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1) A diversidade genética é consequência da variação biológica herdada através de anos de evolução, oriunda de trocas de genes na reprodução sexuada (crossing over), mutações nas sequências nucleotídicas, que pode ocorrer ao acaso ou durante a replicação do DNA, entre outros processos. A genômica estuda as diferenças genotípicas e fenotípicas entre os indivíduos, investigando o fluxo de genes entre as populações, bem como encontra genes e proteínas de interesse científico ou comercial, que possam ser avaliadas e aplicadas em certas áreas, como na produção agronômica e pecuária. Complete as lacunas a seguir: A variação do DNA pode gerar novas espécies, fenômeno chamado ____________. Mas diferenças podem também ocorrer dentro de indivíduos da mesma espécie, fenômeno chamado ____________. Desta forma, indivíduos podem possuir diferenças no seu DNA (____________) e na expressão dos seus genes, como em sua morfologia, fisiologia, bioquímica e comportamento (____________). Assinale a alternativa que preenche corretamente as lacunas: Alternativas: • a) polimorfismo, especiação, genótipo, fenótipo. • b) especiação, polimorfismo, genótipo, fenótipo. Alternativa assinalada • c) polimorfismo, especiação, fenótipo, genótipo. • d) genótipo, fenótipo, polimorfismo, especiação. • e) especiação, polimorfismo, fenótipo, genótipo. 2) Os genomas de vários seres vivos estão disponíveis em bancos de dados públicos, como o GenBank, mantido e administrado pelo National Institutes of Heath dos Estados Unidos, que possui todas as sequências genômicas publicamente disponíveis. Mas como as sequências do mapeamento genético são obtidas? Para obtermos genomas completos de indivíduos, basicamente devemos realizar algumas etapas para o estudo, analise-as: 1- Desnaturar a molécula do DNA, descondensar as fitas e clivar o genoma em várias sequências aleatórias, com auxílio de enzimas de restrição. 2- Analisar com ferramentas computacionais as sequências onde há superposição de nucleotídeos, onde as sequências se sobrepõem, chamadas de sequências contigs. 3- Analisar a superposição dos pedaços maiores da fita, até que todos os pequenos fragmentos sejam unificados, obtendo-se uma sequência de consenso, onde há uma concordância entre os fragmentos e se obtém a montagem da fita completa de DNA. 4- Realizar o sequenciamento das sequências aleatórias. Assinale a opção que representa a ordem correta das etapas de estudo para obtenção do genoma completo de indivíduos: Alternativas: • a) 2 - 1 - 3 - 4. • b) 3 - 4 - 2 - 1. • c) 1 - 2 - 3 - 4. • d) 2 - 4 - 3 - 1. • e) 1 - 4 - 2 - 3. Alternativa assinalada 3) O código genético representa a sequência completa de bases nitrogenadas contidas na molécula de DNA (ácido desoxirribonucléico) de um indivíduo, responsável por toda a informação que o acompanhará ao longo da vida. O sequenciamento genético deve ser repetido várias vezes, realizando várias leituras do mesmo, minimizando erros que prejudiquem a montagem e o mapeamento final. Existem duas estratégias para sequenciar e montar o mapa de um genoma: - O Sequenciamento shotgun de genoma inteiro (WGS) e - Sequenciamento de Clone Ordenado. Ambas estratégias se baseiam no sequenciamento de muitos clones de segmentos de DNA, que formam bibliotecas genômicas (que contém conjuntos dos curtos segmentos dos genomas). Os segmentos são inseridos em cromossomos acessórios (cromossomos artificiais, plasmídeos bacterianos, vírus bacteriófagos, etc.), que também são chamados de vetores. O enfoque do método WGS é sequenciar os nucleotídeos primeiro e gerar o mapeamento do genoma depois. Portanto sequências de fragmentos são geradas, sem saber seu locus no genoma do indivíduo, obtendo uma biblioteca shotgun e esse é o tipo de sequenciamento mais utilizado atualmente. O método de Sequenciamento de Clone Ordenado funciona de maneira inversa, analise as afirmativas a seguir: I- O Genoma é mapeado, e depois sequenciado. II- É realizada uma triagem dos clones completos, observando suas diferenças, constituição química, tamanho e após estas etapas, a clivagem com enzimas de restrição. III- A triagem é feita por eletroforese de proteínas, obtendo-se um mapa físico com a ordem dos clones de RNA. IV- A sobreposição de clones contigs caracterizados vão compondo sequências maiores até que o número de clones contigs seja igual ao número de cromossomos, obtendo-se assim, um mapa físico completo. V- Após a obtenção do mapa, um conjunto de clones que minimamente sobrepostos englobam todo o genoma cromossômico, e este conjunto é sequenciado. Agora, avaliando as proposições acima, assinale a alternativa correta: Alternativas: • a) Apenas as afirmativas I, II e III estão corretas. • b) Apenas as afirmativas II e III estão corretas. • c) Apenas as afirmativas I, III e V estão corretas. • d) Apenas as afirmativas I, IV e V estão corretas. Alternativa assinalada • e) Apenas as afirmativas I, III e IV estão corretas. 4) “O isolamento de DNA de plantas e de material vegetal proveniente de cultura de tecidos é uma etapa importante na análise da estrutura e organização do genoma de plantas. Essas análises necessitam, frequentemente, usar enzimas de restrição, que cortam o DNA em fragmentos, para ser utilizado em Southern blot ou em construção de bibliotecas genômicas. Preparações de DNA vegetal também são, comumente, utilizadas como substratos em reações de PCR para estudos filogenéticos ou no desenvolvimento de marcadores moleculares como os microssatélites e os gerados por RAPD. Independentemente do tipo de estudo molecular, as preparações de DNA devem produzir amostras puras suficientes para não inibir os tratamentos enzimáticos ou causar interferências nos padrões de migração em gel de eletroforese” (Fonte: Adaptado de Romano & Brasileiro, 1999). Legenda: Desenho esquemático de resultado de centrifugação para extração de DNA vegetal. Fonte: Adaptado. Disponível em: <https://www.scribd.com/document/70392090/relatorio-bio-mol-extracao-de- dna>. Acesso em: 12/03/18. Tendo como base essa informação e você está sob avaliação para uma vaga de responsável de um laboratório de genômica (com ênfase em amostras vegetais), a seguinte situação foi solicitada para sua avaliação em sua prova teórica: I. A massa sobrenadante resultante da centrifugação da mistura da amostra e CIA presente no tubo eppendorf contém apenas DNA vegetal. PORQUE II. A solução de CIA adicionada anteriormente à centrifugação proporciona a remoção de polissacarídeos, lipídeos e proteínas por ser um solvente orgânico. A respeito dessas asserções, assinale a opção correta: Alternativas: • a) As asserções I e II são proposições falsas. • b) As asserções I e II são proposições verdadeiras, mas a II não é uma justificativa da I. • c) A asserção I é uma proposição verdadeira, e a II é uma proposição falsa. • d) A asserção I é uma proposição falsa, e a II é uma proposição verdadeira. Alternativa assinalada • e) As asserções I e II são proposições verdadeiras, e a II é uma justificativa da I.
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