). " Vamos usar H com acento circunflexo, Ri. como sfmbolo do valor de equilfurio de H. Para encontrar H, vamos começar com duas equações matemáticas: uma que relaciona a alte- ração de Hem relação ao tamanho da população (deriva) e outra que relaciona a mudança em H com a taxa de mutação. Podemos, então, estabelecer que essas equações se igualam " e determinar H. Primeiro, precisamos de uma equação para o declínio na variação (H) entre geraçõescomo uma função do tamanho da população (deriva). Desenvolvemos tal equação no Boxe 18.3 ao discutirmos o endocruzamento: Essa equação aplica-se aos efeitos da deriva e do endocruza- mento. A partir dela, segue-se que a mudança em H entre gerações causada pela deriva é Mi=H - H ' = 1 H 2N Segundo, precisamos de uma equação para o aumento na variação, conforme medido por H, entre gerações devido à mutação. Qualquer nova mutação aumentará a heterozigosi- dade em uma taxa proporcional à frequência de homozigotos na população (1 - H) vezes a taxa em que a mutação os converte em heterozigotos (2µ,). (O 2 é necessário porque há dois alelos que poderiam sofrer mutação em um diploide.) Portanto, a alteração em H entre gerações em decorrência de mutação é MI = 2µ,(1 - H) Quando a população atinge um equilfurio, a perda de hete- rozigosidade por meio de deriva irá igualar-se ao ganho por mutação. Assim, temos Capítu lo 18 I Genética de Populações 581 - 1 ÍI = 2µ(1 - ÍI) 2N que pode ser reescrita como ÍI= 4Nµ 4Nµ+ 1 " Esta equação fornce o valor de equilfurio de H quando a per- da por deriva e o ganho por mutação estão em equilfbrio. Esta equação aplica-se apenas à variação neutra, ou seja, estamos supondo que a seleção não está atuando. Também supomos que cada mutação nova produz um único alelo. Expressões como essa são úteis quando temos estimativas para duas das variáveis e gostaríamos de saber a terceira. Por exemplo, a diversidade nucleotídica (H no nível de nucleotí- dio) em sequências não codificadoras, que em grande parte são neutras, é de cerca de 0,0013 nos seres humanos eµ nos seres humanos é 3 X 10-s (Tabela 18.5). Usando esses valores e resolvendo a última equação para N, temos uma estima- tiva do tamanho da população humana de 10.498 pessoas. Essa estimativa está bem abaixo dos 6,8 bilhões que somos hoje. O que está errado? Essa é uma estimativa do valor de equilfbrio. Os seres humanos modernos são um grupo jovem, com apenas cerca de 150.000 anos de idade. Nos últimos 150.000 anos, nossa população cresceu muito à medida que ocupamos o globo, mas a mutação é um processo lento, de modo que a diversidade genética não se manteve e a popula- ção humana não está em equilfurio. O tamanho da população de 10.498 representa uma estimativa de nosso tamanho his- tórico, ou de quantos membros em idade reprodutiva havia há cerca de 150.000 anos. Equilíbrio entre mutação e seleção As frequências alélicas também podem alcançar um equilí- brio estável quando a introdução de novos alelos por mutação repetida é balanceada por sua remoção por seleção natural. , E provável que esse equihôrio explique a persistência de doenças genéticas como polimorfismos de nível baixo em populações humanas. Novas mutações deletérias surgem constantemente de maneira espontânea e podem ser com- pletamente recessivas ou parcialmente dominantes. A sele- ção as remove da população, mas há equilfurio entre seu surgimento e sua remoção. Vamos começar com o caso mais simples - a frequência de um recessivo deletério quando é alcançado um equihôrio entre mutação e seleção. Para tanto, é conveniente expres- sar o valor adaptativo relativo em termos do coeficiente de seleção (s), que é a desvantagem seletiva (ou perda de adap- tabilidade) de um genótipo: 1'V;,/a Wa/a 1 1 1-s Então, como mostrado no Boxe 18.8, a equação para a fre- quência de equihôrio de um alelo recessivo deletério é " ff q = s 582 Introdução à Genética Boxe 18.8 Equilíbrio entre seleção e mutação Se q é a frequência do alelo a deletério e p = 1 - q é a fre- quência do alelo normal A, então a alteração na frequência alélica devida à taxa de mutação µ é dqmut = JLP Um modo simples de expressar a adaptabilidade dos genó- tipos no caso de um alelo recessivo deletério a é a fórmula wAIA = WAia = 1,0 e Wa;a = 1 - s, na qual s, o coeficiente de seleção, é a perda da aptidão nos homozigotos recessivos. Agora podemos substituir esses valores adaptativos em nossa expressão geral para a mudança da frequência aléli- ca (Boxe 18. 7) e obter - pq(sq) - spqz b.q el = = -=----=-- s 1 - sq2 1 - sq2 Esta equação mostra que a frequência no equilíbrio depende da razão µ/s. Quando a taxa de mutação de A~ a é maior e a desvantagem seletiva menor, haverá aumento da frequência de equilfurio (q) de um alelo recessivo deletério. Como exem- plo, um alelo letal recessivo (s = 1) que surge por mutação a partir do alelo selvagem na taxa deµ= 10-6 terá frequência de equilíbrio de 10-3• Vamos considerar o equilfurio entre seleção e mutação para o caso um pouco mais complicado de um alelo deletério parcialmente dominante - ou seja, um alelo com algum efeito deletério nos heterozigotos, bem como seu efeito nos homo- zigotos. Vamos definir h como o grau de dominância do alelo deletério. Quando h é 1, o alelo deletério é completamente dominante, e, quando h é O, o alelo deletério é totalmente recessivo. Então, as adaptabilidades são WA/a 1 - hs Wa1a 1 - s na qual a é um alelo deletério parcialmente dominante. Uma derivação similar à do Boxe 18.8 nos dá q= _g_ hs Eis um exemplo. Se µ = 10-6 e o alelo letal não for totalmente recessivo, mas causa So/o de redução na adaptabilidade dos heterozigotos (s = 1, h = 0,05), então q = l!:_ = 2 X 10-5 hs Tal resultado é duas ordens de magnitude menor do que a frequência de equilfurio para o caso puramente recessivo descrito antes. Então, em geral, podemos esperar que alelos deletérios completamente recessivos tenham frequências muito maiores do que aquelas de alelos parcialmente domi- nantes, porque os alelos recessivos estão protegidos nos hete- rozigotos. Equilfbrio significa que o aumento na frequência alélica devido a mutação equilibra-se exatamente com a resolu- ção na frequência alélica devida à seleção, portanto A - spq2 µp = 1 "2 - sq A frequência de um alelo recessivo deletério (q) no equilí- brio será bastante pequena, 1 - sq2 = 1, e temos µp = - spq2 no equilfurio. Mensagem. A variação genética em populações representa um equilíbrio entre forças opostas: mutação e migração, que acres- centam nova variação, versus deriva e seleção, que removem a variação. A seleção balanceadora também mantém a variação nas populações. Como resultado desses processos, as frequências alélicas podem alcançar valores de equilíbrio, explicando por que as populações frequentemente mantêm altos níveis de variação , . genet1ca. 18.6 Aplicações biológicas e sociais Assim como os princípios da física orientam os engenheiros que projetam pontes e aeronaves, os princípios da genética de populações afetam nossas vidas de muitas maneiras, mesmo sem percebermos. No Capítulo 19, veremos como a genética de populações é importante na pesquisa por genes que con- tribuem para o risco de doenças nas pessoas, usando concei- tos como o desequih'brio de ligação, descrito neste capítulo. Nesta última seção, vamos examinar quatro outras áreas em que os princípios da genética de populações estão sendo apli- cados a questões que afetam as sociedades modernas. Genética da conservação Os biólogos conservacionistas que tentam salvar espécies selvagens em extinção, bem como aqueles que cuidam de zoológicos na tentativa de manter pequenas populações de animais em cativeiro, frequentemente realizam análises genéticas de populações. Anteriormente, discutimos como um gargalo genético causou perda de variação genética no condor da Califórnia (Gymnogyps californianus) e aumento na frequência de uma forma letal de nanismo. Os gargalos também podem aumentar o nível de endocruzamento em uma população, talvez levando a declínio na adaptabilidade mediante a depressão por endocruzamento. No entanto, a questão é complexa porque o endocruzamento nem sempre ' está associado a declínio na adaptabilidade. As vezes, o endo- cruzamento ajuda a eliminar alelos recessivos deletérios de uma população. A seleção purificadora é mais efetiva paraeliminar alelos recessivos deletérios porque a classe homozi- gota recessiva torna-se mais frequente nas populações endo- cruzadas. Assim, os biólogos conservacionistas têm discutido se deveriam tentar maximizar a diversidade genética e mini- mizar o endocruzamento ou submeter deliberadamente as populações de zoológicos ao endocruzamento com o objetivo de eliminar alelos deletérios. Para ajudar a resolver essa questão, os pesquisadores procu- raram evidências de sucesso na eliminação entre populações de zoológicos. Vamos definir depressão por endocruzamento como delta (õ) 8= 1 - wf Wo na qual w1 é a adaptabilidade dos indivíduos endocruzados e w0 a adaptabilidade daqueles não endocruzados. O valor de õ será positivo quando houver declínio na adaptabilidade com o endocruzamento, mas negativo quando a adaptabi- lidade melhorar com o endocruzamento. Os pesquisadores calcularam 8 para 199 populações de zoológicos, incluindo 88 espécies, e encontraram evidências de que a eliminação melhorou a adaptabilidade (valores negativos para 8) em 14 populações. Ainda assim, não está claro se o endocruza- mento deliberado em animais de zoológicos é aconselhável. Por um lado, embora 14 das 119 populações tenham melho- rado, a adaptabilidade da maioria das populações declinou quando elas foram endocruzadas. Portanto, caso se comece com uma população pequena de zoológico fazendo propo- sitalmente o endocruzamento de animais, um declínio na adaptabilidade é o desfecho mais provável. Cálculo dos riscos de doenças No Capítulo 2, vimos como os alelos de doenças genéticas podem ser rastreados em heredogramas e discutimos como calcular o risco de um casal ter um filho que herde o distúr- bio em questão. Os princípios da genética de populações nos permitem estender esse tipo de análise. Vamos considerar dois exemplos. O alelo para a fibrose cística (FC) ocorre em uma fre- quência de cerca de 0,025 em caucasianos. No heredograma de uma família caucasiana, a seguir, o indivíduo II-2 tem um primo em primeiro grau (II-1) com fibrose cística. II-2 casa-se com uma pessoa caucasiana não aparentada (II-3) e planejam ter um filho. Qual é a chance de que a criança (III-1) tenha fibrose cística? ................ , 2 3 ............... 4 li , 2 3 Ili Um dos avós maternos de II-2 era obrigatoriamente portador. Começamos por calcular a probabilidade de que III-1 herde esse alelo da fibrose cística de um de seus avós por Capítu lo 18 I Genética de Populações 583 seu pai, II-2, usando os métodos já conhecidos do Capítulo 2. A probabilidade de que esse avô transmitiu o alelo da doença para I-3 é de 1/2. A probabilidade de que I-3 o transmitiu para II-2 e este o transmitiu para III-1 também é de 1/2 em ambos os casos. Assim, a probabilidade de que III-1 herde o alelo da CF de II-2 é de (1/2) 3, ou 1/8. Agora estendemos o cálculo para determinar a probabilidade de que III-1 poderia herdar o alelo da fibrose cística de sua mãe, II-3. II-3 não tem FC, mas não temos certeza se ela é portadora ou não. Se a frequência (q) do alelo da doença na população for 0,025, então a probabilidade de que alguém não acometido como II-3 seja portadora é 2pq (1- q2) = 0,049. Se II-3 for portadora, então há chance de ~ de que ela transmita o alelo da doença para III-1. Todas essas probabilidades são independentes, de modo que podemos usar a regra do produto. A probabilidade de que III-1 terá fibrose cística é de 1 X 1 X 0,049 = 0,003 8 2 A frequência de fibrose cística em caucasianos é p2 = (0,025) 2 = 0,000625. Esses cálculos nos dizem que os indivíduos que têm um primo de primeiro grau com fibrose cística correm risco 0,003 + 0,000625 = 4,9 vezes maior de terem um filho com a doença do que os membros da população em geral. Há outra aplicação da genética de populações para avaliar o risco de doença. A anemia falciforme, uma doença reces- siva, tem frequência de cerca de 0,25°/o, ou 1 em 400, entre afro-americanos (veja o Capítulo 6). Aplicando a lei de Hardy- Weinberg, estimamos a frequência do alelo da doença (HbS) em 0,05. Qual seria a frequência esperada dessa doença entre a prole de afro-americanos que fossem primos de primeiro grau? Usando o método descrito no Boxe 18.2, calculamos que o coeficiente de endocruzamento (F) da prole de primos de primeiro grau é de 1/ 16. Anteriormente, na seção sobre endocruzamento, vimos que a frequência dos homozigotos quando há endocruzamento aumenta, conforme mostrado pela equação Íata = q2 + pqF Usando esta equação, obtemos f (HbS/HbS) = (0,05)l + (0,05 X 0,95)...!_ = 0,0055 16 Isso representa um aumento de 2,2 vezes no risco de ter um filho com a doença para casais de primos de primeiro grau, em comparação com o de um casal não aparentado. DNA forense Criminosos podem deixar evidências de DNA na cena de um crime, na forma de sangue, sêmen, pelos ou mesmo células bucais da saliva em uma guimba de cigarro. A reação em cadeia da polimerase (PCR) permite que os cientistas foren- ses amplifiquem quantidades minúsculas de DNA e determi- nem o genótipo do indivíduo que deixou a amostra. Se o DNA encontrado na cena do crime combinar com o do suspeito, então ele "pode ser" o mesmo indivíduo. A expressão-chave aqui é "pode ser", e aí é que a genética de populações entra em ação. Vamos ver como isso funciona. 584 Introdução à Genética Considere dois Zoei de microssatélites, cada um com múl- tiplos alelos: A 1, A2,. .. An e B1, B2,. •• Bn. Os cientistas forenses determinam que uma amostra de DNA da cena de um crime e do suspeito são ambas A 3/ A 8 B11Br Eles determinaram que há uma "combinação" entre as evidências e o suspeito. A combinação prova que o DNA é do suspeito? Ela prova que o suspeito esteve na cena do crime? O que os geneticistas de populações fazem com esse tipo de evidência é testar uma hipótese específica: as evidências provêm de alguém que não o suspeito. Isso é o que os estatís- ticos chamam de "hipótese nula'', ou a hipótese que é con- siderada verdadeira, a menos que as evidências mostrem que ela é muito improvável (veja o Capítulo 4). Para fazer o teste, calculamos a probabilidade de observar uma combi- nação entre as evidências e o suspeito, dado que o suspeito e a pessoa que deixou a evidência são indivíduos diferentes. Simbolicamente, escrevemos Prob (combinação 1 indivíduos diferentes) na qual "I" significa "dado". Se essa probabilidade for muito pequena, então podemos rejeitar a hipótese nula e argumen- tar a favor de uma hipótese alternativa: as evidências foram deixadas pelo suspeito. Nunca provamos formalmente que o suspeito deixou as evidências, pois haveria hipóteses alterna- tivas, como as evidências foram deixadas pelo gêmeo idêntico do suspeito. Para calcular a probabilidade de observar uma combina- ção entre as evidências e o suspeito se as evidências forem de um indivíduo diferente, precisamos conhecer as frequências dos alelos dos microssatélites na população. A4 0,03 A6 0,05 B1 0,01 B7 0,12 A prob (combinação 1 indivíduos diferentes) é a mesma que a probabilidade de que as evidências provêm de um indivíduo escolhido aleatoriamente. Podemos calcular essa probabili- dade usando as frequências alélicas citadas anteriormente. Primeiro, vamos supor que a lei de Hardy-Weinberg se aplica e calcular a probabilidade de ser A4/A6 no primeiro locus e B1/B7 no segundo: Prob (A4/ A6) = 2pq = 2 X 0,03 X 0,05 = 0,003 Prob (B1/B7) = 2 X 0,01 X 0,12 = 0,0024 Para combinar essas duas probabilidades, precisamos fazer mais uma suposição. Precisamos supor que os dois Zoei são independentes, ou seja, que estão em equiZ.fbrio de ligação. Ao fazer tal suposição, podemos aplicar a regra do produto a even- tos independentes (veja o Capítulo 2) e determinar que Prob (combinação 1 indivíduos diferentes) = Prob(A4/ A6) X Prob(B1/B7) = 7,2 X 10-6 Assim, a probabilidade segundo a hipótese nula de que as evi- dências provêm de alguém que não o suspeito é de 7,2
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