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1. Qual carga elétrica global têm as moléculas de DNA e RNA e a que se deve? R/ A pH fisiológico ambas moléculas têm carga negativa. Esta propriedade se deve à presença de grupos fosfato, que constituem as ligações fosfodiéster entre nucleotídeos: 2. Qual é a sequência complementar a esta (a seguir) em uma cadeia de DNA? 5'-GGATTTTTGTCCACAATCA-3' 3'-CCTAAAAACAGGTGTTAGT-5' 3. No DNA de certas células bacterianas 13% dos nucleotídeos são Adenosinas. Qual a porcentagem dos demais nucleotídeos? R/. %T = %A = 13% ; C+G = 100 - 2.(13) = 74%; %C = %G = 74/2 = 37% 4. Uma molécula de RNA mensageiro (mRNA) pode conter esta sequência de bases ATTGACCCCGGTCAA? R/. A molécula de RNA contém Uracila (U) em lugar de Timina (T) na sua estrutura. Assim, a molécula apresentada não pode ter a sequencia de bases sugerida. Porém, alguns ribonucleósideos de rRNA ou tRNA podem ter ácido ribotimidílico (que constitui-se em um nucleotídeo formado por ribose, timina e ácido fosfórico), como por exemplo, a alça TYC do tRNA, que tem seu nome pela seqüência ribotimidina-pseudo-uridina-citosina: 5. O que significa o Dogma Central da Biologia Molecular? Explique. R/. O Dogma Central da Biologia Molecular indica que o fluxo de informação genética acontece na direção DNA--->RNA--->Proteína, mas não no sentido oposto. Envolve principalmente os fenômenos de replicação, transcrição e tradução. A importância do dogma central no entendimento da informação e função biológicas pode ser exemplificada no fato de que ele aborda os três tipos relevantes de moléculas, o DNA, o RNA e as proteínas, estabelecendo um fluxo de informação universal à vida como conhecemos. Adicionalmente, a efetivação da informação genética, através das proteínas, acarreta na construção e manutenção de outras biomoléculas, igualmente essenciais ao desenvolvimento da vida, como carboidratos e lipídeos (Verti, H., 2014). A replicação e a transcrição utilizam como molde o DNA. Entretanto, existem algumas enzimas que utilizam o RNA como molde para produzir DNA e para replicar o próprio RNA. Isso se deve à existência de alguns vírus que (retrovírus que infectam células eucariontes) possuem a enzima específica chamada de Retrotranscriptase Reversa. Esta enzima utiliza o RNA e não o DNA como molde para a reação de síntese. 6. Quantos cromossomas há em: - Célula procariótica; R/. A célula procarionte tem, geralmente, um cromossomo. Porém, tem sido observada a presença de cromossomos múltiplos em várias espécies bacterianas. A primeira evidencia desta propriedade foi descrita na bactéria Gram negativa Rhodobacter sphaeroides, a qual contem dois cromossomos de 3,1 Mb e 0,9 Mb (Suwanto, A., 1989). Outros exemplos sao: Brucella melitensis com dois (Del Vecchio, V. et al, 2002), Paracoccus denitrificans, com três (Winterstein, C. e Ludwig, B., 1998) e várias espécies do gênero Vibrio com dois cromossomos: V. cholerae, V. parahaemolyticus, V. vulnificus e V. fluvialis (Yamaichi, Y. et al., 1999). - Célula eucariótica; A célula eucarionte tem vários cromossomos, cada um é uma molécula de DNA dupla fita lineal. O número de cromossomos (n), é característico de cada espécie. Por exemplo: n=23 em humanos. A maioria das células são diploides, ou seja, têm dois cromossomos de cada tipo (mesmo tamanho e forma), com um total de 2n cromossomos. Poucas células, (como as gametas em animais superiores), são haploides (com um total de n cromossomos). - Mitocôndria; Uma mitocôndria tem várias cópias de o seu cromossoma circular. O número é variável. Cada cromossomo é uma molécula de DNA dupla fita. 7. O que são fragmentos de Okazaki? São fragmentos de DNA que contem, geralmente, entre 1000 e 2000 nucleotídeos, formados como resultado da síntese tardia de DNA no processo de replicação. Esses fragmentos são convertidos em fitas de DNA cada vez mais longas, de peso molecular mais alto, à medida que a síntese de DNA prossegue. A síntese descontinua de DNA requer enzimas que removam os iniciadores de RNA e unam os fragmentos de Okazaki em uma fita continua. A DNA polimerase I remove os iniciadores e substitui os nucleotídeos que faltam. A união desses fragmentos é tarefa da DNA ligase, que é capaz de catalisar a formação da ligação fosfodiéster que sela as falhas entre as fitas sintetizadas descontinuamente. 8. Indicar que produtos são gerados após digestão do fragmento de DNA (a seguir) com as seguintes enzimas de restrição: a) EcoRI (5') G/A-A- T-T- C (3'); b) AluI (5') A-G/C- T (3'); c) NotI (5') G-C/G- G-C- C-G- C (3'); d) 3 juntas. (5') AAGAATTGCGGAATTCGAGCTTAAGGGCCGCGCCGAAGCTTTAAA (3') (3') TTCTTAACGCCTTAAGCTCGAATTCCCGGCGCGGCTTCGAAATTT (5') R/. a) 5'-AAGAATTGCGG AATTCGAGCTTAAGGGCCGCGCCGAAGCTTTAAA-3' 3’-TTCTTAACGCCTTAA GCTCGAATTCCCGGCGCGGCTTCGAAATTT-5' b) 5'-AAGAATTGCGGAATTCGAG CTTAAGGGCCGCGCCGAAG CTTTAAA-3' 3'-TTCTTAACGCCTTAAGCTC GAATTCCCGGCGCGGCTTC GAAATTT-5' c) Não gera fragmentos. d) 5'-AAGAATTGCGG AATTCGAG CTTAAGGGCCGCGCCGAAG CTTTAAA-3' 3'-TTCTTAACGCCTTAA GCTC GAATTCCCGGCGCGGCTTC GAAATTT-5' 9. Indicar se as seguintes afirmações são corretas ou não, justificando as respostas: a) As nucleases de restrição clivam o DNA em sítios específicos que estão sempre situados entre os genes. b) O DNA migra durante a eletroforese até o eletrodo positivo. R/. a) É incorreto: As sequencias alvos das nucleases de restrição podem estar em qualquer parte do genoma. b) É correto, nas condições habituais de eletroforese, nas que o pH do gel é neutro ou básico (nessas condições a carga do DNA é negativa, devido à ionização dos grupos fosfato). Se a eletroforese se faz a pH suficientemente ácido, as moléculas de DNA poderiam não migrar (carga total zero), ou migrar até o eléctrodo negativo (carga total positiva). 10. Observe as seguintes frases e selecione posteriormente a resposta correta, justificando a escolha. (1) Em bactérias as duas fitas de DNA podem ser copiadas à medida em que se avança a forquilha de replicação; (2) Porque no replisoma existem duas DNA polimerases, uma que sintetiza a cadeia no sentido 3’-5’ e outra no sentido 5'-3’. A. todas estão corretas e (2) é a causa de (1); B. ambas estão certas, porém (2) não é a causa de (1); C. (1) está certa, porém (2) é incorreta; D. (1) é incorreta e (2) é certa; E. ambas são falsas R/ A resposta correta é a C. A frase 2 não é correta porque as polimerases presentes fazem a síntese do DNA sempre no sentido 5' ---> 3'.