Resumo IMUNO

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Imunologia
Resposta imunológica: resposta que o organismo dá à um corpo estranho. 
A função do sistema imunológico é manter a homeostasia (manutenção da normalidade). Para que o organismo mantenha a homeostasia ele precisa reconhecer quando algo está errado para gerar uma resposta e voltar à normalidade. 
O sistema através de receptores reconhece quando deve ter ativado:
TRAUMA/LESÃO → RECONHECIMENTO ATRAVÉZ DE RECEPTORES → MECANISMOS EFETORES → ELIMINAÇÃO DO PATÓGENO
Mecanismos efetores: produção de mediadores, fagocitose, produção de ROS e NO, ativação da resposta imune adaptativa. 
Receptores de reconhecimento de padrão (PRR): As células da imunidade inata apresentam receptores de reconhecimento de padrão (PRR), ou seja, receptores que reconhecem PAMP (padrões moleculares associados a patógenos), DAMP (padrões moleculares associados a perigo [danger]) e MAMP (padrões moleculares associados a m-os). Isso quer dizer que não são específicos como os da imunidade adaptativa, já que reconhecem estruturas presentem em m-os (LPS, peptidoglicano, ergosterol etc). Reconhecem também as DAMPs que são moléculas que quando fora das células querem dizer que tem algo errado. Por exemplo ATP. Quando uma grande quantidade dessa molécula está no meio extra-celular, quer dizer que tem muitas células lisadas.
Esses PRRs são expressos por todas as células, logo o primeiro sinal pode ser dado por qualquer célula de qualquer parte do corpo. Quando isso acontece, essas células produzem mediadores que recrutam outras células (da imunidade). Ex.: células epiteliais não são células do sistema imune mas possuem PRRs que darão esse primeiro sinal. 
Uma célula quando reconhece um patógeno ela se torna ativa. Elas produzem uma série de substâncias que ativam outras células e/ou recruta-as. 
Quando um m-os é patogênico apresentam mecanismos de virulência à célula hospedeira. Isso quer dizer que esse patógeno causa uma "bagunça" na célula, um stress. Um m-os que não causa esse stress na célula não é patogêno. 
Uma vez que acaba a infecção, as células mortas precisam ser retiradas e o tecido recomposto. O nome desse processo é resolução. A resposta imune vai do reconhecimento à resolução. 
As células da imunidade inata (macrófagos, neutrófilos, eosinófilos etc.) não geram memória. Já as células da imunidade adaptativa (linfócitos) geram memória, não só pelos anticorpos, mas também através das células de memória, que em um segundo contato com o patógeno são ativadas mais rapidamente e induzem a produção de mais anticorpos. A segunda resposta é mais "sofisticada". 
Origem dessas células e funções
Células tronco medulares dão origem a duas linhagens: linfoide e mesenquimal. A linfoide dá origem aos linfócitos T, linfócitos B e células NK. A mesenquimal dá origem aos neutrófilos, eosinófilos e etc. 
As células da imunidade inata são divididas em mononucleares (monócitos [células circulantes que migram para virar macrófagos], macrófagos [célula residente de um tecido] e células dendrídicas [principal célula apresentadora de antígeno]) e polimorfonucleares (neutrófilos, eosinófilos, basófilos e mastócitos). 
Monócitos, macrófagos e células dendridicas são chamadas de fagócitos, pois são capazes de fazer fagocitose, que significa ser capaz de "absorver" e degradar moléculas como restos celulares, por exemplo, pois esses restos celulares podem gerar inflamação desnecessária. Elas são capazes também de fazer apresentação de antígeno (principalmente as células dendridicas) e produzir toxinas (moléculas importantes para comunicação entre as células, sinalizando recrutamento de células, ativação de células e etc.) 
Células dendridicas são as principais apresentadoras de antígenos. A capacidade microbicida dela está relacionada com a capacidade de apresentar antígenos. Ela reconhece o patógeno, fagocita-o, processa-o e quebra-o em pequenos peptídeos e levam esses peptídeos para sua superfície para apresenta-los para os linfócitos T. Expressam PRRs e receptores de citocinas (e também secretam citocinas) para levar toda informação do patógeno para o linfócito T. 
Neutrófilos também são muito eficientes na fagocitose e são os primeiros a chegar numa inflamação. São matadores especializados e são produzidos em alta quantidade pois tem vida curta. Em um processo inflamatório, a medula é estimulada a produzir essa célula. Possuem grânulos e seu conteúdo produz dano tecidual no sítio de inflamação. 
Basófilos não realizam fagocitose normalmente. São importantes na alergia e no reconhecimento de patógenos muito grandes para serem fagocitados. Seus grânulos são liberados quando o patógeno se liga ao seu receptor e contêm substancias microbicidas, inflamatórias e toxicas. 
Mastócitos tem características parecidas com os basófilos. Também apresentam grânulos que são liberados quando o patógeno se liga. Seus grânulos são ricos em histamina, que é uma molécula pró-inflamatória que quando liberadas iniciam a alergia. 
Células Natural Killer (NK) são geradas a partir da linhagem linfoide mas tem características de atuação de células da imunidade inata. Elas não ativadas como os linfócitos T e B, sua ativação é mais específica. Seus receptores reconhecem alterações na superfície de outras células, ou seja, elas não reconhecem o patógeno. Quando ela se liga a uma célula alvo, se essa célula alvo estiver em condições normais, ela vai mandar sinais para o receptor de sinais negativo da célula NK. Se a célula alvo não tiver em condições normais, ou seja, tiver em condições de stress, esta manda sinais para o receptor de sinais positivos da célula NK. O balanço desses sinais positivos e negativos que vão ou não ativar a célula NK. 
Imunidade Inata
Primeiro sistema de defesa contra patógenos; participam do remodelamento tecidual; pode desencadear uma inflamação estéril (inflamação sem presença de m-os); fagocitose de células mortas (faxina); e ativação dos linfócitos T.
Fagocitose: Processo pelo qual a bactéria é reconhecida por um fagócito, englobada e fica dentro de um fagossomo. Esse fagossomo dentro da célula se funde com lisossomos, que são vesículas com diversas enzimas de degradação (proteases, lipases e etc.), que vão digerir o material capturado. Além dessas enzimas, dentro do lisossomo há ROS e NOS, que são moléculas bastante toxicas. 
Autofagia: Formação de uma vesícula chamada autofagolisossomo a partir de porções citoplasmáticas. Tem a função de remover (e reciclar) organelas danificadas e funciona como um mecanismo da imunidade inata quando é o patógeno que está no citoplasma.
 
Toll like receptor: Receptor de padrões moleculares e são sempre transmembranares podendo ser em membranas plasmáticas (reconhecem patógenos extracelulares) ou de vesículas (reconhecem patógenos intracelulares - mais comumente vírus). Contém 3 domínios: 
LRR: Porção extracelular que reconhece o ligante (PAMPs - LPS, flagelina, etc.);
Transmembranar: ancora na membrana;
TIR domain: domínio de transdução do sinal. Após a interação do ligante, há uma mudança conformacional que irá recrutar proteínas adaptadoras que vão recrutar quinases que farão uma cascata de sinalização. Essa cascata ativará fatores transcricionais que se ligarão à região promotora de genes no DNA responsáveis por transcrever citosinas inflamatórias, moléculas coestimulatórias, quimiocinas e etc.
Inflamossomo: moléculas que funcionam formando complexos proteicos que geram uma resposta. Quando a célula está em estado de strass, como efluxo de K+ por exemplo, essas proteínas se dissociam de proteínas que estão inativando-as, tornando-se ativas e formando dímeros. Esses dímeros irão recrutar moléculas chamadas pro-caspase 1 que serão clivadas e transformadas em caspases ativas. Essas caspases são fatores transcricionais que induzem a formação de citosinas chamadas IL-1. A parte em vermelho não tenho certeza. 
Inflamação
Processo onde há recrutamento de células da imunidade. Envolve aumento do fluxo de permeabilidade vascular para permitira entra da célula imune ao tecido e aumento do calibre dos vasos. Também envolve o extravasamento do plasma no tecido afetado, carreando proteínas. 
Alguns mediadores participam desse processo, como quimiocinas (atraem células quimiotáxicas), enzimas proteolíticas (degradam a matriz extracelular), mediadores lipídicos, aminas vasoativas (aumenta a permeabilidade dos vasos e relaxamento da musculatura lisa), peptídeos vasoativos (responsáveis pela dor) e fragmentos do complemento (C3a, C5a, etc). 
Citocinas: peptídeos produzidos durante a inflamação em resposta a m-os e antígenos, que medeiam e regulam as respostas imunes e inflamatória. Sua produção é um evento auto-limitado. 
Uma única citocina pode ter várias funções (pleiotropicas) ou varias citocinas podem ter a mesma função (redundante). Elas interagem regulando uma a outra. Elas podem ter efeito autócrino, parácrino ou endócrino. Precisam de receptores na célula alvo para terem efeito e podem atuar alterando a expressão gênica desta célula alvo. 
Podem ser sinergicas (duas citocinas ou mais juntas gerando um efeito), antagonicas (uma bloqueia o efeito da outra) ou redundantes (quando tem o mesmo efeito). 
TNF de macrófagos: citosinas bastante inflamatórias produzidas no fígado bem no começo da inflamação. Macrófagos ativados liberam uma série de citosinas que podem ter efeito local ou sistêmico. 
Recrutamento de linfócitos: Quando há lesão, bactérias sinalizam para as células desse tecido ativando-as. Essas células ativadas liberam citocinas que sinalizam para as células dos vasos para que estas façam uma vasodilatação (e aumentem a permeabilidade e expressem proteínas) e permitam o recrutamento de linfócitos para o tecido. 
- Etapa de rolamento: esse recrutamento se dá com a ativação com endotélio que começa a expressar proteínas de adesão (P e E-Selectinas) que interagem com açucares dos linfócitos. Essa interação é fraca, a célula se solta e rola pelo endotélio por causa do fluxo sanguíneo. 
- Segunda etapa: se dá entre moléculas de adesão das células endoteliais com maior afinidade com os leucócitos que as selectinas, as ICAM-1. Essa interação se torna forte por causa das citosinas que também estarão expostas na parte interna do endotélio. Após esse linfócito se fixar ao endotélio, começa a etapa de diapedese (passando pelas células endoteliais) e migra para fonte do agente quimiotáxico. 
 
Proteínas do plasma e Sistema complemento
Para que o sinal aconteça temos que ter um receptor que quando ativado disparará sinais para a célula. 
Essas proteínas vão se ligar à patógenos e moléculas e vão disparar uma resposta efetora. A maioria dessas proteínas podem estar soltas no plasma ou em grânulos nas células e são produzidas no fígado. São chamadas de proteínas da fase aguda e quando há infecção a concentração dessas moléculas aumenta muito (até 100x). Como isso acontece? As células do local inflamado produzem citosinas pró-inflamatórias que irão atuar localmente e sistemicamente. Podem ser usadas para diagnóstico (PCR, por exemplo. Se o nível no sangue estiver alta que dizer que ela tem alguma inflamação em curso). 
- Defensinas: São encontradas nas mucosas, pele e grânulos de neutrófilos. São pequenos peptídeos que tem carga negativa e por causa disso são capazes de se intercalar na membrana de patógenos. As defensinas que estão na mucosa intestinal são muito importantes, pois defendem as paredes intestinas da microbiota intestinal. Pessoas com deficiência dessas proteínas são sujeitas a diversas doenças inflamatórias intestinais. 
- Conectinas: Tem um domínio lectinas (proteínas que ligam carboidratos) e uma calda de colágeno. Isso permite que elas sejam capazes de promover a opcionização e, assim, a fagocitose. E são responsáveis por ativar a via de lectinas que é uma das ativações do complemento. 
Sistema complemento
Sistema formado por um conjunto de proteínas que estão solúveis no plasma. São sintetizadas no fígado e, assim como as proteínas do plasma, aumentam sua concentração com a inflamação. São capazes de induzir a morte de bactérias e células alteradas, opcionização e a resposta inflamatória. Existem três vias conhecidas: 
Via clássica
Via alternativa
Via da lectina
- Via Clássica: 
Antigamente acreditava-se que essa via era ativada por anticorpos. Mas como um mecanismo da imunidade inata pode ser ativada por células da imunidade adaptativa? Então descobriu-se que anticorpos são um dos fatores que podem ativar essa via, junto com uma série de outras moléculas, inclusive as da fase aguda e, ainda, há moléculas no próprio m-os que são ligadas pela primeira molécula do complemento (C1) diretamente. Não são todos as imunoglobulinas que são capazes de ativar o complemento, apenas a IgM e a IgG; 
C1 é composto por 3 subunidades, C1q, C1s e C1r; C1 é a parte que vai se ligar à membrana dos m-os. Quando C1q se liga, ele sofre uma mudança conformacional que vai ativar C1s, que por sua vez vai clivar C1r. Isso vai fazer que ela se torne ativa para clivar o próximo complemento da cascata que é C4. 
C4 irá se ligar ao C1 e será clivada em C4b e C4a. C4a sai do sistema e C4b irá migrar para membrana próximo ao C1. Quando C4b se liga à membrana o C2 se liga ao C4b. 
C4b irá clivar C2 em C2a e C2b. C2a sai do sistema e C2b continuará ligado ao C4b, formando a proteína C3 convertase (C4bC2b). 
C3 convertase será capaz de clivar várias moléculas de C3 em C3a e C3b. C3a sairá do sistema e várias C3b começarão a se ligar a membrana em diferentes pontos (pois C3 quando clivada irá expor um grupo tioester que será capaz de se ligar à açucares na membrana). E uma das moléculas de C3b irão se ligar ao complexo C3 convertase (C4bC2b) e formarão o complexo C5 convertase (C4bC2bC3b), que será capaz de clivar C5 em C5a e C5b. Nessa altura todas as vias se juntam. 
OBS: Se essas proteínas não se ligarem rapidamente à membrana serão hidrolisadas. 
- Via Alternativa:
É uma amplificadora das outras vias. A via alternativa começa pelo C3 sendo clivado espontaneamente em C3a e C3b. Se não houver patógeno, C3b será hidrolisado. Havendo patógeno, C3b se ligará a membrana desse patógeno e dará continuidade a cascata. A proteína B irá se ligar à C3b na membrana e será clivada (com auxilio do fator D) em Ba e Bb, onde Ba sairá do sistema e Bb continuará ligada a C3b.
Esse complexo C3bBb será a C3 convertase dessa via, clivando diversas C3 em C3a e C3b. As C3a sai da via e C3b começa a se ligar à membrana e uma delas se juntará ao complexo C3bBb (C3 convertase) formando C3bBbC3b, que será a C5 convertase dessa via. Nessa altura todas as vias se juntam. 
OBS: A via clássica forma a C3 convertase mesmo tendo C3 se clivando espontaneamente. Isso por que C3 não consegue se ligar à membrana de qualquer m-os, limitando assim a via alternativa. Na via clássica há a formação de C3 convertase pois várias outras moléculas são capazes de se ligar ao m-os para dar início a essa via (como anticorpo, proteínas plasmáticas e etc). 
OBS2: Essas moléculas de C3 se ligam a açucares nas células apenas em m-os e não nas nossas células porque elas têm mecanismos para evitar essa ligação. Um desses mecanismos funciona deslocando C2b do C4b, não havendo C3 convertase, outros mecanismos funcionam clivando essas moléculas. Esses mecanismos só existem em membranas celulares do nosso corpo e não em membrana celulares de m-os. São chamadas de proteínas reguladoras do complemento. 
- Via da Lectina: 
Lectinas são moléculas que ligam a açucares.
Elas tem estruturas parecidas com C1. Logo a via da Lectina é igual a via clássica, porém ao invés de C1, teremos lectinas próprias para cada açúcar (manoses, lactoses e etc).
- Continuação de todas as vias (Via Comum):
Com a formação de C5a e C5b, C5a sai da via e C5b se liga à membrana (Figura errada). Quando isso acontece, C6, C7 e C8 (ancora à membrana) irão formar um complexo. Esse complexo irá permitir que moléculas de C9 se insiram na membrana formando poros. Isso que é chamadode Complexo de ataque à membrana. Esse complexo matará o m-os por lise osmótica.
 
- Alguns m-os tem mecanismos de defesa contra o complemento: 
- Efeitos biológicos de C2a, C4a, C3a e C5a:
São chamados também de anafrotoxinas. São muito pró-inflamatório e quimiotaticos (atrai células como neutrófilos), principalmente C3a e C5a; São também opcionizantes (capazes de favorecer a fagocitose). Ou seja, células da imunidade inata tem receptores para essas moléculas. 
Atuam também relaxando a musculatura lisa, aumentando a permeabilidade vascular, indução de moléculas de adesão e etc.	
OBS finais: Pessoas com deficiencia dessas proteínas do complemento são mais sucetiveis a infecções pois não formam o complexo de ataque à membrana. Deficiencias em moleculas do começo da cascata são mais graves do que deficiencias em moleculas do final da cascata pois pode não haver formação nem de C2a, nem C3a e etc.
Imunidade adaptativa
Veremos:
- Como são ativadas;
- Como se desenvolvem;
- Como é a resposta que ela gera.
- Como são os receptores:
Mais específicos que das células da imunidade inata, pois essas reconhecem padrões (açucares, lipídios e etc.).
- Tipos de receptores: chamados antigênicos (se ligam à antígenos), e são muito específicos.
TCR: Linfócitos T. Reconhecem apenas peptídeos, ou seja, antígenos de natureza proteica. 
BCR ou Imunoglobulina: Linfócitos B. Reconhecem proteínas, lipídios, carboidratos e etc. . Estão na superfície do linfócito B como receptor, mas depois de ativado, o linfócito para de expressar na superfície e começa a secreta-las com a denominação de anticorpo. 
MHC: Não é da imunidade adaptativa pois quase todas as células do corpo expressam MHC de classe 1. São importantes para a ativação do linfócito T. Será visto mais à frente.
Diversas estruturas (proteínas de membrana, TCR, proteínas de interação de linfócitos com outras células, proteínas de adesão, CD1, CD2, CD4, etc.) envolvidas com resposta imune fazem parte da superfamília das imunoglobulinas pois expressam padrões (estruturas, domínios) parecidos com a imunoglobulina. Isso não significa que são imunoglobulinas. 
- Antígeno: Qualquer substância que pode se ligar especificamente à um anticorpo ou TCR. O fato delas se ligarem não quer dizer que sejam imunogênicas, ou seja, gerar resposta imune; todo imunógeno gera resposta imune. 
- Determinante antigênico (epítopo): porção do antígeno que se liga ao anticorpo ou TCR. Um mesmo antígeno pode apresentar diversos determinantes antigênicos que podem se ligar a diversos anticorpos diferentes. Podem ser polivalentes ou multivalentes, que quer dizer que o antígeno pode ter múltiplos determinantes antigênicos idênticos. 
As proteínas podem ser reconhecidas de diversas formas. Como com um determinante conformacional, onde o anticorpo reconhece sequências (epítopo) do antígeno (proteína) "dobrado", ou seja, com sua estrutura espacial (exemplo A). Ou com determinantes lineares, onde o anticorpo reconhece uma sequência linear de aminoácidos na estrutura da proteína (exemplo B). 
No exemplo A, caso a proteína seja desnaturada, esse anticorpo não reconhecerá mais esse epítopo. No exemplo B, mesmo com a proteína desnaturada, o anticorpo reconhecerá o epítopo. 
Anticorpo (Imunoglobulinas)
São formadas por quatro cadeias (duas leves e duas pesadas) e duas regiões (uma variável e outra constante). As regiões de ligação com os antígenos são nas regiões variáveis, ou seja, ela que determina qual antígeno o anticorpo vai se ligar. A região constante será a região que determinará a função do anticorpo (se será opcionizante, se ativará o complemento[IgG], e etc.), ou seja, determinará se o anticorpo é IgA, IgG, IgM, IgD ou IgE. 
Existe uma região que liga as cadeias leves e pesadas que são chamadas de dobradiças, que permitem uma certa "flexibilidade" ao anticorpo. 
As cadeias pesadas podem ter 4 (IgG, por exemplo) ou 5 (IgM, por exemplo) domínios e a leve tem 2 domínios. O último domínio, tanto da leve quanto da pesada, são os domínios que reconhecem antígenos e são chamados de domínios variáveis. Os outros domínios, tanto da leve quanto da pesada são chamadas de domínios constantes. A região de ligação ao antígeno é formada pela combinação da região variável da cadeia leve e da pesada, sempre juntas. 
As enzimas papaína e pepsina degradam os anticorpos em locais diferentes: 
Essa clivagem serviu para observar a função de cada domínio. Quando se observou que os fragmentos da região variável mantinham a capacidade de se ligar ao antígeno mas não mantinha a capacidade de gerar uma resposta imune nomearam esse fragmento de Fab (antigen binding fragmente). E o outro fragmento foi chamada de Fc (não de fração constante e sim de fração cristalizada pois os cientistas conseguiram cristalizar essa porção - isso é irrelevante, apenas pra saber a nomenclatura). No caso da pepsina ela cliva o anticorpo na região da dobradiça, grrando F(ab)2. 
Variabilidade: o antígeno ele se liga a alguns aminoácidos das regiões variáveis da cadeia leve e pesada. E são esses aminoácidos que são os pontos variáveis dessa cadeia. Por analises, foi concluído que existem três pontos (em cada cadeia leve quanto na pesada) onde a variabilidade é grande, nos demais a variabilidade é muito menor. Esses pontos de alta variabilidade são chamados de ponto de hipervariabilidade (Região CDR). São esses pontos que geram diferenças nas estruturas, que vão gerar um formato fisicamente diferente que será específico para cada ligação antígeno-anticorpo. Essa variabilidade NÃO define a classe, ou seja, não define a função, que é definida pelos domínios constantes.
Os principais tipos de ligações entre o antígeno e o anticorpo pode ser pontes de hidrogênio, forças eletrostáticas, forças de van der Waals e forças hidrofóbicas. 
TCR (receptores dos linfócitos T)
Esses receptores têm semelhanças com os anticorpos. Possuem uma cadeia α e uma cadeia β. Ou seja, tem um domínio α constante e um variável e um domínio β constante e um variável. A porção que se liga ao antígeno, assim como nas imunoglobulinas, são os domínios variáveis da cadeia α e da cadeia β. Diferentemente das imunoglobulinas, os TCRs nunca serão secretados. Outra diferença é que as imunoglobulinas se ligam direto aos seus antígenos e os TCRs precisam passar por um processo chamada de apresentação de antígenos, ou seja, precisam de células apresentadoras de antígenos que processam o antígeno e expressam em sua superfície. 
Existem uma subpopulação de linfócitos T que expressam receptores γδ, que não serão estudadas no curso.
Os linfócitos podem ser classificados como CD4 (helper) e CD8 (citotóxicos) dependendo do tipo de receptor expresso na sua superfície. Esse receptor dirá com que tipo de MHC (receptor das células apresentadoras de antígenos) o linfócito irá se ligar. Linfócitos CD4 ligam-se a moléculas de MHC de classe II + antígeno e os linfócitos CD8 ligam-se a moléculas de MHC de classe I + antígeno. Lembrando que esse antígeno é sempre de natureza proteica (peptídeo). O THC não interage apenas com o antígeno apresentado pelo MHC, mas também interage com o próprio MHC; e a proteína CD4/8 (que são as proteínas que conferem essa classificação aos linfócitos) interage com o THC formando um complexo THC-peptídeo-MHC-CD4/8. Isso será visto mais detalhadamente afrente. 
Variabilidade da região variável dos TCRs e das Imunoglobulinas
Existem cerca de 1012 tipos de TCR onde cada um é específico pra um antígeno; as imunoglobulinas também tem um número altíssimo de variabilidade. Essa variabilidade é possível por conta de rearranjos genéticos chamados de recombinação somática ou recombinação VDJ. As únicas células capazes disso são os linfócitos B e T. 
À nível de DNA no gene que codifica a cadeia leve (que tem apenas um domínio variável e um constante), temos um segmento genético V (de 95 à 101aa) responsável por codificar a região variável (em vermelho), depois um segmento genético chamado joining (em amarelo)que vai juntar as duas regiões e um segmento C (em azul) responsável por codificar a região constante. Na cadeia pesada há mais um segmento genético chamado D (diversidade). 
Através de alguns mecanismos essas regiões vão se combinar de formar diferente para cada linfócito, de forma completamente aleatória. Depois há mecanismos que vão selecionar somente as combinações que funcionarem no reconhecimento de antígenos (essa parte de seleção será vista mais a frente). 
É necessário que essas recombinações genéticas aconteçam no lugar certo, para que não haja combinações de segmentos V-V-J, V-J-J e etc. e que sim haja sempre combinações V-D-J. Isso é possível pois essas regiões que vão ser recombinadas têm sempre adjacentes a ela domínios chamadas RSS que não são codificantes, ou seja, não codificam proteínas, e eles servem para trazer em proximidade as regiões que precisam ser rearranjadas. 
RSSs têm duas sequencias específicas (nonâmeros e heptâmeros) e entre essas sequencias existe uma região que é chamada de espaçador. Esse espaçador pode ser de dois tipos: um com sequência de 23 aa. e outros com sequencias de 12 aa. RSS com espaçadores com 23 aa só reconhecem as de 12 aa. e isso evita que regiões iguais sejam ligadas. 
A razão principal para que só os linfócitos façam essa recombinação genética é que só eles têm as enzimas RAG1 e RAG2. São essas enzimas as responsáveis por juntar dois segmentos genéticos (V e J, por exemplo) e clivar o que está entre eles, inclusive as RSS. A RAG também irá formar um "grampo" para fechar o DNA. 
Após isso, a enzima DNA-PK irá clivar esse "grampo" aleatoriamente, que acarreta mais variabilidade, deixando uma ponta desse DNA solta. 
Agora a enzima TdT irá começar a adicionar nucleotídeos aleatoriamente. 
Por último haverá um processo de edição que irá juntar as fitas de DNA, formando um novo DNA. 
OBS: Três etapas dão mais variabilidade: 1) qual segmento V vai juntar com qual segmento J e etc; 2) O lugar onde a DNA-PK vai clivar o "grampo" que fará com que 3) a enzima TdT insira nucleotídeos em pontos diferentes. 
MHC e apresentação de antígeno
O complexo de histocompatibilidade principal ou MHC é dividido em dois tipos, o MHC de classe I (MHC-I), que é expresso em todas as células do corpo. E o MHC de classe II (MHC-II) que só é expressa por células apresentadoras de antígenos. A principal função dessa molécula é se ligar ao antígeno e apresenta-lo ao receptor TCR do linfócito T.
A expressão de MHC é bem variável pois ele é poligênico (vários gens codificam MHC) e polimorfo (grande número de variantes na população). Pessoas da mesma família vão apresentar MHCs diferentes, por exemplo. 
O linfócito T, para ser ativado, precisa que o antígeno junto com o MHC seja apresentado a ele. Na região de ligação entre o MHC e o peptídeo existem pontos (aminoácidos) onde este será ligado. Ou seja, o tipo de aa. que está ali determinará o tipo de peptídeo (antígeno) que se ligará. 
O MHC-I é formado por 4 domínios divididos em duas cadeias. Esses domínios são α-1, α-2, α-3 e β-microglobulina (que dá estabilidade à proteína e não varia). O MHC-II é formado por duas cadeias, uma α e outra β. Os peptídeos que se ligam ao MHC-II são maiores. 
MHC-I: Ativa linfócitos CD8. Se liga a peptídeos menores (de 8 a 10 aa) através de aminoácidos chamados âncoras. Peptídeos diferentes podem se ligar à mesma molécula de MHC por apresentarem pontos chaves semelhantes, ou seja, aa. com mesmas características (aromático, hidrofóbico e etc.).
MHC-II: Ativa linfócitos CD4. Se liga a peptídeos maiores (pelo menos 13 aa) pois tem uma abertura maior. Como os de classe I, uma molécula de MHC pode se ligar a diferentes peptídeos, mesmo que tenham tamanhos diferentes, contato que tenham pontos ancoras semelhantes. É por essa característica que o MHC, tanto I quanto II podem ativar uma quantidade enorme de linfócitos. 
 
Experimento de restrição à MHC: um rato é infectado por um virus e desenvolve uma resposta imune. Foram retirados linfócitos ativados específicos com o antígeno que foi injetado no rato.
Se essa célula for apresentada a uma célula da mesma linhagem infectada, ela mata. 
Se for apresentada a uma célula da mesma linhagem não infectada, ela não mata. 
Se for apresentada a uma célula de outra linhagem infectada com o mesmo vírus, ela também não mata.
Isso acontece pois o linfócito só reconhece o antígeno com o MHC do próprio organismo. Reconhecimento só do peptídeo ou só do MHC não gera resposta. 
Num transplante é preciso achar um doador que expresse MHC com a maior compatibilidade possível com o indivíduo transplantado. 
- Superantígeno: antígeno capaz de se ligar ao linfócito sem a presença do MHC e ativa-lo. Isso pode acarretar na ativação indiscriminada de linfócitos e causar uma inflamação sistêmica. 
Processamento de antígenos
Células apresentadoras de antígenos apresentam MHC de classe I e II e moléculas co-estimulatórias. 
MHC de classe I apresenta antígenos citosólicos e de classe II apresenta antígenos em vesículas. A origem determina qual a classe de MHC e isso determina que subpopulação de linfócitos T é ativado, portanto que resposta será gerada. 
O processamento é a etapa final que a célula faz antes da apresentação. Se uma célula CD8 aleatória é ativada, ela mata a célula infectada, já se for CD4 ela modula outras células através da produção de citosinas.
MHC I e II são formados no retículo e passam pelo golgi para serem expressos na superfície. As MHC-II pegam o antígeno nessa passagem do retículo pro golgi, já os MHC-I já saem do retículo ligados ao peptídeo que é citosolico. O MHC só é estável quando ligado ao peptídeo. 
Apresentação de antígeno via MHC-I
Temos no retículo, MHC-I sendo produzidas, sempre ligados a uma chaperona para que não seja degradada. Sem essa chaperona, o MHC só fica estável quando ligado ao peptídeo. Proteínas (antígenicas ou não) no citoplasma são degradadas por proteossomas em varíos peptídeos. Esses peptídeos são transportados para dentro do retículo endoplasmatico via TAP (essa molécula transporta preferencialmente peptídeos de 8 a 10 aa com resíduos hidrofóbicos ou básicos em C-terminal, que são características de peptídeos que tenham afinidade com MHC-I). Quando o peptídeo se liga o MHC (que esta no retículo) ela se desliga da chaperona. Após isso, atraves do golgi ela é transportada para a superficie onde irá interagir com linfócitos T CD8. 
Apresentação de antígeno via MHC-II
O MHC-II sai do retículo sem estar ligado ao peptídeo, e se liga à ele no caminho da seguinte forma:
 Ele sai do retículo associado a uma proteína chamada cadeia invariante, que assegura sua estabilidade e impede que o MHC se ligue à peptídeo antes da hora. Quando o MHC chega no endossomo, onde o meio é ácido, essa cadeia invariante é clivada deixando um pequeno peptídeo, CLIP, ainda ligado à molécula de MHC. O antígeno fagocitado são degradados em peptídeos e esse endossoma se junta ao endossoma que o MHC está. Mas CLIP ainda ta ligado e os peptídeos do antígeno não se ligam a ele. A molécula HLA-DM liga-se à molecula de MHC, liberando CLIP e permitindo a ligação deste com o peptídeo do antígeno. Após esse processo o MHC é apresentado na membrana para ativar linfócitos CD4. 
Apresentação cruzada
Antígenos em vesículas (endossoma) mas acabam sendo apresentados por MHC-I. Pode haver transporte da proteína da vesícula para o citoplasma. 
Muito importante na resposta contra vírus, já e CD8 é o linfocito citotoxico que irá matar a célula. 
Ativação de linfócitos T
Como dito anteriormente, para a ativação do linfócito T, precisa-se das células apresentadoras de antígenos apresentando peptídeo-MHC. As APCs são as células dendridicas, macrófagos e os linfócitos B. A melhor APC é a célula dendritica pois expressa MHC de forma constitutiva e em altas concentrações. Apresentam também, moléculas co-estimulatórias de forma constitutiva (CD80/86, por exemplo). O pH básico de seus fagolisossomos quebrao antígeno (proteína) aos poucos, apresentando-os aos poucos em seus MHCs, ou seja, é uma reserva duradoura de antígeno. 
Essas CD captam e fagocitam os antígenos e estão em várias partes do corpo. São ativadas quando recebem altos estímulos de PAMPs (LPS, ergosterol, peptidoglicano, etc) virando uma CD madura. Esse processo aumenta a expressão das moléculas (MHC e co-estimulatórias) já presentes na superfície e começam a expressar outras moléculas ainda não expressas como as adesivas (ICAM). Quando ocorre inflamação, os linfonodos jogam essas CD para o local inflamado, ou seja, está associado a uma resposta imune local. 
Para ativação do linfócito T, precisa-se da presença das APCs com o complexo MHC-Peptídeo, moléculas co-estimulatórias (CD28) e co-receptores de linfócitos T (CD4 ou CD8). CD4 e CD8 interagem com a região constante do MHC. 
Sinais para ativação do linfócito T:
O mais importante. Reconhecimento do complexo MHC-Peptídeo pelo TCR;
Reconhecimento de moléculas co-estimulatórias;
Esse sinal é importante para que os linfócitos T se polarizem, ou seja, adquiram determinados fenótipos. Será visto mais tarde. 
TCR é um complexo proteico formado pela cadeia α e β (como visto anteriormente) que expresso na superfície junto com um complexo proteico CD3. Esse complexo CD3 é capaz de transduzir sinais para a célula pois possuem cadeia dentro do citoplasma, diferente das cadeias α e β do TCR, por isso que essas cadeias sozinhas não teriam efeito biológico. 
Nesse complexo CD3 temos os ITAMs, que são domínios no citoplasma para a ativação celular. Esse ITAM é uma sequencia de 12 aa. sendo os 10 centrais aleatórios e o primeiro e ultimo tirosinas. Essas tirosinas são fosforiladas por quinases para fazerem a transdução de sinal. 
CD4 (co-receptor) recruta a enzima LCK (uma tirosina quinase) quando há o reconhecimento do MHC-peptídeo pelo TCR. Essa tirosina quinase (LCK) vai fosforilar os resíduos de tirosina nas ITAMs da CD3. Esses resíduos de tirosinas fosforiladas da CD3 interagem com a enzima ZAP70 (quinase) depois de elas próprias serem fosforiladas também pela LCK. Tudo isso ativa uma cascata de sinalização que vão ativar fatores transcricionais, como o NFκB, AP1 e nFAT (ativa a produção da citocina IL-2, que é a principal responsável pela proliferação dos linfócitos Th1) que culminará na ativação do Linfocito T.
Existem mecanismos de feedback para impedir a proliferação dos linfócitos T para impedir que a inflamação se prolongue. Isso acontece da seguinte forma: o linfócito T após a ativação começa a expressar moléculas inibitórias como o CTLA4 que é da mesma família do CD28, inibindo por competição a interação da CD28 com a CD80, pois sua afinidade com CD80 é maior que a da CD28, controlando o processo de ativação. 
Todo esse processo de ativação é um equilíbrio (competição) entre quinases (ativa) e fosfatases (inativa). A CTLA-4 tem domínios ITIM, que vão recrutar fosfatases que removerão os radicais PO4-, inativando as enzimas. 
Sinapse imunológica
Região de contato entre a célula T e a APC. Essas moléculas estão sempre organizadas de forma a permitir essa sinapse. Visto o linfócito T de cima existem “círculos”. A cSMAC são as moléculas do TCR e as co-estimulatórias altamente organizadas e a pSMAC é onde estão as moléculas adesivas segurando essas ligações. 
Polarização de Linfócito T CD4 (helper)
Linfócitos T CD4 tem muitos fenótipos e são chamados de Linfócitos T Helper (LnTh). Ao serem ativadas, as subpopulações de linfócitos T CD4 adquirem características diferentes. Existem quatro subpopulações que eles podem se diferenciar: Th1, Th2, Th17 (funções efetoras) e Treg (não faz resposta imune, ela ta no processo de regular a resposta imune das outras). 
Para que o linfocito T CD4 se diferencie e adquira o fenotipo efetor ele precisa da presença do sinal 3, dado por uma citocina presente naquele meio. Essas citocinas são produzidas por células do sistema imune que vão participar dessas funções efetoras. Elas vão induzir a expressão de genes máster de diferenciação. Somente a expressão de um deles é suficiente para a diferenciação em determinado fenótipo.
Th1
As principais citocina para que a diferenciação do linfócito Th seja para Th1 são o IFNϒ (interferon gama) e IL-2. 
A Th1 secreta principalmente IFNϒ. Essa citocina é extremamente microbicida. Macrofagos, por exemplo, que ingeriram bactérias intracelulares, quando ativadas por IFNϒ, são capazes de muito eficientemente matar essas bactérias, pois IFNϒ é um potente indutor de ROS. 
Th2
Induzida por IL-4 e também secreta IL-4. Essas citocinas se relacionam com alergias. A nível de pulmão é broncoconstrictora e induz a produção de muco. Essa resposta, que é alérgica, se acontecer na hora apropriada pode ser benéfica. Um exemplo é a expulsão de vermes no intestino, pois induz a contração da musculatura lisa e a produção de muco. 
Existem cinco tipos de imunoglobulinas (IgA, IgE, IgG, IgM e IgD). Respostas de Th2, mais especificamente, de IL-4, é o principal indutor para a troca de classes para IgE, que é extremamente aumentada em indivíduos alérgicos, pois degrada mastocitos que contem grânulos de histamina. 
Th17
Induzida por IL-6 e secreta IL-17 (participam diretamente da contenção de fungos e bactérias extracelulares) e IL-22. IL-17 é um potente recrutador de neutrófilos. Indivíduos que tem suscetibilidade à infecções fungicas tem defeitos na produção de IL-17. A IL-22 são citocinas responsáveis por reforçar barreiras epiteliais. Elas estimulam a célula do epitélio de determinados órgãos quando expostos a m-os e vai induzir uma ampla secreção de proteínas antimicrobianas, ou seja, alem de uma barreira física terá uma barreira química. 
TReg
Secretam muitas proteínas anti-inflamatórias. Podem conter, através do consumo de citocinas (IL-2, IL-4 e IL-6), a expansão das células Th1, Th2 e Th17. Interferem indiretamente com a ativação de APC via CTLA-4 e torna as moléculas co-estimulatórias indisponíveis. 
Funções efetoras de linfócitos T CD8 (citotóxicos)
T CD8 são capazes de reconhecer modificações antigênicas ou células infectadas por vírus. São ricas em grânulos que são ricos em perforina, que forma poros na membrana (simular ao MAC do complemento) e granzimas (disparadora de processo de apoptose da célula, que entram pelos poros feito pela perforina). 
Memória imunológica: Após um primeiro contato com o antígeno e a eliminação do mesmo, ficam algumas células de memória, moduladas em um segundo contato, logo a resposta vai ser mais rápida e mais eficiente. Todos os linfócitos tem essa memória. Ao gerar essas população de célula de memória, ficam duas populações principais: TCM (reservatório central) e TEM (efetora). 
TCM fica no linfonodo, quando tem uma segunda infecção essa TCM se prolifera em naus TCM e TEM.