EXERCÍCIOO BIOINFORMÁTICA

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O mapa filogenético nos indica que há ancestrais comuns. Assim é possível pontuar a história evolutiva e estudar como se deu a evolução dos genes. Um gene de uma bactéria A com sequência de nucleotídeos ACGTAGGTCGTTACCAGG codifica uma proteína Y capaz de realizar a quebra de glicose. De forma semelhante, os pássaros apresentam a sequência de nucleotídeos GTACTAATCATGGGCAATTTC, que codifica uma proteína Z que é capaz de quebrar glicose. Como você classifica esses dois genes?
A-Homólogos
B-Ortólogos
C-Parálogos
D-Análogos
E-Universais
Vimos que os organismos procariotos realizam o controle da expressão por meio de operons. Um deles é o operon Lac, conhecido por operar o metabolismo de lactose e presente em muitos organismos. Sobre esse mecanismo assinale a alternativa correta:
Vimos que os organismos procariotos realizam o controle da expressão por meio de operons. Um deles é o operon Lac, conhecido por operar o metabolismo de lactose e presente em muitos organismos. Sobre esse mecanismo assinale a alternativa correta:
A-A presença da regulação gênica ajudou, ao longo do processo evolutivo, na mutação das espécies.
B-A presença da regulação gênica ajudou, ao longo do processo evolutivo, na preservação da vida por meio de um controle refinado do metabolismo dos organismos.
C-O operon Lac é responsável por controlar todo o metabolismo dos procariotos.
D-O operon Lac é responsável por encontrar e corrigir mutações, fazendo a regulação gênica.
E-O operon Lac também pode ser encontrado em eucariotos.
O projeto Genoma Humano foi uma verdadeira revolução na biologia molecular e na bioinformática. Foram necessários 13 anos de trabalho para ser concluído e os resultados foram bem promissores. Levando em consideração os avanços realizados, podemos concluir que
A-o projeto Genoma Humano foi capaz de reunir a comunidade científica com apenas um objetivo em comum: sequenciar o DNA humano.
B-foi um verdadeiro marco na história, e os avanços foram cruciais para o entendimento atual sobre genética.
C-foi muito importante para estabelecer o conceito do dogma central da biologia.
D-o projeto Genoma Humano foi capaz de sequenciar 90% do DNA humano com 100% de precisão.
E-tivemos 100% dos nossos genes definidos e suas funções completamente definidas com a finalização do projeto Genoma Humano.
Novos alvos terapêuticos podem ser encontrados com o auxílio de técnicas de bioinformática. Partindo de um ligante conhecido, qual seria a ordem lógica que um pesquisador poderia adotar para identificar um novo alvo?
A-Modelagem molecular, alinhamento, dinâmica molecular, ancoramento.
B-Alinhamento, modelagem molecular, ancoramento, dinâmica molecular.
C-Dinâmica molecular, modelagem molecular, alinhamento, ancoramento.
D-Ancoramento, dinâmica molecular, alinhamento, modelagem molecular.
E-Modelagem molecular, alinhamento, ancoramento, dinâmica molecular.
Vimos que o NCBI controla o portal mais famoso da bioinformática que se propõe a reunir o resultado do trabalho de pesquisadores ao redor do mundo em um só lugar. A partir disso, analise a frase a seguir: "O NCBI mantém o PubMed, que é um (1) que serve para (2)." Qual opção completa corretamente os números "1" e "2"?
A-(1) banco de dados, (2) armazenar artigos científicos
B-(1) programa para alinhamento, (2) comparar sequências biológicas
C-(1) banco de dados, (2) armazenar sequências de nucleotídeos
D-(1) programa para alinhamento, (2) armazenar artigos científicos
E-(1) banco de dados, (2) armazenar estrutura tridimensional de proteínas
Bancos de dados biológicos podem armazenar diferentes tipos de dados. O GenBank é um banco de dados disponível no portal do NCBI, no qual podemos obter sequências de nucleotídeos. Qual das opções abaixo é um formato disponível para armazenamento de sequências no GenBank?
A-JPEG
B-Docx
C-PDF
D-FASTA
E-Texto
Imagine que você precise comparar, a partir do alinhamento de sequências, 1000 sequências de proteínas com 580 aminoácidos cada uma. Qual tipo de programa de alinhamento seria recomendado neste caso?
A-Simples e local
B-Múltiplo e heurístico
C-Simples e heurístico
D-Simples e ótimo
E-Múltiplo e ótimo
A comparação de sequências biológicas por meio de alinhamento utilizando o programa BLAST é feita de que maneira?
A-Alinhamento simples e global
B-Alinhamento múltiplo e global
C-Alinhamento simples e local
D-Alinhamento múltiplo e local
E-Alinhamento simples e múltiplo
A Reação em Cadeira da Polimerase (PCR) utiliza etapas com variação de temperatura que são repetidas várias vezes, em ciclos. As características dos primers usados na PCR influenciam mais diretamente na temperatura de qual etapa do ciclo?
A-Desnaturação
B-Extensão
C-Anelamento
D-Melting
E-Fusão
Primers ou iniciadores são sequências de nucleotídeos que se ligam de forma complementar a um DNA molde e permitem que a replicação aconteça. Na PCR, eles indicam a região do DNA molde que será amplificada, pois cada um dos primers se liga a uma das extremidades do molde. Um dos fatores que contam para que a PCR seja eficiente são as características dos primers. Qual das opções abaixo é um parâmetro importante dos primers, que contribui para que a PCR aconteça de forma adequada?
A-Os primers devem ter conteúdo de GC de cerca de 90%.
B-Os primers devem apresentar temperatura de melting inferior a 50°C.
C-O comprimento dos primers deve variar entre 30 e 90 pares de bases.
D-Os primers devem apresentar temperatura de anelamento superior a 72°C.
E-A temperatura de anelamento de cada primer do par deve ser bem próxima.
Primers ou iniciadores são sequências de nucleotídeos que se ligam de forma complementar a um DNA molde e permitem que a replicação aconteça. Na PCR, eles indicam a região do DNA molde que será amplificada, pois cada um dos primers se liga a uma das extremidades do molde. Um dos fatores que contam para que a PCR seja eficiente são as características dos primers. Qual das opções abaixo é um parâmetro importante dos primers, que contribui para que a PCR aconteça de forma adequada?
A-Os primers devem ter conteúdo de GC de cerca de 90%.
B-Os primers devem apresentar temperatura de melting inferior a 50°C.
C-O comprimento dos primers deve variar entre 30 e 90 pares de bases.
D-Os primers devem apresentar temperatura de anelamento superior a 72°C.
E-A temperatura de anelamento de cada primer do par deve ser bem próxima.
Biólogos estruturais usam métodos como cristalografia de raios-X, espectroscopia de ressonância magnética nuclear e microscopia crioeletrônica para determinar a localização de cada átomo em relação aos outros na molécula de proteína. Em seguida, eles depositam esses dados brutos em forma de arquivo com as coordenadas dos átomos em um banco de dados biológico. Um banco de dados biológico que armazena a informação descrita no enunciado é classificado como:
A-Curado.
B-Especializado.
C-De acesso restrito.
D-Secundário.
E-Primário
Para compreender a complexidade de um organismo podemos usar técnicas de biologia molecular aliadas a ferramentas de bioinformática. Sobre essa abordagem, escolha a sequência que representa a ordem correta das etapas que devem ser realizadas do início ao final do processo.
A-Extração do DNA -> sequenciamento genômico -> predição gênica -> anotação funcional.
B-Sequenciamento genômico -> predição gênica -> anotação funcional -> extração do DNA.
C-Extração do DNA -> predição gênica -> sequenciamento genômico -> anotação funcional.
D-Predição gênica -> extração do DNA -> anotação funcional -> sequenciamento genômico.
E-Extração do DNA -> sequenciamento genômico -> anotação funcional -> predição gênica.
Estudar Em Larga Escala Um Conjunto De Moléculas Com O Objetivo De Entender Mecanismos Celulares É Uma Estratégia Muito Usada Atualmente Na Pesquisa. Nesse Contexto, Diferencie Um Estudo Genômico De Um Estudo Metabolômico Quanto Ao Tipo De Molécula Estudada.
A- genômica estudo todo conteúdo de DNA, enquanto a metabolômica abrange o estudo de metabólitos.
B-Estudo genômico é aquele que analisa todos os RNAs, já a metabolômica aborda os metabólitos.C-O genoma, ou seja, todo conteúdo de DNA, é o alvo da genômica. Enquanto isso, a metabolômica tem como alvo os RNAs.
D-O conjunto de DNAs é estudado pela genômica, e os conjuntos de proteínas são alvo da metabolômica.
E-Todo conjunto de RNAs e DNAs são o alvo da genômica, por outro lado, metabólitos e proteínas totais são o objeto de estudo da metabolômica.
Questão 2
A transcriptômica é o estudo do conjunto completo de transcrito de um dado organismo, órgão, tecido ou linhagem celular. Podemos saber a sequência de todo conjunto de RNAs extraído de um determinado tecido utilizando qual das técnicas seguintes?
A-Eletroforese bidimensional em gel de poliacrilamida.
B-Espectrometria de massas.
C-Ressonância magnética nuclear.
D-Microarranjo.
E-Cristalografia de raio-X.
1. Vimos que, conceitualmente, uma árvore filogenética, ou cladograma, representa a história evolutiva de um conjunto de terminais conectados por suas ancestralidades. Sobre as árvores filogenéticas, analise as afirmativas a seguir e assinale a alternativa correta:
Uma linhagem evolutiva é dita como a completa história genealógica de uma única população.
Linhagem populacional é constituída por um conjunto de linhagens populacionais de uma mesma espécie durante um longo intervalo de tempo.
Uma barreira geográfica formadora de cladogênese significa uma população que se torna reprodutível num tempo diferente das demais, impossibilitando a troca genética.
Quando duas populações se isolam por um longo tempo, não permitindo mais a troca genética entre as populações, mesmo quando se conectam geograficamente, dizemos que houve um evento extrínseco de divergência.
E-Quando duas populações se isolam por diferença temporal, mas sem o isolamento geográfico, dizemos que houve uma divergência simpátrica.
2. Vimos que, com o avanço da filogenia, muitos táxons já eram completos, isto é, compostos por todos os descendentes de um ancestral comum, mas também se verificou que alguns grupos não continham todos os descendentes existentes. Assim, foi adotada a terminologia para grupo monifilético, parafilético e polifilético. Os grupos monofiléticos são aqueles que apresentam:
A-Um conjunto de táxons que contêm um único ancestral comum e todos os seus descendentes conhecidos.
Um conjunto de táxons que contêm um único ancestral comum e quase todos os descendentes.
Um conjunto de táxons que não inclui o ancestral comum de todos os seus membros.
Um conjunto de táxons que não têm um ancestral comum, mas tem todos seus descendentes conhecidos.
Vários ancestrais comuns para cada conjunto de táxon.
1. A análise de parcimônia e inferência hennigina foram um marco para a compreensão da evolução dos seres vivos porque trouxe uma metodologia lógica e aplicável em toda a Biologia. Essa abordagem foi a base para todos os posteriores avanços e, por isso, seus conceitos e terminologias são fundamentais na área. Sobre a máxima parcimônia, assinale a alternativa correta:
I. Um dos princípios da parcimônia é que a melhor árvore é aquela que possui o maior número de passos.
II. Um caractere é parcimoniosamente não informativo quando não é possível inferir nada sobre ele.
III. Caracteres parcimoniosamente informativos são aqueles compartilhados entre subconjuntos de terminais, levantando a hipótese de que existe um ancestral comum.
É correto o que se afirma em:
I
II
III
I e II
I e III
2. Uma abordagem mais promissora, pós-máxima parcimônia, foram as análises que utilizavam modelos evolutivos para buscar a melhor árvore sobre dados de probabilidade e distância genética. Baseando-se nesses conceitos, selecione a alternativa correta:
O estabelecimento de um modelo de evolução é fundamental para todos os métodos de busca de árvore, exceto na análise bayesiana.
A taxa de substituição (μ) é a frequência em que as bases podem ser retiradas sobre um pool de possibilidades.
Distância evolutiva, para dados de sequência de DNA, é o número médio de substituições que ocorrem em cada posição dos nucleotídeos.
Neighbor-joining é um método que permite calcular a diferença entre as duas árvores.
A máxima verossimilhança busca a melhor árvore calculando a probabilidade da árvore verdadeira sobre todas as possibilidades.