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Aula 06: Proteínas: classificação, estrutura, função e importância Leonardo A. Z. Rodrigues (gqi132ufla@gmail.com) UNIVERSIDADE FEDERAL DE LAVRAS DEPARTAMENTO DE QUÍMICA Disciplina: Bioquímica SEMESTRE: 2014/2 I. Cronograma e Conteúdo Programático AULA DATA ASSUNTO 1ª 2ª 3ª 4ª 5ª 6ª 7ª 8ª 9ª 10ª 11ª 12ª 13ª 14ª 15ª 16ª 17ª 18ª 19ª 18/08 25/08 01/09 08/09 15/09 22/09 29/09 06/10 13/10 20/10 27/10 03/11 10/11 17/11 24/11 01/12 08/12 11/12 15/12 Apresentação da disciplina, Introdução à Bioquímica, Célula e água Carboidratos: classificação, estrutura, função e importância biológica Lipídios e ácidos Graxos: classificação, estrutura, função e importância biológica Ácidos Nucléicos: classificação, estrutura, função e importância biológica Aminoácidos: Estruturas, classificação, função e importância biológica Proteínas: níveis estruturais, classificação, função e importância biológica 1ª Prova (20%): sala de aula as 8 horas Enzimas: Atividade e cinética, especificidade e classificação Recesso Bioenergética: Leis da termodinâmica, Energia livre de Gibbs e Reações biológicas Catabolismo de Carboidratos: glicólise, fermentações, regulações e Pentose Fosfato Ciclo de Krebs e ciclo do glioxilato: respiração celular, acetato e reações das vias 2ª Prova (20%): sala de aula as 8 horas Cadeia de transporte de elétrons e Fosforilação Oxidativa Metabolismo de lipídeos (catabolismo e biossíntese) Metabolismo de compostos nitrogenados (catabolismo e biossíntese) 3ª Prova (20%): sala de aula as 8 horas Segunda chamada geral (sala 3 do pavilhão 6 as 12:15 h) matéria da prova que perdeu Prova Substitutiva (matéria toda): sala de aula as 8 horas A Célula CONSTITUIÇÃO QUÍMICA DAS CÉLULAS Inorgânicos Orgânicos Água e Sais Minerais Carboidratos Lipídios Ácidos Nucléicos Aminoácidos Proteínas O que é proteína? Qual a sua importância? E sua função? Introdução As proteínas são os compostos orgânicos mais abundantes nas células, apresentam alto peso molecular, são formadas pelas ligações de vários aminoácidos sendo sua função determinada diretamente por sua estrutura 3D. MÚSCULO SANGUE PELE (80%) (70%) (90%) T G C A G C T C C G G A C T C C A T . . . RNA Polimerase promotor Transcrição A C G U C G A G G C C U G A G G U A . . . DNA mRNA Tradução Ribossomo His LeuGliSer Ser Cis Introdução Síntese Proteica Proteína Funções das Proteínas 1. Estrutural ou plástica São aquelas que participam como matéria-prima na construção de estruturas celulares e histológicas dos tecidos dando-lhes, rigidez, consistência e elasticidade. São exemplos de proteínas estruturais: - Colágeno (ossos, tendões, cartilagens e pele); - Actina e miosina (fibras musculares); - Queratina (pele, unhas e cabelo); - Albumina (plasma sanguineo e ovos), entre outras. 2. Enzimática As enzimas são proteínas especiais capazes de catalizar, ou seja, aumentar a velocidade de uma reação bioquímica seja esta reação dentro do organismo ou em processos externos. Exemplo: Lípases (reduz os triglicérides e consequentemente a gordura armazenada). As enzimas não reagem, são reutilizadas (sempre respeitando o sítio ativo) e são específicas. 3. Hormonal Muitos hormônios são, na verdade, proteínas especializadas na função de estimular ou inibir a atividade de determinados órgãos, sendo portando reguladores do metabolismo, ex. o hormônio pancreático insulina que, lançado no sangue, contribui para a manutenção da taxa de glicemia. 4. Defesa Em nosso sistema imunológico, existem células especializadas na identificação de proteínas presentes nos organismos invasores, que serão consideradas "estranhas". Estas proteínas invasoras denominam-se antígenos e promovem a produção de proteínas de defesa, nos plasmócitos, denominadas anticorpos que combinam- se quimicamente aos antígenos com o objetivo de neutralizá-los. O fibrinogênio e a trombina são outras proteínas responsáveis pela coagulação do sangue e prevenção de perda sanguínea em casos de cortes e machucados. 5. Transporte Muitas proteínas são transportadoras de nutrientes e metabólitos entre fluidos e tecidos; de uma forma geral, transportam ativamente substâncias. A hemoglobina é uma proteína que transporta oxigênio dos alvéolos para os tecidos e gás carbônico dos tecidos para os pulmões. 6. Função Nutritiva Qualquer proteína exerce esta função, enquanto não for tóxica. Todos os alimentos ricos em proteína, como as carnes em geral, são fontes naturais de aminoácidos indispensáveis aos seres vivos para a produção de outras proteínas. 7. Função Reguladora Esta função é desempenhada por um grupo especial de proteínas denominadas vitaminas. As células dos vegetais clorofilados e certos microorganismos, como bactérias, têm a capacidade de produzirem vitaminas. Nos animais se dá através do processo de nutrição. Cada vitamina tem um papel biológico próprio, por isso não pode ser substituída por outra. Introdução Ligação Peptídica GRUPOS R DEFINEM AS PROPRIEDADES IÔNICAS DOS POLIPEPTÍDEOS E PROTEÍNAS 14 Peptídeos e Proteínas são ionizáveis � Ou seja, possuem curva de titulação característica � Funcionam em faixas de pH ótimas Tripeptídeo = 3 aminoácidos = 2 ligações peptídicas Tetrapeptídeo = 4 aminoácidos = 3 ligações peptídicas Pentapeptídeo = 5 aminoácidos = 4 ligações peptídicas . . . . Oligopeptídeos = Massa molecular menor que 1.000 dáltons Polipeptídeos = Massa molecular menor que 10.000 dáltons Proteínas = Massa molecular maior que 10.000 dáltons Introdução Peptídeo x Proteína Escrevendo PeptEscrevendo Peptíídeosdeos Por convenção, os peptídeos são escritos da esquerda, começando com o grupo -NH3+ livre e terminando com o grupo -COO- livre • o modelo repetido, começando do N-terminal, é N -- -> αααα-carbono ---> carbonila .... etc. + H3N OH N H O H N O- OO C-terminal amino acid N-terminal amino acid Ser-Met-Asn O NH2 S peptide bonds Alguns Peptídeos Pequenos ββββ-Alanyl-L-histidine (Carnosine) L-Aspartyl-L-phenylalanine methyl ester (Aspartame) H3N-CH-C-NH-CH-C-OCH3 O CH2CH2 C6H5COO - O + H3N-CH2 -CH2 -C-NH-CH-COO - O CH2 N NH + GlutationaGlutationa Glutathione, GSH (reduced form) Glutathione, GS-SG (oxidized form) 2e- oxidation 2e- reduction A disulfide bond O O H N NH3 + -O SH N H O O O- O O H N NH3 + -O S N H O O O- O O N HNH3 + -O S H N O O O- Encefalinas Tyr-G ly -G ly -Phe-Leu = Y-G -G -F-L Leucine enkephalin Ty r-G ly -G ly -Phe-M et = Y-G -G -F-M Methionine enkephalin Oxitocina & VasopressinaOxitocina & Vasopressina H 3 N -Cy s- Ty r - I le S Gln S Pr o -Le u - Gly -C- NH 2 O + Oxytocin Cy s-A sn H 3 N -Cy s- Ty r -Phe S Gln S Pr o -A r g - Gly- C-N H 2 O + Cy s-A sn Vasopressin FenilcetonFenilcetonúúria (PKU)ria (PKU) N H 3 + COO - fenilalanina O COO - Fenilpiruvato (fenilcetona) transaminação redução OH COO - Fenilactato COO - Descarboxilaçã o oxidativa + CO 2 Fenilacetate N H 3 + COO - Tirosina HO Oxidação A deficiência da enzima que catalisa esta reação leva o acúmulo da fenipiruvato Classificação das Proteínas 1. Quanto a Composição: - Proteínas Simples – Aquelas que por hidrólise liberam apenas aminoácidos (ex: queratina).- Proteínas Conjugadas – Aquelas que por hidrólise liberam aminoácidos mais um radical não peptídico, denominado grupo prostético. Ex: metaloproteínas, hemeproteínas, lipoproteínas, glicoproteínas, etc. 2. Quanto ao Número de Cadeias Polipeptídicas: - Proteínas Monoméricas - Formadas por apenas uma cadeia polipeptídica. - Proteínas Oligoméricas - Formadas por mais de uma cadeia polipeptídica; São as proteínas de estrutura e função mais complexas. 3. Quanto à Forma: - Proteínas Fibrosas - A maioria insolúveis nos solventes aquosos com pesos moleculares muito elevados. São formadas geralmente por longas moléculas +/- retilíneas e paralelas ao eixo da fibra (proteínas de estrutura-colágeno do conjuntivo, as queratinas dos cabelos, a fibrina do soro sanguíneo ou a miosina dos músculos). Algumas proteínas fibrosas, porém, possuem estrutura diferente - helicoidal (tubulinas). - Proteínas Globulares - Estrutura espacial mais complexa, são +/- esféricas. São geralmente solúveis nos solventes aquosos com pesos moleculares entre 10.000 e vários milhões (enzimas, transportadores como a hemoglobina, etc.) 4. De acordo com seu modo de interação com a membrana: - Proteínas Integrais - interagem diretamente com a membrana; - Proteínas Periféricas - associam-se às membranas ligando-se à superfície delas; - proteínas ligadas a lipídeos 5. De acordo com a solubilidade do grupo lateral: - Proteínas Apolares = possuem no R um hidrocarboneto e, por isso, não interagem com a água; - Proteínas Polares sem carga = possuem no R um grupamento funcional que interage com a água, no entanto, esse grupo não possui carga líquida (ex.: serina); - Proteínas Polares com carga positiva = são aquelas que interagem com a água e possuem um grupamento amino a mais no R (ex.: lisina, histidina e arginina); - Proteínas Polares com carga negativa = são aquelas que interagem com a água e possuem um grupamento carboxílico no R (ex.: glutamato e aspartato); - Proteínas Aromáticas = são aquelas que possuem um anel aromático no R sendo geralmente apolares. NÍVEIS ESTRUTURAIS DAS PROTEÍNAS ESTRUTURA PRIMÁRIA Dada pela sequência de aminoácidos e ligações peptídicas da molécula (pontes dissulfeto unindo diferentes cadeias). Nível estrutural mais simples e mais importante, pois dele deriva todo o arranjo espacial da molécula. A estrutura primária resulta em uma longa cadeia de aminoácidos semelhante a um “colar de contas”, com uma extremidade “amino terminal” e uma extremidade “carboxi terminal”. Para todos os genomas sequenciados, conhece-se a estrutura primária de todas as proteínas para este organismo (é uma estrutura bem conservada). ESTRUTURA SECUNDÁRIA Existe uma série de critérios que garantem a estrutura proteica, mas apenas algumas satisfazem os requerimentos necessários para que a estrutura seja estável: estrutura helicoidal (α hélice), originada pelas pontes de H intramoleculares (entre AA próximos), estrutura foliar (conformação β) mantida por pontes de H intermolecular (entre AA distantes). ESTRUTURA SECUNDÁRIA (�-HÉLICE) É dada pelo arranjo espacial dos aminoácidos próximo entre si na sequência primária da proteína. Ocorre graças à possibilidade de rotação das ligações (PH) entre os carbonos dos grupamento R dos aminoácidos próximos. Os grupamentos carboxi e amino são utilizados nas ligações peptídicas. ESTRUTURA SECUNDÁRIA (FOLHA Β-PREGUEADA) Ligações de hidrogênio entre segmentos distantes de uma mesma cadeia. Cadeias polipeptídicas muito longas podem se organizar em estruturas semi-independentes ligadas entre si por segmentos lineares da cadeia polipeptídica. ESTRUTURA TERCIÁRIA É a forma tridimensional como a proteína se “enrola”. Ocorre nas proteínas globulares, mais complexas estrutural e funcionalmente. Essa é a estrutura funcional da Proteína Na estabilização da estrutura terciária e na determinação da conformação de uma proteína entram forças de natureza diversas (ligações peptídicas, PH, ligações iônicas, pontes dissulfeto, interações hidrofóbicas e interações de Van der Walls. Além das forças de atração, existem as forças de repulsão, importantes no balanço à estabilização. ESTRUTURA QUATERNÁRIA Hemoglobina Surge apenas em complexos proteicos (proteínas oligoméricas). Dada pela distribuição espacial de mais de uma cadeia polipeptídica no espaço. As subunidades da molécula mantém- se unidas por ligações covalentes, como pontes dissulfeto e ligações não covalentes, como pontes de hidrogênio, interações hidrofóbicas, etc. As subunidades podem atuar de forma independente ou cooperativamente no desempenho da função bioquímica da proteína Trabalhando com proteínas – Métodos para determinação da quantidade de proteínas: gravimétrico; absorbância; fluorescência; ninhidrina; biureto; lowry; azul de comassie; acido bicinchônico. – Métodos de separação, purificação se sequenciamento de proteínas, peptídeos e aminoácidos: precipitação; salting in; salting out; eletroforese; cromatografia liquida, ultracentrifugação; química de Edman; métodos de separação de aminoácidos. Chapinha... Os cabelos são formados principalmente por proteínas, queratina unidas por pontes de enxofre e pontes de hidrogênio. Com o aquecimento intenso da prancha, ocorre uma quebra temporária das pontes de enxofre e hidrogênio, o que torna os fios mais lisos, Em conseqüência acontece a abertura das escamas de queratina, tornando- os fios mais quebradiços e ressecados. Quando o cabelo é reidratado durante a lavagem ou mesmo pela transpiração, sua estrutura se normaliza e ele retoma o aspecto natural” Calor é a chave do alisamento por chapinha... A temperatura varia de 50 a 160 graus dependendo do modelo... Proteínas podem ser separadas e purificadas • Sabendo que a célula possui milhares de proteínas, como purificar uma única delas? – Basta selecionar por propriedade • Carga, Tamanho e propriedades de ligação • Obter o extrato bruto – “correr” em cromatografia de coluna • Fase estável (matriz) • Fase móvel (solução com tampão) – Coluna maior permite maior resolução na separação Cromatografia por troca iônica • Polímero carregado negativamente – Proteínas positivas ligam ao polímero e demoram mais a ser eluídas da coluna • Afinidade da proteína é definida também pelo pH Cromatografia por exclusão de tamanho • Grânulos porosos na matriz seguram as moléculas menores • Moléculas grandes não entram nos poros e são eluídas primeiro Cromatografia de afinidade • Adiciona-se à matriz da coluna algum tipo de molécula ligante da molécula de interesse • Molécula ligadora de ATP; adiciona-se ATP à matriz • Elui-se com solução de ATP Eletroforese • Movimento de partículas dispersas num fluído sob influência de um campo elétrico uniforme • DNA, carga negativa – Tem tendência a se dirigir ao polo positivo quando sujeito a um campo elétrico • Serve para separar moléculas por tamanho/carga elétrica – Proteína deve ser desnaturada com detergente (SDS) • Técnica utilizada à exaustão em trabalhos de biologia molecular Eletroforese de um resultado de cromatografia Géis bidimensionais • Corre-se o gel normalmente em uma dimensão... E depois vira-se-o e corre-se em outra dimensão • Cada ponto representa aproximadamente uma proteína original presente na amostra – Maiores géis dão maiores resolução Proteínas não separadas podem ser quantificadas• Deve-se saber qual o substrato que a enzima usa • Deve-se poder medir o produto da ação enzimática • Uma unidade de enzima digere 1µmol de substrato por minuto a 25ºC CONCLUSÕES � Diferentes características químicas das cadeias laterais dos aminoácidos definem características de peptídeos e proteínas � Os resíduos de aminoácidos são ligados às centenas ou milhares para formar peptídeos e proteínas � As proteínas podem ser modificadas pós-traducionalmente � As proteínas podem ser separadas por carga, tamanho e afinidade e assim estudadas isoladamente – cromatografia e eletroforese � As proteínas podem ser sequenciadas e sua estrutura primária (seq. de aminoácidos é conhecida) � As sequências das proteínas são excelentes marcadores da evolução da vida na terra
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