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Curso: Zootecnia Prof. Dr. Jeandre Augusto dos Santos Jaques Proteínas catalisadoras – aceleram reações biológicas. Todas as células possuem diversas enzimas com diferentes funções. Coordenação das vias metábólicas. Especificidade pelo substrato. Deficiência ou atividade enzimática excessiva doenças. Ensaio da atividade enzimática diagnóstico. Função catalítica: desnaturação/renaturação Grupos prostéticos: ◦ Cofator: componentes químicos adicional (ex.: Fe2+; Mg2+, Mn2+, Zn2+). ◦ Coenzima: molécula orgânica (geralmente vitamina). Regulação da atividade: ◦ Modificação covalente: fosforilação, glicosilação, etc. ◦ Modulação alostérica: ligação/interação de moduladores + e – com sítios periféricos. 1. Classificação 2. Propriedades catalíticas 3. Cinética enzimática 4. Mecanismos de controle enzimático in vivo Muitas enzimas receberam nome pela adição do sufixo “ase” ao nome dos seus substratos ou a uma palavra que descreve sua atividade. ◦ Ex.: urease, DNA-polimerase. Em alguns casos há ambiguidade. Sistema de nomenclatura e classificação de enzimas. Seis classes, subclasses, com base nos tipos de reações que catalisam. 1. Oxidorredutases. 2. Transferases. 3. Hidrolases. 4. Liases. 5. Isomerases. 6. Ligases. Catalisam reações de oxidação-redução - transferência de elétrons: ◦ Íon hidreto (H-). ◦ Átomos de H. O nome mais comum é desidrogenase. Oxidase é utilizado quando o O2 é o aceptor de elétrons. ◦ Ex.: lactato piruvato São enzimas que catalisam a transferência de grupos entre duas moléculas. Por exemplo, as metiltransferases transferem um grupo metila. Na maior parte dos casos, o doador do grupo é um cofator (coenzima), que carrega o grupo a ser transferido. NH3 NH3 A alanina aminotransferase catalisa a transferência de um grupo amino da alanina para o α- cetoglutarato. Essa enzima utiliza o piridoxal fosfato como cofator. Reações de hidrólise de ligações covalentes. Ex.: esterases, glicosidases, peptidases. O nome, em geral, é dado pelo “substrato” + o sufixo “ase”, como é o caso das peptidases (E.C. 3.4), que catalisam a hidrólise de ligações peptídicas: Catalisam a clivagem de ligações C-C, C-O, C-N, entre outras, através de mecanismos diferentes de hidrólise ou oxidação. Adição de grupos a ligações duplas, ou formação de ligações duplas por remoção de grupos (CO2, NH3) . Exs.: subclasses de liases C-C, C-O, C-N, C-S. (Nomenclature committee) (Nelson; Cox, 2011) Nomes comuns: descarboxilases, desidratases. Nos casos em que a reação inversa é mais importante, ou seja, em que dois substratos originam um, pode ser usado o nome sintase. Thiamine-diphosphate (TPP) Carbon-Carbon Lyase (Nomenclature committee) Catalisam a modificação da organização estrutural de uma única molécula. Ex.: Racemases, epimerases. Altera apenas a organização dentro da molécula. O “balanço final” de átomos permanece o mesmo. Catalisam reações de síntese de uma nova molécula a partir da ligação entre duas moléculas, com a concomitante hidrólise de ATP ou outro composto trifosfatado. Ex.: ligases, carboxilases (C-C), sintetases. NC-IUBMB – Indicações para a nomenclatura e classificação de enzimas de acordo com as reações que elas catalisam. Classifica as enzimas: ◦ 6 diferentes classes ◦ diversas subclasses. Nonemclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology (NC-IUBMB) : http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/ Ex.: Acetilcolinesterase (3.1.1.7). 3. Hidrolase 1. Atua em ligações éster 1. Hidrolases de ésteres de carbono 7. Acetilcolinesterase Catálise (↑ velocidade) essencial. Capacidade de acelerar as reações químicas: ◦ Favorece a formação de intermediários instáveis. ◦ A colisão entre moléculas. ◦ A orientação adequada. Sítio ativo vs. Substrato(s) Grupos R de resíduos de aminoácidos + Grupo prostético: cofator ou coenzima E + S ES EP E + P A conversão substrato produto requer o fornecimento de energia livre (G) ao sistema! A diferença entre a energia dos reagentes (estado inicial) e a dos produtos (estado final) de uma reação fornece a variação de energia livre (ΔGº). ΔGº positivo = reação não favorável ΔGº negativo = reação favorável Não quer dizer que ocorrerá rapidamente altamente instável As enzimas alteram a velocidade das reações, mas não afetam o equilíbrio ou a ΔGº. A velocidade de reação depende da energia livre de ativação (ΔG‡) fornecimento de energia necessária para iniciar a reação. A ΔG‡ para uma reação não catalisada é maior. Atenção! Note que a variação de energia livre (ΔGº) permanece igual, com ou sem catalisador. Enzimas: Aumentam as velocidades das reações ao reduzirem a ↓ΔG‡, mas não alteram os aspectos termodinâmicos (ΔGº). ↓ ΔG‡ ↑ Velocidade As enzimas fornecem um caminho alternativo para que a reação ocorra, necessitando de uma energia de ativação (ΔG‡) menor! E + S ES EP E + P A enzima liga o substrato no seu sítio ativo. 1ª etapa – E + S ES (?) 2 modelos para descrever o processo de ligação: ◦ Modelo chave-fechadura. ◦ Modelo do ajuste induzido. Modelo chave-fechadura Sugere que exista um alto grau de semelhança entre o formato do substrato e a geometria do sítio de ligação da enzima. Sítio ativo complementar ao substrato. Este modelo não leva em consideração a flexibilidade conformacional das proteínas. Impediria a reação, por estabilizar o substrato ao invés de desestabilizá-lo. Emil Fisher, 1950 Modelo do ajuste induzido A ligação do substrato induz a uma mudança conformacional da enzima que resulta em um encaixe complementar depois que o substrato é ligado. O modelo do ajuste induzido imita o estado de transição (complementar ao estado de transição). Não existe uma complementaridade pré-formada. Daniel Kosland, 1970 A medida que se aproximam, a enzima e o substrato alteram ligeiramente suas estruturas tridimensionais. Substrato entrando no sítio ativo Complexo ES Complexo EP Produtos deixando o sítio ativo da enzima i. Catálise ácido-básica. ii. Catálise covalente. iii. Catálise por íons metálicos. iv. Catálise eletrostática. i. Catálise ácido-básica Definição de ácidos e bases de Bronsted-Lowry: ◦ Ácidos: doadores de prótons (H+). ◦ Bases: aceptores de protons . Depende da doação e da aceitação de prótons por grupos como imidazol, hidroxila, carboxila, sulfidrila, amino e cadeias laterais do fenol dos aminoácidos. Aminoácidos: atuam como catalisadores ácidos e/ou básicos (Asp, Glu, His, Cys, Tyr e Lys). pH: influencia o estado de protonação das cadeias laterais dos aminoácidos do sítio ativo. i. Catálise ácido-básica Catálise ácida geral: processo no qual a transferência parcial de H+ de um ácido reduz a energia livre do estado de transição de uma reação. Radical-H+ + Substrato-O- Radical + Substrato-OH Catálise básica geral: processo no qual ocorre a remoção parcial de um próton por uma base, aumentando a velocidade da reação. Radical + Substrato-OH Radical-H+ + Substrato-O- ii. Catálise covalente Catálise nucleofílica: acelera a velocidade das reações por meio da formação transitória de umaligação covalente entre o catalisador e o substrato. Nucleófilos (filia, do grego “afeição”): carregados negativamente ou contém pares eletrônicos não compartilhados. Eletrófilos: Carregados positivamente, com a camada de valência “sedenta” por elétrons. Reação: grupo nucleofílico do catalisador com um grupo eletrofílico do substrato iii. Catálise por íons metálicos Cerca de 1/3 de todas as enzimas conhecidas requerem íons metálicos para a sua atividade catalítica. Ex.: Fe, Cu, Zn, Mn, Co - metaloenzimas. Na, K, Mg e Ca - enzimas ativadas por metal. Ligam-se ao substrato. Catalisam reações de óxido-redução. Estabilização eletrostática ou proteção de cargas negativas. iv. Catálise eletrostática A distribuição de cargas em torno do sítio ativo está organizada de modo a estabilizar (temporariamente) os estados de transição das reações catalisadas. Polaridade: sítio ativo / substrato. Mutações em resíduos que estabilizam cargas resultam em diminuição na constante catalítica (Kcat). Reação catalisada pelas proteínas tirosina fosfatases (PTP): Estabilização eletrostática do ‡. Interações eletrostáticas entre o grupo fosfato (PO3 -) e a carga positiva da Arg e as ligações de hidrogênio indicadas por linhas tracejadas. Vários fatores afetam o funcionamento das enzimas como catalisadores. Alguns desses fatores são decorrentes da natureza proteica das enzimas, como o efeito do pH e da temperatura. Para estudarmos o efeito isolado de um fator, é importante que todos os outros fatores sejam mantidos. i. Condições do meio - pH A enzima está pelo menos parcialmente desnaturada em pHs afastados do pH ótimo. Variações no estado de ionização dos componentes do sistema a medida que o pH varia: ◦ Grupos prostéticos; ◦ Grupos R dos resíduos de aminoácidos; ◦ Substrato(s). ii. Condições do meio - temperatura Com o aumento da temperatura: ◦ A taxa de reação aumenta, na maioria das reações químicas. ◦ A estabilidade da proteína decresce devido a desativação térmica. Acima da temperatura ótima ( ), o aumento da velo- cidade de reação devido a temperatura é compen- sado pela perda de atividade catalítica devido à desnaturação térmica. iii. Tempo, [Enzima], [Substrato] O gráfico ilustra como as concentrações de E, S e P variam ao longo do tempo da reação. A [substrato] cai na mesma razão em que a [produto] aumenta em função do tempo. A enzima existe sob duas formas: enzima livre E e complexo enzima- substrato ES. iii. Tempo, [Enzima], [Substrato] No início da reação, a [E] livre cai e a do complexo [ES] aumenta e atinge um máximo, em que não há mais [E] livre no meio. Nessa situação (indicada no retângulo cinza), diz-se que a enzima está saturada (só existe no complexo ES). A velocidade da reação é a máxima. Ex.1: Quimotripsina (hidrolase) Catalisa a hidrólise de ligações peptídicas em resíduos de aminoácidos em que R = anel aromático. Velocidade experimental da reação depende da [S]: ◦ Baixas [S] – Velocidade varia proporcionalmente. ◦ Altas [S] – Velocidade varia pouco atinge Vmáx. ◦ V0 vs [S] - Curva hiperbólica. Reações catalisadas pela quimotripsina Ex.2: Aspartato transcarbamoilase (transferase) Carbamoil-Pi + aspartato carbamoil-aspartato + Pi Velocidade experimental da reação depende da [S], aspartato*: ◦ Baixas/moderadas [S] – Velocidade varia proporcionalmente. ◦ Altas [S] – Velocidade varia pouco atinge Vmáx. ◦ Diferença importante: V0 vs [S] - Curva sigmoidal. *a concentração de carbamoil-fosfato é mantida constante. ATCase Reação da aspartato transcarbamoilase (ATCase) O comportamento cinético geral de várias enzimas é parecido com o da quimiotripsina, enquanto o de outras é semelhante ao da ATCase. Comportamento cinético: ◦ Quimiotripsina ≅ ligação do O2 na mioglobina ◦ ATCase ≅ ligação do O2 na hemoglobina Proteínas/enzimas alostéricas: ◦ Reguladas por modificações não covalentes. ◦ Mudanças sutis em um sítio afetam a estrutura e a função em outro sítio. ◦ Efeito cooperativo (ex. Hb: O2 O2 O2 O2). Prot/Enzima alostérica Modelos para o estudo da cinética das enzimas não alostéricas e das enzimas alostéricas O modelo de Michaelis-Menten é amplamente utilizado para explicar a curva hiperbólica dos dados cinéticos para enzimas não alostéricas. Diversos modelos são utilisados para explicar a linha sigmoidal para as enzimas alostéricas. Cinética enzimática? estudo da velocidade com que o substrato é convertido em produto de acordo com o tempo. 1913 – Leonor Michaelis e Maud Menten. V0 vs [S] curva hiperbólica – enzimas não alostéricas. A equação de Michaelis-Menten descreve uma reação na qual um único substrato, S, é convertido em um produto. Relaciona a V0 à [S] e os dois parâmetros KM e Vmáx. Quando medimos a velocidade de uma reação enzimática a concentrações variáreis de substrato, vemos que a velocidade depende da [S]: Cinética de primeira ordem – Baixos níveis do substrato - V0 depende da [S] - Estado pré-estacionário, onde a [ES] aumenta Cinética de ordem zero - Altos níveis do substrato - V0 independe da [S] - Estado estacionário, onde a [ES] é constante ↑[ES] =[ES] O padrão cinético observado no gráfico de V0 vs. [S] levou à sugestão de que a formação reversível do complexo ES era uma etapa necessária na catálise. O complexo ES é rompido em uma etapa mais lenta, que acaba limitando a velocidade da reação total. Para a reação: A equação de Michaelis-Menten (eq. da velocidade) é dada por: V0 = Vmáx [S] Onde KM = (K-1 + K2)/K1 KM + [S] Constante de Michaelis-Menten Equãção de Michaelis-Menten: V0 = Vmáx . [S] KM + [S] Vmáx = Vmáx . [S] 2 KM + [S] KM + [S] = Vmáx . [S] 2 Vmáx KM = 2[S] – [S] KM = [S] Quando Vo = Vmáx 2 Enzima saturada [ES] Relação prática importante! KM = [S] quando V0 = ½ Vmáx NÃO É UMA MEDIDA DA AFINIDADE! (Quando analisado individualmente) Descreve a constante de velocidade da etapa limitante de qualquer reação catalisada por enzimas na saturação (estado estacionário, E = ES; V0 = Vmáx). Também chamada de número de renovação (turnover number): nº de moléculas de S convertida em P por unidade de tempo por uma única molécula de E. Associados, os parâmetros Kcat e KM possibilitam que se avalie a eficiência cinética das enzimas, mas individualmente cada um desses parâmetros é insuficiente para isso. Número de renovação (turnover / Kcat) de algumas enzimas Enzima Substrato Kcat (s -1) Catalase Anidrase carbônica Acetilcolinesterase Β-Lactamase Fumarase Proteína RecA (ATPase) H2O2 HCO3 - Acetilcolina Benzilpenicilina Fumarato ATP 40.000.000 400.000 14.000 2.000 800 0,5 A melhor maneira de comparar as eficiências catalíticas de enzimas diferentes ou o número de vezes que diferentes substratos são catalisados por uma mesma enzima, é comparar a relação Kcat/KM para duas reações. Kcat / KM – Constante de especificidade. Constante de especificidade (Kcat/KM) de algumas enzimas Enzima Substrato Kcat (s -1) KM (M) Kcat/KM Acetilcolinesterase Anidrase carbônica Catalase Fumarase AcetilcolinaCO2 HCO3 - H2O2 Fumarato Malato 1,4 x 104 1,0 x 106 4,0 x 105 4,0 x 107 8 x 102 9 x 102 9,0 x 10-5 1,2 x 10-2 2,6 x 10-2 1,1 x 100 5 x 10-6 2,5 x 10-5 1,6 x 108 8,3 x 107 1,5 x 107 4 x 107 1,6 x 108 3,6 x 107 Derivação da equação de Michaelis-Menten. A equação de Michaelis-Menten pode ser transformada algebricamente em uma versão que é mais útil para a determinação de KM e Vmáx: Equação de Lineweaver-Burk V0 = Vmáx . [S] 1 = KM + 1 . KM + [S] V0 Vmáx . [S] Vmáx Inversão (duplo-recíproca) No caso de enzimas que obedecem a equação de Michaelis-Menten, um gráfico de 1/V0 vs. 1/[S] (gráfico duplo-recíproco de um gráfico de V0 vs. [S]) produz uma linha reta. Também chamado de gráfico de Lineweaver-Burk. Vantagens ◦ Permite a determinação mais precisa de Vmáx e KM que pode ser obtida apenas aproximadamente no gráfico de V0 vs. [S]. ◦ Requer poucas medidas, pois transforma a hipérbole em reta. Outras utilidades: ◦ Diferenciar mecanismos de ação enzimática. ◦ Análise da inibição de enzimas. Gráfico de Lineweaver-Burk Intercepto da reta no eixo Y = 1/Vmáx Intercepto da reta no eixo X = -1/KM maxV 1 [S]maxV mK v 1 1 [S] 1 V0 -1 KM 1 Vmáx KM Vmáx Inclinação = Em sistemas biológicos, muitas enzimas utilizam mais do que 1 substrato para catalisar uma reação. Diferentes mecanismos de reação: ◦ Reação enzimática formando complexo ternário. ◦ Reação enzimática não envolvendo complexo ternário. i. Reação envolvendo complexo ternário As enzimas que apresentam este mecanismo de reação unem ao mesmo tempo 2 substratos (S1 e S2) , dando lugar a um complexo ternário ES1S2. A ordem sequencial de união dos substratos pode ser ao acaso (mecanismo aleatório) ou seguir uma ordem em particular (mecanismo ordenado). ii. Reação não envolvendo complexo ternário Pingue-pongue ou duplo deslocamento. Neste caso, o primeiro substrato (S1) é convertido em produto (P1) que se dissocia antes que o segundo substrato se ligue, de modo que NÃO há formação de um complexo ternário. As enzimas com este mecanismo podem apresentar dois estados: a conformação normal (E) e a conformação quimicamente modificada (E’). 4.1 Inibidores a. Reversíves ◦ Competitivos, incompetitivos e mistos. b. Irreversíveis ◦ Proteicos e não proteicos. 4.2 Regulação enzimática a. Enzimas alostéricas. b. Enzimas reguladas por modificações covalentes reversíveis. c. Regulação por proteólise. Um inibidor, como o nome já diz, é uma substância que interfere na ação de uma enzima e desacelera a velocidade de uma reação. Um inibidor reversível pode ligar-se à enzima e ser liberado em seguida, deixando a enzima em sua condição original. Um inibidor irreversível reage com a enzima, alterando sua conformação nativa e funcional de forma que a enzima original não pode ser regenerada. O inibidor pode ligar-se ao sítio ativo e bloquear o acesso ao substrato. O inibidor pode se ligar à enzima em um sítio que não o sítio ativo e, provocar uma mudança na estrutura do sítio ativo da enzima. Tipos de inibições reversíveis: ◦ Inibição competitiva ◦ Inibição incompetitiva ◦ Inibição mista ↓ Vmáx = Vmáx ↑ KM O inibidor compete com o substrato pelo sítio ativo da enzima. A medida que o inibidor ocupa o sítio ativo, ele impede que o substrato se ligue à enzima. Comumente possuem estrutura similar à estrutura do substrato. Como esta ligação é reversível, a competição pode ser desviada em favor do substrato simplesmente pela adição de mais substrato. E + S ou E + I A Vmáx fica inalterada. O KM aumenta. O inibidor liga-se reversivelmente em um sítio da enzima que não o catalítico (do substrato). Esta ligação somente ocorre quando o complexo ES já está formado. E + S + I A Vmáx diminui. O KM diminui. O inibidor se liga em um sítio diferente do sítio ativo. Neste caso, o inibidor misto pode ligar-se tanto à enzima livre (E + I) quanto ao complexo ES (E + S + I). A Vmáx diminui. Ligam-se covalentemente com ou destroem um grupo funcional da enzima que é essencial para a atividade da enzima ou então forma uma associação não covalente muito estável. Inativadores suicidas ou com base no mecanismo: passa pelas primeiras reações, como se fosse o substrato, mas é convertido em um composto muito reativo que se combina irreversivelmente com a enzima. O organismo precisa sintetizar mais enzimas! Inibidores irreversíveis não proteicos Inseticidas organofosforados (malation e paration): Inibidores da acetilcolinesterase (AChE) de insetos e mamíferos. Penicilina: Antibiótico β-lactâmico que inibe a transpeptidase bacteriana, enzima envolvida na formação do peptidoglicano (constituinte da parede celular). Algumas linhagens de bactérias patogênicas expressam β- lactamases, enzimas que clivam antibióticos β-lactâmicos. O ácido clavulânico é utilizado como um inativador suicida. Inibidores irreversíveis proteicos Serpinas: inibidores suicidas de proteases de serina (antitrombina, antitripsina). Controlam, por inibição, cascatas proteolíticas. Enzimas regulatórias apresentam uma atividade catalítica aumentada ou diminuida em resposta a certos sinais. As atividades das enzimas regulatórias são moduladas de várias maneiras, como por exemplo: a. Regulação alostérica. b. Modificações covalentes reversíveis. c. Regulação por proteólise. Agem por meio de ligações reversíveis e não covalentes com compostos regulatórios denominados modulatores / efetores alostéricos. Allos – outro(a) + Steros – conformação induzida pela ligação de moduladores. Mudanças conformacionais induzidas por um ou mais moduladores interconvertem formas mais ativas em formas menos ativas da enzima. Podem ser moduladores positivos ou negativos. Além do sítio ativo, possuem um ou mais sítios regulatórios / alostéricos, para ligarem o modulador. Interações entre as subunidades de enzimas alostéricas e interações com inibidores e ativadores. Em muitas enzimas alostéricas, o sítio de ligação ao substrato e o(s) sítio(s) de ligação(ões) ao modulador estão em subunidades diferentes, nas subunidades catalítica(C) e regulatória(R), respectivamente. A ligação de um modulador(M) positivo (estimulatório) ao sítio específico na subunidade R é comunicada à subunidade C por meio de uma mudança conformacional. Essa mudança afeta o sítio ativo, que então é capaz de ligar o substrato(S) com afinidade maior. Quando o modulador dissocia-se da subunidade regulatória, a enzima volta à sua forma inativa ou menos ativa. Da mesma forma que o sítio ativo das enzimas é específico para o seu S, cada sítio regulatório é específico para o seu modulador. Enzimas com vários moduladores em geral têm sítios de ligação específicos para cada um deles. Em sistemas multienzimáticos (em Bioquímica II), as enzimas regulatórias são inibidas especificamente pelo produto final (retroinibição) da via metabólica sempre que a concentração do produto final exceder as necessidades celulares. Retroinibição Evita o acúmulo de intermediários da via e o gasto energético desnecessário. E quanto à cinética? O Modelo de Michaelis-Menten descreve o comportamentode enzimas alostéricas? NÃO! Enzimas alostéricas apresentam relações entre V0 e [S] diferentes daquelas da cinética de Michaelis-Menten. Algumas apresentam um gráfico de V0 e [S] que produz uma curva de saturação sigmoide em vez da curva de saturação hiperbólica típica das enzimas não-regulatórias reflete as interações cooperativas. Ao invés de usar KM, usa-se K0,5 ou [S]0,5 – para representar a concentração de substrato para atingir a metade da Vmáx em enzimas alostéricas. a) Gráfico de V0 e [S] (aspartato) para a aspartato transcarbamoilase. b) Efeito dos inibidores e ativadores sobre uma enzima alostérica. Enzimas regulatórias cujas atividades são moduladas por modificações covalentes reversíveis em um ou mais dos resíduos de aminoácidos. A modificação de um resíduo geralmente causa uma mudança na estrutura tridimensional da proteína. A introdução de uma carga pode causar uma mudança na conformação, a introdução de um grupo hidrofóbico pode favorecer a associação com uma membrana, etc. Ubiquitinação: ◦ Adição de ubiquitina. ◦ Marca as proteínas para a degradação proteolítica. Fosforilação (cerca de 1/3 das proteínas): ◦ Adição de um grupo fosfato (carregado negativamente). ◦ 1 a dezenas de resíduos de aminoácidos fosforilados. ◦ Proteínas-cinases: adicionam o grupo fosfato. ◦ Proteínas-fosfatases: removem o grupo fosfato. ◦ A fosforilação de uma enzima pode afetar a catálise alterando a afinidade pelo substrato – pode expor ou ocultar o sítio de ligação. No caso de algumas enzimas, um precursor inativo denominado zimogênio é hidrolisado formando a enzima ativa. Muitas enzimas proteolíticas (proteases) do estômago e pâncreas são reguladas dessa maneira. Ex.: quimotripsinogênio quimotripsina tripsinogênio tripsina Clivagens específicas provocam mudanças conformacionais que expõem o sítio ativo da enzima. Ativação proteolítica do quimotripsinogênio:
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