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Milena Silva Araujo MEDUFES 105 BioQuímica exercícios de fixação METABOLISMO DE NUCLEOTÍDEOS 1 - Diferencie via de novo e via de recuperação na biossíntese de nucleotídeos. As vias de novo usam precursores simples (como a ribose ativada, aminoácidos, ATP e CO₂) para formar as bases/os nucleotídeos; já as vias de recuperação aproveitam bases antigas (obtidas a partir da degradação de nucleotídeos, por exemplo) para uni-las à ribose e formar nucleotídeos. Importante pontuar que apenas as vias de recuperação não são suficientes para suprir a necessidade da célula e, por isso, também é preciso formar nucleotídeos pelas vias de novo. 2 - Quais os precursores gerais da biossíntese de nucleotídeos? De forma geral, para formar um nucleotídeo é preciso ter uma base nitrogenada, uma ribose ativada (PRPP – fosforibosepirofosfato) 3 - Qual a diferença principal entre as vias de novo de purinas e pirimidinas? Nas vias de novo das pirimidinas, o anel pirimídico é formado antes de ser ligado ao PRPP; já nas vias de novo das purinas, o anel é construído enquanto está ligado à ribose, átomo a átomo. As vias de novo das purinas são mais ativas no fígado, sendo os tecidos extra-hepáticos mais dependentes das vias de recuperação. 4 - Como o carbamil-P é originado e qual enzima realiza o processo? O carbamil-P é formado no citoplasma a partir da carboxilação de amônia, processo que gasta 1 ATP e é catalisado pela enzima carbamoil-fosfato-sintetase 2. 5 - Quais os precursores da biossíntese de nucleotídeos de pirimidina? Qual o primeiro nucleotídeo completo formado? Os precursores das pirimidinas são carbamoil-fosfato e aspartato. Com auxílio da aspartato transcarbamoilase (ATCase), o aspartato é ligado ao carbamoil-P, formando carbamoil-aspartato; em seguida, o carbamoil-aspartato é ciclizado, formando dihidro-orotato, que é transformado em orotato. O orotato é a primeira base completa a ser formada; ele se liga ao PRPP, liberando pirofosfato e formando o nucleotídeo OMP (orotidina monofosfato). Com a descarboxilação do OMP, é formado UMP, que ao receber dois grupos fosfato gera UTP. Com a doação de uma amina pela glutamina, o UTP é convertido em CTP. 6 - Qual enzima é regulada na biossíntese de nucleotídeos de pirimidina e como se dá essa regulação? A enzima regulatória da biossíntese de pirimidinas é a aspartato transcarbamilase. Sua regulação acontece por retroinibição; assim, o aumento na concentração de CTP (que é o produto final da via) inibe a atividade da ATCase. Outra forma de regular a ATCase é por meio da regulação alostérica positiva, para que haja equilíbrio nas quantidades de purinas e pirimidinas da célula; dessa forma, o ATP (que é uma purina) consegue estimular essa enzima. Milena Silva Araujo MEDUFES 105 7 - Quais os precursores da biossíntese de nucleotídeos de purina? Qual o primeiro nucleotídeo completo formado? Para formar as purinas, são necessários PRPP, glutamina, glicina, tetrahidrofolato, CO₂ e aspartato. Com auxílio da GAT (glutamina-PRPP-amidotransferase), o PRPP perde o pirofosfato e recebe uma amina da glutamina, formando fosforibosilamina; a fosforibosilamina recebe a glicina, gerando glicinamida-ribosil- fosfato, a qual recebe uma carbonila do THF e forma formil-glicinamida-ribonucleotídeo; a glutamina doa outra amina à base em formação, formando formil-glicinamidina-ribonucleotídeo, que é ciclizada em 5- aminoimidazol-ribonucleotídeo; ocorre uma carboxilação, formando 5-amino-4-imidazol-carboxilato- ribonucleotídeo e, depois, uma incorporação de aspartato, gerando 5-aminoimidazol-succinil-carboxiamida- ribonucleotídeo; há liberação de fumarato para formar o 5-aminoimidazol-carboxiamida-ribonucleotídeo, o qual recebe uma carbonila do THF e gera 5-formaminoimidazol-carboxiamida-ribonucleotídeo; o IMP (inosinato), primeiro nucleotídeo a ser formado, surge após a ciclização do 5-formaminoimidazol- carboxiamida-ribonucleotídeo, reação que libera água. Se houver doação de nitrogênio pelo aspartato, o IMP vira AMP; caso receba o nitrogênio da glutamina, o IMP vira GMP. 8 - Quantos ATPs são gastos na síntese de IMP, AMP e GMP? 9 - Como ocorre a regulação da biossíntese de nucleotídeos de purina? A regulação da biossíntese de purinas também acontece por retroinibição; nesse caso, a enzima reguladora da via é a GAT. 10 - Quais enzimas responsáveis pela via de recuperação de biossíntese de nucleotídeos de purina? Qual doença associada ao defeito de uma dessas enzimas? As enzimas que recuperam purinas são a APRT (adenina-fosforribosil-transferase) e a HGPRT (hipoxantina- guanina-fosforribosil-transferase). A APRT liga adenina a PRPP, formando AMP (adenilato) e pirofosfato; a HGPRT liga hipoxantina a PRPP, formando IMP (inosinato) e pirofosfato, ou guanina a PRPP, formando GMP (guanilato) e pirofosfato. 11 - Na biossíntese de nucleotídeos são formados, inicialmente, apenas nucleotídeos monofosfato (AMP, GMP, UMP, etc). Como os nucleotídeos di e trifosfatos são formados? 12 - Os desoxirribonucleotídeos são componentes da molécula de DNA. Qual a diferença estrutural entre ribunucleotídeos e desoxirribonucleotídeos e qual enzima é responsável pela formação desses últimos? Os ribonucleotídeos possuem uma hidroxila ligada ao carbono 2 da pentose, enquanto os desoxirribonucleotídeos têm apenas um hidrogênio. Assim, para formar os desoxirribonucleotídeos, a enzima ribonucleotídeo redutase (com auxílio de NADPH) remove a hidroxila do carbono 2, o reduzindo de forma direta. 13 - O timidilato (TMP) é formado a partir de outro nucleotídeo trifosfato. Qual? Também mencione o cofator envolvido no processo. Milena Silva Araujo MEDUFES 105 Como o timidilato é específico do DNA, ele já é formado na forma de desoxirribonucleotídeo. Por ação da ribonucleotídeo-redutase, CDP ou UMP formam dCDP ou dUDP, os quais formam dCTP ou dUTP a partir da ação da nucleosídeo-difosfato-cinase. O dCTP pode formar dUTP caso seja desaminado, já que o substrato da enzima timidilato-sintase é sempre a uracila (dUMP); dUMP é formado a partir de dUTP com auxílio da dUTPase. A timidilato-sintase adiciona um metil ao dUMP, para formar dTMP; o cofator envolvido nesse processo, que doa o metil, é um derivado de THF (tetrahidrofolato). No ciclo do folato, o diidrofolato liberado (após doação do metil) é reduzido pela diidrofolato-redutase, com gasto de NADPH, formando tetraidrofolato. Com auxílio de piridoxal-fosfato/vitamina B6 e ação da serina- hidroximetil-transferase, o tetraidrofolato recebe um metil da serina (que é convertida em glicina e forma N5, N10-metileno-tetraidrofolato. Esse composto forma, de forma espontânea e irreversível, N5-metiltetra- hidrofolato, que por ação da metionina-sintase e auxílio de vitamina B12 perde um metil para a homocisteína, formando metionina e tetraidrofolato (novamente). 14 - Como ocorre a regulação da biossíntese dos desoxirribonucleotídeos? A síntese dos desoxirribonucleotídeos depende da ribonucleotídeo redutase, que age buscando manter níveis adequados dos quatro desoxirribonucleotídeos (dADP, dGDP, dUDP e dCDP). Essa enzima é um tetrâmero (possui 2 subunidades α e 2 subunidades β), tem seu sítio ativo e dois tipos de sítios reguladores (um sítio de especificidade ao substrato e um sítio regulador principal). No sítio ativo, ligam-se os ribonucleotídeos (ADP, CDP, UDP e GDP). Quando há dATP ligado no sítio regulador principal, é indicado para a enzima que ela deve reduzir sua atividade; quando há ATP, sua atividade aumenta. Já no sítio de especificidade, define-se qual tipo de nucleotídeo deve ser produzido (purinas ou pirimidinas): se o dATP se liga, por exemplo, há maior produção de dCTP e dTTP. 15 - Qual o produto final da degradação de nucleotídeos de purina e por quais organismos esse produto é o de excreção? As purinas perdem seus fosfatos por ação de nucleotidases, liberando nucleosídeos; no caso da adenosina, ela é desaminada (liberando amônia)e forma inosina. Tanto inosina quanto xantosina e guanosina sofrerão, então, ação de enzimas que removerão as riboses, restando somente as bases; hipoxantina e guanina são convertidas em xantina e, na conversão da guanina, também há liberação de amônia. Daí, a xantina oxidase converte essa molécula em ácido úrico, que é o produto final da degradação de purinas. Os organismos que têm ácido úrico como produto de excreção são os primatas, as aves, os répteis e os insetos. 16 - O ácido úrico não é a forma de excreção de nucleotídeos de purina de vários organismos. Quais são as outras formas de excreção? Quais organismos as excretam? 17 - Qual o produto de excreção da degradação de nucleotídeos de pirimidina? Qual outro produto é formado e qual seu destino? A degradação de pirimidinas gera amônia e succinil-CoA, que é direcionado ao ciclo de Krebs. A primeira etapa é a remoção de fosfatos, seguida da separação de ribose e base nitrogenada; a base nitrogenada segue por uma via de degradação que culmina com a formação de metilmalonil-CoA, que é convertido em succinil-CoA pela metilmalonil-CoA-mutase (com participação da vitamina B12) 18 - O que é a gota? Que enzima pode ser inibida para seu tratamento? Por quê? Milena Silva Araujo MEDUFES 105 19 - Muitos agentes quimioterápicos são destinados à inibição da biossíntese de nucleotídeos. Cite três exemplos e quais enzimas são inibidas além de quais reações elas catalisam.
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