Estudo Dirigido - Acidos Nucleicos e sintese proteica

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UNIVERSIDADE FEDERAL DO CEARÁ
CENTRO DE CIÊNCIAS
DEPARTAMENTO DE BIOQUÍMICA E BIOLOGIA MOLECULAR
INTRODUÇÃO À BIOQUÍMICA
Lista de exercícios
O que são nucleotídios e nucleosídios? 
Quais são as bases nitrogenadas purínicas e pirimidínicas e como ocorre o seu pareamento?
Como são formadas as ligações fosfodiésteres?
Como as propriedades das bases nitrogenadas afetam a estrutura tridimensional dos ácidos nucléicos?
Em 1953, Watson e Crick descobriram a estrutura do DNA, e em seu modelo eles propuseram que as fitas eram antiparalelas. O que isso significa?
Que forças contribuem para estabilização do DNA?
Uma propriedade importante do DNA é a capacidade de duas fitas complementares de DNA de espécies diferentes parear uma com a outra, formando dúplex híbridos. Como essa propriedade pode ser usada para relacionar o grau de similaridade entre as espécies? 
Descreva como se dá a iniciação da replicação em Escherichia coli.
Discuta as propriedades das topoisomerases.
Qual a principal função das helicases?
Se as duas fitas do DNA são complementares, como que elas se mantêm separadas no início da replicação?
Após separação das duas fitas, de que forma os primeiros nucleotídeos são inseridos?
Compare o papel das atividades exonucleásicas 5’(3’ e 3’(5’ da DNA polimerase I no metabolismo do DNA.
Que propriedades da DNA polimerase III fazem dela uma enzima mais apropriada do que a DNA polimerase I para executar as reações de alongamento durante a replicação do DNA?
Dê exemplos de sistemas de reparo do DNA em E. coli e comente, em linhas gerias, como eles acontecem.
Na replicação do DNA em procariontes, como se dá a replicação da fita molde 3’( 5’? 
De que forma a DNA ligase exerce sua função na replicação do DNA?
Em que os processos de replicação e transcrição se assemelham e em que eles se diferenciam?
O que são promotores? Qual o seu papel na transcrição?
Cite as características mais marcantes dos promotores de E. coli.
Estruturalmente, como é constituída a RNA polimerase de E. coli?
Qual a função da subunidade sigma da RnaA polimerase em E. coli? 
Descreva as etapas envolvidas na iniciação da transcrição em E. coli.
Que eventos representam a etapa de elongação da transcrição em E. coli? 
Como a transcrição em E. coli é finalizada?
Descreva o processamento do RNA mensageiro em eucariontes. 
Porque a remoção dos introns e a união dos exons nos transcritos primários precisa ser um processo acurado?
Quais as principais características do código genético?
Quais códons são de iniciação e de terminação?
Discuta o papel das aminoacil-tRNA sintetases na síntese de proteínas. 
A interação entre uma aminoacil-tRNA sintetase e um tRNA é dita ser um ‘segundo código genético’. Qual a razão para esta afirmativa?
Como se dá a formação do fMet-tRNAfMet?
Qual o papel da seqüência de Shine-Delgarno na síntese de proteínas em procariontes?
Na etapa de iniciação participam mRNA, N-formilmetionina-tRNA, códon de iniciação (AUG), ribossomos (subunidades 30S e 50S), fatores de iniciação IF-1, IF-2 e IF-3, GTP e Mg+2. Explique como cada um dos componentes citados participam da referida etapa.
De que consiste o complexo de iniciação?
Quais as funções dos fatores de alongamento Tu e Ts?
 Como é formada a ligação peptídica na etapa do alongamento?
Qual é a função da translocase ou EF-G?
Explique porque, quando um dos códons de terminação (UAA, UAG e UGA) ocupa o sítio ribossômico, a síntese de proteínas é terminada?
Descreva o mecanismo envolvido no endereçamento das proteínas para o retículo endoplasmático.