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LORRANE BRAGA RANGEL LXIX - UFG • Cada célula de E. coli contém 15.000 ou mais ribossomos que compreendem quase um quarto do peso seco da célula • Os ribossomos bacterianos contêm cerca de 65% rRNA e 35% de proteína • Existe uma diferença no tamanho das subunidades dos ribossomos em eucariotos e procariotos, mas eles exercessem a mesma função • As proteínas não participam do processo da ligação peptídica, elas apenas fazem parte da estrutura → é a parte do RNA que liga os aminoácidos A- procarioto B- eucarioto A conservação da estrutura secundária dos rRNAs da subunidade menor do ribossomo, considerando os três domínios da vida • Existem diferenças • Em verde estão as regiões conservadas • As porções coloridas representam as regiões divergentes Ribossomos de bactérias • Subunidade menor (30s) • Subunidade maior (50s) • Essas duas subunidades juntas formam os sítios que são os locais onde haverá a integração/comunicação entre o mRNA e o tRNA Três sítios importantes: • E: sítio de saída • P: local onde a ligação peptídica ocorre • A: local de iniciação Obs: os sítios P e A só se forma se as duas subunidades estiverem interagindo de forma correta Estágios da síntese de proteínas – 3 etapas • Iniciação • Elongação • Terminação Antes de iniciar a etapa de iniciação ocorre a ativação do aminoácido através da sua ligação ao tRNA pelas aminoacil-tRNA sintetase → visto na última aula Estrutura dos ribossomos Processo de síntese LORRANE BRAGA RANGEL LXIX - UFG Iniciação: 1- O aminoacil-tRNA se liga a subunidade menor do ribossomo junto ao mRNA 2- Ligação da subunidade maior do ribossomo e outro RNA processador se acopla no segundo códon e o processo de elongação se inicia Elongação: sucessiva ligação de tRNA aos seus respectivos códons, formando uma cadeia polipeptídica Terminação: Quando chega a um códon de parada a subunidade maior vai ser liberada da menor e vai ocorrer a hidrólise da ligação que mantém a cadeia polipeptídica ligada ao tRNA Necessita de: • mRNA • Primeiro tRNA carregando seu aminoácido específico (em eucariotos é a metionina e em procariotos é uma metionina modificada) • Códon de início no mRNA – AUG • Subunidade maior • Subunidade menor • Fatores de iniciação da tradução ( IF- (1, 2 e 3) • GTP → fornece energia • Magnésio → cofator A N-formilmetionina é o primeiro aminoácidoadicionado em bactérias, e ele é utilizado apenas para o primeiro códon usado para a iniciação • Existem 2 tRNAs para a metionina (reconhecem AUG) → o outro não é modificado Os fatores de tradução IF-1 e IF-3 vão se ligar à subunidade menor do ribossomo (30s) • O IF-3 tem o papel de se ligar à subunidade menor e impede que a subunidade maior se ligue prematuramente à subunidade menor → A subunidade maior só pode se ligar à menor depois que o mRNA tiver se ligado subunidade menor e o primeiro tRNA esteja posicionado no sítio P • O IF-1 se liga ao sítio A e impede a ligação prematura de um tRNA no segundo códon do mRNA • Depois que o mRNA se posiciona corretamente no ribossomo e o códon de inicio está no sítio P, ocorre o recrutamento da formilmetionina do tRNA, através da ligação com o IF-2 junto com GTP • agora a subunidade maior já vai poder se ligar O IF-3 vai se dissociar da subunidade menor → pois ele impede a ligação da subunidade maior O IF-2 e o 1 também serão removidos → tendo uma quebra da ligação do IF-2 com o GTP liberando GDP e fosfato inorgânico Assim, a subunidade maior se posiciona e fecha o complexo de iniciação da tradução → formação do sítio E Iniciação LORRANE BRAGA RANGEL LXIX - UFG Como o mRNA consegue ser posicionado exatamente no sítio P? Em bactérias: Nas sequências do mRNA próximo (acima) ao sítio de iniciação existem uma sequência de Shine-Dalgarno, que é complementar a uma determinada parte da subunidade 16s rRNA (faz parte da subunidade menor). Em eucariotos Em eucariotos o processo de posicionamento do códon no local correto no ribossomo é feito por escaneamento do mRNA O Cap, a cauda de poli-A, a subunidade menor e alguns fatores de iniciação vão posicionar o mRNA na subunidade menor e quando houver a ligação da subunidade maior vai acontecer um escaneamento do mRNA → ele vai ir migrando do cap para a extremidade 3’ até achar um códon de iniciação É a parte onde sucessivos tRNAs são associados ao mRNA → formação da proteína É necessário: • Um ribossomo 70S funcional • Aminoacil-tRNAs → especificados pelos códons • Fatores de elongação (EF-Tu, EF-Ts, EF-G) • GTP • Mg Tem 3 etapas → ela acontece em um certo ciclo Primeira etapa • Ligação do segundo aminoacil-tRNA no sítio A → precisa da ativação pela ligação com o fator Tu que está ligado a um GTP • Ocorre a quebra da ligação do GTP formando GDP → é preciso reconstituir essa ligação para que ele seja reutilizado • A proteína Ts desliga o Tu do GDP → forma um complexo Tu-Ts → entra uma nova molécula de GTP que se liga ao Tu e o Ts se dissocia → volta a forma Tu-GTP que pode se ligar ao próximo aminoacil-tRNA Segunda etapa Transferência do aminoácido para o outro tRNA através da ligação peptídica → só acontece por causa do ambiente proporcionado pelos ribossomos Elongação LORRANE BRAGA RANGEL LXIX - UFG • O grupo amino do segundo aminoácido faz um ataque ao carbono do grupo carboxil do primeiro aminoácido (que está no sítio P) → promovendo a liberação do AA1 do seu tRNA e a formação da ligação peptídica • Momentaneamente a cadeia polipeptídica está no sítio A Terceira etapa • Translocação do ribossomo e o tRNA que estava no sítio vai pro sítio P → pra isso é necessário um EF-G ligado ao GTP → quebra da ligação fosfato que fornece energia • O ribossomo se desloca pelo mRNA de forma que o códon de início vai se posicionar no sítio E e vai sair do ribossomo • Um novo aminoacil-tRNA se liga ao sítio A → inicia a primeira etapa novamente É necessário: • Códon de parada no mRNA → AUG, UAA, UGA • Fatores de liberação (RF-1, 2, 3 e RRF) • EF-G • IF-3 Reconhecimento dos códons de terminação da tradução no sítio A Quando aparece esses códons no mRNA um fator de terminação vai se ligar ao sítio A e vai promover a hidrólise da ligação que mantém o peptídeo ligado o tRNA Ao final, os componentes do complexo de tradução se dissociam e a subunidade menor e maior do ribossomo se separam Os fatores de terminação entram em ação → desmembramento do complexo O IF-3 fica ligado à subunidade menor → impedindo a ligação com a subunidade menor Terminação LORRANE BRAGA RANGEL LXIX - UFG Em bactérias a transcrição e a tradução estão acopladas Vários ribossomos podem se ligar a um mesmo mRNA formando polissomos → acontece em eucariotos e procariotos • Isso é uma otimização do processo de tradução → várias proteínas formadas ao mesmo tempo As proteínas podem sofrer modificações após a tradução (pós-traducionais) • Ex: adição de carboidratos formando glicoproteínas • Fosforilações (a): regulação da atividade das proteínas/enzimas • Metilação de aminoácidos (c) • Carboxilação do glutamato (b) Antibióticos inibem a tradução de proteínas Esses medicamentos atuam especificamente em ribossomos de bactérias → vantagens dos ribossomos serem diferentes Puromicina • Tem a capacidade de inibir a tradução porque ela mimetiza a ação do mRNA • Ela tem a capacidade de se ligar no sítio A e estimula a transferência da cadeia polipeptídica para ela (promovendoao ataque ao grupo carboxila e formando uma ligação polipeptídica da cadeia com a puromicina) • Ela não impede que o ribossomo funciona, mas impede uma síntese de proteína eficiente Se as proteínas são sintetizadas pelos ribossomos, no citoplasma, como elas chegam nas organelas? • Existem uma interação dos ribossomos e o retículo endoplasmático → RER • Os ribossomos do RER estão traduzindo proteínas e direcionando elas pra dentro do retículo LORRANE BRAGA RANGEL LXIX - UFG As proteínas são direcionadas para as organelas por uma sequência sinal existente na porção amino- terminal das proteínas ➔ Essa sequência é uma sequência de aminoácidos que não é específica, mas tem uma regularidade do tipo de aminoácido Aminoácidos apolares (amarelo), seguido de polares (azul) Obs: o envio das proteínas pra dentro do retículo ocorre durante o processo de síntese Quando a sequência sinal (que informa se a proteína deve ir pro retículo) aparece, já ocorre a ligação de fatores (SRP) ao peptídeo sinal que vão ligar o ribossomo ao retículo Dentro do retículo a sequência sinal é removida por uma peptidase que está na membrana interna do RER Proteínas de membrana já são sintetizadas e incorporados na membrana do retículo Como as proteínas são modificadas para receberem os grupos de carboidratos para formar as glicoproteínas? ➔ Também ocorre no retículo ➔ O carboidrato começa a ser sintetizado na membrana do retículo → em determinado momento o carboidrato é interiorizado para a superfície interna do retículo → transferência para um resíduo de aminoácido de uma proteína que está sendo sintetizada pelo ribossomo ➔ Muitas proteínas só conseguem atingir seu enovelamento correto se estiverem ligadas ao seu carboidrato Degradação de proteínas • Todas as proteínas tem meia-vida, uma hora elas serão degradadas • Existem vários mecanismos Processo de ubiquitinação → serve para marcar as proteínas que vão ser direcionadas para a degradação por um complexo de protease (proteassomo) O proteassomo cria o ambiente adequando para a degradação da proteína • Adição da proteína ubiquitina à proteína que deve ser degradada Como isso ocorre? 1- A ubiquitina deve ser ativada → interação com enzimas e ela vai ficar na forma ativada que vai poder ser transferida para a proteína alvo que será direcionada para a degradação