Estudo Dirigido para o Primeiro Bloco do Curso respondendo

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Estudo Dirigido para o Primeiro Bloco do Curso
Ao final desse bloco, esperamos que vocês se concentrem nos seguintes tópicos:
1) Saber identificar os diferentes açúcares, bases nitrogenadas que compõem os ácidos nucleicos;
a. Desoxirribose – não tem hidroxila no carbono 2
b. Ribose – tem hidroxila no carbono 2
2) Saber identificar as ligações químicas nos nucleotídeos;
a. Ligação covalente fosfodiester
b. Ligação de hidrogênio 
c. Interações de Van der Whals
3) Descrever as principais características da forma B do DNA;
Forma B (DNA-B)
-Forma mais estável (padrão) com rotação para a direita. 
-Predominante no DNA cromossômico
-10,5 bases por volta
Forma A (DNA-A)
Estrutura do DNA
-Variante da forma B pela
redução da umidade relativa
em 75%
-11 pares de bases por volta
-Predominante em híbridos
DNA-RNA ou RNA-RNA (dupla
fita)
Formas estruturais da dupla hélice
Forma Z (DNA-Z)
Estrutura do DNA
-Rotação para a esquerda
-12 pares de base por volta
-Devido à sequencias repetidas C e G (G pode assumir conformação syn)
-Suspeita-se que é importante para a regulação da expressão gênica e recombinação
Formas estruturais da dupla hélice
4) Diferenciar dNTP de NTP;
Nucleotídeo trifosfato (NTP): onde ocorre a ligação de três grupos de ácido fosfórico. Ex: Adenosina 5’ trifosfato (ATP); Guanosina 5’ trifosfato (GTP) e Uridina 5’ trifosfato (UTP).
Adenosina 5’ trifosfato (ATP); Guanosina 5’ trifosfato (GTP) e Uridina 5’ trifosfato (UTP). 
Os Desoxirribonucleotídeos Fosfatados dNTP's são nucleotídeos do DNA formados por: Uma base azotada (Adenina, Citosina, Guanina e Timina), um açúcar (desoxirribose) e 3 grupos fosfato.
Os dNTPs[editar | editar código-fonte]
· dATP (desoxiAdenosina Trifosfatada),
· dCTP (desoxiCitidina Trifosfatada),
· dGTP (desoxiGuanosina Trifosfatada) e
· dTTP (desoxiTimidina Trifosfatada),
5) Princípios dos testes de paternidade;
6) Explicar o experimento de Meselson-Stahl
7) Explicar a bioquímica da formação da ligação fosfodiéster;
a. Uma ligação fosfodiéster é um tipo de ligação covalente que é produzida entre dois grupos hidroxila (–OH) de um grupo fosfato e duas hidroxilas de outras duas moléculas por meio de uma dupla ligação éster. 
8) Explicar a descontinuidade da síntese de DNA;
As duas cadeias moldes são antiparalelas, em uma delas a síntese da cadeia complementar ocorre no sentido 5´ => 3´, mas na outra cadeia essa síntese teria que se dar no sentido inverso, ou seja, 3´ => 5´. No entanto, as duas cadeias são sintetizadas pela polimerase III do DNA, que só catalisa o crescimento da cadeia no sentido 5´ => 3´. A explicação para esse paradoxo é que, na forquilha de replicação, uma das cadeias é sintetizada continuamente por uma polimerase que se move no mesmo sentido do deslocamento da forquilha. Já a cadeia com polaridade inversa é sintetizada no sentido inverso ao do deslocamento da forquilha de replicação, portanto, também no sentido 5´ => 3´. Isso é possível porque, nesse último caso, a polimeraze sintetiza segmentos polinucleotídicos curtos, que são, posteriormente, unidos para formar a nova cadeia contínua.
a. 
9) Descrever as 3 atividades da DNA Polimerase I de E. coli;
a. Atividade processiva polimerasica 3’ ->5’
b. Atividade exonucleásica corretora de erros:5’->3’
c. Atividade exonucleásica revisora 3’->5’
10) Saber a função das enzimas envolvidas na replicação do DNA;
a. Helicase abre o DNA no garfo de replicação
b. Proteínas ligadoras de fita simples recobrem o DNA ao redor do garfo de replicação para evitar que o DNA se enrole.
c. Topoisomerase trabalha na região à frente do garfo de replicação para evitar enrolamento excessivo.
d. Primase sintetiza primers de RNA complementares à fita de DNA.
e. DNA polymerase III aumenta os primers adicionando nucleotídeos na extremidade 3', para fazer a maior parte do novo DNA.
f. Primers de RNA são removidos e substituídos com DNA pela DNA polimerase I
g. As lacunas entre fragmentos de DNA são fechadas pela DNA ligase.
11) Importância da metilação na replicação e reparo;
a. A metilação do DNA (uma modificação química que se observa pela ligação de um grupo metil ao carbono 5 da citosina - Fig. 1), suprime a transcrição de determinados genes e também promove a alteração da estrutura da cromatina para formas mais condensadas.
12) Explicar a adição de sequências nos telômeros;
13) Descrever os mecanismos de reparo;
a. DNA polimerases são as enzimas que constroem o DNA nas células. Durante a replicação do DNA (cópia), a maioria das DNA polimerases "verificam seu trabalho" a cada base que acrescentam. Esse processo é chamado revisão. Se a polimerase detecta que um nucleotídeo errado (incorretamente pareado) foi adicionado, ela irá removê-lo e substituí-lo imediatamente, antes de continuar com a síntese de DNA
b. Imediatamente após a síntese de DNA, qualquer base mal pareada restante pode ser detectada e substituída em um processo chamadoreparo por mau pareamento.
c. Se o DNA fica danificado, pode ser reparado por vários mecanismos, incluindo química reversa, reparo de excisão, e reparo de quebras de fita dupla.
14) Desenhar primers e calcular o Tm dos mesmos para uma reação de PCR;
15) Saber identificar sequência palindrômica;
16) Princípios do sequenciamento de DNA por terminação de cadeia;
17) Saber fazer um mapa de restrição simples;