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UNIDADE I Fundamentos da Bioquímica TÓPICO I A Lógica Molecular da Vida 2 A Bioquímica Procura Explicar a Vida em Termos Químicos A Bioquímica descreve em termos moleculares as estruturas, os mecanismos e os processos químicos compartilhados por todos os organismos, e fornece os princípios organizacionais que fundamentam a vida em todas as diferentes formas. 2.1 A Unidade Química dos Diferentes Organismos Vivos O que distingue os organismos vivos dos seres inanimados (sem vida, que são compostos por uma mistura de compostos químicos relativamente simples e são encontrados na terra, areia, água do mar e rochas), mesmo as moléculas das células sendo formadas pelos mesmos átomos que são encontradas nos seres inanimados, são: Primeiro o grau de complexidade química e de organização, eles possuem estruturas celulares internas intrincadas e possuem muitas espécies de moléculas complexas, como mostra a imagem ao lado: Segundo os organismos vivos extraem, transformam e utilizam a energia que encontram no meio ambiente, geralmente na forma de nutrientes químicos ou de energia radiante da luz solar, o que os tornam capazes de contruir e mantes suas estuturas intrincadas e de realizar trabalhos mecânico, químico, osmótico, e de vários outros tipos. Em contraste, a matéria inanimada tende a se degenerar em um estado mais desordenado, alcançando assim, um equilíbrio com o seu meio ambiente. Terceiro é a capacidade para a autorreplicação e automontagem, sendo considerado o atributo mais característico dos organismos vivos, por exemplo, uma única célula bacteriana de Escherichia coli, colocada num meio estéril pode dar origem, a cada 20 minutos, outra célula-mãe, com as mesmas características genéticas. Cada célula contém milhares de moléculas diferentes, algumas extremamente complexas, mesmo assim, cada bactéria é uma cópia fiel da original, constituída inteiramente a partir da informação contida no interior do material genético da célula original. Cada componente de um organismo vivo tem uma função específica. O inter-relacionamento entre os componentes químicos de um organismo vivo é dinâmico; As alterações em um componente provocam mudanças coordenadas ou compensatórias em outro. A coleção de moléculas executa um programa cujo resultado é a reprodução do programa e a autoperpetuação daquela coleção de moléculas, em suma, vida. 2.2 Macromoléculas Construídas a partir de Compostos Simples A maioria dos constituintes moleculares dos sistemas vivos são compostos de Átomos de Carbono unidos convalentemente a outros Átomos de Carbono e Átomos de Hidrogênio, Oxigênio e Nitrogênio. As propriedades especiais de ligação do carbono permite a formação de uma grande variedade de moléculas. Cada célula da bactéria Escherichia coli (E. coli) contém mais de 6.000 tipos de compostos orgânicos diferentes, incluindo perto de 3.000 proteínas diferentes e um número similar de Ácidos Nucleicos e contenas de tipos de cardoidratos e lipídios. As Proteínas são constituídas por 20 tipos de Aminoácidos (esenciais e não essenciais). Os 8 tipos de nucleotideos que constituem os Ácidos Nucleicos e os 20 tipos de Aminoácidos que formam as Proteínas são os mesmos em todos os organismos vivos. Cada classe de Macromoléculas (proteínas, ácidos nucleicos, polissacarídeos) é composta de um pequeno conjunto de subunidades monoméricas comuns, que podem ser unidas covalentemente em uma variedade ilimitada de sequências, como mostra a imagem a seguir: Os Ácidos Desoxirribonucleicos (DNA) são formados por quatro tipos de unidades monoméricas simples, os Nucleotídeos (timina, adenina, citosina e guanina); Os Ácidos Ribonucleicos (RNA) também são compostos por quatro tipos de Nucleotídeos semelhantes aos do DNA, sendo a Timina substituída pela Uracila. Os Nucleotideos além de serem importantes como subunidades na constituição dos ácidos nucleicos, exercem papel importante como moléculas transportadoras de energia. Os Aminoácidos além de serem subunidades que formam as proteínas, também são percursores de neurotransmissores, pigmentos e outros tipos de biomoléculas. 2.3 Produção de Energia e Seu Consumo no Metabolismo As células e os organismos dependem de um suprimento contante de energia para poderem se opor à tendência inexorável da natureza de queda para níveis de estado energético. Todas as reações que acontecem a nível celular envolvem o fornecimento de energia, por exemplo, as Reações de Síntese (que ocorrem quando duas ou mais substâncias reagem, unificando-se), a energia consumida no movimento de uma bactéria ou até mesmo no transporte ativo da bomba de sódio e potássio. Durante o processo evolutivo, as células desenvolvem, mecanismos especializados para capturar a energia do sol ou extrai-la de alimentos e transferi-la para os processos que dela necessitam. As Moléculas e os Íons contidos no interior dos organismos vivos diferem em tipo e em concentrações das existentes no meio ambiente, por exemplo, as células de um peixe de água doce contém Certos Íons Inorgânicos em concentrações muito diferentes das da água em que vivem, como Proteínas, Ácidos Nucleicos, Açúcares e Lipídios, que estão presentes no peixe, mas ausentes no meio ambiente, o qual contém Átomos de Carbono, Hidrogênio e Oxigênio em moléculas simples como o Dióxido de Carbono e a Água. Quando o peixe morre, as substâncias que o compoe entram em equilíbrio com as do meio ambiente, como mostra a imagem a seguir: As células e os organismos precisam trabalhar para permanecerem vivos e se reproduzirem. A taxa de Conversão de Energia Química para Mecânica durante a contração muscular é considerada um dos principais eventos fisiológicos determinantes do desenvolvimento esportivo. Resumindo, durante os esforços de curta duração e com alta intensidade, a Molécula de Adenosina Trifosfato (ATP) é ressintetizada, predominantemente pela degradação da Fosfocreatinina e do Glicogênio Muscular, com subsequente Formação de Lactato. A transformação de energia biológica obedece as Leis da Termodinâmica: - Primeira Lei da Termodinâmica conhecida como Princípio da Conservação da Energia. Para qualquer mudança física ou química, a quantidade total de energia no universo permanece constante, podendo até ser transportada, mas não pode ser destruída. Os seres vivos usam energia para realizarem trabalho mecânico, químico, osmótico ou elétrico e para manterem a organização, reprodução e interação com o meio. As Células Vivas se comportam como transdutores de energia, convertendo energia química em algo que seja necessário para a célula. - Segunda Lei refere-se à Desordem do Universo. A desordem tende sempre a aumentar. Os organismos vivos preservam sua organização interna retirando energia livre do ambiente e retornando a sua vizinhança na forma de calor, aumentando o número de moléculas. Para reações que ocorrem em solução, podemos definir um sistema como toso os reagentes e produtos, o solvente e a atmosfera próxima. O sistema juntamente com seus arredores constituem o universo. Se o sistema não trocar a matéria em energia com seus arredores, ele é dito Sistema Fechado. Se o sistema trocar energia, mas não trocar matéria com seu meio, ele é dito Sistema Isolado. Se trocar ambas, energia e matéria, com o meio ele é um Sistema Aberto. Os organismos vivos são considerados um sistema aberto, pois troca matéria e energia com o seu meio. As células fotossintéticas absorvem a energia radiante do sol e utilizam para retirar elétrons da molécula de água e adicioná-la à molécula de dióxido de carbono, formando produtos ricos em energia, como o Amido e a Sacarose. A maioria dos organismos fotossintéticos liberam Oxigênio Molecular na atmosfera. Os organismos que não executam a fotossíntese obtêm energia para suas necessidades para oxidação dos produtos ricos em energia elaborados pela fotossíntese, passando elétrons para o oxigênio atmosférico e sintetizando água, dióxido de carbono e outros produtos, os quais são recicladas no meio ambiente. Existem Reações Exergônicas (ocorrem quandohá diminuição da energia livre e os produtos são expressos em valores negativos) e Reações Endergônicas (requerem uma quantidade de energia e seus valores na variação de energia livre são positivos). O mecanismo pelo qual o acoplamento de energia nos sistemas vivos ocorre é via um intermediário compartilhado, por exemplo, a quebra de Adenosina Trifosfato (ATP - considerado o maior transportador de energia química em todas as células) é a reação exergônica, que dirige muitos processos endergônicos, nas células. A imagem a seguir mostra como ocorre esta reação: Todas as reações químicas ocorrem dentro das células devido à presença de Enzimas - catalisadores biológicos que aumentam a velocidade das reações químicas, diminuindo a barreira de ativação entre o reagente e o produto, como mostra a imagem a seguir: As Enzimas são Proteínas, com exceção da Ribozina, que é uma enzima presente no RNA. Cada reação no interior da célula é catalisada por uma enzima diferente, sendo assim, cada célula requer milhares de tipos diferentes de enzimas. Milhares de reações químicas enzimaticamente catalisadoras nas células são funcionalmente organizadas em várias sequências diferentes de reações consecutivas chamadas Vias, nas quais o produto de uma reação se torna o reagente para a próxima. Algumas dessas sequências de reações enzimaticamente catalisadas degradam nutrientes orgânicos em produtos finais simples, de forma a extrair energia química e convertê-la em uma forma utilizável pela célula. Juntos esses processos degrativos liberadores de energia livre são desiginados de Catabolismo. Outras vias enzimaticamente catalisadas partem de moléculas precursoras pequenas e as convertem, progressivamente, em moléculas maiores e mais complexas, incluindo Proteínas e Ácidos Nucleicos. Essas vias sintéticas requerem invariavelmente a adição de energia, e quando consideradas em conjunto representam o Anabolismo. Esse conjunto de vias imbricadas e enzimaticamente catalisadas constitui o que chamamos de Metabolismo. O ATP é transportador universal de energia metabólica e une o catabolismo e o anabolismo. As células vivas não só podem sintetizar simultaneamente milhares de tipos de moléculas de carboidratos, lipídios, proteínas e ácidos nucleicos e suas subunidades mais simples, mas também podem fazê-lo nas proporções requedidas pela célula, por exemplo, quando ocorre uma rápida multiplicação celular, os precursores de proteínas e ácidos nucleicos precisam ser sintetizados em grandes quantidades, enquanto as necessidades desses precursores para células que estão em repouso são muito reduzidas. As enzimas-chave em cada via metabólica são reguladas de forma que cada tipo de molécula percursora é produzido em quantidades apropriadas às necessidades das células. A imagem a seguir mostra a Síntese de Isoleucina (um dos aminoácidos, as subunidades monoméricas das proteínas). Quando a célula começa a produzir mais Isoleucina do que o necessário, para a síntese proteica, o que não for utilizado se acumulará, inibindo assim, a Atividade Catalítica da Primeira Enzima na Via, diminuindo, imediatamente, a produção desse aminoácido. Essa retroalimentação negativa, mantém em equilíbrio a produção e a utilização de cada intermediário metabólico. As células também regulam a síntese de seus próprios catalisadores (enzimas), em resposta ao aumento ou à diminuição da necessidade de um produto metabólico. A expressão de genes (a tradução da informação contida no DNA em proteínas ativas na célula) e a síntese de enzimas são outros níveis de controle metabólico na célula. Todos os níveis devem ser levados em conta na descrição do controle global do metabolismo celular. 2.4 Transferência da Informação Biológica O DNA é um polímero orgânico, fino e longo, em forma de hélice: a rara molécula que é construída na escala atômica em uma dimensão (largura) na escala humana em outra (uma molécula de DNA deve ter vários centímetros de comprimento). Um esperma ou ovócito humano, carregando a informação heraditária acumulada em bilhões de anos de evolução, transmite essa herança na forma de moléculas de DNA, nas quais a sequência linear de subunidades de nucleotídeos, ligados covalentemente codifica a mensagem genética. O DNA forma todo o material genético da E.coli e contém 4.64 milhões de pares de nucleotídeos. O esperma humano traz para o óvulo que ele fertiliza uma molécula de DNA para cada um dos 23 cromossomos, para se combinar com somente uma molécula de cada cromossomo, correspondente no óvulo. O resultado dessa união é altamente previsível: um embrião com todos os seus 25.000 genes, feitos de 3 bilhões de pares de nucleotídeos, intactos. A unidade básica do DNA é um polímero linear de quatro subunidades monoméricas diferentes, desoxirribonucleotídeos, arranjados em uma sequência linear precisa, que codifica a informação genética. Duas dessas fitas poliméricas são torcidas uma em torno da outra, formando dupla hélice de DNA, na qual cada desoxirribonucleotídeo em uma fita, pareia especificamente com um desoxirribonucleotídeo complementar na fita oposta. Antes de a célula se dividir, as duas fitas de DNA se separam uma da outra e cada uma serve de molde para a síntese de uma nova fita complementar, gerando duas moléculas em forma de dupla-hélice idênticas, uma para cada célula-filha. Se qualquer uma das fitas é danificada, então a continuidade da informação é assegurada pela informação presente na fita oposta, que pode atuar como molde para reparar o dano. Uma sequência linear de desoxirribonucleotídeos no DNA codifica (por meio do RNA) a produção de uma proteína com a sequência linear de aminoácidos correspondente, como mostra a imagem a seguir: A proteína é enovelada em uma forma tridimensional particular determinada pela sua sequência de aminoácidos e estabilizada principalmente por meio de interações não covalentes. O processo de enovelamento é assistido por “Chaperonas Moleculares”. A estrutura tridimensional precisa ou conformação nativa de uma proteína é crucial para sua função. As Champeronas Moleculares são proteínas importantes para auxiliar no enovelamento proteico, fazendo com que as proteínas atinjam a configuração terciária correta. Se por alguma situação (disfunção, defeito genético) essas proteínas não conseguirem atingir a configuração correta, as champeronas encaminham essas proteínas para destruição. Apesar de as sequências de aminoácidos das proteínas carregarem toda a informação necessária para alcançar a conformação nativa da proteína, o enovelamento preciso e a automontagem também requerem o ambiente celular correto - pH, força iônica, concentrações de íons metálicos, e assim por diante. Portando, a sequência de DNA sozinha não é suficiente para formar e manter uma célula completamente funcional. TÓPICO II Célula Eucarionte e Célula Procarionte 2 Compartimentos Celulares Células de todos os tipos compartilham características estruturais comuns. A Membrana Plasmática é o contorno da célula, impede o extravasamento do citoplasma, sendo composta por uma dupla camada de lipídios e proteínas que formam uma barreira fina, resistente e flexível, é considerada Anfipática (possui uma região Hidrofílica (com afinidade pela água) e outra região Hidrofóbica (com fobia pela água). Geralmente a Região Hodrofílica (polar) é a cabeça dos fosfolipídios, o que confere a membrana plasmática das células um aspecto de mosaico fluído, permite a entrada e a saída de água nas células, ao passo que as caudas repelem essa água. A membrana plasmática é uma barreira para a passagem livre de íons inorgânicos e para a maioria dos outros composto carregados ou polares. Proteínas de transporte na membrana plasmática permitem a passagem de determinados íons e moléculas: Proteínas Receptoras transmitem sinais para o interior da célula e Enzimas de Membrana praticipam em algumas rotas de reações. Pelo fato de os lipídios individuais e as proteínas da membrana não estarem convalentemente ligados, toda a sua estrutura torna-se flexível, permitindomudanças na forma e no tamanho da célula. À medida que a célula cresce, novas moléculas de proteínas e de lipídios são inseridas na membrana plasmática: a divisão celular produz duas células, cada qual com sua própria membrana. O crescimento e a divisão celular (fissão) ocorrem sem perda da integridade da membrana. As proteínas presentes na membrana plasmática são classificadas em Periféricas e Integrais (transmembrana). Proteínas Periféricas estão relacionadas com a integração entre as outras proteínas de membrana, não ficando claras suas funções; Proteínas Integrais ou Transmembrana são responsáveis pelo reconhecimento, transporte de substâncias através da membrana e receptores de enzimas e hormônios. Existem Especializações de Membrana Plasmática importantes para o desempenho de funções específicas nas células, como podemos verificar a seguir: As especificações da superfície livre da membrana envolvem: - Cílios presentes na traquéia, tem como função filtrar partículas que entram com o ar inspirado, como também expelir as secreções produzidas pelas células caliciformes. - Estereocílios presentes no epidídimo e aumentam a superfície de contato do espermatozóide com a glândula, visto que os espermatozóides recebem nutrientes importantes no epidídimo. - Microvilosidades aumentam a superfície de contato dos nutrientes no intestino delgado, facilitando sua absorção. - Flagelos realizam movimentos para conduzir o espermatozóide até o ovócito. A Fibrose Cística é uma doença genética, diagnostica no teste do pezinho, que compromete o funcionamento das Glândulas Exócrinas que produzem muco, suor ou enzimas pancreáticas. O excesso de muco nos alvéolos respiratórios dificulta a Hematóse (troca gasosa). Essa patologia resulta de uma alteração na proteína transmembrana presente na membrana plasmática das células respiratórias e do sistema digestório. O Citoplasma que é o volume interno envolto pela membrana plasmática, é composto por uma solução aquosa, chamada Citosol altamente concentrada que contém enzimas e as moléculas do RNA que as codificam, e por uma grande variedade de partículas em suspensão com funções específicas. Também possui um Citoesqueleto, que dá forma para a célula e está relacionado com as funções que está célula desempenha no organismo, sendo constituído por Filamentos de Actina (formado pela união de várias proteínas contrácteis actina e geralmente encontra-se revestindo a periferia das células, sendo responsável pela movimentação celular, Fagocitose, dá forma e sustentação para as microvilosidades e na Fase de Telófase, do ciclo celular, separar as células recém-formadas), Filamentos Intermediários (possuem uma constituição proteica mais variada, pois estão presentes em células de diferentes tecidos: no Tecido Epitelial teremos proteínas e queratina; na Lâmina Nuclear, teremos proteína e lamina. São muitos importantes para a função estrutural, ou seja, fornecerem resistência mecânica para as células) e Macrotúbulos (são constituídos pela Proteína Tubulina e criam uma rede de trilhos sob os quais vesículas e organelas celulares podem se locomover, também são responsáveis por organizar as organelas dentro da célula, formar o Fuso Mitótico e estão presentes na composição dos cílios e flagelos. O Cistoesqueleto das Hemácias ou Eritrócitos necessitam de muita flexibilidade, pois devem passar dos vasos mais calibrosos e chegar até os capilares sanguíneos, para garantir essa flexibilidade, o Citoesqueleto das Hemácias apresenta três importantes proteínas: Aducina, Anquirina e Espectrina. Todas as células Eucariontes tem em algum momento de sua vida, um Nucleotídeo e um Núcleo, em que o Ganoma (o conjunto completo de genes composto por DNA) - é replicado e armazenado com suas proteínas associadas. O núcleo tem como função comandar e controlar todas as atividades da célula. Em bactérias e em arqueas, o nucleotídeo não se separa do citoplasma por uma membrana; o núcleo nos eucariotos, é confinado dentro de uma dupla membrana, o envelope nuclear. As células com envelope nuclear compõem o grande domínio dos Eukarya. Os microrganismos sem membrana nuclear, antes classificados como Procariontes, são agora conhecidos como pertencentes a dois grupos distintos: Bactéria e Archaea. O núcleo é composto por estruturas importantes como Membrana Nuclear interna e externa, Espaço Perinuclear, Lâmina Nuclear, Nucleoplasma, Cromática e Nucléolo, cada estrutura desempenha um papel para o equilíbrio e bom funcionamento celular. Em geral, o núcleo é único, arredondado, centralizado ou pode ser desviado do centro celular, tornando-se periférico. O Envoltório Nuclear é constituído por duas membranas Interna (tem como função dar estrutura ao núcleo) e Externa separadas por um espaço de 40 a 70 nanômetros, chamadas de Cisterna Perinuclear, apresenta poros cuja função é o transporte seletivo de moléculas para fora e para dentro do núcleo, permitindo a troca citoplasma-nucleoplasma. O transporte de substâncias no complexo de poros é dependente dos receptores de importação ou exportação nuclear. Geralmente do núcleo das células para o citoplasma, passam através do complexo de Poros Nucleares, Metabólicos e RNA Mensageiro e Ribossômico, enquanto o citoplasma para o interior do núcleo irão atravessar Proteínas, Íons e Nucleotídeos. A importação de proteínas através do Complexo do Poro Nuclear, acontece por etapas, sendo: Primeira Etapa envolve a proteína com sequência de localização nuclear (NLS), sendo identificada por outra proteína presente, chamada Importina, ligada ao GDP (Guanina Disfofato). O complexo proteína-importina- RAN-GDP liga-se a uma proteína específica dos filamentos citoplasmáticos do poro nuclear. O complexo é translocado através do poro nuclear. No núcleo, o GDP ligado ao RAN é substituído por GTP, gerando uma alteração conformacional, em seguida ocorre a liberação da proteína. O complexo importina-RAN-GTP é exportado através do poro nuclear e o GTP é hidrolisado no citoplasma, como mostra o esquema a seguir: Na imagem a seguir podemos observar um esfregaço sanguíneo com hemácias normais e outro esfregaço sanguíneo com hemácias alteradas (Talassemia (forma de anemia crônica, de origem genética, caracterizada por defeitos genéticos que resultam em diminuição da produção de cadeias que formam a Molécula de Hemoglobina): 3 Dimensões Celulares A maioria das células é microscópica. As células de animais e das plantas tem um diâmetro de 5 a 100nm, e muitos organismos unicelulares tem comprimento de 1 a 2nm. As células menores, certas bactérias conhecidas como Micoplasmas, tem diâmetro de 300nm e volume de cerca de 10-14ml. Um único Ribossomo Bacteriano tem 20nm na sua dimensãomais longa, de forma que poucos ribossomos ocupam uma fração substancial do volume de uma célula micoplasma. O limite superior do tamanho celular provavelmente é determinado pela taxa de difusão das Moléculas de Soluto nos sistemas aquosos, por exemplo, uma célula bacteriana que depende de reações de consumo de O² para extrair energia deve obter O² molecular, por difusão, a partir do ambiente através de sua membrana plasmática, cada parte do seu Citoplasma é facilmente alcançada pelo O² que se difunde para dentro dela. Com o aumento do tamanho celular a relação área-volume diminui, até que o metabolismo consuma O² mais rapidamente do que o que pode ser suprido por difusão. Assim, o metabolismo que requer O² torna-se impossível quando o tamanho da célula aumenta além de certo ponto, estabelecendo um limite superior teórico para o tamanho das células. O O² é somente uma entre muitas espécies moleculares de baixo peso que precisam difundir de fora para várias regiões do seu interior, e o mesmo argumento da razão área-volume, se aplica a cada uma delas. Muitas células grandes, embora aproximadamente esféricas, possuem superfície altamente convoluta, criando grandes áreas de superfície para o mesmo volume facilitando a captação de combustíveis e nutrientes. A figura a seguir, mostra as vilosidades intestinais e suas microvilosidades,especializações da superfície celular que aumentam a área de contato com os nutrientes, facilitando sua absorção: Células como os neurônios possuem uma elevada razão superfície/volume pelo fato de serem longas e delgadas, em forma de estrela ou altamente ramificadas, em vez de esféricas, como podemos observar na imagem a seguir: 4 Células e Tecidos Usados em Estudos Bioquímicos Estudos de apenas alguns tipos de células devem gerar princípios gerais aplicáveis a todas as células e organismos, como a bactéria Escherichia coli, a levedura Sacharomyces cerevisiae, as algas fotossintetizantes, como Chlamydomonas, as folhas de espinafre, o fígado de rato e o músculo esquelético de vários vertebrados. 5 Evolução e Estrutura das Células Procarióticas Dois grandes grupos de microrganismos unicelulares podem ser distinguidos em bases genéticas e bioquímicas: Bactérias e Archaea. Todos os organismos eucariontes, que formam o terceiro domínio, Eukarya, evoluíram a partir do mesmo ramo que deu origem a Archaea, por isso, os eucariontes são mais próximamente relacionados às Archaeas do que às bactérias. Os organismos podem ser classificados pela maneira como obtém a energia e o carbono de que necessitam para sintetizar o material celular, sendo: Fototrópicos que capitam e usam a luz solar e Quimiotróficos que obtém sua energia pela oxidação de um combustível químico. A imagem a seguir mostra essa classificação dos organismos: 5.1 O Estudo da Escherichia Coli A E.coli é um habitante inofensivo do trato intestinal humano. É um ovoide com cerca de 2mm de comprimento e pouco menos de 1mm de diâmetro. Tem uma membrana externa protetora e uma membrana plasmática interna que envolve o citoplasma e o nucleoide. Entre a membrana interna e externa existe uma fina, porém, resistente, camada de um polímero de alto peso molecular (peptidoglicano) que confere a célula sua forma e rigidez, chamada de cápsula, é uma estrutura rica em glicoproteínas e diversos polissacarídeos, como pode- se observar na imagem ao lado: A membrana plasmática das bactérias consiste em uma Bicamada Fina de Moléculas Lipídicas impregnadas de proteínas. Bactérias Gram-Positivas recebem este nome por colorirem com o corante Gram, possui uma camada espessa de peptidoglicanos na parte externa da sua membrana, mas não apresentam uma membrana externa. Já as Bactérias Gram-Negativas tem uma membrana externa composta por uma dupla camada lipídica na qual se encontram inseridos Lipopolissacarídeos e proteínas chamadas Porinas que proveem canais transmembrana para que compostos de baixo peso molecular e íons possam se difundir através dessa membrana externa. O Citoplasma da E. coli contém cerca de 15.000 Ribossomos, várias cópias de 10 a milhares de cada uma das aproximadamente 1.000 Enzimas diferentes, talvez 1.000 Compostos Orgânicos de Massa Molecular menor que 1.000 (metabólicos e cofatores) e uma variedade de íons inorgânicos. O nucleoide contém uma única molécula de DNA Circular, e o Citoplasma (na maioria das bactérias) contém um ou mais segmentos de DNA Circular chamados de Plasmídeos. Na natureza, alguns plasmídeos conferem resistência a toxinas e antibióticos do ambiente. Outras espécies de Bactérias e também Archaea contem uma coleção similar de moléculas, porém cada espécie tem especializações físicas e metabólicas relacionadas ao nicho ambiental e fontes nutricionais. Cianobactérias, por exemplo, tem membranas internas especializadas em capturar energia da luz. Muitas arqueias vivem em ambientes extremos e tem adaptações bioquímicas para sobreviver em extremos de temperatura, pressão ou concentração de sal. A maioria das bactérias existe na forma de células individuais, muitas vezes associadas a biofilmes ou películas, nas quais inúmeras células se aderem umas às outras e ao mesmo tempo ao substrato sólido que fica junto ou próximo de uma superfície aquosa. Algumas espécies de bactérias como Mixobactéria, possuem células que mostram um comportamento social simples, formando agregados multicelulares em resposta a sinais entre células vizinhas. 6.1 Principais Características Estruturais das Células Eucarióticas As Células Eucarióticas Típicas são muito maiores do que as bactérias, em geral de 5 a 100mm de diâmetro, com volume de mil a um milhão de vezes maior do que as bactérias. As caracterísrticas que distinguem os eucariotos são o Núcleo e uma grande variedade de Organelas envoltas por membranas com diversas funções específicas. A Mitocôndria é considerada a usina energética da célula, onde ocorre o sítio ativo na produção de energia (ATP), possui uma caractéristica peculiar, contém material genético próprio, fazendo com que seja autorreplicativa, sempre que houver na célula um aumento da necessidade de ATP. Geralmente as células que possuem um número maior de mitocôndrias são aquelas que tem demanda maior de energia, como as células musculares. Possuem na sua estrutura uma membrana externa, membrana interna, espaço intermembranas, matriz mitocondrial, ribossomos livres e DNA mitocondrial. A Célula Eucarionte possui o Retículo Endoplasmático, classificado em dois tipos: Granular e Agranular Liso. Os retículos são formados a partir da invaginação da membrana plasmática, constituído por uma Rede de Túbulos e Vesículas Achatadas e Interconectadas, que se comunicam com o envoltório nuclear. O Retículo Endoplasmático Granular possui ribossomos aderidos as suas cisternas, deixando um aspecto granular, tem como função a síntese, segregação de proteínas. Já o Retículo Endoplasmático Agranular (REA) é uma rede de membranas de formato tubular e desorganizado. Uma das características do REA é a ausência de ribossomos aderidos as suas vesículas e possui funções distintas: síntese de lipídios, glicólise, reservatório de cálcio e destoxificação (geralmente converte substâncias insolúveis em compostos solúveis). Uma das funções do Retículo Endoplasmático Liso é a síntese de lipídios de membrana (Fosfolipídios, Glicolipídios e Colesterol). Os Fosfolipídios são sintetizados no Lado Citosólico da Membrana REL, enquanto os Glicolipídios são sintetizados no Complexo de Golgi a partir da Ceramida. No Retículo Endoplasmático Liso, drogas insolúveis são transformadas em substâncias hidrossolúveis. No fígado, em suas células chamadas de Hepatócitos, ocorre o acúmulo de Glicogênio. O retículo endoplasmático liso libera a Enzima Glicose 6-fosfatase, que degradas essa molécula de glicogênio e devolve glicose para a circulação sanguínea, controlando a glicemia do organismo. Nas Células Musculares, o retículo endoplasmático recebe um nome especial Retículo Sarcoplasmático, onde ocorre o reservatório de cálcio, que estará relacionado para a contração muscular. O Complexo de Golgi é composto por cisternas envoltas por membranas achatadas e empilhadas. Apresenta uma Face Cis (de entrada) e uma Fase Trans (de saída), responsável pelo processamento e endereçamento de proteínas, além de realizar a Glicosilação de Glicoproteínas e Glicolipídios do retículo endoplasmático granular. O complexo golgiense também é responsável pela formação de Acrossomo dos Espermatozóides e possui dois tipos de secreção: - Secreção Constitutiva acontece quando as vesículas finais golgianas são secretadas diretamente, sem armazenamento do Cistosol, de forma constitutiva (sem sinalização), ex.: células produtoras de proteínas da matriz extracelular. - Secreção Regulada ocorre quando as vesículas finais golgianas são primeiramente armazenadas, podem fundir-se umas as outras, formando grânulos de secreção que são estocados perto do ápice da célula até haver um sinal (nervoso ou hormonal) para secreção, ex.: glândulas. Em muitas células, o complexo golgiense localiza-se em posição constante, quase sempre ao lado do núcleo, podendo ser encontrado disperso pelo citoplasma em outras células. Outra Organela presente nas células eucariontes são os Peroxissomos, que são estruturas caracterizadas pela presença de enzimas oxidativas que transferem átomos de hidrogênio de diversossubstratos para o oxigênio, realizam a desintoxicação celular e possuem uma quantidade de Enzimas Oxidativas, que realizam oxidação formando o Piróxido de Hidrogênio, abundante nas Células Hepáticas (400 perixissomos por célula). Surgem através de brotamentos do Retículo Endoplasmático Rugoso e contém a maior parte da Enzima Catalase, que converte Piróxido de Hidrogênio em água e oxigênio. As células eucariontes também possuem organelas derivadas do complexo golgiense, chamadas de Lisossomos, que possuem formato arredondado, cheias de enzimas digestivas e envoltas por uma membrana lipoproteíca. Possui como função a autofagia (eliminação de organelas citoplasmáticas): digestão de partículas prejudiciais ao organismo e digestão intracelular. Possuem enzimas digestivas que degradam substratos específicos, como Lipases e Fosfolipases, digerindo lipídios; as Proteases realizam a digestão de proteínas; as Glicosidades, digerem Polissacarídeos e as Nucleases, que realizam a digestão de ácidos nucleicos. As Enzimas Lisossômicas são produzidas no retículo endoplasmático granular, passam pelo complexo golgiense, no qual são sintetizados e liberadas sob a forma de vesículas: Os lisossomos são classificados em primários (não estão em atividades de digestão, são menores e homogêneos) e secundários (estão em constante atividade de digestão, são maiores e heterogêneos). Além dessas organelas, as células vegetais também tem Vacúolos (que acumulam grandes quantidades de ácidos orgânicos) e Citoplastos (nos quais a luz solar realiza a síntese de ATP no processo de fotossíntese). No citoplasma de muitas células estão presentes também grânulos ou gotículas contendo nutrientes armazenados como amido e gordura. 7 Estudo dos Componentes Celulares 7.1 Organelas Isoladas por Centrifugação Em um processo de fracionamento (como mostra a imagem a seguir), as células e tecidos em solução são suavemente rompidos por cisalhamento físico, que rompe a membrana plasmática, mas deixa intacta a maioria das organelas. Então o hemogeneizado é centrifugado: organelas como núcleo, mitocôndria e lisossomos diferem em tamanho e por isso sedimentam em velocidades diferentes. Esses métodos foram utilizados para estabelecer, por exemplo, que os lisossomos contém enzimas degradativas, as mitocôndrias contém Enzimas Oxidativas e os Cloroplastos contém pigmentos fotossintéticos. O isolamento de uma organela rica em determinada enzima é, com frequência, a primeira etapa de purificação dessa enzima. As técnicas Imunocitoquímica permitem o estudo da localização intracelular de proteínas específicas, localiza com precisão, um determinado tipo de Molécula Proteica, excluindo todas as outras proteínas existentes nas células. Baseia-se na Reação Antígeno-Anticorpo e pode ser classificada em: - Imunocitoquímica Direta: consiste em descobrir em que célula ou parte dela está localizada a proteína x, pois ela foi isolada de um órgão inteiro; injetando-se a proteína x do rato (antígeno) em um coelho, este formará uma Gamaglobulina (anticorpo) com a propriedade de se combinar exclusivamente com a proteína x, não se combinando com qualquer outra. O anticorpo aparece porque a proteína x pertence a um órgão de rato e, portanto, estranha para o coelho. - Imunocitoquímica Indireta: a marcação é colocada em um anticorpo, isto é, uma Antigamaglobulina. Por sua sensibilidade ser maior, a demonstração de quantidades mínimas de antígeno, é a mais utilizada na prática. 7.2 Estudo In Vitro Em 1904, ocorreu o primeiro cultivo in vitro de crucíferas observando a necessidade de suplementação do meio mineral com sacarose para a germinação dos embriões, bem como mostrando o efeito das diferentes fontes de nitrogênio sobre sua morfologia. In vitro designa todos os processos biológicos que tem lugar fora dos sistemas vivos, no ambiente controlado e fechado de um laboratório e que normalmente são utilizadas as vidrarias. Embora sua abordagem seja muito esclarecedora, deve-se considerar que o interior de uma célula é totalmente diferente de um tubo de ensaio. Na célula, uma enzima está dissolvida ou suspensa no Citosol com consistência gelatinosa junto com milhares de proteínas, e algumas se ligam à enzima e influenciam a sua atividade. Algumas enzimas são componentes de complexos multienzimáticos nos quais os reagentes passam de uma enzima para outra, sem interagir com o solvente. Em resumo, certa molécula pode ter um comportamento muito diferente na célula e in vitro. 8 Evolução dos Organismos Multicelulares e a Diferenciação Celular Todos os Organismos Eucatiotos Unicelulares modernos - os Protistas - contêm Organelas e os mecanismos descritos anteriormente. O Reino Protista, caracteriza-se por organismos Eucariontes, Autrótofos (sintetizam seu próprio alimento) ou Heterótrofos (ingerem partículas alimentares do meio externo) e pelos Mixomicetos (organismos semlhantes aos fungos, mas classificados como protistas). Os protistas são muito versáteis, por exemplo, o Protista Paramecium que move-se rapidamente com auxílio de uma especialização de membrana chamada cílios, ele recebe estímulos mecânicos, químicos e térmicos do seu ambiente e responde alterando seu caminho, consegue realizar a Fagocitose de diversas substâncias, como as particulas alimentares, possui a habilidade de excretar os fragmentos não digeridos: elimina o excesso de água. Como pode-se observar na imagem a seguir: As céluas individuais de organismos multicelulares permaneceram limitadas por membrana plasmática, mas também desenvolveram estruturas especializadas na superfície para fixação e comunicação entre as células. As moléculas de adesão celular permitem o contato entre células epiteliais, e este contato é estabilizado por junções celulares especializadas. Embora moléculas de adesão sejam responsáveis pela adesão do tipo célula-célula, essa junção celular é importante para fornecer estabilidade mais intensa. As junções celulares podem ser de três tipos: - Junções de Oclusão: promovem a vedação do trânsito de íons e moléculas entre as células. Os folhetos externos da membrana plasmática das duas células se fundem. São formadas pelas Proteínas Adesivas Claudinas e Ocludinas. - Junções de Ancoragem ou Adesão: promovem a adeção entre as células. É uma zônula que circunda a célula como um cinturão e possui como Proteínas Adesivas as Cadeiras. Nas junções de adesão, devemos citar estruturas em forma de botões chamadas de Desmossomos, que também é responsável pela coesão celular e dependentes das Proteínas Transmembranas, chamadas de Caderinas. Existem uma doença chamada Pênfigo Bolhoso em que ocorre a produção de anticorpos contra a Proteína Caderina dos Desmossomos da Epiderme, onde as pessoas desenvolvem bolhas grandes e pruriginosas, com área de pele inflamada, como mostra a imagem ao lado: Os Desmossomos fornecem resistência às conexões físicas entre as células, mas não impedem a passagem de material através do espaço extracelular entre as células desconectadas. - Junções Comunicantes ou do Tipo gap: promovem a comunicação entre as células através de um canal chamdado Conexon. Cada Conexon é formado por seis proteínas chamadas de Conexinas. Geralmente encontram-se abertas, provocando um aumento no cálcio intracelular, como mostra a imagem a seguir: 9 Vírus: Parasitas das Células Os vírus são acelulares (não possuem célula), não podendo ser considerados seres vivos. Não são capazes de se multiplicar, exceto quando parasita uma célula e utiliza essa célula para sintetizar novas partículas virais. Na verdade, os vírus são parasitas nível molecular, pois induzem a maquinaria sintética das células parassitadas a trabalhar para formar novos vírus, em vez de trabalhar para formar seus próprios componentes. Os vírus são constituídos de uma Única Molécula de Ácido Nucleico (DNA ou RNA). O ácido nucleico é envolvido por uma Capa Proteica chamada Capsídeo, onde encontramos as proteínas virais, que determinam a célula que o vírus irá infectar. Os vírus existem em dois estados: Fora das céulashospedeiras que os formam, sendo seimplesmente partículas não vivas chamadas de Vírions, que podem ser cristalizados. Quando o vírus ou seu componente nucleico entra em uma célula hospedeira específica, ele se torna um Parasita Intracelular. O ácido nucleico viral transporta a mensagem genética especificando a estrutura do virion intecto. Ele desvia os Ribossomos e as enzimas das células hospedeiras das suas funções celulares normais para a construção de muitas novas partículas virais filhas. Em consequência, uma Progênie de centenas de vírus pode originar-se de apenas um vírion, que infecta a célula hospedeira. Em alguns sistemas vírus-hospedeiro, a Progênie do Vírion escapa através da Membrana Plasmática da célula hospedeira. Outros vírus produzem a Lise Celular (quebra da membrana e morte da célula hospedeira) quando são liberados. Muito da patologia associada com doenças virais resulta da lise da célula hospedeira. Centenas de vírus diferentes são conhecidos, sendo cada um mais ou menos específico para uma célula hospedeira. Geralmente os vírus que infectam as células animais não infectam os vegetais e vice- versa. Porém existem alguns vírus vegetais que invadem e multiplicam-se nas células de insetos disseminadores deste vírus de uma planta para outra. Os vírus que infectam as bactérias são chamados de Bacteriógrafos ou, simplesmente, Fagos. Na imagem a seguir pode-se observar a estrutura viral: UNIDADE II Biomoléculas TÓPICO I Características Gerais 2 Composição e Ligação Química Dos mais de 90 elementos químicos que ocorrem naturalmente, apenas cerca de 30 são essenciais para os organismos vivos. A maioria destes elementos tem números atômicos relativamente pequenos e apenas cinco tem número de atômico acima de Selênio. Os quatro elementos químicos mais abundantes nos organismos em termos de porcentagem de número total de átomos, são o Hidrogênio, Oxigênio, Nitrogênio e o Carbono, que juntos perfazem mais de 99% da massa da maioria das células. São os elementos mais leves, capazes de formar 1, 2, 3 e 4 ligações, respectivamente. Em geral, os elementos mais leves formam as ligações químicas mais fortes. 3 Biomoléculas são Compostos de Carbono A química dos organismos vivo está organizado ao redor do elemento carbono, o qual representa mais da metade do peso seco das células. Os Átomos de Carbono compartilham pares de Elétrons entre si para formar ligações simples carbono-carbono, os quais são muito estáveis. Cada átomo de carbono pode formar ligações simples com 1, 2, 3 ou 4 átomos de carbono. Dois átomos de carbono podem também compartilhar dois (ou três) pares de elétrons, formando ligações duplas ou triplas carbono-carbono. Átomos de carbono unidos entre si podem formar: Cadeias Lineares, Cadeias Ramificadas e Estruturas Cíclicas. Os grupos de átomos, chamados Grupos Funcionais, são adicionados a Esqueletos Carbônicos, conferindo propriedades químicas específicas à molécula assim formada. Moléculas que contém esqueletos carbônicos são chamados de Compostos Orgânicos, ocorrem em uma variedade quase ilimitada. Nenhum outro elemento químico pode formar moléculas com tanta diversidade de formas e tamanhos ou com tal variedade de grupos funcionais, como pode-se observar na imagem a seguir: 4 Grupos Funcionais Determinam as Propriedades Químicas A maioria das biomoléculas podem ser vistas como derivadas dos Hidrocarbonetos, que são compostos formados por um esqueleto de átomos de carbono ligados covalentemente entre si e aos quais estão ligados apenas Átomos de Hidrogênio. Os átomos de hidrogênio podem ser substituídos individualmente por uma grande variedade de grupos funcionais para formar famílias diferentes de compostos orgânicos, como: os Álcoois, que possuem um ou mais grupos hidroxila; Aminas, possuidoras do grupo funcional amino; Aldeídos e as Cetonas, que possuem o grupo carbonila e os Ácidos Carboxílicos, que exibem os grupos carboxilas. Na imagem a seguir, pode-se observar todos os grupos em sua forma neutra (não ionizada), pode ser um simples átomo de H, mas tipicamente ele é uma proção que contém carbono. Quando dois ou mais constituintes são mostrados em uma molécula, iremos designar R¹, R², e assim por diante. 5 Estrutura Tridimensional: Configuração e Conformação Os compostos de carbono podem existir como Estereoisômeros (moléculas nas quais a ordem das ligações é a mesma, mas a relação espacial entre os átomos é diferente, interações moleculares entre biomoléculas são invariavelmente estereoespecíficas, isto é, requerem estereoquímica específica nas moléculas interativas). A imagem a seguir ilustra a configuração estereoquímica das moléculas simples. O modelo bola e bastão representa melhor os ângulos entre as ligações e o comprimento da ligação centro a centro, enquanto os contornos das moléculas são bem mais representados pelos modelos do tipo espaço cheio. A configuração de uma molécula é alterada pela rotação ao redor das ligações simples. O termo Configuração Molecular refere-se ao arranjo espacial dos grupos substituintes que são livres para assumir diferentes posições no espaço, sem a quebra de qualquer ligação, por exemplo, no Etano, no Hidrocarboneto Simples, existe uma liberdade de rotação quase completa ao redor da ligação simples carbono-carbono. Muitas configurações moleculares diferentes e interconvertíveis de etano, são possíveis, dependendo do grau de rotação. 6 Reatividade Química Os grupos funcionais alteram a distribuição eletrônica e a geometria dos átomos vizinhos e dessa maneira afetam a reatividade química de toda a molécula. Embora um grande número de reações químicas, diferentes ocorra em uma célula típica, estas reações são de apenas alguns tipos gerais. Nas reações químicas, ligações são quebradas e novas são formadas. A força de uma ligação química depende de Eletronegatividades Relativas - as afinidades relativas por elétrons - dos elementos ligados, da distância dos elétrons que participam da ligação em relação a cada um dos núcleos e da carga nuclear de cada átomo. Quanto maior for o número da eletronegatividade tanto mais eletronegativo é o elemento. O número de elétrons compartilhados também influencia a força da ligação; ligações duplas são mais fortes que ligações simples, e ligações triplas são ainda mais fortes. A força de ligação química é expressa em joules (unidade de energia no Sistema Internacional de Unidades, utilizado para conversões, 1 cal é igual a 4.184J), e conhecida como energia de ligação. Quando o movimento molecular é violento, Vibrações Intramoleculares e colisões intermoleculares, algumas vezes, quebram ligações e permitem a formação de novas. Quando ocorre essa quebra e a formação de novas ligações, a diferença entre energia do ambiente na formação de novas ligações é virtualmente idêntica à Variação da Entalpia para a reação. A maioria das células tem a capacidade de realizar milhares de reações específicas e enzimaticamente catalisadas, por exemplo, a transformação de nutrientes simples, como a glicose em aminoácidos, nucleotídeos ou lipídios; a extração de energia dos alimentos por oxidação ou polimerização ou subunidades em macromoléculas. As reações nas células pertencem a um dos cinco tipos (ou categorias) gerais: 1 - Oxidação - Redução; 2 - Reações que formam ou quebram ligações carbono-carbono; 3 - Reações que rearranjam a estrutura das ligações ao redor de um ou mais átomos de carbono; 4 - Transferência de grupos funcionais; 5 - Reações nas quais duas moléculas se condensam com a eliminação de uma molécula de água; Nas ligações Carbono - Hidrogênio, o carbono mais eletronegativo possui os dois elétrons compartilhados com H; Nas ligações Carbono - Oxigênio, os dois elétrons estão deslocados unicamente em favor do oxigênio. Na transformação de - CH3 (um alcano) para CH2OH (um álcool), o átomo perde elétrons, o que é por definição: Oxidação. A imagem a seguir mostra que os átomos de carbono, podem existir em Cinco Estados de Oxidação (Alcano, Álcool, Aldeído, Ácido Carboxílicoe Dióxido de Carbono), dependendo dos elemento com os quais o carbono compartilha elétrons. Em muitas oxidações biológicas, um composto perde dois elétrons e dois íons de hidrogênio (isto é, dois átomos de hidrogênio); essas reações são chamadas de Desidrogenações e as Enzimas que as catalisam são chamadas de Desidrogenases. Em algumas oxidações biológicas, um átomo de carbono torna-se covalentemente ligado a um átomo de oxigênio. As enzimas que catalisam essas oxidações são geralmente chamadas de Oxidases. Toda oxidação é acompanhada de redução, na qual um grupo que recebe elétrons adquire os elétrons removidos pela oxidação. A maioria das células vivas obtém energia necessária para o trabalho celular oxidando combustíveis, como carboidratos ou gorduras. Organismos Fotossintéticos também podem usar a energia solar. As Vias Catabólicas são reações de oxidação-redução em cadeia que resultam na transferência de elétrons das moléculas combustíveis por meio de uma série de transportadores de elétrosn até oxigênio. 7 Macromoléculas e suas Subunidades Monoméricas Macromoléculas são moléculas encontradas no interior das células, polímeros de alto peso molecular construídos com percursores relativamente simples. Os Polissacarídeos, Proteínas e Ácidos Nucleicos, podem ter pesos moleculares variando de milhares até bilhões (DNA), são construídos pela polimerização de subunidades relativamente pequenas, de peso molecular ao redor de 500 ou menos. A Síntese de Macromoléculas é uma atividade que pode ser classificada como forte consumidora de energia. A água é o composto simples mais abundantena E. coli e em todas as outras células e organismos. Em todos os tipos de células, quase toda a matéria sólida, é substância orgânica e está presente em quatro formas principais: Proteínas, Ácidos Nucleicos, Carboidratos e Lipídios. Os sais inorgânicos e os elementos minerais constituem apenas uma fração pequena do peso seco total. Proteínas são polímeros de Aminoácidos, constituem ao lado da água a maior fração das células, algumas tem atividade catalítica funcionando como enzimas, outras servem como elementos estruturais e no caso de receptores transportam sinais específicos ou substâncias específicas (no caso das proteínas de transporte) para o interior e exterior das células. As proteínas são consideradas as mais versáteis das biomoléculas. Os ácidos nucleicos, são polímeros de nucleotídeos, armazenam, transmitem e transcrevem a informação genética. Carboidratos, Polímeros de Açúcares ou Hidratos de Carbono, tem duas funções: Armazenadores de Energia (na forma de glicogênio e amido) e como Elementos Estruturais (celulose e quitina). Carboidratos (oligossacarídeos) ligados as proteínas ou lipídios na superfície celular servem como Receptores para Sinalizadores Específicos. Lipídios Derivados Oleaginosos dos Hidrocarbonetos, servem como componentes estruturais das membranas e como forma de armazenamento de alimentos ricos em energia. Todas essas quatro classes de grandes biomoléculas são sintetizadas em reações de condensação. Alguns Aminoácidos agem como neurotransmissores e como percursores de hormônios e toxinas. A Adenina serve tanto como subunidades nas estrutura dos ácidos nucleicos e do ATP, como neurotransissora. Os Ácidos Graxos servem como componentes de membranas lipídicas complexas, como gorduras ricas em energia e que funcionam como reserva de alimentos e também como precursores de um grupo de moléculas sinalizadoras potentes, os Eicosanoides. TÓPICO II Água 2 Pontes de Hidrogênio A ligação de Hidrogênio entre moléculas de água fornecem as forças coesivas que fazem da água um líquido à temperatura ambiente e um sólido cristalino (gelo) com arranjo altamento ordenado de moléculas em temperaturas frias. Ligações ou Pontes de Hidrogênio são responsáveis pelas propriedades incomuns da água. A água tem ponto de fusão, ebulição e calor de vaporização mais alto que os demais solventes. Esssas propriedades incomuns são uma consequência da atração entre as moléculas de água adjacentes que oferecem a água líquida grande coesão interna. A visualização da estrutura eletrônica da molécula de H2O revela a origem dessas atrações intermoleculares. Cada átomo de hidrogênio de uma molécula de água compartilha um par de alétrons com o átomo central do oxigênio. A figura a seguir mostra a natureza bipolar da molécula de água em modelo de esfera e bastão, as linhas tracejadas representam os orbitais não ligantes. Existe um arranjo tetraédrico dos pares de elétrons mais externos da camada ao redor do átomo de oxigênio; os dois átomos de hidrogênio tem cargas parciais positivas e o átomo de oxigênio tem carga parcial negativa. EM (b) vê-se duas moléculas de H2O unidas por ligações de hidrogênio, representadas por três linhas azuis: As ligações de hidrogênio se formam prontamente entre um átomo eletronegativo (aceptor de hidrogênio, geralmente oxigênio e hidrogênio) e um átomo de hidrogênio ligado covalentemente a autro átomo eletronegativo (doador de hidrogênio) na mesma molécula ou em outra. Os átomos de hidrogênio covalentemente ligados a átomos de carbono não participam de ligações de hidrogênio, porque o átomo de carbono é somente um pouco mais eletronegativo que o hidrogênio e, portante, a ligação C-H é levemente polar, como pode-se observar na imagem a seguir: 3 Interações de Van Der Waals Quando dois átomos não carregados são colocados próximos um ao outro, as suas nuvens eletrônicas influenciam uma à outra. A atração fraca dos dois dipolos, aproximando os núcleos, são chamadas de Interações de Van Der Waals (também connhecidas como Forças de London). No ponto no qual a atração líquida é máxima, diz-se que o núcleo está em contato de Van Der Waals. Cada átomo tem um raio de Van Der Waals caraacterístico. 4 Ionização da Água, Ácidos Fracos e Bases Fracas A Ionização da água pode ser descrita por uma constante em equilíbrio. Quando ácidos fracos são dissolvidos na água, eles contribuem com um H1 por ionização: Bases Fracas consomem um H1 tornando-se protonadas, processos esses que também são governados por constantes de equilíbrio. Para predizer o estado de ionização de solutos na água, deve-se considerar as constantes de equilíbrio relevantes para cada reação de ionização. O produto iônico da água, Kw, é a base para a Escala pH, sendo um meio conveniente de designar a concentração de H1 (r, portanto, de OH-) em qualquer solução aquosa no intervalo de 1,0 M H1 e 1,0 M OH-. O termo pH é definido pela expressão: 5 Ação Tamponante contra as Variações de pH nos Sistemas Biológicos Células e organismos mantém um pH Citosólico específico e constante, em geral, perto do pH 7, mantendo biomoléculas em seu estado iônico otimizado. Em organismos multicelulares, o pH dos fluídos extracelulares também é rigorosamente regulado. A constância do pH é atingida por tampões biológicos: misturas de ácidos fracos e suas bases conjugadas. No ponto central de tamponamento, no qual a concentração do doador de prótons (ácido acético) é exatamente igual ao aceptor de prótons (acetato), a força de tamponamento no sistema é maxima: isto é, seu pH muda menos pela adição de H1 ou OH- é adicionada, mas essa mudança é muito pequena comparada com a mudança de pH que resultaria se a mesma quantidade de H1 ou OH- fosse adicionado à água pura ou a uma solução salina de um ácido forte e de uma base forte, como NaCl, que não tem poder tamponante. A figura a seguir explica como um sistema tampão funciona. Sempre que H1 ou OH- é adicionado em um tampão, ocorre uma pequena mudança na razão das concentrações relativas dos ácidos fracos e seus Ânions e, portanto, uma pequena mudança no pH. O decréscimo na concentração de um componente no sistema é equilibrado exatamente pelo aumento do outro. A soma dos componentes do tampão não muda somente a sua razão. Os dois tampões biológicos importantes são o Sistema Fosfato e o Bicarbonato. O tampão fosfato, age no citoplasma de todas as células, consiste em H2PO4 - como doador de prótons e HPO comoaceptor de prótons, é mais efetivo em um pH perto do seu pka de 6,86, portanto, tende a resistir a mudança de pH em um intervalo de 5,9 e 7,9, esse é, então, um tampão efetivo em fluidos biológicos. TÓPICO III Aminoácidos, Peptídeos e Proteínas 2 Aminoácidos Os aminoácidos são compostos de Carborno, Hidrogênio, Oxigênio e Nitrogênio, são responsáveis pelo correto funcionamento do organismo, bem como na formação de músculos, enzimas, células do sistema imunológico, entre outras funções. Proteínas são polímeros de aminoácidos, com cada resíduo de aminoácido ao seu vizinho por um tipo específico de ligação covalente. As proteínas podem ser degradadas (hidrolisadas) em seus aminoácidos constituintes por vários métodos. Vinte aminoácidos diferentes são comumentemente encontrados em proteínas. A Asparinga foi descoberta pela primeira vez no aspargo e o Glutamato no glúten do trigo; a Tirosina foi isolada a primeira vez a partir do queijo; e a Glicina foi assim denominada devido ao seu sabor adocicado. 2.1 Características Estruturais Todos os 200 tipos de Aminoácidos comuns são a-aminoácidos. Tem um grupo carboxila e um grupo amino ligados ao mesmo átomo de carbono (o carbono a): Alguns aminoácidos são resíduos modificados após a síntese de uma proteína; outros são aminoácidos presentes em organismos vivos, mas não como constituintes de proteínas. Foram atribuídas aos aminoácidos comuns das proteínas abreviações de 3 letras e símbolos de uma letra utilizados como abreviaturas para indicar a composição e a sequência de aminoácidos polimerizados em proteínas. O código de três letras é transparente, como mostra a imagem a seguir: 2.2 Classificação pelo Grupo R O conhecimento das propriedades químicas dos aminoácidos comuns é fundamental para a compreensão da bioquímica. Os aminoácidos são classificados em relação às gradações de polaridade, tamanho e forma dos grupos R: Grupos R Apolares, Alifáticos - Os grupos R nesta classe de aminoácidos são apolares hidrofóbicos. As cadeia laterais de Alanina, Valina, Leucina e Isoleucina tendem a se agrupar no interior de proteínas, estabilizando a estrutura proteica por meio de interações hidrofóbicas. A Glicina tem a estrutura mais simples, embora seja facilmente agrupada com os aminoácidos apolares, sua cadeia lateral muito pequena não contribui realmente para interações hidrofóbicas. A Metionina, um dos dois aminoácidos que contém enxofre, tem um grupo tioéter ligeiramente apolar em sua cadeia lateral. A Prolina tem cadeia lateral alifática com estrutura cíclica distinta. O grupo amino secundário (imino) de resíduos de prolina é mantido em uma configuração rígida que reduz a flexibilidade estrutural de regiões polipeptídicas contendo prolina. Grupo R Aromáticos - Fenilalanina, Tirosina e Triptofano, com suas cadeias laterias aromáticas, são apolares (hidrofóbicos). Todos podem participar em interações hidrofóbicas. O Grupo Hidroxila de tirosina pode formar ligações de hidrogênio e é um importante grupo funcional em algumas enzimas. A Tirosina e o Triptofano são mais polares do que a Filalanina. Grupo R Polares, Não Carregados, esse grupo de aminoácidos são mais solúveis em água, ou mais hidrofílicos do que aqueles apolares, porque contém grupos funcionais que formam ligações de hidrogênio com a água. Os Grupos Hidroxila da Serina e Treonina e os Grupos Amida da Aparagina e Glutamina contribuem para suas polaridades. Grupos R Carregados Positivamente (básicos), os aminiácidos nos quais os grupos R tem uma carga positiva significativa em pH 7,0 são a Lisina, Arginina e Histidina, seus resíduos facilitam muitas reações catalisadas por enzimas, funcionando como doadores/aceptores de prótons. Grupos R Carregados Negativamente (ácidos), os dois aminoácidos que apresentam grupos R com carga negativa final em pH 7,0 são o Aspartato e o Glutamato, cada um tem um segundo grupo carboxila. 2.3 Propriedades dos Aminoácidos As propriedades compartilhadas de muitos aminoácidos permitem algumas generalizações simplificadas sobre seu comportamento ácido-básico. Todos os aminoácidos com um único Grupo a-amino, um único Grupo a-carboxila e um Grupo R não Ionizável tem curvas de titulação semelhantes à da Glicina. Esses aminoácidos tem valores de pKa muito semelhantes, mas não idênticos. Aminoácidos com o Grupo R Ionizável tem curvas de titulação mais complexas, com três estágios correspondendo às três etapas possíveis de ionização, assim, eles possuem três valores de pKa. O estágio adicional para a titulação do grupo R Ionizável se funde, em algum grau, com aquele para a titulação do grupo a-carboxila, para a titulação do grupo a-amino, ou ambos. 3 Peptídeos e Proteínas Os Polipeptídeos que ocorrem biologicamente variam em tamanho de pequenas a muito grandes, consistindo em dois ou três a milhares de resíduos de aminoácidos ligados. Duas moléculas de aminoácidos podem ser ligadas de modo covalente por meio de uma ligação amida substituída, denominada Ligação Peptídica, a fim de produzir um Dipeptídio, essa ligação é formada pela remoção de elementos de água (desidratação) do grupo a-carboxila de um aminoácido e do grupo a-amino do outro. A formação da Ligação Peptídica é um exemplo de uma reação de condensação, uma classe comum de reações nas células vivas. Em condições bioquímicas padrão, o equilíbrio para a reação mostrada favorece os aminoácido em relação ao Dipeptídio. Para tornar a reação mais favorável, o grupo carboxila deve ser modificado ou ativado quimicamente, de modo que o grupo hidroxila possa ser rapidamente eliminado. Três aminoácidos podem ser unidos por duas Ligações Peptídicas para formar um Tripeptídeo; Quatro aminoácidos podem ser unidos para formar um Tetrapeptídeo; Cinco para formar um Pentapeptídeo, e assim por diante. Essa estrutura de união é chamada de Polipeptídeo. 3.1 Aspectos Gerais da Estrutura Proteica A estrutura de grandes moléculas, tais como proteínas, pode ser descrita em vários níveis de complexidade, arranjada em um tipo de hierarquia conceitual. Uma descrição de todas as ligações covalentes (principalmente as ligações peptídicas e as ligações dissulfeto) ligando resíduos de aminoácidos em uma cadeira polipeptídica é sua estrutura primária, onde o principal elemento é a sequência de resíduos de aminoácidos. A diferença na estrutura primária podem ser especialmente informativas. Cada proteína tem um número e uma sequência de resíduos de aminoácidos distintos. 3.2 Estrutura Secundária das Proteínas Refere-se a arranjos particularmente estáveis de resíduos de aminoácidos dando origem a padrões estruturais recorrentes. O termo estrutura refere-se a qualquer segmento de uma cadeia polipeptídica e descreve o arranjo espacial de seus átomos na cadeia principal, sem considerar a posição de suas cadeias laterais ou sua relação com outros segmentos. 3.3 Estruturas Terciárias e Quaternárias das Proteínas A Estrutura Terciária inclui aspectos de alcance mais longo da sequência de aminoácidos, que estão bem distantes na sequência polipeptídica e em diferentes tipos de estruturas secundárias podem interagir na estrutura proteica completamente dobrada. O arranjo das subunidades proteicas em complexos tridimensionais constitui a Estrutura Quartenária. Considerando estes níveis mais altos de estrutura, é conveniente designar dois grandes grupos nos quais muitas proteínas podem ser classificadas: Proteínas Fibrosas, com cadeias polipeptídicas arranjadas em longos filamentos ou folhas, e Proteínas Globulares, com cadeias polipeptídicas dobradas em forma esférica ou globular. 3.4 Desnaturação Proteica e Enovelamento A manutenção contínua do grupo ativo de proteínas celulares, necessárias em um dado conjunto de condições, é chamada Proteostase, que requer uma atividade coordenada de vias para síntese e enovelamento de proteínas, o redobramento de proteínas parcialmente desdobradas e o sequestro e degradação de proteínas irreversivelmente desbobradas. Em todas as células, essas redes envolvem centenas de enzimas e proteínas especializadas.Na imagem a seguir é possível observar que a vida de uma proteína engloba mais de que sua síntese e degradação. A estabilidade marginal da maioria das proteínas pode produzir um Balanço Tênue entre os estados dobrados e desdobrados. A medida que as proteínas são sintetizadas nos Ribossomos, elas devem dobrar-se em sua conformação nativa, algumas vezes isso ocorre de forma espontânea, porém, frequentemente com a assistência de enzimas e complexos especializados chamados Chaperonas. As proteínas inapropriadamente dobradas frequentemente expõem Superfícies Hidrofóbicas que as tornam “pegajosas”, conduzindo à formação de agregados inativos. Esses agregados podem perder suas funções normais, mas não são inertes; seu acúmulo nas células situa-se no centro de doenças que vão de diabetes a doenças de Parkinson e Alzheimer. Não surpreendentemente, todas as células eleboram vias de reciclagem e/ou degradação de proteínas irreversivelmente deformadas, essa perda da Estrutura Tridimensional que causa a perda de função é chamada de Desnaturação. O Estado Desnaturado não necessariamente corresponde ao desdobramento completo da proteína e à randomização da conformação. Na maioria das condições, as proteínas desnaturadas, existem como um conjunto de estados parcialmente dobrados. A maioria das proteínas pode ser desnaturada pelo calor, que tem efeitos complexos nas muitas interações fracas da proteína (principalmente sobre as ligações de hidrogênio). 3.5 Funções das Proteínas As proteínas podem ter função estrutural, participando na composição de várias estruturas do organismo. sustentando e promovendo rigidez, como a Queratina, Colágeno e Elastina. Existem proteínas que promovem a defesa do organismo contra microrganismos e substâncias estranhas, como os Macrófagos e as Imunoglobulinas. Outras funções desempenhadas pelas proteínas envolvem a Ação Catalítica, transportadora (hemoglobina transportando gases respiratórios), nutritiva e energética, promovem a contração e podem atuar como mensageiros químicos (hormônios). TÓPICO IV Enzimas 2 Função Enzimática As Enzimas são proteínas que controlam a velocidade e regulam as reações que ocorrem no organismo, como digestão de alimentos, envio de sinais nervosos ou contração de músculos que não ocorrem em velocidades adequadas sem catálise. As enzimas controlam esses problemas ao proporcionarem um ambiente adequado para que uma dada reação possa ocorrer mais rapidamente. A reação catalisada pela enzima ocorre confinada em um bolsão denominado Sítio Ativo. A molécula que se liga no sítio ativo e sobre a qual a enzima age é denominada Substrato. 3 Cinética Enzimática É a abordagem para entender o mecanismo das enzimas, determinar a velocidade da reação e como ela se modifica em resposta às mudanças nos parâmetros experimentais. Um fator-chave que afeta a velocidade das reações catalisadas pelas enzima é a concentração do substrato (S). Os estudos dos efeitos da concentração do substrato é complicado pelo fato de (S) modificar-se durante o curso de uma reação in vitro à medida que o substrato é convertido em produto. As enzimas tem um pH (ou uma faixa de pH) ótimo na qual a velocidade catalítica é máxima; a atividade decresce em pH maior ou menor. As cadeias laterais dos aminoácidos do sítio ativo podem funcionar como ácidos ou bases fracas em funções críticas que dependem da manutenção de certo estado de ionização, e em outras partes da proteína, as cadeias leterais ionizáveis podem ter participação essencial nas interações que mantêm a estrutura proteica. 3.1 Enzimas Reguladoras Tem a atividade catalítica aumentada ou diminuída em resposta a certos sinais. Ajustes na velocidade das reações catalisadas por enzimas regulatórias e na velocidade da sequência metabólica inteira permitem que as células atendam às necessidades de energia e das biomoléculas de que precisam para crescer e se manter. As atividades das enzimas regulatórias são moduladas de várias maneiras. Enzimas Alostéricas agem como meio de ligações reversíveis e não covalentes com compostos regulatórios denominados Moduladores Alostéricos ou Efeitos Alostéricos, que geralmente são metabólitos pequenos ou cofatores. Algumas enzimas são estimuladas ou inibidas quando estão ligadas a proteínas regulatórias distintas. Outras são ativadas quando segmentos peptídicos são removidos por proteólise. Diferentemente da regulação mediada por efetores, a regulação por proteólise é irreversível. Exemplos importantes desses mecanismos são encontrados em processos fisiológicos como digestão, coagulação do sangue, ação hormonal e visão. TÓPICO V Carboidratos e Glicoconjugados 2 Monossacarídeos e Dissacarídeos Os Monossacarídeos são os compostos mais simples de carboidrato, possuindo entre três e sete carbonos. São sólidos, cristalinos e incolores solúveis em água, mas insolúveis em apolares. São compostos por cadeias de carbono não ramificadas, nas quais todos os átomos de carbono são unidos por ligações simples. Nessa forma de cadeia aberta, um dos átomos de carbono está ligado duplamente a um átomo de O², formando um grupo carbonil; os outros átomos de carbono estão ligados, cada um, a um grupo de Hidroxila. Quando o grupo carbonil está na extremidade da cadeia de carbonos (isto é, um grupo aldeído), o monossacarídeo é um Aldose (composto de uma única unidade sacarídea); quando o grupo carbonil está em qualquer outra posição (em um grupo Cetona), o monossacarídeo é uma Cetose. Os monossacarídeos mais simples são as duas trioses de três carbonos: Gliceraldeídos (Aldotrioses) e di-hidroxiacetonas. Onde existem monossacarídeos com 4, 5, 6 e 7 átomos de carbono no esqueleto são chamados de Tetroses, Pentoses, Hexoses e Heptoses. Existem Aldoses e Cetoses para cada um desses comprimentos de cadeia: Aldotetroses e Cetotetroses, Aldopentoses e Cetopentoses, e assim, por diante. As Hexoses, que incluem a aldo-hexoseD-glicose e a ceto-hexose D-frutose, são os monossacarídeos mais comuns na natureza - os produtos da fotossíntese e os intermediários-chave das sequências de reações produtoras de energia centrais da maioria dos organismos. As Aldopentoses Ribose e Desoxirribose são componentes dos nucleotídeos e do ácidos nucleicos. Pode-se observar que a nomemclatura dos monossacarídeos envolve três etapas: 1. Verificar se é uma Aldose ou uma Cetose. 2. Verificar a quantidade de átomos de carbono. 3. Acrescentar o sufixo Ose. Os monossacarídeos podem ser oxidados por agentes oxidantes suaves, como o íon cúprino (Cu21). O íon cúprino oxida a glicose e certos outros acúcares a uma complexa mistura de Ácidos Carboxílicos, essa é a base da reação de Fehling, teste semiquantitativo para a presença de açúcar redutor, que por muitos anos foi utilizado para detectar e dosar níveis elevados de glicose em pessoas com DM. Os Dissacarídeos (como maltose, lactose e sacarose) consistem em 2 monossacarídeos covalentemente por uma ligação O- glicossídica, formada quando um grupo de hidroxila de uma molécula de açúcar, normalmente cíclica, reage com o carbono anomérico de outro. Ligações Glicossídicas são hidrolisadas por ácido, mas resistem à clivagem por base. Assim, os dissacarídeos podem ser hidrolisados para organizar seus componentes monossacarídeos livres por fervura em ácido diluído. Ligações N-glicosídicas unem o carbono anomérico de um açúcar a um átomo de nitrogênio em glicoproteínas e nucleotídeos. 3 Polissacarídeos Também chamados de Glicanos, são carboidratos que por hidrólise, originam uma grande quantidade de monossacarídeos. Contém somente uma única espécie monomérica; os Heteropolissacarídeos contém 2 ou mais tipos. Homopolissacarídeos, como amido e glicogênio, servem como formas de armazenamento para monossacarídeos utilizados como combustíveis. Outros homopolissacarídeos, como celulose e quitina, atuam como elementos estruturais em paredes celulares de plantas e em exoesqueletos de animais. Os Heteropolissacarídeos fornecem suporte extracelular para organismos de todos os reinos,por exemplo, a camada rígida do envelope celular bacteriano (o Peptidoglicano) é parcialmente composta por um heteropolissacarídeo construído por duas unidades alternadas de monossacarídeo. Nos tecidos animais, o espaço extracelular é preenchido por alguns tipos de heteropolissacarídeos, os quais formam uma matriz que conecta células individuais e fornece proteção, forma e suporte para células, tecidos e órgãos. Os polissacarídeos de armazenamento importantes são o amido, em células vegetais, e o glicogênio, em células animais. Ambos ocorrem intracelularmente em grandes agrupamentos ou grânulos. Moléculas de amido e glicogênio são extremamente hidratadas, pois tem muitos grupos hidroxila expostos e disponíveis para formarem ligações de hidrogênio com a água. A maioria das células vegetais possui a capacidade de sintetizar amido, e o seu armazenamento é abundante em tubérculos - como a batata - e em sementes; O amido contém dois tipos de polímero de glicose, amilose e amilopectina. O glicogênio é o principal polissacarídeo de armazenamento das células animais. Como a Amilopectina, o glicogênio é um polímero formado pela união de várias moléculas de glicose, é abundante no fígado, podendo constituir até 7% do peso líquido, também está presente no músculo esquelético, nos hepatócitos, em grandes grânulos, os quais são agrupamentos de grânulos menores compostos por moléculas únicas de glicogênio, altamente ramificadas, com massa molecular média de alguns milhões. Esses grânulos, também apresentam, as Enzimas responsáveis pela síntese e degradação do glicogênio. Alguns homopolissacarídeos estão presentes como componentes estruturais na parede celular de vegetais (celulose) e no exoesqueleto de insetos e crustáceos (quitina). Os Heterossacarídeos, os Glicosaminoglicanos, formam uma família de polímeros lineares compostos por unidades de dissacarídeo repetidas. Os glicosaminoglicanos são exclusivos de animais e bactérias. O Glicosaminoglicano Ácido Hialurônico (hialuronana) forma soluções claras, altamente viscosas, que funcionam como lubrificantes no líquido sinovial das articulações e geram a consistência gelatinosa de humor vítreo nos olhos dos vertebrados (o ácido hialurônico pode ter aparência vítrea ou translúcida). O ácido hialurônico também é um componente da matriz extracelular de cartilagens e tendões, em que auxilia na resistência à tensão e elasticidade, devido a sua forte interação não covalente com outros componentes da matriz. A Hialuronidase, enzima secretada por certas bactérias patogênicas, hidrolisa as ligações glicosídicas do ácido hialurônico, tornando os tecidos mais suscetíveis à infecção bacterianas. Em muitas espécies animais, uma enzima similar presente no espermatozóide hidrolisa o revestimento de glicosaminoglicano que envolve o ovócito, permitindo a penetração do espermatozóide. 4 Glicoconjugados: Proteoglicanos, Glicoproteínas e Glicolipídios O carboidrato que carrega a informação está covalentemente ligado a uma proteína ou lipídio, formando um glicoconjugado, molécula biologicamente ativa. Como mostra a imagem a seguir: Os Proteoglicanos são macromoléculas da superfície celular ou da matriz extracelular nas quais uma ou mais cadeias de glicosaminoglicanos sulfatados estão covalentemente unidas a uma proteína de membrana ou a uma proteína secretada. A cadeia de glicosaminoglicano pode ligar-se a proteínas extracelulares por meio de interações eletrostáticas entre a proteína e os açúcares negativamente carregados do proteoglicano. Os proteoglicanos são os principais componentes de todas as matrizes extracelulares. As glicoproteínas tem um ou alguns Oligossacarídeos de várias complexidades, unidos covalentemente a uma proteína. Constumam ser encontradas na superfície externa da membrana plasmática (como parte do glicocálise), na matriz extracelular e no sangue. Nas células são encontradas em organelas específicas, como aparelho de Golgi, grânulos de secreção e lisossomos. As porções oligossacarídeas das glicoproteínas são heterogêneas, assim, os glicosaminoglicanos, são ricas em informação, formando locais extremamente específicos para o reconhecimento e a ligação de alta afinidade por proteínas ligantes de carboidratos, chamadas de Lectinas. Algumas Proteínas Citosólicas e Nucleares também podem ser glicolisadas. Os Glicoesfingolipídios são componentes da membrana plasmática nos quais o grupo hidrofílico da cabeça é um oligossacarídeo. Como nas glicoproteínas, os oligossacarídeos servem como pontos específicos para o reconhecimento por lectinas. O cérebro e os neurônios são ricos em glicoesfingolipídios, os quais auxiliam na condução nervosa e na formação da mielina. Os glicoesfingolipídios também são importantes para a transdução de sinal celular. TÓPICO VI Nucleotídeos e Ácidos Nucleicos 2 Estrutura dos Nucleotídeos e Nucleosídeos Os Nucleotídeos apresentam três componentes característicos: (1) uma base nitrogenada - contendo nitrogênio; (2) uma pentose e (3) um ou mais fosfatos. A molécula sem o grupo fosfato é denominada Nucleosídeo. As bases nitrogenadas são derivadas de dois compostos relacionados: a Pirimidina (são compostos orgânicos, a Citocina, Timina e Uracila são derivados primídicos) e a Purina (compostos orgânicos heterocíclicos, Adenina e Guanina são compostos orgânicos). As bases e as pentoses dos nucleotídeos comuns são compostos heterocíclicos. O DNA e o RNA contém duas bases púricas principais: Adenina (A) e Guanina (G) e duas pirimídicas. No DNA e no RNA, uma das principais é a Citosina (C), mas a segunda pirimidina não é a mesma nos dois: Tiamina (T) no DNA e Uracila (U) no RNA. Os Ácidos Nucleicos são constituídos por duas pentoses. Se o açúcar e a Ribose, teremos um ribonicleosídeo, característico do RNA. Se o açúcar é a Desoxirribose, teremos um desoxirribonucleosídeo, característico do DNA. 3 Ligações Fosfodiésteres Os nucleotídeos consecutivos de ambos (DNA e RNA) são ligados covalentemente por “pontes” de grupos fosfato, nas quais o grupo 59- fosfato de uma unidade nucleotídica é ligado ao grupo 39-hidroxila do próximo nucleotídeo, criando uma Ligação Fosfodiéster. 4 Estrutura dos Ácidos Nucleicos 4.1 Características do DNA O DNA é uma molécula flexível, em que entre as bases nitrogenadas (Adenina e Timina) observamos a presença de duas ligações de hidrogênio, enquanto no pareamento de Citocina e Guanina, percebemos a presença de três ligações de hidrogênio. Ele apresenta todas as funções genéticas dos indivíduos, sendo considerado o portador da mensagem genética. O DNA apresenta regiões específicas chamadas de Genes, herdadas de nossos pais, nele encontramos o código necessário para a produção de cada proteína no nosso corpo. Nas Células Eucarióticas apresenta-se de maneira linear, já nas Células Procariontes, Mitocôndrias e Plastos, é encontrado de forma linear. 5 Características dos RNAs A segunda maior forma de ácidos nucleicos, tem muitas funções. Na expressão genética, atua como intermediário pelo uso da informação codificada no DNA para especificar a sequência de aminoácidos da proteína funcional. É encontrado tanto no núcleo quanto no citoplasma e um aumento da síntese proteica é acompanhado por um aumento na quantidade de RNA Citoplasmático e um aumento na sua taxa de renovação. O RNA carrega a informação genética do DNA para a maquinaria biossintética do ribossomo (RNA Mensageiro). Além do RNA Mensageiro, existe o RNA Ribossômico e o RNA Transportador. O RNA Ribossômico participa na constituição dos ribossomos e são armazenados no núcleo da célula (região chamada Nucléolo. Já o RNA Transportador, transporta os aminoácidos até o local da síntese de proteínas na tradução. 6 A Química do Ácido Nucleico O papel do RNA como repositório da informação genética depende em parte da sua estabilidade inerente. As transformações químicas que ocorrem geralmente são lentas na ausência de um catalisador enzimático. Outras alterações, não destrutivas, também ocorrem e são essenciais para a função, como a separação das cadeias
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