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Fundamentos de Biologia Molecular e Biotecnologia • Estrutura Molecular e Função das Proteínas e Ácidos Nucleicos • Organização Gênica de Procariotos e Eucariotos • Introdução à Biotecnologia · Proporcionar conhecimento introdutório fundamental para melhor compreensão e acompanhamento da Disciplina Fundamentos da Biologia Molecular e Biotecnologia, principalmente relacionado aos elementos básicos da Biologia Molecular e sua aplicação na Bio- tecnologia tradicional e moderna. OBJETIVO DE APRENDIZADO Introdução à Biologia Molecular e Biotecnologia UNIDADE Introdução à Biologia Molecular e Biotecnologia Contextualização Considerada uma das disciplinas mais importantes na área da Biologia, principalmente pela sua aplicabilidade em diversos segmentos sociais, tais como agricultura, pecuária e saúde, Fundamentos da Biologia Molecular e Biotecnologia tem como objetivo principal fornecer uma visão global de como podemos utilizar diversas ferramentas moleculares para solucionar problemas reais da sociedade moderna, além de buscar otimizar diversos processos relacionados a esses e muitos outros segmentos. Assim, nesta Unidade introduziremos os principais conceitos da Biologia Molecular e a história da Biotecnologia tradicional e moderna, sendo estes pontos fundamentais para a busca do conhecimento mais específico dos temas abordados. 8 9 Estrutura Molecular e Função das Proteínas e Ácidos Nucleicos Proteínas e Aminoácidos As proteínas são macromoléculas complexas e, com exceção da água, são as moléculas mais abundantes nos seres vivos. Entre muitas funções biológicas, as proteínas participam de processos de replicação de DNA, determinam a forma e conferem estruturação celular, atuam em processos de permeabilidade das membranas biológicas, regulam a concentração de metabólitos celulares, controlam funções gênicas, catalisam reações, funções imunitárias, entre muitas outras. Sabe-se que as proteínas são sintetizadas a partir da expressão de genes específicos, os quais transmitem a informação genética, desencadeando uma série de processos que resultam na síntese das sequências de aminoácidos. Os aminoácidos são as unidades básicas das proteínas, são de composição orgânica e geralmente compostos por um grupamento amínico (-NH2) e um grupamento carboxílico (-COOH), ligados ao carbono α – primeiro carbono depois do grupo carbóxilo (Figura 1). De forma geral, as células possuem a capacidade de sintetizar proteínas com funções muito diversas, como enzimas, proteínas estruturais, hormônios, anticorpos e proteínas ligantes – exemplo, a hemoglobina –, pela combinação apenas dos vinte aminoácidos existentes (Quadro 1). Importante! Que nós, seres humanos, somos capazes de sintetizar apenas onze dos vinte aminoácidos existentes? Enquanto os outros nove devem ser consumidos na dieta? E que, devido a isso, são denominados aminoácidos essenciais? Você Sabia? O carbono α, além de estar ligado aos grupamentos amínico e carboxílico, está ligado a uma molécula de hidrogênio e a um grupamento variável, denominado cadeia lateral, que é representado pela letra R. Essa cadeia lateral (R) é quem determina a identidade do aminoácido que, dependendo de sua composição química, é classificado em polar, não polar ou neutro, ácido e básico. Figura 1 – Estrutura química básica de um aminoácido Fonte: Adaptado de commons.wikimedia.org 9 UNIDADE Introdução à Biologia Molecular e Biotecnologia Quadro 1 – Relação dos vinte aminoácidos essenciais e não essenciais, sua classificação de acordo com suas características bioquímicas e suas respectivas siglas Não essenciais Class. Siglas Essência Class. Siglas Ácido aspártico Ácido ASP Fenilalanina Neutro PHE Ácido glutâmico Ácido GLU Histidina Básico HIS Alanina Neutro ALA Isoleucina Neutro IIEU Arginina Básico ARG Lisina Básico LYS Asparagina Polar ASN Leucina Neutro LEU Cisteína Polar CYS Metionina Neutro MET Glicina Neutro GLY Treonina Polar THR Glutamina Polar GLN Triptofano Neutro TRP Prolina Neutro PRO Valina Neutro VAl Serina Polar SER Tirosina Polar TRY A formação de uma molécula proteica se dá pela ligação entre o grupamento carboxílico de um aminoácido e um grupamento amínico de outro aminoácido, formando uma ligação peptídica e como resultado dessa ligação ocorre a perda de uma molécula de água (Figura 2). Com isso, a molécula formada por essa ligação sempre apresentará um grupamento ácido em uma de suas extremidades, denominado extremidade carboxiterminal, e um grupamento básico na outra extremidade da molécula, denominado extremidade aminoterminal. A molécula resultante da junção de dois aminoácidos é denominada dipeptídio, a junção de alguns poucos aminoácidos é denominada oligopeptídios e os polipeptídios são formados pela união de muitos aminoácidos – em alguns casos chegando a milhares. Figura 2 – Ligação entre dois aminoácidos resultando em um dipeptídio e perda de uma molécula de água Fonte: Adaptado de commons.wikimedia.org 10 11 Organização Estrutural das Proteínas As proteínas podem ser basicamente classificadas em dois grandes grupos com relação à sua solubilidade e função: proteínas fibrosas, que desempenham papel estrutural nas células e tecidos animais, como tecido conjuntivo e de composi- ção da pele; proteínas globulares, que desenvolvem funções bioquímicas, como transporte pelas membranas celulares, catálise de reações – todas as enzimas são proteínas globulares – e desempenham ainda funções como moléculas mensagei- ras – hormônios. Com relação aos níveis de organização estrutural, as proteínas podem ainda ser divididas em quatro níveis (Figura 3): · Estrutura primária: relacionada à disposição – sequência – dos aminoáci- dos na cadeia polipeptídica, considerando também as ligações peptídicas, assim como as pontes de sulfeto. A conformação estrutural primária é es- pecífica para cada proteína, geralmente sendo determinada geneticamente; · Estrutura secundária: refere-se à organização espacial dos aminoácidos, ou seja, é como os aminoácidos se organizam entre si na sequência pri- mária da proteína. Este arranjo estrutural é possível devido à capacidade de rotação das ligações do carbono α e de seus grupamentos amínico e carboxílico, os quais estabilizados por pontes de hidrogênio. Em alguns ca- sos, a cadeia polipeptídica acaba por interagir consigo, formando estruturas globulares, entre as mais comuns estão a alfa-hélice, na qual as cadeias laterais dos aminoácidos estão viradas para fora; e a folha-ß, na qual os aminoácidos assumem a conformação de uma folha pregueada; · Estrutura terciária: refere-se ao enovelamento da molécula de proteína, incluindo o seu arranjo tridimensional. Este nível estrutural é observado quando diferentes estruturas secundárias se dispõem entre si e são estabilizadas por pontes de hidrogênio, interações hidrofóbicas e ligações iônicas; · Estrutura quaternária: caracterizada por um complexo multiproteico, composto por diversas moléculas proteicas enoveladas e unidas por liga- ções não covalentes. Figura 3 – Nível organizacional das proteínas Fonte: Adaptado de thewhyinbiochemistry.wordpress.com 11 UNIDADE Introdução à Biologia Molecular e Biotecnologia Ácidos Nucleicos Os ácidos nucleicos são moléculas de grande importância biológica e que desempenham funções vitais em todos os organismos. Todos os seres vivos – procariontes ou eucariontes – possuem dois tipos de ácidos nucleicos: o Ácido Desoxirribonucleico (DNA) e o Ácido Ribonucleico (RNA). O ácido nucleico é uma molécula de grande extensão, constituída por unidades menores, denominadas nucleotídeos, que são sucessivamente conectadas umas às outras por ligações específicas – fosfodiéster. Os nucleotídeos são basicamente compostos por um açúcar – pentose: ribose ou desoxirribose –, um radical “fosfato” – ácido fosfórico – e uma base nitrogenada. O DNA é encontrado principalmente no núcleo celular e é considerado o grande depósito de informaçãogenética dos organismos, desempenhando função essencial na transmissão de informação para processos relacionados à síntese proteica – tais processos serão melhores descritos na Unidade intitulada A síntese proteica. O DNA é formado por quatro diferentes nucleotídeos e quatro bases nitrogenadas – Adenina, Timina, Guanina e Citosina, representadas pelas respectivas letras A, T, G e C – e toda a informação gênica de um organismo está acumulada na sequência dessas quatro bases nitrogenadas, de modo que se alterará de acordo com a disposição e quantidade das quais. A conformação estrutural de uma molécula de DNA é de dupla hélice, ou seja, duas sequências de bases – nucleotídeos – em forma de fita helicoidal, formando pares de bases, unidos por pontes de hidrogênio. Nessa conformação, devido a interações químicas, a Adenina (A) só poderá parear com a Timina (T) e vice-versa – bases púricas –, enquanto a Guanina (G) só poderá parear com a Citosina (C) e vice-versa – bases pirímidicas. A orientação química das duas fitas helicoidais que formam a molécula de DNA é extremamente importante. Em uma das extremidades há um grupamento fosfato ligado ao carbono 5 do açúcar – extremidade 5’ – e na outra extremidade há uma hidroxila ligada ao carbono 3 do açúcar – extremidade 3’. A estrutura dupla hélice do DNA apresenta conformação estrutural na qual as ligações fosfodiésters – extremidades – 3’ e 5’ estão sempre dispostas em sentidos opostos – regra do anteparalelismo. Uma breve história da molécula de DNA está disponível em: https://goo.gl/k85NnBEx pl or O DNA nuclear é uma extensa sequência nucleotídica – que em seres humanos, se aberta linearmente, poderia alcançar até um metro de extensão –, contendo milhares de genes e, devido a isso, todos os organismos possuem um mecanismo de compactação do ácido nucleico. Esse processo pode ser dividido em quatro etapas: i) Primeiramente, a fita de DNA circunda uma proteína específica, denominada histona, originando a estrutura denominada nucleossomo; ii) vários nucleossomos 12 13 se unem uns aos outros, presos pela fita de DNA, formando uma espécie de colar de contas, igualmente conhecido como solenoide; iii) os solenoides se compactam, formando uma espécie de fibra cromossômica de alta densidade – nesse estágio as fibras possuem aproximadamente 300 nm e podem ser visualizadas a partir de equipamentos específicos –; iv) por fim, ocorre a formação dos loops, dados pela união das fibras, constituindo uma cromátide – com, aproximadamente, 700 nm –, como o cromossomo metafásico possui duas cromátides, o tamanho final pode chegar a 1.400nm. Assista ao esquema visual do processo de compactação do DNA em: https://youtu.be/gbSIBhFwQ4sEx pl or Como vimos, o DNA é a molécula responsável pelo armazenamento da informação genética e a estrutura – ácido nucleico – que executa a função de converter essa informação em produto, ou seja, na determinação do fenótipo é o RNA. Da mesma forma que a molécula de DNA, o RNA é um ácido nucleico, no entanto, o açúcar que o constitui é a ribose – enquanto no DNA é a desoxirribose –; além disso, é formado por apenas uma cadeia de nucleotídeos – fita simples – e pode ser encontrado principalmente no núcleo e citoplasma celular. Outro fator que diferencia o RNA do DNA é a substituição da base nitroge- nada Timina (T) pela base nitrogenada Uracila (U). O RNA pode ser dividido em três classes principais: i) RNA mensageiro (mRNA), que contém a informação genética proveniente do DNA e a conduz até o citoplasma da célula; ii) RNA transportador (tRNA), que conduz a informação genética por meio da sequência de aminoácidos até os ribossomos; e iii) RNA ribossômico (rRNA), que estrutura o ribossomo, propiciando as condições moleculares adequadas para síntese dos peptídeos. Todas essas funções descritas estão intimamente relacionadas ao pro- cesso de síntese proteica. Por possuir apenas uma fita simples, o RNA apresenta regiões complementares den- tro da mesma molécula que, da mesma forma que o DNA, são unidas por pontes de hidrogênio, formando os pa- res de bases Adenina e Uraci- la (AU) e Guanina e Citosina (GC). As estruturas químicas das moléculas de DNA e RNA estão representadas na Figura 4: Figura 4 – Estrutura química básica da dupla hélice do DNA e da fi ta simples de RNA Fonte: Adaptado de mundoeducacao.bol.uol.com.br 13 UNIDADE Introdução à Biologia Molecular e Biotecnologia Organização Gênica de Procariotos e Eucariotos Como sabemos, algumas características diferenciam organismos procariontes de eucariontes. Os procariotos são organismos unicelulares caracterizados pela ausência de um núcleo individualizado e são representados pelas eubactérias e as arqueobactérias. O grupo dos eucariotos é considerado amplamente heterogêneo – composto por protozoários, fungos, vegetais e animais –; de forma geral, são mais complexos que os procariotos e formados por organismos dos quais a principal característica esta na presença de um núcleo bem definido e organizado. Para ambos os grupos o DNA é responsável pelo armazenamento da informa- ção genética total, de modo que o conjunto desse material é denominado genoma. Tanto os genes de procariotos quanto de eucariotos são as unidades básicas de um genoma e são definidos como a sequência nucleotídica necessária para sintetizar um polipeptídio específico – proteína – ou uma fita de RNA estável. Com isso, cada gene possui uma região codificadora composta pela sequência de nucleotídeos – informação genética –, a qual codificará uma sequência de aminoácidos de uma cadeia polipeptídica ou de uma molécula de RNA. Além disso, o gene apresenta uma região reguladora que determinará e controlará a transcrição gênica – síntese de moléculas de RNA a partir de moléculas de DNA –, a qual sempre orientada da região 5’ para a região 3’ da molécula de DNA. Organização Gênica de Procariotos Como dito, este grupo é composto pelas eubactérias e arqueobactérias. Esses dois grupos basicamente diferenciam-se pela estrutura de suas paredes celulares – função de proteção da célula – e por algumas características do metabolismo proteico, já que as arqueobactérias possuem mecanismos de síntese de proteínas mais semelhantes aos dos organismos eucariontes. Comparado aos eucariotos, o genoma de procariotos é muito menor e menos complexo. As regiões do DNA de procariotos que controlam a transcrição podem ser divididas em promotor, que é o local da fita de DNA onde a molécula de RNA-polimerase – enzima responsável pela transcrição – se liga, dando início ao processo de transcrição; e terminador, que é a região do DNA que determina o término da leitura da molécula de RNA- polimerase, sinalizando o término do processo de transcrição. Existem ainda outras regiões específicas e que agem no processo de expressão, como os operadores, que estão relacionados à repressão da expressão, e as Upstream Activator Sequences (UAS), que são sítios de ligação relacionados ao reconhecimento de proteínas ativadoras da transcrição. 14 15 Em procariotos, a sequência nucleotídica de um DNA reflete exatamente na sequência de aminoácidos de uma proteína ou molécula de RNA – colinearidade. Assim, cada códon – conjunto de três nucleotídeos que sintetiza um aminoácido – codificará um aminoácido do peptídeo. Com isso, para codificar uma proteína, por exemplo, com cem aminoácidos, faz-se necessário um gene com trezentos nucle- otídeos, ou seja, a sequência codificadora do DNA é agrupada e contínua, sem se- quências de interferência – íntrons. Esse arranjo molecular em procariotos é deno- minado óperons e permite que o organismo expresse apenas os genes que codifi- cam proteínas com funções correspondentes e apenas necessários no momento, por exemplo, bactérias presentes em um meio contendo lactose expressarão os genes e, consequentemente, produzirão as enzimas necessárias apenas à utilização deste substrato, adaptando-se rapidamente ao meio e economizandorecursos e energia, já que não expressarão esses genes na ausência desse produto. Diferente ao observado para eucariotos, a maioria dos procariotos apresenta genoma composto por apenas um cromossomo, formado por uma dupla fita de DNA circular fechada em suas extremidades, classificando-os como haploides. Como reflexo da haploidia, alterações na molécula de DNA de procariotos como, por exemplo, mutações gênicas, são obrigatoriamente expressas no fenótipo – características físicas – do organismo. Organização Gênica em Eucariotos Comparada aos procariotos, a organização gênica de eucariotos é, em geral, maior e mais complexa, com regiões reguladoras extensas contendo inúmeros elementos e distantes das regiões codificadoras. As sequências gênicas de eucariotos – e em alguns raros casos de procariotos – apresentam regiões intervenientes, denominadas íntrons, que dividem a sequência gênica em vários segmentos. Os íntrons não codificam diretamente um peptídeo, são transcritos em um tipo de RNA (pré-mRNA) e durante o processamento do mRNA ocorre a remoção destes íntrons, de modo que o agrupamento das regiões que realmente codificam proteínas ou RNA estável (mRNA, tRNA, rRNA) é denominado éxons. O genoma dos eucariotos está contido principalmente no núcleo celular, organizado em dois ou mais cromossomos; no entanto, algumas organelas, como mitocôndrias e cloroplastos, apresentam genomas menores e específicos. Salvo algumas exceções – como algumas leveduras haploides e plantas poliploides –, a maioria dos eucariotos possui cromossomos homólogos, lineares e de número variável, os quais organizados em pares e unidos pela fusão de núcleos germinativos, classificando-os como organismos diploides (2n). Assim, nas células somáticas – que formam os tecidos e órgãos – para cada característica existem pelo menos dois genes, provenientes de duas células germinativas (n). Como dito, a síntese proteica em eucariotos é mais complexa que em procariotos e será melhor detalhada na unidade intitulada A síntese proteica. A Figura 5 apresenta o esquema básico de um gene de procarioto e eucarioto: 15 UNIDADE Introdução à Biologia Molecular e Biotecnologia Figura 5 – Esquema básico da estrutura de um gene procariótico e eucariótico Fonte: Acervo do Conteudista Introdução à Biotecnologia O conceito de Biotecnologia foi originalmente proposto por Eveky, em 1919. Segundo esse autor, o termo Biotecnologia é: “A Ciência e os métodos que permitem a obtenção de produtos a partir de matéria-prima, mediante a intervenção de organismos vivos”. Com o passar do tempo, as definições foram se alterando e, de certa forma, tornando-se mais simples e aplicáveis. Em 2003, o Biotechnology Industry Organization (BIO) descreveu Biotecnologia como: “[...] “Bio” + “Tecnologia”, isto é, o uso de processos biológicos para solucionar problemas ou desenvolver produtos úteis”. Mas talvez a definição que mais se enquadre para os dias atuais seja: “A atividade que utiliza agentes biológicos no desenvolvimento e melhoria de produtos úteis para a sociedade” (Figura 6): Figura 6 – Modelo esquemático do conceito e aplicações da biotecnologia Fonte: bteduc.bio.br 16 17 Biotecnologia é uma realidade cada vez mais comum nos dias atuais e pode ser considerada uma atividade ampla, de grande geração de empregos e que atrai altos investimentos. Nos últimos anos, basicamente todos os setores sofreram algum tipo de inovação biotecnológica, entre os quais destacam-se: energia, indústria, meio ambiente, agricultura, pecuária, alimentação e saúde (Figura 7): Biotecnologia Produção de fármacos Melhoramento genético Clonagem Produção das vacinas Análises do DNA Cultura de tecidos e células Controle biológico Transformação genética Fermentações industriais Uso de microrganismos na agricultura Figura 7 – Aplicação da Biotecnologia em diversos setores da sociedade Fonte: Acervo do Conteudista De forma geral, a Biotecnologia pode ser dividida em tradicional e moderna. Apesar da inovação e expansão da Biotecnologia nos dias atuais, sua aplicação se dá de forma tradicional desde a Antiguidade – em alguns casos, há cinco mil anos –, dado pelo seu emprego, por exemplo, na produção e conservação de alimentos fermentados como pão, queijo, vinho e vinagre. A partir da Idade Média (séc. XII) vários acontecimentos importantes marcaram a história da Biotecnologia no mundo, como a destilação do álcool (séc. XII). Na Idade Moderna podemos destacar a produção comercial de cerveja – que, por sinal, era bem diferente da nossa – e o cultivo de fungos (séc. XVII). Mas foi a partir da Idade Contemporânea, com o surgimento de novas áreas do conhecimento, como a Microbiologia e a Bioquímica, que houve maior propagação de várias técnicas biotecnológicas. Como exemplos, podemos citar a criação da vacina contra a varíola (1796), processos de pasteurização de alimentos (1863), primeiro transplante de órgão (1899), descoberta do Salvarsan – primeiro agente quimioterápico (1906) –, descoberta da penicilina por Fleming (1928), entre muitos outros episódios. Com o avanço de tecnologias, o alto crescimento industrial e o aumento de pesquisas nessa área, deu-se início à Biotecnologia moderna. Sem dúvida, o grande marco desta Era corresponde aos experimentos realizados por Boyer e Cohen em 17 UNIDADE Introdução à Biologia Molecular e Biotecnologia 1973, entre os mais significativos está a transferência de um gene de uma espécie de sapo para uma bactéria, sendo que esse experimento “abriu portas” para a criação de uma nova área do conhecimento, a Engenharia Genética. Recentemente, muitas técnicas moleculares são aplicadas na Biotecnologia, como o sequenciamento do genoma humano (2001), importante no tratamento de patologias genéticas; indução de pluripotencialidade celular em células somáticas (2006); e criação de alimentos transgênicos, como a batata (2010). Com o decorrer dos anos, técnicas moleculares tornaram-se mais aplicáveis e acessíveis à sociedade, permitindo processos antes inimagináveis como, por exemplo, o sequenciamento genético individual – por pessoa – de algum órgão ou tecido com potencial desenvolvimento de patologias dadas pela carga genética do paciente, como alguns tipos de câncer. Tais técnicas, além de específicas, propiciam um tratamento individual e adequado para cada tipo de patologia e paciente. Quais produtos e serviços que utilizamos rotineiramente são provenientes de proces- sos biotecnológicos?Ex pl or 18 Material Complementar Indicações para saber mais sobre os assuntos abordados nesta Unidade: Livros Biologia Molecular da Célula ALBERTS, B. et al. Biologia Molecular da célula. 5. ed. Porto Alegre, RS: Artmed, 2010. Entendendo a Biotecnologia BORÉM, A.; SANTOS, F. R. Entendendo a Biotecnologia. 3. ed. Viçosa, MG: Universidade Federal de Viçosa, 2008. Fundamentos de Biologia Molecular MALACINSKI, G. M. Fundamentos de Biologia Molecular. 4. ed. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan, 2005. Vídeos CURSO de Biologia Molecular 1/5 https://youtu.be/NX99OMztZlA ORGANIZAÇÃO do Gene Procarioto https://youtu.be/LMYr1_sECFg REGULAÇÃO e Expressão Gênica em Eucariotos https://youtu.be/zjho2fVUWBo • Síntese Proteica • Transcrição do DNA • Processamento do RNA • Tradução do mRNA · Proporcionar conhecimento específico sobre os mecanismos que con- trolam a síntese proteica, principalmente relacionado aos processos de transcrição do DNA, síntese e processamento do RNA e tradução do RNA mensageiro. · Gerar conhecimento fundamental à compreensão da aplicação da Biologia Molecular na área da Biotecnologia. OBJETIVO DE APRENDIZADO A Síntese Proteica UNIDADE A Síntese Proteica Contextualização Considerada uma das disciplinas mais importantes na área da Biologia, principalmente pela sua aplicabilidade em diversos segmentos sociais, tais como agricultura, pecuária e saúde, Fundamentos da Biologia Molecular e Biotecnologia tem como objetivo principal fornecer umavisão global de como podemos utilizar diversas ferramentas moleculares para solucionar problemas reais da sociedade moderna, além de buscar otimizar diversos processos relacionados a esses e muitos outros segmentos. Assim, nesta Unidade abordaremos os principais mecanismos de controle da síntese proteica. Tais mecanismos são fundamentais para maior compreensão do funcionamento molecular da célula e, consequentemente, da sua aplicação na Biotecnologia. 8 9 Síntese Proteica Como já sabemos, as proteínas são moléculas extremamente importantes para todos os seres vivos, pois desempenham incontáveis funções consideradas es- senciais para a manutenção da vida. Além disso, é a molécula mais abundante e diversa de todos os sistemas biológicos. Todas as proteínas possuem composição química similar e no geral são compostas por polipeptídios que, por sua vez, são compostos por suas unidades básicas, os aminoácidos. Apesar de desempenhar muitas funções específicas, a maioria das proteínas é formada pelos vinte amino- ácidos comumente encontrados na natureza. Desde as formas mais “simples”, como as bac- térias, até as mais “complexas”, como mamífe- ros, aves e répteis, as proteínas são sintetizadas a partir da informação genética contida nos Ácidos Desoxirribonucleicos (DNA) e em um processo altamente complexo. Tal informação é transcrita para um RNA mensageiro (mRNA) e pela ação do RNA transportador (tRNA) e do RNA ribossomal (rRNA), essa informação é traduzida em sequên- cias de aminoácidos, formando os peptídios e, consequentemente, as moléculas proteicas. Esse processo é conhecido como o dogma central da Biologia Molecular (Figura 1). Assim, nesta Unidade abordaremos de maneira geral as eta- pas da síntese de proteínas moduladas por RNA, ou seja, transcrição, processamento e tradução em eucariotos. Figura 1 – Representação do dogma central da Biologia Molecular Fonte: Acervo do Conteudista Transcrição do DNA A transcrição é o primeiro passo para o processo de síntese proteica. Essa etapa está relacionada à síntese de uma molécula de RNA específica a partir da informação genética contida no DNA de um gene. Apesar de o produto final da síntese proteica ser a própria proteína, o processo de transcrição codifica apenas RNA. Todos os tipos de RNA da célula são originados a partir da transcrição. A molécula que regula o processo de síntese proteica é a RNA Polimerase (RNAP). As RNAP executam cinco funções primordiais no processo de transcrição: i) reconhecem e ligam-se em sequências específicas do DNA; ii) separam a dupla hélice do DNA, expondo a sequência gênica que será copiada; iii) conferem estabilidade para a abertura da fita de DNA – mantendo-a aberta –, assim como para a ligação da fita híbrida de RNA:DNA; iv) renaturam o DNA para sua conformação estrutural inicial – dupla hélice –; v) completam a síntese de proteínas sozinhas ou 9 UNIDADE A Síntese Proteica com auxílio de proteínas específicas – essas cinco etapas serão detalhadamente descritas no decorrer deste Material teórico. A transcrição – primeira etapa da síntese proteica – seguirá sempre a regra do antiparalelismo, ou seja, seguirá direção de 3’ para 5’ na molécula de DNA molde e, inversamente, a molécula de RNA será formada a partir de sua extremidade 5’ até sua extremidade 3’. De maneira geral, a fita de RNA gerada é idêntica à que será base complementar da Adenina (A) (Figura 2): Figura 2 – Esquematização do processo de transcrição, modulado pela enzima RNAP Fonte: Adaptado de commons.wikimedia.org Transcrição em Procariotos A transcrição gênica em procariotos pode ser dividida em três etapas distintas: i) reconhecimento da molécula de RNAP pelo sítio promotor, originando o complexo de iniciação; ii) alongamento da cadeia de RNA – síntese –; e iii) terminação, quando a síntese é interrompida, liberando a molécula de RNA. Iniciação Para que o processo de transcrição seja possível, são necessárias sequências na molécula de DNA, as quais atuem como fatores de iniciação. Essas sequências são conhecidas como promotoras – regiões que possuem aproximadamente setenta pares de bases e controlam o início da transcrição. Uma série de proteínas chamadas de fatores σ, guiam as polimerases até as regiões promotoras, indicando o local exato do início da síntese. As RNAP reconhecem essas regiões e se ligam, formando o complexo RNAP holoenzima. A ligação de RNAP com o promotor promove a abertura de aproximadamente dez pares de bases da dupla hélice do DNA, dados pela quebra de suas pontes de hidrogênio, originando uma estrutura denominada bolha de transcrição – complexo aberto. Essa abertura expõe as sequências do DNA das duas fitas, no entanto, apenas uma das quais será transcrita. A molécula de RNA que será gerada a partir da transcrição é composta por ribo- nucleosídios trifosfato (ATP, UTP, CTP, GTP) presentes na célula. Esses ribonucleo- sídios possuem grande afinidade e são complementares aos desoxirribonucleotídios 10 11 (bases A, T, C, G) do DNA. Com as bases do DNA expostas pela ligação do pro- motor com as RNAP, uma primeira molécula de ribonucleosídio liga-se ao primeiro desoxirribonucleotídio do DNA. Alongamento Após essa primeira ligação, outras ligações ocorrerão sequencialmente, de modo que o segundo ribonucleosídio trifosfato se ligará ao segundo desoxirribonucleotídio do DNA e assim consecutivamente. Da mesma forma como ocorre na conformação estrutural da dupla hélice, os ribonucleosídios se ligarão na fita simples de DNA por complementaridade, formando uma ligação não covalente, no entanto, como dito, ao invés da Timina (T), será a Uracila (U) que se ligará à base Adenina (A) da molécula de DNA. Terminação A transcrição é finalizada pela separação completa da fita de RNA sintetizada da fita de DNA molde, que recupera sua conformação estrutural original – dupla hélice. A informação referente ao término do processo de transcrição está presente em locais específicos do DNA que é transcrito e geralmente é composto por uma sequência de bases T. Enquanto a RNAP percorre a região da bolha de transcrição da fita híbrida de RNA:DNA, novos ribonucleosídios são alinhados, uma extremidade da bolha continua aberta para ser transcrita e a outra extremidade é renaturada, forçando o desligamento da molécula de RNA sintetizada – terminação. Além disso, o RNA sintetizado participa diretamente do término da transcrição através da formação de estruturas secundárias, ou até mesmo ligando-se em outros fatores, resultando em uma conformação estrutural em forma de gancho, que desestabiliza a ligação entre a fita de RNA e a de DNA molde, forçando sua separação, encerrando assim o processo de transcrição. Transcrição em Eucariotos De forma geral, a transcrição em eucariotos é mais complexa que a de procariotos. Em eucariotos a molécula de RNA transcrita a partir do DNA possui regiões codificantes, os éxons, e as não codificantes, os íntrons (pré-mRNA). Por uma reação denominada splicing, os íntrons são removidos, restando apenas os códons (mRNA). Outro fato importante é que os eucariotos possuem três tipos diferentes de RNAP, enquanto que os procariotos apenas um tipo. A RNAPI que sintetiza apenas uma classe de RNA, geralmente muito longa e abundante na célula, é denominada pré-mRNA; as RNAPII são responsáveis, principalmente, pela síntese de mRNA e RNAPIII, que sintetizam rRNA, tRNA e RNA pequenos. As sequências reguladoras em eucariotos podem ser divididas em elementos promotores – upstream –, compostos por sequências consenso denominadas TATA box ou elemento TATA – região onde se inicia a transcrição – e elementos 11 UNIDADE A Síntese Proteica reforçadores – enhancer –, que são sequências pequenas de DNA e que, no geral, aumentam a expressão de um determinado gene, independentemente de sua posição na molécula de DNA. Neste contexto, abordaremos apenas os mecanismos regulatórios que envolvem as RNAPII, já que está relacionadaà transcrição do mRNA. Complexo de Pré-Inicialização Diferentemente ao observado em procariotos, as RNAP de eucariotos não estão envolvidas diretamente no reconhecimento e ligação da região promotora do DNA. Esta talvez seja a diferença mais importante no processo de transcrição entre esses dois grupos. As RNAP em eucariotos requerem mais de uma proteína para reconhecerem e se ligarem nas regiões promotoras (TATA box) e, consequentemente, desdobrarem a dupla hélice. Essas proteínas são denominadas fatores de transcrição. São os fatores de transcrição que inicialmente reconhecem as regiões promotoras, ligam-se e interagem com outros fatores, formando um complexo de iniciação, ou complexo transcricional, ao qual as RNAP se ligarão diretamente. Primeiramente, o TFIID, que é o maior fator de transcrição, liga-se à região TATA box do DNA através de um componente anexo denominado TBP. Posteriormente, os fatores de transcrição TFIIA e TFIIB juntam-se ao complexo, preparando o complexo transcricional para a ligação da RNAP. Com a junção de TFIID, TFIIA, TFIIB, RNAP e outros fatores, o complexo transcricional está pronto para o processo de iniciação e para realizar a sua função, recebe a energia proveniente da molécula de ATP. Iniciação A incorporação da RNAPII propicia a abertura da dupla hélice do DNA, expondo suas bases nitrogenadas a serem transcritas, originando a bolha de transcrição. Alongamento Como observado em procariotos, nesta fase diversas ligações sequenciais serão formadas, entre ribonucleosídios e desoxirribonucleotídios do DNA, de modo a se complementar (AU e CG) de forma antiparalela (5’ → 3”), formando a fita híbrida de RNA:DNA. Terminação O processo de terminação em eucariotos é complexo e ainda pouco compreen- dido. Diferente dos mecanismos observados em procariotos, que não possuem uma compartimentalização nuclear, em eucariotos o RNA funcional necessita obrigatoria- mente atravessar a membrana nuclear até o local de ação. Com isso, a célula realiza uma espécie de “sistema de qualidade de mRNA”, do qual somente as moléculas de mRNA funcionais e que serão utilizadas, conseguem ultrapassar a membrana celular, enquanto que as moléculas defeituosas ou incompletas são prontamente eliminadas. Finalmente, o mRNA sintetizado pela RNAPII é clivado na extremidade 3’ e uma sequência denominada cauda poli (A) é aderida em sua sequência. 12 13 Veja o processo de transcrição em eucariotos. O processo de Transcrição https://youtu.be/slOneovpOEk Ex pl or Processamento do RNA Em eucariotos, as moléculas de RNA – todas as formas –, sintetizadas a partir da informação genética contida no DNA, muitas vezes não estão em suas formas biologicamente funcionais. Existem alguns tipos possíveis de modificações na molécula de RNA após sua síntese, dado pela adição, deleção ou alteração de nucleotídios, ou mesmo de regiões maiores. Por possuir um sistema mais complexo, as células eucarióticas apresentam maior nível de processamento de mRNA se comparado às células procarióticas. RNA Mensageiro (mRNA) O processamento do mRNA em eucariotos ocorre em três etapas principais: a remoção dos íntrons – splicing –, a agregação de duas estruturas denominadas cap e cauda poli A. Importante! Que a descoberta da presença de íntrons em um gene viral se deu pelos norte-americanos Philip Sharp e Richard Roberts, no ano de 1977? E que ambos foram premiados com um Nobel de Medicina em 1993? Você Sabia? Incorporação do Cap O nome cap é dado para a agregação de um nucleosídio trifosfato, presente na extremidade 5’ da molécula de mRNA, a um nucleotídio metilado. Sua principal função é evitar a degradação por fosfatases e nucleases do mRNA durante o processo de remoção dos íntrons, além de ser importante na conexão do mRNA ao ribossomo durante o processo de tradução. Basicamente, o processo de adesão do cap na molécula de RNA é modulado por duas enzimas. Em um primeiro momento, uma enzima específica liga uma molécula de Guanosina Trifosfato (GTP) na extremidade 5’ do transcrito primário (mRNA) e, em seguida, uma enzima denominada metiltransferase incorpora grupos metílicos provenientes de uma molécula doadora no mRNA. Incorporação da Cauda Poli A A cauda poli A é uma estrutura formada por, aproximadamente, 250 adeninas, inserida na região 3’ do mRNA. Sua principal função é facilitar o transporte do mRNA para o citoplasma e gerar estabilidade para a molécula, já que com sua 13 UNIDADE A Síntese Proteica presença o mRNA é mais lentamente degradado. A inserção dessa sequência na molécula de mRNA recebe o nome de poliadenilação e ocorre ao término do processo de transcrição. Sabe-se que essa sequência de adeninas não é codificada pelo DNA e está presente apenas na molécula de mRNA. Diversos fatores específicos reconhecem no pré-mRNA uma sequência própria – sequência consenso – chamada de sinal de poliadenilação, formada pelos nucleotídios AAUAAA. Um desses fatores – endonucleases – cliva o pré-mRNA em, aproximadamente, vinte nucleotídios após o sinal de poliadenilação, liberando-o do DNA e uma enzima chamada poli A polimerase incorpora a sequência de 250 adeninas na extremidade 3’ do mRNA (Figura 3): Figura 3 – Processo de incorporação da cauda poli A – poliadenilação – na molécula de RNA Fonte: geneticavirtual.webnode.com.br Splicing Igualmente chamado de excisão – remoção – dos íntrons, o termo splicing refere-se ao processo de remoção das sequências presentes nos pré-mRNA que, no geral, não codificam proteínas, originando as moléculas de mRNA realmente funcionais, que são mais estáveis – por serem mais curtas – que sua precursora. De maneira geral, os íntrons são regiões conservadas – similares – no genoma de todos os grupos biológicos, apresentando regiões consenso que sinalizam a posição correta onde deve ocorrer o splicing – sítio do splicing. Algumas características são comuns nessas regiões, sendo observadas desde leveduras até mamíferos, como uma adenina localizada na mesma região (20 a 50 nt) próxima à extremidade 3’ do íntron, uma tendência a um maior número de pares de base do tipo pirimidinas (U, C) na região da extremidade 3’ e com raras exceções, os dois primeiros e dois últimos nucleotídios do íntron são, respectivamente, GU e AG 14 15 O processo de splicing pode ocorrer basicamente de duas formas: mediado por spliceossomos – estruturas que modulam os processos de splicing –, ou por autosplicing – não é intermediado pela ação dos spliceossomos, ou seja, a própria molécula de RNA remove os íntrons. Para as duas formas a reação ocorre em duas etapas de transferência. Incialmente, ocorre uma transferência de um fosfato de um açúcar para outro e, posteriormente, a transferência de uma ligação fosfodiéster. Essas reações liberam os íntrons no formato característico de um “laço”, unindo os éxons (Figura 4): Figura 4 – Processo de splicing mediado por spliceossomo Fonte: geneticavirtual.webnode.com.br Assista à animação apresentando o processo de splicing mediado pelo spliceossomo. Splicing do mRNA https://youtu.be/bQvukfT3MJc Ex pl or Importante! Que em alguns casos, o processo de splicing pode gerar proteínas diferentes, ou múltiplas proteínas codificadas por um mesmo gene, dado pela inclusão ou remoção de éxons do mRNA? E que neste caso denominamos splicing alternativo? Você Sabia? 15 UNIDADE A Síntese Proteica RNA Transportador O tRNA é uma molécula de baixo peso molecular – 74 a 95 nucleotídios em cadeia linear –, correspondendo a, aproximadamente, 10% do RNA total da célula, possui conformação estrutural em forma de trevo – essa conformação é dada devido aos quatro pares de base de sequências complementares que se emparelham – e suas principais funções são: alinhar os aminoácidos seguindo a ordem marcada pelos códons do mRNA e transportá-los para o processo de síntese proteica a ser realizado nos ribossomos. O processamento do tRNA é dado pela retirada de um único íntron, tornando-auma molécula efetivamente madura. Diferentemente ao observado no mRNA, no tRNA não existem regiões consenso, sendo a própria molécula de pré-tRNA o elemento de reconhecimento para o processo de splicing. A maturação do tRNA é realizada em duas etapas distintas: inicialmente ocorre uma quebra nas extremidades 5’ e 3’ do íntron a ser liberado e como resultado dessa clivagem, o tRNA é dividido em dois éxons. Posteriormente, devido a interações bioquímicas – pareamento de bases –, essas duas metades são unidas pela ação de uma enzima específica, denominada RNA-ligase, formando o tRNA maduro – funcional. Cada tipo específico de tRNA sofre alterações pela substituição de nucleotídios comuns por nucleotídios considerados raros como, por exemplo, a substituição da base U pela base pseudouridina (ψ). Outro fato importante é a substituição dos trinucleotídios AAA – presentes na extremidade 3’ – de todos os tRNA pelo trinucleotídio CCA. RNA Ribossômico (rRNA) O rRNA é o componente primário dos ribossomos e, assim como o mRNA e o tRNA, é transcrito a partir da informação genética contida no RNA. Entre todos é o RNA mais abundante nas células – aproximadamente 90% –, responsável pela estruturação dos ribossomos. O processamento, ou seja, a montagem do rRNA em ribossomo, é realizado no nucléolo e essa estrutura é formada por várias subformas do rRNA, como o pré-rRNA, os rRNA biologicamente funcionais – maduros –, além de outras enzimas e subunidades. Em eucariotos existem quatro tipos diferentes de rRNA, de acordo com tamanho e função: 5S, 5.8S, 18S e 28S. O processo de maturação – processamento – é realizado por sucessivas clivagens, obedecendo uma ordem preferencial, no entanto, não obrigatória. Inicialmente ocorre a clivagem das estruturas denominadas espaçadores transcritos externos, seguida por duas clivagens que resultam na liberação do RNA 18S em sua forma biologicamente funcional. Posteriormente ocorrem três clivagens para a liberação da forma 5S e normalmente da forma 28S. A única exceção é com relação à forma 5S, que é transcrita separadamente. Após essas sucessivas clivagens, o rRNA deixa o núcleo celular para compor a estrutura dos ribossomos. 16 17 Tradução do mRNA A tradução é o processo final da síntese proteica. Todo o processo é mediado pelo tRNA, que conduzirá os aminoácidos presentes no citosol da célula para os ribossomos e os alinhará considerando a informação contida nos códons do mRNA. A informação genética contida no DNA é transcrita no mRNA, que mediará todo o processo. Como sabemos, a informação genética é formada por códons, compostos por três nucleotídios (A, U, C, G) cada, de modo que cada códon possui afinidade específica pelos vinte tipos de aminoácidos. O tRNA também é uma molécula específica e possui uma região que se liga diretamente aos aminoácidos – de acordo com sua especificidade – e outra que se liga aos códons do mRNA. O processo de tradução pode ser basicamente dividido em três etapas: iniciação, alongamento e terminação – processo esse representado resumidamente na Figura 5. Importante! Fique atento(a)! Não confunda essas etapas com as fases de iniciação, alongamento e terminação do processo de transcrição. Importante! Iniciação Uma série de proteínas denominadas Fatores de Iniciação (IF) mediam essa etapa. Entre outras funções, os IF alinham a molécula de mRNA com uma subunidade menor que posteriormente formará o ribossomo. Essa subunidade percorrerá o mRNA até detectar um códon específico, denominado códon de iniciação, sempre represen- tado pela sequência AUG. Uma região denominada anticódon no tRNA, contendo as bases UAC, ligar-se-á por complementaridade com a sequência AUG do códon de iniciação do mRNA. O tRNA com o anticódon contendo a sequência UAC carrega consigo, por uma série de interações bioquímicas, seu aminoácido correspondente que, neste caso, é a metionina. Após a ligação entre códon de iniciação do mRNA e anticódon do tRNA, a subunidade maior ligar-se-á a esse complexo para formar o ribossomo funcional, finalizando a etapa de iniciação. Alongamento Assim como no processo de iniciação, o alongamento é modulado pela ação de fatores, neste caso os Fatores de Elongação (EF). A formação do ribossomo dado pela junção da subunidade menor com a maior constitui dois sítios no interior do complexo denominado local Peptidilo (local P) e Aminoácilo (local A). O primeiro tRNA – ligado ao códon de iniciação – ocupará o local P, enquanto o segundo tRNA, com seu aminoácido correspondente e suas bases complementares ao segundo códon, ocupará a região A. A metionina presente no primeiro tRNA – localizado 17 UNIDADE A Síntese Proteica na região P –, instantaneamente é transferida e unida ao aminoácido do segundo tRNA – localizado na região A. Após essa transferência, o primeiro tRNA deixa o ribossomo, este então move-se pelo mRNA e o tRNA seguinte – complementar ao terceiro códon – entra no ribossomo. Com isso, o aminoácido do segundo tRNA é transferido e unido ao aminoácido do terceiro tRNA e assim sucessivamente, formando um peptídio extenso. À medida que o ribossomo se move pelo mRNA, o tRNA contendo o peptídio é deslocado para a região A, sendo esse movimento denominado translocação. Terminação Esta etapa da tradução é modulada por Fatores de Terminação (RF). Da mesma forma que o códon de iniciação, existe um códon que sinaliza o término da tradução, denominado códon de terminação, que é representado pelas trincas UAA, UGA ou UAG, sendo observado apenas um dos três códons no mRNA. Quando a região A do ribossomo passa e reconhece o códon de terminação no mRNA, o fator de terminação ocupa a região A, o peptídio – proteína – pronto é liberado juntamente com o último tRNA, de modo que as subunidades menor e maior se separam e o processo de tradução é finalizado. Cadeia Polipeptídica (proteína) Aminoácido Anticódon CódonSubunidade pequena Subunidade grande RNAm RNAt Figura 5 – Esquema geral do processo de tradução de proteínas Fonte: Adaptado de iStock/Getty Images Assista ao processo de tradução de proteínas: Tradução do mRNA https://youtu.be/NZ9m4aydAn0 Ex pl or 18 19 Material Complementar Indicações para saber mais sobre os assuntos abordados nesta Unidade: Livros Biologia Molecular da Célula ALBERTS, B. et al. Biologia Molecular da Célula. 5. ed. Porto Alegre, RS: Artmed, 2010. Fundamentos de Biologia Molecular MALACINSKI, G. M. Fundamentos de Biologia Molecular. 4. ed. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan, 2005. Vídeos Biologia https://youtu.be/BTpVc8aNqgk Processamento RNA https://youtu.be/eWPOzNVyocs 19 • Introdução à Regulação da Expressão Gênica • Regulação da Expressão Gênica em Procariotos • Regulação da Expressão Gênica em Eucariotos · Proporcionar ao aluno uma visão geral dos mecanismos de expres- são gênica, além de introduzir conhecimentos específicos sobre os mecanismos que controlam a expressão em procariotos e eucariotos, com maior enfoque nos processos que regulam a transcrição gênica. OBJETIVO DE APRENDIZADO A Regulação da Expressão Gênica UNIDADE A Regulação da Expressão Gênica Contextualização Considerada uma das disciplinas mais importantes na área da Biologia, princi- palmente pela sua aplicabilidade em diversos segmentos sociais, tais como agricul- tura, pecuária e saúde, Fundamentos da Biologia Molecular e Biotecnologia tem como objetivo principal fornecer uma visão global de como podemos utilizar diversas ferramentas moleculares para solucionar problemas reais da sociedade moderna, além de buscar otimizar diversos processos relacionados a esses e muitos outros segmentos. Assim, nesta Unidade abordaremos os principais mecanismos do controle da expressão gênica em procariotos e eucariotos. Esses mecanismos são essenciais para maior compreensão do funcionamento molecular da célula e, consequentemente, de sua aplicação na área da Biotecnologia. 8 9 Introdução à Regulação da Expressão Gênica A regulaçãoda expressão gênica pode ser definida como o controle da informação codificada no gene, que irá resultar em um produto gênico, como o RNA, ou uma função específica (ROBERTS, 2006). Como sabemos, diferentes tipos celulares constituem tecidos com funções e composições amplamente distintas dentro de um mesmo organismo multicelular. Tal diferenciação ocorre mesmo se considerarmos que todas as células de um determinado organismo possuem o mesmo conjunto de informações genéticas – genoma. Muitos processos tidos como fundamentais para a manutenção celular são comuns para todas as células, como a síntese dos diferentes tipos de RNA, síntese de algumas enzimas como o RNA polimerase, proteínas ribossomais, proteínas que formam o citoesqueleto, entre outras. Os genes que codificam essas moléculas de manutenção celular são expressos continuamente, denominados genes constitutivos. No entanto, muitos outros genes não são expressos por tipos celulares específicos, pelo simples fato de não serem fundamentais para esse tipo celular, tais genes são denominados induzíveis. Com isso, podemos inferir que a quantidade de genes de uma determinada célula é muito maior que o número de proteínas requeridas para o seu funcionamento. Expressar todos os genes de um genoma – e consequentemente sintetizar todas as proteínas – em todos os tipos celulares de um mesmo organismo seria um desperdício de energia enorme e desnecessário. Devido a isso, a regulação da expressão torna-se vantajosa, pois permite que cada tipo celular expresse apenas o necessário para seu funcionamento. Assim como no controle transcricional dos genes, outras etapas podem regular a síntese proteica, como o processamento – por intermédio de splicing –; através de uma espécie de “sistema de qualidade de RNA” que permite que apenas as moléculas de mRNA completas possam ser direcionadas para o citoplasma – controle do transporte de RNA – através da seleção dos mRNA presentes no citoplasma que serão traduzidos – controle traducional –, degradação seletiva de moléculas de mRNA no citoplasma – controle da degradação do mRNA –, ou alteração de moléculas proteicas específicas logo após sua síntese – controle da atividade proteica. O controle transcricional pode ser considerado o mais importante para o organismo, já que todo o processo de síntese é iniciado pela expressão gênica, o que garante que serão transcritos apenas os mRNA necessários para a célula em questão, sem a presença de intermediários redundantes. Regulação da Expressão Gênica em Procariotos Como sabemos, os genes de procariotos estão organizados em estruturas denominadas óperons (Figura 1). Por definição, um operon é uma unidade genética que compreende uma região promotora, duas sequências reguladoras – sítio de ligação do ativador e operador – e uma sequência gênica – esta que é regulada 9 UNIDADE A Regulação da Expressão Gênica pela promotora e operadora. A região promotora, como sabemos, é o local onde a enzima RNA polimerase (RNAP) se ligará para iniciar o processo de transcrição, as sequências reguladoras são os locais da fita de DNA onde as proteínas reguladoras – repressoras ou ativadoras – se ligarão, inibindo ou ativando a ação da RNAP e a região gênica é a unidade transcricional propriamente dita. T T T Genes estruturais Sequências reguladoras Sítio de ligação do ativador Operador Promotor Figura 1 – Elementos básicos de um operon Em geral, a expressão gênica em procariotos é modulada por variações do meio em que o organismo está inserido, ou seja, as bactérias possuem capacidade de regular a expressão de acordo com os estímulos externos. De forma geral, o con- trole transcricional é o mais empregado, principalmente em procariotos, por ser o processo inicial da síntese proteica. Dois tipos de controles transcricionais são possíveis em procariotos, controle negativo e controle positivo: » Controle Negativo – ocorre em genes que são normalmente expressos, no entanto, por intermédio de uma proteína específica que se liga ao DNA ocorre a inibição de sua expressão. A regulação negativa da transcrição pode ser estimulada ou bloqueada dependendo da ação da proteína repressora. No controle negativo por repressão, as proteínas repressoras reconhecem e ligam-se em regiões específicas da molécula de DNA, geralmente muito próximas às regiões promotoras – local onde as RNAP se ligam para iniciar a transcrição –, impedindo o deslocamento da RNAP e, consequentemente, interrompendo o processo. Já no controle negativo por indução, uma molécula pequena age como sinalizadora para a proteína repressora ligada ao DNA, alterando sua conformação estrutural e induzindo seu desligamento, permitindo, assim, a ação da RNAP (Figura 2A); » Controle Positivo – é mediado por proteínas reguladoras ativadoras que se ligam a locais próximos das regiões promotoras e, diferente do controle negativo, aumentam a afinidade bioquímica da RNAP pelo sítio promotor, favorecendo, assim, o processo de transcrição. Da mesma forma, o controle positivo pode ser por indução, quando o indutor, necessariamente, forma um complexo com a proteína reguladora para ligar-se ao DNA (Figura 2B); e controle positivo por repressão, quando apenas a proteína possui potencial para ligar-se ao DNA e, assim, ativar a transcrição. De forma sucinta, podemos inferir que os controles negativo e positivo por indução somente ocorrerão na presença de um indutor, enquanto que os controles por repressão apenas na ausência desse indutor. 10 11 Figura 2 – Esquema representando o controle negativo (A) e o controle positivo (B) da transcrição gênica Fonte: goo.gl/7K5RKC Operon Lac O primeiro modelo de operon foi proposto por François Jacob e Jacques Mo- nod, no ano de 1961, pelo qual receberam o Prêmio Nobel em Medicina no ano de 1965, sendo este talvez o exemplo mais didático do controle da expressão gê- nica em procariotos. Esses autores analisaram a expressão de genes relacionados ao metabolismo da lactose – devido a isso, foi denominado operon lac –, a qual é utilizada como fonte de carbono e energia por esse organismo e verificaram que a enzima responsável pela clivagem da lactose para gerar energia, a ß-galactosidase, apenas era expressa na presença deste substrato. Adicionalmente à ação da ß-galactosidase, a metabolização da lactose depende da ação de mais duas enzimas provenientes da expressão de dois genes distintos, a lactose-permease e a transacetilase. A estrutura do operon lac é composta por um promotor (P), três operadores, sendo um primário (O1) e dois operadores secundários (O2 e O3), um gene que codifica a proteína repressora lac (I), que conta ainda com uma região promotora exclusiva (P1) e três genes codificantes 11 UNIDADE A Regulação da Expressão Gênica lacZ, lacY e lacA, que sintetizarão as enzimas ß-galactosidase, lactose-permease e transacetilase, respectivamente (Figura 3). Por possuir informação para codificar três proteínas diferentes, o operon lac é definido como um operon poligênico. (P1) (I) (O2) (O1) (O3)lacZ lacY lacA(P) Figura 3 – Esquema representativo dos componentes do operon lac de Escherichia coli A ação da enzima ß-galactosidase é modulada pela presença de lactose no meio e sua principal função é clivar a lactose em glicose e galactose, convertendo-a em energia, além de promover a síntese de uma molécula denominada alolactose. A segunda enzima que atua na degradação da lactose é a lactose-permease, que realiza transporte da molécula para a região intracelular via membrana da célula bacteriana (Figura 4). Apesar de saber de sua atuação no metabolismo de lactose, as funções da enzima transacetilase ainda são pouco conhecidas. Figura 4 – Esquema representando a ação da enzima lactose-permease e ß-galactosidase em procariotos Fonte: Adaptado de goo.gl/7K5RKC Em uma situação de ausência de lactose no meio, a expressão do operon lac é inibida através da ligação do repressor lac ao operador primário (O1)e a um dos dois operadores secundários (O2 ou O3). Essas ligações alteram a conformação estrutural do DNA, originando uma estrutura em forma de alça que omite a região promotora, impedindo a ação da RNAP e, consequentemente, bloqueando o início da transcrição (Figuras 5 e 6A). 12 13 Figura 5 – Ligação do repressor lac ao operador principal (O1) e em um dos operadores secundários (O2 ou O3), formando uma estrutura em formato de laço Quando a célula bacteriana está em um meio contendo lactose, o operon lac é estimulado através da ligação de uma proteína sinalizadora – alolactose – em uma região específica da proteína repressora, tornando-a inativa. Com isso, o DNA sofre uma alteração estrutural em sua cadeia, favorecendo a dissociação do repressor da região operadora. Essa dissociação favorecerá a expressão do operon lac através de um aumento elevado da enzima ß-galactosidase (Figura 6B). Em uma situação em que a bactéria esteja em um meio contendo glicose, mesmo que contenha lactose também, o operon lac é inibido, já que a glicose é um substrato mais fácil de ser metabolizado – não necessita da ação da ß-galactosidase –, sendo este processo denominado repressão catabólica. Os mecanismos que compreendem a repressão catabólica em procariotos são complexos. O promotor possui duas regiões para ligação, uma para a RNAP e outra para a ligação de um complexo formado por uma proteína regulatória denominada CAP – do inglês catabolite activator protein – e por uma molécula efetora denominada cAMP – AMP cíclico (adenosina 3’, 5’) monofosfato – e para que o operon lac seja ativado esse complexo precisa estar ligado em um local específico na região promotora. A presença de glicose no meio inibe a síntese de cAMP, interferindo na formação do complexo com CAP e, por consequência, inibindo o operon lac (Figura 6C). Importante! Podemos concluir que a indução do operon lac requer a presença de lactose para inativar o repressor – controle negativo –, bem como a ausência da glicose para aumentar a concentração de cAMP na célula, resultando na formação do complexo com o CAP, induzindo, assim, a expressão do operon lac – controle positivo. Em Síntese 13 UNIDADE A Regulação da Expressão Gênica Figura 6 – Esquema representando os mecanismos de ativação e inibição do operon lac Fonte: boundless.com Em que: (A) na ausência de lactose o repressor liga-se ao operador, impedindo a junção do RNA polimerase ao sítio promotor; (B) em um meio contendo lactose, a alolactose liga-se ao repressor, impedindo sua ligação ao sítio operador e induzindo a expressão do operon lac; (C) na presença de glicose no meio, os níveis de cAMP são mantidos a níveis basais, impedindo a formação do complexo com CAP, inibindo a ligação da RNA polimerase e, consequentemente, a expressão do operon lac. Assista à animação da regulação gênica do Operon lac: https://youtu.be/lK4LadkOll0 Ex pl or 14 15 Regulação da Expressão Gênica em Eucariotos Como vimos, em procariotos a regulação gênica está intimamente relacionada às condições do meio como, por exemplo, a presença de lactose. Por apresentar diferenciação celular e pela maioria dos tipos celulares estar em um meio estável, as condições do meio pouco influenciam na regulação da expressão em eucariotos, no entanto, uma série de outros fatores está envolvida na ativação ou inibição da expressão gênica. Três componentes principais regulam a expressão em eucariotos: i) um sinal que alterará a expressão; ii) as respostas geradas pela ação desse sinal; e iii) os diferentes níveis dessas respostas. Em eucariotos a síntese de proteínas pode ser regulada em quatro diferentes níveis: i) durante a transcrição; ii) no processamento; iii) na estabilidade do mRNA; e iv) no processo de tradução. No entanto, assim como em procariotos, a transcrição é o processo mais significativo ao qual o organismo controla a expressão de seus genes. Vários tipos de sinais podem interferir na transcrição gênica em eucariotos, tais como hormônios, alterações ambientais e nutricionais – em menor escala que em procariotos –, fatores de transcrição, proteínas reguladoras, entre outros. Agora abordaremos de forma mais detalhada alguns tipos desses sinais. Assista à recapitulação do processo de transcrição,: https://youtu.be/fynGKohVYHw Ex pl or Sinalização Hormonal Algumas classes de hormônios, como os esteroides, são moléculas relativamente curtas e lipossolúveis, possuindo capacidade de penetrar na célula através da membrana plasmática. No interior celular, os esteroides ligam-se a receptores específicos para formarem complexos variados que adentrarão ao núcleo e se ligarão em regiões específicas do DNA para alterar a expressão de um determinado gene. Outros polipeptídios maiores e de composição diferente dos esteroides não possuem a capacidade de atravessar a membrana biológica, assim, ligam-se a receptores presentes na própria membrana, desencadeando uma cascata de reações intracelulares que modularão a expressão de um determinado gene. Outros tipos de proteínas, como os fatores de crescimento, podem ainda ser sintetizados em uma célula específica e agirem em células vizinhas, ou mesmo em outros tecidos. 15 UNIDADE A Regulação da Expressão Gênica Figura 7 – Esquema representando os mecanismos de ação dos hormônios esteroides, os quais possuem a capacidade de atravessar a membrana celular e outros hormônios polipeptídicos, como a amina, que se ligam a receptores de membrana e desencadeiam uma cascata de reações no citoplasma celular Fonte: boundless.com Sinalização por Mudanças Nutricionais Como dito, eucariotos recebem menor influência de fatores nutricionais se comparados aos procariotos, devido, principalmente, à estabilidade conferida pela formação dos tecidos e órgãos. No entanto, o tecido hepático merece uma atenção especial, já que as células deste órgão estão diretamente em contato com o sangue e, consequentemente, estão expostas às alterações nutricionais e à presença de outras substâncias que podem interferir na regulação gênica. Baixos níveis de carboidratos e altos níveis de proteínas, por exemplo, induzem a expressão de genes relacionados à conversão de aminoácidos em glicose no fígado, sendo este processo revertido quando as condições nutricionais voltam à sua “normalidade”. Da mesma forma, alguns genes relacionados à síntese de metalotionenína – proteína que protege a célula de metais pesados – são induzidos à expressão, na presença de algum metal pesado na corrente sanguínea, como o cádmio, por exemplo. Fatores de Transcrição e Proteínas Reguladoras Diferente de procariotos, em eucariotos a RNAP – especificamente o tipo II – forma um complexo com diversas proteínas, denominadas fatores de transcrição – TFIIA, TFIIB, TFIID, entre outras. São os fatores de transcrição que intermediarão a ligação entre RNAPII e o promotor do DNA – região TATA box – para dar início à transcrição. A transcrição apenas será possível se o complexo formado por RNAPII e fatores de transcrição estiver completo e em sua forma funcional. 16 17 Uma região do DNA fundamental para a transcrição é denominada intensificador – enhancer. Os intensificadores são os sítios de ligações próximos das regiões promotoras, onde diversas proteínas reguladoras se ligarão e interagirão com o complexo formado pela RNAPII e os fatores de transcrição. Assim como em procariotos, existem dois tipos distintos de proteínas reguladoras: proteínas ativadoras e proteínas repressoras. As proteínas ativadoras, como o próprio nome diz, estimulam a transcrição de um determinado gene, sendo caracterizadas por possuírem dois domínios funcionais, o primeiro composto por uma região que reconhece e se liga ao DNA – domínio de ligação do DNA –, enquanto o segundo domínio realiza a interação química com o complexo de transcrição – domínio de ativação. As proteínas repressoras, de forma geral, inibem a transcrição gênica e, assim como as proteínas ativadoras,apresentam dois domínios distintos, um de ligação na molécula de RNA e outro denominado de domínio de repressão, que interage com o complexo RNAPII, impedindo sua ação. Algumas proteínas repressoras atuam ainda de forma autônoma, ligando-se diretamente ao DNA e impedindo a ligação da proteína ativadora no intensificador – competição. Figura 8 – Esquema representando a ativação gênica mediada pela ligação dos domínios das proteínas ativadoras, com o DNA – intensifi cador – e com o complexo formado por RNAPII e fatores de transcrição Fonte: boundless.com Os domínios das proteínas reguladoras são específicos e diferenciados por sua conformação estrutural, além de sua carga molecular. Da mesma forma, os domínios dos diferentes intensificadores possuem conformação diferenciada e complementar aos domínios das proteínas reguladoras. Com isso, podemos classificar as proteínas reguladoras de acordo com seus domínios. Entre as classes de proteínas mais estudadas estão: » Hélice-volta-hélice – esta classe de proteínas é caracteriza pela união de duas estruturas α-hélices unidas por uma cadeia curta de aminoácidos (Figura 9): 17 UNIDADE A Regulação da Expressão Gênica Figura 9 – Esquema representando a conformação estrutural da proteína reguladora do tipo hélice-volta-hélice e sua ligação da molécula de DNA Fonte: Zárate e colaboradores (2009) » Dedos de Zinco – esta importante classe de proteínas possui em sua es- trutura uma ou mais moléculas de zinco. Nesta molécula são observados diversos subgrupos: o primeiro formado por moléculas dispostas no formato de α-hélice e unidas a uma estrutura ß-hélice por uma molécula de zinco, podendo mais moléculas de zinco serem agregadas a essa subunidade. A se- gunda subunidade é muito similar à da hélice-volta-hélice, mas, no entanto, as hélices são unidas por átomo de zinco ao invés de aminoácidos (Figura 10). Um dos fatores de transcrição que interage com a RNAPII, o TFIIIA, é um exemplo clássico de proteína reguladora no formato dedo de zinco. Figura 10 – Esquema representando a conformação estrutural da proteína reguladora do tipo dedos de zinco e de sua ligação na molécula de DNA Fonte: Zárate e colaboradores (2009) 18 19 » Zíper de leucina – esta classe de proteínas possui um sistema complexo na regulação da expressão gênica. O termo zíper de leucina refere-se a uma região específica da molécula que é rica, principalmente, no aminoácido leucina. Essa característica permite a formação de dímeros, em função da união com outras moléculas similares – homodímeros –, ou entre proteínas diferentes – heterodímeros. A formação de dímeros confere maior estabilidade para a ligação da proteína reguladora com a molécula de DNA, sendo essa ligação apenas possível nessa conformação estrutural (Figura 11): Figura 11 – Esquema representando a conformação estrutural da proteína reguladora do tipo zíper de leucina e de sua ligação na molécula de DNA Fonte: Zárate e colaboradores (2009) Alteração Estrutural da Cromatina Através de um sistema de compactação, a fita de DNA é organizada em cromossomos, sendo suas unidades básicas denominadas nucleossomos. Para formar os nucleossomos, a dupla fita de DNA “enrola-se” em proteínas específicas, denominadas histonas, sendo necessário para a formação dos nucleossomos oito histonas (Figura 12). Essa conformação estrutural originará uma estrutura no formato de “colar de contas”. Figura 12 – Formação de um nucleossomo dado pelo englobamento de oito proteínas histonas pela dupla hélice do DNA Fonte: ucsf.edu 19 UNIDADE A Regulação da Expressão Gênica O nível de compactação do DNA influenciará diretamente no potencial da expressão gênica de um organismo, ou seja, quanto menos compactado o material genético, mais acessível torna-se a região da fita que será transcrita. Com isso, podemos deduzir que o nível de compactação da dupla hélice pode ser considerado um mecanismo efetivo na regulação da transcrição gênica. Os mecanismos dos processos de compactação e descompactação do DNA são diretamente regulados pela presença de radicais – metil, acetil e fosfato –, inseridos por enzimas específicas na própria estrutura do DNA. Um exemplo claro da alteração da conformação da cromatina é o processo de metilação do DNA, dado pela incorporação de um grupamento metílico na dupla hélice que, em geral, inibe a expressão de um determinado gene. As mudanças conformacionais da cromatina podem também estarem relacio- nadas a alterações nas proteínas histonas. Tais proteínas possuem estruturas se- cundárias, ricas no aminoácido lisina que, através de mecanismos de acetilação e desacetilação – inserção ou remoção de um radical acil –, sofrem alterações estru- turais que interferem na ligação entre uma histona e outra e, consequentemente, no processo de compactação e descompactação do material genético. De forma geral, quando acetiladas, as histonas são comumente associadas a um aumento transcricional, enquanto que a ausência desse radical está relacionada à diminuição da atividade transcricional. Da mesma forma que a acetilação, a adição de grupa- mentos fosfato – fosforilação – pode também interferir na transcrição. Como o grupamento fosfato é negativamente carregado, a sua adição nas proteínas histo- nas pode neutralizar a molécula, reduzindo sua afinidade pelo DNA, o que torna o material genético menos compactado. Assista aos mecanismos de compactação do DNA - https://youtu.be/1iFsb2f7bLs Ex pl or 20 Material Complementar Indicações para saber mais sobre os assuntos abordados nesta Unidade: Livros Biologia Molecular da Célula ALBERTS, B. et al. Biologia Molecular da célula. 5. ed. Porto Alegre, RS: Artmed, 2010. p. 1-54. Fundamentos de Biologia Molecular MALACINSKI, G. M. Fundamentos de Biologia Molecular. 4. ed. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan, 2005. p. 460. Vídeos Processamento RNA https://youtu.be/eWPOzNVyocs BIOLOGIA – Citologia IX – Núcleo – Síntese de Proteínas https://youtu.be/BTpVc8aNqgk • Visão Geral da Biotecnologia • Marcadores Moleculares • Genômica Funcional • Engenharia Genética · Proporcionar aos alunos uma visão geral sobre as principais ferra- mentas moleculares utilizadas na Biotecnologia moderna, com ênfa- se nos marcadores moleculares, na genômica funcional e na Enge- nharia Genética. OBJETIVO DE APRENDIZADO Ferramentas Moleculares Básicas da Biotecnologia UNIDADE Ferramentas Moleculares Básicas da Biotecnologia Contextualização Considerada uma das disciplinas mais importantes na área da Biologia, principalmente pela sua aplicabilidade em diversos segmentos sociais, tais como agricultura, pecuária e saúde, Fundamentos da Biologia Molecular e Biotecnologia tem como objetivo principal fornecer uma visão global de como podemos utilizar diversas ferramentas moleculares para solucionar problemas reais da sociedade moderna, além de buscar otimizar diversos processos relacionados com estes e muitos outros segmentos. Assim, nesta Unidade abordaremos as principais ferramentas moleculares e suas aplicações na Biotecnologia. Perceba que este tema é fundamental para maior compreensão de processos tecnológicos recentes, tais como o sequenciamento de DNA, marcadores molecu- lares e Engenharia Genética. 8 9 Visão Geral da Biotecnologia A Biotecnologia é uma Ciência multidisciplinar, que abrange inúmeras áreas do conhecimento e pode ser definida como: “A atividade que utiliza agentes biológicos no desenvolvimento e melhoria de produtos úteis para a sociedade”. Diversas técnicas biotecnologias são empregadas desde a Antiguidade, principalmente em processos de fermentação de alimentos como o vinho, a cerveja e o pão. Alinhada a outras áreas correlatas, como a Biologia Molecular, Microbiologia, Biotecnologia e Engenharia Genética, deu-se início à Biotecnologia moderna, tendo seu marco na descoberta da estrutura em dupla hélice do Ácido Desoxirribonucleico (DNA), por James Watson e Francis Crick, no ano de 1953. A descoberta daestrutura do DNA foi essencial para desvendar processos fundamentais para o funcionamento da vida como, por exemplo, a síntese de proteínas. Biologia Biotecnologia Engenharia QuímicaQuímica Industrial Engenharia Bioquímica Bio qu ím ica Bio log ia Mo lec ula r Figura 1 – Esquematização da interação da Biotecnologia com outras Ciências correlatas Fonte: Borzani et al., 2001 Com a evolução da Biotecnologia moderna, devido à descoberta de novos produtos e tecnologias e ao desenvolvimento de novas técnicas, praticamente todos os setores produtivos da sociedade sofreram intervenções biotecnologicas, atraindo um grande investimento para a área e, consequentemente, gerando elevado número de empregos diretos. Nos dias atuais, os produtos originados por processos biotecnológicos são incontáveis (Figura 2) e entre os principais setores que utilizam esses processos estão agricultura, alimentação, produção de energia, meio ambiente, pecuária e saúde. 9 UNIDADE Ferramentas Moleculares Básicas da Biotecnologia Figura 2 – Produtos gerados a partir de técnicas biotecnológicas Fonte: Adaptado de Faleiro et al., 2011 Na última década, diversas técnicas moleculares tornaram-se mais acessíveis e são aplicadas corriqueiramente na Biotecnologia, tais como o sequenciamento genômico – importante, por exemplo, no tratamento de doenças genéticas –, indução de pluri- potencialidade celular em células somáticas – células-tronco – e criação de alimentos transgênicos. No entanto, esses processos são controversos, já que se confrontam diretamente com outra Ciência correlata, a Bioética. Assim, abordaremos aqui a aplicação de ferramentas moleculares em diferentes processos biotecnológicos. Marcadores Moleculares Os marcadores moleculares são marcadores genéticos que atuam na detecção de isoenzimas – enzimas que diferem em sua composição estrutural, mas que, em geral, sintetizam a mesma proteína –, ou sequências de DNA específicas (FALEIRO; ANDRADE; REIS JUNIOR, 2011). Sua utilização pode ser aplicada em diversas áreas do conhecimento, como em estudos evolutivos e de melhoramento genético de animais e plantas. A ação dos marcadores moleculares está sustentada no conceito do dogma central da Biologia Molecular. Neste contexto, podemos inferir que as diferenças na carga genética de diferentes indivíduos – mesmo sendo da mesma espécie – sintetizarão proteínas específicas que, por consequência, influenciarão em suas características fenotípicas; com isso, devido à sua carga genética, cada indivíduo pode ser considerado único. O conhecimento das características genéticas é considerado uma excelente fer- ramenta na busca da compreensão da história de vida do organismo, além de gerar informações singulares sobre variabilidade genética, auxiliando, por exemplo, em projetos de conservação. O desenvolvimento dos diferentes marcadores molecula- res se deu, principalmente, pela evolução e popularização de técnicas laboratoriais, como a amplificação do DNA via Reação em Cadeia da Polimerase (PCR), separa- 10 11 ção por eletroforese e análises genéticas. Pode parecer complexo – e, na verdade, é –, no entanto, técnicas rotineiras aproximam cada dia mais a sociedade da utili- zação de marcadores moleculares. Um exemplo clássico e corriqueiro corresponde aos testes de paternidade – baseados na comparação do material genético dos filhos e dos supostos pais –, muito difundidos na última década. Tipos de Marcadores Moleculares São muitos os tipos de marcadores moleculares, cada qual com uma especificidade. Entre muitos, destacam-se: • Sequenciamento por PCR – muito utilizado em estudos de taxonomia e aná- lises filogenéticas, o sequenciamento do DNA pela técnica de PCR está rela- cionado à determinação da sequência nucleotídica de um fragmento-alvo do DNA através da utilização de primers específicos. Importante! Que os primers são segmentos de ácidos nucleicos, contendo de um a sessenta nucleotí- dios, normalmente? Essas sequências são sintetizadas quimicamente e são complemen- tares à região do DNA que se deseja amplifi car. Você Sabia? Assista à animação apresentando o processo de PCR em: https://youtu.be/JYY8TLu3hjU Ex pl or • Genômica funcional – principalmente utilizado em técnicas de mapeamen- to genético e em estudos de expressão gênica – expressão quantitativa de um gene específico –, a genômica funcional é uma ferramenta recente e de grande importância em terapias gênicas. Com a utilização deste tipo de marcador molecular, torna-se possível detectar e rastrear mutações genéti- cas – principalmente relacionadas a patologias –, facilitando a utilização de estratégias específicas e preventivas em alguns tipos de doenças de cunho genético, como o câncer. As duas principais abordagens deste tipo de mar- cador estão relacionadas à análise da expressão gênica – transcriptoma, que é a técnica que retrata de forma real o que é expresso em um indivíduo em um momento ou condição específica; e a análise de sistemas modulados por ação de proteínas (proteoma); • Polimorfismo de um único nucleotídeo – do inglês Single Nucleotide Poly- morphism (SNP), é uma técnica capaz de detectar a variação de apenas um nucleotídio na sequência de um genoma. É empregada principalmente em análises de diversidade funcional e estudos filogenéticos. Para a realização deste tipo de análise são necessárias informações prévias, principalmente pro- vindas de técnicas de sequenciamento, como o transcriptoma. 11 UNIDADE Ferramentas Moleculares Básicas da Biotecnologia Marcadores Moleculares em Análises Genéticas As análises genéticas podem ser aplicadas em muitos segmentos, já que possuem alto grau de especificidade e número incontável de marcadores moleculares. Estudos filogenéticos, por exemplo, são realizados através da comparação do material gênico – por sequenciamento de PCR ou transcriptoma, por exemplo – entre diferentes indivíduos, populações, espécies ou até mesmo gêneros, mantidos sob a mesma condição, ou seja, sem influência de outras variáveis. Por meio do sequenciamento de uma região específica do DNA, utilizando marcadores e de seu alinhamento com outros indivíduos, pode-se caracterizar uma árvore filogenética, por exemplo. Análises genéticas podem ser realizadas também considerando respostas diferenciais em indivíduos distintos – em nível de espécie, população e gêneros, por exemplo – a estímulos externos, como temperatura ou fotoperíodo; no entanto, essas condições precisam, necessariamente, apresentarem- se idênticas aos diferentes grupos comparados. Bioinformática e Marcadores Moleculares A análise de dados referente às respostas genéticas com utilização dos marcadores moleculares tornou-se possível devido ao surgimento de uma nova área do conhecimento, a Bioinformática. Podemos definir Bioinformática como a área do conhecimento que utiliza ferramentas computacionais aplicadas a análises de dados obtidos em pesquisas biológicas. Devido à elevada quantidade de dados gerados por técnicas de sequenciamento de DNA e utilização de muitas fórmulas estatísticas na análise dos resultados, tornou-se necessária a aplicação dessas ferramentas, visando, principalmente, a redução de custos e de tempo. A Bioinformática está em amplo crescimento e isso se dá devido à modernização acelerada de técnicas moleculares, principalmente de sequencimento de DNA. Com a evolução e barateamento dessas técnicas, muitos softwares específicos utilizados em análises de dados de sequenciamento foram desenvolvidos nos últimos anos, tornando essa área uma das mais promissoras dentro das grandes áreas das Ciências Biológicas e da Saúde. Entre muitos resultados, a aplicação da Bioinformática pode auxiliar na localização de genes específicos dentro de um transcriptoma e na definição de primers para análises de PCR em tempo real – quantificação da expressão de um determinado gene no momento da coleta do material biológico. Genômica Funcional Como sabemos, o conjunto completo dos genes
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