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RNA: transcrição e processamento Profa Marilene Santos Instituto de biologia Departamento de Genética Disciplina: Genética molecular Relembrar e não esquecer! Perguntas • Como a informação contida no DNA é transferida? • Como a estrutura do DNA e do RNA diferem? • Como o processamento do RNA ocorre? Primeiras evidências A informação não é transferida diretamente do DNA para a proteína • O DNA no núcleo e a proteína no citoplasma Primeiros experimentos • Elliot Volkin e Lawrence Astrchan (1975) • E. coli infectada pelo fago T2 – intensa síntese de RNA * RNA é renovado rapidamente • Experimento de pulso-caça • Bactérias infectadas possuem uracil radioativo – pulso • Remove-se o marcado e põe um não marcado – caça • Degrada-se – indicando que o RNA tem um tempo curto de vida • Em eucariontes • Células pulsadas com uracil radioativo • Transferidas para um meio não marcado • Após o pulso a maioria da marcação está no núcleo • Após a caça – no citoplasma Propriedades do RNA • DNA e RNA = ácidos nucléicos. Entretanto, o RNA • Cadeia unifilamentar, portanto, mais flexível – podendo se dobrar – pareamento intramolecular • Açúcar Ribose 1 • Os nucleotídeos são chamados de ribonucleotídeos • Adenina, Guanina, Citosina e Uracil. 1 • Uracil faz pareamento com a Adenina Ainda, U pode parear com G – APENAS DURANTE O DOBRAMENTO DO RNA! • RNA catalisa reações - ribozima Propriedades do RNA Classes de RNA mRNA Funcional tRNA rRNA • RNA mensageiro (mRNA) – codifica a informação para a síntese da cadeia polipeptídica, são intermediários • RNA funcionais – não codifica – é o produto funcional • tRNA –levam o aminoácido para mRNA durante a tradução • rRNA – moléculas componentes do ribossomo Classes de RNA • Ainda sobre RNA funcionais, porém específicos dos eucariontes. • Pequenos RNA nucleares (snRNA) - fazem parte de um sistema que processam os RNA transcritos • Spliceossomo que remove íntrons do mRNA eucarióticos • MicroRNA (miRNA) – regulação da quantidade de proteínas produzidas por muitos genes • RNA de interferência (siRNA) – inibem a produção de vírus e impedem a dispersão de elementos de transposição Classes de RNA Transcrição • O DNA é transcrito em RNA - sendo assim, o RNA é chamado de transcrito • Sequência do RNA é complementar à sequência de bases de um segmento de DNA Como a informação do DNA é transferida para o RNA? • Pareamento complementar de bases • Em resumo: • Filamentos da dupla hélice do DNA se separam • Um dos filamentos atua como molde • Síntese do mRNA (os ribonucleotídeos formam pares A – T (DNA); G – C (DNA), e U – A (DNA) Importante • Ambos os filamento do DNA são usados como molde • Mas, em qualquer gene, apenas um filamento é usado e, nesse gene, é sempre o mesmo filamento. • A transcrição sempre ocorre no sentido 5’ para 3’ • RNA polimerase • Posiciona ribonucleotídeos em oposição a sua base complementar • Liga-se ao DNA e move-se ao longo dele unindo os ribonucleotídeos alinhados • Desenrola o DNA a frente e reenrola o que já foi transcrito • A ponta 5’ é deslocada do molde e a bolha de transcrição se fecha atrás da polimerase • Várias RNA polimerases movem-se ao longo da molécula Como a informação do DNA é transferida para o RNA? • A sequência do RNA deve ser a mesma do DNA não molde – exceto que a timina é substituída pela uracil • Filamento codificante – filamento não-molde Estágios da transcrição 1. Iniciação - 2. Alongamento e 3. Término Similares em eucariontes e procariontes Transcrição em Procariontes Iniciação • RNA polimerase se liga a um promotor = sitio antecedente • Está situado antes do sítio de iniciação • Sitio iniciador – primeira base a ser transcrita • Sítio posterior situado após a região de transcrição • A primeira base do DNA a ser transcrita é numerada +1 • Bases antes do sítio de inicio – indicadas por um sinal negativo (-) • Posteriores – sinal positivo (+) • Regiões -35 e -10 (situadas a 35 e 10 pares de bases antes da transcrita) – (TTGACAT e TATAAT) - sequência consenso • Região codificante - ATG • Sequência entre o sítio de iniciação e +1 (ATG) - região não-traduzida 5’ (5’ UTR) Transcrição em Procariontes Transcrição em Procariontes • Holoenzima RNA polimerase liga-se ao sitio de iniciação, desenrola o DNA e começa a síntese • Cinco unidades: • 2 subunidades α – ajudam a montar a enzima • β – ativa na catálise – sítio de ligação de trifosfato de ribonucleosídeo • β‘ – região de ligação ao DNA • ω – atua na montagem da enzima • - liga-se as regiões -10 e -35, separar os filamentos de DNA na região -10. Transcrição em Procariontes Três etapas principais da iniciação • Ligação da RNA pol. A um região promotora • Deselicoidização localizada • Formação de ligações fosfodiéster entre os primeiros ribonucleotídeos. Alongamento • RNA polimerase se move – desenrolando e enrolando a fita de DNA • Região unifilamentar – bolha de transcrição Transcrição em Procariontes Término • Região 3’ UTR (não-traduzida) após a região codante • RNA polimerase é liberada e libera o RNA em síntese ao encontrar essa sequência • Mecanismos de término em E. coli • Intrínsecos ou independentes de Rô • Dependentes de rô Transcrição em Procariontes • Intrínseco - término direto – trecho rico de CG (pareiam formando alça em grampo) seguido por fileira de A • RNA polimerase retrocede encontra a alça – esse bloqueio gera a liberação do transcrito • Rô - proteína chamada fator rô que reconhece os sinais de término – sequência rica em C e pobre em G (40 a 40 nucleotídeos) e rut – ligação de rô a rut. Transcrição em Procariontes Transcrição em eucariontes • Similar a dos procariontes Um pouquinho mais complexa por alguns motivos: • Muitos mais genes e muito mais DNA não codificante • 1 gene por 1400 pb – E. coli • 1 gene por 100.000 pb • Etapa inicial um pouco mais trabalhosa! • Presença de núcleo – RNA deve ser modificado antes de deixar o núcleo Três polimerases diferentes • RNA polimerase I transcreve os genes de rRNA • RNA polimerase II – todos os genes codificantes de proteínas (mRNA) e alguns snRNA • RNA polimerase III – pequenos RNA funcionais (tRNA, snRNA e 5S rRNA) Transcrição em eucariontes Início • GTF (fatores de transcrição) reconhecem as sequências promotoras • Atrair a RNA pol. II e posicioná-la no sitio correto • GTF + RNA pol. II = complexo de pré-iniciação (PIC) • Qual é a sequência promotora em eucariontes? • TATA boxe - -30pb do ponto de início de transcrição • Ligação da proteína de ligação a TATA (TBP) primeiro evento da transcrição Transcrição em eucariontes • TBP ligada a TATA – atrai os outros GTF e a RNA pol II – complexo de pré-iniciação • RNA pol II se dissocia e continua a síntese • GTF permanece para atrair mais RNA pol. II Detalhadamente: • A fase de iniciação e de alongamento começa quando a CTD (domínio de cauda de carboxila) ter sido fosforilada por um GTF Transcrição em eucariontes Início - Detalhadamente TFIID – primeiro fator a interagir com o promotor – contém a proteína de ligação a TATA - TBP TFIIA e TFIIB – junta-se ao complexo em formação TFIIF associa-se a RNA pol.II e junta-se ao complexo TFIIE – liga-se ao DNA posterior TFIIH e TFIIJ também juntam- se ao PIC Transcrição em eucariontes Como a RNA pol. II transcreve o DNA acondicionado em nucleossomos? • A RNA pol. II move-se através dos nucleossomos • FACT – Facilitador de transcrição da cromatina • Remove H2A e H2B • Fact eoutras proteínas redepositam os dímeros Alongamento e término • Ocorre dentro da bolha de transcrição similar aos procariontes • Eucariontes ocorre o processamento • 1. adição de um revestimento (cap) 5’ • 2. recomposição para eliminar íntrons • 3. poliadenilação (adição cauda adenina 3’) Transcrição em eucariontes O processamento ocorre durante a síntese do RNA, isto é, o processamento é Co-transcricional Processamento das pontas 5’ e 3’ • RNA nascente emerge - adicionada a ponta 5’ um revestimento • 7-metilguanosina • Função- proteger o RNA Transcrição em eucariontes • O alongamento continua... • Até que seja reconhecida a sequência AAUAAA ou AUUAAA perto da ponta 3’ (sinal de poliadenilição) • Uma proteína corta o RNA 20 pb depois! • Adiciona a cauda poli (A) – 150 a 200 adeninas • Recomposição (splicing) – remoção dos íntrons e união dos éxons • Recomposição alternativa – diferentes mRNA são produzidos pelo mesmo transcrito primário • Processo raro em plantas, mais de 70% do genes humanos são recompostos alternativamente • Junções regiões conservadas porque participam da recomposição • Íntron – GU na ponta 5’ e AG na ponta 3’ Pequenos RNAs nucleares (snRNA) (U1, U2,U4,U5 e U6) e mais de 100 proteínas fazem parte do spliceossomo. • I etapa – liga uma ponta de um íntron a uma adenina interna – estrutura em forma de laço • II etapa – libera o laço e junta os dois éxons adjacentes Recomposição alternativa