Relatório BioInf 3

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Bancos de dados de Genomas
1. ENSEMBL
1.1. Procurar o gene talin2 (TLN2) em humanos
· Qual a sua coordenada genômica (chromosome:start-end)?
A coordenada genômica do gene talin2 é: Chromosome 15: 62,390,526-62,844,631
· No genoma, qual o nome dos genes imediatamente anterior e posterior ao TLN2 (screenshot)
O nome do gene codificador anterior é: C2CD4B e o nome do gene codificador posterior é TPM1.
· Quantos transcritos existem para este gene?Figura 1 – Mapa do cromossomo aonde está o gene TLN2. Pode-se observar os genes codificadores anterior e posterior ao gene TLN2.
Existem 11 transcritos para o gene.
· Quantos destes são efetivamente traduzidos?
Apenas 4 dos 11 transcritos são efetivamente traduzidos. 
· Qual o tamanho do maior mRNA?
O maior RNA possui 11880 pares de base.
· Qual a função deste gene? (Dica: Verificar UniProt)
De acordo com o UniProt a função do gene é: “As a major component of focal adhesion plaques that links integrin to the actin cytoskeleton, may play an important role in cell adhesion. Recruits PIP5K1C to focal adhesion plaques and strongly activates its kinase activity”
· Se quiséssemos saber se o gene TLN2 é presente em outros organismos disponíveis no ENSEMBL (genes homólogos), o ENSEMBL possui uma seção de Comparative Genomics. Quantos genes homólogos foram reportados até o momento? (Dica: Gene Tree)
Foram reportados 255 genes homólogos até o momento.
· Mostre uma árvore da comparação genômica deste gene entre as espécies disponíveis no ENSEMBL
Figura 2 – Árvore da comparação genômica entre as espécies disponíveis no ENSEMBL, para o gene talin2
1.2 - Procure o gene Primase (PRIM1) em humanos
· Qual o cromossomo e fita onde este gene está localizado?
As coordenadas genômicas para esse gene é: Chromosome 12: 56,731,580-56,752,373 e está localizado na fita reversa.
· Mostre em uma tabela quantas variantes de mRNAs (splicing) existeFigura 3 – Tabela do site ENSEMBL para as variantes de mRNAs para o gene do PRIM1
· Mostre uma figura com a estrutura gênica das variantes de splicingFigura 4 – Screenshot do site ENSEMBL onde se pode visualizar a estrutura gênica dos variantes de splicing.
· Como este gene é uma enzima note que surge um link Gene-based display  Pathways. Mostre um screenshot da via DNA strand elongation.
Figura 5 – Screenshot da página do ENSEMBL mostrando a via de DNA strand elongation para o gene da PRIM1 de humanos.
2. UCSC Genome Browser
· Na região 3p25.3 do genoma humano existem quantos genes? Liste o código de 5 destes
Existem aproximadamente 40 genes. O código de 5 deles são: LMCD1, SSUH2, OXTR, SRGAP3, THUMPD3.
Figura 6 – Screenshot da região 3p25.3 no site do UCSC genome browser. Pode-se visualizar todos os genes contidos nessa região.
· Busque o gene OGG1 de humanos
· Qual o produto deste gene?
O produto desse gene é a enzima DNA glicosilase. 
· Qual o cromossomo onde se encontro e o tamanho do gene
O cromossomo onde o gene se encontra é o 3. E o tamanho do gene é de 7464 pares de bases.
· Quantos transcritos alternativos existem
Existem 8 transcritos alternativos.
3. Phytozome
Busque o gene Primase (AT5G41880) de Arabidopsis thaliana
· Qual o cromossomo e fita onde este gene está localizado?
O gene está localizado no cromossomo 5 na fita forward.
· Mostre um  screenshot para a página do gene (Dica: G gene view)
Figura 7 – Screenshot para a página do gene AT5G41880 no banco de dados do Phytozome.
· Mostre um  screenshot para a página do genome browser ( Dica: B view in JBrowse)
Figura 8 – Screenshot para a página do genome browser do gene AT5G41880 no banco de dados do Phytozome
· Quais os códigos do gene anterior e posterior à primase?
O código do gene anterior é: AT5G41870 e o código do gene posterior é: AT5G41890.