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Biomedicina Integrada (AVA) Maldi-Tof • análise proteômica • possibilita diferenciar as espécies de microrganismos contidas em uma amostra • otimiza o diagnóstico de doenças, pois apresenta alta sensibilidade e especificidade, além de diminuir as etapas tendo resultados mais rápidos e confiáveis • a partir do início o resultado sai em minutos • parte das etapas dos métodos clássicos podem ser descartados ao usar Maldi-Tof Métodos Clássicos de Identificação • métodos fenotípicos – se baseiam na identificação das características morfológicas e funcionais dos microrganismos, dependem das condições ambientais ↪ são aplicáveis apenas na tipagem de algumas espécies • um único ensaio não é suficiente para determinar o número de propriedades capazes de identificar a espécie de bactérias ou de fungos da infecção • colorações • meios de cultura ↪ de acordo com suspeita clínica e as características metabólicas do microrganismo • provas bioquímicas • antibiograma ↪ analisa a resistência a antibióticos • métodos genotípicos – baseiam-se na identificação de fragmentos dos genes de microrganismos e na detecção de polimorfismos ↪ possibilita a classificação em subespécies • análise de fragmentos de restrição do DNA genômico • técnicas de tipagem baseadas na reação em cadeia de polimerase (PCR) ↪ em ambas é obtido um padrão de fragmentos de DNA específico para cada subespécie, permitindo a identificação Fundamentos do Maldi-Tof • tem-se um único ensaio para cada microrganismo, possibilitando estabelecer o tratamento mais adequado • também pode ser utilizada para determinar a susceptibilidade do microrganismo a alguns antibióticos • faz identificação fenotípica dos microrganismos • não exclui a realização da genotipagem, já que a análise das proteínas também depende das condições ambientais • técnica composta por matriz polimérica, fonte de laser a tubo a vácuo acoplado a um espectrofotômetro de massa • permite a obtenção do espectro de massas das proteínas presentes • o espectrômetro identifica moléculas e compostos desconhecidos, quantifica e prevê suas propriedades • as moléculas são ionizadas, ou seja, convertidas em íons, e então separadas a partir da passagem por um campo • os valores detectados são de acordo com a massa e a carga, que são responsáveis pelo padrão de migração das moléculas • a análise envolve várias etapas ↪ isolamento da amostra biológica ↪ cultivo dos microrganismos ↪ deposição do material cultivado em uma placa e adição da matriz polimérica ↪ a matriz polimérica aumenta a taxa de ionização ↪ irradiação do material com feixes de laser ↪ ocasionando dessorção / vaporização e ionização das proteínas ↪ aceleração dos vapores e passagem por tubo a vácuo / tubo de voo ↪ separa as diferentes proteínas e direciona para o detector ↪ determinação do tempo de voo de cada proteína, que é o tempo que demora para chegar ao detector ↪ aquisição do espectro de massas ↪ registro com uma série de picos, que são analisados por um software, fazendo a comparação dos dados obtidos com um perfil proteico de outros microrganismos • o espectro de massas forma um gráfico ↪ eixo X – representa a razão m/z (massa molecular/carga elétrica) ↪ eixo Y – representa a proporção de íons • cada pico representa uma proteína, criando uma • cada microrganismo possui um conjunto de proteínas específico, gerando um padrão de picos único ↪ como uma “impressão digital” • o Maldi-Tof também pode ser usado para determinar a resistência bacteriana aos antibióticos ↪ envolve principalmente a avaliação da enzima betalactamase, que inativa os antibióticos betalactâmicos ↪ adiciona o antibiótico à cultura de bactérias e faz incubação ↪ centrifuga a amostra ↪ o sobrenadante, livre de bactérias, é depositado no Maldi-Tof ↪ resultado com um pico indica que o antibiótico não foi degradado, as bactérias são suscetíveis ↪ resultado com dois picos significa que houve quebra do anel lactâmico, as bactérias são resistentes ↪ análise de biomarcadores associados aos mecanismos de resistência ↪ comparação de perfis proteicos de bactérias incubadas ou não com diferentes antibióticos • possibilita resultados mais rápidos que os do antibiograma e o tratamento pode ser feito de maneira precoce e efetiva Identificação de Partículas Virais • usado para identificação do Sars-Cov-2 • coleta secreção da nasofaringe ou saliva • faz análise de glicoproteínas do envelope viral ↪ como fragmentos da proteína spike, responsável pela entrada do vírus no organismo • avalia a resposta imune associada à infecção ↪ caracterizada pelo aumento da intensidade dos picos relacionados à cadeia leve das imunoglobulinas e à cadeia pesada da imunoglobulina A / IgA) Outros usos • pode ser usado para avaliar proteínas de outros tipos celulares ↪ verifica os produtos de genes com polimorfismos ↪ analisa as consequências proteicas das modificações pós-transcricionais do RNA ↪ avalia presença de imunoglobulinas específicas no soro do paciente • técnica de Maldi-IMS, usada de forma experimental para detectar marcadores tumorais expressos em tipos de câncer, que estão presentes somente em células com o tumor, permitindo diagnóstico precoce Tecnologias em Hematologia e Hemoterapia Rotina no Setor de Hematologia Clínica • ajuda na detecção de anemias, policitemia, leucemias, processos infecciosos, hemoglobinopatias, linfomas e mielofibrose • faz hemograma, coagulograma, tipagem sanguínea, provas de Coombs direto e indireto, contagem de reticulócitos, curva de resistência osmótica, prova de falcização, eletroforese de hemoglobina, entre outros • os parâmetros analisados são hemácias, leucócitos, linfócitos e plaquetas • os parâmetros podem ser obtidos de forma manual, é necessário centrífuga, espectrofotômetro e microscópio ↪ centrifuga – estima o hematócrito, que é a proporção relativa de hemácias na amostra ↪ espectrofotômetro – dosa a hemoglobina ↪ microscópio – permite a contagem das hemácias e a observação das alterações morfológicas, variações de tamanho e coloração etc • a análise pode ser semiautomatizada, submetendo a amostra a equipamentos ↪ contador hematológico – permite a contagem e determinação do diâmetro das células a partir da sua passagem por uma corrente elétrica ↪ diferentes intensidades da corrente (impedâncias) possibilitam diferenciar os tipos as células sanguíneas Citometria de Fluxo • faz contagem e identificação de células • permite identificar moléculas na superfície e entre outros parâmetros • determina parâmetros hematológicos que constam no hemograma • faz contagem de reticulócitos • auxilia no diagnóstico das leucemias e de hemoglobinúria paroxística noturna • identifica a subpopulação de células malignas no sangue • define o perfil funcional e o estágio de maturação dos subtipos de leucócitos • avalia linfócitos T CD4+ e CD8+ em sangue de indivíduos HIV positivos • a amostra é colocada em flux laminar e em meio líquido condutor de eletricidade • um feixe a laser é direcionado, as partículas suspensas no meio dispersam a luz de maneira diferente • a luz dispersa é captada por detectores, permitindo a avaliação de parâmetros físicos e químicos das células contidas na amostra • o equipamento possui detectores de fluorescência, permitindo adição de fluorocromos ou de anticorpos monoclonais acoplados a fluoróforos ↪ importante no diagnóstico de algumas condições ↪ a imunofenotipagem usa anticorpos monoclonais que reconhecem antígenos presentes em células neoplásicas ou em alguma subpopulação de leucócitos • por fim é obtido um gráfico em que cada ponto corresponde a uma célula ↪ eixo X / side scatter (SSC) – diz respeito a complexidade da célula ↪ o principal parâmetro que determina a complexidade é a presença de grânuloscitoplasmáticos / granulosidade ↪ eixo Y / forward scatter (FSC) – diz respeito ao tamanho da célula Laboratório Modular de Hematologia • plataforma que permite a análise de diversos parâmetros hematológicos e avaliação do esfregaço sanguíneo de maneira automatizada • integra as etapas pré-analítica, analítica e pós-analítica • tem como objetivo aumentar a precisão dos resultados • estação pré-analítica – posicionamento das amostras de sangue em tubos com EDTA, necessita de um volume menor de sangue • analisador modular – arranjos em série, geralmente compostos por citometria de fluxo – faz contagem total e diferencial de leucócitos ↪ contador hematológico – faz contagem de ↪ hemácias e plaquetas, por impedância ↪ espectrofotômetro – dosa hemoglobina, por método de laurel sulfato de sódio • processador automático de lâminas – produz esfregaços, faz coloração para que sejam analisados por um software de inteligência artificial • analisador de imagens – as imagens são digitalizadas e analisadas por redes neurais artificiais, baseando-se em bancos de dados de elementos do sangue, possibilitando identificar alterações e até diagnosticar infecções parasitárias Contagem Automatizada de Granulócitos Imaturos (IG) • auxilia no diagnóstico precoce de sepse, já que a demore de algumas horas pode ser fatal • observa-se contagem de leucócitos maior que 12.000/mm3, menor que 4.000/mm3 ou mais de 10% sendo leucócitos jovens, indicando maior produção das mesmas na medula óssea • encontra-se principalmente neutrófilos aumentados, em primeiro momento e em infecções bacterianas • também ocorre aumento de interleucinas IL- 1, IL-6, IL-8 e IL-10, fator de necrose tumoral (TNF), proteínas de fase aguda PCR / proteína C reativa e prolactina • a citometria de fluxo permite classificar os granulócitos de acordo com o estágio de maturação, apresenta maior rapidez, alta sensibilidade e especificidade • o protocolo envolve a incubação de sangue com um fluoróforos, seguido de lise seletiva da membrana dos leucócitos maduros • somente os granulócitos imaturos permanecem íntegros e são avaliados quanto ao tamanho, conteúdo de DNA e RNA, formato do núcleo, granulosidade e entre outros, ao passar pelo citômetro de fluxo Contagem de Plaquetas Reticuladas (IPF) • auxilia no diagnóstico de trombocitopenia, que é a diminuição do número de plaquetas • a diminuição pode ser resultado de ↪ hipoprodução medular – produção insuficiente pela medula óssea ↪ nota-se aplasia da medula ou proliferação de células anormais ↪ hiper destruição periférica – destruição acelerada das células ↪ produção de plaquetas maior que o normal, como modo de compensar as perdas, ocorre liberação de formas imaturas (plaquetas reticuladas) na circulação ↪ plaquetas reticuladas apresentam volume aumentado, são mais densas e carregam conteúdo residual de RNA no citoplasma, possibilitando a detecção automatizada ↪ acúmulo no baço aumentado • quando a contagem fica entre 10.000 a 20.000 pode ocorrer hemorragias sem nenhuma lesão reconhecida • a contagem das plaquetas pode ser feita por sistemas automatizados multiparamétricos, por impedância • a classificação das células de acordo com o estágio de maturação pode ser realizada por citometria de fluxo, utilizando um fluoróforos que se liga as plaquetas reticuladas ↪ ambos permitem avaliar a proporção em relação ao total de plaquetas, complementando ou substituindo o mielograma avaliação da medula óssea por punção de ossos longos Conteúdo de Hemoglobina dos Reticulócitos (RET-He) • auxilia no diagnóstico de anemias ↪ por deficiência de eritropoietina – contagem de hemácias diminuída, geralmente normocítica e normocrômica ↪ por deficiência de ferro – anemia microcítica e hipocrômica ↪ por deficiência de ácido fólico e vitamina B12 – macrocítica • a avaliação da quantidade de hemoglobina nos reticulócitos, que são precursores das hemácias, possibilita uma aferição indireta da quantidade de ferro • também possibilita avaliar a resposta da medula óssea frente à terapia de ferro intravenoso e tratamento com eritropoetina recombinante humana • a quantificação da hemoglobina dos reticulócitos é realizada a partir da medida do volume das células e da determinação da concentração de hemoglobina contida no seu interior • o resultado é o valor médio da massa de hemoglobina em cada célula Técnicas de Biologia Molecular • auxilia no diagnóstico de hemoglobinopatias, doenças genéticas caracterizadas por alterações na estrutura da hemoglobina ↪ as mais comuns são anemia falciforme e talassemias • diagnóstico geralmente feito pela eletroforese de hemoglobina e pela cromatografia em alta performance (HPLC) • os ensaios de reação em cadeia da polimerase (PCR) e ensaios RFLP diagnosticam as alterações nos genes que codificam as cadeias de globina, são alternativas rápidas e eficazes Obs.: as hemácias não possuem DNA, portanto, o material genético analisado é originário dos leucócitos ou de outros tipos celulares Microarranjos de DNA / Microarrays • possibilita avaliação de vários loci de DNA ao mesmo tempo • verifica o perfil de polimorfismo nos genes • permite checar o perfil de transcrição da célula a partir da avaliação dos RNAs mensageiros • importante na análise de farmacogenômica, no diagnóstico de doenças genéticas e nas análises forenses, pois identifica mutações • a análise é feita baseada na adição do material genético em uma placa com vários pontos, cada um com uma sonda de DNA específica • se houver uma sequência de nucleotídeos complementar a sequência da sonda é gerado um sinal fluorescente Fundamentos dos Ensaios • as sondas são fabricadas e adicionadas à placa, forma os microarranjos ↪ sondas são sequências de DNA de fita simples ↪ cada placa pode conter milhares de sondas diferentes ↪ cada ponto tem várias sondas iguais ↪ as sondas são fragmentos de genes que podem estar relacionados com alguma condição, como câncer, doenças genéticas, etc • coleta a amostra e o mRNA é extraído, sendo submetido à transcrição reversa ↪ a transcrição reversa / RT-PCR produz uma cópia de DNA complementar à sequência do mRNA • resulta em um cDNA que é adicionado um fluoróforo • as moléculas de cDNA marcadas são adicionadas aos spots com os microarranjos • onde houver hibridização, ou seja, uma fita se ligar a outra, ocorre geração de sinal fluorescente ↪ a sequência da sonda adicionada àquele ponto da placa estava no conjunto de mRNA da célula estudada • a placa é escaneada e processada por um software, permitindo determinar quais genes são expressos • um exemplo do uso é comparando amostras de células neoplásicas e células controle sem neoplasia, utilizando sondas de cor diferente ↪ cDNA de células neoplásicas recebe um fluoróforo vermelho, se o sinal emitido for vermelho a sequência de DNA só está presente nas células neoplásicas ↪ cDNA de células controle recebe um fluoróforo verde, se o sinal emitido for verde a sequência só está presente nas células controle ↪ sinais amarelos indicam que a sequência está em ambos os grupos de células Tipos de Microarranjos • as sondas podem ser sequências de DNA dupla fita ou simples fita • microarranjos impressos – sondas impressas em superfícies de vidro • microarranjos de oligonucleotídeos sintetizado in situ – sondas sintetizadas diretamente em uma superfície sólida • microarranjos de alta densidade – sondas adicionadas a grânulos de sílica • microarranjos eletrônicos – sondas depositadas na placa por ação de um campo elétrico • bidimensionais – são planares, realizados em placa ↪ todos os anteriores são bidimensionais • em suspensão – adicionadas em grânulos suspensos ou em um líquido, permitindo a análise em citômetro de fluxo após a hibridização • utilizando cDNA sintetizado a partir domRNA extraído da amostra de interesse • utilizando fragmentos amplificados por PCR diretamente dos genes ↪ principalmente utilizada para detectar mutações ou polimorfismos • microarranjos baseados na ligação entre DNA • microarranjos baseados na interação entre proteínas ↪ as sondas são proteínas, peptídeos ou anticorpos • microarranjos baseados na interação de proteínas com o DNA ↪ técnica chIP-on-chip – consiste na imunoprecipitação da cromatina e em microarranjos de DNA, permite avaliar proteínas que atuam no contexto da cromatina, como histonas, fatores de transcrição, fatores de regulação gênica, etc Pesquisa e Diagnóstico • os microarranjos são muito utilizadas na pesquisa para descobrir se genes estão relacionados com o desenvolvimento de patologias e avaliar a relação de mutações com diferentes doenças • esses estudos permitem desenvolver kits para o diagnóstico de várias condições de saúde • laboratórios de biologia molecular oferecem variados arranjos de sondas de DNA para verificar os determinantes genéticos relacionados variadas condições ↪ indicado para autismo, múltiplas anomalias congênitas, atraso no desenvolvimento neuropsicomotor, malformações fetais, perdas gestacionais, predisposição genética a cardiopatias, avaliação genômica de diferentes tipos de câncer, análise de ancestralidade, perfil farmacogenético, etc • tem maior sensibilidade e especificidade ↪ é indicado para casos em que os exames citogenéticos e cariótipo são inconclusivos Sistema Crispr-Cas9 • técnica capaz de corrigir mutações presentes nos genes • baseada no sistema de defesa das bactérias e das arqueas, contra a inserção de DNA exógeno em seu genoma • por realizar a edição do DNA tem sido adaptada para executar alterações gênicas em seres eucarióticos • doenças genéticas, neoplasias malignas e infecções por retrovírus são doenças que envolvem a alteração de sequência de fragmentos de DNA, por envolverem alterações genéticas, o tratamento na maioria das vezes não tem cura ↪ uma maneira de fazer isso seria reparar o DNA alterando, ou removendo o DNA alterado, ou remover o DNA do retrovírus no gene do hospedeiro Sistema Crispr em Bactérias • o sistema CRISPR defende as bactérias dos bacteriófagos impedindo sua incorporação no genoma bacteriano e de quaisquer alterações resultantes da incorporação de DNA exógeno ↪ o bacteriófago altera o funcionamento das células bacterianas e pode levar à morte • possui sequencias nucleotídica específicas palindrômicas e nucleases Cas ↪ sequências palindrômicas são aquelas que quando lidas em ambas as fitas de DNA antiparalelas, no sentido 5’ → 3’, trazem a mesma informação. ↪ exemplo – 5’ GAATTC 3’, cuja fita complementar é 3’ CTTAAG 5’ ou, na ordem direta, 5’ GAATCC 3’ ↪ nucleases Cas participam do reconhecimento e clivagem (corte) do material genético viral que foi incorporado • o funcionamento envolve 3 etapas ↪ adaptação – quando o vírus entrar na célula hospedeira ↪ o DNA exógeno ativa o locusCrispr, produzindo Cas 1 e Cas 2, que cortam o DNA estranho em fragmentos chamados de protoespaçadores ↪ esses fragmentos são adicionados nas sequências palindrômicas, caracterizando os arranjos Crispr, montando uma “biblioteca viral” ↪ durante o processo de fissão binária, esses fragmentos serão passados para as células filhas ↪ expressão – ocorre quando a célula é reinfectada pelo bacteriófago ↪ as sequências dos protoespaçadores, a nuclease Cas9 e a sequência tracr são transcritas, formando um complexo ↪ o locus Crispr é transcrito e processado, gerando fragmentos de RNAs correspondente aos protoespaçadores, denominados Crispr RNAs / crRNAs ↪ os fragmentos de crRNAs são associados a proteína Cas9, guiando para que ocorra o reconhecimento do DNA do vírus ↪ uma molécula de RNA transativador / tracrRNA também integra o locus Crispr ↪ interferência – reconhecimento e fragmentação do DNA do vírus invasor pelo Crispr-Cas ↪ se já houve reinfecção, a sequência do DNA está na biblioteca da bactéria, então o DNA viral tem uma sequência complementar ao crRNA complexado à Cas9 ↪ é feita a ligação entre o crRNA e o DNA viral ↪ o DNA viral é clivado pela Cas9, “livrando” a bactéria de uma nova infecção para que ocorra a clivagem é necessário reconhecer sequências de 2 a 5 nucleotídeos do DNA hospedeiro, denominados PAM, garantem que não tenha corte do DNA da bactéria em sítios inespecíficos Edição do DNA de Células Eucarióticas • o sistema Crispr-Cas9 foi adaptado para que faça edição do DNA de células eucarióticas, para isso ocorre a fusão de crRNA e do tracrRNA em uma única molécula de sgRNA • crRNA apresenta sequência complementar ao gene que deseja editar, permitindo que forme uma dupla fita com o DNA genômico, ocorrendo a clivagem pela Cas9 • depois da clivagem o sistema de reparo é ativado, levando a dois cenários diferentes ↪ modelo de HDR – um oligonucleotídeo, ou seja, uma sequência curta de DNA simples fita, contendo a sequência correta do gene é administrado, sendo incorporado no local de clivagem e corrigindo a sequência ↪ modelo de NHEJ – nenhum oligonucleotídeo é administrado, ocorre inserção ou deleção de nucleotídeos de forma aleatória, resultando na alteração da função do gene, incluindo nocaute ou silenciamento Potenciais Usos • suas aplicações envolvem o silenciamento gênico, repressão ou indução da expressão gênica, modulação da atividade de proteínas, introdução de genes exógenos para fins de produção de proteínas in vitro, etc • pode ser utilizado para nocautear genes, ajudando a entender melhor sua função, ou direcionando a célula para a produção de proteínas específicas, as quais os genes foram resultados da edição • pode ser feita terapia gênica capaz de corrigir genes mutados relacionados a doenças genéticas, combater câncer, curar infecções por retrovírus, induzir a compatibilidade em transplantes de órgãos originalmente não compatíveis • na agricultura pode ser usado para criação de plantas transgênicas resistentes a pragas ou com características fenotípicas e nutricionais mais vantajosas • facilita a produção de fármacos, biocombustíveis e de biomateriais por células que o DNA foi editado para geração desses produtos • superbactérias resistentes a antibióticos pode ser combatidas • algumas doenças genéticas como catarata hereditária, distrofia muscular de Duchenne, beta-talassemias e heranças autossômicas dominantes são potenciais alvos para o sistema Crisper-Cas9, em células de linhagem germinativa • também pode ser feito a edição de células somáticas, tratando doenças como tirosinemia tipo I, hepatite B e infecções pelos vírus HIV e HPV, que são retrovírus • os ensaios em células somáticas podem ser feitos in vivo e ex vivo ↪ in vivo – a partir da injeção próxima ao grupo de células cujo genoma se deseja editar ↪ ex vivo – é feito o isolamento das células de interesse, elas são cultivadas em laboratório, ocorre a incorporação do sistema Crispr-Cas9 in vitro e então as células editadas são reinseridas no organismo ↪ pode ser realizado em células tronco, garantindo que o sistema será expresso só nas células de interesse Aspectos Éticos • vários aspectos são levantados, já que o sistema Crispr-Cas9 pode editar qualquer parte do genoma de qualquer indivíduo • a edição de células germinativas e de embriões, eliminando o risco de desenvolver doenças genéticas, mas também pode ser utilizada para selecionar outras características que os pais desejam, culminando em práticas eugenistas • a edição do DNA atinge células germinativas que serão herdades pelas próximas gerações, podendo ter efeitos imprevisíveis • a edição do genoma de plantas pode levar à perda da biodiversidade e gerar problemas ambientais • no Brasil os experimentos de engenharia são regulamentados pelaLei de Biossegurança de 24 de março de 2005 ↪ proíbe a edição do DNA de embriões humanos, mas células retiradas de embriões inviáveis ou em processo de descarte podem ser utilizadas para pesquisa Biomedicina Integrada (AVA) Ciências Ômicas • tem como objetivo identificar e quantificar moléculas biológicas, como DNA, RNA, proteínas ou produtos do metabolismo • genômica – visa sequenciamento dos genes • exômica – visa caracterizar os éxons que constituem esses genes ↪ consequência de como se organiza o genoma • transcriptômica – visa identificar os transcritos de RNA ↪ resultado dos mecanismos que regulam a transcrição do genoma e a edição do transcrito primário • proteômica – visa identificar as proteínas expressas em determinada célula ou organismo ↪ resultante da tradução dos transcritos pelo ribossomo • metabolômica – mapeia os produtos do metabolismo ↪ decorrente das proteínas expressas pela célula Exoma • analisa todas as regiões codificadoras do genoma humano, os éxons ↪ identificar mutações que possam estar relacionadas com o desenvolvimento de doenças ↪ investiga aspectos moleculares envolvidos na patogênese e na resposta à fármacos de diferentes tipos de câncer ↪ verifica risco de doenças genéticas entre casais consanguíneos ↪ identifica doenças genéticas cuja hipótese diagnóstica não está clara, ou que os resultados foram inconclusivos • o exoma é o conjunto de éxons que integram o genoma, determinado a partir do sequenciamento de seus nucleotídeos • o sequenciamento pode ser feito pela técnica shotgun, em que se fragmento o DNA alvo, de maneira aleatória, esses fragmentos são inseridos em plasmídeos e sequenciados, a fita de DNA é reconstituída em um software ↪ técnica demorada e trabalhosa • também pode ser feito pelo sequenciamento de próxima geração (NGS), faz o sequenciamento de fragmentos gênicos em paralelo ↪ mais rápida e barata Obs.: o cariótipo identifica alterações cromossômicas extensas, os microarranjos de DNA as inserções e deleções de pequenos trechos do cromossomo, e o exoma é capaz de reconhecer mutações de um único nucleotídeo • é incapaz de determinar se os éxons alterados incorporam ou não o mRNA, devido ao mecanismo de splicing alternativo ↪ para determinar é necessário fazer o transcriptoma Metaboloma • conjunto de pequenas moléculas que provém do metabolismo • a metabolômica determina o perfil metabólico do indivíduo • as análises são realizadas a partir da comparação entre grupos de amostras ↪ pode se comparar um grupo exposto a um fator ambiental com outro não exposto, por exemplo, assim conclui-se como o fator ambiental é capaz de modular diferentes vias metabólicas • existem várias vias no corpo humano, como glicólise, ciclo de Krebs, fosforilação oxidativa, via das pentoses-fosfato, ciclo da ureia, betaoxidação dos ácidos graxos, glicogênese, metabolismo da bilirrubina, síntese de neurotransmissores e de hormônios, etc • várias doenças podem estar relacionadas com o metabolismo ↪ doenças decorrentes de mutações nos genes que codificam enzimas ↪ como a fenilcetonúria doenças causadas pelo acúmulo de metabólitos no organismo ↪ como na insuficiência renal • o metabolismo também pode ser alterado por fatores ambientais, como a alimentação, prática de esportes, exposição a poluentes ambientais e substâncias tóxicas de diferentes naturezas • metabolômica alvo / targeted metabolomics – direcionada para algumas moléculas alvo, pertencentes a uma via metabólica • metabolômica global / untageted metabolomics – direcionada para o perfil total dos metabólitos do organismo • também é possível quantifica os metabólitos, que são importantes na investigação de desordens funcionais • não existe uma única técnica para a detecção do metaboloma, devido a natureza química dos metabólitos ser diversa • primeiro se escolhe o tipo de amostra biológica mais adequada para realizar a análise, de acordo com a suspeita clínica ou experimental • as amostras são preparadas de acordo com o tipo de análise e os metabólitos avaliados, é feito então a concentração dos analitos e remoção de interferências • as principais técnicas que identificam analitos é a espectrometria de massa e a ressonância magnética nuclear, também pode ser utilizado infravermelho por transformada de Fourier • a espectrometria de massa permite caracterizar uma amostra determinando a massa/carga das moléculas e a intensidade do sinal detectado ↪ pode estar acoplado a tecnologias que separam os componentes, como cromatografia gasosa, cromatografia líquida de alta performance e eletroforese capilar • a ressonância magnética nuclear se baseia na submissão da amostra a um campo magnético, determinando a configuração dos átomos de hidrogênio das moléculas da amostra • existem várias aplicações da metabolômica ↪ análises ambientais – avalia resposta de plantas e animais a fatores bióticos e abióticos, como pesticidas e outros poluentes ↪ análises clínicas – determina o metaboloma de diferentes tipos de câncer, avalia biomarcadores de diversas doenças, sendo de origem genética ou não ↪ fisiologia do esporte – avalia a performance durante o exercício físico e as alterações metabólicas decorrentes do doping ↪nutrição – analisa a relação entre dieta, estilo de vida e metabolismo ↪ microbiologia e parasitologia – explica o metabolismo de bactérias, fungos, protozoários e helmintos ↪ toxicologia – avalia o uso de drogas e o mecanismo de dependência Microbioma • microbioma é o conjunto de genes presentes em determinada microbiota • muitas doenças são originadas de alterações do microbioma • a microbiota é o conjunto de todos os microrganismos que residem no nosso corpo, como bactérias, fungos, arqueas, vírus e protozoários • eubiose – microbiota em equilíbrio, os microrganismos atuam em conjunto, promovendo a saúde do indivíduo • disbioses – desequilíbrio da microbiota, ocorre por diminuição de quantidade ou qualidade dos microrganismos ↪ pode resultar do uso de medicamentos, estilo de vida e fatores genéticos • o microbioma mais estudado e mais complexo é o intestinal Desenvolvimento da Microbiota • a maioria dos estudos indica que a colonização do intestino se inicia pelo contato do neonato com as bactérias da mãe durante o parto vaginal • a amamentação também tem papel no desenvolvimento, lactobacilos e bifidobactérias estão em grande quantidade no intestino de crianças que são amamentadas com leite materno • quando começa a introdução alimentar aumenta a população de espécies do filo Bacteroidetes, Firmicutes e Actinobacteria • com 1 ano de idade as crianças já apresentam microbiota semelhante ao de um adulto • além da dieta, fatores genéticos contribuem para a composição da microbiota Bactérias • o número de bactérias que habitam o trato gastrointestinal é maior que o número de células do organismo • o genoma dessas bactérias excede em cerca de 100 vezes o número de genes que existem nas células humanas • principais funções: • proteção contra microrganismos patogênicos, a partir da secreção de substâncias que inibem o crescimento • proporciona o desenvolvimento e a maturação do sistema imunológico, a partir do fortalecimento do mecanismo de tolerância imunológica e do tecido linfoide associado ao intestino • fortalece mucosas intestinais, estimulando a produção de muco protetor e de moléculas antibacterianas • metaboliza os nutrientes que não podem ser digeridos, como fibras alimentares, e produz moléculas importantes para a saúde, como ácidos graxos de cadeia curta • produz substâncias químicas que interagem com o tubo digestório • participa do eixo microbiota-intestino- cérebro, secretando inúmeras substâncias,como neurotransmissores • atua na produção de vitaminas, como B e K • biotransforma medicamentos a partir do metabolismo de primeira passagem • principais filos de bactérias da microbiota: • Proteobactérias • Actinobacterias • Bacteroidetes ↪ bactérias gram-negativas, encontradas em grande número no intestino de veganos, vegetarianos, produzem ácidos graxos de cadeia curta, como o butirato, que tem ação anti- inflamatória e faz manutenção da homeostase • Fermicutes ↪ cocos e bacilos gram- positivos, mais encontradas no intestino de quem consome carboidratos simples e gorduras animais • dietas carnívoras levam a uma microbiota menos diversa, pois ocorre aumento de produção de ácidos biliares que impedem a sobrevivência de algumas bactérias, principalmente Bacteroidetes • indivíduos magros possuem maior quantidade de Bacteroidetes do que Firmicutis, apontando papel importante da microbiota na reeducação alimentar • os ácidos graxos de cadeia curta participam da fisiologia do trato gastrointestinal e de todo o organismo Ácidos Graxos de Cadeia Curta • as principais produtoras de ácidos graxos de cadeia curta são as Bacteroidetes • os ácidos graxos apresentam vários papéis no organismo: • modulação do sistema imunológico ↪ causam aumento do número de linfócitos T regulatórios, que regulam a atividade dos granulócitos e linfócitos ↪ inibem a ativação do fator de transcrição FNkB, que é pró- inflamatório ↪ reduz incidência de reações alérgicas • inibição da proliferação de bactérias patogênicas ↪ o acetato e o lactato são tóxicos para as espécies causadoras de patologias intestinais • secreção de muco pelos enterócitos ↪ o butirato aumenta a produção de mucina, contribuindo para a proteção da mucosa intestinal • síntese das proteínas que participam das junções estreitas / tight junctions ↪ o butirato eleva a expressão das proteínas que participam das junções, garantindo a integridade da barreira intestinal, as junções entre os enterócitos garantem uma barreira entre os microrganismos e substâncias presentes na luz intestinal e na circulação sistêmicas • redução do estresse oxidativo ↪ o butirato inibe a NADPH- oxidase e a produção de espécies reativas de oxigênio nas células endoteliais • diminuição do pH do intestino ↪ pH mais baixo está relacionado com o aumento da absorção de minerais e da solubilidade dos sais biliares • aceleração do peristaltismo ↪ estimulam a musculatura lisa do tubo gastrointestinal, aumentando a mobilidade Desenvolvimento de Doenças • estudos apontam que a disbioses está relacionada com colite pseudomembranosa, doenças intestinais infamatórias crônicas, processos alérgicos, desenvolvimento de câncer, diabetes tipo 1 e 2, insuficiência renal, condições do sistema nervoso central, como autismo, transtorno de déficit de atenção e hiperatividade, depressão, transtorno bipolar, ansiedade e doença de Parkinson • doenças intestinais • aumento de espécies que fazem parte da microbiota normal, mas são potencialmente patogênicas • uma das principais causas é o uso de antibióticos, além de outros medicamentos como inibidores da bomba de prótons, levando a colite pseudomembranosa • também pode causar colite ulcerativa, dispepsia, flatulência, constipação e cólica • está relacionada com a doença de Crohn, mas não se sabe se a disbioses é causadora ou consequência da doença • alergias • a microbiota influencia a imunidade inata e adaptativa em nível sistêmico • alergias alimentares surgem da quebra do mecanismo de imunotolerância a antígenos presentes nos alimentos, que é um processo dependente da microbiota intestinal • o mecanismo de imunotolerância envolve a ativação de linfócitos T reguladores por antígenos dos alimentos, podem sofrer influência de vários elementos • a disbioses precede o estabelecimento da alergia, assim a microbiota intestinal nos seis primeiros meses de vida é relevante para o desenvolvimento de alergias alimentares • microrganismos presentes na microbiota, se alterados durante a infância, podem modular, intensificar ou inibir os mecanismos de resposta do sistema imunológico, causando doenças autoimunes e alergias • câncer • a disbioses está relacionada indiretamente com o desenvolvimento de vários tipos de câncer • foi observado em pacientes cm neoplasias gastrointestinais, pulmonares, de mama e melanomas • está envolvido com as alterações do sistema imunológico ↪ os ácidos graxos de cadeia curta inibem o mecanismo pró-tumoral • também causa alteração na capacidade do sistema imunológico reconhecer células tumorais, influenciando também no do tratamento • transtornos do sistema nervoso central • relacionado com o eixo intestino-cérebro, que envolve vias neurais que integram o sistema nervoso entérico aos sistemas límbico, nervoso autônomo, endócrino e imunológico • integra respostas cognitivas e emocionais no sistema nervoso central com os gânglios do sistema entérico ↪ por isso alguns transtornos psiquiátricos têm efeitos gastrointestinais ou alteram a secreção hormonal e a ativação do sistema imunológico • as bactérias que colonizam o intestino regulam as repostas de natureza central, neuroimune e neuroendócrina ↪ no tubo digestório ácidos graxos de cadeia curta promovem peristaltismo, regulam produção de muco e aumentam expressão de proteínas que participam das junções treitas entre as células da mucosa ↪ metabólitos microbianos, com citocinas produzidas pelo sistema imunológico e com neurotransmissores atingem o sistema nervoso central, promovendo a maturação da microglia ↪ produtos bacterianos aumentam a síntese de cortisol, que regula a ativação da microglia e das células do sistema imunológico, além de induzir respostas relacionadas ao estresse crônico ↪ algumas bactérias sintetizam neurotransmissores, como a serotonina, dopamina e o GABA, que participam das respostas do sistema nervoso central relacionadas ao humor, ao processamento de emoções e ao estado de ansiedade Nanobiotecnologia • ciência que integra biologia e a nanotecnologia que desenvolve nanomateriais com potencial uso na medicina, física médica, cosmecêutica e desenvolvimento de fármacos • nanomateriais apresentam dimensão na ordem do nanômetro (nm), entre 1 a 100nm geralmente • pode ser ↪ natural – como partículas minerais ↪ acidental – como material particulado resultante das reações de combustão incompleta ↪ artificial – como nanotubos de carbono produzidos em laboratório • existem muitas aplicações ↪ nanoenzimas artificiais usadas no diagnóstico e no tratamento de doenças ↪ nanofármacos, os princípios ativos podem ser encapsulados em estruturas nanométricas ou associados a nanopartículas metálicas que os direcionam diretamente para o sítio de ação ↪ os pesticidas podem ser encapsulados em nanopartículas, diminuindo a quantidade necessária para o efeito desejado ↪ filtros nanoestruturados que retêm partículas nanométricas, melhorando a qualidade do ar e da água ↪ sensores nanométricos que detectam tumores em estágio inicial e nenorrobôs que podem fazer cirurgias minimamente invasivas ↪ nanobolhas que fazem a descontaminação da água de maneira rápida e efetiva ao atrair os vírus, bactérias e as pequenas partículas para seu interior ↪ nanocosméticos que promovem a melhor penetração dos princípios ativos na pele ↪ produção de vacinas com mRNA encapsulado em nanopatículas lipídicas, como a contra a Covid-19 produzida pela Moderna e Pfizer Processos de Produção e Nanomateriais • os principais tipos de nanomateriais são nanotubos de carbono, nanopartículas metálicas, nanoemulsões e nanocompósitos • podem ser produzidos a partir de dois processos ↪ top-down – baseado na fragmentação de estruturas maiores, por ablação, corte e/ou moagem, até atingir a dimensão nanométrica ↪ bottom-up – parte de moléculas ou átomosindividuais que, ao interagirem, formam estruturas de dimensão nanométrica • nanotubos de carbono – caracteriza-se pelo enrolamento de uma ou várias folhas de grafeno de maneira a formar um tubo de dimensões nanométricas, pode ter uma ou várias camadas ↪ apresentam alta resistência e baixa densidade, tem características metálicas, semicondutoras ou supercondutoras, dependendo de sua configuração ↪ pode produzir emissores de elétrons para televisores, sensores de gases e sensores biológicos, sondas dos microscópios de força atômica, compósitos de alta resistência mecânica, baterias de lítio, memórias de computador e entre outros • nanopartículas metálicas – produzidas a partir de metais ↪ tem tendência a se organizar de maneira estruturada, resultando na automontagem de estruturas mais complexas ↪ nanopartículas de ouro automontadas são utilizadas para fabricar sensores, tratamentos fototérmicos e processos catalíticos ↪ usadas como sensores, catalisadores, carregadores de fármacos, etc • nanoemulsões – são dispersões entre 10 e 100nm, são usados homogeneizadores de alta pressão ou geradores de ultrassom, ocorrendo quebra / cisaslhamento das partículas, tensoativos impedem que as partículas se agreguem novamente ↪ são utilizadas para produção de cosméticos e medicamentos • nanocompósitos – materiais que apresentam pelo menos um componente com dimensões nanométricas, produzido a partir de reações de polimerização ↪ as partículas nanométricas estão dispersas em uma matriz amorfa, de natureza metálica, cerâmica e/ou polimérica, constituindo diferentes arranjos ↪ utilizado principalmente em indústrias automobilísticas e de embalagens Aplicações • anocosméticos – maior capacidade de permear a pele, resultando no direcionamento dos princípios ativos diretamente para o local de ação • protegem contra a degradação dos princípios ativos, controlam sua liberação, prolongando a ação • podem estar presentes em vários produtos ↪ filtros solares que usam nanopartículas de óxido de zinco para bloquear os raios ultravioleta, sem deixar a pele muito esbranquiçada ↪ filtros solares que usam nanopartículas presentes na seiva de uma planta conhecida como hera, mostraram ser mais efetivas do que as nanopartículas de óxido de zinco ↪ cremes que contêm proteínas, derivadas de células-tronco, capazes de retardar o envelhecimento da pele, são encapsuladas em lipossomos que se fundem à membrana das células da pele, o que permite que as proteínas atuem internamente ↪ loções que contêm nutrientes encapsulados em nanopartículas suspensas em nanoemulsão, possibilita que elas penetrem mais profundamente na pele ↪ loções que usam nanopartículas chamadas etossomas, capazes de carrear nutrientes que promovem o crescimento capilar • nanomedicina – auxilia o diagnóstico, prevenção e tratamento de enfermidades • nanossensores biológicos e biochips que detectam e monitoram proteínas que são biomarcadores de doenças ↪ feito de nanotubos de carbono, já que apresentam alteração na sua resistência elétrica quando uma proteína encosta neles ↪ podem ser introduzidos próximos ao tumor, avaliando sua evolução e a efetividade do tratamento quimioterápico e radioterápico, praticamente em tempo real ↪ pode ser implantado em diabéticos para dosar glicose de maneira rápida e eficaz, sem tirar sangue • biomateriais são compostos de estruturas que mantem a estrutura e função idênticas, ou muito próximas, às encontradas no corpo ↪ vasos sanguíneos, pele e órgãos artificiais ↪ dispositivos para corrigir visão e audição • nanofármacos – sistemas terapêuticos nanoestruturados que visam aumentar o alcance terapêutico e a eficácia dos princípios ativos contra diferentes patologias • fazem direcionamento celular e liberação controlada • aumentam a biodisponibilidade, tem maior tempo de meia-vida plasmática, reduz doses e/ou elevam intervalo entre as doses, diminuem efeitos adversos ↪ usado no tratamento de diversos tipos de câncer, doenças oftalmológicas e em transtornos do sistema nervoso central ↪ estão em desenvolvimento: ↪ nanopartículas carreadoras que direcionam o fármaco para seu local de ação ↪ lipossomas, que são moléculas de fármacos encapsuladas em nanopartículas lipídicas ↪ curativos com nanogeradores que aplicam pulsos elétricos diretamente na ferida, o que acelera a cicatrização ↪ nanopartículas poliméricas que atuam como plaquetas sintéticas para interromper hemorragias internas ↪ nanorrobôs capazes de reparar células doentes ↪ entre outros • nanotecnologia aplicada à microscopia – nanotubos de carbono para formação de sondas usadas em microscópios de força atômica, que permitem observar objetos em três dimensões • nanopartículas de prata – possuem propriedades desinfetantes e antissépticas, eliminando bactérias • inibem o crescimento de microrganismos ao entrarem em contato, a carga positiva presente nos íons Ag+ interage com a carga negativa da membrana plasmática dos patógenos, aumentando a permeabilidade da membrana e resultando em morte celular ↪ podem ser impregnadas em materiais hospitalares como próteses ósseas e tecidos, entre outros ↪ também podem fabricar cosméticos, produtos eletrônicos, etc Nanotoxicologia • quando utilizadas de maneira incorreta podem causar possíveis efeitos tóxicos • a determinação da toxicidade é realizada em culturas celulares e em animais de experimentação ↪ pode não se correlacionar com a resposta do corpo humano e não prevê efeitos dos compostos em sistemas complexos • avaliam parâmetros de hematotoxicidade, antigenicidade e imunotoxicidade, mas não preveem os efeitos da liberação dos compostos no meio ambiente • nanopartículas de prata ↪ desencadeiam alergia em camundongos, a partir da liberação de grânulos de mastócitos e do aumento de espécies reativas de oxigênio, também provocam a morte de hepatócitos e de neurônios ↪ contaminam corpos de água, solo e a atmosfera, inibindo a germinação das sementes, do crescimento das plantas e causando a bioacumulação ao longo da cadeia alimentar ↪ pode ser absorvida pela pele, alertando para a exposição a partir de cosméticos e das embalagens de alimentos ↪ a exposição via oral altera a microbiota intestinal, resultando em inúmeras consequências Imunoterapia Contra o Câncer • existem medicamentos que modulam o sistema imunológico, para combater neoplasias • são uma alternativa ao uso de quimioterapia e radioterapia • permite que tumores sejam combatidos de forma mais eficiente e com menos efeitos adversos • o primeiro uso foi de bactérias Streptococcus pyogenes, causadora da erisipela, eram inativadas e inoculadas diretamente em tumores, ↪ na época não se entendeu o porquê de os pacientes entrarem em remissão completa de sarcomas, linfomas e carcinomas • posteriormente foram feitas vacinas com o bacilo atenuado de Calmette-Guérin (BCG) na prevenção do câncer de bexiga • no século XX foi desenvolvido o protocolo de transplante de medula óssea para o tratamento de cânceres hematológicos • mais recentemente, descobriu-se duas proteínas que bloqueiam linfócitos T, permitindo desenvolver anticorpos que inibem esse bloqueio Resposta Imune Contra Tumores • linfócitos NK e TCD8+ são mediadores de estratégias para eliminar células tumorais ↪ natural killer (NK) – imunidade inata ↪ TCD8+ – imunidade adaptativa • tem ação citotóxica envolvendo liberação de perforina e granzimas ↪ perforinas formam poros na membrana das células-alvo, o que permite a entrada das granzimas nessas células ↪ no meio intracelular, as granzimas ativam as caspases, que, por sua vez, dão início ao processo de apoptose • apesar disso, algumas células tumorais evadem o sistema imunológico, causando falha em controlar o crescimento do tumor • pode levar à estado de anergia, em que ocorre faltade ativação do sistema imunológico frente a um estímulo antigênico • apresentação de antígeno via MHC I • os linfócitos TCD8+ reconhecem o complexo MHC I com peptídeos de diferentes células, quando percebe algum peptídeo não próprio ele induz a apoptose celular • alguns tumores não expressam MHC I, fazem evasão tumoral, que leva a anergia, ou seja, o sistema imunológico não é sensibilizado • linfócitos NK reconhecem células neoplásicas sem precisar expressar MHC I, mas não são suficientes para combater o tumor • outro mecanismo de evasão envolve a expressão de proteínas que atuam nos pontos de checagem / checkpoints, enviando sinais que freiam as próximas repostas • a proteína CTLA-4, expressa por linfócitos T, impede a interação de células apresentadoras de antígenos com o CD28, impedindo a ativação dos linfócitos • a proteína PD-1, expressa em linfócitos B, T e NK, interagem com a proteína PDL-1 na superfície de células apresentadoras de antígenos, inibindo a ativação da resposta imune • alguns tumores expressam altos níveis de CTLA-4 e PD-1, causando tolerância imunológica • a tolerância imunológica pode ser revertida por anticorpos com afinidade por essas proteínas, possibilitando a ativação dos linfócitos T e a resposta contra a neoplasia Fármacos • terapias baseadas em anticorpos • os anticorpos podem ser desenhados para reconhecer receptores das células imunológicas de maneira específica, impedindo a interação com inibidores, levando a destruição dos tumores • também existem anticorpos que marcam os antígenos das células neoplásicas para interromper o processo de divisão, crescimento e espalhamento do tumor • os mais utilizados são rituximabe, brentuximabe, herceptin, anticorpos anti- CD137 e anticorpos que inibem os pontos de checagem PD-1 e CTLA-4 • citocinas, como os interferons e as interleucinas, podem ser utilizadas no tratamento do câncer • interferon-alfa (INF-α) – aumenta a resposta imune contra os tumores, como alguns tipos de leucemias e linfomas, câncer de rim, melanomas e sarcoma de Kaposi • interleucinas-2 (IL-2) – promove a expansão clonal de todas as linhagens de linfócitos T, como em câncer de rim e do melanoma metastáticos • IL-7, IL-12 e IL-21 – estão em fase de estudo • vacinas contra o HPV e o vírus da hepatite B impedem o desenvolvimento de neoplasias no colo do útero e do fígado, respectivamente • impedem a infecção pelos vírus e inibem o avanço de tumores associados • “vacinas contra o câncer” usam compostas de células neoplásicas inteiras, partes dessas células ou antígenos tumorais isolados, que são expostos a células do paciente in vitro, induzindo sensibilização e depois administradas ao paciente ↪ provenge (sipuleucel-T) é a única usada na atualidade, aumenta a sobrevida do paciente com tumores de próstata que não respondem ao tratamento convencional ↪ leucócitos do paciente é isolado, transformado em célula dendrítica, expostas à fosfatase ácida prostática, que é marcador do câncer de próstata, assim estabelecendo uma resposta imune específica • terapia de células CAR-T são resultado da reengenharia dos linfócitos TCD8+ isolados no sangue do paciente • não necessita que haja reconhecimento do complexo MHC I para estabelecer resposta imune efetiva • os linfócitos TCD8+ são isolados, um vetor viral insere um gene que codifica o receptor CAR, que quando expresso é capaz de reconhecer o epítopo tumoral, sem depender do complexo MHC I • é uma estratégia interessante para tratar tumores que expressam níveis reduzidos de MHC I na superfície • os receptores CAR fazem o reconhecimento antigênico, sendo necessário inserir na membrana plasmática e ativar as vias de sinalização intracelular para sua ativação • a terapia com vírus oncolítico se baseia m partículas virais capazes de penetrar células tumorais e provocar lise • os fragmentos celulares resultantes têm partículas imunogênicas, capazes de estimular o sistema imunológico contra a neoplasia • T-VEC é um vírus herpes simplex 1 geneticamente modificado para expressar GM-CSF, uma citocina que promove quimioatração de células do sistema imunológico ↪ é feita a injeção do vírus diretamente no tumor • estão sendo estudados outros vírus oncolíticos ↪ pexa-vec – contra o carcinoma hepatocelular ↪ CG0070 – contra o câncer de bexiga ↪ G47Δ – contra o glioblastoma e câncer prostático • apresenta desvantagem, pois desencadeia respostas imunes antivirais, não podendo ser usados a longo prazo depois da sensibilização do sistema imunológico
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