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Curso: Engenharia Agronômica 
Disciplina: Sistemática vegetal
MARCADORES MOLECULARES E ANÁLISE FILOGENÉTICA
1- GLOSSARIO
Cladograma: Árvore filogenética na qual os comprimentos dos ramos não são proporcionais ao número de alterações evolutivas e, portanto, não têm significado filogenético
citocromo oxidase- É a última proteína da cadeia transportadora de elétrons. Recebe um elétron de cada uma das moléculas de citocromo c e transfere-os para uma molécula de oxigénio, convertendo assim o oxigênio molecular em duas moléculas de água.
Desidrogenase-  é um tipo de enzimas oxidorredutases catalisadoras da transferência de íons hidrogênio e um par de elétrons de um substrato, que é então oxidado, para uma molécula aceitadora, que é então reduzida (normalmente o NAD ou uma coenzima flavínica).
Espaçadores internos transcritos (ITS): os genes de rRNA são transcritos como um único transcrito separado por ITS, que são posteriormente unidos e não servem a nenhum outro propósito
Filogenia-  é a história genealógica de um grupo de organismos e uma representação hipotética das relações ancestral/descendente e filogenética (cladística) é o ramo da sistemática interessado na reconstrução da filogenia (Hennig 1966).
Filograma: uma árvore filogenética na qual os comprimentos dos ramos representam a quantidade de divergência evolutiva
Grupo externo: táxon ou grupo de táxons em uma árvore filogenética conhecida por divergir antes do restante dos táxons da árvore e usado para determinar a posição da raiz 
Homoplasia: similaridade de sequência observada resultante de convergência ou evolução paralela, mas não evolução direta
 Métodos baseados em caracteres: Esses métodos levam em consideração os eventos mutacionais acumulados nas seqüências e, assim, evitam a perda de informações. Facilmente fornece informações sobre homoplasia e estados ancestrais. 
Modelo de Kimura: Em contraste, o modelo de dois parâmetros de Kimura [71] pressupõe que mutações de transição devam ocorrer com mais freqüência que a transversão. Este é um modelo que leva em consideração as taxas de mutação diferencial de transições e transversões e é mais realista.
Modelo Jukes-Cantor: 
O modelo Jukes-Cantor assume que as purinas e as pirimidinas são substituídas com igual probabilidade. Este modelo pode apenas analisar sequências razoavelmente estreitamente relacionadas.
Monofilético: A taxa na árvore filogenética que descendem de um único ancestral comum Parafilético: inclui taxa que não são descendentes de um ancestral comum
 Filogenia: estudo das relações evolutivas entre organismos usando diagramas semelhantes a árvores como representações
Polifilético: inclui grupos que se assemelham a alguns membros fora de seus grupos.
Substituição sinônima: Alterações de nucleotídeos em uma sequência de codificação de proteínas que não resultam em alterações na sequência de aminoácidos, para a proteína codificada devido à redundância no código genético.
2-O artigo em questão foi bem explicativo, porem om ênfase em genética o que tornou o entendimento mais difícil, no entanto foi muito esclarecedor.