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Peptídeos e Proteínas Prof. Dr. Anderson Garcia Caso clínico • Anemia falciforme Como vimos na aula sobre nucleotídeos e ácidos nucleicos, a anemia falciforme ocorre devida a troca de um nucleotídeo de um códon no gene que codifica a proteína hemoglobina. A troca de nucleotídeos neste códon altera o produto, resultando na substituição de um aminoácido hidrofílico de Glutamato por um resíduo hidrofóbico de Valina. Faz com que a proteína hemoglobina altere sua estrutura, passando a se aglomerar ou formar precipitados nas hemácias, dando a forma de foice e impedindo ou dificultando a troca gasosa. A substituição de um ou mais aminoácidos da proteína por aminoácidos de polaridade diferente, desestabiliza a estrutura e interfere na sua função, podendo levar a distúrbios no funcionamento do organismo. ROTEIRO DA AULA 1. O que são peptídeos e proteínas. 2. A síntese de peptídeos e proteínas. 3. A formação da ligação peptídica. 4. Níveis de organização estrutural de uma proteína. 5. Tipos de proteínas quanto a estrutura. 6. Dobramento das proteínas. 7. Desnaturação proteica. 1. O que são peptídeos e proteínas. Peptídeos e proteínas são macromoléculas com ação biológica formada por polímeros de aminoácidos, onde a diferença entre estes está no tamanho de sua cadeia peptídica e arranjo tridimensional. • Peptídeos: Polímeros de aminoácidos com até 90 resíduos. • Proteínas: Polímeros de aminoácidos com mais de 90 resíduos. Peptídeo Insulina - Hormônio regulador do metabolismo dos carboidratos 51 resíduos de aminoácidos Proteína 21 resíduos de aminoácidos 30 resíduos de aminoácidos Hemoglobina humana – proteína de transporte de oxigênio no sangue. Duas cadeias α com 141 resíduos de aminoácidos e duas cadeias β com 146 resíduos de aminoácidos. Proteínas são as biomoléculas, mais abundantes da célula. Função das proteínas. • Suporte estrutural e proteção. Exemplo: proteínas da matriz extracelular (colágeno e elastinas) e α-queratinas (proteínas encontras nos cabelos, unhas e garras). • Sinalizadores celulares e defesa do organismo. Exemplos: citocinas (peptídeos ou proteínas responsáveis pela resposta imune) e anticorpos (proteinas que neutralizam e marcam antígenos para serem fagocitados por macrófagos) • Hormônios. Exemplo: Hormônio do crescimento GH (somatotropina) • Catalisadores. Exemplos: enzimas. • Atuam no metabolismo Exemplos: enzimas e os hormônios insulina e glucagon. 2. A síntese de peptídeos e proteínas. As proteínas são produtos da tradução dos genes contidos na molécula de DNA. A informação para síntese de uma proteína está no gene. Uma visão geral sobre a síntese de proteínas e peptídeos... 1. Passo: O gene é transcrito à RNA mensageiro (mRNA) pela RNA polimerase. 2. Passo: o mRNA é levado para fora do núcleo e se liga aos ribossomos. 3. Passo: Os RNAs transportadores vão ler os códons do mRNA e trazer o Aminoácido para formar a proteína. Uma visão geral sobre a síntese de proteínas e peptídeos... Depois de sintetizada pelos ribossomos, as proteínas ainda podem: • Sofrer modificações pós-traducionais As modificações pós-traducionais são a adição de grupos prostéticos como: Açúcares: para formar glicoproteínas. Lipídeos: Para formar lipoproteínas. Grupos orgânicos como metil e acetil. • Dobramento Proteíco Aquisição de estrutura tridimensional com o auxílio de proteínas chaperonas. 3. A formação das ligações peptídicas As proteínas são formadas pela ligação sucessivas de aminoácidos através de ligações peptídicas (ligações covalentes). Aminoácido 1 Aminoácido 2 Dipeptídeo = aminoácido 1 – aminoácido 2 Ligação peptídica Quão longo é o comprimento das cadeias polipeptídicas em proteínas? Cada proteína tem um comprimento e número de resíduos de aminoácidos característicos Cada proteína tem a composição e quantidades de aminoácidos diferentes Transportador de elétrons Enzima proteolítica A composição, quantidade e organização de aminoácidos em uma proteína vai determinar a sua estrutura e a sua função. Exemplo com palavras AMOR ≠ ROMA Mesmas letras, mas organização e sentidos diferentes A ligação peptídica possui caráter de dupla ligação que impede a sua livre rotação Porém, o Cα, por possuir ligação simples, pode sofrer livre rotação em dois ângulos, φ (Cα – NH) e ψ (Cα – CO) que faz com que as cadeias laterais possam estar posições diferentes, variando de -180 a + 180° . 4. Níveis de organização estrutural das proteínas. Para exercer sua função biológica as proteínas precisam adquirir estrutura tridimensional, tais como secundárias, terciárias e quaternárias. Tipos de interações que ajudam na estabilização da estrutura das proteínas: • Pontes de hidrogênio (Estabilização das α-hélices, permite a formação da camada de solvatação) • Hidrofóbicas (Os aminoácidos hidrofóbicos tendem a se alocar no interior das proteínas, longe da molécula de água) • Interações iônicas ou pontes salinas (interações entre resíduos de aminoácidos carregados com cargas opostas) • Pontes disulfeto (auxiliam na ligação entre resíduos de cisteína distantes na mesma ou em cadeias polipeptídicas diferentes) A organização de uma proteína em qualquer das estruturas tridimensionais, ou seja os arranjos espaciais dos seus átomos é chamada de conformação, que é o arranjo mais estável das estruturas tridimensionais do ponto de vista termodinâmico. Estrutura primária É a sequencia linear de aminoácidos unidos pelas ligações peptídicas que formam as proteínas e suas estruturas tridimensionais. Sequencia primária Estrutura terciária do hormônio insulinaExemplo de estrutura primária A estrutura primária é responsável por: • Determinar a função da proteína; (Cada proteína tem uma estrutura primária composta por resíduos de aminoácidos distintos, específicos para a sua função). • Estrutura tridimensional; (Os aminoácidos da estrutura primária vão arranjar seus átomos no espaço e formar as estruturas secundárias, terciárias e quaternárias). • Localização celular. *Porém ainda não se conhece detalhadamente como a estrutura primária determina estes parâmetros. *Mas a análise de estruturas primárias pode fornecer indícios sobre sua função, estrutura tridimensional, localização celular e evolução. Estruturas secundárias São os arranjos espaciais ou tridimensionais da estrutura primária de aminoácidos. Elas podem ser do tipo α-hélice, folhas e dobras β. α-hélice dobras β folhas β • Conformação em α-hélice Nesta estrutura o esqueleto polipeptídico é firmemente enrolado em torno de um eixo imaginário desenhado longitudinalmente no centro da hélice, os grupos R dos resíduos de aminoácidos se projetam para fora do esqueleto helicoidal. A estrutura em α-hélice é estabilizada pelas pontes de hidrogênio entre os aminoácidos adjacentes às voltas. Tendência dos resíduos de aminoácidos à formar α -hélice. Note que os que têm maior ΔΔG0, são que tem menos propensão à aparecer nesta estrutura. Nem todos os aminoácidos são propensos a formar α α -hélice. • Conformação em folha β Ligações de H são formadas entre as cadeias adjacentes (C=O e o N-H da ligação peptídica). Os grupos R dos aminoácidos adjacentes se projetam da estrutura em zigue-zague em direções opostas criando um padrão alternado. Paralelas – mesma orientação das cadeias (terminal amino e carboxílico) Anti-Paralelas – orientação oposta das cadeias (terminal amino e carboxílico) Elemento de conexão entre as regiões com estrutura secundária diferentes ou não • Dobras β (em evidência nos círculos vermelhos) Dobras β compreende uma estrutura que causa uma volta de 180⁰ envolvendo 4 aminoácidos. Forma ligação de Hidrogênio entre oxigênio da carboxila do primeiro resíduo com o H do grupo amina do quarto resíduo Gly pode ser resíduo 3 - tipo II Resíduos 2 e 3 não participam de nenhuma interação Dobras são encontradas normalmente na superfície das proteínas – ligaçõesde H dos resíduos 2 e 3. Grupos prostéticos Algumas proteínas contém outros grupos químicos permanentemente associados além dos aminoácidos; elas são chamadas de proteínas conjugadas. A parte que não é constituída por aminoácidos em proteína conjugada é normalmente chamada grupo prostético e tem grande importância na função biológica da proteína. É o arranjo tridimensional da cadeia peptídica estabilizado por interações entre grupos de aminoácidos distantes. Estrutura terciária Arranjo entre cadeias polipeptídicas (subunidades) que constituem um proteína ativa. Estrutura quaternária Hemoglobina humana Proteínas formadas por: • Duas cadeias polipeptídicas = Dímero • Três cadeias polipeptídicas = Trímero • Quatro cadeias polipeptídicas = Tetrâmero. Considerando os níveis mais altos de estrutura é conveniente designar dois grandes grupos nos quais muitas proteínas podem ser classificadas: 5.1 Proteínas fibrosas (com cadeias polipeptídicas arranjadas em longos filamentos ou folhas) 5.2 Proteínas globulares (com cadeias polipeptídicas dobradas em forma esférica ou globular). 5. Tipos de proteínas de acordo com a sua estrutura tridimensional 5.1 Proteínas fibrosas • São aquelas proteínas com cadeias polipeptídicas arranjadas em longos filamentos ou folhas ; • Conferem foça e flexibilidade às estruturas ao quais ocorrem. • São insolúveis em água (possuem grande quantidade de resíduos hidrofóbicos); • Muitas cadeias polipeptídicas similares podem ser reunidas em complexos supramoleculares. • Exemplos: Colágeno, elastina e queratina. Colágeno É uma família de proteínas extracelulares presentes em todos os tecidos e órgãos, que fornece o arcabouço em que dá aos tecidos sua forma e resistência. É a proteína mais abundante no homem. Elastina Confere aos tecidos e órgãos capacidade de se esticarem sem romper. É abundante em : • Ligamentos; • Pulmões; • Paredes de artérias; • Pele. Queratina Proteínas que conferem força. São encontradas somente em mamíferos. Essas proteínas constituem todo o peso seco de: • Cabelos; • Grande parte da camada mais externa da pele • Unhas; • Garras; • Chifres; • Penas • Cascos 5.2 Proteínas Globulares Em uma proteína globular, segmentos diferentes das cadeias polipeptídicas (ou de múltiplas cadeias polipeptídicas) se dobram uns sobre os outros, gerando uma forma mais compacta do que a observada para proteínas fibrosas. Proteínas globulares incluem: • Enzimas; • Proteínas transportadoras; • Proteínas reguladoras; • Imunoglobinas; • Entre outras. Estrutura terciária da mioglobina de cachalote A mioglobina transporta oxigênio nos tecidos musculares A hemoglobina realiza a troca gasosa (O2 e CO2) entre os tecidos e pulmões As imunoglobulinas são anticorpos são responsáveis por reconhecer os antígenos e direcioná-los para a fagocitose pelos macrófagos. As proteínas actina e miosina são componentes do tecido muscular esquelético. 6. Dobramento de proteínas Proteínas necessitam estar corretamente dobradas e/ou enoveladas para que possa exercer sua atividade biológica , isto é chamado de conformação nativa. A conformação de uma proteína é a de menor energia livre de Gibbs acessível à sua sequencia , dentro de um estado fisiológico • A perda da estrutura tridimensional (desnaturação) resulta na perda da função da proteína; • Dobramentos incorretos de proteínas resultam em várias doenças. A desnaturação de uma proteína pode ocorrer por fenômenos: • Químicos; Solventes Solutos • Térmicos; Alta temperatura. Doenças associadas à defeitos no enovelamento proteico De fato, o enovelamento proteico errado, é um problema substancial para a célula, e um quarto ou mais de todos os poliptídeos sintetizados é destruído por não se enovelar corretamente. Em alguns casos, os erros de enovelamento causam ou contribuem para o desenvolvimento de doenças. Exemplos: • Diabetes tipo II; • Doença de Alzheimer; • Doença de Huntington; • Doença de Parkinson. Uma proteína solúvel é secretada em um estado de enovelamento errado, sendo convertida em uma fibra amiloide extracelular insolúvel. As doenças são coletivamente chamadas amiloidoses. 7. Desnaturação proteica É a perda da estrutura tridimensional de uma proteína e por consequência perda da sua função. A desnaturação proteica ocorre em função do(a): • pH: em condições muito ácidas ou muito básicas. • Alta concentração de sais: Exemplo: Sulfato de amônio • Temperatura: altas temperaturas • Solventes orgânicos: éter, metanol. • Detergentes: SDS (dodecil sulfato de sódio) Alterações no pH, temperatura, concentração de sais, solventes orgânicos e detergentes atuam como agentes desnaturantes por rompendo as interações fracas que estabilizam as estruturas secundárias, terciárias e quaternárias das proteínas .
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