Questões de Biologia Celular e Molecular

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CAPÍTULO 3 – PROTEÍNAS
Assinale com V (verdadeiro) ou F (falso) as afirmações abaixo.
( )	Cada fita em uma folha β é uma hélice com dois aminoácidos por volta. 
( )	As alças dos polipeptídeos que se projetam da superfície da proteína frequentemente formam sítios de ligação para outras moléculas. 
( )	Uma enzima atinge a velocidade máxima em altas concentrações de substrato, pois ela tem um número fixo de sítios ativos onde o substrato pode se ligar. 
( )	Altas concentrações de enzima acarretam um maior número de turnover. 
( )	Enzimas como a aspartato-transcarbamoilase, que sofrem transições alostéricas cooperativas, contêm, invariavelmente, múltiplas subunidades idênticas. 
( )	A adição e a remoção contínua de fosfatos pelas proteínas-cinase e proteínas-fosfatase é um gasto de energia – uma vez que sua ação combinada consome ATP –, mas é uma consequência necessária da regulação efetiva por fosforilação.
Após a classificação, assinale a alternativa que indica a sequência correta.
V, F, V, F, V, F
F, V, F, V, F, V
V, V, V, F, V, V
F, F, F, V, F, F
F, F, F, F, F, F
V, V, V, V, V, V
CAPÍTULO 8 – ESPECTROMETRIA DE MASSAS
Complete o texto a seguir com a alternativa correta.
“A espectrometria de massas é realizada utilizando instrumentos complexos com três principais componentes. O primeiro é a __________, que transforma minúsculas quantidades de uma amostra de peptídeo em moléculas de peptídeos individuais carregadas contendo gás. Esses íons são acelerados por um campo elétrico para dentro do segundo componente, o __________, onde campos elétricos ou magnéticos são usados para separar os íons com base em suas relações massa/carga. Finalmente, os íons separados colidem com um __________, que gera um espectro de massa contendo uma série de picos que representam as massas das moléculas na amostra.”
detector, analisador de massa, fonte de íons
detector, fonte de íons, analisador de massa
fonte de íons, analisador de massa, detector
fonte de íons, detector, analisador de massa
analisador de massa, fonte de íons, detector
analisador de massa, detector, fonte de íons
CAPÍTULO 4 – DNA, CROMOSSOMOS E GENOMAS
Questão 1:
Preencha corretamente o diagrama representando a estrutura química da molécula de DNA.
Adenina
Desoxirribose
3’
Guanina
Fosfato
Citosina
5’
Timina
Ribose
Vimos também que essa estrutura química leva a formação de uma dupla hélice. Qual a implicação do fato de a molécula de DNA apresentar esse tipo de estrutura para o mecanismo de cópia do material genético?
Coloque em ordem crescente os níveis de compactação do DNA:
( )	Nucleossomo
( ) 	Colar de Pontas
( ) 	Dupla-Hélice
( )	Cromossomo
( )	Fibra de 30 nm
( )	Loops de fibra
CAPÍTULO 5 – REPLICAÇÃO, REPARO E RECOMBINAÇÃO DO DNA
Como as células (tanto eucarióticas quanto procarióticas) fazem o reconhecimento da fita recém-sintetizada para possibilitar o reparo de pareamento incorreto?
Sobre a replicação do DNA, assinale com verdadeiro (V) ou falso (F) as afirmações abaixo. Justifique.
( ) A DNA - Polimerase sintetiza a nova fita de DNA na direção 3´-> 5´.
( ) DNA - Primases inserem pequenas sequências de DNA complementares a fita molde para possibilitar o início da síntese pela DNA - Polimerase. 
( ) A DNA - Polimerase forma uma ligação bastante estável com a fita de DNA, sendo que uma vez ligada, só irá se soltar no fim da replicação.
( ) DNA - Helicases são as principais iniciadoras da replicação, tendo como função o desnaturamento da dupla fita de DNA para que a forquilha seja formada.
( ) DNA - Ligases refazem ligações fosfodiéster somente na fita retardada em eucariotos.
( ) Topoisomerases do tipo I ajudam a aliviar a tensão formada no DNA pelo seu desenovelamento.
CAPÍTULO 8 – SEQUENCIAMENTO DE DNA
Sobre as técnicas de sequenciamento de DNA, assinale verdadeiro (V) ou falso (F): 
( ) Sanger, Illumina e Nanopore são todos métodos baseados na síntese de DNA para o seu sequenciamento.
( ) Illumina, Ion Torrent, SOLiD e Sanger automatizado são consideradas técnicas de segunda geração.
( ) O método de Sanger foi o grande responsável pelos sequenciamentos durante o Projeto Genoma Humano.
( ) O método Illumina consiste de três estágios: amplificação, sequenciamento e análise, sendo que a parte de amplificação é feita a partir de PCR em ponte para a formação de clusters de oligonucleotídeos.
( ) Ion Torrent é uma técnica de terceira geração que utiliza a alteração de pH gerada pela incorporação de um nucleotídeo como forma de sequenciamento.
( ) Nanopore é uma das técnicas mais recentes de sequenciamento e tem a capacidade de analisar uma única molécula de DNA ou RNA, sem precisar da etapa de amplificação.
CAPÍTULO 6 – COMO AS CÉLULAS LÊEM O GENOMA: DO DNA À PROTEÍNA
Durante a etapa da transtrição do RNA mensageiro em eucariotos, a enzima RNA polimerase II exerce não somente o papel de agente polimerizador dos nucleotídeos de RNA, mas também serve como sítio de ancoragem para que outros processos importantes aconteçam na etapa de maturação do pré-mRNA. 
Com base na afirmação acima, responda:
Quais são os 3 processos chaves necessários para a maturação do pré-mRNA?
Qual o papel na RNA polimerase II neste cenário?
Quais complicações você esperaria que ocorram caso o pré-mRNA não seja corretamente processado para torne-se um mRNA maduro?
Quais impactos evolutivas os chamado genes interrompidos poderiam fornecer?
CAPÍTULO 8 – ENZIMAS DE RESTRIÇÃO E CLONAGEM
As enzimas de restrição do DNA são ferramentas de suma importância na rotina laboratorial. A escolha das enzimas corretas durante as etapas de clonagem são primordiais para a obtenção da sua sequência de interesse de forma correta dentro do seu vetor, seja ele de expressão ou armazenamento.
Com base na afirmação acima, responda:
Qual a diferença entre as enzimas de restrição de corte coesivo e de corte blunt (cego)?
Por que é importante escolher duas enzimas com sítios alvos diferentes e, de preferência, de corte coesivo para a sua clonagem?
Qual a importância da marca de seleção – geralmente resistência a algum antibiótico – no vetor receptor de seu inserto?
CAPÍTULO 7 – CONTROLE DA EXPRESSÃO GÊNICA
1 – Existem seis passos nos quais a expressão gênica em eucariotos pode ser controlada. 
Quais são esses passos? Descreva detalhadamente como ocorre o controle da expressão gênica em cada um deles.
O que são os operons? Explique o funcionamento do operon Lac, cite e detalhe a função de cada componente molecular envolvido na regulação dos genes de metabolismo da lactose. 
Quais as diferenças entre a regulação gênica em procariotos e eucariotos? 
CAPÍTULO 8 – IMUNOPRECIPITAÇÃO DE CROMATINA E RIBOSOME PROFILING
2 – Explique o funcionamento das técnicas de ribossome profile e imunoprecipitação da cromatina. Em que tipo de análise essas técnicas poderiam ser empregadas em um experimento?
CAPÍTULO 9 – VISUALIZANDO CÉLULAS
Em relação a fluoróforos e microscopia de fluorescência, assinale como verdadeira (V) ou falsa (F).
( ) Fluoróforos são rotineiramente usados devido ao seu alto contraste, especificidade, capacidade de quantificação e a possibilidade de usá-los em células vivas através de fluorescência secundária ou indireta.
( ) O desvio de Strokes é a distância entre o pico do espectro de excitação e o de emissão de um fluoróforo, e diferentes fluoróforos podem apresentar diferentes valores do desvio de Strokes. Segundo a regra de Strokes, dentro do espectro eletromagnético, o pico do espectro de excitação está em um comprimento de onda de maior energia do que o de emissão.
( ) O espelho dicroico é uma importante parte de um microscópio de fluorescência pois permiteselecionar os comprimentos de ondas que excitarão a amostra e aqueles são emitidos da amostra, o que é fundamental para a análise de um ou mais fluoróforos.
( ) Durante o planejamento de um experimento de FRET, é importante que o pesquisador constate que não haja sobreposição do espectro de emissão do doador com o espectro de excitação do aceptor. Da mesma forma, não deve haver sobreposição do espectro de excitação do doador com a do espectro de excitação do aceptor.
( ) A microscopia confocal permite a focalização de um ponto da amostra no plano tridimensional com um raio de alta intensidade focalizado por um pinhole próximo ao filtro de excitação. Confocal ao pinhole do filtro de excitação está o de emissão, o que permite que este ponto focalizado e iluminado seja detectado com alto contraste. 
CAPÍTULO 8 – IMUNOPRECIPITAÇÃO
Em relação a estratégias de interação proteína-proteína, assinale como verdadeira (V) ou falsa (F).
( ) Existe uma variedade de estratégias disponíveis para o estudo de interações proteína-proteína. Dentre essas, incluem aquelas que podem ser estudas no organismo nativo como co-imunoprecipitação, pulldown e Foster Ressonance Energy Transfer (FRET). Outras estratégias envolvem o uso de sistemas homólogos, como a expressão destas proteínas recombinantes em bactérias e o estudo da interação por termoforese em microescala, calorimetria e dicroismo celular e o desenho e a expressão de construções para o sistema duplo híbrido de levedura.
( ) Sem dúvidas, uma etapa crítica em um experimento para o estudo de interação proteína-proteína é a lise celular. Dentre os diversos métodos mecânicos (cavitação, choque osmótico, detergentes e enzimas como a lisozima) e não-mecânicos (sonicador, homogeinizador e o moinho de bolas) disponíveis é importante considerar o efeito da lise sobre a interação proteína-proteína. Por exemplo, uma lise intensa pode destruir as interações e promover resultados falsos-negativos. 
( ) Da mesma forma, a concentração de detergentes e de sais do tampão em que as células foram lisadas pode promover falsos-positivos caso não haja adstringência suficiente para dissolver interações não específicas.
( ) A co-imunoprecipitação da proteína endógena é possível com o acoplamento de anticorpos monoclonais e policlonais com uma resina que será isolada com a centrifugação. Como proteínas adquirem diferentes conformações conforme interagem com outras é interessante que o maior número possível de epítopos sejam co-imunoprecipitados, assim é indicado que anticorpos monoclonais sejam utilizados.
( ) O uso de tags como a cauda de histidina e fusões como a glutationa-S-transferase (GST) dispensa a necessidade de anticorpos. Ao invés de acoplar anticorpos a uma resina, se usa uma resina de níquel e de glutationa, respectivamente, para purificar por afinidade complexos associados às proteínas com a tag ou a fusão. No entanto, é importante considerar o efeito da junção da tag ou fusão à estrutura da proteína sobre sua conformação, função e sublocalização celular.
CAPÍTULO 15 – MECANISMOS DA COMUNICAÇÃO CELULAR
A figura abaixo representa um receptor presente em nossas células. Identifique o receptor e seus componentes.
Assinale verdadeiro (V) e falso (F):
( ) A sinalização celular é resultado de uma combinação de diferentes moléculas sinalizadoras e receptores que podem gerar como comando para a célula a sobrevivência, divisão, diferenciação e morte.
( ) Proteínas, nucleotídeos, esteroides e gases são exemplos de moléculas sinalizadoras. 
( ) Há quatro principais tipos de sinalização utilizados pelas nossas células: Endócrina, sináptica, parácrina e dependente de contato.
( ) As sinalizações endócrina e sináptica são de longa distância. 
CAPÍTULO 17 – CICLO CELULAR
Leia as afirmações a seguir, assinalando V (para Verdadeiro) ou F (para Falso) e marque a opção que apresenta a sequência correta:
( ) Além da função de Proliferação Celular, alguns mitógenos também atuam como Fatores de Crescimento Celular.
( ) Durante o ciclo celular, o maior intervalo de tempo é reservado para a citocinese (fenômeno de separação dos citoplasma entre as células-filhas).
( ) As fases G1 e G2, do inglês, “gap” (intervalos), são utilizadas pela célula apenas como repouso, não ocorrendo síntese de proteínas e outras macromoléculas durante o período.
( ) As concentrações das ciclinas variam conforme a etapa de ciclo celular.
( ) O terceiro ponto de conferência do sistema de controle do ciclo celular atua entre a metáfase e a anáfase para verificar se todos os cromossomos encontram-se ligados ao fuso mitótico.
V, V, F, V, F
F, F, F, V, V
V, F, F, V, V
V, F, F, F, V
F, V, F, V, F
CAPÍTULO 8 - ANÁLISE E MANIPULAÇÃO DE DNA: PCR, RT-PCR E PCR QUANTITATIVA
Quais são os reagentes necessários para obtenção de cópias de um fragmento de DNA de interesse, a partir de uma reação de PCR?
RNases, DNases, Proteases.
Água, Taq DNA Polimerase, Iniciadores.
Água, Taq DNA Polimerase, dNTP, Tampão, DNases.
Água, Taq DNA Polimerase, Amostra, RNases e DNases.
Água, Taq DNA Polimerase, dNTP, Iniciadores, Tampão, Amostra.
CAPÍTULO 22 – CÉLULAS TRONCO E RENOVAÇÃO DE TECIDOS
1) Assinale a alternativa correta: 
I- Células-tronco estão presentes nos mais diversos tecidos, elas auxiliam o organismo a se manter em homeostase. No decorrer do desenvolvimento de uma célula erros são acumulados, portanto como mecanismo de defesa, essa célula possui um tempo de vida limitado. Portanto no desenvolvimento de uma célula não diferenciada até uma célula terminalmente diferenciada, ocorre o processo chamado senescência. Além disso células-tronco também auxiliam no processo de reparo tecidual, em lesões, são as células-tronco que repovoam o tecido danificado. Levando em consideração essas duas funções das células-tronco, uma das propostas para utilização de células-tronco é a terapia celular. Nesse contexto diversas estratégias podem ser empregadas, porém vamos nos ater a duas, a primeira é em fornecer células-tronco em um nicho celular que está necessitando de reparo e outra estratégia é diferenciar células-tronco para as células do tecido que necessita de células e as transplantar. 
II - Células-tronco embrionárias podem gerar células de qualquer tecido, portanto podem gerar um indivíduo assim como um zigoto.
III - Células-tronco embrionárias podem ser utilizadas na terapia, justamente por sua plasticidade de diferenciação, afinal todos os processos de diferenciação já são conhecidos. Elas somente não são utilizadas devido ao custo e a discussão ética sobre o início da vida. 
IV - Uma das vantagens de uma célula-tronco mesenquimal, que é uma célula-tronco adulta, é que há uma menor chance de formação de teratomas, por ser uma célula já comprometida com uma via de diferenciação. Células tronco mesenquimais, podem se diferenciar para células do tecido ósseo, adiposo e cartilaginoso.
V - O processo de indução a pluripotência de células envolve a transfecção de fatores de transcrição de células não diferenciação, em células já terminalmente diferenciada. Esse processo permite doenças envolvidas na diferenciação celular sejam estudadas. E além disso em um futuro caso os mecanismos de diferenciação sejam totalmente compreendidos, nos fornecem uma possibilidade de produção de tecidos, a partir das células do próprio paciente, permitindo reduzindo a chance de rejeição.
VI - Células tronco hematopoiéticas, povoam a medula óssea, e se diferenciam para as células presentes no sangue. Uma terapia celular utilizada na utilizada atualmente é o transplante de medula, onde um paciente que necessita de novas células progenitoras hematopoiéticas, as recebe de um doador com alta compatibilidade. 
as afirmativas I,II,III,IV e V estão corretas
as afirmativas I,III e V estão incorretas
as afirmativas II e IV estão incorretas
A alternativa I esta correta
As alternativas I, IV, V e VI estão corretasAs alternativas I, IV, V e VI não estão corretas.
CAPÍTULO 8 – CULTURA CELULAR, CITOMETRIA DE FLUXO COM E SEM SORTING
2. Henriqueta Lacks, é o nome da paciente da qual foi isolada a célula de linhagem chamada HeLa, isolada em 1951, essa célula foi utilizada como modelo em diversos experimentos desde o seu isolamento e até hoje é utilizada em pesquisa. As células do sangue por sua vez são células de cultura primária, sobrevivendo de 3 a 15 dias dependendo do tipo celular. Qual o evento celular que está alterado nas células HeLa que permite que ela sobreviva tanto tempo em cultura enquanto que as células de sangue não conseguem? 
Senescência, evento no qual as células se proliferam indefinidamente
Senescência, evento no qual as células ativam a morte celular programada, apoptose, após o acúmulo de metabólitos e moléculas prejudiciais
Senescência, evento no qual as células se renovam, dividindo em duas células filhas 
Senescência, evento no qual as células ativam a morte celular programada, necrose, após o acúmulo de metabólitos.
3. Um separador de células ativado por fluorescência, pode separar células dependendo de suas características morfológicas e por fluorescência. Em seu laboratório você possui células-tronco hematopoiéticas transfectadas com GFP/RFP e CFP, ao se diferenciar para linfócitos essa célula perde sua fluorescência de GFP e CFP e somente expressa o gene RFP. Quando essas células se diferenciam para células mielóides, Elas perdem a expressão de GFP e RFP, e mantem somente a expressão de CFP. Portanto, com base nesse conhecimento e analisando os seguintes gráficos de citometria, qual célula esta presente nessa cultura? Para esse exercício, não há sobreposição entre os espectros de fluorescência dessas moléculas.
Célula mielóide 
Célula linfóide
Célula Mielo-linfóide
Célula progenitora hematopoiética 
CAPÍTULO 23 – PATÓGENOS E INFECÇÃO
1-         O que é um plasmídeo de virulência e porque isto é importante para um patógeno?
2-         Cite três mecanismos que uma bactéria resistente à antibióticos utiliza para escapar da morte e explique resumidamente um deles.  
CAPÍTULO 24 – OS SISTEMAS IMUNES INATOS E ADAPTATIVOS
Assinale a opção com as respostas corretas.
( ) O sistema imune inato compreende as barreiras físico, químicas e celulares. Ele está presente tanto nos seres vertebrados como invertebrados e propicia uma defesa rápida e inespecífica. São características do sistema imune inato a atividade fagocítica, o sistema complemento e a ativação e proliferação de células T.
( ) Neutrófilos e macrófagos são células fagocíticas. Macrófagos nunca são circulantes, enquanto estão na circulação sanguínea ou linfática são caracterizado como monócito. Neutrófilos são circulantes mas podem migrar para tecidos. Uma vez que chegam ao local lesionado, iniciam sua principal atividade, a fagocitose.
( ) Os complexos de histocompatibilidade maior (MHC) pertencem a duas classes, I e II. MHC-I é expresso pelas células saudáveis com o objetivo de apresentar peptídeos que elas produzem (self) e também de agentes invasores como vírus ou bactérias. Por outro lado, MHC-II é expresso por células apresentadoras de antígenos e age como um elemento primordial na ativação de linfócitos T. A presença de MHC classe I pode conduzir células T citotóxicas a eliminarem as células apresentadora enquanto que a redução ou ausência de MHC-I também pode resultar em morte celular pela ação das células Natural Killer.
( ) A ativação e proliferação de uma célula T helper se dá a partir do momento em que um pepídeo é apresentado em um MHC-II por uma célula dendrítica. A presença de interleucinas determina a classe que a célula T terá. Presença de IL-12 resulta em células T helper do tipo 1, enquanto de IL-4 resulta em células T helper do tipo 2. Cada tipo de célula T helper produz um diferente conjunto de interleucinas, as quais promovem desde o recrutamento de polimorfonucleares, diferenciação de células B até o auxílio no combate a infestações parasitárias (helmintos).
( ) Anticorpos são proteínas sintetizadas por células B efetoras capazes de sinalizar, inativar, aglutinar e precipitar patógenos. Há várias classes de anticorpos humanos (IgG, IgM, IgE, IgD e IgA). IgM é incialmente expresso na forma de um receptor da célula B e depois passa a ser secretado. IgG se encontra em maior fração no soro e dentre suas funções encontram-se opsonização tanto para fagocitose como para o sistema complemento. IgD é capaz de transpor barreiras e atingir mucosas como lágrimas, leite ou saliva.
1) F-V-F-V-V
2) F-V-V-F-F
3) V-V-F-V-V
4) F-V-V-V-F
5) V-V-V-F-F
CAPÍTULO 8 – CONSTRUÇÃO DE BIBLIOTECAS GENÔMICAS E DE cDNA
Em 1989, uma equipe de cientistas conseguiu identificar a presença do vírus da hepatite B em amostra de pacientes a partir da construção de uma biblioteca de cDNA. Demonstrando assim, uma importante descoberta a partir dessa técnica molecular.
Sabe-se que a biblioteca de cDNA é diferente da biblioteca de DNA (genômica) por questões de técnica e de material final. Por um lado, para formar uma biblioteca genômica é necessário fragmentar todo o DNA e introduzi-lo em vetores, como por exemplo os plasmídeos, e armazená-los para futuras análises. Por outro lado, a construção de um uma biblioteca de cDNA possui suas características para construção. Com base em seus conhecimentos, descreve de forma breve as etapas desde a coleta da amostra até a obtenção de uma biblioteca de cDNA.