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EPM Resumo: Biologia molecular Lucas Arraes (box) – 84 Índice Código genético, DNA e cromossomos …………………........……………........….... 03 Replicação do DNA …………………………………………………………………..……. 11 Reparo do DNA ……………........................................………………………….....….... 16 Estudo dirigido I: DNA, replicação e reparo ………….....……………………....……. 23 Transcrição …………………………………….............................................….....….... 30 Controle da expressão gênica ………………………………………………...…..……. 36 • Em procariotos ................................................................................................ 36 • Em eucariotos ................................................................................................. 41 Tradução e controle pós-traducional ……....………………………………….....….... 45 Estudo dirigido II: Transcrição, tradução e controle de expressão gênica ..……. 50 Técnicas de biologia molecular aplicadas na prática médica ……………………... 54 Glicoconjugados ………………………………………………...…..……....................... 58 • Glicoproteínas ................................................................................................. 59 • Proteoglicanos ................................................................................................ 64 • Glicolipídeos ................................................................................................... 68 Lisossomos e degradação de glicoconjugados …...................…………….....….... 72 Citoesqueleto ………………………........…………………………………………..……. 78 Transporte vesicular e mecanismos de endocitose e exocitose …....................... 85 Matriz extracelular …...................................................................…………….....….... 91 • Estudo dirigido ................................................................................................ 91 • Casos clínicos ................................................................................................. 97 Sinalização celular ……………........…………………………………………..….....…. 102 Ciclo e morte celular …................................................................…………......….... 107 Mecanismos de transformação neoplásica ……………….....………………..……. 114 Introdução à hemostasia e trombose …...................……………....................….... 117 Coagulação sanguínea e doenças relacionadas ……………………..……..……... 122 Agentes anticoagulantes ….......................................................……………....….... 124 Antiagregantes plaquetários ………........…………………......………………..……. 127 Fibrinólise e agentes trombolíticos .......…...............……………....................….... 129 Casos clínicos de sangramento …............................................……………....….... 132 Casos clínicos de trombose ………........…………………........………………..……. 134 Código genético, DNA e cromossomos Estrutura e função do DNA: ● DNA e expressão gênica em eucariotos ○ DNA (informação) → transcrição → mRNA → tradução → proteínas (função) ○ genes são os elementos que contêm informações que determinam características de uma espécie como um todo e de cada indivíduo. ○ Cromossomos foram descobertos no século XIX como estruturas em forma de cordão do núcleo das células eucarióticas que se tornavam-se visíveis quando a célula começa a se dividir. ○ a informação genética contida no DNA consiste, principalmente, em instruções para produção de proteínas, que atuam na maioria das funções celulares. ○ As proteínas que compõe os cromossomos atuam principalmente para compactar e controlar as enormes moléculas de DNA ● Modelo Watson-crick ○ modelo tridimensional para a estrutura do DNA ○ duas cadeias de DNA complementares, anti-paralelas formam uma dupla-hélice com rotação no sentido anti-horário. ○ região externa → ligação fosfodiéster (OH livre + fosfato) → forma “esqueleto do DNA” ○ ligação entre as bases (pontes de hidrogênio) ligam as duas fitas ○ terminal 5’ → fosfato ; terminal 3’--> OH livre 3 ● Características do DNA ○ a molécula de ácido desoxirribonucleico consiste em duas longas cadeias polinucleotídicas ○ dupla hélice → observado por difração de raio-x (cristalografia) ○ unidade monomérica → nucleotídeo → fosfato, pentose e base nitrogenada ○ apenas as bases diferem entre um nucleotídeo e outro, já o fosfato e a pentose são sempre iguais e formam o “esqueleto” do DNA. ○ Bases do DNA (existem cerca de 10 bases por volta da fita de DNA) ■ Bases púricas (formada por dois anéis) ● A → adenina ● G → guanina ■ Bases pirimídicas (formada por um anel) ● T → timina ● C → citosina ■ no DNA, o pareamento por pontes de hidrogênio é feita entre A com T (2 ligações de hidrogênio) e C com G (3 ligações de hidrogênio), isso torna o arranjo mais favorável energeticamente, é importante para complementariedade e processos como replicação e reparo. ○ o enrolamento das duas fitas cria fendas na dupla-hélice → fendas maior e menor → ligação de proteínas (reconhecimento) ○ Famílias de domínios ligantes a DNA → favorecer ou inibir processos de transcrição ○ na metáfase, o DNA está bastante condensado e na interfase ele está muito descondensado (cromatina). 4 Código genético: ● Genes → segmento de uma cadeia do DNA capaz de codificar uma proteína ou polipeptídeo. ○ a sequência linear de nucleotídeos de um gene deve, de alguma forma, ditar a sequência de aminoácidos em uma proteína. ○ genoma é a série completa de informações no DNA de um organismo ○ cromossomos → autossômicos e ligados ao sexo ○ espécies apresentam número diferentes de cromossomos ○ história ■ 1860 → unidades de herança (mendel) ■ 1880 → cromossomos ■ 1940 → natureza química do DNA ■ 1950 → estrutura do DNA ■ 2003 → sequenciamento do genoma humano ○ 1 gene → 1 enzima; 1 gene → 1 proteína; 1 gene → 1 polipeptídeo; tRNA e rRNA ○ DNA em eucariotos apresenta regiões codificadoras (exons) e não codificadoras (introns) ● Tradução → código genético ○ códon → combinação de três bases ○ código é universal e “degenerado” (mesmo aminoácido pode ser codificado por vários códons) ○ possui 3 códigos de parada (stop) ○ um códon de início → que codifica metionina ○ geralmente (mas nem sempre), o número de genes no genoma de um organismo relaciona-se com sua complexidade. Genoma bacteriano: ● cromossomo único e circular ● dupla fita ● não apresenta envoltório nuclear ● enovelado e empacotado (associado a proteínas semelhantes à histonas) ● plasmídeos → DNA extracromossômicos (resistência bacteriana), independente da replicação do DNA cromossômico; estruturas não essenciais que trazem vantagens seletivas. A estrutura do genoma em eucariotos: ● características principais ○ Enormes moléculas de DNA de fita dupla são empacotadas em cromossomos, que se encaixam no núcleo celular e podem também ser facilmente divididos entre as células- filhas. 5○ o complexo empacotamento do DNA é realizado por proteínas especializadas que se ligam e dobram o DNA, produzindo cordões e alças que impedem que o DNA se torne emaranhado. ○ O DNA empacotado ainda pode ser acessível a enzimas e proteínas para replicação,reparo e expressão dos genes. ○ As células somáticas humanas possuem duas cópias de cada cromossomo autossômico (22 cromossomos homólogos- um herdado da mãe e outro do pai) e um único par de cromossomos não homólogos (cromossomos sexuais - X da mãe e Y do pai). ○ os cromossomos dos eucariotos possuem, além dos genes, um grande excesso de DNA intercalado que parece não portar nenhuma informação fundamental (às vezes, é considerado “lixo de DNA”, pois ainda não foram encontradas funções que ele possua). ● Ciclo celular e diferentes formas dos cromossomos ○ durante a interfase, os cromossomos estão distendidos e emaranhados (cromossomos interfásicos). sequências de DNA especializadas asseguram que eles se repliquem de modo correto. ○ origem de replicação → local em que a duplicação do DNA tem início (o DNA possui muitas origens de replicação) ○ telômeros → encontrados em cada uma das extremidades do cromossomos (protegem as extremidades dos cromossomos) ○ Na fase M, o DNA adquirem forma mais compacta que pode ser facilmente separada (cromossomo mitótico). ○ centrômero → região do DNA especializada que permite que uma cópia de cada cromossomo seja dividida para cada célula-filha. ● Empacotamento do DNA ○ cada cromossomo consiste em uma longa molécula de DNA linear associadas a proteínas que a compactam e dobram. ○ proteínas que se ligam ao DNA podem ser: histonas ou proteínas cromossômicas não histonas. 6 ○ histonas estão em enorme quantidade, são responsáveis pelo nível de compactação fundamental da cromatina, o nucleossomo. ○ os nucleossomos consistem no cordão de DNA enrolado em um núcleo de proteínas formado pelas histonas. ○ histonas principais → famílias H2A, H2B, H3 e H4 (duas de cada formam o cerne do octâmero de histonas no qual o DNA dá 1,7 volta) ○ a formação dos nucleossomos converte a molécula de DNA em uma fita de cromatina três vezes menor (“colar de contas”). ○ as histonas possuem grande quantidade de aminoácidos positivamente carregados que auxiliam na sua interação o a fita de DNA, pois essa possui fosfato e açúcares negativamente carregados. ○ Dupla hélice de DNA → Colar de contas → fibras de nucleossomos empacotados (formadas com auxílio de histonas ligadoras H1) → fibra de nucleossomos empacotados em espiral → espirais condensados → cromossomo mitótico completo (10000x mais curto que forma estendida) Regulação da estrutura dos cromossomos: ● Mudanças na estrutura dos nucleossomos que permitem acesso ao DNA ○ as células apresentam várias maneiras de ajustar a estrutura local de sua cromatina. ○ uma estratégia que apresenta vantagem é a dos complexos de remodelamento de cromatina, o qual muda a posição de DNA ao redor dos nucleossomos usando energia de hidrólise do ATP. ○ outra estratégia é a modificação química reversível das histonas → cada histona pode ser modificada pela ligação covalente de vários grupos químicos diferentes (fosfato, acetila, metila) 7 ○ diferentes combinações de modificações nas caudas das histonas podem conferir um significado específico nos segmentos de cromatina onde os mesmos ocorrem. ● heterocromatina X eucromatina ○ nos cromossomos interfásicos, a cromatina não está uniformemente compactada. Regiões que possuem maior expressão gênica estão mais estendidas e as que contém genes com menor atividade estão mais condensadas. ○ heterocromatina ■ forma mais condensada da cromatina interfásica ■ encontra-se, nos mamíferos, ao redor da região do centrômeros e dos telômeros ■ a maior parte não contém genes ○ eucromatina ■ forma mais relaxada da cromatina interfásica ■ a maior parte possui grande quantidade de genes ○ a estrutura da cromatina pode ser transmitida de uma célula para sua descendente, produzindo uma forma de herança epigenética que auxilia a célula a lembrar o estado de expressão gênica de sua célula parental Genoma humano: ● DNA humano → 97% do genoma não codifica proteínas ● os segmentos no genoma humano estão espaçados por longas sequências de DNA não codificante. ○ a maior parte do material genético não é de genes ○ a maior parte do gene é formada por íntrons (parte do gene que não codifica proteínas), enquanto uma pequena parte é de éxons (codifica proteínas) 8 ● Perfil das sequências → o DNA pode ser dividido em: ○ sequências repetidas ■ elementos genéticos móveis → multiplicaram-se em nosso genoma por replicarem-se e inserirem novas cópias em diferentes posições. ● LINEs (elementos dispersos longos) ● SINEs (elementos dispersos curtos) ● transposons → se inserem no DNA por transposição ● retrotransposons → transposição com RNA como intermediário. ■ repetições simples → sequências curtas que são repetidas muitas vezes por longas regiões ■ duplicações segmentares → grandes blocos de genoma que estão presentes em duas ou mais localizações no genoma ○ sequências únicas ■ genes ● íntrons → parte do gene que não codifica proteínas ● éxons → parte do gene que codifica proteínas ■ DNA não repetitivo que não está em íntrons ou éxons → elementos regulatórios gênicos e sequências cujas as funções não não conhecidas. DNA mitocondrial: ● o DNA mitocondrial (mtDNA) não possui diferenças químicas do DNA nuclear, porém é único, circular e de origem materna. ● hipótese endossimbiótica ● DNA pequeno → possui 37 genes → codificam 13 proteínas, 22 tRNa e 2 rRNA. ● patologias associadas ao DNA mitocondrial → Alzheimer, diabetes melito, distonia, síndrome de Leigh e atrofia óptica de Leber. 9 Técnicas de genética molecular: ● Hibridização in situ ○ A Hibridização in situ (HIS) é uma técnica pela qual se identificam sequências específicas de nucleotídeos em células ou cortes histológicos. ○ É utilizada para detectar alterações genéticas em associação com a morfologia celular, tais como amplificações, fusões e translocações, que pode ser importante para o diagnóstico e orientação terapêutica de tumores. ○ hibridização in situ fluorescente e localização de DNA satélite ■ desnaturar o DNA in situ ■ colocar sonda marcada fluorescente (complementar região desejada) ■ analisar no microscópio e reconhecer determinado gene ou centrômero. ● Fingerprint ○ impressão digital genética seria feita com base em sequênciasrepetidas de nucleotídeos exclusivos para cada pessoa. ○ esses trechos de DNA são cortados usando enzimas de restrição específicas ○ o material genético é colocado em uma placa de gel e exposto a uma ddp, fazendo-o migrar na direção do polo positivo. ○ os diferentes fragmentos de DNA apresentam massa diferentes, de modo a atravessar a placa em diferentes velocidades. A esses diferentes fragmentos são associadas sondas, em que as ‘bandas’ formadas podem ser visualizadas. ○ uma folha especial é colocada sobre a placa de gel e o resultado é uma imagem semelhante a um código de barras, o qual pode ser utilizado na identificação de pessoas. 10 Replicação do DNA Conceitos gerais: ● a replicação do DNA é um evento extremamente conservado entre os organismos, podendo-se extrapolar o conceito de replicação para todos os organismos. ● Ocorre durante a fase S do ciclo celular, onde o material genético é duplicado. ● o perfil de replicação possui dois princípios ○ direção antiparalela da dupla fita → existe uma orientação referente aos grupamento livres de cada fita, ou seja, se uma fita se encontra na orientação 5’-->3’, a outra estará em 3’-->5’. ○ replicação semi-conservativa → na replicação, a nova molécula de DNA terá uma fita oriunda da molécula original e outra fita recém-sintetizada. ● a replicação do DNA sempre se dará do nucleotídeo com o fosfato 5’ livre para o nucleotídeo com a hidroxila 3’ livre. ● a forquilha de replicação vai se abrindo à medida que, na frente, as duas fitas antigas se desenrolam, enquanto que, mais embaixo, duas novas fitas vão sendo sintetizadas e, por sua vez, se enovelam nas fitas antigas; formando duas novas cadeias duplas de DNA. ○ fita contínua ou líder → é feita em direção a abertura da forquilha de replicação e necessita de apenas de uma enzima para incorporar os nucleotídeos, pois já é originada na orientação da extensão da nova fita (feita a partir do molde da fita 3’-->5’) ○ fita descontínua ou atrasada → é feita na direção contrária a abertura da forquilha de replicação, logo há necessidade de outros processos enzimáticos para estender a fita (feita a partir do molde da fita 5’-->3’ Proteínas envolvidas na replicação: ● Helicase → enzima responsável por romper as pontes de hidrogênio da dupla fita de DNA, permitindo assim que a replicação ocorra nas fitas simples. ○ se liga com a dupla fita, hidrolisa o ATP em ADP para conseguir energia para deslizar e romper as pontes de hidrogênio das duas fitas (de 5’ → 3’) 11 ● SSB → proteínas ligantes de fita simples atuam na estabilização da fita simples de DNA para que grampos de bases não sejam formados. ○ se a fita de DNA formar um grampo, a atividade de DNA polimerase é prejudicada. ● Topoisomerase → responsável por aliviar a tensão da abertura na dupla fita depois da região onde ocorre essa abertura. ● primase (também chamada de RNA-primase ou DNA-primase)→ proteína responsável por adicionar nucleotídeos de RNA (que formam o primer) na fita simples de DNA para permitir que a DNA polimerase inicie sua atividade. ○ ela adiciona nucleotídeos no sentido 5’ → 3’, ou seja, o sentido de leitura de fita antiga de 3’ → 5’ e o sentido de criação do primer é 5’ → 3’. ● DNA polimerase → é a enzima responsável por promover a síntese da nova fita de DNA, a partir do iniciador de RNA feito pela primase. ○ sempre adiciona nucleotídeos no sentido 5’ → 3’ ○ apenas tem o sinal para incorporar nucleotídeos se encontrar fita dupla (fita antiga + primer) ○ Obs.: para que a DNA polimerase possa polimerizar o DNA extensamente, a proteína cinta deslizante (ou grampo deslizante) permite que ela fique firmemente aderida a fita simples. ○ polimerase delta/epsilon (III) → reconhece dupla fita, incorpora nucleotídeos de DNA e estende a nova fita no sentido 5’ → 3’. (alta taxa de polimerização) ○ polimerase alfa (I) → realiza exonuclease do primer e substitui por DNA. (baixa taxa de polimerização). ○ A DNA polimerase é muito precisa pelos seguintes motivos: 1) a enzima monitora cuidadosamente o pareamento de bases entre cada nucleotídeo a ser incorporado e a fita molde; 2) quando ela produz um erro raro, ela pode verificar esse erro por uma atividade chamada de correção de erros. 12 ● DNA ligase → liga extremidades livres do DNA formando ligações fosfodiéster. ● a telomerase tem a função de preservar os telômeros (pontas do das fitas de DNA) → funciona como um primer móvel, pois possui um template de RNA e pode realizar uma transcrição reversa. Processo de replicação: ● desenovelamento do DNA ○ retirada das histonas e ligação de SSBs ○ DNA helicase quebra pontes de hidrogênio ○ DNA topoisomerase II retira a tensão do lado oposto ao da replicação ● replicação da fita contínua ○ primase insere um primer no início da fita contínua ○ DNA polimerase III começa a estender uma nova fita no sentido de abertura da forquilha até a fita ser totalmente sintetizada. (caso se solte, é necessário inserir novo primer) ● replicação da fita descontínua ○ primase insere um primer de RNA na fita de DNA (próximo a abertura da forquilha) ○ a DNA polimerase III replica o DNA até encontrar o outro primer da replicação anterior. (partes de DNA sintetizada nessa etapa são chamadas de fragmentos de Okazaki) ○ a DNA polimerase I tem capacidade de realizar exonuclease (substitui nucleotídeos de RNA do primer por DNA) ○ a DNA ligase promove a ligação fosfodiéster entre extremidades livre da nova fita de DNA (entre fragmentos de Okazaki). 13 ● Terminação da síntese de DNA ○ em procariotos → as forquilhas se encontram em uma região contendo múltiplas cópia de uma sequência de 20 pb, denominada sequência Ter. ○ em eucariotos → sem a telomerase, os cromossomos seriam encurtados após cada divisão celular Perfil das origens de replicação do DNA: ● Origem de replicação → região específica do DNA responsável pelo início de sua replicação. ○ nos procariotos → única origem de replicação ○ nos eucariotos → várias origens de replicação ● origens de replicação possuem sequências ricas em AT que permitem o recrutamento de proteínas iniciadoras. Essas região rica em AT é chamada de ARS (sequência de replicação autônoma). ○ a função da sequência de replicação autônoma é permitir que proteínas iniciadoras se liguem nessa sequência e promovam a replicação do DNA. ○ somente origens completamente metiladas podem iniciar areplicação. ● Bolha de replicação → como ambos os lados do DNA são passíveis de replicação, a estrutura formada com este evento é chamada de bolha de replicação. ○ As forquilhas de replicação sempre caminham em sentido bidirecional. ○ uma mesma fita pode ser contínua em um sentido e descontínua em outro. 14 ● Por que o DNA é sintetizado no sentido 5’ → 3’ ? ○ A DNA polimerase constrói fitas a partir de dNMP, utilizando dNTP como precursor. ○ a liberação do PPi e sua posterior hidrólise por uma pirofosfatase fornece a energia para a polimerização do DNA. ○ a tentativa de síntese no sentido 3’ → 5’ é falha, pois não haveria liberação de pirofosfato e energia para continuação da polimerização, além o mecanismo de autocorreção exercido pela DNA polimerase III não funcionaria adequadamente nessa hipótese. 15 Reparo do DNA Conceitos gerais: ● Alterações genéticas permitiram a adaptação de organismos às novas condições e a colonização de novos hábitats. ● contudo, alterações genéticas também podem ser prejudiciais ao organismo individual. ● Para sobreviver e se reproduzir adequadamente um indivíduo precisa possuir estabilidade genética ● essa estabilidade é alcançada não apenas pelo mecanismo extremamente preciso durante a replicação, mas também pela atuação de uma variedade de máquinas proteicas que verificam o genoma e corrigem os erros. ● Esses mecanismos de reparação do DNA podem ser divididos em três classes gerais ○ 1- reversão direta da reação química responsável pelo dano ao DNA. ○ 2- remoção das bases alteradas seguida por substituição com DNA recém-sintetizado. ○ 3- religação ou recombinação das fitas de DNA que foram rompidas. Mutações no DNA: ● mutações são alterações permanentes no DNA originados na falha da replicação e reparo. ● uma mutação que afeta apenas um par de nucleotídeo pode comprometer seriamente a saúde de um organismo, pois a sequência de aminoácidos codificada pelo gene pode ser alterada e inativar a função da proteína formada. ● a anemia falciforme é uma doença originada por causa de mutação em uma única alteração nucleotídica . ● alterações nas células germinativas acarretam na passagem da mutação para os descendentes. ● alterações nas células somáticas do indivíduo pode gerar células capazes de crescer de modo descontrolado, origando o câncer. ● Como as células sofrem alterações acidentais no seu DNA continuamente, e essas são transmitidas à progênie dessas células, a chance de uma célula tornar-se cancerosa aumenta enormemente com a idade. ● existem uma série de mecanismos de reparo capazes de corrigir os erros no DNA antes que isso se torne irreversível. ● grande variedade de mecanismo de reparo, referindo o investimento celular alto relacionado a importância do processo ● proofreading → DNA polimerase com atividade exonuclease 3’ → 5’, corrige 99,9% dos erros de replicação. 16 Tipos de lesões no DNA: ● lesão biológica → erros na polimerização não corrigidos. ● lesão física → danos por radiação UV, danos por radiação ionizante. ○ A radiação ultravioleta da luz solar também danifica o DNA, ela promove a formação de uma ligação covalente entre duas bases pirimídicas adjacentes, formando, por exemplo, os dímeros de timina. ● lesão química → adição de grupamentos químicos, meio reativo celular, substâncias tóxicas, agentes mutagênicos. ○ O DNA está constantemente sofrendo colisões térmicas com outras moléculas, o que resulta em alterações químicas no DNA. ○ Agentes alquilantes transferem grupos alcil (CnH2n+1) ligado à base, essas ligações cruzadas entre as fitas do DNA levam ao desemparelhamento. ○ A depurinação e a desaminação são as reações químicas conhecidas mais frequentes que provocam danos graves ao DNA nas células. Ambas as reações ocorrem na dupla-hélice de DNA, mas em nenhuma há quebra do esqueleto fosfodiéster. ■ A depurinação remove a guanina e a adenina do DNA. ■ O principal tipo de reação de desaminação converte a citosina em uma base alterada do DNA, a uracila, mas também ocorre em outras bases. 17 Mecanismos de reparo de DNA pós-Replicação: ● Reparo direto: ○ há reversão ativa de lesão sem retirar a fita danificada ○ por promover a correção direta da base alterada, sem envolver outros segmentos do DNA, esse mecanismo é conhecido como reparo direto. ○ existem dois mecanismos principais: ■ 1) fotorreativação → reversão da reação de dimerização (dímeros de timina) induzida pela luz UV através do mecanismo de fotorreativação (pela ação de luz visível) → apenas bactérias ■ 2) desalquilação → remoção dos grupos alquila (metil ou etil) dos resíduos de guanina alquilados pela ação da O6 metilguanina-DNA- metiltransferase (MGMT). ● alto custo energético → uma molécula da enzima é inativada para cada lesão corrigida ● Reparo de pareamento errôneo ou malpareamento (mismatch repair): ○ a máquina de replicação por si insere um nucleotídeo errado a cada a cada 107 nucleotídeos copiados; O sistema de reparo de malpareamento corrige 99% desses erros, aumentando a precisão da replicação. ○ um conjunto de proteínas de reparo de malpareamento reconhece esses malpareamentos de DNA, remove a fita recém-sintetizada e sintetiza novamente a fita perdida de modo correto. ○ etapas do processo: ■ mut S (MMR) → identifica o pareamento errado ■ mut L (MMR) → escaneia e detecta uma quebra na nova fita e direciona remoção do DNA entre a quebra e o mal pareamento. ■ helicase e exonuclease → remoção do oligonucleotídeo ■ reparo pela ação da DNA polimerase e pela ligase 18 ○ Se o malpareamento for “corrigido” usando a fita recém-sintetizada como molde, ambas as moléculas produzidas no próximo ciclo de replicação irão conter a mutação. ○ Se o malpareamento for corrigido usando a fita-molde original (antiga) como molde, a mutação é eliminada. O esquema mostrado em (C) é usado pelas células no reparo de malpareamento. ○ a herança de um gene mutante para o reparo de malpareamento predispõe um indivíduo a desenvolver câncer. ■ ex.: mutações em genes MMR (codifica proteínas de reparo de malpareamento) → síndrome de predisposição ao câncer colorretal não polipose ● Reparo de excisão de bases - BER ○ Este processo é conduzido pelas enzimas DNA glicosilases que reconhecem os produtos de citosina e adenina deaminadas, ou ainda produtos de depurinação. ○ também há reparo de danos induzidos por radiação ionizante e agentes alquilantes.○ etapas: ■ tem início com a ação de DNA glicosilases que reconhecem e removem bases lesadas da cadeia do DNA pela quebra da ligação N-glicosil, a qual mantém a base associada com com esqueleto açúcar-fosfato. 19 ■ após a retirada da base lesada gera-se um sítio apurínico ou apirimídico (AP) onde AP endonucleases fazem uma incisão do sítio AP na porção 5’. ■ após a ação das AP endonucleases, é preciso que ocorra remoção de nucleotídeos pela enzima DNA desoxirribo-fosfodiesterase (dRpase) → possui atividade de exonuclease. ■ Por fim, a DNA polimerase reconhece e complementa a lacuna gerada e a ligase une as extremidades das cadeias. ● Reparo de excisão de nucleotídeos - NER ○ repara vários tipos de lesões, incluindo dímeros de ciclobutil pirimidina e dímeros 6-4 de pirimidina induzidos pela radiação ultravioleta (luz UV). ○ remoção de adutos no DNA, distorção da dupla hélice, dímeros de pirimidina (radiação UV) , HAP, cisplatina ○ principal mecanismo de reparo!!! ○ realizado pelo complexo multienzimático XPA-XPG (mamíferos) ○ em bactérias: complexo UVrA, UVrB, UVrC e UVrD ○ etapas: ■ Reconhecimento da lesão no DNA (complexo XPA-XPC) → ligam-se ao DNA danificado ■ abertura da dupla hélice→ atividade de helicase→ XPB e XPD ■ Dupla incisão na cadeia danificada: 3’ (XPG) e 5’ (XPF) ■ Excisão e remoção do segmento de DNA (~30 nucleotídeos) ■ Síntese de DNA (DNA polimerase) e ligação da cadeia (ligase) 20 ● Reparo de quebras no DNA ○ lesão espontânea induzida por radicais de O2 livres, replicação do DNA e agentes genotóxicos como a radiação ionizante. ○ causa de aberrações cromossômicas ○ duas vias principais em mamíferos: ■ Reparo por recombinação homóloga → pareamento com o cromossomo homólogo intacto. ■ Reparo de ligação das extremidades não-homólogas → religação direta das extremidades quebradas (baixa fidelidade) 21 Síndromes associadas a defeitos no reparo de DNA: ● síndromes de instabilidade cromossômica geram: ○ defeitos nos mecanismos de reparo e replicação do DNA ○ maior frequência de aberrações cromossômicas ○ maior incidência de câncer ● tipos de lesão e mecanismo de reparo envolvido: ● principais doenças causadas por falha do reparo do DNA: 22 Estudo dirigido I: DNA, replicação e reparo Código genético, estrutura e distribuição dos ácidos nucleicos: 1- Ligue uma base nitrogenada a uma desoxirribose, através de ligação glicosídica e um ácido fosfórico com a hidroxila do carbono 5 da desoxirribose. Que composto se formou? R: nucleotídeo 2- Mostre a ligação entre dois nucleotídeos em uma fita de DNA. Existe alguma diferença em relação ao RNA? R: não possui diferenças nas ligações fosfodiéster. apenas diferenças estruturais como, por exemplo, o RNA tem uma fita, não apresenta timina e possui ribose no esqueleto açúcar-fosfato; já o DNA tem duas fitas, não possui uracila e tem desoxirribose. 3- Mostre as pontes de hidrogênio que se formam nos pares A-T e G-C. Onde ficam os esqueletos de açúcar-fosfato do DNA? R: A com T formam 2 pontes de hidrogênio e C com G formam 3 pontes de hidrogênio. Enquanto os esqueletos de açúcar fosfato ficam voltados para fora da molécula, as bases nitrogenadas ficam voltadas para o seu interior. 23 4- A tabela abaixo mostra a porcentagem relativa de bases de ácidos nucleicos isolados de diferentes espécies. Para cada uma, qual o tipo de ácido nucleico envolvido? É simples ou dupla fita? Explicar sua resposta R: espécie 1 → DNA e dupla fita espécie 2 → DNA e dupla fita espécie 3 → DNA e fita única espécie 4 → RNA e dupla fita espécie 5 → RNA e fita única 5- Descreva o processo de desnaturação e renaturação do DNA. R: desnaturação → provocada por aumento de temperatura ou alteração extrema de pH, quebra das pontes de hidrogênio e há dissociação em 2 fitas simples renaturação → se dá de modo espontâneo estabelecendo-se condições ideais, se renaturam por complementaridade das bases (sequência de nucleotídeo complementares). 6- O que são VNTRs? Como estas sequências podem ser utilizadas em medicina forense para a identificação de criminosos? R: Sequências VNTR são encontradas distribuídas aleatoriamente no genoma, consistindo em minissatélites com enorme variabilidade de tamanho (que varia de indivíduo para indivíduo). A análise do polimorfismo de tamanho das sequências VNTR do DNA humano pode ser procedida a partir de quantidades tão pequenas quanto 0,1 – 1,0 micrograma de DNA. Tais conhecimentos tiveram aplicação quase que imediata na área forense. 24 7- Quanto ao genoma mitocondrial, quais suas principais características? Como e por que ele tem sido utilizado como ferramenta para identificação de crianças perdidas? R: o genoma mitocondrial é circular, pequeno e herdado da mãe (pois apenas as mitocôndrias do óvulo passam para o zigoto). Cada mitocôndria pode ter dezenas de cópias de mtDNA, podendo ser extraído de amostras antigas ou degradadas nas quais o DNA nuclear é escasso. Assim a análise de DNA mitocondrial de crianças perdidas pode ser útil para comparação com o DNA de sua mãe. 8- O que são elementos móveis de DNA, como podem ser classificados. R: elementos genéticos móveis são elementos genéticos que podem se movimentar no material genético, multiplicando-se em nosso genoma por replicarem-se e inserirem novas cópias em diferentes posições. Geralmente codificam uma enzima de recombinação especial que permite seu movimento. Classificam-se em: - transposons de DNA-only → transposição não replicativa por “corte e colagem” ou transposição replicativa - retrotransposons → se movem por meio de um RNA intermediário - LINEs → elementos dispersos longos - SINEs → elementos dispersos curtos 9- Defina enzimas de restrição e cite um exemplo, indicando o local de quebra. R: endonucleases de restrição → enzimas que clivam DNA em sequências de nucleotídeos específicas da dupla fita. exemplo: enzima Eco RI realiza a clivagem quando encontra a sequência GAATTC. Replicação do DNA: 1- O que é origem de replicação? Quais suas características? R: Origem de replicação é região específica do DNA responsável pelo início de sua replicação. Nos procariotos existem única origem de replicação, já nos eucariotos existem várias origens de replicação. Origens de replicação possuem sequências ricas em AT que permitem o recrutamento de proteínas iniciadoras. Essas região rica em AT é chamada de ARS (sequênciade replicação autônoma), permite que proteínas iniciadoras se liguem nessa sequência e promovam a replicação do DNA. Somente origens completamente metiladas podem iniciar a replicação. 25 2- Qual é a enzima que catalisa a polimerização do DNA, e qual é a reação catalisada por essas enzimas? Exemplifique as moléculas reagentes envolvidas e os produtos gerados. R: DNA polimerase sintetiza DNA no sentido 5’ → 3’, adicionando um desoxirribonucleotídeo 5’ trifosfato (dNTPs) ao grupo 3’-hidroxila, assim há liberação de pirofosfato e incorporação de mais um nucleotídeo na cadeia nascente de DNA. 3- Como a fidelidade da replicação do DNA é afetada pelo fato das DNA polimerases adicionarem nucleotídeos apenas à extremidade 3’ do iniciador ligado por pontes de hidrogênio à fita molde? Analise a função de revisão (proofreading) das DNA polimerases. R: DNA polimerase além de sintetizar a nova fita de DNA, também tem a atividade de exonuclease, removendo a base incorreta, mal pareada, aumentando a exatidão de replicação. 4- Considerando-se que as duas fitas do DNA são antiparalelas e que as DNA polimerases só adicionam nucleotídeos à extremidade 3 ́da cadeia em crescimento, com é possível duplicar as duas fitas simultaneamente? R: ambos os lados do DNA são passíveis de replicação, pois as forquilhas de replicação sempre caminham em sentido bidirecional, logo ambas as fitas podem ser contínuas em um sentido e descontínuas em outro, isso faz com que a duplicação das fitas seja simultânea. 5- Qual você esperaria que fosse o grau de fidelidade ao molde da primase em relação à DNA polimerase? Como isso afeta a precisão da replicação do DNA? R: a primase produz primers de RNA que podem conter erros e o primer não vai alterar a fidelidade da cadeia, pois ele é removido depois que a polimerização é concluída e é substituído por DNA. 26 6- O DNA é uma hélice em que uma cadeia gira em torno da outra. Para que ocorra a replicação, as cadeias devem ser desenroladas. Como isso ocorre sem gerar tensão em outro ponto da cadeia? R: a topoisomerase reduz o enovelamento a frente da forquilha de replicação. Ela catalisa quebras transitórias das ligações fosfodiéster em um dos filamentos fornecendo um eixo de rotação que permite que os segmentos de DNA em lados opostos da quebra girem independentemente, com o filamento intacto servindo como eixo. 7- O que são telômeros e qual é o papel das telomerases? Como são classificadas as telomerases? Por quê? R: telômeros são sequências terminais dos cromossomos lineares, a telomerase tem a função de preservar os telômeros (pontas do das fitas de DNA) e funciona como um primer móvel, pois possui um template de RNA usado para sintetizar uma fita complementar (que servirá como molde para a outra fita) Reparo do DNA: 1- O que são mutações? R: alterações estruturais permanentes no DNA que podem ter diversas causas, por exemplo erro na replicação e reparo, radicais livres, radiação. 2- Quais são os mecanismos de reversão direta de dano no DNA? R: existem dois mecanismos de reversão direta do dano: 1) fotorreativação → reversão da reação de dimerização (dímeros de timina) induzida pela luz UV através do mecanismo de fotorreativação (pela ação de luz visível) → apenas procariotos apresentam 2) desalquilação → remoção dos grupos alquila (metil ou etil) dos resíduos de guanina alquilado pela ação da 06-metilguanina-DNA-metiltransferase (MGMT) 3- Quais são os mecanismos de reparo por excisão? Qual é a principal vantagem desse mecanismo sobre os mecanismos de reversão direta do dano? R: há 3 mecanismos de reparo por excisão, são eles: reparo por excisão de bases, por excisão de nucleotídeos e reparo de malpareamento (mismatch repair). A principal sua vantagem em relação aos mecanismos de reversão direta de dano é a capacidade de reparar uma maior quantidade de de alterações químicas, como troca de bases, depurinação, ligação cruzada, etc 4- Descreva o mecanismo de reparo por excisão de base. R: -DNA glicosilases reconhecem a removem bases lesadas da cadeia do DNA pela quebra da ligação N-glicosil. -gera-se um sítio apurínico ou apirimídico (AP) em que AP endonucleases fazem uma incisão do sítio AP na porção 5’. -depois há remoção de nucleotídeos pela DNA desoxirribo-fosfodiesterase (dRpase). Obs.: podem ser removidos um ou mais nucleotídeos. -Por fim, a DNA polimerase reconhece e complementa a lacuna gerada e a ligase une as extremidades das cadeias. 27 5- Descreva o mecanismo de reparo por excisão de nucleotídeos? R: Em é realizado pelo complexo multienzimático XPA-XPG (mamíferos) -Reconhecimento da lesão no DNA pelo complexo XPA-XPC que se ligam ao DNA danificado -abertura da dupla hélice pela atividade de helicase (XPB e XPD) -dupla incisão na cadeia danificada em porção 3’ (por XPG) e 5’ (por XPF) -excisão e remoção do segmento de DNA de aproximadamente 30 nucleotídeos -síntese de DNA pela DNA polimerase e ligação da cadeia pela ligase. 6- Descreva o mecanismo de reparo de pareamento errado (mismatch). R: um conjunto de proteínas de reparo de malpareamento reconhece esses malpareamentos de DNA, remove a fita recém-sintetizada e sintetiza novamente a fita perdida de modo correto. -mut S (MMR) identifica o pareamento errado -mut L (MMR) escaneia e detecta uma quebra na nova fita e direciona remoção do DNA entre a quebra e o mal pareamento. -helicase e exonuclease realizam remoção do oligonucleotídeo -por fim, há reparo pela ação da DNA polimerase e pela ligase. 7- Pacientes com xeroderma pigmentoso sofrem de incidência extremamente alta de câncer de pele. Descreva os danos no DNA causadores desta doença, o agente causador e o mecanismo de reparo envolvido. R: -danos no DNA causados pela doença: formação de dímeros de pirimidinas adjacentes (timina e citosina) -agente causador → radiação UV -mecanismo de reparo por excisão de nucleotídeos é falho, pois a mutação dos genes que codificam o complexo multienzimático XPA-XPG. 28 8- Explique a atividade da O6-metilguanina-DNA-metiltransferase (MGMT)? R: MGMT tem o papel de retirar o grupo alquil da base nitrogenada lesada, assim ele realiza a transferência do grupamento alquil ligado a base para o resíduo de cisteína da proteína. 9- Alquilação do DNA na posição O-6 da guanina é um ponto importante na indução de mutações em organismos por agentes alquilantes. O pareamento errado O-6-metil G:T pode ser reconhecido por proteínas envolvidas no reparo por malpareamento (mismatch-repair-MMR). Sabendo-se que o ducto biliar está altamente exposto a agentesalquilantes, explique como a deficiência nos sistemas de reparo que envolvem MGMT e proteínas MMR pode ser marcadora de prognóstico que reflete acúmulos de mutações genéticas? R: Nesse caso, há deficiência dos dois principais tipos de reparo para remoção de alquil do DNA.enquanto a deficiência do sistema MGMT leva a não remoção de alquil da base, a deficiência das proteínas MMR leva a não remoção de alquil do nucleotídeo alquilado. Assim, há maior chance de mutações ocorrerem no DNA, levando ao prognóstico de câncer. 29 Transcrição Conceitos: ● a transcrição e a tradução são as maneiras pelas quais as células leem ou expressam as suas instruções genéticas contidas no gene. ● processo de amplificação → um gene (DNA) pode direcionar formação de várias moléculas de RNA, que por sua vez pode formar várias proteínas idênticas ● os genes podem ser expressos sob diferentes taxas, o processo de regulação é chamado expressão gênica. ● assim como DNA , o RNA é um polímero linear composto por quatro diferentes tipos de nucleotídeos unidos por ligações fosfodiéster. Contudo, o RNA é uma fita simples e apresenta ribonucleotídeos (ribose ao invés de desoxirribose) e tem uracila (U) em vez de timina (T). ● enquanto o DNA atua apenas no estoque de informações, o RNA se apresenta sob diversas formas, algumas com funções estruturais ou mesmo capazes de desempenhar funções catalíticas (RNA pode formar pares de bases intramoleculares e se dobrar em estruturas específicas). Processo básico de transcrição: ● a transcrição tem início com a abertura e desespiralamento de uma pequena porção do DNA para que as bases sejam expostas. ● uma das fitas do DNA atuará como molde para síntese de RNA ● Os ribonucleotídeos são adicionados, um a um, em complementaridade de bases com a fita molde de DNA. ● a outra fita de DNA é chamada de codificadora, pois é idêntica ao RNA, apenas trocando T por U. ● o pareamento correto faz com que o ribonucleotídeo seja covalentemente ligado à fita de RNA por reação enzimática. ● em uma região imediatamente além da região onde os ribonucleotídeos estão sendo inseridos, a cadeia de RNA é deslocada e a hélice de DNA reestruturada. ● as enzimas que realizam a transcrição são chamadas de RNA-polimerases, que catalisam a formação de ligações fosfodiéster e formam o esqueleto açúcar-fosfato de uma cadeia de RNA. ● a cadeia em crescimento é estendida na direção 5’ → 3’ (sentido de leitura do DNA é 3’ → 5’) ● a enzima utiliza ribonucleosídeos trifosfato, cujas ligações de alta energia fornecem energia para continuidade da reação. ● muitas cópias de RNA podem ser feitas a partir de um mesmo gene, com a ação sequencial de várias RNA-polimerases na fita. ● RNA-polimerases podem dar início à síntese de RNA na ausência de iniciador, pois a transcrição não precisa ocorrer de forma tão precisa quanto a replicação. 30 Tipos de RNA: ● RNA mensageiro (mRNA) → codificam proteínas ○ em eucariotos, cada gene codifica uma mRNA que codifica uma proteína. ○ em procariotos, um conjunto de genes adjacentes pode ser transcrito em um mRNA que codifica diferentes proteínas. ● RNA ribossômico (rRNA) → formam a região central do ribossomo e catalisam a síntese protéica ● RNA transportador (tRNA) → usados como adaptadores entre mRNA e os aminoácidos durante a síntese proteica. ● microRNA (miRNA) → regulam a expressão de genes ● outros pequenos RNAs → usados no splicing do mRNA, na manutenção do telômeros e em diversos processos celulares. Transcrição em procariotos: ● para dar início a transcrição, as RNA-polimerases devem ser capazes de reconhecer o início de um gene e ligar-se ao DNA nesse ponto. ● quando a RNA-polimerase colide aleatoriamente com uma porção do DNA, ela se liga a dupla-hélice e começa a deslizar. ● a enzima se agarra fortemente ao DNA apenas ao encontrar uma região denominada promotor (sequência indicadora do ponto de iniciação de síntese do RNA) ● Depois disso, ela abre a dupla hélice à sua frente, expõe os nucleotídeos de ambas as fitas e usa uma das fitas como molde para construir a fita de RNA. ● a extensão da cadeia continua até que a enzima encontre um segundo sinal, o terminador, onde a polimerase libera a fita de DNA molde e a fita de RNA sintetizada. 31 ● em bactérias, o fator sigma (subunidade da RNA-polimerase) é responsável por reconhecer o promotor; depois da enzima ter sintetizado 10 nucleotídeos, o fator sigma é liberado; depois de terminar a transcrição, a polimerase e o fator sigma podem se reassociar. ● promotores e terminadores bacterianos possuem sequências específicas que são reconhecidas pelas RNA-polimerases → a assimetria do promotor, como o posicionamento das sequências conservadas a -35 e a -10 (TATATT) antes do gene, orienta a polimerase e determina a direção da transcrição. ● terminação pode ocorrer de duas maneiras: ○ sinal p-independente → formação de uma estrutura em forma de grampo através de ligações intramoleculares na fita de RNA, a qual desestabiliza a interação entre DNA e RNA. ○ sinal p-dependente → a proteína p (rho) promove uma pausa na transcrição, move-se ao longo do RNA (como um ribossomo) até alcançar a RNA-polimerase e desfazer interação entre DNA e RNA. Transcrição em eucariotos: ● tem muitas semelhanças com a transcrição bacteriana, porém algumas das diferenças são: ○ células eucarióticas possuem três RNA-polimerases ao invés de uma ■ as RNA-polimerases I e III transcrevem tRNAs, rRNAs e outros RNAs. ■ já a RNA-polimerase II transcreve mRNA e miRNA, principalmente. ○ RNA-polimerase bacteriana inicia a transcrição sozinha, enquanto a RNA-polimerase de eucariotos necessita de assistência de diversas proteínas acessórias, como os fatores gerais de transcrição. ○ regulação da expressão gênica em eucariotos é muito mais complexa. ○ por fim, a iniciação da transcrição em eucariotos deve levar o empacotamento do DNA em nucleossomos em consideração. ● fatores gerais de transcrição se ligam ao promotor, onde posicionam a RNA-polimerase, deslocam e separam a dupla hélice e direcionam a polimerase para dar início ao processo. ○ diversos promotores possuem uma sequência de DNA denominada de TATA box, o qual é reconhecido pelo sítio TBT do fator de transcrição TFIID. 32 ○ O TFIID provoca uma grande distorção local do DNA, a qual atua como sinalizadora para montagem de outras proteínas sobre o promotor. ○ A ligação do TFIID permite também a associação do TFFIB, dos demaisfatores gerais e da RNA-polimerase II ao promotor. ○ A seguir, o TFIIH separa dupla-hélice, usando energia da hidrólise do ATP, e faz com que a fita molde seja exposta. ○ O TFIIH também fosforila a RNA-polimerase II, liberando-a dos fatores de transcrição, o que faz com que a fase de extensão do RNA possa ocorrer. ● no fim da transcrição, a polimerase é liberada e pode ser desfosforilada. ● os fatores de transcrição liberados no final do processo, assim como a RNA-polimerase II desfosforilada, podem ser reutilizados em outra transcrição. Processamento do RNA: ● o modo como os RNAs transcritos são manipulados antes de serem utilizados difere entre procariotos e eucariotos. ● em bactérias a transcrição e tradução ocorrem no citoplasma e podem ocorrer simultaneamente. ● nas células eucarióticas, o DNA está isolado dentro do núcleo, mas a síntese de proteínas ocorre no citoplasma. Assim, o mRNA passa por uma série de etapas antes de sair do núcleo, o chamado processamento do RNA. ● dependendo do tipo de RNA que está sendo produzido, os transcritos são processados de forma diferente antes de deixar o núcleo. ● duas etapas de processamento que ocorrem em mRNA são: ○ 1) capeamento → adição de um nucleotídeo guanina metilado a extremidade 5’ antes de a transcrição ser concluída. ○ 2) poliadenilação → provê uma “cauda” para extremidade 3’ dos mRNAs recém-sintetizados (uma enzima cliva sequência final particular de nucleotídeos e outra enzima adiciona vários resíduos de adenina) ● acredita-se que essas duas modificações aumentem a estabilidade a estabilidade da molécula e sejam utilizadas como indicador de que a mensagem está completa. 33 Splicing de RNA em eucariotos: ● em bactérias, a maior parte das proteínas é codificada a partir de um segmento não interrompido de DNA e não precisa de processamento para atuar como mRNA. ● já a maioria dos genes eucarióticos, apresenta suas sequências codificadoras (éxons - menor parte) interrompidas por longas cadeias não codificadoras (íntrons - maior parte). ● inicialmente, todo o gene é transcrito em RNA. ● após o capeamento, tem início o processo de splicing do RNA, durante o qual as sequências de íntrons são removidas as sequências de éxons unidas. ● depois de o transcrito sofrer splicing e ter suas extremidades 3’ e 5’ modificadas torna-se uma molécula funcional, capaz de deixar o núcleo e ser traduzida. ● cada íntron contém umas poucas sequências nucleotídicas curtas próximas aos seus limites que direcionam sua remoção. ● com essas sequência, uma elaborada maquinaria remove o íntron sob a forma de uma estrutura de “laço”. ● snRNAs (pequenos RNAs nucleares) + proteínas → snRNPs → spliceossomo (grande arranjo de RNA e proteínas que realiza o splicing na célula) ● splicing alternativo → permite que diferentes proteínas sejam produzidas a partir de um mesmo gene (pois éxons podem ser ligados em diferentes ordens) mRNA no núcleo e no citoplasma: ● além do mRNA maduro e funcional, a célula produz RNA “lixo” (íntrons, RNAs quebrados, incorretos). ● o transporte do RNA para o citoplasma é mediado pelo complexo do poro nuclear, que reconhece e transporta apenas mRNAs finalizados. ○ para que isso ocorra, é necessário que diversas proteínas sinalizadoras estejam ligadas o mRNA, como proteína de ligação à poli-A, complexo de ligação ao quepe, complexo de junção do éxon (EJC), etc. 34 ● os “RNA lixo” que permanecerem no núcleo serão degradados e suas unidades serão reutilizadas. ● o intervalo de tempo que um mRNA permanece na célula afeta a quantidade de proteína produzida. ● todos os mRNA serão degradados por RNAses, porém o seu tempo médio de vida varia consideravelmente dependendo da proteína a ser transcrita e das condições na célula. ○ mRNAs de eucariotos costumam durar mais do que de procariotos. 35 Controle da expressão gênica Regulação da expressão gênica são os mecanismos que regulam o processo de transcrição do DNA para sintetizar RNA e a tradução desses para gerar proteínas. Em procariotos Estrutura do gene: ● o gene procarioto é formado por: ○ um promotor → região gênica reconhecida por RNA polimerase, onde inicia-se o processo de transcrição. ○ as regiões codificadoras contêm a sequência que codifica o RNA a ser formado, o qual pode dar origem a uma proteína. ○ um terminador → região gênica onde a RNA polimerase encerra sua transcrição. ● os genes são organizados em operons → região codificadora pode codificar mais de uma proteína (geralmente proteínas envolvidas num mesmo processo) ○ o operador é uma região gênica situada próxima ao promotor que tem a função de regular a expressão daquele gene. ● procariotos são considerados organismos policistrônicos → um promotor pode regular expressão de diversas proteínas. Conceitos de regulação gênica: ● a síntese de proteínas requer grandes quantidades de energia. ● assim, procariotos desenvolveram mecanismos para controlar a escolha de quais proteínas são feitas em diferentes momentos, sob diferentes condições ambientais. ● fatores que determinam a quantidade de cada proteína ○ concentração de mRNA ○ eficiência da tradução do mRNA ○ estabilidade da proteína extraída ● genes constitutivos → genes que são constantemente expressos ● genes induzíveis → genes cuja expressão varia de acordo com as condições da célula 36 Principais mecanismos de controle: ● regulação negativa → repressor ligado inibe a transcrição. ○ indução → aumenta a expressão do gene ○ repressão → diminui a expressão do gene ● regulação positiva → ativador ligado facilita a transcrição. ○ indução → aumenta expressão do gene ○ repressão → diminui a expressão do gene ● regulação por atenuação → utiliza velocidade da tradução como parâmetro Regulação negativa: ● repressor ligado ao gene sempre inibe a transcrição!!! ● indução: ○ um sinal molecular (indutor) causa a dissociação da proteína reguladora do DNA. ○ desse modo, o repressor é inativado e a sequência passa a ser transcrita normalmente. ● repressão: ○ um sinal molecular (co-repressor) causa a ligação da proteína reguladora ao DNA. ○ Desse modo, o complexo repressor + co-repressor é ativado e a sequência a qual ele se liga passa a não ser transcrita. 37 Regulação positiva: ● ativador ligado sempre facilita a transcrição ● indução ○ quando o indutor está ligado ao ligado ao ativador, o complexose liga no gene e permite a transcrição. ○ quando não há ligação ligação com o indutor, o ativador é inativado, inibindo a transcrição. ● repressão ○ um sinal molecular (co-repressor) causa a dissociação da proteína reguladora do DNA. ○ desse modo, o ativador é inativado e a sequência passa a não ser transcrita. 1º Exemplo de regulação gênica → Operon Lac: ● Operon lac é responsável por codificar as proteínas envolvidas na metabolização de lactose nas bactérias ● o controle pode ser negativo (repressor) ou positivo (complexo CAP:cAMP) ● Estrutura do operon lac: 38 ● Regulação negativa → concentração de lactose ○ ausência de lactose → região gênica lacI expressa repressor que se liga ao operador, inibindo a continuação da transcrição. ○ presença de lactose → região gênica lacI expressa repressor, porém a lactose funciona como um indutor que se liga a ele, o que acaba inativando o repressor e permitindo transcrição. ● Regulação positiva → CAP + cAMP ○ transcrição do operon lac é induzida quando há baixa quantidade de glicose na célula (principal fonte de energia) ○ glicose baixa estimula adenil ciclase a converter ATP em cAMP ○ cAMP liga-se ao CAP (proteína ativadora de catabólito) ○ complexo gerado se liga a região próxima ao promotor e induz a RNA-polimerase a transcrever os genes. ● Assim, a expressão do operon lac ocorre quando glicose está baixa e lactose está presente. ● Com altos níveis de glicose, operon lac não é transcrito, mesmo na presença de lactose. 2º Exemplo de regulação gênica → Operon trip: ● Operon trip é responsável por codificar enzimas que atuam na biossíntese de triptofano. ● Estrutura do operon trip: 39 ● a regulação pode ser negativa (repressor) ou por atenuação (velocidade da tradução). ● regulação por repressão (concentração do triptofano) ○ repressor transcrito precisa se ligar a um um co-repressor (o próprio triptofano) para se ligar ao gene. ○ assim, haverá repressão da transcrição se o triptofano estiver em alta quantidade e haverá transcrição normal se houver baixa quantidade de triptofano. ● regulação por atenuação (concentração de triptofano) ○ em procariotos, a transcrição e tradução são simultâneas. ○ essa regulação envolve a velocidade com que as proteínas que contém triptofano são traduzidas. ○ se houver muito triptofano disponível, a tradução da proteína será mais rápida, formando um grampo de RNA intransponível, o que encerra a tradução e faz com que enzimas não sejam transcritas → menor biossíntese de triptofano. ○ se houver pouco triptofano disponível, a tradução da proteína será mais lenta, formando um grampo de RNA facilmente transponível, o que permite a continuação da tradução e faz com que enzimas sejam transcritas → maior biossíntese de triptofano. 40 Em eucariotos Conceitos: ● diferenças entre células é dada pela expressão de diferentes proteínas ○ muitas proteínas são comuns (proteínas estruturais do citoesqueleto e cromossomos, ribossomos) ○ outras são muito específicas como, por exemplo, a hemoglobina (apesar do gene estar contido em todas as células, é expresso apenas nos eritrócitos). ● diferenças na transcrição e expressão gênica em eucariotos e procariotos: ○ RNA-polimerase ■ bactérias contêm único tipo de RNA-polimerase ■ eucariotos têm três tipos: RNA-polimerase I, II e III ○ início da transcrição ■ RNA-polimerase bacteriana é capaz de iniciar a transcrição sem auxílio de proteínas. ■ RNA-polimerase eucarióticas precisam da ajuda de várias proteínas → fatores gerais de transcrição. ○ sequências reguladoras ■ em eucariotos, podem estar localizadas distantes do promotor ■ em procariotos, os genes são frequentemente controlados por uma única sequência regulatória, próxima ao promotor. ○ a iniciação da transcrição em eucariotos leva em conta a compactação do DNA nos nucleossomos e as formas mais compactas da estrutura da cromatina. ○ genomas são muito maiores em eucariotos. ○ DNA eucariótico está em vários cromossomos ao invés de apenas em um circular nas bactérias. ○ eucariotos podem ser multicelulares (nem todos os genes serão expressos em todas as células) ○ não são encontrados operons nos eucariotos. 7 mecanismos de regulação da expressão gênica: ● 1- durante a transcrição (metilação de acetilação de histonas, LCRs, metilação do promotor) ● 2- no processamento pós-transcricional (splicing alternativo) ● 3- na degradação do mRNA (retirada da cauda poli-a e do cap 5’, atividade exonucleotídica) ● 4- durante a tradução (RNAs de interferência) ● 5- no processamento pós-traducional (glicosilação, fosforilação, formação de pontes dissulfeto, etc.) ● 6- na degradação da proteína (ubiquitinação) ● 7- no endereçamento e transporte da proteína (necessidade de ligação a peptídeos-sinal que direcionam a proteína) 41 Estrutura do genoma em eucariotos: ● dupla hélice de DNA apresenta-se compactada com histonas (proteínas ricas em lisina) → cargas elétricas negativas do fosfato DNA é atraída por cargas positivas das lisinas ● o empacotamento do DNA ao redor das histonas pode silenciar grandes trechos do genoma, às vezes de modo não reversível. ● desmontagem dos nucleossomos faz com que o gene seja expresso novamente ○ enquanto o TATA box está enovelado no nucleossomo, não se inicia a ligação dos fatores de transcrição gênica. ● Ruptura e reorganização no nucleossomo ○ complexos que podem estar envolvidos na ruptura dos nucleossomos: ■ fator GAGA e fator de remodelamento de nucleossomo (NURF) ■ participação de complexo SW1/SNF ■ correlação entre acetilação e metilação de histona e atividade transcricional da cromatina ○ competição entre histonas e fatores de transcrição pode estar envolvida no controle da expressão gênica. Controle de histonas: ● acetilação ou metilação da lisina ou fosforilação da serina reduz as cargas positivas da histonas, o que diminui a sua interação com o DNA, aumentando a transcrição. ● acetilação de histonas pode aumentar a expressão gênica ○ cromatina inativa → enzima acetiltransferase (HAT) adiciona acetil na histona → cromatina ativa → histona desacetilase (HDAT) retira acetil da histona → cromatina inativa. ● código de histona → existem 44 lisinas nas caudas (diferentes para cada histona), que podem ser modificadas reversivelmente, sendo a acetilação e metilação os mecanismos mais conhecidos. ● exemplo de controle por acetilação → metabolismo de galactose: ○ na presença de galactose, o fator de transcriçãoGal4 liga-se a sequência ativadora (UAS) para ativar a transcrição do gene GAL1 (responsável por catabolismo da galactose) ○ porém, se houver glicose, o catabolismo de galactose é desnecessário, assim o fator de transcrição Mig1 liga-se ao sítio Mig1 e atrai o fator Tup1. ○ Tup1 recruta histona desacetilase, alterando a cromatina e inibindo transcrição de GAL1. 42 Regiões controladoras de lócus (LCRs): ● LCRs são sequências de DNA essenciais para o estabelecimento de uma configuração “aberta” da cromatina. ● são capazes de inibir transcrição normal de áreas relativamente grandes contendo vários genes. ● exemplo → controle da expressão gênica das globinas ○ expressão de globinas diferentes durante o desenvolvimento humano. ○ LCR se liga no promotor de algum gene específico em determinado momento ativando a sua expressão e inativando a expressão de outros genes. Metilação do promotor e inatividade gênica: ● nos eritrócitos humanos e de galinhas, o DNA envolvido na síntese de globina está completamente (ou quase) não-metilado. Já em outros tecidos está metilado → metilação de genes causa inativação do gene e desmetilação causa ativação do gene. ● metilação ocorre na molécula de citosina situadas na ilhas CpG ○ ilhas CpG → regiões genômicas com grande frequência de dinucleotídeos CG. ○ ilhas CpG ocorrem particularmente próximo do sítio do início da transcrição do genes constitutivos (expressos constantemente). Splicing alternativo: ● processo em que íntrons são retirados do pré-mRNA e os éxons são unidos para formar o mRNA. (alguns éxons podem ser retirados também) ● os éxons podem se ligar em diferentes sequências dando origem a mRNAs que serão traduzidos em diferentes proteínas. 43 ● controle negativo → repressor se liga ao transcrito e inativa splicing (splicing ocorre sem o repressor) ● controle positivo → ativador se liga ao transcrito ativa splicing (splicing não ocorre sem ativador). Interferência por RNA (RNAi): ● mecanismo realizado por pequenos RNAs presentes no citoplasma que regulam expressão gênica induzindo destruição de RNAs mensageiros ou impedindo a sua tradução. ● pequenos RNAs podem ser divididos em 2 grupos de acordo com a origem: ○ microRNAs (miRNA)→ originados de dsRNA imperfeito de origem endógena (gene) ○ pequenos RNAs interferentes (siRNA) → originado de dsRNA perfeito, de origem exógena (viral) ou endógena (retrotransposons). ○ obs.: dsRNA = RNA de dupla hélice 44 Tradução e controle pós-traducional Conceitos - tradução e código genético: ● tradução é o processo no qual o mRNA é utilizado para ordenar a síntese de uma cadeia nucleotídica, cuja sequência de aminoácidos determina uma proteína. ● código genético é a relação entre sequência de bases no DNA e a sequência correspondente de aminoácidos na proteína. ○ 3 resíduos de nucleotídeos (A, U, C ou G, no caso de RNA) são necessários para codificar um aminoácido → códon. ○ especificidade → um determinado códon sempre codifica o mesmo AA. ○ universalidade → é conservado em todas as espécies (poucas exceções) ○ continuidade → sempre lido de 3 em 3 bases (nunca há sobreposição) ○ degeneração → há 20 aminoácidos que podem ser traduzidos, mas é possível realizar 64 combinações de nucleotídeos, assim aminoácidos podem ter mais de um códon genético os codificando. ○ AUG é chamado códon de iniciação e codifica metionina (mas nem sempre a tradução se inicia por ele). ○ 3 códons determinam parada da tradução (UAA, UAG e UGA) ○ geralmente, os dois primeiros nucleotídeos são iguais em todos códons que codificam um mesmo aminoácido ■ terceira base do códon é oscilante (tolera pareamento incorreto) e forma ligação mais fraca com base complementar do anticódon → aumenta velocidade do tRNA ■ se houver mutação na terceira base, não há modificação no aminoácido. ○ janela de leitura → intervalo entre a trinca de bases que codifica o início da tradução (geralmente AUG, mas não sempre) e o códon de parada. ■ muitas células eucarióticas utilizam o mesmo gene para codificar proteína diferentes mudando a janela de leitura. 45 Conceitos - ribossomos e tRNA: ● RNAs utilizados na tradução: ○ mRNA contém código do gene ○ tRNA é o adaptador entre código genético e aminoácidos ○ rRNA faz parte do ribossomo e contém a enzima que catalisa a ligação entre aminoácidos adjacentes. ● síntese proteica ocorre nos ribossomos que possuem duas subunidades ○ procariotos têm uma subunidade 30S e uma 50S ○ eucariotos têm uma subunidade 40S e uma 60S ● sítios ribossomais utilizados na tradução ○ sítio A → sítio onde há chegada dos tRNA de acordo com códon do mRNA. ○ sítio P → sítio onde interação do mRNA e tRNA está ligado a proteína ○ sítio E → sítio onde tRNA é desligado do mRNA ● condução de aminoácidos pelo tRNA ○ tRNA é uma molécula tridimensional em formato de trevo que possui braços que podem ser reconhecidos pelo RNA ribossomal. ○ possui uma extremidade chamada de anticódon → sequência de 3 nucleotídeos que forma pares de bases com o códon no mRNA. ○ o aminoácido correspondente ao par códon-anticódon está ligado à extremidade 3’ do tRNA (braço aceptor - sempre tem sequência ACC). 46 ● tRNA aminoacil sintetases ligam o aminoácido correto ao tRNA. ○ essas enzimas reconhecem cadeias laterais e anticódon do tRNA e adicionam o seu aminoácido específico. ○ quebra dois ATP para formar ligação de alta energia entre aminoácido e tRNA. ○ existe uma enzima desse tipo para cada aminoácido. Assim, essas enzimas podem reconhecer mais de um anticódon para o mesmo aminoácido. ○ participa da controle da tradução: ■ tRNA correto liga-se rapidamente e desliga-se lentamente da enzima → há ligação do aminoácido ao tRNA. ■ tRNA errado liga-se lentamente e desliga-se rapidamente da enzima → não há ligação do aminoácido ao tRNA. ■ mecanismo de peneira dupla → o aminoácido correto deve se encaixar no sítio sintético da enzima (que não permite que aminoácido maiores passem), mas não ao sítio de edição (que remove os aminoácidos menores). Fases da tradução: ● 1- ativação dos aminoácidos (ligação do tRNA com o aminoácido) ● 2- iniciação ● 3- elongação ● 4- terminação ● 5- processamentos pós-traducionais Iniciação da tradução em procariotos: ● sequência de shine-delgarno no mRNA reconhece RNA ribossomal 16S → promove ligação entre ribossomo e mRNA
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