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MECANISMOS DE REPARO DO DNA: Um mutante só sobrevive quando a alteração genética que ele sofreu não é prejudicial. Em alguns casos raros, pode ser até benéfico No entanto, a maioria é desvantajosa e as células não conseguiriam sobreviver se não fossem pelos mecanismos enzimáticos para reverter as mutações, sejam eles naturais ou artificiais Uma célula pode ter vários sistemas de reparo capazes de atuar ao mesmo tempo, mas os sistemas mais compreendidos ocorrem em organismos procariotos, especialmente escherichia coli, que será abordada nessa aula Dentre os mecanismos abordados estão: Revisão de leitura e reparação de mal pareamentos Reversão direta da lesão no DNA ► Fotorreativação enzimática ► Reparação enzimática de bases alquiladas Reparo por excisão ► Excisão de bases ► Excisão de nucleotídeos Reparo pós-replicação ► Reparo por recombinação ► Sistema SOS ► Reparo sujeito a erros Reparação de quebras duplas no DNA ► Por recombinação homóloga ► União de extremidades não homólogas ► União de extremidades mediada por micro- homologias ► Anelamento de fitas simples Reparo de mal pareamentos: Um dos tipos mais comuns de mutações é na replicação Ocorre quando o nucleotídeo incorreto é inserido na fita pela própria DNA Polimerase Ela comete um erro a cada 100 mil instruções A própria DNA polimerase corrige o erro, detecta 99% Ela utiliza sua atividade exonucleática 3’ 5’ e substitui o nucleotídeo errado pelo certo O reparo precisa acontecer no 1º ciclo de replicação onde há o mal pareamento Existem algumas mutações que permanecerão após a polimerização da DNA Polimerase. Nesses casos, a E. Coli possui um sistema de reparo por mal pareamento que confere precisão na replicação Sistema que, com várias proteínas codificadas pelos genes mut (S,L,H), percorre o DNA recém sintetizado e corrige bases mal pareadas – sinal sequencias GATC As helicases e exonucleases desenrolarão o DNA e farão a excisão entre esses fragmentos adjacentes ao pareamento e posteriormente a DNA Polimerase sintetizará a fita de novo de forma complementar a ligase fará essa ligação Há um sinal específico que é controlado temporalmente que direcionará o sistema de reparo por mal pareamento exclusivamente para fitas recém sintetizadas Então existe um sinal que implica no reconhecimento de sequências GATC próximas ao erro, mas se uma metilase https://www.google.com/search?sxsrf=AOaemvKjVk5Ar316j1CJ1_qy0F8o8YPjIg:1634743555795&q=escherichia+coli&spell=1&sa=X&ved=2ahUKEwizicSnptnzAhW-lZUCHW1vDxIQkeECKAB6BAgBEDY codificada modificar a Adenina da sequência GATC, o sistema não irá atuar REVERSAO DIRETA DA LESAO I. Fotorreativação enzimática Remoção dos dímeros de pirimidina (especialmente Tinina) formados pela radiação UV Assim, os dímeros não se encaixarão corretamente na dupla hélice, portanto a replicação e expressão gênica serão afetadas com essa lesão no DNA Enzima fotoliase se liga ao dímero e pela absorção de luz converte o dímero em monômeros de pirimidina II. Reparação Enzimática de Bases Alquiladas Bases alquiladas são aquelas que têm grupamento metil ou etil pela ação de algumas enzimas que adicionam esses grupamentos Enzima O6 metil-guanina-metil-transferase reconhece o metil-guanina na fita dupla e remove o grupamento metílico, transferindo-o para um resíduo de cisteína da enzima Não há meios de recuperar a enzima metilada Reparo por excisao I. Excisão de Base Corrige lesões causadas nas bases nitrogenadas pela hidrólise espontânea (Ex: desaminação) ou por agentes que alteram quimicamente, provocando, por exemplo, a oxidação Este processo também lida com bases desaminadas e quebras de fita simples A 1ª etapa desse sistema envolve o reconhecimento de uma base quimicamente alterada pela DNA Glicosilase Essa enzima irá eliminar a base errada encontrada hidrolisando a ligação glicosídica e nesse estágio a cadeia de DNA fica intacta mas a base será perdida, tendo esse espaço sem base chamado de sítio apurínico quando tem, por exemplo, uma citosina desaminada O próximo passo é a Enzima AP Endonuclease reconhecer o defeito e clivar a cadeia de DNA na posição 5’ do sítio apurínico, deixando o OH livre na extremidade 3’ e a Exonuclease vai clivar na posição 3’ do sítio apurínico, deixando o fosfato na extremidade 5’ Essa lacuna, posteriormente, será preenchida pela DNA Polimerase com o nucleotídeo correto e a DNA Ligase fará essa ligação II. Excisão de Base Principais proteínas envolvidasno processo: Etapas:: 1. Reconhecimento da lesão 2. Incisão da fita lesada em ambos os lados da lesão e a alguma distância dela (: 8 nucleotídeos da extremidade 5’ da lesão e de 4 a 5 nt da extremidade 3’ da lesão) 3. Excisão do nucleotídeo contendo a lesão 4. Síntese de um novo segmento de DNA, utilizando a fita não danificada como molde 5. Ligação das fitas Reparo pos-replicacao I. Reparação por recombinação Toda a informação do sítio danificado é perdida e apenas pode ser recuperada pela utilização de uma outra molécula idêntica de DNA Em bactérias: em outra cópia de seu cromossomo Em organismos superiores diplóides: no par do seu cromossomo II. Sistema SOS Genes SOS: grupo de genes, incluindo uvrA-D, recA, umuC e D, SSB Sistema ativado quando há uma mutação tão severa que pode impedir a síntese/replicação de DNA Proteína RecA ligada a DNA fita simples (lacuna – dímero) degrada a proteína repressora dos gene SOS (LexA) Sua expressão aumenta no DNA lesado. Podem codificar genes envolvidos na síntese e reparação do DNA III. Reparação sujeita a erro: Síntese Translesão Sistema que ocorre em casos em que o dano é extremo, não sendo corrigido pelos outros sistemas de reparação Qualquer uma das 4 bases é inserida no local lesado, a fim de garantir a continuidade da replicação Sem o molde, o próprio sistema pode incorporar uma base errada (mutação) o que é preferível para a célula do que não seguir a replicação Então, enquanto a DNA Polimerase faz a replicação, a lesão para o processo. Nesse momento, a DNA Polimerase (III na imagem) sera substituída pela Polimerase Translesão (vermelha) A participação da DNA Polimerase Translesão só ocorre no momento da lesão, adicionando nucleotídeos aleatórios. Depois disso, ela se dissocia e a DNA Polimerase III se reassociará e terminará a replicação Reparo de quebras duplas no DNA Quebras em ambas as fitas da mesma molécula de DNA causadas por radiação ionizante, drogas anticancerígenas, radicais livres, etc I. Por recombinação homóloga Ocorre durante o final da fase S ou o início da fase G2, quando as cromátides irmãs estão disponíveis para serem moldes Usualmente envolve a quebra de 2 moléculas de DNA na mesma região, onde as sequências são muito semelhantes, e a junção de um DNA ao outro, o que resulta num processo de "cross-over" Ambas as cadeias de uma ou duas moléculas de DNA que participam no processo de recombinação são quebradas e a extremidade 5' de cada quebra é digerida por uma exonuclease, deixando um gap com uma cauda 3' em cada cadeia simples exposta Uma destas caudas invade a outra dupla cadeia de DNA até encontrar a sequência que lhe é complementar. Então, a enzima DNA polimerase promve a extensão da cauda ao longo da sequência complementar substituíndo a outra cadeia com a mesma sequência, até atingir a extremidade 5' da cadeia invasora, a qual é ligada por uma DNA ligase A outra extremidade 3' pode ser usada como um inciador para preencher a falha que resta usando a cadeia removida como molde, antes de ser ligado à extremidade livre 5', na sua própria cadeia, também pela enzima DNA ligase Forma-seassim um DNA heteroduplex, inicialmente só numa molécula de DNA, entre a cadeia que faz a invasão inicial e a sua sequência complementar Posteriormente, este modelo sugere que possa ocorrer formação de heteroduplex entre ambas as cadeias II. União de extremidade não homólogas É o principal mecanismo de reparo de quebras duplas de DNA em eucariotos Não requer homologia entre as duas moléculas que irão recombinar Enzimas participantes: Proteína Quinase dependente de DNA (DNA-PK) e Ku, que interagem em complexos e se ligam às extremidades das fitas quebradas III. União de extremidade mediada por micro-homologias Necessita da existência de micro-homologias de 5 a 25 pb (pares de base) entre as extremidades das cadeias que serão reunidas para a ligação entre elas ocorrer Esse tipo de reparo está sujeito a erro Enzimas: Ku70, Ku80, Rad51, que impedirão que as fitas quebradas se unam ou saiam do local onde estão Isso possibilita que o Complexo de proteínas MRX Sae2 Exo1 se ligue e degrade 30-50 nt desse complexo Isso fará com que as regiões micro-homólogas (quadrados em azul) se anelem de forma transitória e dinâmica. Esse anelamento é estável e a mutação seria parada pela síntese de DNA através da DNA Polimerase Como resultado, há uma micro deleção dessa região que estava entre as regiões homólogas, porque ainda é um cenário melhor do que haver uma quebra e perder todo o fragmento de DNA Alternativamente, pode acontecer a presença de uma DNA Polimerase Translesão que vai estender as fitas de DNA (sujeitas a erro) e ocorrerá um reanelamento das regiões micro-homólogas Daí, terá o surgimento das fitas ligadas, porém com deleções, intersões através do DNA template dos nucleotídeos IV. Anelamento de fitas simples Ocorre na recuperação de uma quebra entre sequências repetidas e orientadas na mesma direção As extremidades das quebras são expostas por exonucleases expondo regiões com fita simples 3’ complementares que podem se anelar. Sequências que não eram repetidas, mas estavam entre as repetidas são deletadas. As extremidades sobressalentes são removidas, ocorre a síntese para o preenchimento das lacunas e ligação União de extremidade União de extremidade mediada Anelamento de não homólogas por micro-homologias fitas simples :
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