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BIOLOGIA CELULAR E MOLECULAR BELO HORIZONTE / MG Sumário 1 CITOLOGIA A FRONTEIRA DAS CÉLULAS ................................................................. 4 2 AS CÉLULAS CONSTITUEM OS SERESVIVOS ........................................................... 5 3 A MEMBRANA PLASMÁTICA ....................................................................................... 7 4 O CITOPLASMA ............................................................................................................. 7 5 AS MITOCÔNDRIAS E A PRODUÇÃO DE ENERGIA ................................................... 8 6 ORGANELAS CELULARES ........................................................................................... 9 6.1 O retículo endoplasmático e a distribuição de substâncias ...................................................... 10 6.2 O complexo de golgi e o armazenamento das proteínas ......................................................... 10 6.3 Os lisossomos e a digestão celular .......................................................................................... 11 6.4 Fagocitose e pinocitose ............................................................................................................ 11 6.5 Os centríolos e a divisão celular ............................................................................................... 12 O núcleo da célula ................................................................................................................ 13 7 CÉLULAS EUCARIONTES E PROCARIONTES .......................................................... 13 7.1 Os componentes do núcleo ...................................................................................................... 14 7.2 A carioteca................................................................................................................................ 14 7.3 Poros da carioteca .................................................................................................................... 15 7.4 A cromatina .............................................................................................................................. 15 7.5 Os nucléolos ............................................................................................................................. 16 8 DIVISÃO CELULAR ...................................................................................................... 17 8.1 Células haploides e diploides ................................................................................................... 18 8.2 Tipos de divisão celular ............................................................................................................ 19 9 INTRODUÇÃO à BIOLOGIA MOLECULAR ................................................................. 20 9.1 Componentes celulares ............................................................................................................ 22 9.2 Compostos inorgânicos ............................................................................................................ 22 9.3 Sais Minerais ............................................................................................................................ 23 10 .COMPOSTOS ORGÂNICOS ....................................................................................... 23 10.1 Lipídeos, Ácidos Nucléicos e Proteínas ................................................................................... 23 10.2 Vitaminas .................................................................................................................................. 24 10.3 Ácidos nucleicos ....................................................................................................................... 25 10.4 Proteínas .................................................................................................................................. 26 11 ENERGIA E ORDEM BIOLÓGICA I ............................................................................. 26 11.1 Como Criar Ordem a partir da Desordem? ............................................................................... 28 11.2 Acoplamento de reações .......................................................................................................... 29 12 .ACIDOS NUCLEICOS .................................................................................................. 29 12.1 Estrutura do DNA. .................................................................................................................... 30 13 ESTRUTURA DAS PROTEINAS .................................................................................. 33 13.1 Proteínas Especiais: Enzimas .................................................................................................. 36 14 FLUXO DA EXPRESSÃO GÊNICA .............................................................................. 38 Transcrição do DNA ............................................................................................................................. 39 14.1 Tradução Gênica I .................................................................................................................... 42 14.2 Tradução Gênica II ................................................................................................................... 45 14.3 Alterações Pós-Tradicionais ..................................................................................................... 46 15 REPLICAÇÃO DO DNA I .............................................................................................. 48 15.1 Replicação do DNA II ............................................................................................................... 50 VIRUS .................................................................................................................................... 52 15.2 Genoma Viral............................................................................................................................ 53 15.3 Biologia do Bacteriografo λ ....................................................................................................... 54 15.4 Genoma Do Bacteriófago λ ...................................................................................................... 54 15.5 Uso Do Fago Λ Como Vetor Em Clonagem Molecular ............................................................. 55 AIDS ....................................................................................................................................... 56 16 GENOMA PROCARIÓTICO I ........................................................................................ 59 16.1 Genoma Procariótico II ............................................................................................................. 62 17 GENOMA EUCARIÓTICO I........................................................................................... 64 17.1 Genoma Eucariótico II .............................................................................................................. 67 17.2 Genoma Eucariótico III ............................................................................................................. 68 18 TECNOLOGIA DO DNA I .............................................................................................. 69 18.1 Enzimas de restrição ................................................................................................................ 70 18.2 DNA Recombinante .................................................................................................................. 72 19 VETORES DE CLONAGEM MOLCULAR – PLASMÍDEOS ......................................... 73 19.1 Hibridização do DNA ................................................................................................................ 76 19.2 Sequenciamento de DNA......................................................................................................... 78 20 BIOLOGIA DA MATRIZ EXTRACELULAR I ................................................................ 79 20.1 Colágeno .................................................................................................................................. 80 20.2 Glicosaminoglicanas ................................................................................................................. 81 21 MATRIZ EXTRACELULAR II ........................................................................................ 82 21.1 Fibras Elásticas ........................................................................................................................ 83 21.2 Biologia Molecular do Câncer I ................................................................................................. 84 22 CONTROLE NORMAL DO CICLO CELULAR ............................................................. 85 23 Controle Anormal Do Ciclo Celular ............................................................................ 86 23.1 Biologia Molecular do Câncer II ................................................................................................ 87 24 BIBLIOGRAFIA BÁSICA .............................................................................................. 89 1 CITOLOGIA A FRONTEIRA DAS CÉLULAS Fonte: aprovadonovestibular.com No mundo de hoje, é comum pensarmos em um país como sendo uma porção de terra delimitada espacialmente das demais pela presença de uma fronteira. Vamos pensar no caso do Brasil. Estamos rodeados de mar em metade do nosso território e, na outra metade, fazemos fronteira terrestre com outros nove países da América do Sul. Em suas fronteiras, todos os países instalam uma alfândega, que é uma repartição governamental de controle do movimento de entradas e saídas das pessoas e de mercadorias para o exterior ou deles provenientes. Com as células não é diferente. Cada uma delas tem uma “área de fronteira”, representada pela membrana plasmática e, nesta área, as células também possuem o seu “posto alfandegário”, as proteínas. Assim como nas aduanas das fronteiras entre os países, essas proteínas são as responsáveis pelo reconhecimento de substâncias vindas de dentro ou de fora da célula como, por exemplo, hormônios. O trabalho realizado por uma célula é semelhante ao que acontece em uma fábrica, como a de televisores, por exemplo. Através de portões, dá-se a entrada de diversos tipos de peças destinadas as linhas de montagem. Para a fabricação e a montagem dos aparelhos, são necessários energia e operários habilitados. É preciso, ainda, um setor de embalagem para preparar a expedição do que é produzido e uma diretoria para comandar todo o complexo fabril e manter o relacionamento com o mundo externo. Tudo dentro dos limites representados pelo muro da fábrica. Fonte: sobiologia.com.br A célula possui setores semelhantes aos de uma fábrica. Um limite celular, representado pela membrana plasmática, separa o conteúdo da célula, o citoplasma, do meio externo. O citoplasma, constituído por organoides e hialoplasma (ou citosol), um material viscoso representa o setor produtivo. Um núcleo contendo o material genético representa “a diretoria” da célula. 2 AS CÉLULAS CONSTITUEM OS SERESVIVOS Os seres vivos diferem da matéria bruta porque são constituídos de células. Os vírus são seres que não possuem células, mas são capazes de se reproduzir e sofrer alterações no seu material genético. Esse é um dos motivos pelos quais ainda se discute se eles são ou não seres vivos. A célula é a menor parte dos seres vivos com forma e função definidas. Por essa razão, afirmamos que a célula é a unidade estrutural dos seres vivos. A célula - isolada ou junto com outras células - forma todo o ser vivo ou parte dele. Além disso, ela tem todo o "material" necessário para realizar as funções de um ser vivo, como nutrição, produção de energia e reprodução. Cada célula do nosso corpo tem uma função específica. Mas todas desempenham uma atividade "comunitária", trabalhando de maneira integrada com as demais células do corpo. É como se o nosso organismo fosse uma imensa sociedade de células, que cooperam umas com as outras, dividindo o trabalho entre si. Juntas, elas garantem a execução das inúmeras tarefas responsáveis pela manutenção da vida. As células que formam o organismo da maioria dos seres vivos apresentam uma membrana envolvendo o seu núcleo, por isso, são chamadas de células eucariotas. A célula eucariota é constituída de membrana celular, citoplasma e núcleo. http://www.sobiologia.com.br/conteudos/Citologia/cito.php http://www.sobiologia.com.br/conteudos/Citologia/cito.php Fonte: rizomas.net/component Nestas figuras você pode comparar uma célula humana (animal) com uma célula vegetal. A célula vegetal possui parede celular e pode conter cloroplastos, duas estruturas que a célula animal não tem. Por outro lado, a célula vegetal não possui centríolos e geralmente não possui lisossomos, duas estruturas existentes em uma célula animal. Fonte: viagempelabiologia.blogspot.com.br 3 A MEMBRANA PLASMÁTICA A membrana plasmática é uma película muito fina, delicada e elástica, que envolve o conteúdo da célula. Mais do que um simples envoltório, essa membrana tem participação marcante na vida celular, regulando a passagem e a troca de substancias entre a célula e o meio em que ela se encontra. Muitas substâncias entram e saem das células de forma passiva. Isso significa que tais substâncias se deslocam livremente, sem que a célula precise gastar energia. É o caso do gás oxigênio e do gás carbônico, por exemplo. Outras substâncias entram e saem das células de forma ativa. Nesse caso, a célula gasta energia para promover o transporte delas através da membrana plasmática. Nesse transporte há participação de substâncias especiais, chamadas enzimas transportadoras. Nossas células nervosas, por exemplo, absorvem íons de potássio e eliminam íons de sódio por transporte ativo. Fonte: sobiologia.com.br Observe a membrana plasmática. Ela é formada por duas camadas de lipídios e por proteínas de formas diferentes entre as duas camadas de lipídios. Dizemos, assim, que a membrana plasmática tem permeabilidade seletiva, isto é, capacidade de selecionar as substâncias que entram ou saem de acordo com as necessidades da célula. 4 O CITOPLASMA O citoplasma é, geralmente, a maior opção da célula. Compreende o material presente na região entre a membrana plasmática e o núcleo. Ele é constituído por um material semifluido, gelatinoso chamado hialoplasma. No hialoplasma ficam imersas as organelas celulares, estruturas que desempenham funções vitais diversas, como digestão, respiração, excreção e circulação. A substância mais abundante no hialoplasma é a água. Vamos, então, estudar algumas das mais importantes organelas encontradas em nossas células: mitocôndrias, ribossomos, retículo endoplasmático, complexo de Golgi, lisossomos e centríolos. Fonte: elizianecardosogoncalves 5 AS MITOCÔNDRIAS E A PRODUÇÃO DE ENERGIA Fonte: pt.slideshare.net http://pt.slideshare.net/pedrocsl/mitocondria-13210427 http://pt.slideshare.net/pedrocsl/mitocondria-13210427 As mitocôndrias são organelas membranosas (envolvidas por membrana) e que têm a forma de bastão. Elas são responsáveis pela respiração celular, fenômeno que permite à célula obter a energia química contida nos alimentos absorvidos. A energia assim obtida poderá então ser empregada no desempenho de atividades celulares diversas. Um dos "combustíveis" mais comuns que as células utilizam na respiração celular é o açúcar glicose. Após a "queima" da glicose, com participação do gás oxigênio, as células obtêm energia e produz resíduos,representados pelo gás carbônico e pela água. O gás carbônico passa para o sangue e é eliminado para o meio externo. A equação abaixo resume o processo da respiração celular: Glicose + gás oxigênio ---> gás carbônico + água + energia 6 ORGANELAS CELULARES Os ribossomos e a produção de proteínas As células produzem diversas substâncias necessárias ao organismo. Entre essas substâncias destacam-se as proteínas. Os ribossomos são organelas não membranosas, responsáveis pela produção (síntese) de proteínas nas células. Eles tanto aparecem isolados no citoplasma, como aderidos ao retículo endoplasmático Fonte: estudopratico.com.br http://www.estudopratico.com.br/organelas-celulares-quais-sao-e-suas-funcoes/ http://www.estudopratico.com.br/organelas-celulares-quais-sao-e-suas-funcoes/ 6.1 O retículo endoplasmático e a distribuição de substâncias Essa organela é constituída por um sistema de canais e bolsas achatadas. Apresenta várias funções, dentre as quais facilitar o transporte e a distribuição de substâncias no interior da célula. Fonte: sobiologia.com.br As membranas do retículo endoplasmático podem ou não conter ribossomos aderidos em sua superfície externa. A presença dos ribossomos confere à membrana do retículo endoplasmático uma aparência granulosa; na ausência dos ribossomos, a membrana exibe um aspecto liso ou não-granulosos. 6.2 O complexo de golgi e o armazenamento das proteínas É a organela celular que armazena parte das proteínas produzidas numa célula, entre outras funções. Essas proteínas poderão então ser usadas posteriormente pelo organismo. http://www.sobiologia.com.br/conteudos/Citologia/cito17.php http://www.sobiologia.com.br/conteudos/Citologia/cito17.php Fonte: sobiologia.com.br 6.3 Os lisossomos e a digestão celular São organelas que contêm substâncias necessárias à digestão celular. Quando a célula engloba uma partícula alimentar que precisa ser digerida, os lisossomos se dirigem até ela e liberam o suco digestório que contêm. Fonte: sobiologia.com.br 6.4 Fagocitose e pinocitose Imagine um glóbulo branco do nosso corpo diante de uma bactéria invasora que ele irá destruir. A bactéria é grande demais para simplesmente atravessar a membrana http://www.sobiologia.com.br/conteudos/Corpo/Celula2.php http://www.sobiologia.com.br/conteudos/Corpo/Celula2.php plasmática do glóbulo. Nesse caso, a membrana plasmática emite expansões que vão envolvendo a bactéria. Essas expansões acabam se fundindo e a bactéria é finalmente englobada e carregada para o interior da célula. A esse fenômeno de englobamento de partículas dá-se o nome de fagocitose. Caso a célula englobe uma partícula líquida, o fenômeno é chamado pinocitose e, nesse caso, não se forma as expansões típicas da fagocitose. Fonte: sobiologia.com.br 6.5 Os centríolos e a divisão celular Os centríolos são estruturas cilíndricas formadas por microtúbulos (tubos microscópicos). Essas organelas participam da divisão celular, "orientando" o deslocamento dos cromossomos durante esse processo. Geralmente cada célula apresenta um par de centríolos dispostos perpendicularmente. Fonte: colegioweb.com.br O núcleo da célula Fonte: www.sobiologia.com.br O pesquisador escocês Robert Brown (1773- 1858) é considerado o descobridor do núcleo celular. Embora muitos citologistas anteriores a ele já tivessem observados núcleos, não haviam compreendido a enorme importância dessas estruturas para a vida das células. O grande mérito de Brown foi justamente reconhecer o núcleo como componente fundamental das células. O nome que ele escolheu expressa essa convicção: a palavra “núcleo” vem do grego nux, que significa semente. Brown imaginou que o núcleo fosse à semente da célula, por analogia aos frutos. Hoje, sabemos que o núcleo é o centro de controle das atividades celulares e o “arquivo” das informações hereditárias, que a célula transmite às suas filhas ao se reproduzir. 7 CÉLULAS EUCARIONTES E PROCARIONTES A membrana celular presente nas células eucariontes, mas ausente nos procariontes. Na célula eucarionte, o material hereditário está separado do citoplasma por uma membrana – a carioteca – enquanto na célula procarionte o material hereditário se encontra mergulhado diretamente no líquido citoplasmático. Fonte: vidaesaude.org 7.1 Os componentes do núcleo O núcleo das células que não estão em processo de divisão apresenta um limite bem definido, devido à presença da carioteca ou membrana nuclear, visível apenas ao microscópio eletrônico. A maior parte do volume nuclear é ocupada por uma massa filamentosa denominada cromatina. Existem ainda um ou mais corpos densos (nucléolos) e um líquido viscoso (cariolinfa ou nucleoplasma). 7.2 A carioteca A carioteca (do grego karyon, núcleo e theke, invólucro, caixa) é um envoltório formado por duas membranas lipoprotéicas cuja organização molecular é semelhante as demais membranas celulares. Entre essas duas membranas existem um estreito espaço, chamado cavidade perinuclear. A face externa da carioteca, em algumas partes, se comunica com o retículo endoplasmático e, muitas vezes, apresenta ribossomos aderidos à sua superfície. Neste caso, o espaço entre as duas membranas nucleares é uma continuação do espaço interno do retículo endoplasmático. Fonte: sobiologia.com.br 7.3 Poros da carioteca A carioteca é perfurada por milhares de poros, através das quais determinadas substâncias entram e saem do núcleo. Os poros nucleares são mais do que simples aberturas. Em cada poro existe uma complexa estrutura proteica que funciona como uma válvula, abrindo-se para dar passagem a determinadas moléculas e fechando-se em seguida. Dessa forma, a carioteca pode controlar a entrada e a saída de substâncias. Fonte: sobiologia.com.br A face interna da carioteca encontra-se a lâmina nuclear, uma rede de proteínas que lhe dá sustentação. A lâmina nuclear participa da fragmentação e da reconstituição da carioteca, fenômenos que ocorrem durante a divisão celular. 7.4 A cromatina A cromatina (do grego chromatos, cor) é um conjunto de fios, cada um deles formado por uma longa molécula de DNA associada a moléculas de histonas, um tipo especial de proteína. Esses fios são os cromossomos. Quando se observam núcleos corados ao microscópio óptico, nota-se que certas regiões da cromatina se coram mais intensamente do que outras. Os antigos citologistas já haviam observados esse fato e imaginado, acertadamente, que as regiões mais coradas correspondiam a porções dos cromossomos mais enroladas, ou mais condensadas, do que outras. Para assinalar diferenças entre os tipos de cromatina, foi criado o termo heterocromatina (do gregoheteros, diferente), que se refere à cromatina mais densamente enrolada. O restante do material cromossômico, de consistência mais frouxa, foi denominado eucromatina (do grego eu, verdadeiro). http://www.sobiologia.com.br/conteudos/Citologia2/nucleo2.php http://www.sobiologia.com.br/conteudos/Citologia2/nucleo2.php Fonte: sobiologia.com.br Diferentes níveis de condensação do DNA. (1) Cadeia simples de DNA. (2) Filamento de cromatina (DNA com histonas). (3) Cromatina condensada em interfase com centrómeros. (4) Cromatina condensada em prófase. (Existem agora duas cópias da molécula de DNA) (5) Cromossoma em metáfase 7.5 Os nucléolos Na fase que a célula eucariótica não se encontra em divisão é possível visualizas vários nucléolos, associados a algumas regiões específicas da cromatina. Cada nucléolo é um corpúsculo esférico, não membranoso, de aspecto esponjoso quando visto ao microscópio eletrônico, rico em RNA ribossômico (a sigla RNA provém do inglês Ribonucleica Acid). Este RNA é um ácido nucleico produzido a partir o DNA das regiões específicas da cromatina e seconstituirá um dos principais componentes dos ribossomos presentes no citoplasma. É importante perceber que ao ocorrer a espiralação cromossômica os nucléolos vão desaparecendo lentamente. Isso acontece durante os eventos que caracterizam a divisão celular. O reaparecimento dos nucléolos ocorre com a desespiralização dos cromossomos, no final da divisão do núcleo. O botânico escocês Robert Brown (1773 - 1858) verificou que as células possuíam um corpúsculo geralmente arredondado, que ele chamou de núcleo (do grego nux: 'semente'). Ele imaginou que o núcleo era uma espécie de "semente" da célula. O núcleo é a maior estrutura da célula animal e abriga os cromossomos. Cada cromossomo contém vários genes, o material genético que comanda as atividades celulares. Por isso, dizemos que o núcleo é o portador dos fatores hereditários (transmitidos de pais para filhos) e o regulador das atividades metabólicas da célula. É o "centro vital" da célula. Para saber: Fonte: sobiologia.com.br Envoltório nuclear - É a membrana que envolve o conteúdo do núcleo, ela é dotada de numerosos poros, que permitem a troca de substancias entre o núcleo e o citoplasma. De maneira geral, quanto mais intensa é a atividade celular, maior é o número de poros na carioteca. Nucleoplasma - É o material gelatinoso que preenche o espaço interno do núcleo. Nucléolo - Corpúsculo arredondado e não membranoso que se acha imerso na cariolinfa. Cada filamento contém inúmeros genes. Numa célula em divisão, os longos e finos filamentos de cromatina tornam-se mais curtos e mais grossos: passam, então, a ser chamados cromossomos. Os cromossomos são responsáveis pela transmissão dos caracteres hereditários. 8 DIVISÃO CELULAR Fonte: ramalde.no.comunidades.net Os cromossomos são responsáveis pela transmissão dos caracteres hereditários, ou seja, dos caracteres que são transmitidos de pais para filhos. Os tipos de cromossomos, assim como o número deles, variam de uma espécie para a outra. As células do corpo de um chimpanzé, por exemplo, possuem 48 cromossomos, as do corpo humano, 46 cromossomos, as do cão, 78 cromossomos e as do feijão 22. Os 23 pares de cromossomos humanos Fonte: sobiologia.com.br Os cromossomos são formados basicamente por dois tipos de substâncias químicas: proteínas e ácidos nucleicos. O ácido nucleico encontrado nos cromossomos é o ácido desoxirribonucleico – o DNA. O DNA é a substância química que forma o gene. Cada gene possui um código específico, uma espécie de “instrução” química que pode controlar determinada característica do indivíduo, como a cor da pele, o tipo de cabelo, a altura, etc. Cada cromossomo abriga inúmeros genes, dispostos em ordem linear ao longo de filamentos. Atualmente, estima-se que em cada célula humana existam de 20 mil a 25 mil genes. Os cromossomos diferem entre si quanto à forma, ao tamanho e ao número de genes que contêm. 8.1 Células haploides e diploides Para que as células exerçam a sua função no corpo dos animais, elas devem conter todos os cromossomos, isto é, dois cromossomos de cada tipo: são as células diploides. Com exceção das células de reprodução (gametas), todas as demais células do nosso corpo são diploides. Porém, algumas células possuem em seu núcleo apenas um cromossomo de cada tipo. São as células haploides. Os gametas humanos – espermatozoides e óvulos – são haploides. Portanto os gametas são células que não exercem nenhuma função até encontrarem o gameta do outro sexo e completarem a sua carga genética. Fonte: biologiaescolar.com Nos seres humanos, tanto o espermatozoide como o óvulo possuem 23 tipos diferentes de cromossomos, isto é, apenas um cromossomo para cada tipo. Diz-se então que nos gametas humanos n= 23 (n é o número de cromossomos diferentes). As demais células humanas possuem dois cromossomos de cada tipo. Essas células possuem 46 cromossomos (23 pares) no núcleo e são representadas por 2n = 46. Nas células diploides do nosso corpo, os cromossomos podem, então, ser agrupados dois a dois. Os dois cromossomos de cada par são do mesmo tipo, por possuírem a mesma forma, o mesmo tamanho e o mesmo número de genes. Em cada par, um é de origem materna e outro, de origem paterna. 8.2 Tipos de divisão celular As células são originadas a partir de outras células que se dividem. A divisão celular é comandada pelo núcleo da célula. Ocorrem no nosso corpo dois tipos de divisão celular: a mitose e a meiose. Antes de uma célula se dividir, formando duas novas células, os cromossomos se duplicam no núcleo. Formam-se dois novos núcleos cada um com 46 cromossomos. A célula então divide o seu citoplasma em dois com cada parte contendo um núcleo com 46 cromossomos no núcleo. Esse tipo de divisão celular, em que uma célula origina duas células-filhas com o mesmo número de cromossomos existentes na célula mãe, é chamado de mitose. Portanto, a mitose garante que cada uma das células-filhas receba um conjunto complementar de informações genéticas. A mitose permite o crescimento do indivíduo, a substituição de células que morrem por outras novas e a regeneração de partes lesadas do organismo. Fonte: biologiadacelula.blogspot.com.br Mas como se formam os espermatozoides e os óvulos, que têm somente 23 cromossomos no núcleo, diferentemente das demais células do nosso corpo? Na formação de espermatozoides e de óvulos ocorre outro tipo de divisão celular: a meiose. Nesse caso, os cromossomos também se duplicam no núcleo da célula-mãe (diploide), que vai se dividir e formar gametas (células-filhas, haploides). Mas, em vez de o núcleo se dividir uma só vez, possibilitando a formação de duas novas células filhas, na meiose o núcleo se divide duas vezes. Na primeira divisão, originam- se dois novos núcleos; na segunda, cada um dos dois novos núcleos se divide, formando-se no total quatro novos núcleos. O processo resulta em quatro células- filhas, cada uma com 23 cromossomos. Fonte: coladaweb.com 9 INTRODUÇÃO à BIOLOGIA MOLECULAR A Biologia Molecular emergiu nas últimas décadas como um ramo da biologia que tem como ponto fundamental de estudo as moléculas que constituem os seres vivos, com especial atenção no estudo das interações bioquímicas celulares envolvidos na duplicação do material genético (DNA e RNA) e seus produtos de expressão, as proteínas. Os avanços nas técnicas nos têm permitido explorar diversas faces das mesmas moléculas, bem como os mecanismos básicos pelas quais essas moléculas operam dentro e fora das células. Assim, podemos entender a biologia molecular como uma disciplina intermediária entre a bioquímica e a genética. Entretanto, a biologia molecular não se vale apenas dos conhecimentos dessas duas disciplinas, uma vez que utiliza também o conhecimento produzido por outras áreas de conhecimento, como a biofísica por exemplo. Por outro lado, a biologia molecular tem contribuído com outras áreas do conhecimento biológico, como com a própria genética, por exemplo Podemos dizer que a biologia molecular sofre o seu primeiro grande impulso com a descoberta da estrutura do DNA por James Watson e Francis Crick, em 1953. Para compreender a estrutura do DNA, Watson e Crick utilizaram imagens de DNA obtidas pela cientista Rosalind Franklin em 1952 através de difração de raios X. Pela importante descoberta, James Watson e Francis Crick receberam o Prêmio Nobel de Medicina ou Fisiologia em 1962. Após esse primeiro grande salto, foram desenvolvidos centenas de novos métodos de análise, como a Polimerase Chain Reaction (PCR), provavelmente o principal deles, muito embora sozinho não tenha função nenhuma a não ser fazer cópias de fragmentos de DNA as quais continuarão invisíveis ao cientista. Outras técnicas incluem o Southern blot, Northen blot e Western blot, sendo que os dois primeiros são utilizados em ácidosnucléicos (DNA e RNA respectivamente) e o último é utilizado para proteínas. 9.1 Componentes celulares Se pudéssemos voltar cerca de 3,5 bilhões de anos, encontraríamos um planeta Terra muito diferente do que conseguimos ver nesse momento. As condições terrestres nos primeiros 700 milhões de anos após a sua formação impediam a existência de qualquer tipo de vida. Durante milhões de anos a Terra resfriou-se, transformando-se lentamente. A atmosfera primitiva provavelmente continha apenas os gases CH4 (metano), NH3 (amônia), H2 (hidrogênio) e H2O(g) (água). Esses gases, quando misturados em laboratório e expostos à radiação ultravioleta e/ou descargas elétricas, podem formar moléculas orgânicas simples, como alguns aminoácidos e nucleotídeos, os precursores das proteínas e ácidos nucleicos, respectivamente. Esse experimento foi conduzido pela primeira vez por Stanley Lloyd Miller (n. 1930), um então eminente estudante de química. Miller tentou simular em seu experimento as condições existentes na Terra primitiva. As descargas elétricas simulavam os raios que atingiam a superfície terrestre a todo momento, decorrentes de chuvas torrenciais que duraram milhares de anos. A radiação ultravioleta simulava essa radiação originada no Sol, uma vez que ainda não existia a camada de ozônio (O3) para filtrar esses feixes. A partir dessas premissas, a evolução química ganhou destaque no meio científico. Por meio dela, a vida teve origem na Terra. Entretanto, estudos atuais têm demonstrado que microrganismos poderiam ter chegado à Terra se estivessem inseridos no interior dos meteoritos, local onde a temperatura não é muito elevada quando comparada à superfície do mesmo, quando este entra na atmosfera terrestre. Assim, uma das grandes vertentes sobre a origem da vida na Terra é a Panspermia, a qual propõe que a vida na Terra pode ter tido uma origem extraterrestre. Verdadeira ou não, a Panspermia não resolve o problema da origem da vida, sendo que ela apenas leva o problema para outro local, no qual a vida deve ter se originado. De qualquer forma, as primeiras formas de vida eram extremamente simples. Os chamados coacervados foram as primeiras estruturas orgânicas capazes de se autoreplicar, e por isso são considerados os primeiros seres vivos. Tais seres eram compostos por aglomerados de moléculas orgânicas simples envoltos em moléculas de água. A partir dessas primeiras moléculas foram surgindo outras mais complexas, diferentes em funções e estrutura 9.2 Compostos inorgânicos Os compostos inorgânicos que formas as células são a água e os sais minerais. A água perfaz cerca de aproximadamente 70% do corpo humano de um indivíduo adulto, embora essa proporção varie de acordo com a idade e com o estado fisiológico do indivíduo. Sua principal característica é ser um dipolo, o que lhe permite dissolver quase todas as substâncias Como a distribuição eletrônica na molécula de água não é homogênea se forma então dois polos na molécula. Assim, chamamos essas estruturas de moléculas polares. Por outro lado, existem moléculas que possuem sua distribuição eletrônica homogênea e, por esse motivo, são chamadas de apolares (sem polos). Uma regra química básica explica o comportamento das moléculas em termos de dissolução: “Semelhante dissolve semelhante”. Assim, moléculas apolares só poderão ser dissolvidas em moléculas apolares e moléculas polares só serão dissolvidas em moléculas polares. Outro fator físico importante para a molécula de água é a sua grande capacidade de absorver calor sem variar muito sua temperatura. Isso é representado pelo seu alto calor específico e, assim, a água atua como um ótimo regulador térmico. 9.3 Sais Minerais Os sais minerais possuem as mais diversas funções no organismo, desde ser um fator-chave na contração muscular como no caso do Ca++ (cálcio) até servir como reguladores eletrolíticos, bem como atuar na formação de estruturas carreadoras, como no caso da hemoglobina, molécula encontrada no sangue que possui ferro em sua composição, sendo responsável pelo transporte de oxigênio até as células. Os íons fosfato estão relacionados com a formação de ATP na célula, principal fonte de energia química para a mesma. Na molécula de ATP, os íons fosfatos inorgânicos (Pi) são ligados uns aos outros. Essas ligações, quando rompidas, liberam grande quantidade de energia para as reações celulares. 10 .COMPOSTOS ORGÂNICOS Os glicídios, também conhecidos como carboidratos ou hidratos de carbono são moléculas altamente energéticas. Sua principal função é como alimento, sendo que a queima de 1g de carboidrato libera cerca de aproximadamente 4 kcal. O carboidrato mais conhecido é a glicose (C6H12O6), a qual é o principal alimento responsável pela geração de ATP nos animais. De acordo com o número de moléculas encontradas unidas por ligações glicosídicas, podemos classificar os carboidratos em monossacarídeos (1 molécula de açúcar, glicose por exemplo), dissacarídeos (duas moléculas de açúcar, sacarose por exemplo), polissacarídeos (3 ou + moléculas de açúcares, como a quitina, por exemplo).Dentre os principais polissacarídeos podemos citar os polissacarídeos estruturais quitina (imagem ao lado) e celulose e os polissacarídeos de reserva energética, como o glicogênio e o amido. A quitina é responsável pela formação do exoesqueleto dos artrópodes (formigas, gafanhotos, baratas, etc.…) enquanto a celulose é responsável pela formação da parede celular das células vegetais. O glicogênio é encontrado em animais e fungos, ao passo que o amido é somente encontrado em vegetais, havendo também diferenças em seus níveis de ramificações da molécula. 10.1 Lipídeos, Ácidos Nucléicos e Proteínas Os lipídeos caracterizam-se pela sua insolubilidade em água, diluindo-se apenas em solventes orgânicos, como éter, por exemplo. Os lipídeos desempenham diversos papéis dentro e fora da célula. Por serem insolúveis e altamente energéticos (1g de lipídeos libera aproximadamente 9,0 kcal), os lipídeos são utilizados como fonte energética, os quais ficam armazenados principalmente no tecido adiposo, mas podem também ser encontrados no fígado. Além dessa função, os lipídeos formam todas as membranas celulares, sendo que o principal tipo de lipídeo encontrado formando as membranas celulares é o fosfolipídio, o qual contém um grupo fosfato, que é hidrofílico, formando a “cabeça” do fosfolipídio. Dessa maneira, dizemos que os fosfolipídios encontrados nas membranas celulares são anfipáticos, ou seja, são ao mesmo tempo hidrofóbicos (cauda da molécula) e hidrofílicos (cabeça da molécula). Esses fosfolipídios se organizam na membrana celular de tal forma que as cabeças hidrofílicas ficam voltadas para a região onde há a presença de água, ou seja, para a face citoplasmática e extracelular. A região interna não contém água, uma vez que aí se encontram as caudas hidrofóbicas das moléculas. Essas caudas são mantidas estáveis por meio de interações hidrofóbicas. As ceras, um tipo especial de lipídeo, são encontradas revestindo as folhas dos vegetais. Essa cera atua como um agente impermeabilizante, sendo que o mesmo evento também é encontrado em aves. As aves possuem uma glândula localizada próxima à cauda, chamada glândula uropigial (ou uropigeana), ilustrada na imagem ao lado. Essa glândula é responsável pela síntese de um óleo que é espalhado pelas penas, impermeabilizando-as, o que é essencial ao voo. O colesterol é um derivado dos lipídeos. Ele é encontrado na membrana celular apenas de células animais. Para não nos estendermos muito nesse assunto, ele voltará a ser abordado em muito mais profundidade nas aulas de bioquímica. 10.2 Vitaminas As vitaminas são micronutrientes produzidos por outros seres vivos e que são essenciais à função de determinadas enzimas, servindo como cofatores. Algumas vitaminas são muitoimportantes em algumas reações, como nas físico-químicas que ocorrem na retina no processo da visão. As vitaminas não se enquadram em um único tipo de molécula, sendo que elas podem ser derivadas de lipídeos, glicídios ou mesmo ter uma estrutura bem simples quando comparada à outras biomoléculas. O termo vitamina foi criado ao se descobrir uma substância chamada tiamina, pertencentes ao grupo das aminas, quando usando em pequenas quantidades, era capaz de evitar uma doença chamada beribéri. Assim, o termo vitamina significa, literalmente, amina vital. Para exemplificar vamos tomar como exemplo a vitamina A cujo nome científico é retinol (imagem ao lado). O seu isômero 11-cis-retinol é o cromóforo da rodopsina, a molécula fotorreceptora dos vertebrados. Durante as grandes navegações impetradas pelos europeus durante os séculos XIV, XV e XVI, notou-se que grande parte da tripulação padecia de alguma doença que provocava sangramentos, principalmente nas gengivas. Esses sangramentos eram evitados quando se passou a levar lima nas embarcações. Como se sabe, a lima é um fruto rico em vitamina C (ácido ascórbico), essencial à formação de colágeno. Quando os tripulantes passavam muito tempo sem nenhum alimento que contivesse vitamina C em sua composição, o colágeno que deveria ser reposto não era formado. Assim, a gengiva, mucosa rica em colágeno, começa a sofrer uma queda, expondo vasos sanguíneos que estouravam, provocando os sangramentos. Muito embora a sabedoria popular afirme que a vitamina C evita gripes e resfriados, essa não é uma afirmação válida. Hoje sabemos, com base em dados científicos, que gripes e resfriados nada tem nenhuma relação com a falta de vitamina C. 10.3 Ácidos nucleicos Dentre todas grandes descobertas, a caracterização do DNA como molécula responsável pelo armazenamento da informação genética, bem como o desvendamento da sua estrutura, assume papel de destaque. Todos os organismos vivos, incluindo os vírus, armazenam sua informação genética em um tipo de ácido nucleico, o DNA. Entretanto, alguns vírus adotaram como tática, armazenar sua informação genética em moléculas de RNA, as quais são muito mais vulneráveis a mutações. Assim, o vírus que armazenam a sua informação genética em moléculas de RNA são chamados de retrovírus, enquanto os vírus que a armazenam em moléculas de DNA são chamados de adenovírus. Inicialmente se suspeitava que o material genético dos seres vivos eram as proteínas, devido à sua grande diversidade. Quando os bioquímicos analisavam as moléculas de DNA observava-se uma grande monotonia de moléculas. O DNA consiste de uma repetição de quatro nucleotídeos que diferem entre si apenas pela sua base nitrogenada. Assim, ficava cada vez mais lógico que o DNA, devido a sua simplicidade, não deveria conter a informação genética. Foi quando se descobriu que os cromossomos eram as estruturas responsáveis por carregar as informações genéticas. Logo em seguida, descobriu-se que os cromossomos são constituídos tanto por 50% proteínas e 50% DNA. Experimentos posteriores confirmaram o DNA como responsável pelo armazenamento da informação genética e, mais tarde, com a estrutura do DNA desvendada, pode-se perceber como essas informações são armazenadas. O DNA (ácido desoxirribonucleico) é um polímero de nucleotídeos, os quais são compostos por um grupo fosfato, um açúcar de 5 carbonos, no caso a desoxirribose, e uma base nitrogenada, podendo ser qualquer uma entre adenina, timina, citosina e guanina. Cada nucleotídeo é unido ao outro por meio de uma ligação fosfodiesterase entre o carbono número 5' de um com o carbono número 3' do nucleotídeo adjacente. Em relação ao RNA (ácido ribonucleico), este se diferencia do DNA por apresentar a ribose como açúcar, ser uma molécula fita simples e não possuir a base nitrogenada timina em sua composição, a qual é substituída por uracila. Além disso, as funções assumidas pelo RNA são também diferentes das do DNA. Enquanto o DNA é uma molécula imóvel localizada dentro do núcleo celular (em eucariotos), o RNA é uma molécula que leva a informação do núcleo ao citoplasma, onde se encontram os ribossomos, onde ocorrerá a síntese proteica (mRNA). Além de assumir um papel de “bilhete de informações”, o RNA também é responsável por formar os ribossomos (rRNA) e atuar como carregadores de aminoácidos (tRNA). 10.4 Proteínas As proteínas são polímeros de aminoácidos. Elas divergem muito em tamanho, forma e estrutura. As proteínas são produzidas de acordo com as informações genéticas presente no DNA. Assim, a sequência de nucleotídeos encontrado em um determinado segmento de DNA (gene) ditará a sequência específica de aminoácidos encontrados nas proteínas. Assim podemos afirmar com convicção que as proteínas são o meio pelo qual os genes se expressam. Por exemplo, o gene que determina a cor da pele é a melanina. Quanto mais melanina estiver presente nas células chamadas melanócitos, mais escura será a cor da pele. Isso pode ser determinado geneticamente ou por uma exposição prolongada ao Sol. A melanina tem como principal função formar um capuz sobre o núcleo celular, como se fosse um guarda-chuva, filtrando os raios ultravioletas produzidos pelo Sol e que causam mutação no DNA. Assim, existem milhares de proteínas numa célula humana, cada uma desempenhando o seu papel. Existe um grupo de proteínas que são expressas em todos os tipos celulares, desde um neurônio ao osteócito (célula óssea madura), a quais são responsáveis pelas funções primordiais das células e por isso recebem o nome de proteínas keephouse, ou seja, proteínas que literalmente mantém a casa. 11 ENERGIA E ORDEM BIOLÓGICA I Todo o Universo tende à desordem, ao caos. Para “medir” o quanto de desordem que há no Universo foi desenvolvido o termo entropia. Quanto maior for a desordem de um dado sistema, maior será o valor de sua entropia. Esse princípio se aplica a todo e qualquer sistema, seja ele físico, químico ou biológico. Para termos uma ideia mais clara em relação à biologia, devemos considerar que a célula, unidade fundamental da vida, é composta por milhares de componentes diferentes, todos eles arranjados de tal forma de torna possível e lógica a vida. Assim, como a coleção de moléculas que compõe uma célula viva é altamente organizada, podemos afirmar que os seres vivos são sistemas de baixa entropia. Para conseguir tal feito é necessária a demanda de grandes quantidades de energia, de modo que essa energia é utilizada para criar uma ordem biológica. Essa ordem biológica pode ser claramente exemplificada acerca do tema central da disciplina de Biologia Molecular, ou seja, sob o ponto de vista do armazenamento e expressão da informação genética. Dessa forma, todos os seres vivos, simples ou complexos, demandam grande quantidade de energia tanto para o ordenamento correto das instruções genética pela simples sequência de bases nitrogenadas como para sua expressão em uma linguagem compreensível quimicamente, através das proteínas. Um mecanismo adotado por todos os seres vivos afim de evitar grandes gastos energéticos é o uso de moléculas que atuam como catalisadores biológicos, ou seja, moléculas que atuam diminuindo a quantidade de energia necessária com a consequente aceleração do processo, e ainda, sem interferir em seu produto final. Essas moléculas são conhecidas como enzimas e possuem natureza também proteica. Assim, podemos notar que a expressão da informação genética é complementar à diminuição do gasto de energia pela célula, a fim de manter ordem dentro da mesma. Por outro lado, embora a vida pareça possuir um equilíbrio fantástico, sem o desequilíbrio, que doravante designaremos instabilidade, ela não seria como é hoje, e sim como deveria ser desde o seu início. Tal fato pode ser expandido para todo o Universo. Assim, se não fosse a instabilidadedos sistemas, por menor que fosse, o Universo, e a vida, não teriam sofrido modificações. Podemos concluir então que a vida é decorrente de um sistema em que tanto a instabilidade, que leva à evolução, como a estabilidade, que seleciona o mais adaptado, atuam em conjunto, em uma perfeita harmonia. Da mesma forma, a ordem biológica é mantida pela harmonia entre dois tipos básicos de reação que podem ocorrer em um ser vivo. Esses dois tipos básicos são chamados de reações de catabolismo e reações de anabolismo. Juntos, esses dois tipos de reações formam aquilo que denominamos de metabolismo. Nas reações de catabolismo, macromoléculas (geralmente polímeros) são degradadas (quebradas) em suas subunidades menores. Já no anabolismo ocorre o inverso: essas subunidades provenientes do catabolismo são utilizadas como blocos construtores na criação de novas macromoléculas de acordo com as necessidades funcionais da célula e do organismo. Fazendo uma analogia, podemos comparar o metabolismo com o jogo conhecido como Lego®. Imaginemos um brinquedo desse tipo que já veio montado dentro da caixa. Após abrir a caixa nós desmontaremos a estrutura inicial, vamos supor aqui um castelo. Com cada pecinha, agora soltas (monômeros), podemos construir, por exemplo, uma casa, a qual não tem nada a ver com o castelo, a não ser pelo fato de que tenha sido montada com as mesmas peças que o formavam. Assim se dá na célula. Nós, seres heterótrofos, obtemos nossas peças de Lego® por meio da alimentação. Em nosso tubo digestório ocorre a quebra enzimática da estrutura inicial, produzindo as peças soltas. A título de exemplo, as proteínas são quebradas por reações enzimáticas que adicionam água às ligações peptídicas, liberando as suas subunidades, os aminoácidos. Os ácidos nucleicos são degradados, liberando nucleotídeos e os carboidratos, como o amido por exemplo. Estes quando quebrados e dão origem aos monossacarídeos, como a glicose. Cada um desses blocos construtores será utilizado pela célula para construir estruturas específicas. Assim, os aminoácidos são agrupados em uma ordem diferente, formando as proteínas da própria célula, os nucleotídeos onde são adicionados ao DNA e RNA (anabolismo) e a glicose é utilizada como fonte de energia para que todos esses eventos possam ocorrer. Caso haja energia suficientemente disponível na célula, as moléculas de glicose são unidas umas às outras, formando os polissacarídeos de reservas conhecidos como glicogênio. Sintetizando, podemos definir catabolismo como reações de quebra, destruição, e anabolismo como reações de síntese, construção. 11.1 Como Criar Ordem a partir da Desordem? Vimos anteriormente que as enzimas diminuem o gasto energético da célula ao realizar uma dada reação, a qual poderia ocorrer espontaneamente. Entretanto, as enzimas, por si só, não são capazes de catalisar reações que não sejam energeticamente favoráveis. O termo energeticamente favorável define as reações nas quais a energia disponível pode ser utilizada para realizar trabalho. Se a energia total disponível não é suficiente para que uma dada reação ocorra, então essa reação é classificada como energeticamente desfavorável. O conteúdo de energia livre disponível em um dado sistema, como uma célula por exemplo, é chamado de energia livre de Gibbs, ou simplesmente G. Assim, a variação de energia entre o final e o início da reação é conhecido como variação da energia livre de Gibbs, denominada simplesmente como ΔG. Vamos tomar um exemplo prático, sem se preocupar se os valores utilizados refletem a verdade que ocorre em uma célula. Suponhamos que G seja igual a 1200 kcal. Uma dada reação do tipo A → B ocorre na célula. Ao final, observamos que a quantidade de energia disponível G é de 650 kcal. Podemos concluir que ΔG = 650 – 1200 = -550 kcal. O sinal negativo indica que a reação consumiu a parte da energia livre disponível no momento da reação. Assim, como ΔG<0, concluímos que essa reação é energeticamente favorável. Por outro lado, vamos analisar uma outra reação, do tipo C → D. Vamos supor que a célula seja a mesma, nas mesmas condições encontradas para a primeira reação, com G= 1200 kcal. Vamos supor ainda que essa reação, para ocorrer, necessita de 1350 kcal. Assim, temos que a variação de energia livre de Gibbs nesse sistema será ΔG= 1350 – 1200 = 150 kcal. Como ΔG>0, concluímos que essa não é uma reação energeticamente favorável. Assim, por definição, reações energeticamente favoráveis tendem a ocorrer espontaneamente, produzindo muita desordem, o que corresponde com nossa definição de entropia da aula anterior. Esse tipo de reação é exemplificado pela quebra das ligações peptídicas das proteínas liberando os aminoácidos, ou seja, provocando um caos molecular cuja desordem é enorme. Em contrapartida, reações energeticamente favoráveis devem ser acompanhadas de uma fonte extra de energia, como com o uso de ATP, por exemplo. Na verdade, o que ocorre é que a adição do grupo fosfato à molécula que vai participar da reação provoca uma alteração no conteúdo de sua energia livre, tornando a reação energeticamente favorável. É o que ocorre com as reações de síntese de proteínas. A criação de uma ligação peptídica entre dois aminoácidos é energeticamente desfavorável, não ocorrendo espontaneamente. Assim, a formação de uma ligação peptídica entre dois aminoácidos somente ocorrerá se essa reação estiver acoplada à hidrólise de moléculas de ATP. 11.2 Acoplamento de reações As reações de polimerização, como ocorrem por exemplo nas reações de desidratação de aminoácidos formando ligações peptídicas, de monossacarídeos formando ligações glicosídicas ou de nucleotídeos formando ligações fosfodiesterase são energeticamente desfavoráveis. Para que possam ocorrer elas devem estar acopladas à reações muito energeticamente favoráveis a ponto da diferença de energia livre de Gibbs ser suficiente para tornar a reação em questão energeticamente favorável. Geralmente, as reações energeticamente desfavoráveis estão acopladas à reação de hidrólise do ATP, a qual é muito energeticamente favorável. Como explicado anteriormente, os dados numéricos demonstrados acima não refletem a realidade que ocorre na célula. As reações não assumem a grande quantidade de energia como demonstrado. Para se ter uma ideia, a hidrólise do ATP, a qual acabamos de citar como muito energeticamente favorável, possui um ΔG que varia apenas entre -11 kcal/mol a -13 kcal/mol, ou seja, muito distante daquelas de 1350 kcal. Assim, fica explícito que os valores eram apenas didáticos. Como a reação de hidrólise do ATP é muito energeticamente favorável, ao doar o grupo fosfato à molécula participante de uma reação energeticamente desfavorável, o ATP altera a quantidade de energia livre de Gibbs (ΔG), tornando a reação energeticamente favorável a partir desse ponto. Como a maior parte das reações orgânicas são para criar ordem, consequentemente elas são energeticamente desfavoráveis. Disso surge a extrema dependência da produção e participação de moléculas como o ATP. Sem esse tipo de molécula a vida tal como a conhecemos não seria possível. 12 ÁCIDOS NUCLEICOS Após a descoberta de qual molécula é responsável pelo armazenamento da informação genética, houve um grande aumento nos estudos relacionados a essa molécula. É senso comum que tal molécula é o ácido desoxirribonucleico, ou simplesmente DNA. O desvendamento da sua estrutura espacial, em 1953, é titulada aos pesquisadores James Watson e Francis Crick, após a análise de dados obtidos pela pesquisadora Rosalind Franklin por meio de difração de raios X. Com a estrutura molecular completamente decifrada foi possível aos pesquisadores explicar os processos de duplicação, transcrição, e armazenamento propriamente dito, do material genético. Essa descoberta abriu novos horizontes tanto para a biologiacomo para a medicina, a quais desenvolveram-se vertiginosamente nas últimas décadas. http://campus20162.unimesvirtual.com.br/mod/url/view.php?id=57928 http://campus20162.unimesvirtual.com.br/mod/url/view.php?id=57928 http://campus20162.unimesvirtual.com.br/mod/url/view.php?id=57928 12.1 Estrutura do DNA. O DNA apresenta-se composto por duas fitas de DNA antiparalelas. O termo antiparalelo é explicado pelo fato de as fitas “apontar” para sentidos opostos, como representado na imagem. Na verdade, uma das fitas é orientada no sentido do carbono 5' para o carbono 3' e sua fita complementar é orientada no sentido oposto, ou seja, no sentido do carbono 3' para o carbono 5'. Essa numeração de carbonos reflete a localização da ligação fosfodiéster entre dois nucleotídeos consecutivos essas duas fitas antiparalelas giram em torno de um eixo central imaginário. Infelizmente, a maioria das imagens que representam o DNA estão erradas, mostrando as duas fitas de DNA girando uma sobre a outra. Veja as imagens abaixo: Embora a diferença visual seja sutil, muitas vezes imperceptível, tal estrutura não é verdadeira. Note que ao girar em torno de um eixo central formam-se dois sulcos no esqueleto da molécula. Eles são denominados sulco maior e sulco menor do DNA. Uma volta completa da molécula de DNA possui aproximadamente 3,4 nm (1 nm = 109 m). O esqueleto do DNA é formado por uma sequência repetida de um açúcar (no caso a desoxirribose) e um grupo fosfato, ligados um ao outro por meio das ligações fosfodiéster. Na região interna da molécula encontramos as bases nitrogenadas, que podem ser dos seguintes tipos: Adenina (A), Timina (T), Citosina (C) e Guanina (G). A sequência específica dessas bases no DNA é responsável pelo armazenamento da informação genética na forma de um código composto por apenas 4 letras. Note na imagem ao lado a estrutura da molécula de DNA. A partir dela faremos algumas observações importantes. Em primeiro lugar verifique como as duas fitas são realmente antiparalelas. Para verificar tal fato observe a região superior da imagem. A fita esquerda termina com um grupo fosfato livre e a fita direita termina com a desoxirribose livre. Obviamente que a região inferior da imagem deve ser encontrada de forma oposta. Verifique você mesmo. Em segundo lugar note que as bases nitrogenadas de uma fita sempre se ligam a uma base nitrogenada da fita oposta de forma que a soma de anéis aromáticos no interior da fita seja igual a 3. Assim, temos bases nitrogenadas classificadas como purinas (ou bases púricas), no caso a Adenina e a Guanina, e pirimidinas (ou bases pirimídicas), no caso a Citosina e a Timina Essas bases sempre formam pares dessa forma, A pareando com T e C pareando com G. Isso explica a proporção encontrada entre elas em análises de DNA antes do desvendamento da estrutura do DNA. Assim, se 39% do DNA de uma célula é composta pela base A, 39% será composto pela base T. Como já possuímos um total de 78% do DNA representado por essas duas bases (39% + 39%), nos resta apenas 22%, os quais serão divididos entre as bases C e G. Assim, teremos 11% de C e mais 11% de G. Note que para você poder determinar a proporção de bases que compõem um dado DNA é apenas necessário saber a proporção de uma única base nitrogenada, a sua escolha. Ao parearmos as bases nitrogenadas de modo a sempre formar 3 anéis aromáticos no interior da dupla hélice nós a mantemos sem “calombos” ou “buracos”, o que certamente é mais estável. Assim, a manutenção de uma dupla hélice uniforme gasta menos energia do que uma dupla hélice com calombos e buracos, ou seja, com mutações. Observe também que as bases nitrogenadas estão ligadas à sua base complementar por meio de pontes de hidrogênio. Apesar de a ponte de hidrogênio ser um tipo de ligação relativamente fraca quando vista individualmente, entre as bases A e T são formadas duas pontes e entre C e G são formadas 3 pontes. Como o DNA é composto de bilhões de nucleotídeos (no caso do DNA humano), essas ligações são suficientemente fortes de forma global, mantendo o DNA estável. Uma outra observação importante a respeito do pareamento de bases é que sempre que uma base for alterada a fita complementar ainda possuirá a informação correta, o que serve literalmente como uma forma de backup da informação genética. Em aulas posteriores veremos que esse backup é usado constantemente pela célula. A estrutura em dupla hélice complementar explica a manutenção da quantidade de DNA nas células-filhas originadas por mitose. Como as duas fitas são complementares elas servem de molde para criar duas novas fitas de DNA. Assim, a maquinaria de replicação do DNA separa as duas fitas expondo suas bases nitrogenadas. Em seguida a outra fita de DNA é formada tendo como base a fita molde. Pelo fato de sempre uma das fitas originais ser mantida junto da fita filha na nova molécula de DNA, dizemos que a replicação do DNA é semiconservativa. As setas em vermelho são as novas fitas de DNA sendo sintetizadas a partir da fita molde em azul. Essa imagem será utilizada novamente nas aulas 14 e 15, quando detalharemos o processo de replicação do DNA e, por esse motivo, devemos conhecer muito bem todas as propriedades da estrutura da molécula de DNA. 13 ESTRUTURA DAS PROTEINAS Proteínas são as biomoléculas orgânicas mais abundantes encontradas nos seres vivos. Elas são polímeras de aminoácidos ligados por meio de ligações peptídicas. A reação que liga dois aminoácidos é uma reação de condensação, onde uma molécula de água é retirada das moléculas reagentes. As proteínas desempenham diversas funções nos seres vivos, desde moléculas sinalizadoras até moléculas motoras, passando por funções estruturais. Antes da descoberta de que o DNA era responsável pelo armazenamento da informação genética, pensava-se que as proteínas eram as moléculas que desempenhavam esse papel, dada sua diversidade e abundância na célula. Por mais que hoje saibamos que a informação genética é armazenada no DNA, as proteínas ainda desempenham papel fundamental na expressão da informação genética. É por meio das proteínas que os genes (entidades discretas formadas por segmentos de DNA) se manifestam. Assim, definimos que toda proteína possui sua “Receita” escrita no DNA.Embora hoje tenhamos conhecimento de que o homem possui entre 20.000 a 25.000 genes, o número de proteínas encontradas no homem é superior a esse número. Esse fato aparentemente contradiz o que acabou de ser explicitado acima, que cada proteína possui um gene. Tal fato é observado porque o mRNA sofre um processo de splicing, criando novas sequências de nucleotídeos. Isso será detalhado na aula 10, quando estudaremos a segunda parte da transcrição genética. As proteínas são formadas por basicamente 3 tipos de estruturas: a estrutura primária, a estrutura secundária e a estrutura terciária. Entretanto, algumas proteínas apresentam uma estrutura a mais, a estrutura quaternária, como a hemoglobina, por exemplo. A estrutura primária é representada pela sequência linear de aminoácidos ligados covalentemente uns aos outros por meio das ligações peptídicas. Dessa forma encontramos uma extremidade da molécula onde a carboxila é encontrada e, portanto, é chamada de C-terminal. O outro extremo da molécula é chamado de N-terminal, pelo fato de nele se encontrar a amina. Como a cada dois aminoácidos se forma uma ligação peptídica, temos que para n aminoácidos encontraremos n-1 ligações peptídicas. Assim, se possuímos uma proteína composta por 230 aminoácidos, teremos então 229 ligações. A estrutura secundária é representada pela formação de uma alfa-hélice ou folha-beta pela estrutura primária das proteínas. Podemos imaginar isso como a linha do fone do telefone que se enrola (alfa-hélice). Toda alfa-hélice tem passoà direita (gira para a direita). Entretanto, o colágeno é a única exceção a essa regra, uma vez que possui passo à esquerda. Os giros das alfa-hélices são mantidos por meio de pontes de hidrogênio entre um hidrogênio ligado ao átomo de nitrogênio de um resíduo de aminoácido com o oxigênio da carbonila, quatro resíduos de aminoácidos à sua frente A estrutura terciária de uma proteína é a sua estrutura tridimensional, com a estrutura secundária enrolando-se em torno de si mesma. Essa estrutura tridimensional é a responsável pelas funções de cada proteína, pois cada proteína passa a ter um domínio próprio, o que promove interações específicas, como no caso dos anticorpos, por exemplo. Quando uma proteína tem sua temperatura elevada a certos níveis, ela perde sua configuração tridimensional, passando a não exercer mais seu papel. Essa perda de configuração é conhecida como desnaturação. Um exemplo de proteína desnaturada ocorre no ovo cozido onde as proteínas da clara do ovo literalmente se desenrolam, formando aquela “massa” branca em torno da gema. É por esse motivo que febres acima dos 40°C são particularmente perigosas. Elas fazem com que as proteínas (e as enzimas, que também são proteínas) passem a funcionar mais lentamente pela perda de sua configuração original, o que diminui a velocidade das reações celulares. Algumas proteínas possuem um quarto tipo de estrutura, a estrutura quaternária. Como já dito anteriormente, a hemoglobina é um exemplo de proteína desse tipo. A estrutura quaternária é a união de duas ou mais estruturas terciárias para formar uma única molécula. No caso da própria hemoglobina (proteína transportadora de O2 no sangue), ela é composta por 4 estruturas terciárias unidas por quatro grupos heme. Observe a imagem ao lado. A estrutura das proteínas será mais detalhada nas aulas 7 e 8 da disciplina de bioquímica. 13.1 Proteínas Especiais: Enzimas As enzimas são uma classe de proteínas bem distintas. Elas atuam como catalizadores biológicos, ou seja, elas aumentam a velocidade das reações sem interferir no produto final das mesmas. Embora classifiquemos todas enzimas como proteínas o inverso não é verdadeiro. Assim, nem toda proteína é uma enzima. Além disso, alguns Nas também atuam como catalizadores. A nomenclatura das enzimas é feita da seguinte maneira: adicionando-se o sufixo -ase à sua função ou ao nome do seu substrato. Isso ocorre por exemplo com as enzimas DNA polimerase (responsável pelas reações de polimerização do DNA), Helicase (responsável por girar o DNA), etc. Entretanto, algumas enzimas foram consagradas pelo seu nome mais usual, como as enzimas tripsina (digere proteínas) e ptialina (responsável pela digestão inicial do amido, ainda na boca). Com o avanço das pesquisas em genética, biologia molecular e bioquímica, tem se isolado um grande número de novas enzimas. Para contornar esse problema foi criado um sistema internacional de nomenclatura de enzimas, o qual será melhor discutido na aula 10 da disciplina de bioquímica. As enzimas têm a propriedade de serem altamente específicas, geralmente atuando sobre apenas um único tipo de substrato. Elas conseguem aumentar a velocidade das reações bioquímicas por diminuir a quantidade de energia de ativação da reação. Na imagem ao lado a reação catalizada sem enzima é demonstrada pela linha vermelha, enquanto a mesma reação, agora catalizada por uma enzima é demonstrada pela linha azul. Repare na diferença de quantidade de energia de ativação entre as duas reações. Cada enzima possui um pH e uma temperatura ótimos para sua atuação. Nessas condições a velocidade de reação é máxima e somente a concentração do substrato influenciará essa velocidade. As imagens abaixo demonstram exatamente esse fato: No gráfico da velocidade em função do pH notamos que existem duas enzimas (A e B), cada uma atuando em um pH ótimo. A enzima A tem um pH ótimo ácido, em torno de 3,5. Já a enzima B tem um pH ótimo básico, em torno de 9. Quando essas enzimas são colocadas em ambientes onde o pH não reflete o seu pH ótimo a velocidade de reação cai drasticamente, como demonstrado no gráfico. Em relação a temperatura (gráfico de velocidade de reação em função da temperatura), podemos notar que a enzima tem sua temperatura ótima em torno de X°C. Qualquer temperatura, seja ela acima ou abaixo da temperatura ótima, fará com que a enzima atue com mais lentidão. Em biologia molecular iremos nos defrontar com algumas enzimas muito importantes, todas elas relacionadas ao metabolismo dos ácidos nucleicos. Por esse motivo vamos listar abaixo algumas delas que encontraremos com mais frequência: DNA polimerase: cataliza a reação de polimerização do DNA (adição de nucleotídeos à cadeia polinucleotídica). Atua na replicação do DNA. RNA polimerase: enzima responsável pela polimerização do RNA (adição de nucleotídeos à cadeia polinucleotídica) no processo de transcrição gênica. Ligase: liga duas extremidades livres de uma molécula de DNA, fazendo as funções de uma “cola”. Na verdade, ela catalisa a formação de uma ligação fosfodiéster. Girase: gira a molécula de DNA, diminuindo a tensão na molécula. Transcriptase reversa: cria uma molécula de cDNA fita simples a partir de uma molécula molde de RNA, ou seja, converte RNA em DNA. Helicase: abre a dupla fita de DNA para a ação de outras enzimas. 14 FLUXO DA EXPRESSÃO GÊNICA Independente da forma de vida a ser considerada, todos os seres vivos seguem o mesmo padrão básico pelo qual seus genes se manifestam. Essa ação é definida como Fluxo da Expressão Gênica, anteriormente conhecido como Dogma Central da Biologia Molecular, e rege os princípios básicos de diversas áreas do conhecimento biológico, como por exemplo a genética. A descoberta do modo de como os genes se expressam não ocorreu do dia para a noite e também não foi descoberta por um único cientista. Na verdade, a compilação desse processo é o resultado de décadas de duras pesquisas realizadas por centenas de estudiosos. O princípio básico é que a informação genética contida nos genes (DNA) é passada para uma molécula de RNA mensageiro, o qual é traduzido, no citoplasma, pelos ribossomos em proteína. Fazendo-se uma analogia, podemos considerar que o DNA é a receita de um bol. Entretanto, essa receita está escrita em um idioma desconhecido e está guardada em um local de onde ela não pode sair. Como é impossível retirar essa receita desse recinto, fazemos uma cópia dela em um pedaço de papel e a levamos para alguém que conheça esse idioma e nos traduza. Essa tradução é o próprio bolo pronto. Assim, a receita é o DNA, o local de onde ela não pode ser removida é o núcleo celular, o papel que contém a cópia da receita é o mRNA, a pessoa que o traduziu é o ribossoma e o bolo é a proteína. Entretanto, ainda faltam os ingredientes. Esses são representados pelos aminoácidos. As pessoas qu foram buscar os ingredientes são conhecidas como tRNA (RNA transportadores). Transcrição do DNA A região promotora (em laranja) pode ficar próxima ou bem distante do gene que ela opera. Uma vez que a RNA polimerase se liga a essa região, ela desliza sobre a molécula de DNA até encontrar uma sequência específica de bases nitrogenadas, conhecida como sítio de iniciação, que determina o início da síntese da cadeia polinucleotídica de mRNA. Em eucariotos existem três tipos de RNA polimerases que atuam na síntese de mRNA. Elas são conhecidas como RNA polimerase I, II e III. A RNA polimerase I é responsável pela síntese de grandes RNAs ribossomos (transcreve as regiões do DNA que contém os genes para RNA ribossômico – rRNA), a RNA polimerase II é responsável pela transcrição dos genes que serão traduzidos em proteínas (RNA mensageiros que, por sua vez, serão traduzidos para a produção de proteínas) ea RNA polimerase III produz uma variedade de RNAs pequenos, incluindo o rRNA 5s e os RNAs de transferência. Todas as polimerases (DNA polimerase e RNA polimerase) somente sintetizam suas respectivas cadeias polinucleotídicas no sentido 5' → 3'. Portanto, como as fitas de DNA são antiparalelas, as polimerases “leem” a fitas 3' → 5', sintetizando, assim, uma cadeia complementar cuja sequência é 5' → 3’. Não é somente a RNA polimerase que atua na produção do mRNA. Na verdade, ela é auxiliada por diversas proteínas e enzimas, que jutas formam o que chamamos de maquinaria de transcrição gênica. Dentre as enzimas encontradas nessa maquinaria destacamos a helicase, que abre a dupla fita de DNA expondo as bases nitrogenadas que servirão de molde para a síntese de mRNA. Ela atua rompendo as pontes de hidrogênio entre as bases das duas fitas de DNA. Entretanto, essa dupla fita pode voltar a formar pontes de hidrogênio assim que a helicase passar, como se fosse um zíper, o que é evitado com a ligação de diversos fatores a essas regiões. Ao deslizar pelo DNA já aberto, a RNA polimerase (no caso a RNA polimerase II) passa a sintetizar a molécula de RNA mensageiro lendo a fita 3' → 5' e adicionando os nucleotídeos livres na sequência complementar à fita molde. Assim, se encontramos na fita molde a base citosina (C), a RNA polimerase adicionará à cadeia a base guanina (G). Se a próxima base na fita molde for a timina (T), a RNA polimerase adicionará uma adenina (A) à cadeia. Entretanto, se a base encontrada na fita molde for a adenina (A), a RNA polimerase deveria adicionar uma timina (T), fato que não acontece, pois, a base timina não é encontrada em nenhum tipo de RNA, sendo substituída, então, pela base nitrogenada uracila (U). Assim, sempre que a RNA polimerase ler a base A ela adicionará a base U ao mRNA.Dessa forma a síntese de mRNA desenrola-se ao longo da molécula de DNA, somente parando quando a RNA polimerase encontrar uma sequência de nucleotídeos específica, conhecida como região de terminação. Nesse momento a molécula de mRNA recém-sintetizada é liberada e toda a maquinaria é desmontada. Esse mRNA recém-sintetizado é conhecido como hnRNA (RNA nuclear heterogêneo, sigla em inglês), devido ao seu grande tamanho quando comparado aos maiores RNAs que seriam necessários para produzir as proteínas. Isso ocorre pelo fato de existirem diversas regiões que não são codificantes no mRNA, e que serão discutidas em mais detalhes na próxima aula. Conforme esses mRNA vão sendo sintetizados, suas extremidades vão sofrendo alterações que tem por finalidade proteger essas moléculas, evitando a sua degradação. Para isso, a extremidade 5' da fita recém-sintetizada (é a região que é exposta primeiro pelo fato da polimerase sintetizar somente no sentido 5' → 3') é modificada pela adição de um nucleotídeo G metilado, formando um “quepe”. Esse quepe, além de proteger o mRNA, será de grande importância no momento da tradução desse mRNA. Ao encontrar o sinal de terminação, a RNA polimerase adiciona uma sequência longa de nucleotídeos A, formando uma “cauda poli A”, a qual protege a extremidade 3' Os eucariotos, durante a evolução, adotaram uma tática de proteção do genoma que consiste em inserir regiões não codificantes no meio dos genes. Isso assegura à célula que uma mutação causada aleatoriamente não necessariamente atingirá uma região que codifica uma proteína, o que comprometeria todo um organismo. Assim, quando se inserem regiões que não fazem sentido nenhum do ponto de vista informacional, uma mutação que ocorra nessa região não afetará de maneira alguma a célula. Em procariotos não existe a presença de regiões não codificantes em seu genoma. Inicialmente, o estudo do material genético era realizado em bactérias e, quando se passou a estudar os genomas eucariotos a descoberta dessas regiões foram realmente surpreendentes. A imagem a mostra as regiões não codificantes em um fragmento de DNA. As regiões em vermelho são conhecidas com íntrons, e não possuem nenhuma importância informacional, sendo removidos do transcrito primário (hnRNA) por um processo conhecido como splicing de RNA. Os íntrons possuem tamanho variando entre apenas 80 nucleotídeos até 10.000 ou mais. Os genes de mamíferos, por exemplo, possuem mais íntrons do que éxons propriamente ditos. Já as regiões entre os íntrons são conhecidas como éxons, e é nelas que a informação para a síntese de proteínas está impressa. Embora não representado em detalhes, o splincing do RNA consiste na formação de alças nas regiões intrônicas, as quais serão cortadas e removidas por enzimas especiais, entre elas uma ligase, a qual ligará as duas extremidades criadas após o corte da molécula. Todas as enzimas e fatores necessários para o splicing do mRNA formam um grande complexo chamado de spliceossomo. O splicing do mRNA deve ser muito preciso, uma vez que a remoção de uma única base a mais fará com que a leitura do mRNA no ribossomo seja alterada e, consequentemente, a mensagem se tornará sem sentido. Como não existe nenhum impedimento para que uma extremidade 5' do mRNA seja ligada a uma extremidade 3' qualquer do mesmo mRNA, o splicing permite que ocorra uma troca na ordem primária dos éxons, o que aumenta drasticamente a quantidade de proteínas diferentes codificadas por um mesmo gene. Assim, por exemplo, podemos imaginar uma sequência primária de éxons nomeadas aleatoriamente como A – B – C – D – E. Durante o Splicing podem ser formadas qualquer sequência que envolvam esses cinco éxons, como por exemplo C – E – A – D – B ou B – E – C – A – D. Portanto, chegamos à conclusão de que a presença de regiões não codificantes nos genomas eucarióticos adquiridas durante a evolução desempenham duas importantes funções: a) proteger o genoma de mutações que possam ocorrer aleatoriamente em seus genes e, b) produzir uma quantidade de proteínas na célula que são em número muito maiores do que o esperado, quando se leva em conta a quantidade de genes que determinada espécie possui. Após ter http://campus20162.unimesvirtual.com.br/mod/url/view.php?id=57928 http://campus20162.unimesvirtual.com.br/mod/url/view.php?id=57928 http://campus20162.unimesvirtual.com.br/mod/url/view.php?id=57928 http://campus20162.unimesvirtual.com.br/mod/url/view.php?id=57928 passado pelo processo de splicing, as moléculas de mRNA são reconhecidas por proteínas do poro nuclear e transportadas para o citoplasma. Caso alguma molécula de mRNA marcada para splicing passe diretamente para o citoplasma junto com alguma outra molécula de mRNA já processada, ela é imediatamente levada de volta ao núcleo celular e processada pelo spliceossomo. 14.1 Tradução Gênica I Todos os seres vivos expressam suas características por meio de um código universal, conhecido como Código Genético. Por meio desse código as informações armazenadas no DNA em forma de uma sequência lógica de bases nitrogenadas adquirem forma e função através das proteínas, o produto final da informação genética. É no citoplasma que a fase de montagem das proteínas, fase essa conhecida como TRADUÇÃO GÊNICA, ocorre, uma vez que lá se encontram os principais personagens que farão esse trabalho, os ribossomos. Os ribossomos podem ser encontrados tanto livres ou em grupos no citoplasma como também podem ser encontrados aderidos à membrana do retículo endoplasmático granular. Embora possuam as mesmas características básicas, eles diferem quanto ao destino final da proteína por eles sintetizada. Quando um mRNA é traduzido por ribossomos encontrados no citoplasma da célula, a proteína tem como destino final a própria célula, ou seja, a proteína desempenhará suas funções no interior da célula. De modo inverso, os mRNAs traduzidos nos ribossomos do retículo endoplasmático granular produzirão proteínas que serão exportadas, ou seja, elas seguirão uma
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