exercicio genetica

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1. As enzimas de restrição
a) Quebram ligações fosfodiester somente em posições opostas na fita dupla de DNA
b) Atuam especificamente sobre seqüências de bases com repetições em tandem.
c) Reconhecem sítios palindrômicos e retiram bases das duas fitas do DNA.
d) Ligam-se a sítios com espaçamento regular ao longo do DNA.
e) Clivam as duas fitas de DNA dentro de sítios palindrômicos.
 2. Os sítios de restrição
a) são mais frequentes em DNA viral.
b) são muito raros em DNA eucarioto.
c) ocorrem com uma frequência proporcional ao seu tamanho (em pb).
d) são tanto mais raros quanto maiores (em pb), em qualquer DNA.
e) podem conter trechos compostos pela repetição de uma única base.
  
3. Para  gerar com a enzima de restrição A fragmentos de DNA com tamanho maior do que os gerados com uma enzima B, como se deve proceder? Por que?
 
a) A enzima A deve agir à temperatura mais baixa que a enzima B, porque assim vai reconhecer sítios de restrição com baixa estringência e, consequentemente, com maior frequência, e portanto cortar o DNA em fragmentos maiores
b) A enzima B deve reconhecer sítios compostos de menor número de bases, porque desta forma os fragmentos gerados serão menores.
c) A temperatura na qual a enzima A atua deverá ser necessariamente maior do que a que B atua, independente do tamanho do sítio de restrição, porque a alta temperatura favorece a atividade enzimática e fará com que a enzima A corte com maior frequência e gere fragmentos menores.
d) Não é possível produzir fragmentos de restrição de tamanhos médios distintos, porque os sítios para qualquer enzima de restrição ocorrem ao acaso.
e) O sítio de restrição da enzima A deve ser maior do que o da enzima B, porque a probabilidade dele ocorrer no DNA alvo será menor do que o da enzima B, o que implica que a enzima A cortará menos frequentemente que a enzima B.
 4. As enzimas de restrição cortam o DNA em sítios específicos, criando:
a) Sempre extremidades coesivas, com bases despareadas que tendem a formar ligações covalentes com outros fragmentos de DNA cortados com a mesma enzima.
b) Extremidades cegas ou coesivas, que tendem a parear através de pontes de hidrogênio com extremidades complementares geradas com as mesmas enzimas.
c) Sempre extremidades coesivas, com bases despareadas que tendem a formar ligações covalentes com outros fragmentos de DNA cortados com a mesma enzima.
d) Extremidades cegas ou coesivas, tendendo as últimas a parear através de pontes de hidrogênio com extremidades complementares geradas com as mesmas enzimas.
e) Sempre extremidades cegas, que se unem a outras do mesmo tipo pela ação da ligase.
 5. Um plasmídeo de clonagem qualquer deve ter pelo menos certas características, resumidas abaixo, que facilitam a clonagem e permitem avaliar a qualidade das bibliotecas genômicas com ele construídas. São elas:
a) Um sítio de restrição único para determinada enzima, localizado na ORF de um gene de resistência a uma droga A, um segundo gene para resistência a uma droga B e uma origem de replicação.
b) Um promotor 5’ do inserto, um origem de replicação e um gene de resistência a droga.
c) Um trecho de DNA fita simples que possa parear com o cDNA a ser inserido, dois genes de resistência a droga e uma origem de replicação.
d) Um sítio múltiplo de restrição (MRS ou poly-linker), uma origem de replicação e um gene de resistência a drogas cuja ORF deve conter o MRS.
e)  Um promotor e um RBS, 5’ do inserto, que deve ser precedido de um códon ATG plasmidial, uma origem de replicação e um gene de resistência a drogas.
 6. A qualidade de uma biblioteca genômica é avaliada pela proporção de plasmídeos vazios (isto é, sem insertos), entre o conjunto de plasmídeos da biblioteca. Isto é feito:
a) Através do uso de sondas que reconhecem apenas o gene de resistência não interrompido pelo inserto e hibridizam com o DNA plasmidial em membrana de nylon.
b) Através do uso de sondas que reconhecem apenas o gene de resistência interrompido pelo inserto e hibridizam com o DNA plasmidial em membrana de nitrocelulose.
c)  Com o auxílio de PCR/RFLP, que detecta a perda dos sítios de restrição do MRS empregados na clonagem quando o inserto está inserido.
d) Com o auxílio de plaqueamento de uma alíquota da biblioteca em meio contendo o antibiótico cuja resistência está determinada pelo gene que contem o MRS (ou poly-linker), seguido de réplica em meio contendo o segundo antibiótico cuja resistência está determinada pelo plasmídeo.
e) Com o auxílio de plaqueamento de uma alíquota da biblioteca em meio contendo o antibiótico cuja resistência está determinada pelo gene que não contem o MRS (ou poly-linker), seguido de réplica em meio contendo o segundo antibiótico cuja resistência está determinada pelo plasmídeo.
 7. A triagem (screening) de uma biblioteca genômica costuma empregar:
 a) Anticorpos que reconhecem proteínas recombinantes produzidas pela célula hospedeira, fixando-se sobre as colônias em placas contendo meio nutriente sólido.
b) Sondas de DNA que hibridizam com o inserto do plasmídeo, em membrana de nylon obtida como réplica de placa de Petri contendo colônias de bactérias.
c) PCR de colônia e análise das sequências dos produtos.
d) Clivagem do inserto de cada colônia por enizmas de restrição e análise do tamanho do fragmento em gel (northern blot).
e)  Sondas de RNA que hibridizam com os mRNAs produzidos pelas colônias e que foram previamente capturados por blot em membrana de nylon.
 8. Duas bibliotecas genômicas de excelente qualidade foram construídas no mesmo vetor, com as mesmas enzimas de restrição, mas provenientes uma de tecido epitelial de feto humano e a outra de baço de um paciente com esquistossomose mansônica. Podemos afirmar que:
 a) As duas bibliotecas contêm essencialmente o mesmo conjunto de genes, porque no processo de construção delas as regiões intergênicas foram eliminadas.
b) A biblioteca de baço conterá necessariamente genes do parasita Schistosoma mansoni.
c) As duas representam da mesma forma o genoma do ser humano.
d) A biblioteca de baço é maior que a do epitélio fetal, por se tratar de um indivíduo adulto.
e) A biblioteca de epitélio fetal é maior do que a de baço, pois um maior número de genes expressos ocorre no tecido em diferenciação.
 9. Sobre o passo 2 da figura 1 podemos afirmar :
a) O primer poli-T anela com a extremidade 5’ do mRNA.
b) A DNA polimerase I copia o mRNA e faz a primeira fita (cDNA).
c) O tamanho do cDNA dependerá do momento em que a transcriptase reversa encerrar seu trabalho
d) A extremidade 3’ do cDNA recém-sintetizado deverá necessariamente conter o códon ATG de iniciação da síntese proteica do eucarioto.
e) Haverá sempre ao menos um trecho da ORF original do mRNA eucarioto copiado em DNA.
 
10. Sobre o passo 5 da figura 1 podemos afirmar:
a) As sequências repetidas nas extremidades da fita dupla de DNA representam as regiões teloméricas do cromossoma
b) As sequências repetidas nas extremidades da fita dupla de DNA são adaptadores para uma enzima de restrição, adicionados após a síntese da segunda fita e colados ao DNA pela ligase.
c) As sequências repetidas nas extremidades da fita dupla de DNA representam adaptadores para uma enzima de restrição, sintetizados in vitro pela telomerase.
d) As sequências repetidas nas extremidades da fita dupla de DNA servirão para a clonagem bidirecional do cDNA
e) As sequências repetidas nas extremidades da fita dupla de DNA permanecem no DNA plasmidial depois da clonagem.
 11. Numa biblioteca de cDNA construída em plasmídeo de expressão, a produção de proteína recombinante a partir do inserto
a) É rara porque poucos insertos representam genes expressos no organismo original
b) É rara porque as proteínas heterólogas são geralmente degradadas pelas proteases das hospedeiras.
c) Ocorre para todos os insertos, desde que a clonagem tenha sido unidirecional.
d) Ocorre para cerca de 30% dos insertos, desde que a maior parte dos clones contenha ORFs dos mRNAs originais e que a clonagem tenhasido feita unidirecionalmente.
e) Ocorre em 1 clone a cada seis, em média, porque há 3 quadros de leitura possíveis e dois sentidos de inserção do cDNA nas clonagens unidirecionais.
 12. As bibliotecas de cDNA em geral
 a) Representam todos os genes expressos em um organismo
b)  Representam todos os genes expressos em um tecido ou conjunto de células
c)   Representam o elenco de genes expressos pelo conjunto de células empregado na extração de mRNA.
d)   Representam o elenco de genes do conjunto de células empregado na extração de mRNA.
e)   Representam o elenco de genes expressos pelo conjunto de células empregado na extração de mRNA, no momento imediato que antecedeu à extração do RNA mensageiro.
 13. A ausência de atividade revisora 3’-5’ da Taq polimerase in vitro implica
a)  Na presença constante de erros de sequência nos fragmentos de DNA gerados pela PCR, que leva à formação de bandas de peso molecular discrepante, o que permite em geral a produção de uma banda relativamente espessa em gel de agarose ou mesmo duas ou mais bandas de intensidades distintas.
b) Na possibilidade de que uma parte detectável (25% ou mais) de sequências amplificadas tenha uma base erroneamente copiada do segmento de DNA original, desde que o erro de cópia tenha sido gerado nos primeiros dois ciclos da PCR.
c) Na incorporação de bases anômalas em pelo menos alguns fragmentos amplificados, o que leva  ao pareamento errôneo dos primers e interrupção da reação de PCR.
d) Na necessidade de se fazer mais que 20 ciclos de amplificação, número suficiente em teoria para se alcançar 1 milhão de cópias de DNA, prara compensar a não amplificação dos fragmentos de DNA com bases errôneas.
e) No insucesso da maior parte das reações de PCR.
 14. O ciclo térmico básico da PCR inicia-se a uma certa temperatura, prossegue para outra e finalmente vai para uma terceira, quando então recomeça, por pelo menos 25 vezes. Quase estas temperaturas (na ordem descrita acima) e o que ocorre nelas?
 
a)  56oC – pareamento dos primers; 96oC – extensão de fita pela Taq; 72oC – desnaturação da fita dupla.
b)  96oC - desnaturação da fita dupla; 56oC – pareamento dos primers; 72oC – extensão de fita pela Taq
c)  96oC - desnaturação da fita dupla; 72oC – pareamento dos primers; 56oC – extensão de fita pela Taq
d)  72oC – pareamento dos primers; 56oC – extensão de fita pela Taq; 96oC - desnaturação da fita dupla.
e) 96oC - desnaturação da fita dupla; 72oC – extensão de fita pela Taq; 56oC – pareamento dos primers.
 15. Se a menor temperatura de um ciclo de PCR for reduzida de 56oC para 45oC, o que provavelmente ocorrerá? Por que?
a) A reação não se processará devido ao esgotamento dos primers através de hibridizações múltiplas não específicas
b) A banda observada no gel terá menor peso molecular porque a Taq polimerase trabalhará mais lentamente.
c) Outras bandas poderão aparecer no gel como resultado de hibridizações dos primers com novos sítios, com baixa estringência.
d)  A banda formada terá maior peso molecular devido à reação anômala da Taq polimerase, que incorpora resíduos de adenina a baixa temperatura.
e) Não serão formadas bandas porque com a queda da temperatura abaixo de 50 oC o DNA se renatura por inteiro e impede a nova hibridização de primers.
 16. Na figura 2 abaixo está representado o trecho de um plasmídeo de expressão típico, que permite também o sequenciamento do DNA inserido. Do esquema pode-se inferir que:
a) (8) representa a 3´ UTR do procarioto.
b) (4) representa a sequência de Shine-Delgarno.
c)  (2) e (9) representam os sítios de restrição para as enzimas empregadas na clonagem.
d) (7) representa parte da ORF do cDNA eucarioto clonado
e) A parte mais escura do cilindro (15) representa o componente eucarioto da proteína quimérica.
 17. Ainda na figura 2 abaixo,  pode-se inferir que:
a) 0s fragmentos de DNA gerados pelo sequenciamento 3´ do trecho representado conterão quase sempre o trecho não traduzido do cDNA eucarioto.
b) (12) contém apenas o trecho da ORF inicial do gene original do plasmídeo.
c)  (2), (3), (6) e (11) representam o promotor, o operador, o sítio para uma enzima de restrição empregada na clonagem e a região terminadora da transcrição.
d) (13) representa aORF completa do cDNA eucarioto
e) o sequenciamento de DNA a partir de 5´ nunca alcança a região (8) porque a ORF do cDNA clonado é sempre muito longa.
 18. Você foi convidado a clonar e sequenciar um gene da ararinha azul, mas o material disponível desta espécie é muito escasso para a construção de uma biblioteca genômica ou de cDNA. Mas as seqüências completas do gene em questão, em outras aves, já estão disponíveis no GenBank. Como você deverá proceder?
a) Deverá produzir uma biblioteca de cDNA de uma ave filogeneticamente próxima, procurar clones positivos com o anticorpo da ararinha e sequenciar todos os clones positivos.
b)  Fazer um PCR com primers que hibridizem com regiões conservadas entre os vários genes homólogos de outras aves, e sequenciar os produtos.
c)  Fazer o RAPD com DNA da ararinha, fixar o material em membrana de nylon e capturar os segmentos de DNA de outras espécies de pássaros sobre a membrana. Eluir os fragmentos capturados, clonar e sequenciar.
d) Montar os contigs de fragmentos de RAPD gerados a partir de DNA de ararinha, sequenciando diretamente as bandas a partir de material eluído do gel.
e) É impossível atingir este objetivo.
 19. A produtividade dos campos de atuns na costa do Nordeste tem diminuído muito. Desconfia-se que a pesca predatória no Sul do país seja a responsável por isto, mas os peixes provêem também de campos no Caribe. Como você avaliaria a composição e a origem dos atuns do Nordeste?
a) Por PCR, procuraria determinar a presença de STRs característicos destas duas populações, porque os STRs são marcadores extremamente polimórficos.
b)  Construiria duas bibliotecas genômicas, a partir de dois pools de animais, do Caribe e do Sul do país, procuraria clones em cada uma delas com sondas obtidas a partir de genes de peixes do Nordeste. A bibliotecque gerasse mais clones seria dos peixes que deram origem ao plantel nordestino.
c)  Faria RAPDs de pelo menos 20 exemplares de cada região de origem provável, procuraria estabelecer um padrão de bandas distinto para cada uma destas duas regiões e em seguida examinaria pelo menos 100 peixes capturados no Nordeste. A semelhança do padrão individual de cada peixe, com os padrões sulista ou caribenho, determinaria a origem dos peixes e a composição relativa de cada origem.
d)  Imunizaria camundongos com extratos de células dos peixes do Caribe e do Sul, e com os anticorpos procuraria obter clones de uma biblioteca produzida a partir de peixes do Nordeste. O anticorpo que produzisse mais clones positivos indicaria a origem provável dos peixes na costa nordestina.
e) Produziria uma sonda de DNA a partir de DNA total de peixes do Caribe (por marcação aleatória de fragmentos de DNA) e outra a partir de peixes do Sul, e empregaria estas sondas para avaliar a intensidade de hibridização com o DNA de peixes (individualmente) do Nordeste. As reações mais intensas indicariam a origem e a composição relativa.
 Figura 1 (abaixo): construção do cDNA para clonagem unidirecional.
 
  
Figura 2 (abaixo)
Gabarito para as 19 questões acima
 
	1
	E
	2
	D
	3
	E
	4
	D
	5
	A
	6
	E
	7
	B
	8
	C
	9
	C
	10
	B
	11
	D
	12
	E
	13
	B
	14
	B
	15
	C
	16
	D
	17
	A
	18
	B
	19
	C
	 
	 
 
1.       Marque as propriedades do DNA e de sua replicação que você julga vantajosas para a função do DNA como depósito da informação genética.
        Trechos de replicação contínua e descontínua numa mesma fita
        Pareamento obrigatório purina-pirimidina
        Empacotamento de bases
        Formação de dímeros de timina pela exposição ao ultravioleta curto
        Tautômeros de base
 
2.       Por que os primers na replicação de DNA in vivo não podem ser de DNA?
a.           Porque são muito curtose as DNA polimerases só sintetizam fragmentos grandes
b.           Porque devem ser feitos no sentido 3´-5´ e as DNA polimerases não podem fazer isso
c.           Porque não há extremidade 3´-OH disponível para síntese de DNA
d.           Porque o heterohíbrido é mais fácil de ser retirado depois de completada a fita descontínua
e.           Porque só ocorrem na fita descontínua
 
3.        Qual das opções abaixo não representa um sistema comum de controle de expressão gênica?
a.           Microssatélites
b.           Transformação B/Z
c.           Metilação CpG
d.           Ativador (enhancer)
e.           Sequência do promotor
 
4.       Se adicionarmos lactose ao meio de cultura onde crescemos uma E. coli mutante na qual o repressor lac é insensível à lactose, o que ocorrerá e por que?
a.           A lactose será imediatamente quebrada porque o repressor estará sempre inativo
b.           A lactose irá induzir a expressão do repressor
c.           A lactose irá reprimir a expressão do repressor
d.           A lactose não será utilizada porque o repressor não se desligará do operador
e.           A lactose em excesso irá matar a bactéria
 
5.       Atenuação é um mecanismo
a.           pós-traducional de redução da atividade enzimática
b.           existente apenas em eucariotos, e que reduz a velocidade do splicing
c.           presente nos genes constitutivos mais conservados na evolução
d.           extra de controle da expressão gênica, pelo qual níveis muito reduzidos de um indutor ou repressor são percebidos
e.           comum nos operons catalíticos e que reduz a expressão dos genes induzidos se houver glicose no meio
 
6.       Os sítios de restrição
a.           são mais frequentes em DNA viral.
b.           são muito raros em DNA eucarioto.
c.           ocorrem com uma frequência proporcional ao seu tamanho (em pb).
d.           são tanto mais raros quanto maiores (em pb), em qualquer DNA.
e.           podem conter trechos compostos pela repetição de uma única base.
 
7.       Quanto ao genoma e ao proteoma de uma célula procariota, podemos admitir que
a.           Haverá mais genes que polipeptídeos porque não há splicing alternativo e existirão sempre genes para rRNA e tRNA
b.           O proteoma será maior que o genoma devido aos processos de modificação do transcrito primário antes da tradução pelo ribossomo
c.           O proteoma será menor do que o genoma devido à ausência de genes repetidos no genoma
d.           Haverá menos genes que polipeptídeos devido à formação de complexos protéicos de várias sub-unidades diferentes
e.           O proteoma será variável e pode ser maior ou menor do que o genoma, em função das necessidades da célula no momento da análise
 
8.       Algumas vezes a expressão de um gene de um organismo em outro é prejudicada pelo uso particular de códons, distinto entre os dois organismos. Como isso pode ocorrer, se o código genético é universal?
a.           Porque os anticodons dos tRNAs podem ser diferentes nas espécies em questão
b.           Porque o que está em jogo é uma preferência muito grande por certo codon para um determinado aminoácido, que pode ser distinta entre as espécies
c.           Porque os códons sinônimos nem sempre são os mesmos em diferentes organismos
d.           Porque os organismos sempre tem um ou mais aminoácidos anômalos na composição de suas proteínas
e.           Porque o códon não é sempre compreendido pela maquinaria de tradução quando o mRNA vem de espécies distintas
 
9.       Preciso construir uma biblioteca genômica de um organismo que tem 10 vezes mais DNA genômico que o ser humano e quase a metade do número de genes. O que não devo fazer e por que?
a.           Cortar o DNA com enzimas de restrição, porque o número de fragmentos passíveis de serem clonados seria grande demais
b.           Cortar o DNA mecanicamente, porque os fragmentos gerados seriam grandes demais
c.           Cortar o DNA com enzimas de restrição, porque o tamanho dos fragmentos gerados seria grande demais  (Duas opções possíveis, qualquer uma está OK)
d.           Cortar o DNA mecanicamente, porque não se cortariam os trechos com repetições que fatalmente ocorreriam neste genoma
e.           Cortar o DNA com enzimas de restrição, porque elas não cortariam os trechos com repetições que fatalmente ocorreriam neste genoma
 
10.    Empregando anticorpos contra a histona 1 de Glossina morsitans, uma mosca sugadora de sangue, isolei de uma biblioteca de cDNA de epitélio do tubo digestivo de uma mosca desta espécie, mantida em insetário, três clones representando distintos fragmentos de um gene com alta similaridade com histona humana. O que pode ter ocorrido com maior probabilidade?
a.           Os clones representam genes da mosca transferidos horizontalmente de um mamífero para seu genoma
b.           Os clones representam pseudogenes da mosca mais semelhantes a genes humanos do que os genes de histona funcionais do inseto
c.           Os anticorpos identificaram clones expressando histonas do mamífero empregado para alimentar as moscas
d.           Os anticorpos identificaram clones que expressam histonas de mamífero que foram absorvidas na dieta do inseto
e.           As histonas do mamífero se ligam ao tubo digestivo e são ligadas por anticorpos no momento da extração do mRNA
 
11. Na figura abaixo está representado o trecho de um plasmídeo de expressão típico, que permite também o sequenciamento do DNA inserido. Do esquema pode-se inferir que:
a.           (8) representa a 3´ UTR do procarioto.
b.           (4) representa a sequência de Shine-Delgarno.
c.           (2) e (9) representam os sítios de restrição para as enzimas empregadas na clonagem.
d.           (7) representa parte da ORF do cDNA eucarioto clonado
e.           A parte mais escura do cilindro (15) representa o componente eucarioto da proteína quimérica.
 
12. Ainda na figura abaixo,  pode-se inferir que:
a.           0s fragmentos de DNA gerados pelo sequenciamento 3´ do trecho representado conterão quase sempre o trecho não traduzido do cDNA eucarioto.
b.           (12) contém apenas o trecho da ORF inicial do gene original do plasmídeo.
c.           (2), (3), (6) e (11) representam o promotor, o operador, o sítio para uma enzima de restrição empregada na clonagem e a região terminadora da tradução.
d.           (13) representa a ORF completa do cDNA eucarioto
e.           o sequenciamento de DNA a partir de 5´ nunca alcança a região (8) porque a ORF do cDNA é sempre muito longa.
13.  A figura abaixo mostra o resultado em gel de um experimento onde empregamos a técnica conhecida como PCR-RFLP para diagnosticar um indivíduo como portador são de uma enfermidade genética recessiva. MPM, n e m significam, respectivamente, marcador de peso molecular, alelo normal e alelo mutante. As letras a, b e c representam os resultados obtidos, respectivamente, para:
a.          portador. normal homozigoto e afetado
b.          normal homozigoto, portador e afetado
c.           afetado, normal homozigoto e portador
d.          normal homozigoto, afetado e portador
e.          portador, afetado e normal homozigoto
 
14. Se, no experimento anterior, o sítio de restrição fosse criado pela mutação, esperaríamos que o portador são da mutação
a.          tivesse o mesmo padrão de bandas do caso anterior
b.          tivesse um padrão de bandas inverso ao caso anterior
c.           tivesse apenas 1 banda
d.          tivesse apenas 2 bandas
e.          fosse indistinguível do afetado em termos de padrão de bandas
 
15. Se a menor temperatura de um ciclo de PCR for reduzida de 56oC para 45oC, o que provavelmente ocorrerá? Por que?
a.          A reação não se processará devido ao esgotamento dos primers através de hibridizações múltiplas não específicas
b.          A banda observada no gel terá menor peso molecular porque a Taq polimerase trabalhará mais lentamente.
c.           Outras bandas poderão aparecerno gel como resultado de hibridizações dos primers com novos sítios, com baixa estringência.
d.          A banda formada terá maior peso molecular devido à reação anômala da Taq polimerase, que incorpora resíduos de adenina a baixa temperatura.
e.          Não serão formadas bandas porque com a queda da temperatura abaixo de 50 oC o DNA se renatura por inteiro e impede a nova hibridização de primers.
 
 
5. No operon lac
a) a presença de lactose no meio ativa o repressor, produto do gene i.
b) a produção de beta-galactosidase precede a produção das demais enzimas do operon
c) o vazamento garante a produção do repressor, pela desrepressão de seu operador no gene i
d) a entrada de lactose na célula, indispensável para desreprimir o operon, é mediada por uma produção basal de permease
e) a quantidade de cada uma das enzimas produzidas é a mesma
 
6. A troca dos códons de triptofano por códons de lisina na região 1 da sequência líder do operon triptofano
a) faria com que a atenuação fosse sensível aos dois aminoácidos, triptofano e lisina
b) faria com que a atenuação fosse sensível apenas ao triptofano
c) faria com que a atenuação fosse sensível apenas à lisina
d) é impossível porque o operon não tem códons para triptofano
e) faria com que a atenuação se tornasse insensível aos dois aminoácidos
 
7. A mutação representada pela retirada de uma base na ORF de um gene leva, em geral:
a) à produção de uma proteína de igual comprimento, mas com outros aminoácidos, a partir da base retirada
b) à produção de uma proteína mais curta e com outros aminoácidos, a partir da base retirada
c) à completa interrupção da síntese do produto gênico
d) à perda de controle pelo repressor
e) ao aparecimento de uma forma isoenzimática do produto gênico
 
8. A clonagem unidirecional só é possível:
a) se fragmentarmos o DNA apenas com uma enzima de restrição
b) com DNA genômico
c) se o sítio de clonagem do vetor tiver pelo menos dois sítios para enzimas de restrição distintas
d) se empregarmos caudeamento do fragmento de DNA
e) se empregarmos um vetor fágico
 
9. Num teste de individualidade para seres humanos
a) vejo sempre duas bandas para cada indivíduo
b) excluo uma  pessoa apenas se as duas bandas estiverem ausentes no teste
c) incluo uma pessoa se tiver pelo menos uma banda presente no teste
d) vejo no máximo duas bandas para cada indivíduo
e) não posso empregar sêmen
 
10. Se, num PCR, empregarmos 3 primers, um anelando à esquerda de um gene e dois à direita, numa distância de 450 pb e 45.000 pb, o que veremos provavelmente ao final do ensaio?
a) uma banda correspondente ao fragmento maior, que irá consumir os dNTPs do ensaio
b) duas bandas, correspondentes aos dois fragmentos gerados
c) várias bandas, devido à fragmentação do DNA do fragmento maior
d) 6 bandas, correspondentes à combinação de 3 primers 2 a 2
e) uma banda correspondente ao fragmento menor
 
11. Descreva detalhadamente a estrutura do promotor bacteriano para o fator sigma70.
 
12. Explique de que forma o nível de glicose controla o operon lac.
 
13. Como é feita a avaliação da qualidade de uma biblioteca de cDNA num vetor de expressão, que tem o sítio de clonagem dentro do gene lacZ?
 
14. Faça um diagrama e descreva o uso da PCR e de enzimas de restrição para evidenciar a presença de um alelo mutante num portador são (considere o organismo diplóide).
 
15. Como você faria para produzir a parte carboxi-terminal de uma proteína de uma parasita que se encontra no sangue de um primata, empregando técnicas de DNA recombinante?
 
 
Respostas:
 
 
	1
	D
	2
	E
	3
	D
	4
	A
	5
	D
	6
	C
	7
	B
	8
	C
	9
	D
	10
	E
11. O promotor bacteriano (de E. coli) reconhecido pelo fator 70 é caracterizado pela presença de duas caixas de 6 bases cada, cujas sequências são conservadas entre muitos promotores. Tomando a base onde se inicia a transcrição como base +1, a primeira destas caixas, e a mais conservada, situa-se numa posição média em torno da base -10 e é rica em bases A e T. Esta caixa é chamada de caixa TATA ou caixa de Pribnow. Mais à montante (5') dela, em torno da posição -35, há uma segunda caixa de consenso, rica em G e C, chamada caixa -35. Embora a sequência das duas caixas obedeçam a um consenso (são chamadas sequências consenso às sequências médias obtidas pelo alinhamento de muitas sequências de igual função), as bases entre as caixas e acima e abaixo delas podem variar muito entre os promotores. A distância entre as caixas, contudo, não pode variar. É um caso típico onde distância representa informação, o que é comum na biologia molecular. Considera-se que o promotor se estende desde a posição -45 até a posição + 5, compreendendo a região protegida pela RNA polimerase contra DNAses adicionadas ao sistema quando esta enzima se liga ao DNA (num experimento chamado footprint ou pegada).
OBS.: não foi pedido que se descrevesse de que forma o fator sigma se liga ao promotor.
 
12. A presença de glicose mantém baixos os níveis de cAMP, um sinalizador da "fome" celular. Nesta situação, a proteína CAP não se associa ao cAMP e, portanto, não tem a capacidade de se ligar ao promotor lac (em torno da posição -45) e converter o promotor fraco em promotor forte. Ainda nesta situação, portanto, a produção de mRNA a partir do promotor, mesmo na presença de lactose (e na consequente ausência de repressor lac ativo), é pequena.
    Quando a glicose é totalmente consumida e os níveis de energia da bactéria são reduzidos, aumenta a concentração citosólica de cAMP. Este se associa à proteína CAP e o complexo CAP-cAMP se liga ao promotor lac, convertendo-o em um promotor forte. Nesta nova situação, se houver lactose no meio de cultura, haverá uma produção maciça de mRNA para os três produtos do operon: beta-galactosidase, permease e transacetilase. Em síntese, a glicose, modulado a força do promotor, aumenta ou diminui os níveis induzidos de produção dos mRNAs das três enzimas do operon lac, via ligação do complexo CAP-cAMP à região -45 do promotor.
 
13. Uma pequena alíquota da biblioteca é plaqueada é meio de cultura contendo o antibiótico para o qual o plasmídeo confere resistência, e contendo ainda dois reagentes: o IPTG, indutor do operon lac e o x-gal, análogo da lactose que muda de cor quando é quebrado pela enzima beta-galactosidase, do transparente para o azul. As  bactérias com plasmídeos vazios (isto é, que não contêm inserto) terão o gene lacZ funcional, portando produzirão beta-galactosidase e gerarão uma colônia azul no meio indicador descrito acima. As bactérias recombinantes, ao contrário, gerarão colônias transparentes (ou brancas). Uma boa biblioteca deve ter uma maioria de colônias brancas.
 
14. Suponhamos que um indivíduo tenha , num alelo de um certo gene, uma mutação que suprima um sítio de restrição para a enzima de restrição X.  A figura abaixo mostra esta situação. Poderemos desenhar dois primers que vão parear a distâncias diferentes à esquerda e à direita do sítio onde se acha a mutação (A). Quando amplificamos os fragmentos, os produtos de PCR terão o mesmo tamanho (B), mas após a digestão com a enzima de restrição que corta o sítio indicado em preto na parte A da figura (que é exatamente onde stá a mutação), somente o alelo selvagem será cortado (C). Ao separar estes produtos por eletroforese, serão visualizadas 3 bandas, indicando que o indivíduo é o portador são de um alelo mutante.
 
15. Há duas abordagens possíveis:
a) na primeira, amplificamos por PCR um trecho de um gene de interesse, procurando para tal genes semelhantes já descritos em parasitas taxonomicamente próximos e desenhando primers adequados para amplificar a região carboxi-terminal de interesse. Poderíamos tentar a amplificação diretamente do DNA extraído de um pouco de sangue infectado. O produto do PCR será então purificado do gel e clonado num vetor de expressão.
Rigorosamente, teríamos que sequenciar este inserto, para saber se de fato corresponde àquilo que estávamos esperando(por analogia de sequência de aminoácidos prevista com genes conhecidos em outros organismos). Mas não era preciso dizer isto na prova.
b) a outra opção, mais elaborada, partiria da purificação prévia de alguns microgramas de parasita do sangue do primata (provavelmente precisaríamos de mais de 1 litro) e extrairíamos o mRNA destes parasitas. Com este mRNA construiríamos uma biblioteca de cDNA e, a partir dela, poderíamos empregar qualquer clone que estivesse expressando uma proteína. Como as bibliotecas são construídas, numa primeira etapa, pelo uso da transcriptase reversa, fatalmente todos os clones conterão as extremidades carboxi-terminal das proteínas. Seria conveniente, contudo, sequenciar os insertos dos clones escolhidos.