TESTE DE CONHECIMENTO - BIOINFORMÁTICA

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MARIANNE MACIEL BERNARDO Matr.: 202008294096 
Disc.: BIOINFORMÁTICA 2022.2 - F (G) / EX 
 
Prezado (a) Aluno(a), 
 
Você fará agora seu TESTE DE CONHECIMENTO! Lembre-se que este exercício é opcional, mas não 
valerá ponto para sua avaliação. O mesmo será composto de questões de múltipla escolha. 
Após responde cada questão, você terá acesso ao gabarito comentado e/ou à explicação da mesma. 
Aproveite para se familiarizar com este modelo de questões que será usado na sua AV e AVS. 
 
 
 
 
 
03017INTRODUÇÃO À BIOINFORMÁTICA 
 
 
1. 
 
 
Na era pós-moderna, com o advento e a consolidação da 
revolução robótica no século XX, foi possível aprimorar a criação 
de tecnologias computacionais nas mais variadas áreas do 
conhecimento, o que tem provocado profundas mudanças sociais 
em âmbito individual e coletivo. Nesse cenário, a bioinformática 
ou biocomputação surge na década de 1980, a fim de superar as 
fronteiras das ciências pelo desenvolvimento de novas abordagens 
capazes de promover a análise e a apresentação de dados 
biológicos, bem como de garantir a investigação de novos 
métodos para a resolução de complexas perguntas. 
Fonte: ARAÚJO, N. D.; et al. A era da bioinformática. Estud Biol. 
2008 jan/dez;30(70/71/72):143-8. Sobre a bioinformática analise 
as afirmativas a seguir: 
I. A bioinformática é uma disciplina interdisciplinar que combina 
diferentes disciplinas, com destaque para a Estatística, biologia, 
química, informática e física. 
II. A bioinformática possibilitou a interpretação da linguagem dos 
de genes por algoritmos. 
III. Atualmente, os programas de computadores estão muito 
modernos, e é possível realizar todas grandes análises de forma 
rápida e precisa, como prever a ligação de diferentes átomos em 
uma molécula. 
É correto o que se afirma em: 
 
 
I e III. 
 
 
III. 
 
 
I. 
 
 
II. 
 
 
I e II. 
Data Resp.: 05/10/2022 18:51:11 
 
Explicação: 
Existem diversas ciências envolvidas com a bioinformática, que desfrutam do seu avanço, 
entretanto as áreas mais intimamente ligadas de acordo com a questão 17 são: Estatística, 
biologia, química, informática e física. Essa nova ciência permitiu que algoritmos fossem criados 
auxiliando na interpretação de genes, alinhamentos dos genes, descobrir sequências e funções 
de genes desconhecidas. No entanto, ainda precisamos de programas de computadores mais 
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avançados, para por exemplo, analisar as dinâmicas moleculares (interação de átomos de 
diferentes proteínas), mas complexas e mais longas. 
 
 
 
 
 
2. 
 
 
Desde a descoberta da estrutura do DNA e do desenvolvimento da 
biologia molecular, o homem vem buscando novas alternativas 
que o auxiliem na busca por maior fluidez nos trabalhos de 
pesquisa, acelerando a geração de processos e produtos. A 
bioinformática tem contribuído para avanços na pesquisa básica, 
mas também na ciência aplicada (....). 
Fonte: adaptado de ARAÚJO, N. D.; et al. A era da bioinformática. 
Estud Biol. 2008 jan/dez;30(70/71/72):143-8. 
A seguir são listadas algumas aplicações da 
bioinformática. Analise as afirmativas a seguir: 
I. Identificação de alvos proteicos com potencial para serem 
modificados diretamente pela interação com fármacos. 
II. A identificação de moléculas que poderão atuar como princípio 
ativo na elaboração de produtos terapêuticos, inibindo ou 
acelerando certas reações bioquímicas, poderá apresentar efeitos 
sobre a cura ou a atenuação da doença. 
III. Proporcionar melhor entendimento dos processos evolutivos e 
das relações filogenéticas. 
IV. Amplificação do material genético para a verificação 
quantitativa e qualitativa de um determinado DNA em uma 
amostra biológica. 
V. Identificar a expressão gênica durante um tumor, identificar 
suas alterações para que genes defeituosos, ausentes ou 
superativados sejam reconstruídos ou desligados, para garantir o 
desenvolvimento de medidas terapêuticas ou preventivas contra 
tumores e agentes infecciosos. 
Assinale a opção correta. 
 
 
I, II, III e V. 
 
 
I, II e III. 
 
 
Apenas II. 
 
 
Apenas III e IV. 
 
 
Apenas I. 
Data Resp.: 05/10/2022 18:51:42 
 
Explicação: 
A bioinformática é a ciência integra essencialmente o desenvolvimento de programas 
computacionais para tratar dados biológicos preexistentes e identificar sequências de genes, 
predizer a configuração tridimensional das proteínas, identificar inibidores enzimáticos, 
promover o agrupamento de proteínas, estabelecer árvores filogenéticas e analisar 
experimentos da expressão gênica. No entanto, ela não amplifica o DNA para a sua detecção em 
uma amostra biológica, essa análise é realizada pela reação de polimerase da cadeia, que pode 
apenas detectar a presença (qualitativa) ou então verificar a concentração (quantitativa). As 
demais alternativas estão corretas. 
 
 
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3. 
 
 
Sobre a técnica de modelagem molecular analise a relação entre 
as afirmativas a seguir: 
I. O método de modelagem a ser escolhido depende da igualdade. 
PORQUE 
II. Uma igualdade superior a 25% podemos optar pela modelagem 
por homologia. Se for abaixo desse valor e tivermos o 
enovelamento do molde conhecido usamos modelagem por ab 
initio, caso não, optamos pela modelagem threading. 
A respeito dessas asserções, assinale a opção correta: 
 
 
A asserção I é uma proposição verdadeira enquanto a II é falsa. 
 
 
A asserção I é uma proposição falsa e a II é uma proposição verdadeira. 
 
 
As asserções I e II são proposições verdadeiras, mas a II não é uma justificativa da I. 
 
 
As asserções I e II são proposições verdadeiras e a II é uma justificativa da I. 
 
 
As asserções I e II são proposições falsas. 
Data Resp.: 05/10/2022 18:52:09 
 
Explicação: 
O método de modelagem a ser escolhido depende da identidade, caso seja acima de 25% 
podemos optar pela modelagem por homologia, se for abaixo desse valor e tivermos o 
enovelamento do molde conhecido usamos modelagem por treading, caso não realizamos a 
modelagem por ab initio. 
 
 
 
 
 
 
02925NCBI E ALINHAMENTO DE SEQUÊNCIAS 
 
 
4. 
 
 (UFSM, 2006, Biólogo) As temperaturas são essenciais para 
realização da amplificação do DNA por PCR. Associe a segunda 
coluna com a primeira. 
 
1. de 0°C a 10°C 
2. de 35°C a 65°C 
3. 72°C 
4. 82°C 
5. de 90°C a 96°C 
( ) Maior probabilidade de alinhamento dos primers com a fita 
molde. 
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( ) Formação de fitas-molde a partir de todos os seguimentos. 
( ) Ideal para ação da enzima Taq-DNA-polimerase. 
( ) Ideal para extensão dos primers a partir da extremidade 3'. 
( ) Estabelecimento de ligações - pontes de hidrogênio, o DNA da 
amostra e os primers. 
 
 
 
4 - 2 - 3 - 2 - 1. 
 
 
2 - 5 - 3 - 3 - 2. 
 
 
5 - 4 - 1 - 5 - 3. 
 
 
3 - 4 - 5 - 4 - 2. 
 
 
2 - 3 - 1 - 3 - 4. 
Data Resp.: 05/10/2022 18:52:49 
 
Explicação: 
Durante a etapa de desnaturação, a temperatura está entre 90-96°C e a dupla fita do DNA se 
separa, por desnaturação, etapa em que ocorre a formação de fitas-molde a partir de todos os 
seguimentos. O anelamento ocorre entre 35°C a 65°C, quando os primers se anelam na região 
complementar do molde, esse é o momento de estabelecimento de ligações ¿ pontes de 
hidrogênio, o DNA da amostra e os primers. Após, a DNA polimerase pode adicionar os 
nucleotídeos, em 72°C, essa é a temperatura ideal para extensão dos primers a partir da 
extremidade3¿. Durante o ciclo do PCR, a faixa entre 0°C a 10°C e as temperaturas de 82°C 
não são utilizadas. 
 
 
 
 
 
5. 
 
 
Muitos programas de computador já foram e vêm sendo 
desenvolvidos para auxiliar no desenho de primers usados na 
PCR (Reação em Cadeia de Polimerase). Dentre eles, podemos 
citar o Primer3, que pode ser usado de forma on-line por 
qualquer pessoa. Qual das opções abaixo contém uma 
informação essencial que o usuário precisa fornecer 
obrigatoriamente, para que um programa consiga 
desenhar primers? 
 
 
Conteúdo GC. 
 
 
Sequência de nucleotídeos do alvo no DNA. 
 
 
Temperatura de anelamento. 
 
 
Tamanho do produto amplificado. 
 
 
Temperatura de melting. 
Data Resp.: 05/10/2022 18:54:29 
 
Explicação: 
Os primers são uma sequência de nucleotídeos que é complementar à sequência molde, que 
queremos amplificar. Essas sequências moldes podem ser obtidas em bancos de dados 
biológicos de sequências de nucleotídeos, como GenBank e RefSeq, disponíveis no portal no 
NCBI. Nos programas utilizados para desenhar esses oligonucleotídeos, é impossível desenhar 
uma sequência complementar de primers sem ter essa sequência. As outras alternativas da 
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questão são todos parâmetros para o desenho de primers, mas o usuário não precisa alterar as 
configurações do programa, só se ele achar necessário. 
 
 
 
 
 
6. 
 
 
Durante um noticiário na televisão que falava sobre notícias na 
área de ciência e tecnologia, o repórter citou o termo NCBI. 
Dona Rosângela, curiosa, perguntou a seu neto o significado 
daquele termo. Qual seria a resposta correta que o neto de 
Dona Rosângela deveria dar? 
 
 
O NCBI é uma ferramenta usada para o alinhamento de sequências biológicas. 
 
 
O NCBI se trata apenas de um banco de dados de artigos científicos da área biomédica. 
 
 
O NCBI é um portal que apresenta bancos de dados e ferramentas importantes para a 
área biotecnológica. 
 
 
O NCBI é um programa on-line para o desenho de primers. 
 
 
O NCBI é um banco de dados de sequências de nucleotídeos curadas e sem redundância. 
Data Resp.: 05/10/2022 18:55:09 
 
Explicação: 
O NCBI (Centro Nacional para Informação Biotecnológica) é uma organização que controla o 
portal mais famoso da bioinformática. Dentro desse portal, estão disponíveis diferentes bancos 
de dados biológicos e ferramentas para analisá-los. O NCBI se propõe a reunir o resultado 
do trabalho de pesquisadores ao redor do mundo em um só lugar, facilitando o acesso e 
manipulação desses registros. Essa iniciativa impulsiona o avanço do conhecimento na área 
biotecnológica. Dentro do NCBI, temos o GenBank e PubMed, que são bancos de dados 
disponíveis no portal do NCBI, mas esse não é o único propósito desse portal. A ferramenta 
BLAST, usada para o alinhamento de sequências, também está implementada nesse portal. 
 
 
 
 
 
 
03015ANOTAÇÃO GÊNICA 
 
 
7. 
 
 
Um grande avanço da bioinformática aconteceu durante a execução 
do Projeto Genoma Humano, que durou mais de 10 anos e teve 
como objetivo principal determinar a ordem dos nucleotídeos de 
todo genoma da nossa espécie. Essa empreitada científica 
estimulou o aprimoramento de computadores e de programas para 
lidar com a grande quantidade de dados que começou a ser gerada. 
Hoje vivemos o que é chamado de ¿era pós-genômica¿, como o 
desenvolvimento e aperfeiçoamento de técnicas e programas que 
permitem estudar outras ciências ômicas. De acordo com as 
ciências ômicas, analise as afirmativas a seguir: 
 
I. Genética é o estudo de todo o DNA de um indivíduo. 
II. Metabolômica estuda moléculas de baixo peso molecular 
produzidas por uma célula. 
III. Para investigar o genoma de um indivíduo, precisamos de 
uma amostra de seu RNA. 
 
Quais são as afirmativas corretas? 
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As afirmativas 1 e 3 estão corretas. 
 
 
As afirmativas 1 e 2 estão corretas. 
 
 
Somente a afirmativa de número 1 está correta. 
 
 
Somente a afirmativa de número 3 está correta. 
 
 
Somente a afirmativa 2 está correta. 
Data Resp.: 05/10/2022 19:00:15 
 
Explicação: 
O estudo de todo o DNA de um indivíduo é chamado de genômica. A genética é a parte da 
ciência que estuda a hereditariedade, a estrutura e a função dos genes e a variação dos seres 
vivos. Na genética estudamos genes individuais. Às vezes, genética e genômica são usadas 
indistintamente, mas têm significados diferentes. Para investigar o genoma de um indivíduo, 
precisamos de uma amostra de seu DNA. 
 
 
 
 
 
8. 
 
 
(CESPE/UNB - INMETRO - 2010- Biotecnologia Molecular) 
Microarranjo é uma técnica empregada em biologia molecular que 
permite medir os níveis de expressão de transcritos em larga 
escala. Com relação a essa técnica, assinale a opção correta. 
 
 
A técnica em questão é empregada em estudos proteômicos, visto que permite a 
identificação direta das proteínas expressas. 
 
 
O microarranjo de DNA consiste em um arranjo predefinido de moléculas de DNA 
quimicamente ligadas a uma superfície sólida. 
 
 
A expressão dos genes é acompanhada com o emprego de sondas marcadas com brometo 
de etídio. 
 
 
A detecção é realizada por meio de eletroforese em gel de agarose. 
 
 
As lâminas de vidro utilizadas são revestidas por moléculas de lipídios. 
Data Resp.: 05/10/2022 18:58:56 
 
Explicação: 
A técnica em questão é empregada em estudos transcriptômicos, visto que permite a 
identificação direta das RNAs expressas. Para a técnica, são utilizadas lâminas de vidro 
revestidas com sondas de DNA. A expressão dos genes é acompanhada com o emprego de 
sondas marcadas com corantes fluorescentes. A detecção é realizada por meio de detecção da 
fluorescência. 
 
 
 
 
 
 
02265ANÁLISE FILOGENÉTICA 
 
 
9. 
 
 
Durante uma análise cadeia Markoviana Monte Carlo (MCMC), 
o que determina quando uma cadeia se move da árvore atual para 
uma nova árvore? 
 
 
A cadeia rejeitará uma proposta que produza uma probabilidade de log maior do que o 
estado atual. 
 
 
A cadeia sempre aceitará uma proposta que produza uma probabilidade posterior maior 
do que o estado atual. 
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A cadeia Markoviana aceitará uma proposta com uma probabilidade que é fixada no início 
da pesquisa. 
 
 
A probabilidade de aceitar uma proposta depende da razão entre as probabilidades 
posteriores entre o estado atual e proposto. 
 
 
A cadeia Markoviana sempre aceitará uma proposta que seja consistente com a anterior. 
Data Resp.: 05/10/2022 19:00:27 
 
Explicação: 
Gabarito: A cadeia sempre aceitará uma proposta que produza uma probabilidade posterior 
maior do que o estado atual. 
Justificativa: Uma geração MCMC sempre aceita o novo estado se a probabilidade, ou log, for 
maior que o estado atual. A geração MCMC não é calculada por uma razão, nem possui uma 
probabilidade fixada de início. Na cadeia Markoviana, o novo estado é sempre aceito quando 
possui melhor probabilidade. As vezes a cadeia Markoviana Monte Carlo pode aceitar um ponto 
pior do que o anterior. Isso ocorre raramente. 
 
 
 
 
 
10. 
 
 
O quadro a seguir mostra uma matriz de dados táxons x caracteres, sendo 
apresentados 9 espécies (de A ao I) e 9 caracteres (de 1 ao 9): 
 
Como uma análise de parcimôniaseria afetada pela remoção das duas 
primeiras posições (1 e 2) e da última posição (9) da matriz de dados 
fornecida? 
 
 
A topologia de árvore ideal certamente mudará; a árvore ótima será menor. 
 
 
A topologia de árvore ideal pode ou não mudar; o comprimento ideal da árvore pode ser 
maior ou menor. 
 
 
A topologia de árvore ideal definitivamente não mudará; a árvore ótima terá três etapas a 
mais. 
 
 
A topologia de árvore ideal definitivamente não mudará; a árvore ótima será três etapas 
mais curta. 
 
 
A topologia de árvore ideal definitivamente não mudará, e nem seu comprimento. 
Data Resp.: 05/10/2022 19:01:33 
 
Explicação: 
Gabarito: A topologia de árvore ideal definitivamente não mudará, e nem seu comprimento. 
https://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio_ensineme.asp?num_seq_aluno_turma=167822996&cod_hist_prova=292555794&num_seq_turma=7228071&cod_disc=SDE4449
Justificativa: Os caracteres que estão na posição 1, 2 e 9 na matriz de dados não possui 
variação de estados, ou seja, ao analisar a matriz de dados vemos que em todas as espécies (de 
A a I) na posição 1 temos a base C, na posição 2 a base G e na posição 9 a base C. Isso significa 
que elas não trazem informações que possam diferenciar um táxon ou um conjunto de táxons. 
Assim, a retirada destes caracteres, por tanto, não modifica a topologia e o comprimento de 
ramos, pois não houve alteração. A modificação na topografia só seria obtida caso tivesse 
alteração nos carateres entre os táxons, assim todas as outras alternativas estão falsas.