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13/09/2023, 07:25 Estácio: Alunos https://simulado.estacio.br/bdq_simulados_ava1_ava2_ead_resultado.asp?cod_hist_prova=315994592&cod_prova=6612636922&f_cod_disc= 1/8 Avaliando Aprendizado Teste seu conhecimento acumulado Disc.: BIOINFORMÁTICA Aluno(a): ANDREZA SILVA DOS SANTOS 202203623338 Acertos: 2,0 de 2,0 12/09/2023 Acerto: 0,2 / 0,2 A bioinformática é uma disciplina interdisciplinar que apresenta diferentes aplicabilidades e tem sido bastante empregada para o desenvolvimento de novas metodologias de análise e garantindo diferentes avanços cientí�cos. Durante o desenvolvimento do seu trabalho de conclusão de curso você estuda todas as possíveis interações entre a proteína S do coronavírus (receptor) e possíveis moléculas (ligantes) que serão empregadas em estudos clínicos para o tratamento da doença em um modelo chave-fechadura. Qual é essa técnica? Ancoramento molecular Alinhamento molecular Dinâmica molecular QSAR Modelagem molecular Respondido em 12/09/2023 15:06:20 Explicação: O ancoramento molecular utiliza o modelo chave-fechadura, pois a variável tempo não é levada em consideração. Durante a análise, é fornecida uma pontuação de um ancoramento que signi�ca que aquele algoritmo encontrou uma interação favorável dentro dos seus parâmetros, não é possível extrapolar que isso signi�que uma melhor interação entre ligante e receptor, a pontuação é apenas um indicador. O alinhamento molecular visa identi�car genes que compartilham funções ou determinada ancestralidade, podemos também usar o alinhamento para encontrar proteínas moldes, durante a etapa de modelagem molecular. O ancoramento molecular infere a modelagem molecular, para construir um modelo tridimensional e é utilizado para obter uma pose do ligante com o alvo e a dinâmica molecular para analisar como as interações acontecem, mimetizando o organismo. O QSAR é uma técnica estatística de tratamento de dados a partir de descritores, visa buscar uma equação que quando resolvida tenta prever a atividade de uma molécula nova contra determinado receptor. Acerto: 0,2 / 0,2 Muitos programas de computador já foram e vêm sendo desenvolvidos para auxiliar no desenho de primers usados na PCR (Reação em Cadeia de Polimerase). Dentre eles, podemos citar o Primer3, que pode ser usado de forma on-line por qualquer pessoa. Qual das opções abaixo contém uma informação essencial que o usuário precisa fornecer obrigatoriamente, para que um programa consiga desenhar primers? Temperatura de anelamento. Conteúdo GC. Questão1 a Questão2 a https://simulado.estacio.br/alunos/inicio.asp javascript:voltar(); 13/09/2023, 07:25 Estácio: Alunos https://simulado.estacio.br/bdq_simulados_ava1_ava2_ead_resultado.asp?cod_hist_prova=315994592&cod_prova=6612636922&f_cod_disc= 2/8 Temperatura de melting. Tamanho do produto ampli�cado. Sequência de nucleotídeos do alvo no DNA. Respondido em 12/09/2023 15:07:13 Explicação: Os primers são uma sequência de nucleotídeos que é complementar à sequência molde, que queremos ampli�car. Essas sequências moldes podem ser obtidas em bancos de dados biológicos de sequências de nucleotídeos, como GenBank e RefSeq, disponíveis no portal no NCBI. Nos programas utilizados para desenhar esses oligonucleotídeos, é impossível desenhar uma sequência complementar de primers sem ter essa sequência. As outras alternativas da questão são todos parâmetros para o desenho de primers, mas o usuário não precisa alterar as con�gurações do programa, só se ele achar necessário. Acerto: 0,2 / 0,2 (CESPE/UNB - INMETRO - 2010- Biotecnologia Molecular) Microarranjo é uma técnica empregada em biologia molecular que permite medir os níveis de expressão de transcritos em larga escala. Com relação a essa técnica, assinale a opção correta. A detecção é realizada por meio de eletroforese em gel de agarose. A expressão dos genes é acompanhada com o emprego de sondas marcadas com brometo de etídio. O microarranjo de DNA consiste em um arranjo prede�nido de moléculas de DNA quimicamente ligadas a uma superfície sólida. A técnica em questão é empregada em estudos proteômicos, visto que permite a identi�cação direta das proteínas expressas. As lâminas de vidro utilizadas são revestidas por moléculas de lipídios. Respondido em 12/09/2023 15:08:14 Explicação: A técnica em questão é empregada em estudos transcriptômicos, visto que permite a identi�cação direta das RNAs expressas. Para a técnica, são utilizadas lâminas de vidro revestidas com sondas de DNA. A expressão dos genes é acompanhada com o emprego de sondas marcadas com corantes �uorescentes. A detecção é realizada por meio de detecção da �uorescência. Acerto: 0,2 / 0,2 A seguir são apresentadas diferentes árvores �logenéticas (de A ao E). Questão3 a Questão4 a 13/09/2023, 07:25 Estácio: Alunos https://simulado.estacio.br/bdq_simulados_ava1_ava2_ead_resultado.asp?cod_hist_prova=315994592&cod_prova=6612636922&f_cod_disc= 3/8 Imagem: Leandro Pederneiras Após analisar a �gura, assinale a alternativa que retrata de forma correta a interpretação dos grá�cos. No grá�co e, podemos dizer que o ponto indicado pela seta laranja é pelo menos duas vezes mais antigo que o ponto indicado pela seta azul. No tipo de apresentação do grá�co c a raiz é identi�cada através do clado com maior número de ramos emergindo. No grá�co b, ramos mais longos signi�cam mais longo tempo decorrido em relação aos ramos curtos. Os dois pontos indicados pelas setas na �gura d, apesar de separados, possuem idades ancestrais idênticas. Podemos interpretar dessa forma porque os pontos estão na mesma altura no grá�co. Os ramos curvos das divergências do grá�co a signi�cam a idade evolutiva retrocedendo para a raiz. Respondido em 12/09/2023 15:09:56 Explicação: Gabarito: No grá�co e, podemos dizer que o ponto indicado pela seta laranja é pelo menos duas vezes mais antigo que o ponto indicado pela seta azul. Justi�cativa: No grá�co E, podemos dizer que o ponto indicado pela seta laranja na alternativa E é pelo menos duas vezes mais antigo que o ponto indicado pela seta azul porque, ao analisar a escala de tempo, logo abaixo do grá�co, nota-se a seta azul em torno de 50 milhões de anos (Ma) e a seta laranja em torno de 100 Ma. No grá�co A, uma árvore �logenética em formato circular apresentam comprimento ramos iguais, sem escala de tempo. No grá�co B, os comprimentos mais longos dos ramos indicam um maior número de mudança evolutiva. O grá�co C é um tipo de grá�co não enraizado, ou seja, aquele que somente nos mostra as relações entre espécies e suas aproximações, mas sem a raiz o que indica na árvore um ancestral comum. O Grá�co D apenas representa a relação entre as espécies, sem escala de tempo, então não podemos avaliar se os dois ancestrais apresentam a mesma idade evolutiva. 13/09/2023, 07:25 Estácio: Alunos https://simulado.estacio.br/bdq_simulados_ava1_ava2_ead_resultado.asp?cod_hist_prova=315994592&cod_prova=6612636922&f_cod_disc= 4/8 Acerto: 0,2 / 0,2 Questão5 a 13/09/2023, 07:25 Estácio: Alunos https://simulado.estacio.br/bdq_simulados_ava1_ava2_ead_resultado.asp?cod_hist_prova=315994592&cod_prova=6612636922&f_cod_disc= 5/8 (ADAPTADA DE ENADE 2013- biomedicina) Os mecanismos envolvidos na expressão e interação dos genes, assim como a compreensão das redes funcionais estabelecidas pelas proteínas, fazem com que, no cenário cientí�co atual, a genômica e a proteômica estejam cada vez mais em evidência. Quatro são os principais bancos de dados utilizados para as diferentes análises de nucleotídeos. Um deles é o INSDC (INTERNATIONAL NUCLEOTIDE SEQUENCE DATABASE), que disponibiliza um repertório de sequências e é resultado da associação de três bancos de dados parceiros, o DDBJ (DATA BANK OF JAPAN), o EMBL (EMBL NUCLEOTIDE SEQUENCE DATABASE) e o GenBank. Devido à sua designação como provedor de dados primários, EMBL/DDBJ/GenBak é fonte inicial de muitos bancos de dados em biologia molecular. Como exemplos de bancosde dados de sequências genômicas secundárias, pode-se citar o Ensembl, o RefSeq e o Genome Review, que representa uma versão da sequência original de um cromossomo ou plasmídeo, com informações importadas de fontes que incluem o UniProt (UNIVERSAL PROTEIN RESOURCE), o Gene Ontology (GO), o projeto GOA (GO ANNOTATION), o InterPro e o HoGenom, além de serem disponibilizadas referências cruzadas com 18 bancos de dados. Fonte: ESPINDOLA, F. S. et al. Recursos de bioinformática aplicados às ciências ômicas como genômica, transcriptômica, proteômica, interatômica e metabolômica. Bioscience Journal, Uberlândia, v. 26, n. 3, p. 463- 477, Maio/Junho 2010 (adaptado). I. As informações disponíveis nos bancos de dados de sequências possibilitam o desenvolvimento de pesquisas in sílico (realizadas em programas de computador), dependendo dos métodos interpretativos e programas de análises envolvidos. PORQUE II. Os bancos de dados de sequências fornecem informações sobre diversos genes, que podem ser utilizadas de forma rápida, independentemente do tipo de processamento. A respeito dessas asserções, assinale a opção correta: A asserção I é uma proposição verdadeira enquanto a II é falsa. A asserção I é uma proposição falsa e a II é uma proposição verdadeira. As asserções I e II são proposições falsas. As asserções I e II são proposições verdadeiras e a II é uma justi�cativa da I. As asserções I e II são proposições verdadeiras, mas a II não é uma justi�cativa da I. Respondido em 12/09/2023 15:11:37 Explicação: Em relação a proposição I e II são verdadeiras, pois as informações disponíveis nos bancos de dados, como sequências de genes, quanto proteínas) possibilitam a sua utilização em pesquisa in sílico de forma rápida. Acerto: 0,2 / 0,2 Escolha a opção que justi�que por que é importante que o comprimento do produto ampli�cado pela reação de PCR seja maior que 150 pares de bases (pb). Produtos ampli�cados menores que 150pb podem se confundir com restos de primers que não se ligaram ao DNA e �cam no �nal da eletroforese. A temperatura de anelamento para ampli�car uma região menor que 150pb é maior que 72°C. Primers que se ligam ao redor de regiões menores que 150pb formam estruturas secundárias com maior facilidade. Estabelecer um comprimento mínimo do produto aumenta a especi�cidade da reação.Primers que se ligam ao redor de regiões menores que 150pb formam estruturas secundárias com maior facilidade. A enzima Taq DNA polimerase não consegue ampli�car seguimentos de DNA menores que 150pb. Respondido em 12/09/2023 15:12:22 Questão6 a 13/09/2023, 07:25 Estácio: Alunos https://simulado.estacio.br/bdq_simulados_ava1_ava2_ead_resultado.asp?cod_hist_prova=315994592&cod_prova=6612636922&f_cod_disc= 6/8 Explicação: O tamanho do produto ampli�cado não interfere na especi�cidade, na formação de estruturas secundárias ou na temperatura de anelamento. O tamanho ideal do produto da PCR está entre 150 e 1.000 pares de bases (pb). Fragmentos muito pequenos podem ser confundidos com restos de primers que não se ligaram ao alvo e aparecem no �nal do gel da eletroforese. Por outro lado, se a região ampli�cada for muito grande, a DNA polimerase pode não conseguir adicionar todos os nucleotídeos necessários, e nesses casos a PCR não vai funcionar. A Taq tem di�culdade para ampli�car produtos maiores que 1000pb. Acerto: 0,2 / 0,2 A química de produtos naturais tem empregado novas metodologias com o objetivo de acelerar a descoberta e o isolamento de novos compostos que são originários das plantas e que podem ser empregados com �ns terapêuticos. Entre eles, técnicas de separação associadas às espectrométricas de alto desempenho, assim analisando o extrato bruto de uma planta, ou seja, sem prévio isolamento de um composto único, uma vez que esses estudos são realizados para a obtenção das informações qualitativas e quantitativas acerca da maior quantidade possível de tipos diferentes de constituintes de cada amostra. Esse tipo de estudo emprega qual abordagem ômica? Metabolômica. Genômica. Lipdômica. Transcriptômica. Proteômica. Respondido em 12/09/2023 15:13:29 Explicação: O enunciado aponta que as análises são voltadas para a maior quantidade possível de constituintes da amostra e para o isolamento de novos compostos que são originários das plantas e que podem ser empregados com �ns terapêuticos, ou seja, produtos (metabólitos) derivados do metabolismo. Além disso, cita a espectrometria como metodologia, uma das técnicas empregadas nesse tipo de estudo ômico. As demais abordagens apontadas nas opções são focadas em um determinado tipo de molécula biológica. Acerto: 0,2 / 0,2 Observe o cladograma abaixo: Questão7 a Questão8 a 13/09/2023, 07:25 Estácio: Alunos https://simulado.estacio.br/bdq_simulados_ava1_ava2_ead_resultado.asp?cod_hist_prova=315994592&cod_prova=6612636922&f_cod_disc= 7/8 Imagem Leandro Pederneiras A seguir são listadas alguns grupos de espécies. Analise as alternativas que, segundo o cladograma, se refere a um grupo para�lético. O conjunto de espécies G H I. O conjunto de espécies U V H. O conjunto de espécies P Q R. O conjunto de espécies A F. O conjunto de espécies J K L M. Respondido em 12/09/2023 15:14:34 Explicação: Gabarito: O conjunto de espécies J K L M. Justi�cativa: Grupos para�léticos são aqueles que faltam poucos descendentes, menos da metade, para se transformar em mono�lético. Assim, na imagem da árvore �logenética, o grupo para�lético é o conjunto de espécies J K L M porque para ser mono�lético só falta uma espécie I. O conjunto de espécies G, H, I; A e F; P, Q, R; U, V e H, precisariam incluir muito mais grupos para ser um grupo mono�lético, pois alguns espécies do conjunto não apresentam um ancestral comum próximo, como é o exemplo do conjunto de espécies J K L M. Lembre-se que para descobrir o ancestral comum de dois táxons basta caminhar sempre para trás da �logenia iniciando do terminal (onde está o nome da espécie). Acerto: 0,2 / 0,2 Na era pós-moderna, com o advento e a consolidação da revolução robótica no século XX, foi possível aprimorar a criação de tecnologias computacionais nas mais variadas áreas do conhecimento, o que tem provocado profundas mudanças sociais em âmbito individual e coletivo. Nesse cenário, a bioinformática ou biocomputação surge na década de 1980, a �m de superar as fronteiras das ciências pelo desenvolvimento de novas abordagens capazes de promover a análise e a apresentação de dados biológicos, bem como de garantir a investigação de novos métodos para a resolução de complexas perguntas. Fonte: ARAÚJO, N. D.; et al. A era da bioinformática. Estud Biol. 2008 jan/dez;30(70/71/72):143-8. Sobre a bioinformática analise as a�rmativas a seguir: I. A bioinformática é uma disciplina interdisciplinar que combina diferentes disciplinas, com destaque para a Estatística, biologia, química, informática e física. II. A bioinformática possibilitou a interpretação da linguagem dos de genes por algoritmos. Questão9 a 13/09/2023, 07:25 Estácio: Alunos https://simulado.estacio.br/bdq_simulados_ava1_ava2_ead_resultado.asp?cod_hist_prova=315994592&cod_prova=6612636922&f_cod_disc= 8/8 III. Atualmente, os programas de computadores estão muito modernos, e é possível realizar todas grandes análises de forma rápida e precisa, como prever a ligação de diferentes átomos em uma molécula. É correto o que se a�rma em: I e III. I. III. II. I e II. Respondido em 12/09/2023 15:16:16 Explicação: Existem diversas ciências envolvidas com a bioinformática, que desfrutam do seu avanço, entretanto as áreas mais intimamente ligadas de acordo com a questão 17 são: Estatística, biologia, química, informática e física. Essa nova ciência permitiu que algoritmos fossem criados auxiliando na interpretação de genes, alinhamentos dos genes, descobrir sequências e funções de genes desconhecidas. No entanto, ainda precisamos de programas de computadores mais avançados, para por exemplo, analisaras dinâmicas moleculares (interação de átomos de diferentes proteínas), mas complexas e mais longas. Acerto: 0,2 / 0,2 Considere o alinhamento de uma sequência nucleotídica desconhecida em relação a um banco de dados de genes associados ao desenvolvimento de câncer usando a ferramenta BLAST. A partir dessa situação, são descritas algumas características desse programa. Assinale a alternativa que retrata a utilização correta dessa ferramenta. A opção de BLASTn deve ser escolhida, uma vez que compara sequência de aminoácidos contra um banco de dados de proteínas. Caso encontre o e-value igual a 100%, a sequência desconhecida será idêntica à sequência no banco de dados. A variação da ferramenta indicada nesse caso é o BLASTp, que compara sequência de nucleotídeos contra um banco de dados de proteínas. Quanto menor o valor de e-value, menor a probabilidade de o alinhamento ter sido obtido ao acaso com uma sequência do banco de dados. Se o valor de e-value for igual a 0.0, o alinhamento deve ser desconsiderado, pois ocorreu ao acaso. Respondido em 12/09/2023 15:17:17 Explicação: O valor de e-value diz respeito à signi�cância estatística do alinhamento realizado com a ferramenta BLAST. Valores iguais ou muito próximos de zero são desejados, pois indicam que a chance daquele alinhamento ter ocorrido ao acaso é muito pequena. A variante BLASTn usa sequências de nucleotídeos para buscar em banco de nucleotídeos, enquanto a variante BLASTp usa sequências de aminoácidos para buscar em bancos de proteínas. Questão10 a
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