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1 1 1 Introdução compreensão moderna da diversidade biológica remonta a Darwin (1859), que criou uma revolução no pensamento biológico por sobre as origens da espécie como o resultado de 'descendência com cátion modifi'. Como consequência desta ideia que ele também afirmou que o 'sistema natural' (ou seja, a classifi cação) dos organismos deve ser estritamente genealógica ( 'como um pedigree'), e que a 'proximidade de descendência' é a causa para o grau de semelhança entre os organismos. O termo 'homologia' já havia sido usado por algum tempo, e Owen (1848) tinha usado em uma tentativa prática de criar uma nomenclatura anatômica comum para os vertebrados, mas foi ideias de Darwin sobre a evolução que deram a palavra o seu significado presente e importância: estruturas são homólogas em duas ou mais espécies, quando eles são derivados de uma estrutura em mais recente ancestral comum das espécies. Este, com base em morfologia defi nição filogenética ou histórico de homologia (Salão 1994) é utilizado ao longo deste livro. Deve-se ressaltar que a homologia pode ser provado apenas em casos muito especiais, como em esqueletos de vertebrados, onde a evolução podem ser seguidos diretamente no registro fóssil. Em todos os outros casos, a homologia pode ser inferida a partir de características morfológicas ou moleculares que apontam a partir de um antepassado comum para a evolução. onde a evolução pode ser acompanhada diretamente no registro fóssil. Em todos os outros casos, a homologia pode ser inferida a partir de características morfológicas ou moleculares que apontam a partir de um antepassado comum para a evolução. onde a evolução pode ser acompanhada diretamente no registro fóssil. Em todos os outros casos, a homologia pode ser inferida a partir de características morfológicas ou moleculares que apontam a partir de um antepassado comum para a evolução. Haeckel (1866) chamou a primeira árvore filogenética ( 'Stammbaum'; A Fig. 1.1) com base em idéias de Darwin, e cunhou a expressão 'filogenia' e 'ontogenia'. Sua árvore foi rotulado 'monofilético', e sua defi nição de um filo como consistindo de um ancestral e todos os seus vivos e extintos descendentes concorda completamente com a uso cladística da palavra 'monofilético'. Haeckel inclinou-se para a opinião que o filos 19 em sua árvore tinha evoluído separadamente a partir de substâncias orgânicas não organizados, mas um ancestral comum também foi considerada uma possibilidade (e foi proposto logo depois, ver Haeckel 1870); isso não deve prejudicar a validade geral de sua defi nição do termo 'monofilético', que agora é usado em todos os níveis sistemáticos. A base conceitual para o trabalho filogenética é, portanto, mais de um século de idade, e talvez pudesse ser esperado que tais estudos tinham alcançado um nível onde apenas detalhes da genealogia permaneceu a ser esclarecido, mas isso está longe de ser o caso. Há várias razões para isso. teoria abrangente da evolução de Darwin era realmente cinco teorias entrelaçadas (Mayr, 1982), e suas teorias sobre os mecanismos de especiação e de selecção foram logo atacados por vários lados. Assim, embora a idéia de evolução e especiação foi aceita com bastante facilidade, os ataques a sua explicação de especiação focado em um lado da teoria de que acabou por precisar de uma boa dose de cação modifi. Alguns dos seguidores de Darwin realizou os seus argumentos a extremos, o que, sem dúvida, prejudicou a credibilidade de todo o campo. Além disso, o crescente interesse em biologia experimental virou os holofotes longe de filogenia. No entanto, desde a década de 1950, um revival dos interesses filogenéticas ocorreu e o campo está novamente produzindo um forte fluxo de resultados interessantes. Novas fontes de informações foram adicionados, a mais 2 1 • evolução animal Figura 1.1. A fi árvore filogenética primeiro do reino animal, puxado por Haeckel (1866); Note a palavra 'Monophyletischer' na legenda. Figura 1.1. A fi árvore filogenética primeiro do reino animal, puxado por Haeckel (1866); Note a palavra 'Monophyletischer' na legenda. Introdução • 1 3 importante ultraestrutura ser, imunocitoquímica, e a sequenciação do gene. Além disso, houve um progresso importante em métodos de análise de dados, e o raciocínio filogenética foi aguçada pelos métodos propostos por Hennig (1950), chamados de 'cladística' ou 'sistemática filogenética'. Todas as análises filogenéticas agora deve ser baseada em 'pensamento árvore' (Baum et al.'pensamento árvore' (Baum et al. 2005), ou seja argumentações baseadas em personagens de ancestrais comuns e sua cação modifi nos descendentes, e não em comparações 'horizontais' de espécies vivas. Idealmente, cada filogenia deve ser verificado para a continuidade funcional entre os ancestrais hipotéticos e seus descendentes (Budd 2006). Com a redacção do Frazzetta (1975, p. 20), a análise deve verificar se a evolução proposta procedeu como 'a melhoria gradual de uma máquina enquanto ele está executando "[grifo meu]. Este princípio tem sido enquanto ele está executando "[grifo meu]. Este princípio tem sido aplicado à parte basal da árvore, a partir do unicelular ao nível eubilaterian, e para a evolução inicial dos protostomes (ver capítulos 4 e 22). No entanto, algumas áreas da árvore não estão resolvidas, o que torna impossível fazer este teste em todos os níveis. Uma das razões importantes para as divergências entre árvores anteriores baseadas na morfologia foi que foram usados apenas conjuntos estreitas de personagens, muitas vezes com forte ênfase em qualquer adulto ou caracteres larvais em vez de considerar todos os caracteres de ciclos de vida inteiras (como já foi salientado por Darwin). Deve ser evidente que todos os caracteres são de importância: a única questão é em que nível eles contêm informação filogenética. Outra fraqueza tem sido que os caracteres 'avançada', tal como celoma e metanephridia, têm sido utilizados para caracterizar taxa superiores sem se discutir estes caracteres evoluíram mais do que uma vez. Por exemplo, é agora claro que coeloms evoluíram várias vezes (Capítulo 21), e lidar com esse caráter em apenas dois estados, ausentes e presentes, é obrigado a levar a resultados não confiáveis. Além disso, que acabou por esse personagem perdas são mais importantes do que tem sido esperado pela maioria dos morfologistas (Jenner 2004), e algumas das perdas propostas, que a princípio apareceram improvável, tornaram-fi nd apoio de novos métodos. Um exemplo é a segmentação em cordados, onde a perda desta natureza nos urochordates é indicado pela filogenia molecular (por exemplo, Hejnol et al. 2009), e onde a demonstração de uma enorme perda de Hejnol et al. 2009), e onde a demonstração de uma enorme perda de Hejnol et al. 2009), e onde a demonstração de uma enorme perda de genes dá forte apoio a este, à primeira vista, hipótese improvável (Holanda et al. 2008). caracteres morfológicos foram analisados com (Holanda et al. 2008). caracteres morfológicos foram analisados com (Holanda et al. 2008). caracteres morfológicos foram analisados com vários programas de computador, e isso deu fi ne resultados nos níveis mais baixos sistemáticas, mas no nível discutido aqui as matrizes de dados têm sido muito subjetiva; apenas estados de caracteres homólogos podem ser codificados, a homologia é, em muitos casos problemáticos, eo estado caráter 'ausente', pode cobrir tanto ausência primária e perda (veja acima). As análises de sequências de ADN / ARN produziram um número surpreendente de novos phylogenies por todos os seres vivos, bem como para ascategorias mais estreitos, tais como filos, classes e ordens. Muitas áreas da árvore metazoan ter sido shuffl ed ao redor, e um número de phylogenies bizarros têm sido propostas. Este foi desencorajador para um morphologist tradicional. No entanto, após análise de um grande conjunto de dados, Abouheif et al. ( 1998, p. 404) análise de um grande conjunto de dados, Abouheif et al. ( 1998, p. 404) análise de um grande conjunto de dados, Abouheif et al. ( 1998, p. 404) concluiu que ". . . a molécula de rRNA 18S por si só é um candidato inadequados para reconstruir uma filogenia dos metazoários. . . '. Esta molécula, em combinação com outras moléculas, tais como 28S rRNA, citocromo-c-oxidase I e factor-1 de alongamento uma, providenciou muito citocromo-c-oxidase I e factor-1 de alongamento uma, providenciou muito citocromo-c-oxidase I e factor-1 de alongamento uma, providenciou muito boas análises de grupos inferiores, tais como bivalves (Giribet e Wheeler 2002), em que a morfologia e dados moleculares podem ser trazidos para boa conformidade. O monofiletismo de uma série de clades morfologicamente bem estabelecidos, por exemplo Metazoa, Eumetazoa, Bilateria, Protostomia e deuterostômios, tem encontrado apoio muito consistente nestes estudos, ao passo que as radiações de outros clados mais abrangentes, tais como Protostomia e Lophotrochozoa, acabaram por ser altamente problemático. Estudos de genomas mitocondriais todo (por exemplo, Chen et al. 2009; Jang e HwangChen et al. 2009; Jang e HwangChen et al. 2009; Jang e Hwang 2009) e mitocondrial ordem do gene (por exemplo, Webster et al. 2007) 2009) e mitocondrial ordem do gene (por exemplo, Webster et al. 2007) 2009) e mitocondrial ordem do gene (por exemplo, Webster et al. 2007) têm mostrado resultados muito confuso. Uma discussão de todas essas análises exigiria uma publicação especial, e eles só serão mencionados em alguns lugares nas seguintes discussões. No entanto, novas análises utilizando, por exemplo, 'genes de uso doméstico' (Peterson et análises utilizando, por exemplo, 'genes de uso doméstico' (Peterson et al. 2008), marcas de sequcias expressas (EST) (Dunn et al. 2008), al. 2008), marcas de sequcias expressas (EST) (Dunn et al. 2008), al. 2008), marcas de sequcias expressas (EST) (Dunn et al. 2008), al. 2008), marcas de sequcias expressas (EST) (Dunn et al. 2008), 'phylogenomics' (análises de partes seleccionadas de genomas) 4 1 • evolução animal (Hejnol et al. 2009), e análises com base em genomas inteiros, (Hejnol et al. 2009), e análises com base em genomas inteiros, (Hejnol et al. 2009), e análises com base em genomas inteiros, (Srivastava et al. 2008, 2010), agora parecem trazer muito mais (Srivastava et al. 2008, 2010), agora parecem trazer muito mais (Srivastava et al. 2008, 2010), agora parecem trazer muito mais estabilidade para as partes mais basais da árvore filogenética. Ambos os genes Hox (ver Fig. 21.3) e micro RNAs parecem ser de valor especial em estudos sobre evolução dos principais grupos metazoários (de Rosa et al. 1999; Peterson et al. 2009). Deve-se ressaltar que a (de Rosa et al. 1999; Peterson et al. 2009). Deve-se ressaltar que a (de Rosa et al. 1999; Peterson et al. 2009). Deve-se ressaltar que a (de Rosa et al. 1999; Peterson et al. 2009). Deve-se ressaltar que a (de Rosa et al. 1999; Peterson et al. 2009). Deve-se ressaltar que a classificação dos Bilaterians em Protostomia e deuterostômios remonta a Grobben (1908), por isso não é 'a nova filogenia', como proposto, especialmente em uma série de artigos sobre filogenética molecular, mas um retorno ao clássico sistema após um período com a classifi cação popular de Bilateria = acoela + Pseudocoela + Coelomata, que é um mal-entendido sobre a apresentação de Hyman (1940) (ver Nielsen 2010). Também deve ser lembrado que as filogenias moleculares são árvores 'nu', sem caracteres morfológicos, e, como afirma Raff et al. ( 1989, árvores 'nu', sem caracteres morfológicos, e, como afirma Raff et al. ( 1989, árvores 'nu', sem caracteres morfológicos, e, como afirma Raff et al. ( 1989, p. 258), 'O uso de sequências de rRNA para inferir relações filogenéticas distantes não irá deslocar morfologia e embriologia a partir do estudo da história evolutiva de vida dos animais: afinal de contas, é a história da história evolutiva de vida dos animais: afinal de contas, é a história da mudança morfológica que queremos explicar "[grifo meu]. mudança morfológica que queremos explicar "[grifo meu]. Vertebrados Urochordata Cephalochordata pterobranchia Enteropneusta Echinodermata Brachiopoda Phoronida Chaetognatha Loricifera kinorhyncha Priapula nematomorpha Nematoda Tardigrada Onychophora Arthropoda Bryozoa Cycliophora Entoprocta rotifera Micrognathozoa Gnathostomulida Gastrotricha Platyhelminthes Nemertini Mollusca Sipuncula Annelida Xenoturbellida nemertodermatida acoela Ctenophora Cnidária Placozoa homosclerophorida Calcarea silicea choanoflagellata abc D E F G H Eu KK eu MNO PQ RSUVXY Animalia Euradiculata Proepitheliozoa Eumetazoa Neuralia Triploblastica Bilateria Acoelomorpha Eubilateria Protostomia Spiralia Schizocoelia Gnathifera Polyzoa Brachiozoa Ecdysozoa panarthropoda cycloneuralia Nematoidea scalidophora deuterostômios Ambulacraria Hemichordata Chordata Z ABCDEFG HI KLMNOPQRSTUVXYZ - T Figura 1.2. A filogenia de animais proposto neste livro; o método é descrito no texto. clades supraphyletic nomeados são indicados. Figura 1.2. A filogenia de animais proposto neste livro; o método é descrito no texto. clades supraphyletic nomeados são indicados. Introdução • 1 5 Neste livro filogenética / princípios cladísticas foram utilizadas para inferir a topologia da radiação metazoários basal, isto é, as inter-relações entre os ancestrais dos 38 grupos monofiléticas, aqui chamado filos (Fig. 1.2). Os níveis de todas as categorias acima das espécies são, naturalmente, altamente subjetivo, e alguns zoólogos ter abandonado todas as categorias supragenêricos (por exemplo Ax 1996, 2001, 2003). No entanto, parece prático de usar do filo prazo para as unidades nas discussões atuais. A questão importante é saber se o 'filos' são grupos monofiléticos, e isso tem sido discutido para cada um deles. Na construção da árvore, tantos caracteres quanto possível ter sido tomada em consideração, e a identifi filos ed por métodos morfológicos foram comparados com os resultados de estudos moleculares. O método tem sido iterativo, mas uma série de passos pode ser delineado. O primeiro passo tem sido análises filogenéticas tradicional procurando identifi cação dos filos monofilético; se um filo foi encontrado para ser polyphyletic foi quebrada ea nova defi nido filos (por exemplo, Porifera dividido em Silicea, Calcarea, e homosclerophorida). Se um filo acabou por ser um grupo interno de outro filo, que foi incluída em que filo (por exemplo, Acanthocephala incluídas na rotifera). O próximo passo foi a identifi cação de caracteres ancestrais do filo. O filos foram então comparados e grupo irmão identifi ed, e grupos cada vez mais abrangentes, monofiléticas defi nido. Os novos resultados de filogenia molecular e genes Hox foram tidas em consideração. Em muitas áreas da árvore, congruência entre a morfologia e as moléculas está agora a ser alcançado, mas alguns grupos são ainda bastante problemática. Por exemplo, as inter-relações da filos lophotrochozoa ainda são em grande parte por resolver. No entanto, é muito gratificante que a maisnova filogenia dos metazoários, baseados principalmente em dados EST (Edgecombe et al. 2011), é notavelmente semelhante ao obtido no (Edgecombe et al. 2011), é notavelmente semelhante ao obtido no (Edgecombe et al. 2011), é notavelmente semelhante ao obtido no presente estudo (Fig. 1.2). Os fósseis têm desempenhado um papel importante nas análises de filos, tais como moluscos, artrópodes, equinodermes, e vertebrados, que têm um registro fóssil rico e, por vezes, uma preservação surpreendente de detalhes fi ne. No entanto, uma série dos primeiros fósseis não pode ser atribuído a qualquer um dos filos vivos, e alguns autores referem-se a maioria deles de um reino separado, o Vendobionta (ver, por exemplo, Seilacher 2007); eles têm, em geral, sido excluídos das discussões. O foco deste livro é sobre a origem dos filos vivos, que agora estão separadas umas das outras por lacunas morfológicas claras. Algumas destas lacunas são colmatadas por fósseis, como visto, por exemplo, nas panarthropods, onde vários fósseis 'lobopode' dão a impressão de um grupo Cambrian mais coerente a partir do qual os três filos vivos evoluíram (Hou et al. 2004). A 'sistematista Cambrian' sem o conhecimento das et al. 2004). A 'sistematista Cambrian' sem o conhecimento das radiações e extinções posteriores provavelmente teria classifi ed os grupos tronco panarthropod como um filo. Alguns fósseis mostram mosaicos de caracteres que podem confundir nossos conceitos de alguns dos grupos que vivem (Shubin, 1998). Então eu só tenho discutido informações a partir de fósseis que aparecem para lançar luz sobre a origem dos filos vivos, mas em geral se abstiveram de tentar colocar muitos fósseis na filogenia. Referências Abouheif, E., Zardoya, R. e Meyer, A. 1998. As limitações de dados da sequência de metazoários 18S rRNA: implicações para a reconstrução de uma filogenia do reino animal e inferindo a realidade de esta explosão. J. Mol. Evol. 47: 394-405. Machado, P. 1996. Animais multicelulares: explosão. J. Mol. Evol. 47: 394-405. Machado, P. 1996. Animais multicelulares: explosão. J. Mol. Evol. 47: 394-405. Machado, P. 1996. Animais multicelulares: explosão. J. Mol. Evol. 47: 394-405. Machado, P. 1996. Animais multicelulares: explosão. J. Mol. Evol. 47: 394-405. Machado, P. 1996. Animais multicelulares: vol. 1. Uma Nova Abordagem para o Order filogenética na Natureza. Springer, Berlim. Machado, P. 2001. Animais Order filogenética na Natureza. Springer, Berlim. Machado, P. 2001. Animais Order filogenética na Natureza. Springer, Berlim. Machado, P. 2001. Animais multicelulares: vol. 2. O filogenética Sistema do Metazoa. Springer, Berlim. Machado, P. 2003. Animais multicelulares: Sistema do Metazoa. Springer, Berlim. Machado, P. 2003. Animais multicelulares: Sistema do Metazoa. Springer, Berlim. Machado, P. 2003. Animais multicelulares: vol. 3. Encomendar na Natureza Sistema feito pelo homem. Springer, Berlim. Baum, DA, Smith, SD e Donovan, Sistema feito pelo homem. Springer, Berlim. Baum, DA, Smith, SD e Donovan, SS 2005. O árvore- pensando desafio. Ciência 310: 979-980. Budd, G. 2006. Sobre a origem e pensando desafio. Ciência 310: 979-980. Budd, G. 2006. Sobre a origem e pensando desafio. Ciência 310: 979-980. Budd, G. 2006. Sobre a origem e pensando desafio. Ciência 310: 979-980. Budd, G. 2006. Sobre a origem e evolução de grande mor- caracteres phological. Biol. Rev. 81: 609-628. Chen, H.-X., Sundberg, P., caracteres phological. Biol. Rev. 81: 609-628. Chen, H.-X., Sundberg, P., caracteres phological. Biol. Rev. 81: 609-628. Chen, H.-X., Sundberg, P., caracteres phological. Biol. Rev. 81: 609-628. Chen, H.-X., Sundberg, P., Norenburg, JL e Sun, S.-C. 2009. O genoma mitocondrial completo de Simula hrix Cephalot- ( Iwata) 2009. O genoma mitocondrial completo de Simula hrix Cephalot- ( Iwata) 2009. O genoma mitocondrial completo de Simula hrix Cephalot- ( Iwata) (Nemertea: Palaeonemertini). Gene(Nemertea: Palaeonemertini). Gene 442: 8-17. Darwin, C. 1859. Sobre a Origem das Espécies por Meio da Natural 442: 8-17. Darwin, C. 1859. Sobre a Origem das Espécies por Meio da Natural 442: 8-17. Darwin, C. 1859. Sobre a Origem das Espécies por Meio da Natural Seleção. John Murray, Londres. de Rosa, R., Grenier, JK, Andreeva, T., et al. 1999. Seleção. John Murray, Londres. de Rosa, R., Grenier, JK, Andreeva, T., et al. 1999. Seleção. John Murray, Londres. de Rosa, R., Grenier, JK, Andreeva, T., et al. 1999. Seleção. John Murray, Londres. de Rosa, R., Grenier, JK, Andreeva, T., et al. 1999. genes Hox em brachiopods e priapulida e protostomado lução evo-. Natureza 399:genes Hox em brachiopods e priapulida e protostomado lução evo-. Natureza 399:genes Hox em brachiopods e priapulida e protostomado lução evo-. Natureza 399: 772-776. 6 1 • evolução animal Dunn, CW, Hejnol, A., Matus, DQ, et al. 2008. Broad phy- amostragem logenomic Dunn, CW, Hejnol, A., Matus, DQ, et al. 2008. Broad phy- amostragem logenomic Dunn, CW, Hejnol, A., Matus, DQ, et al. 2008. Broad phy- amostragem logenomic melhora a resolução da árvore de animais de vida. Natureza 452: 745-749. melhora a resolução da árvore de animais de vida. Natureza 452: 745-749. melhora a resolução da árvore de animais de vida. Natureza 452: 745-749. melhora a resolução da árvore de animais de vida. Natureza 452: 745-749. Edgecombe, GD, Giribet, G., Dunn, CW, et al. 2011. Superior em nível de Edgecombe, GD, Giribet, G., Dunn, CW, et al. 2011. Superior em nível de Edgecombe, GD, Giribet, G., Dunn, CW, et al. 2011. Superior em nível de relações metazoários: progressos recentes e questões restantes. Org. 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