Bioinformatica AV2

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Disc.: BIOINFORMÁTICA   
Aluno(a): CAMILA ALESSANDRA BRAUN 202201186241
Acertos: 1,8 de 2,0 21/11/2023
Acerto: 0,2  / 0,2
Nos organismos __________ a expressão de um determinado gene é dependente do quão enovelado o DNA está, as
___________ regulam essa compactação. A reação de _________ ocorre o maior enovelamento, já a reação de
____________ faz com que o DNA �que mais relaxado, possibilitando sua expressão. 
  eucariotos / histona / metilação / acetilação
procariotos / histona / metilação /acetilação
eucariotos / polimerases / acetilação / metilação
 procariotos / polimerase /acetilação / metilação
procariotos / polimerase / metilação / acetilação
Respondido em 21/11/2023 15:04:08
Explicação:
Nos organismos eucariotos a expressão de um determinado gene é dependente do quão enovelado o DNA está, as
histonas regulam essa compactação. A reação de metilação ocorre o maior enovelamento, já a reação de acetilação faz
com que o DNA �que mais relaxado, possibilitando sua expressão. Os organismos procariotos apresentam outro tipo
de regulação, como a presença do operon lac. As polimerases são enzimas responsáveis enzima que catalisa a reação
de polimerização de ácidos nucleicos a partir dos seus monômeros.
Acerto: 0,2  / 0,2
Muitos programas de computador já foram e vêm sendo desenvolvidos para auxiliar no desenho de primers
usados na PCR (Reação em Cadeia de Polimerase). Dentre eles, podemos citar o Primer3, que pode ser
usado de forma on-line por qualquer pessoa. Qual das opções abaixo contém uma informação essencial que
o usuário precisa fornecer obrigatoriamente, para que um programa consiga desenhar primers?
 Sequência de nucleotídeos do alvo no DNA.
Temperatura de melting.
Tamanho do produto ampli�cado.
Temperatura de anelamento.
Conteúdo GC.
Respondido em 21/11/2023 15:04:54
 Questão / 1
a
 Questão / 2
a
https://simulado.estacio.br/alunos/inicio.asp
https://simulado.estacio.br/alunos/inicio.asp
javascript:voltar();
javascript:voltar();
Explicação:
Os primers são uma sequência de nucleotídeos que é complementar à sequência molde, que queremos ampli�car.
Essas sequências moldes podem ser obtidas em bancos de dados biológicos de sequências de nucleotídeos, como
GenBank e RefSeq, disponíveis no portal no NCBI. Nos programas utilizados para desenhar esses oligonucleotídeos, é
impossível desenhar uma sequência complementar de primers sem ter essa sequência.  As outras alternativas da
questão são todos parâmetros para o desenho de primers, mas o usuário não precisa alterar as con�gurações do
programa, só se ele achar necessário.
Acerto: 0,2  / 0,2
A sequência de Shine-Delgarno e as sequências das ¿pontas¿ dos íntrons são exemplos de sinais na sequência de
DNA. Esses sinais são sequências características conservadas, que marcam as regiões necessárias para que a
transcrição e tradução ocorram. Qual processo de bioinformática inclui a identi�cação desses sinais?
Extração do DNA.
Construção de árvore �logenética.
Sequenciamento do genoma.
Montagem do genoma.
 Predição gênica.
Respondido em 21/11/2023 15:05:30
Explicação:
Durante a etapa de predição gênica, uma das formas de identi�car a região de um gene ao longo da sequência de DNA
é a busca por sinais que indiquem que aquela sequencias será transcrita e traduzida. Alguns desses sinais são
diferentes entre procariotos e eucariotos, uma das razões de diferentes programas serem usados para predição
gênica desses grupos de organismos. Montagem de genomas é o processo de unir pequenos fragmentos sequenciados
na intensão de obter sequências maiores. Extração do DNA é o método que visa extrair o DNA da célula para futura
análise, como, por exemplo, o PCR e, posteriormente, o sequenciamento de uma determinada região desse material
genético, o que permite se chegar à sequência de nucleotídeos que estamos buscando. Árvores �logenéticas
representam hipóteses sobre as relações evolutivas em um grupo de organismos. Uma árvore �logenética pode ser
construída usando-se características morfológicas (formato do corpo), bioquímicas, comportamentais ou moleculares
de espécies ou outros grupos.
Acerto: 0,2  / 0,2
Observe o cladograma abaixo:
 Questão / 3
a
 Questão / 4
a
Imagem Leandro Pederneiras
A seguir são listadas alguns grupos de espécies. Analise as alternativas que, segundo o cladograma, se refere a
um grupo para�lético.
O conjunto de espécies G H I.
O conjunto de espécies P Q R.
O conjunto de espécies U V H.
 O conjunto de espécies J K L M.
O conjunto de espécies A F.
Respondido em 21/11/2023 15:11:08
Explicação:
Gabarito: O conjunto de espécies J K L M.
Justi�cativa: Grupos para�léticos são aqueles que faltam poucos descendentes, menos da metade, para se
transformar em mono�lético. Assim, na imagem da árvore �logenética, o grupo para�lético é o conjunto de espécies J
K L M porque para ser mono�lético só falta uma espécie I. O conjunto de espécies G, H, I; A e F; P, Q, R; U, V e H,
precisariam incluir muito mais grupos para ser um grupo mono�lético, pois alguns espécies do conjunto não
apresentam um ancestral comum próximo, como é o exemplo do conjunto de espécies J K L M. Lembre-se que para
descobrir o ancestral comum de dois táxons basta caminhar sempre para trás da �logenia iniciando do terminal (onde
está o nome da espécie).
Acerto: 0,2  / 0,2
O alinhamento molecular é a técnica importante dentro da bioinformática e para o desenvolvimento de um novo
alvo terapêutico representa a primeira etapa a ser realizada. Com relação ao alinhamento molecular marque a
alternativa correta:
É a técnica responsável por alinhar proteínas que serão utilizadas em uma simulação, dentro de um
ambiente virtual, o mais próximo possível da realidade.
É a técnica responsável por combinar duas sequencias de DNA ou proteínas para que possamos
identi�car qual é a correta.
 O alinhamento é capaz de modelar proteínas tridimensionais, que irão auxiliar em diversas outras
técnicas de bioinformática.
O alinhamento é capaz de armazenar informações que serão usadas para transcrever o DNA em RNAm.
 É capaz de identi�car se diferentes espécies possuem alguma relação evolutiva ou gene com função em
comum.
 Questão / 5
a
Respondido em 21/11/2023 15:06:07
Explicação:
O alinhamento molecular é feito pela correlação de duas ou mais sequencias de DNA ou proteínas, a partir de um
algoritmo de pontuação. Assim podemos identi�car genes que compartilham funções ou determinada ancestralidade,
podemos também usar o alinhamento para encontrar proteínas moldes, durante a etapa de modelagem molecular. O
alinhamento não armazenar informações que serão usadas para transcrever o DNA em RNAm, não compara
sequencias para dizer qual é a correta, não realiza o modelamento de proteínas e não realiza a modelagem molecular,
etapa posterior ao alinhamento e não tem a �nalidade de alinhar proteínas o mais próximo da realidade, e sim
encontrar os melhores alinhamentos entre as proteínas já cadastradas no banco de dados.
Acerto: 0,2  / 0,2
Durante um noticiário na televisão que falava sobre notícias na área de ciência e tecnologia, o repórter citou
o termo NCBI. Dona Rosângela, curiosa, perguntou a seu neto o signi�cado daquele termo. Qual seria a
resposta correta que o neto de Dona Rosângela deveria dar?
O NCBI se trata apenas de um banco de dados de artigos cientí�cos da área biomédica.
 O NCBI é um portal que apresenta bancos de dados e ferramentas importantes para a área
biotecnológica.
O NCBI é uma ferramenta usada para o alinhamento de sequências biológicas.
O NCBI é um programa on-line para o desenho de primers.
O NCBI é um banco de dados de sequências de nucleotídeos curadas e sem redundância.
Respondido em 21/11/2023 15:06:42
Explicação:
O NCBI (Centro Nacional para Informação Biotecnológica) é uma organização que controla o portal mais famoso da
bioinformática. Dentro desse portal, estão disponíveis diferentes bancosde dados biológicos e ferramentas para
analisá-los. O NCBI se propõe a reunir o resultado do trabalho de pesquisadores ao redor do mundo em um só lugar,
facilitando o acesso e manipulação desses registros. Essa iniciativa impulsiona o avanço do conhecimento na área
biotecnológica.  Dentro do NCBI, temos o GenBank e PubMed, que são bancos de dados disponíveis no portal do
NCBI, mas esse não é o único propósito desse portal. A ferramenta BLAST, usada para o alinhamento de sequências,
também está implementada nesse portal.
Acerto: 0,2  / 0,2
(Adaptado de UFCE - 2015 - Engenheiro - Área Engenharia de Pesca)
A transcritômica ou transcriptômica é a ciência que estuda o transcritoma produzido por determinada célula,
tecido ou organismo. Sobre esse tema, é correto a�rmar que:
Independente de estágio de desenvolvimento, o transcriptoma é o mesmo.
 Podem haver vários transcriptomas em um único organismo.
O transcriptoma é o mesmo em todos tecidos e órgãos.
A transcriptômica estuda o conjunto de proteínas.
Apesar de sua aplicação em diversos campos da biologia, a transcriptômica não pode ser pesquisada a
partir de técnicas de alto desempenho e sequenciamento de nova geração (NGS).
Respondido em 21/11/2023 15:11:55
Explicação:
 Questão / 6
a
 Questão / 7
a
O transcriptoma estuda o conjunto de RNAs, que varia de acordo com a condição a qual a célula está exposta,
portanto, se estudar diferentes tipos de células o transcriptoma será distinto. Além disso, o transcriptoma depende do
estágio de desenvolvimento e em cada indivíduo pode haver vários transcriptomas. O transcriptoma pode ser
estudado pelo sequenciamento de nova geração, realizando a pré-etapa de síntese do DNA complementar.
Acerto: 0,2  / 0,2
Para compreender o que diz uma árvore �logenética diversas terminologias e conceitos são empregados. A
seguir são listados diferentes conceitos sobre a �logenia. Assinale a alternativa que retrata de forma correta um
conceito das árvores �logenéticas:
 Podemos rodar os ramos em seu próprio eixo sem alterar as relações de parentesco, mas se cortamos e
colarmos um ramo em outra parte dizemos que a topologia mudou.
Topologia signi�ca o táxon terminal, aqueles nomes que estão inseridos no topo da árvore �logenética.
Quando queremos apontar um táxon duplicado dentro da árvore �logenética dizemos que existe um
grupo irmão.
O ponto no qual o grá�co se inicia é denominado clado inferior, onde está a raiz da árvore.
Terminal, num cladograma, signi�ca um ramo com dois nós (duas divergências) nas extremidades.
Respondido em 21/11/2023 15:07:26
Explicação:
Gabarito: Podemos rodar os ramos em seu próprio eixo sem alterar as relações de parentesco, mas se cortamos e
colarmos um ramo em outra parte dizemos que a topologia mudou.
Justi�cativa: Terminal são os táxons que foram amostrados na árvore �logenética, também podendo ser nomes de
genes ou características de um conjunto de táxons. Não existe a terminologia clado inferior. Clado é um conjunto de
descendentes e todos os seus ancestrais. Raiz da árvore é o ponto mais antigo no tempo, onde a árvore inicia.
Topologia é o conjunto de relações entre clados e ramos numa árvore �logenética. Um cladograma só possui uma
topologia que pode ser con�gurada de diversas maneiras, ou seja, ao rodar a árvore em seu próprio eixo não muda as
relações de parentescos. No entanto, ao cortar e colarmos um ramo em outra parte da árvore, a topologia muda.
Acerto: 0,0  / 0,2
A bioinformática é uma disciplina interdisciplinar que apresenta diferentes aplicabilidades e tem sido bastante
empregada para o desenvolvimento de novas metodologias de análise e garantindo diferentes avanços
cientí�cos. Durante o desenvolvimento do seu trabalho de conclusão de curso você estuda todas as possíveis
interações entre a proteína S do coronavírus (receptor) e possíveis moléculas (ligantes) que serão empregadas
em estudos clínicos para o tratamento da doença em um modelo chave-fechadura. Qual é essa técnica?
Modelagem molecular
QSAR
 Ancoramento molecular
 Dinâmica molecular
Alinhamento molecular
Respondido em 21/11/2023 15:07:42
Explicação:
O ancoramento molecular utiliza o modelo chave-fechadura, pois a variável tempo não é levada em consideração.
Durante a análise, é fornecida uma pontuação de um ancoramento que signi�ca que aquele algoritmo encontrou uma
interação favorável dentro dos seus parâmetros, não é possível extrapolar que isso signi�que uma melhor interação
entre ligante e receptor, a pontuação é apenas um indicador. O alinhamento molecular visa identi�car genes que
compartilham funções ou determinada ancestralidade, podemos também usar o alinhamento para encontrar
 Questão / 8
a
 Questão / 9
a
proteínas moldes, durante a etapa de modelagem molecular. O ancoramento molecular infere a modelagem molecular,
para construir um modelo tridimensional e é utilizado para obter uma pose do ligante com o alvo e a dinâmica
molecular para analisar como as interações acontecem, mimetizando o organismo. O QSAR é uma técnica estatística
de tratamento de dados a partir de descritores, visa buscar uma equação que quando resolvida tenta prever a
atividade de uma molécula nova contra determinado receptor.
Acerto: 0,2  / 0,2
Julgue as a�rmativas a seguir sobre a ferramenta BLAST, usada para alinhamento de sequências e disponível no
portal do NCBI.
I. Muito usada para sequências com apenas alguns trechos/locais conservados.
II. Importante utilizá-la quando duas sequências têm tamanhos próximos, pois toda extensão da sequência será
comparada.
III. O alinhamento é feito par a par, comparando apenas duas sequências por vez.
IV. Usada para busca em banco de dados de sequências.
É correto o que se a�rma em:
 I, III e IV.
II e IV.
II, III e IV.
I e II.
II e III.
Respondido em 21/11/2023 15:08:12
Explicação:
O BLAST é uma ferramenta utilizada para o alinhamento de sequências simples (duas sequências) e local (comparadas
regiões de maior similaridade). É indicado para sequências mais divergentes e com tamanhos distintos. O BLAST é
aplicado em vários bancos de dados de sequência de nucleotídeos ou aminoácidos como uma ferramenta de busca.
 Questão / 10
a