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Aminoácidos, proteínas e enzimas Professor: Raffael A. C. Oliveira Contato: raffael.oliveira@unp.br Objetivos da aula • Reconhecer as características principais dos aminoácidos; • Descrever os diferentes níveis de organização das proteínas; • Descrever as principais funções desempenhadas pelas proteínas nas células; • Descrever os conceitos de enzima, sítio ativo, especificidade e holoenzimas; • Compreender os princípios gerais das reações enzimáticas; • Relacionar como fatores físicos, químicos e inibidores afetam as reações enzimáticas. Diversidade de proteínas na natureza Aminoácidos – A unidade fundamental da proteína Será que tem alguma música do Mundo Bita pra decorar os nomes dos aminoácidos? Aminoácidos – Estrutura • São moléculas químicas complexas; • Possuem um esqueleto comum: um carbono central ligado a um ácido carboxílico, um grupamento amina, um hidrogênio e uma cadeia lateral e CARBONO QUIRAL; • Essa cadeia lateral que define o tipo de aminoácido; • Aminoácidos possuem isomeria espacial L e D-enantiômeros; Classificação estrutural e funcional dos aminoácidos It can’t be that hard Aminoácidos – Classificação estrutural e funcional • Os aminoácidos, em sua maioria, são classificados de acordo com a sua cadeia lateral; • Existem 20 aminoácidos mais comumente usados na síntese de proteínas; • Classificação em 5 grupos baseado na carga e polaridade da cadeia lateral. Aminoácidos apolares alifáticos • Aminoácidos que não são solúveis em água e não possuem estruturas cíclicas em sua cadeia lateral; • Os aminoácidos desse grupo são apolares e hidrofóbicos; • Têm normalmente o papel de estabilizar núcleos proteicos, pois ficam no interior das estruturas tridimensionais da proteína, longe da água. Aminoácidos aromáticos • Aminoácidos que não são solúveis em água e possuem estruturas cíclicas em sua cadeia lateral; • Os aminoácidos desse grupo são apenas hidrofóbicos; • Têm normalmente o papel de estabilizar núcleos proteicos; • Utilização científica: absorvem luz ultravioleta caracterização de → novas proteínas. Aminoácidos polares não-carregados • Aminoácidos que são um pouco solúveis em água e não possuem estruturas cíclicas em sua cadeia lateral; • Esses aminoácidos não possuem carga líquida positiva ou negativa; • Cisteína → ligações dissulfeto para estabilização dos núcleos proteicos. Aminoácidos polares carregados positivamente • Aminoácidos bastante solúveis em água e não possuem estruturas cíclicas em sua cadeia lateral; • Normalmente são constituintes de enzimas pois suas cadeias laterais carregadas facilitam reações por serem doadoras/aceptoras de prótons. Aminoácidos polares carregados negativamente • Aminoácidos bastante solúveis em água e não possuem estruturas cíclicas em sua cadeia lateral; • Normalmente são constituintes de enzimas pois suas cadeias laterais carregadas facilitam reações por serem doadoras/aceptoras de prótons. Outras funções dos aminoácidos Funções alternativas dos aminoácidos • Promovem síntese proteica; • Estimulam o crescimento; • Melhoram o sistema imunológico; • Regulam hormônios; • Participam da síntese de neurotransmissores, vitaminas, coenzimas; • Precursores de histamina; • Tampões biológicos; • Transporte de ácidos graxos (L-carnitina); • Intermédiarios da síntese de outros aminoácidos; • Constituintes de parede celular (bacteriana) e estruturas em animais (chifres, cascos); • Aminoácidos transitórios em proteínas. Aminoácidos essenciais • São aminoácidos que não são sintetizados pelo corpo humano, mas que são necessários para muitos processos biológicos; • Erros inatos do metabolismo deficiência no metabolismo de alguns desses (fenilalanina, tirosina, triptofano); • Origem animal e vegetal (dupla brasileira contém 8 dos 9 aminoácidos essenciais) Branched Chain Amino Acid - BCAA • Aminoácidos de cadeia ramificada – valina, leucina e isoleucina; • Síntese de proteínas musculares, síntese de neurotransmissores, pump no sistema imunológico, ... • Promovem a beta-oxidação, possuem um efeito similar ao da insulina implica numa redução das concentrações → plasmáticas de glicose; • BCAAs são oxidados nos músculos para produzir energia → redução do ácido lático (exercícios anaeróbios) e da glicogenólise (exercícios aeróbios). Peptídeos e proteínas – Um conjunto de aminoácidos A brincadeira começa a ficar melhor. Qual a diferença entre eles? Peptídeos – estrutura • Quando duas moléculas de aminoácidos (iguais ou diferentes) são ligadas entre si, há a formação de um peptídeo; • Aminoácidos são ligados entre si por ligações peptídicas (amida substituída; desidratação); • Oligopeptídeos, polipeptídeos (Proteínas) → SEQUÊNCIA de aminoácidos; • Porção carboxi terminal e porção amino terminal. Como surgem as proteínas? • Quando o papai proteína e a mamãe proteína se amam muito...; • Dogma central da biologia celular; • DNA RNA mensageiro → → TRANSCRITO; • Diferenças entre as proteínas: quantidade, tipo e sequência dos aminoácidos. Proteínas – Estrutura e Função • Uma proteína é uma nomenclatura para uma conformação específica de uma sequência de aminoácidos; • Esquema organizacional de uma proteína: estrutura primária → estrutura secundária estrutura → terciária → estrutura quaternária; • Cada porção organizacional tem uma particularidade. Estrutura primária de uma proteína • Consiste na sua sequência de aminoácidos: uma sopa de 20 letras, organizada “aleatoriamente”; • É na estrutura primária que existe a informação de quais aminoácidos constituem uma proteína; • A estrutura primária é uma estrutura rígida e planar, com pouca possibilidade de rotação entre as ligações (a depender do aminoácido); • Existem doenças associadas à mudança na sequência proteica (resultado de uma mutação) ex.: anemia falciforme→ Estrutura secundária de uma proteína • Refere-se a um arranjo estrutural dos átomos de aminoácidos próximos entre si na estrutura primária; • Normalmente essas ligações são favorecidas (e mantidas) por ligações de hidrogênio; • As estruturas podem ser α-Hélice ou folha-β cada uma com um tipo de função estrutural diferente; α-Queratina (mamíferos – pelos, unhas, garras, chifres...) Agentes redutores fracos! Estrutura terciária de uma proteína • Refere-se ao arranjo tridimensional de todos os átomos da molécula; • Normalmente essa é a etapa final monômeros x → multímeros; • Depende de ligações não-covalentes entre as cadeias laterais dos resíduos de aminoácidos: • Ligações de hidrogênio; • Pontes dissulfeto; • Interações hidrofóbicas; • Interações com metais (grupos prostéticos); • E a lista continua... Grupos prostéticos • Referem-se a estruturas orgânicas ou inorgânicas que se ligam permanentemente na estrutura proteica (seja de uma proteína com ou sem atividade enzimática); • Esse grupo prostético normalmente dá ou aumenta a função biológica de uma proteína. Dobramento das proteínas – formação da estrutura terciária • Processo é hierárquico (est. secundárias...); • Dobramento espontâneo. • Manutenção contínua do grupo ativo de proteínas celulares, necessárias em um dado conjunto de condições - proteostase. • Chaperonas moleculares. Estrutura quaternária de uma proteína • Refere-se a proteínas que contém mais de uma subunidade várias estruturas terciárias combinadas; • Proteínas complexas (enzimas), proteínas de transporte (hemoglobina), transportadores (canais de sódio); • Associação de cadeias polipeptídicas pode variar de 2 a 12 cadeias idênticas ou diferentes. Desnaturação de proteínas • Proteínas são estruturas complexas, porém relativamente frágeis; • Desnaturação de proteína está relacionado à interferência nas ligações de uma estrutura terciária ou quaternária; • Na maioria dos casos é um processo reversível; • Pode levar a perda da estrutura e por conseguinte, sua função; • Fatoresque contribuem para a desnaturação: pH, temperatura, salinidade, etc. Enzimas – tipos de proteínas com funções específicas Agora que fica mais fácil? Perguntinha O que tem nas nossas lágrimas? (que geralmente caem no momento da prova kkkk) O que são enzimas? • Catalisadores biológicos; • Aumentam a velocidade de reações químicas, mas sem alterar o equilíbrio das reações – catálise; • Possuem um altíssimo grau de especificidade com um ou um grupo de substratos; • Todas as enzimas são proteínas, com algumas exceções: moléculas de RNA – ribozimas. Componentes fundamentais de uma reação enzimática E + S ES EP E +P Funcionamento das enzimas • Todas as reações químicas podem ocorrer naturalmente, mas o fato de que elas podem não significa necessariamente que elas acontecerão; • Enzimas agem diminuindo essa necessidade maior de energia, servindo como facilitadora na reação química. Onde ocorrem as reações? • Em todas as enzimas, existe um local chamado sítio ativo, que é uma porção da enzima que contém cadeias laterais específicas que juntas interagem com um substrato qualquer e formam um produto; • O substrato se liga ao sítio ativo, ocorre sua biotransformação e então é liberado pela enzima; • Existem diversos modelos de funcionamento enzimático; • Chave-fechadura (modelo presumidamente ERRADO, ensinado nas escolas com fins didáticos); • Ajuste induzido. Modelo chave- fechadura Modelo do ajuste induzido Enzimas – Cofatores e coenzimas • Algumas enzimas (maiores e mais complexas) requerem outras moléculas não-protéicas (prostéticos) para funcionar. • Cofatores (íons metálicos – Zn, Mn...); • Coenzimas (vitaminas ou subst. orgânicas). Enzimas – Cofatores • São íons inorgânicos, como cobre, zinco e ferro, que se ligam a certas enzimas e são essenciais ao funcionamento; • A enzima sem o cofator é inativa e só passa a ter atividade quando ligada a ele. Enzimas – Coenzimas • São moléculas orgânicas necessárias para o funcionamento de uma enzima; • Do mesmo modo, agem como cofatores e tornam uma enzima inativa (apoenzima) em sua forma ativa (holoenzima); • Na maioria dos casos, é na coenzima que está o sítio ativo para ligação ao substrato. Inibição enzimática Imagina se elas não pudessem ser paradas? Enzimas – Inibidores • Um inibidor enzimático é qualquer molécula que diminua ou interrompa a ação de uma enzima, interferindo na catálise; • Por que são necessários? As enzimas não precisam estar ativas para trabalhar? • Exemplos: pepsina, tripsina, ... • Medicamentos que inibem enzimas (ex.: AAS); • Inibição reversível (competitiva ou não competitiva) ou irreversível. Inibição reversivel competitiva • inibidor se liga reversivelmente à enzima e compete com o substrato pelo sítio ativo; • O efeito do inibidor competitivo é revertido pelo aumento da [S]. Inibição reversivel não-competitiva • Inibidor e substrato ligam-se em locais diferentes da enzima; • Alteração do sítio ativo. Inibição irreversível • Inibidores se ligam covalentemente ao sítio ativo da enzima; • Inativação permanente • Cianeto • Mercúrio • Pesticidas Perguntas de fixação 1. Reações enzimáticas simples geralmente ocorrem conforme a equação: onde E, S e P são enzima, substrato e produto, respectivamente. a) O que ES representa nessa equação? b) Por que a primeira etapa é mostrada com uma seta bidirecional e a segunda com uma seta unidirecional? c) Por que E aparece no início e no fim da equação? d) Frequentemente, uma alta concentração de P inibe a enzima. Sugira o porquê dessa ocorrência. 2. Porque atualmente a ideia do modelo chave-fechadura foi, de certa forma, “substituída” pelo modelo chamado de encaixe-induzido? Slide 1 Objetivos da aula Diversidade de proteínas na natureza Slide 4 Aminoácidos – A unidade fundamental da proteína Aminoácidos – Estrutura Classificação estrutural e funcional dos aminoácidos Aminoácidos – Classificação estrutural e funcional Aminoácidos apolares alifáticos Aminoácidos aromáticos Aminoácidos polares não-carregados Aminoácidos polares carregados positivamente Aminoácidos polares carregados negativamente Outras funções dos aminoácidos Funções alternativas dos aminoácidos Aminoácidos essenciais Branched Chain Amino Acid - BCAA Peptídeos e proteínas – Um conjunto de aminoácidos Peptídeos – estrutura Slide 20 Como surgem as proteínas? Proteínas – Estrutura e Função Estrutura primária de uma proteína Slide 24 Slide 25 Estrutura secundária de uma proteína Slide 27 Estrutura terciária de uma proteína Grupos prostéticos Dobramento das proteínas – formação da estrutura terciária Estrutura quaternária de uma proteína Desnaturação de proteínas Enzimas – tipos de proteínas com funções específicas Slide 34 O que são enzimas? Componentes fundamentais de uma reação enzimática Slide 37 Funcionamento das enzimas Slide 39 Onde ocorrem as reações? Slide 41 Enzimas – Cofatores e coenzimas Enzimas – Cofatores Enzimas – Coenzimas Inibição enzimática Enzimas – Inibidores Inibição reversivel competitiva Inibição reversivel não-competitiva Inibição irreversível Perguntas de fixação Slide 51
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