Técnicas de Bioinformática

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BIOINFORMÁTICA 
SDE4449_202004221302_TEMAS 
03017INTRODUÇÃO À BIOINFORMÁTICA 
 
 
 
1. 
 
Sobre a técnica de modelagem molecular analise a relação entre as afirmativas a seguir: 
I. O método de modelagem a ser escolhido depende da igualdade. 
PORQUE 
II. Uma igualdade superior a 25% podemos optar pela modelagem por homologia. Se for abaixo desse valor e tivermos o enovelamento 
do molde conhecido usamos modelagem por ab initio, caso não, optamos pela modelagem threading. 
A respeito dessas asserções, assinale a opção correta: 
 
 
 
 
 
As asserções I e II são proposições verdadeiras, mas a II não é uma justificativa da I. 
 
 
As asserções I e II são proposições verdadeiras e a II é uma justificativa da I. 
 
As asserções I e II são proposições falsas. 
 
 
A asserção I é uma proposição falsa e a II é uma proposição verdadeira. 
 
 
A asserção I é uma proposição verdadeira enquanto a II é falsa. 
 
Data Resp.: 07/05/2023 14:12:31 
 
Explicação: 
O método de modelagem a ser escolhido depende da identidade, caso seja acima de 25% podemos optar pela modelagem por 
homologia, se for abaixo desse valor e tivermos o enovelamento do molde conhecido usamos modelagem por treading, caso não 
realizamos a modelagem por ab initio. 
 
 
 
 
 
2. 
 
O alinhamento molecular é a técnica importante dentro da bioinformática e para o desenvolvimento de um novo alvo terapêutico 
representa a primeira etapa a ser realizada. Com relação ao alinhamento molecular marque a alternativa correta: 
 
 
 
 
 
É a técnica responsável por combinar duas sequencias de DNA ou proteínas para que possamos identificar qual é a correta. 
 
 
É a técnica responsável por alinhar proteínas que serão utilizadas em uma simulação, dentro de um ambiente virtual, o mais 
próximo possível da realidade. 
 
É capaz de identificar se diferentes espécies possuem alguma relação evolutiva ou gene com função em comum. 
 
 
 O alinhamento é capaz de modelar proteínas tridimensionais, que irão auxiliar em diversas outras técnicas de bioinformática. 
 
 
O alinhamento é capaz de armazenar informações que serão usadas para transcrever o DNA em RNAm. 
 
Data Resp.: 07/05/2023 14:12:43 
 
 
 
 
3. 
 
A bioinformática é uma disciplina interdisciplinar que apresenta diferentes aplicabilidades e tem sido bastante empregada para o 
desenvolvimento de novas metodologias de análise e garantindo diferentes avanços científicos. A seguir são listadas algumas técnicas 
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da bioinformática. Assinale a alternativa que indica a técnica que tenta prever a atividade biológica de um composto baseado em 
equações estatísticas. 
 
 
 
QSAR 
 
 
Alinhamento molecular 
 
 
Modelagem molecular 
 
 
Ancoramento molecular 
 
 
Dinâmica molecular 
 
Data Resp.: 07/05/2023 14:12:50 
 
Explicação: 
O QSAR é uma técnica estatística de tratamento de dados a partir de descritores, visa buscar uma equação que quando resolvida 
tenta prever a atividade de uma molécula nova contra determinado receptor. O alinhamento molecular visa identificar genes que 
compartilham funções ou determinada ancestralidade, podemos também usar o alinhamento para encontrar proteínas moldes, 
durante a etapa de modelagem molecular. O ancoramento molecular infere a modelagem molecular, para construir um modelo 
tridimensional e é utilizado para obter uma pose do ligante com o alvo e a dinâmica molecular para analisar como as interações 
acontecem, mimetizando o organismo. 
 
 
 
 
 
02925NCBI E ALINHAMENTO DE SEQUÊNCIAS 
 
 
 
4. 
 
Considere o alinhamento de uma sequência nucleotídica desconhecida em relação a um banco de dados de genes associados ao 
desenvolvimento de câncer usando a ferramenta BLAST. A partir dessa situação, são descritas algumas características desse 
programa. Assinale a alternativa que retrata a utilização correta dessa ferramenta. 
 
 
 
 
 
Caso encontre o e-value igual a 100%, a sequência desconhecida será idêntica à sequência no banco de dados. 
 
Quanto menor o valor de e-value, menor a probabilidade de o alinhamento ter sido obtido ao acaso com uma sequência do 
banco de dados. 
 
 
A opção de BLASTn deve ser escolhida, uma vez que compara sequência de aminoácidos contra um banco de dados de 
proteínas. 
 
 
A variação da ferramenta indicada nesse caso é o BLASTp, que compara sequência de nucleotídeos contra um banco de dados 
de proteínas. 
 
 
Se o valor de e-value for igual a 0.0, o alinhamento deve ser desconsiderado, pois ocorreu ao acaso. 
 
Data Resp.: 07/05/2023 14:12:56 
 
Explicação: 
O valor de e-value diz respeito à significância estatística do alinhamento realizado com a ferramenta BLAST. Valores iguais ou muito 
próximos de zero são desejados, pois indicam que a chance daquele alinhamento ter ocorrido ao acaso é muito pequena. A variante 
BLASTn usa sequências de nucleotídeos para buscar em banco de nucleotídeos, enquanto a variante BLASTp usa sequências de 
aminoácidos para buscar em bancos de proteínas. 
 
 
 
 
 
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5. 
 
Muitos programas de computador já foram e vêm sendo desenvolvidos para auxiliar no desenho de primers usados na PCR (Reação 
em Cadeia de Polimerase). Dentre eles, podemos citar o Primer3, que pode ser usado de forma on-line por qualquer pessoa. Qual 
das opções abaixo contém uma informação essencial que o usuário precisa fornecer obrigatoriamente, para que um programa consiga 
desenhar primers? 
 
 
 
 
Sequência de nucleotídeos do alvo no DNA. 
 
 
Temperatura de melting. 
 
 
Conteúdo GC. 
 
 
Tamanho do produto amplificado. 
 
 
Temperatura de anelamento. 
 
Data Resp.: 07/05/2023 14:13:00 
 
 
 
 
6. 
 
O PubMed é um dos bancos de dados disponíveis no portal do NCBI. A partir dele, podemos buscar por artigos científicos da área 
biomédica publicados por cientistas em todo o mundo. Caso você queira direcionar a sua busca para obter artigos mais adequados ao 
seu interesse, o que poderia ser feito? 
 
 
 
 
 
Não existe a possibilidade de direcionar a busca, é necessário avaliar todos os títulos que aparecem como resultado para 
escolher aqueles mais adequados. 
 
Utilizar os filtros de busca, que incluem ano e tipo de artigo, por exemplo, ou, ainda, optar pela busca avançada. 
 
 
Acessar o PubMed por meio de rede de Internet de instituição pública, como universidades ou bibliotecas. Só assim é possível 
direcionar a busca por artigos. 
 
 
Pagar uma assinatura mensal ao PubMed para que ele direcione automaticamente suas buscas de acordo com os critérios que 
você deseja. 
 
 
Cadastrar seus dados profissionais e receber uma autorização para acessar a parte restrita do PubMed que permite buscas 
avançadas. 
 
Data Resp.: 07/05/2023 14:13:05 
 
03015ANOTAÇÃO GÊNICA 
 
 
 
7. 
 
A sequência de Shine-Delgarno e as sequências das ¿pontas¿ dos íntrons são exemplos de sinais na sequência de DNA. Esses sinais 
são sequências características conservadas, que marcam as regiões necessárias para que a transcrição e tradução ocorram. Qual 
processo de bioinformática inclui a identificação desses sinais? 
 
 
 
 
 
Extração do DNA. 
 
 
Montagem do genoma. 
 
 
Sequenciamento do genoma. 
 
 
Construção de árvore filogenética. 
 
Predição gênica. 
 
Data Resp.: 07/05/2023 14:13:12 
 
 
 
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8. 
 
Diferentes tipos de dados biológicos podem ser armazenados em bancos de dados computacionais. Em relação aos tipos de bancos de 
dados biológicos, relacione as duas colunas. 
1. Curado. 
2. Acesso livre. 
3. Especializado 
4. Primário. 
( ) Armazenaminformações biológicas originais, resultados de experimentos científicos. 
( ) Banco que contém informações processadas por um profissional com uma boa experiência no assunto. 
( ) Reúnem todo conteúdo que atende a um interesse em particular, por exemplo, sobre o HIV. 
( ) Está disponível para qualquer tipo de usuário, sem restrição de acesso. 
Qual a sequência correta? 
 
 
 
 
 
1-3-2-4. 
 
 
2-4-1-3. 
 
4-1-3-2. 
 
 
4-3-2-1. 
 
 
1-2-3-4. 
 
Data Resp.: 07/05/2023 14:13:17 
 
 
 
 
9. 
 
O quadro a seguir mostra uma matriz de dados táxons x caracteres, sendo apresentados 9 espécies (de A ao I) e 9 caracteres (de 1 ao 
9): 
 
Como uma análise de parcimônia seria afetada pela remoção das duas primeiras posições (1 e 2) e da última posição (9) da matriz de 
dados fornecida? 
 
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A topologia de árvore ideal definitivamente não mudará; a árvore ótima terá três etapas a mais. 
 
 
A topologia de árvore ideal definitivamente não mudará; a árvore ótima será três etapas mais curta. 
 
A topologia de árvore ideal definitivamente não mudará, e nem seu comprimento. 
 
 
A topologia de árvore ideal certamente mudará; a árvore ótima será menor. 
 
 
A topologia de árvore ideal pode ou não mudar; o comprimento ideal da árvore pode ser maior ou menor. 
 
Data Resp.: 07/05/2023 14:13:22 
 
Explicação: 
Gabarito: A topologia de árvore ideal definitivamente não mudará, e nem seu comprimento. 
Justificativa: Os caracteres que estão na posição 1, 2 e 9 na matriz de dados não possui variação de estados, ou seja, ao analisar a 
matriz de dados vemos que em todas as espécies (de A a I) na posição 1 temos a base C, na posição 2 a base G e na posição 9 a 
base C. Isso significa que elas não trazem informações que possam diferenciar um táxon ou um conjunto de táxons. Assim, a retirada 
destes caracteres, por tanto, não modifica a topologia e o comprimento de ramos, pois não houve alteração. A modificação na 
topografia só seria obtida caso tivesse alteração nos carateres entre os táxons, assim todas as outras alternativas estão falsas. 
 
 
 
 
 
 
10. 
 
A árvore filogenética é uma hipótese sobre relações evolutivas, mas para construir precisamos usar características que sejam 
indicadores confiáveis de ancestralidade comum. Nesse contexto utilizamos para construção das árvores as características homólogas. 
A seguir estão listadas algumas propriedades das características ditas homólogas. Analise a alternativa que NÃO se refere a essa 
característica: 
 
 
 
 
 
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Data Resp.: 07/05/2023 14:13:27 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
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