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1º ROTEIRO DE ESTUDOS EM BIOQUÍMICA PARA ALUNOS DE ENFERMAGEM Prof. Dr. Robson José de Oliveira Júnior Instituto de Genética e Bioquímica – UFU CONTEÚDO DA PRIMEIRA AVALIAÇÃO 1. Explique a origem das primeiras biomoléculas e, consequentemente, a origem da vida. Acredita-se que o processo evolutivo que gerou as primeiras células começou a aproximadamente 4 bilhões de anos. As terra primitiva continha vapor D’água, amônia, metano, hidrogênio, sulfeto de hidrogênio e gás carbônico, todos submetidos a altas temperaturas, descargas elétricas devido a chuvas constantes e intensa radiação. Com o resfriamento da terra foi possível formar os oceanos, onde moléculas orgânicas sintetizadas devido à combinação dos gases presentes eram depositadas. O acúmulo de uma grande diversidade de moléculas orgânicas no caldo primordial, dentre elas diversos monômeros, possibilitou o surgimento de polímeros (ácidos nucléicos, proteínas, lipídeos e açúcares). Estas moléculas complexas foram englobadas por bicamadas lipídicas que eram formadas devido à interação dos lipídeos presentes no caldo primordial. Cada bicamada lipídica englobando polímeros orgânicos seria um experimento único sujeito às ações da seleção natural. As Bicamadas lipídicas que sequestraram proteínas capazes de estabilizar suas estruturas teriam um tempo extra na experimentação, até o aparecimento de moléculas de RNA capazes de autoreplicação e com atividade catalítica, o que deu origem ao primeiro ser vivo, denominado coacervado. 2. Em Bioquímica, quando se fala na importância sobre a Estrutura Tridimensional de uma Biomolécula, usamos os termos “Configuração, Conformação e Estereoisomeria”. O que significa cada um deles, qual a diferença entre os termos Configuração e Conformação. Exemplifique estes conceitos com uma molécula de DNA e outra de Proteína. Não fazer esta questão, pois ela também é referente à segunda avaliação. 3. As interações fracas determinam todas as Propriedades Físicas de uma molécula, tais como forma e volume, viscosidade e solubilidade. Especifique e exemplifique cada um dos quatro tipos de interações não covalentes que ocorrem entre biomoléculas no ambiente aquoso. As interações fracas são: 1. Pontes de Hidrogênio: envolvem a partilha de um átomo de hidrogênio entre dois átomos eletronegativos.Ocorrem entre os cadeias laterais de aminoácidos polares, carregados ou não. Ocorrem para os grupos –NH3+ e –COO- dos aminoácidos N- e C-terminal, respectivamente. Também ocorrem entre as bases nitrogenadas das cadeia de DNA. 2. Interações iônicas: envolvem interações entre grupos de cargas opostas. ocorrem entre as cadeias laterais de aminoácidos com cargas contrárias, dependem do estado de ionização dos aminoácidos e do pH do meio e são menos frequentes do que as pontes de H. 3. Interações hidrofóbicas: envolvem interações entre grupos com hidrofobicidade diferente. Ocorrem entre as cadeias laterais de aminoácidos apolares, fazendo com que estes sejam repelidos pela água, aproximando-se uns dos outros. Não é uma força de atração real, resultando da repulsão pela água e como consequência, em meio aquoso o interior de proteínas globulares é hidrofóbico. 4. Interações de Van der Waals: envolvem a formação de dipolos temporários resultando em uma atração eletrostática. Dipolos temporários (duração de nanosegundos) são criados devido à órbita errática dos elétrons. Pode envolver qualquer tipo de aminoácido e geralmente coincidem com as regiões da proteína onde ocorrem as interações hidrofóbicas, pois a aproximação dos radicais apolares facilita a interação entre os dipolos. 4. A água é uma substancia de valor inestimável, por ter permitido a criação e manutenção da vida neste planeta. Isso pode ser atribuído às suas propriedades singulares. Descreva essas propriedades. A água é a substância mais abundante nos sistemas vivos, constituindo mais de 70% do peso da maioria dos organismos. As forças de atração entre as moléculas de água e a sua menor tendência em ionizar são importantes para a estrutura e função das biomoléculas. As biomoléculas polares se dissolvem facilmente em água. A água tem ponto de fusão, ebulição e calor de vaporização mais alto que os outros solventes. Estas propriedades incomuns são consequência da atração entre as moléculas de água, que oferecem à água líquida grande coesão interna. Existe uma atração eletrostática entre o átomo de oxigênio de uma molécula de água e hidrogênio de outras, chamada de ligação de hidrogênio. A água forma ligações de hidrogênio com solutos polares, o que a torna um solvente universal. A água interage eletrostaticamente com solutos polares, solubilizando vários sais, ácidos nucléicos, carboidratos e proteínas por exemplo. As moléculas de água tendem a se mover de uma região de maior concentração de água para uma de menor concentração e essa movimentação da água produz uma pressão osmótica, que auxilia na absorção de nutrientes pela membrana plasmática e mantém características importantes de algumas células. 5. A água é um eletrólito fraco que pode se ionizar. Escreva a reação de ionização da água, a constante de equilíbrio ou de ionização desta reação e explique o que é o produto iônico da água (Kw), determine o seu valor. Reação de ionização da água: Constante de equilíbrio da água: O produto iônico da água são os íons resultantes de sua dissociação e sempre terá um valor fixo dependendo da temperatura, seja em água pura ou em solução. Mesmo se a solução apresentar concentrações dos íons H3O+ e OH- diferentes, o produto entre eles permanecerá constante. H 2 O ⇔ H + + OH - Keq = [H + ] x [OH - ] [H2O] 6. O que é o pH de uma solução. Porque a escala de pH de uma solução aquosa varia de 1 até 14? Dê exemplos de substâncias ácidas, neutras e alcalinas produzidas por nós ou que frequentemente estamos em contato com elas. O pH de uma solução é definido como o logaritmo negativo da concentração de íons hidrogênio, portanto está diretamente relacionado com a quantidade destes íons em solução. A escala de pH varia de 1 até 14, uma vez que qualquer [H+] em solução aquosa, está compreendida na faixa de 100 a 10-14 M. O ácido gástrico (ácido clorídrico) do nosso estômago tem pH abaixo de 7 (pH=1,5 a 2,0) auxiliando na digestão dos alimentos. Água pura tem um pH neutro e saliva humana paira perto de neutro, enquanto o nosso sangue é ligeiramente alcalino. 7. Em Bioquímica como definimos ácido e base? O que é um ácido forte em Bioquímica? E um ácido fraco? Dê exemplos de ácido forte e ácido fraco. Escreva a reação e constante de ionização para cada um destes ácidos. A partir da constante de ionização de um ácido fraco, deduza a equação de Henderson-Hasselbach. Ácidos são substâncias que podem doar prótons e Bases são substâncias que podem aceitar prótons. Ácido forte é o que se dissocia totalmente quando dissolvido em água (ácido clorídrico). Ácido fraco é o que se dissocia parcialmente quando dissolvido em água (ácido acético). 8. Explique o que é um sistema tampão. Do que ele é constituído? Como um tampão se comporta quando se adiciona um ácido forte? E uma base forte? Explicar e exemplificar. Tampões são substâncias que limitam variações do pH quando a elas são adicionados ácidos ou bases. Quando se adiciona base forte como NaOH ou ácido forte como o HCl, o comportamento do sistema tampão pode ser esquematizado da seguinte maneira: 9. O sistema tampão bicarbonato é o principal responsável pelo tamponamento do nosso plasma sanguíneo. Escreva as reações de ionização do bicarbonato e explique os processos que ocorrem, em nível de tecidos e de pulmões, para manter o pH plasmático do nosso sangue. O íon bicarbonato é o principal responsável pelo tamponamento do sangue humano e é geralmente encontradonos fluidos corporais na forma de bicarbonato de sódio. O bicarbonato mantém o pH do sangue numa faixa segura compreendida entre 7,35 e 7,45, restringindo às variações de pH para cima ou para baixo desses valores. O mais importante sistema tampão do organismo é o sistema tampão ácido carbônico/bicarbonato, pois atua diretamente na regulação do pH, portanto, os sistemas tampões têm como função preservar o pH sanguíneo em ótimo e os demais líquidos orgânicos, veja: - Quando um ácido é adicionado ao sangue, o bicarbonato do tampão prontamente reage a ele; a reação produz um sal, formado com o sódio do bicarbonato e o ácido carbônico. Essa reação diminui a quantidade de bases e altera a relação entre o bicarbonato e o ácido Um sistema tampão é constituído por um ácido fraco e sua base conjugada: HA Aˉ + H + carbônico. O ácido carbônico produzido pela reação do bicarbonato do tampão, se dissocia em CO2 e água; o CO2 é eliminado nos pulmões recompondo a relação do sistema. - Quando uma base invade o organismo, o ácido carbônico prontamente reage a ela, produzindo bicarbonato e água. O ácido carbônico diminui. Os rins aumentam a eliminação de bicarbonato ao invés do íon hidrogênio, reduzindo a quantidade de bicarbonato no organismo, para preservar a relação do sistema tampão. De forma geral, quando um indivíduo tem o pH sanguíneo abaixo para níveis inferiores a 7,35 diz-se que ele está com acidose. Quando o pH sanguíneo aumenta a níveis superiores a 7,45 diz-se que o mesmo está com alcalose. Quando a alcalose ou acidose são obtidas por alteração da freqüência respiratória, diz-se que são de origem respiratória. A acidose ou a alcalose podem ainda ocorrer por meios metabólicos. 10. A Aspirina (ácido acetilsalicílico) é um ácido fraco com pK=3,5. Considerando que a forma absorvível pela mucosa gastrointestinal é aquela eletricamente neutra, predizer se a Aspirina será mais absorvida no estômago (pH<3,0) ou no intestino (pH>6,0). A aspirina é absorvida para o sangue através das células de revestimento do estômago e do intestino delgado. Para uma substância ser absorvida ela deve atravessar facilmente a membrana celular. A passagem através da membrana celular é determinada pela polaridade da molécula: moléculas iônicas (carregadas) e moléculas altamente polares passam lentamente, enquanto aquelas neutras e hidrofóbicas passam rapidamente. Nesse caso a aspirina ficará mais eletricamente neutra quando seu pH ficar próximo do pKa, que nesse caso ocorre no estômago. Quando a aspirina estiver num pH de 3,5 ela estará em 50% na forma iônica e 50% na forma molecular, então sua absorção é favorecida em ambientes com pH mais ácido, onde a forma molecular será em uma proporção maior, ou seja, a absorção do fármaco é favorecida, quando este estiver na sua forma não-ionizada, como a aspirina é um ácido fraco ela não ioniza completamente (ou ioniza num percentual baixo) em meio mais ácido como é o do estômago. 11. Escrever a fórmula de um aminoácido. Dar exemplos de aminoácidos que apresentam: a) um grupo amino e dois grupos carboxílicos. b) um grupo carboxílico e dois grupos aminos. 12. Definir ponto isoelétrico (pI) de um aminoácido. Usando os valores de pK tabelados e as fórmulas dos aminoácidos, calcule o ponto isoelétrico e desenhe as formas ionizadas em pH 1, em pH 7 e pH 12 para cada tipo de aminoácido listado abaixo: O ponto isoelétrico corresponde ao pH no qual a somatória das cargas de uma molécula iônica dipolar é igual a ZERO. Tabelas de pKas utilizada para calclar o PI a) Hidrofóbico Glicina pI = pK1 + pK2 = 6,06 2 b) Hidrofílico neutro Serina c) Ácido Glutamato pI = pK1 + pKR = 3,22 2 d) Básico Histidina pI = pK2 + pKR = 7,59 2 13. Escrever as formas iônicas predominantes da glicina (pKa1= 2,35 e pKa2= 9,78) e suas cargas líquidas em pH= 1; pH=2,35; pH= 7,0; pH= 9,78 e pH= 12. Calcular o pI. pH= 1 e pH=2,35 carga positiva pH= 7,0 carga neutra pH= 9,78 e pH= 12 carga negativa pI = pK1 + pK2 = 6,06 2 14. Analisando as cadeias laterais, classificar os aminoácidos em polares e apolares. Entre os polares, escrever a estrutura daqueles que em pH= 7, apresentam o grupo R com carga negativa (aminoácidos ácidos); carga positiva (aminoácidos básicos) e carga nula (polares sem carga). Aminoácidos com Radical Apolar: Possuem radical "R" geralmente formado exclusivamente por carbono e hidrogênio, o que os torna hidrofóbicos. São 8: Alanina, Valina, Leucina, Isoleucina, Prolina, Fenilalanina, triptofano e Metionina. Aminoácidos com Radical Polar Não-Carregado: São aminoácidos com radicais "R" contendo hidroxilas, sulfidrilas e grupamentos amida. São hidrofílicos e em número de 7: Glicina - o mais simples dos AA (apesar de ser um aminoácido apolar, sua cadeia lateral é muito curta para exercer interação hidrofóbica, por isso sua cadeia lateral é classificada como polar), Serina - "R" com função alcoólica, Treonina - "R" com função alcoólica, Cisteína - possui um radical sulfidrila, Tirosina - "R" com grupamento fenol, Asparagina - "R" com função amida, Glutamina - "R" com função amida Aminoácidos com Radical "R" Polar Carregado: "R" Carregado Positivamente: São aminoácidos diamino e monocarboxílicos, em número de 3: Lisina, Arginina e Histidina "R" Carregado Negativamente: São aminoácidos monoamino e dicarboxílicos, em número de 2: Ácido Aspártico, Ácido Glutâmico 15. Esquematizar a ligação peptídica. Explique as características gerais da ligação peptídica e como estas se refletem em nível da organização conformacional das proteínas, por exemplo, na formação da alfa-hélice. Não fazer, pois este exercício é para a próxima avaliação. 16. Descrever os níveis de organização de uma proteína. a) Que tipos de ligações e interações químicas estão envolvidos na manutenção da estrutura proteica em cada um destes níveis? Não fazer, pois este exercício é para a próxima avaliação. 17. Proteínas são polímeros de aminoácidos ligados por ligações peptídicas, que bloqueiam os grupos carboxila e amino de todos os aminoácidos envolvidos, exceto o 1º e o último da cadeia polipeptídica. Assim, a conformação tridimensional que uma proteína assume em determinado meio depende dos radicais R dos seus aminoácidos constituintes e das interações que estes podem fazer entre si e com o meio ambiente. Considerando as propriedades fisico-químicas dos seguintes aminoácidos: Val, Thr, Phe, Cys, Arg, Glu, responda: Não fazer, pois este exercício é para a próxima avaliação. a) Quais destes aminoácidos estarão com maior probabilidade voltados para o exterior e para o interior de uma proteína? Por quê? b) Que tipo de ligações ou interações químicas estes aminoácidos podem fazer que ajudam a estabilizar a estrutura tridimensional da proteína ? 18. Qual a base bioquímica da esterilização de instrumentos cirúrgicos com calor? E de ferver o leite antes de consumi-lo? Não fazer, pois este exercício é para a próxima avaliação. 19. Uma solução tem [H+] = 3,75 x 10-4 M. Qual é a concentração de OH-? 1,0 x 10-14 = [H+] x [OH-] 1,0 x 10-14 = 3,75 x 10-4 x [OH-] [OH-] = 2,7 x 10 -11 M 20. Qual a concentração de [H+] da solução NaOH 2 M? 1,0 x 10-14 = [H+] x [OH-] 1,0 x 10-14 = [H+] x 2 [H+] = 5 x 10 -15 M 21. Qual é o pH de uma misturade 0,042M de NaH2PO4 e 0,058M de Na2HPO4? pKa de H2PO4 - = 6,86 pH= 6,86 + log 0,058/0,042 pH=6,86 + 0,14 pH=7
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