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Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 1 18/02/2015 Conceitos Básicos Estereoisomerismo átomos de carbono assimétricos Todos os aminoácidos na natureza que fazem parte dos seres vivos são da série L. Aparentemente os aminoácidos da série D são mais sensíveis à radiação UV, degradando-se mais rapidamente. Talidomida (medicamente) Enantiomero R é activo contra o enjoo matinal Mistura racémica Enantiomero S causa malformação dos bebés Conformação ≠ Configuração Conformação: Diferentes exposições dos átomos dentro da mesma molécula (mesmo composto). Nem todas as conformações são igualmente estáveis. Resultam da possibilidade de rotação em torno das ligações de hidrogénio. Nos ácidos gordos existem ligações que são bastante mais fortes do que as ligações covalentes simples, logo não permitem que haja rotação a temperatura ambiente. Configuração: Relaciona-se com a assimetria dos carbonos (compostos diferentes) 2𝑛 Carbono assimétrico ou quirálico Todos os grupos ligados ao carbono são diferentes Este carbono não é assimétrico Tem 2 grupos iguais Carbono não é assimétrico, não tem estereoisómeros. Só existe uma configuração. Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 2 Relação directa entre o nível de redução e o conteúdo em energia de um composto: Processos Anabólicos/Redutivos – exemplo: fotossíntese, biossíntese de aminoácidos Processo Catabólios/Oxidativos – exemplo: respiração 20/02/2015 Hidratos de Carbono – Ou também conhecidos como glúcidos, são aldeídos ou cetonas poli-hidrolixados ou substâncias que os produzem por hidrólise. o Aldoses – grupo aldeído o Cetoses – grupo cetona Tem funções de reserva (como o amido) e de suporte Tem ainda um importante papel bioactivo – todas as células estão envolvidas com oligossacáridos, o que é crucial no reconhecimento entre moléculas e células. Aplica-se a designação de “açúcares” mas o facto de ser doce não se aplica a todos os hidratos de carbono. São classificados de acordo com a sua complexidade em monossáridos, oligossacáridos (2-10) e polissacáridos. Monossacáridos o Se forem hidroxilados não se decompõem em mais compostos. Ex: trioses, hexoses, … (de acordo com o número de átomos de carbono) o Contém entre 3 e 8 átomos de carbono o Na nomenclatura dos monossacáridos é necessário saber: o nº carbonos + grupo funcional Tem um carbono assimétrico 21 = 2 estereoisómeros Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 3 Número de C Grupo Funcional Aldeído Cetona 3C Triose Aldotriose Cetotriose ou triolose 4C Tetrose Aldotetrose Cetotetrose ou tetrulose 5C Pentose Aldopentose Cetopentose ou pentulose 6C Hexose Aldohexose Ceto-hexose ou hexulase Oligossacáridos o Constituídos por 2 a 10 monossacáridos ligados por ligações glicosídicas. o Designação de acordo com o seu grau de oligomerização – dissacáridos, trissacáridos, tetrassacáridos, etc. Ex: Sacarose (dissacárido) (de acordo com o número e tipo de monossacáridos que os constituem) Polissacáridos o Polímero de monossacáridos formados por um número elevado de unidades o Dividem-se em homopolissacáridos (1 único tipo) e heteropolissacáridos (vários tipos) Ex: Amido (homopolissacárido), peptidoglicanos (2 tipos alternados) Açúcares Redutores Têm capacidade de libertar electrões e reduzir outros compostos. O grupo aldeído tem propriedades redutoras, logo as aldoses são açúcares redutores (exemplo: glucose) O grupo cetónico não tem por si só propriedades redutoras mas, as cetoses são açúcares redutores, visto que o conjunto formado pelo grupo cetónico e pelo álcool primário do carbono 1 das cetonas constituírem uma combinação facilmente oxidável. Sendo assim, todos os monossacáridos têm propriedades redutoras. Teste Benedits: Permite determinar se um composto tem propriedades redutoras ou não. Se a solução ficar azul, não tem propriedades redutoras Ex: Sacarose (dissacárido). Se a solução ficar laranja, tem propriedades redutoras Ex: Maltose (dissacárido). Estereoisomerismo relaciona-se com a existência de carbonos assimétricos, isto é, ligados a 4 grupos diferentes entre si. 1 Carbono assimétrico 2 possibilidades que não correspondem à mesma estrutura, não se sobrepõem nº C assimétricos = 2𝑛 compostos possíveis. Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 4 Enantiómeros são os isómeros que estão entre si como um objecto para a sua imagem num espelho plano, ou seja, que diferem entre si na configuração de todos os átomos de carbono assimétricos. o 1 par enantiómorfo são 2 compostos que são simétricos um do outro. Diastereómeros são estereoisómeros que não são enantiómeros, isto é, não diferem na configuração de todos os seus átomos de carbono assimétricos (um composto com um só carbono assimétrico não tem diastereómeros). Epímeros são os diastereómeros que diferem entre si apenas na configuração em torno de um átomo de carbono assimétrico (subclasse dos diastereómeros). Mistura Racémica é uma mistura que contém quantidades equimoleculares de dois isómeros que formam um par enantiomero. Projecção de Fisher – Projecção de uma estrutura 3D num plano 2D Descendo verticalmente na formula de Fisher com o carbono 1 na posição superior: Se o OH do carbono assimétrico de número mais elevado se encontrar para a direita composto da série D 4 carbonos assimétricos = 4 centros quirais 24 = 16 estruturas diferentes = 16 compostos diferentes = 16 estereoisomeros Par de enantiómeros 1 par enantiomorfo Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 5 Mutarotação da Ribose Pirano α-piranose β-piranose Furano α-furanose β-furanose Se o OH do carbono assimétrico de número mais elevado se encontrar para a esquerda série L Os monossacáridos de ocorrência mais comum são quase todos da série D, enquanto que os aminoácidos proteicos (glicina, por exemplo) são todos da série L. Existe uma simbologia de 3 letras para representar os monossacáridos, por exemplo, a glucose é GLC. Representação de Haworth – um açúcar não ocorre exclusivamente de cadeia aberta, pode ocorrer mutarotação. Em estruturas cíclicas podem ocorrer 2 formas isómeras, α e β, designadas por anómeros, com diferentes poderes rotatórios e facilmente inteconvertíveis uma na outra. Configuração α OH para baixo no carbono 1 da representação de Haworth. Configuração β OH para cima no carbono 1 da representação de Haworth. Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 6 25/02/2015 Principais Monossacáridos de Importância Biológica Aldohexose(D-Gliceraldeído) e cetohexose (di-hidroxiacetona) são trioses (3 carbonos) são os mais simples. D-Ribose é uma pentose (5 carbonos). A D-Ribose-5-fosfato é um intermediário da via das pentoses e do Ciclo de Calvin. A D-Ribose-3,5-fosfato entra na composição do RNA D-xilose é uma aldo-pentose (5 carbonos). Entra na composição dos polissacáridos das paredes celulares. D-Glucose é uma aldo-hexose (6 carbonos). É a molécula mais abundante da Natureza e a mais estável. É o constituinte do amido. D-Frutose é uma ceto-hexose. É o mais doce dos açúcares, pode ser usado como edulcorante. Existem também monossacáridos ramificado (sem grande importância biológica), estes são isolados de plantas. Exemplos: D-apiose, D-hamamolose, L-esheptose, L-eladinose. Compostos derivados de monossacáridos com importância biológica: Desoxiaçúcares – um dos grupo oxidrilo (OH) é substituído por hidrogénio o que causa uma das principais diferenças entre RNA e DNA. Esteres fosfóricos de açúcares. Açúcares aminados e acetilados – substituição de um (ou mais) OH por 1 grupo amina. Açúcares álcoois– resultante de açúcares por redução da função aldeídos ou cetonas (grupo funcional). Ciclitóis – análogos dos açúcares álcoois (álcoois cíclicos). Açúcares ácidos – açúcares que podem ser oxidados. Ligações glicosídicas são “pontes de hidrogénio” que ligam os monossacáridos. Monossacárido + Álcool Glicósido H2O Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 7 A ligação glicosídica estabelece-se entre o grupo oxidrilo (OH) do carbono hemiacetal (1º carbono) de um açúcar (aldose ou cetona) e um grupo oxidrilo livre qualquer de outro composto. Como se liga a qualquer OH do outro composto, há uma grande capacidade ramificante. A versatilidade da ligação glicosídica 3º código da vida (sendo o 1º o código genético e o 2º das proteínas) Há um grau de versatilidade no estabelecimento de ligações glicosídicas durante a formação de oligossacáridos quando comparada com as ligações fosfodiester nos ácidos nucleicos ou com as ligações peptídicas nas proteínas. Por exemplo, ao juntar duas glucoses temos várias possibilidades de formação de dissacáridos e todos estes têm ocorrência natural. Ligação α/β-1,4 em que o 1 é referente ao primeiro carbono assimétrico do primeiro monossacárido e o 4 é referente ao grupo onde se liga no segundo monossacárido. Nomenclatura dos oligossacáridos: o Nome de cada um dos monossacáridos constituintes. o Tipo de anéis de cada monossacárido (se é pirano ou furano). o A configuração do carbono anomérico de cada um (alpha ou beta). o O nº de átomos de carbono que participam em cada uma das ligações glicosídicas. Caso possua propriedades redutoras (carbono anomérico consegue abrir e fechar) utiliza-se o sufixo –ose Caso não possua propriedades redutoras utiliza-se o sufixo –ósido O significa que os 2 monossacáridos estão ligados pelo oxigénio –ilo significa que é um resíduo, isto é, o composto de onde é libertada água libertam-se tantas moléculas de água quanto o nº total de monossacáridos (o último nunca termina em –ilo). Exemplo: Isomaltose – 2 moléculas de glucose O–α–D–glucopiranosilo– (1,6)–D-glucopiranose Tipo de ligação: α(16) Configuração alfa OH para baixo no 1º carbono –ilo resíduo, liberta água –ose tem propriedades redutoras Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 8 Rafinose – trissacárido – galactose, glucose, frutose O–α–D–galactopiranosilo–(1,6)–α–D–glucopiranosilo–(1,2)–β–D–frutofuranósido Principais Oligossacáridos (não tem função biologicamente activa): Sacarose – dissacárido de maior importância constituído por glucose e frutose. É extraído da cana-de-açúcar e da beterraba sacarina. Trealose – principal hidrato de carbono da hemolinfa dos insectos. Lactose – açúcar do leite dos mamíferos Maltose – consequência da hidrólise do amido Quando cortamos o amido podemos obter ligações α(14) e outras α(16) como nas ramificações. Celobiose – consequência da hidrólise da celulose. Glicanos – nome atribuído a oligossacáridos da membrana. Exemplo: Amido, celulose, quitina. Dissacáridos – açucares compostos por 2 monossacáridos. Exemplo: Maltose (2 moléculas de glucose), Lactose (glucose+galactose), Sucrose (glucose+frutose). O Teste de Benedits também é aplicável a estes açucares – sucrose não é um açúcar redutor; maltose é um açúcar redutor. Sem propriedades redutoras, por isso é que podemos colocar o β. Tipo de ligação: α(16) e β(12) Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 9 Funções na célula Estruturais Reserva Origem Animal Plantas Fungos Bactérias Forma Lineares Ramificado s Sobre- ramificado s Nº de tipos de unidades monoméricas Homoglica nos Di- Heteroglic anas Tri- Heteroglic anas Tetra- heteroglica nas Carga Neutras Aniónicos Propriedades Reológicas Gelificante Não- Gelificante Estrutura Química Homopolis sacáridos Heteropoli ssacáridos Glicoma, Exoglicoma e Perfil Glicómico Genoma – sequência completa do DNA do organismo, conjunto de genes. É um conceito estático, uma vez que é idêntico em todas as células do organismo. Conceitos dinâmicos: Transcriptoma – conjunto total de todos os mRNAs. Proteoma – conjunto de proteínas expressas por um determinado tipo de células. Metaboloma – conjunto complexo de metabolitos. Glicoma – conjunto de hidratos de carbono de uma célula Todas as células têm a membrana plasmática com numerosas proteínas e esteróis e muitos destes estão ligados a oligossacáridos – glicoproteínas, glicolípidos. Exoglicoma – conjunto dos oligossacáridos na membrana da célula. Polissacáridos – hidratos de carbono formados por muitos (100-100 mil) monossacáridos ligados entre si. Podem ser lineares ou ramificados. Funções biológicas dos polissacáridos: Energética (glicogénio); Suporte (celulose); Estrutural (alguns estruturais funcionam também como de defesa); Hidromótica e de regulação de iões – retenção de água e catiões Classificação de polissacáridos: De acordo com Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 10 Nomenclatura dos polissacáridos: Devido à sua grande complexidade não é prático designá-los por nomes sistemáticos. Então, indica-se os monossacáridos que os constituem e a forma como eles se encontram ligados entre si. Exemplo: 1. Amido – estrutura de tal maneira complexa e variada, com ramificações, que varia de molécula para molécula de amido. A variação intrínseca é pouco relevante, o que realmente importa são os monómeros e os tipos de ligações. Amido = constituído por monómeros de α-D-glucopiranose com ligações α(14) Principais polissacáridos: Amido – polímero de α-D-glucopiranose com ligações α(14) nas cadeira lineares e nas ramificações α(16). Constituído por 2 componentes, amilose e amilopeptina, sendo a amilose não ramificada com tendência para se enrolar em hélice e a amilopeptina ramificada. Glicogénio – homopolissacárido formado por α-D-glucopiranose com ligações α(14). Celulose – homopolissacárido formado por β-D-glucopiranose com ligação β(14). Pode parecer uma pequena diferença em relação ao amido mas no nosso organismo não possuímos enzimas para quebrar estas ligações β(14), logo não digerimos celulose. Quitina – homopolissacárido formado por N-Acetil-D-glucosamina com ligações β(14). THE SUGAR CODE – Códiço Glicómico ou dos Açúcares Os hidratos de carbono formam o 3º alfabeto da vida. – Variabilidade no estado anomérico, na posição das ligações, no tamanho do anel, por ramificação e indução de substituições. Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 11 Aminoácidos – composto orgânico contendo na sua molécula pelo menos um grupo carboxilo e um grupo anima. Todos os aminoácidos que participam na constituição das proteínas são L-α- aminoácidos. Formula Geral dos Aminoácidos: Depende do átomo de carbono de menor nível a que está ligado o grupo amina, assim os aminoácidos estão agrupados em: α-aminoácidos, β-aminoácidos e ϒ-aminoácido. O α, β, ϒ relaciona-se com a posição do carbono que o grupo amina está ligado, independentemente do número de carbonos que os constitui. α-aminoácidos são os monómeros das proteínas. São usados 22 aminoácidos diferentes na Natureza para a síntese de proteínas. O que distingue os aminoácidos são as cadeias laterais (grupo R) – sendo também as cadeias laterais que definem uma proteína. Nos aminoácidos em geral (por exemplo a glicina que só tem uma conformação) o carbono α é assimétrico, porque todos os grupos a que está ligado são diferentes. Mistura racémica: quantidades equimoleculares de D e L. Porque é que a natureza seleccionou os aminoácidos da série L? A radiação no espaço destrói ligeiramente mais rápido os aminoácidos da sérieD.α-aminoácido β-aminoácido ϒ-aminoácido Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 12 • Ocorrem naturalmente na constituição das proteínas. • Encontram-se codificados no código genético. • São todos L-α-aminoácidos Proteicos • Ocorrem naturalmente na consituição de proteínas. • Não estão codificados no código genético. Raros das Proteinas • Ocorrem naturalmente na forma livre ou combinada. • Não ocorrem na constituição das proteínas. Não Proteicos β-alanina – não conseguimos sintetizar. Aminoácidos da série D – presentes na constituição das paredes celulares das bactérias como função de defesa das proteases dos organismos hospedeiros. Porque se diz que o código genético é degenerado? Temos vários codões para o mesmo aminoácido em vários casos; em determinadas condições os codões de STOP podem codificar outros aminoácidos. Exemplos: Selecisteína (UGA) 21º aminoácido, Pirrolisina (UGA) 22º aminoácido (só em alguns casos) Tipos de Aminoácidos Os aminoácidos proteicos são classificados de acordo com a sua estrutura e composição da cadeia lateral: Aminoácidos alifáticos lineares – Glu, Ala (os mais pequenos) Aminoácidos alifáticos ramificados – Val, Leu, Ile (cadeia carbonada) Hidroxiaminoácidos – Ser, Thr Aminoácidos contendo enxofre ou selénio – Cys (grupo sulfidrilo, SH, facilmente oxidável), Met, Sec Aminoácidos aromáticos – Pre, Tyr, Trp (contém anel de benzeno) Aminoácidos heterocíclicos – Trp, His Aminoácidos básicos – Lys (2 grupos amina), Arg Aminoácidos acídicos e suas aminas – Asp, Glu, Asn, Glc Iminoácidos – Pro (cadeia lateral forma um anel com o grupo amina) Como é que os aminoácidos raros das proteínas ocorrem nas proteínas? Através de resíduos de aminoácidos proteicos, são modificações covalentes.Exemplo: O colagénio tem resíduos de hidroxiprolina e hidroxilisina, não reconhecidos pelo tRNA. Cistina é formada por oxidação espontânea de 2 resíduos de cisteína. Os aminoácidos não proteicos podem ter funções de defesa em plantas um vez que podem ser tóxicos. Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 13 Ionização e propriedades ácido-base dos aminoácidos A um determinado pH, o ponto isoelétrico está inactivo: OH- pH>pI, predomínio das cargas negativas atraído pelo ânodo. H+ pH<pI, predomínio das cargas positiva atraído pelo cátodo. Aminas – ocorrem se for retirado o grupo carboxilo Por descarboxilação de aminoácidos Por aminação de aldeídos – transaminação As aminas biogénicas ocorrem naturalmente e têm funções neurológicas – serotonina, dopamina. 06/03/2015 Ligação Peptídica – ligação éster, do tipo amida, que se estabelece entre o grupo carboxilo COOH de um aminoácido e o grupo amina H2N do outro aminoácido. A reacção inversa é uma hidrolise, catalisada por proteases. Por cada ligação peptídica formada, há saída de uma molécula de água. O que fica de cada aminoácido designa-se por resíduo. Síntese de um polipetido com n resíduos de aminoácidos origina a libertação de n moléculas de água. Nomenclatura das ligações peptídicas Ligação Peptídica Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 14 A estrutura da ligação peptídica é um híbrido de ressonância – não existe de uma forma nem de outra. As ligações C-O e C-N nem são duplas, nem são simples. Isto atribui um carácter parcial de dupla ligação, devido à formação de uma orbital π envolvendo C e O (grupo carbonilo) e N. Implicações do carácter parcial: Perda de capacidade de ionização em aminoácidos dos grupos COOH e N2H em solução; Ligação peptídica é planar; A ligação simples pode rodar mas neste caso não devido à rigidez da ligação estabelecida em N-C; Se tivermos oligopeptidos temos uma série de planos dispostos em zigue- zague; Obtêm-se duas conformações porque não pode ocorrer rotação; Existem duas configurações, isto é, dois compostos diferentes cis e trans, sendo a trans a configuração mais estável e que ocorre em maior grau (excepto com prolina). α Ligação Eupeptidica – entre grupos amina e o carboxilo α Ligação Isopeptidica – o grupo carboxilo não é o α Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 15 Nomenclatura dos Péptidos, polipéptidos e proteínas Em cada ligação peptídica liberta-se uma molécula de água, resultando em resíduos de aminoácidos. Exemplo: 5 Aminoácidos 4 ligações peptídicas, 4 moléculas de H2O, 4 resíduos (o nome de cada resíduo acaba em –ilo) A ligação dá-se do 1º Grupo amina livre Grupo carboxilo livre Tetrapeptido Ala-Try-Asp-Gly – Alanilo–Tirosilo–Aspartilo–Glicin Caso particular na nomenclatura – glutationa (grande importância biológica) O ácido glutâmico tem 2 grupos carboxilo ϒ-Glutamil-Cisteinil-Glicina A glutationa tem grande importância biológica pois protege as células contra o stress oxidativo, principalmente porque tem um resíduo de cisteína com propriedades redutoras. Reduz as substâncias tóxicas mas ao reduzi- las oxida-se e origina outra forma. A glutationa oxidada retorna à forma reduzida através do NADPH (pela fotossíntese ou via dos fosfatos). Péptidos Oligopéptidos – são oligómeros de aminoácidos ligados sequencialmente por ligações peptídicas. Podem ser produzidos por ribossomas, quimicamente (ao contrário das proteínas que que não se consegue sintetizar mais do que 30aa), enzimaticamente ou por hidrolise de proteínas. Encontram-se na forma linear ou cíclica. Classificação – consoante o número de resíduos de aminoácidos constituintes: dipéptido, tripéptido, tetrapéptido, etc. Exemplos de péptidos de ocorrência natural: Faloidina, Amanitinas, Engotaminas, Engoxinas e Engotoxinas. Polipéptidos – são péptidos mais complexos, formados por dezenas/milhares de aminoácidos. Podem ser sintetizados biologicamente e quimicamente, na dependência ou não de informação genética. Proteínas – polímeros constituídos por uma ou mais cadeias polipéptidicas São sintetizadas através da codificação do DNA, há um gene que as codifica – tem mesmo de ser a nível biológico. As suas massas moleculares podem variar entre 5KDa a mais de 2MDa (vasta gama). Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 16 Considera-se proteína um polímero contendo mais de 45 resíduos de aminoácidos. Por exemplo, a insulina por 51 resíduos de aminoácidos. Funções e variabilidade: Como é que só uma classe de compostos, basicamente constituídas por sequências diferentes do mesmo conjunto de 20 aminoácidos, pode desempenhar tantas funções e tão diversas? – Biocatálise, transporte, reserva, movimento, estrutura, defesa, hormonais, etc. Grau de polimerização: 2𝑛. Exemplo: Tripeptido 23 Considerando uma proteína pequena com 100 aminoácidos = 2100 possibilidades diferentes daí a 106diferentes proteínas que o ser humano pode conter. Mas existe ainda modificações pós-tradução das proteínas; sliplicing alternativo. Síntese de Proteínas 1. Tradução – onde é feita a selecção do aminoácido ponto de contacto, uma vez que é necessária a activação e a ligação do aminoácido ao tRNA 2. Polimerização – onde os aminoácidos são ligados uns aos outros por ligações peptídicas. 3. Terminação – quando se chega a um codão STOP e a síntese proteica acaba. 4. Processamento – onde se dão alterações covalentes ao nível da proteína. Tipos de Processamento: Enrolamento espontâneo; Modificação covalente dos aminoácidos proteicos, originando aminoácidos raros; Ligação covalente de estruturas não proteicas; Hidrólise da pró-sequência. Exemplo: Pró-colagénio, forma inactiva. Hidrólise da pré-sequência, sequência inicial, indica o destino da proteína. Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 17 11/03/2015 Hierarquias no estudo da estrutura de proteínas Níveis de estruturaProteínas quanto à sua estrutura Níveis Básicos Estrutura de nível primário – definida pela sequência de resíduos de aminoácidos da cadeia polipéptidica. Forças contribuintes: ligações covalentes. Estrutura de nível secundário – definida pela regularidade espacial de sequências de resíduos de aminoácidos. Forças contribuintes: ligações hidrogénio, interacções electrostáticas e forças de Van der Waals. Estas estruturas podem ser de dois tipos: Hélices – dipólo da hélice α determina se é mais ou menos estável. Hélices α são anticongelantes e podem estar nas proteínas AFP. Básicos Primário Secundário Terciário Quaternário Intermédios Supersecundário Domínios de estrutura Organização Supramoleclar Complexos multienzimáticos Ribossomas Elementos de citoesqueleto • Forma normalmente alongada • Estrutura conseguida à custa das estruturas de nível primário e secundário • Colagénio Fibrosas • Forma normalmente globular compacta • Estrutura nativa conseguida à custa das estruturas de nível primário, secundário, terciário e por vezes quaternário • Insulina Globulares Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 18 A formação da hélice α é um processo cooperativo – é difícil formar o primeiro segmento e depois muito rápido. São necessário 4 aminoácidos para formar o 1º segmento – 1ª ligação hidrogénio ; uma vez formada a primeira ligação as restantes são muito mais rápidas pois a acção agora pode ser de um aminoácido. Folha pregueada β Nem todos os aminoácidos permitem hélices α e folhas β estáveis. Estrutura de nível terciário – definida pelos enrolamentos da cadeia polipeptidica já com a estrutura de nível secundário, resultante das interacções das cadeias laterais dos resíduos de aminoácidos entre si e com as moléculas do meio. Forma uma unidade compacta globular e é a estrutura de proteínas com funções biológicas. Este tipo de estrutura já está codificado no gene. Forças contribuintes: ligações covalentes, ligações hidrogénio, interacções electrostáticas, interacções hidrofóbicas, forças de Van der Waals. Que forças causam o enrolamento das proteínas? Ligações persulfureto – as cisteínas das duas cadeias diferentes podem ligar-se por oxidação do grupo SH (sulfidrilo). Estabilizam a estrutura mas não a enrolam. Ligações de hidrogénio – quando um átomo de hidrogénio está ligado covalentemente a um átomo electronegativo e é simultaneamente puxado por outro átomo eletronegativo. Para a proteína se enrolar tem de quebrar primeiro as ligações na 1ª conformação para formar novas depois do enrolamento, ou seja, estabiliza a proteína. Interacções electrostáticas – alterações entre elementos negativos e positivos. Se esses elementos contrários chegarem muito perto uns dos outros, há enrolamento – só estabilizam. Ligações Van der Waals – ligação muito pequena; força atractiva fraca entre átomos/moléculas não polares. Se são muito fracas não são suficientes para enrolar a proteína. Interações hidrofóbicas – os grupos R não polares têm tendência para se agrupar em água quando a cadeia se dobra, os grupos hidrofóbicos ficam na parte de dentro e os hidrofílicos na parte de fora. Estrutura gaiola de água – menos entropia mais energia. Esta estrutura é muito instável logo passa para uma mais estável, enrola-se de forma a esconder os grupos hidrofóbicos e desfaz as gaiolas de água. Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 19 Estrutura de nível quaternário – definida pelo arranjo das subunidades individuais quando a proteína é construída por mais do que uma subunidade – proteína oligomérica. Assim, uma subunidade (monómero) pode ser constituída por uma ou mais cadeias polipetídicas, desde que estejam ligados por ligações persulfureto. As subunidades de uma proteína oligomérica podem ser todas do mesmo tipo (estrutura de nível quaternário homogéno) ou de mais do que um tipo (estrutura de nível quaternário heterogéneo). Forças constituintes: ligações de hidrogénio, interacções electrostáticas, interacções hidrofóbicas, forças de Van der Waals. Níveis intermédios Estrutura de nível super secundário – consiste numa série de elementos da estrutura de nível secundário ligados sequencialmente, não constituindo nem um domínio de estrutura nem a estrutura de nível terciária completa. Domínios de estrutura – porções contíguas de cadeia secundária que adquirem frequentemente a estrutura terciária. Nível de complexidade entre secundária e terciária. O centro catalíco está na interface entre dois domínios. Vantagens dos domínios: facilita o processo de enrolamento, a proteína pode ter funções diferentes com domínios diferentes, facilita a existência de vida. Os domínios de estrutura ≠ subunidades. Dois exemplos diferentes: Hemoglobina é uma proteína tetramórica, isto é, possui 4 subunidades. Hexocinase é uma proteína que a cadeia polipeptídica tem 2 domínios de estrutura com afinidade para a glucose. Isto é, quando se liga à glucose fica mais estável, a proteína altera a conformação fechando a glucose dentro. Capacidade de catalisar reacções a uma taxa muito superior à que acontece normalmente. Níveis de organização supramolecular Na célula podem existir estruturas com moléculas diferentes – complexos multienzimáticos, ribossomas ou elementos do citoesqueleto (ex: microtubulos). Halosteria – vantagem das proteínas com subunidades – proteína ligada ao O2 assume uma conformação mais estável, aumentando a afinidade das outras subunidades para o O2, liberta-se cada vez mais energia. Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 20 Desnaturação de proteínas – alteração estrutural das moléculas que destrói a sua conformação nativa. Pode ser reversível ou irreversível, conforme se dê a sua desnaturação completa ou incompleta. Agentes desnaturantes – ureia, detergentes, metais pesados, etc. Consequência da desnaturação irreversível – Não adquire a conformação nativa, pela actividade biológica. A proteína fica com grupos hidrofóbicos virados para fora, formando-se agregados para poderem ficar mais estáveis. Existem proteínas tão complexas que têm outras proteínas para as auxiliarem a adquirir a estrutura correcta – chaperonas moleculares. Vitaminas – moléculas necessárias ao organismo em pequenas quantidades e que não as conseguimos sintetizar ou que sintetizamos em pequenas quantidades. Podem ser compostos isoperónicos, hidratos de carbono, etc. São conhecidas 13 vitaminas que podem ser: Solúveis em água, não armazenas; Lipossuveis, armazenadas, usualmente tóxicas em overdose A maioria das vitaminas são precursores de cofactores. Muitas vitaminas têm na sua estrutura partes não proteicas: Apoenzima+cofactorHoloenzima (activa) Tiamina, vitamina B1 TPP Riboflavina, vitamina B2 o nosso organismo usa-a na forma de FAD e de FMN Niacina, vitamina B3 aparece no NAD e no NADP Vitamina B5 coenzima A Vitaminas Fontes A Cenoura, leite, fígado D Peixe, manteiga, ovos E Manteiga, espinafres, amêndoas F Vegetais verdes, fígado e por síntese bacteriana Compostos ricos em energia e ligações ricas em energia ATP – gerado durante reacção catabólica e a hidrólise de ATP é usada em reacções sntéticas. Porque é que é rico em energia? o Estabilização por ressonância de produtos; ´ o Repulsão electrostática entre átomos de oxigénio carregadas negativamente; o Alta solvatação dos produtos. Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 21 Glucose – é uma molécula rica em energia porque é uma molécula reduzida. O facto de ser rica em energia relaciona-se com a electronegativadade. Enzimas – catalisadores biológicos que são sintetizados dentro das células vivas mas não tem de ser activados aí. Catalisadores: Aumentam a taxa de reacção ao diminuírem a energia livre de activação. Acelerem a taxa de reacçãoem direcção ao ponto de equilíbrio (não o alterando). Não são consumidos nem modificados durante a reacção. Para além de ser catalisadores, as enzimas possuem outras características adicionais que as distinguem: Capacidade catalítica elevada; Especificidade as enzimas classificam-se de acordo com a reacção que catalisam. Regulam a actividade catalítica. Conseguem acoplar reacções O poder catalítico das enzimas é muitíssimo superior e pode-se aumentar a taxa a 108 a 1020 vezes. Se não existissem enzimas, não seria possível nenhum tipo de vida pois as reacções seriam demasiado lentas e sem acoplamentos. Ureia com H2O reacção exergónica (liberta energia) mas não ocorre rapidamente porque as moléculas têm de colidir com a orientação correcta e tem de ter energia suficiente para combater as repulsões das nuvens electrónicas – só uma fracção pequena das colisões resulta em reacção. 2 modos de aumentar a velocidade de reacção: Aumentado a temperatura (só no tubo de ensaio); Reduzir a energia livre de activação utilizar uma enzima (Urease, neste caso), para baixar o valor de Eº. Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 22 CATALASE: 2 H2O2 2H2 + O2 – a energia de activação desde e a taxa de reacção aumenta. Natureza proteica e/ou ribonucleica das enzimas – nem todas as enzimas são proteicas, existem moléculas de RNA que também são. Exemplo de uma ribozima: Ribonuclease – nuclease+RNA. Enzimas que baixam a energia de activação. Temperatura alta – sobe energia das moléculas. Mecanismo geral da catálise enzimática Formação do complexo enzima-subtrato. Ocorrência de reacção química Libertação do produto formado. X 1000 Y 1000 Se x tem maior energia, a reacção ocorre de X para Y. O fluxo é maior de X para Y. Como é que as enzimas baixam a energia de activação? 1. Efeitos de proximidade e de orientação – nem sempre mas a enzima pode ser maior do que o substrato. 2. Catálise ácido-base – enzima fornece um protão no seu centro activo 3. Tensão ou distorção – no centro activo encaixa-se perfeitamente um intermediário de P e S. 4. Alteração do meio de reacção (Uma enzima pode usar mais do que um mecanismo) Graus de especificidade enzimática: 1. Absoluta; 2. De grupo; 3. De grupo no centro activo; 4. Estereoquímica. Nomenclatura das enzimas Feita de acordo com as reacções que estas catalisam. Oxidorredutases – substancia A que tem electrões (reduzida) e cede electrões ao B (oxidado). Exemplo: Oxigenase. Tranferases – num composto AB, transferem o grupo B para o C, fica A+BC. Exemplo: Lipases, peptídases. Liases – sem água. E+S ES EP E+P ΔG<0 Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 23 Ácidos Gordos Saturados (sem = ligação) Insaturados (com ligações duplas) Monoinsaturados (apenas uma ligação) Poli-insaturados (várias duplas ligações) Exemplo: Descarboxilases, carboxilases. Isomerases – catalisam isomerizações. Exemplo: Epimerases. Ligases – também conhecidas como sintetases. Exemplo: Carboxilases. Código enzimático: C.E. a. b. c. d. Lípidos – grupo heterogéneo de compostos. Característica comum a todos os lípidos – reduzida solubilidade em água mas elevada em solventes orgânicos. Quando hidrolisados formam ácidos gordos. Podem ser lineares ou cíclicos (esteróides). Os lípidos são essenciais para a vida: o Constituintes da membrana celular glicerol o Fonte de energia lípidos são altamente energéticos o Constituintes de certos elementos da cadeia respiratória o Isolantes térmicos tecido adiposo o Vitaminas A, B, E e K são consideradas lípidos porque não são solúveis em água. Classificação dos ácidos gordos Mas os ácidos gordos raramente aparecem na forma livre: o Glicerolípidos (álcool é o glicerol): o Acilgliceróis – monoacil, diacil, triacilglicerol (nº de ácidos gordos) o Glicerofosfolípidos (da membrana) – diacilglicerofosfolípidos o Glicoglicerolipidos (glicolípidos) ou galactolipidos (ligados a um açúcar) a – classe das enzimas; b – subclasse c – subsubclasse d- seriação Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 24 Há também a possibilidade do ácido gordo se ligar a: o Esfingosina esfingolípidos (grupo amina) o Esteróis o Pigmentos vegetais, vitaminas lipossulúveis. Fosfolípido Lípidos líquidos à temperatura ambiente óleos Lípidos sólidos à temperatura ambiente gorduras – saturadas Ursos polares têm na sua membrana mais ácidos gordos insaturados para haver maior flexibilidade Ómega 3 e Ómega 6 – ácidos gordos essenciais pois não os conseguimos sintetizar e tem de ser obtidos através da dieta. Caracteristicas gerais o Raramente na forma livre; o Quase sempre um número par de carbonos; o Saturados ou insaturados; o Configuração cis das duplas ligações; o Ligações duplas normalmente entre o carbono 9 e o carbono 10 A dupla ligação confere flexibilidade à cadeia (ângulo de 30º) leva a que a estrutura dobre. Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 25 Nomenclatura dos ácidos gordos (X:Y) X- número de carbonos; Y – nº de ligações insaturadas Indicar a posição da dupla ligação Para o colocar o Δ – indica uma dupla ligação – contam-se os carbonos a partir do grupo carboxilo. Para os ω (ómegas) contam-se os carbonos a partir da extremidade metil. Exemplo: Ácido gordo com 18 carbonos e 2 duplas ligações – (18:2) cis cis Δ9 Δ12 ω-6 Ácido gordo com 18 carbonos e 3 duplas ligações – (18:3) cis cis cis Δ9 Δ12 Δ15 ω3 all- cis Número de carbonos: 6C – hexano ácido hexanóico Nº de ligações di, tri, tetra,.. –enóico Exemplo: 1. Ácido all-cis Δ9,12 octadecadienóico 18 Carbonos 2 Ligações duplas Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 26 2. Ácido all-cis Δ7, 10, 13, 16, 19 – docopentanóico O glicerol é um álcool com 3 carbonos e dá origem a glicéridos. Os esteróides pertencem ao grande grupo dos terpenos – unidade básica é o isopreno. 15/04/2015 Introdução à bioquímica do metabolismo Dogma central da Biologia Molecular RNA DNA – transcriptase reversa Todas as enzimas conhecidas eram proteicas (para serem sintetizadas proteínas necessitam das enzimas). RNA podem desempenhar a função de enzimas – ribozimas Molécula de NA: função catalítica e transferência de informação Descoberta do 21º e 22º aminoácido Antigamente 1 gene = 1 proteína MAS slicing alternativo Nada disto mexe com o dogma central! Mas as alterações entre proteínas já alteram o dogma. Chaperonas moleculares Pegou-se na ribonuclease bovina, contaram-se as suas pontes de persulfureto, desenrolando-a (perdeu-se toda a actividade catalítica). No entanto, ao adicionar O2, a enzima voltou a ganhar a capacidade catalítica. A proteína para uma conformação com menos energia (liberta-se energia quando muda de conformação) e por isso fica mais estável, que corresponde à forma que tem actividade biológica (termodinamicamente). Toda a informação da actividade biológica tem de estar contida no gene. Contudo, para muitas proteínas isto não chega. No caso do colagénio, por exemplo, é necessário hidroxilar a prolina (vitamina C) e esta informação já está lá para além da informação contida na proteína. Estas outras enzimas precisam de chaperonas necessárias para assumirem a conformação biologicamente activa, ou seja, a estrutura de nível terciário depende da informação contida no gene da proteínas mais a informação contida nos genes das outras proteínas que participam no seu processamento. 22C 5 Ligações duplas Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 27 Um outro exemplo é a RuBiSCO, que no inicio da noite os seus centros catalíticos são ocupados a partir da ligação comuma molécula porque desta forma a enzima passa para uma conformação mais estável (com menos energia) – as enzimas tem afinidade para as moléculas ligantes. Afinidade: conceito termodinâmico, no qual há ligação de uma molécula que consegue que haja libertação de energia porque a enzima passa para uma conformação mais estável (menor energia). Priões: ocorrem nos cérebros humanos (doenças). Existem doenças equivalentes nas ovelhas. Estes priões possuem dois tipos de conformações: normal e anormal/patológica (menos estável, maior nível de energia) Do genoma ao metaboloma Genoma: sequência completa de DNA de um organismo. Genómica: estudo das funções e interacções dos genes de um genoma. Lagarta e borboleta – o mesmo genoma MAS diferentes transcriptomas, proteomas e metabolomas. Vias Metabólicas: Anabolismo e Catabolismo Metabolismo: Primário ou secundário Catabolismo: processo degradativo, resultam moléculas mais simples. Exemplo: Respiração Anabolismo: processo biossintético, constitui moléculas mais complexas. Exemplo: Fotossíntese. Anfibólicas: Tem os dois processos, Exemplo: Ciclo de Krebs. Vias lineares: Glicólise Vias cíclicas/espiral: Ciclo de Krebs. Vias ramificadas convergentes – convergem para um produto final – ou divergentes. Exemplo: síntese de aminoácidos. Metabolitos intermediários – sem eles as vias não funcionam. Por exemplo no caso da glicólise, esta não funciona sempre entrando glucose e saindo ácido pirúvico, são necessários intermediários da glucose para o metabolismo das células. Processo oxidativo – perdem-se electrões. Exemplo: Respiração. Processo redutivo – ganham-se electrões. Exemplo: Fotossíntese. H2O e CH4 2 moléculas reduzidas e só uma é que é rica em energia. Porquê? Devido á eletronegatividade. Para passar electrões do C para o O liberta-se energia. Para passar electrões do O para o C tem de ser fornecer energia. O metano seria rico em energia se os electrões fossem libertados. O O2 é mais eletronegativo. Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 28 Organismos fotossintéticos: Realizam fotossíntese – os electrões passam do O para o C. H2O + CO2 NAPH e ATP, é produzido O2 Todos os organismos (e folhas à noite): Respiração – electrões passam do C para o O. Açúcar (molécula reduzida) + O2 ATP e NADPH e os açúcares são usados na síntese de novos compostos. Objectivos Fotossíntese: Produzir ATP a partir da luz solar; Produzir potencial – NADPH – a partir da água e luz solar; Obter esqueletos carbonados (hidratos carbono) a partir do CO2 atmosférico, ATP e NADPH Respiração: Produzir ATP (energia); Produzir um potencial redutor, NADH; Obter esqueletos carbonados. Vias Redutivas: fotossíntese e quimiossintese. Induz-se energia. Parte-se de moléculas mais simples para formar moléculas mais complexas. Anabolismo (síntese). Vias oxidativas: Respiração Liberta-se energia. Parte-se de moléculas mais complexas para se obter moléculas mais simples. Catabolismo (degradação). Processo exergónico (liberta energia) ΔG<0 Ocorre espontaneamente se ocorrer decréscimo de energia – A energia em excesso é libertada sob a forma de calor ou então pelo aumento da entropia: ΔG= ΔH - TΔS Processo endergónico (absorve energia) ΔG>0 A termodinâmica dirige a vida Importância da bioenergética. Reacções química e outros processos celulares ocorrem espontaneamente apenas se se processarem com um decréscimo da energia livre, isto é, ΔG<0. Então, como é que a célula consegue levar a cabo um processo que ocorre com gasto de energia, isto é, ΔG>0? Porque as enzimas são capazes de acoplar reacções. Acoplam por exemplo uma reacção de hidrólise de ATP à reacção que desejam. Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 29 O acoplamento de reacções para formar um composto mais rico e que seja um processo espontâneo – só é possível com gasto de ATP. Giceraldeído-3-fosfato Dihidroxiacetona As reacções dão-se sempre dos compostos que tem maior energia para os que têm menos energia, a reacção está em equilíbrio quando os dois tiverem o mesmo nível de energia. G3P DHAP 5000 5000 Nestas condições dá-se no sentido directo. 400 9600 E2 – havendo uma outra enzima que utiliza G3P, diminuindo a sua quantidade para 200, o equilíbrio é desfeito. A reacção passa a dar-se no sentido directo para se manter o equilíbrio. A conversão de moléculas menos energéticas para moléculas mais energéticas porque se desfez o equilíbrio. Equações fundamentais de Bioenergética 𝛥𝐺 = 𝛥𝐻 – 𝑇 𝛥𝑆 𝛥𝐺 = 𝛥𝐺º’ + 𝑅𝑇 𝑙𝑛 [𝑃] [𝑆] 𝛥𝐺º’ = − 𝑅𝑇 𝑙𝑛 𝐾𝑒𝑞 𝛥𝐺º’ = − 𝑛 𝐹 𝛥𝐸º’ 17/04/2015 – aula 16: Metabolismo dos Glícidos Fluidez da energia em eucariontes As células requerem um constante fornecimento de energia para gerar e manter a ordem biológica que as mantém vivas. As plantas constroem as suas moléculas orgânicas a partir da fotossíntese enquanto que os animais tem de as obter a partir da dieta. Durante a respiração de hidratos de carbono, lípidos e/ou proteínas, há energia que se liberta das ligações quando as moléculas orgânicas são partidas e oxidadas em CO2 e H2O. A fotossíntese e a respiração tem 3 principais objectivos: formar energia, potencial redutor e esqueletos carbonados. ATP e Glucose são ambas moléculas ricas em energia. No entanto, não é fácil entender o porquê para a glucose. ATP e NADH estão permanentemente a ser transferidos de onde são produzidos para onde são consumidos. Armazenam energia apenas durante um curtíssimo espaço de tempo. Não são formas de reserva mas sim de transferência de energia e electrões. R = 1.987 cal mol-1 K-1 F = 2306 cal V-1 T (KELVIN) = ºC +273 Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 30 Três processos de síntese de ATP: 1. Fosforilação a nível do substrato (citosol) – glicólise Um composto rico em energia passa para um composto com menos energia. Processo que produz a menos quantidade de energia. 2. Fosforilação oxidativa – mitocondria. Cadeia de transporte de electrões na membrana interna da mitocondria. 3. Fotofosforilação (cloroplasto) Cadeia de transporte de electrões. Principais vias de organização de glucose: 1. Armazenamento em amido e sucrose; 2. Oxidação a piruvato pela via da glicólise; 3. Oxidação a D-Ribose-5-fosfato pela via dos fosfatos da pentose. Catabolismo dos Hidratos de Carbono = Glicólise Glicólise – via catabólica de degradação da glucose e de outros açúcares simples. Primeira via do catabolismo dos hidratos de carbono. A glicólise possui duas fases: 1. Investimento de energia – exige gasto de ATP uma vez que a glucose é uma molécula extremamente estável à temperatura ambiente; 2. Produção de ATP Equação Global da Glicólise: D-Glucose+2 ADP+3 H3PO4+2 NAD+ 2 Piruvato + 2ATP +2 NADH+ 1H+ +H2O Aerobiose Mitocondria Ciclo de Krebs - CTE Anaerobiose Citosol Piruvato → lactato/etanol + CO2 A formação de etanol é um processo menos eficiente mas não deixa de ser importante pois permite a sobrevivência em determinadas condições. Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 31 Fase 1 – Investimento de energia Hexocinase consegue hidrolisar o ATP e formar um composto mais rico em energia. Reacção de fosforilação, forma Glucose-6- fosfato (1º gasto de ATP). Fosfoglucoisomerase catalisa a isomeração da glucose em frutose – diferença entre os dois compostos é um grupo aldeído na glucose e grupo cetona na frutose. Fosfofrutocinase introduz outro grupo fosfato no carbono 1 com a hidrólise do ATP, uma vez que o processo tem de ser espontâneo. Reacção de fosforilação, forma frutose1,6- bifosfato que é mais rico em energia (2º gasto de ATP). Aldolase pega no composto 6C e separa em dois compostos de 3C, dois açúcares cada um com um grupo fosfato. Formadihidroxiacetona fosfato e gliceraldeído-3- fosfato. Triose fosfato isomerase converte dihidroxiacetona fosfato em gliceraldeído-3P e vice-versa. Mesmo que a glucose- 6P seja mais rica em energia, como há uma enzima que o gasta, este fica em menor proporção (destrói-se o equilíbrio) e a reacção tende a seguir o sentido em que se forma mais glucose-6P. A partir daqui os compostos têm todos 3C. Fase 2 – Produção de energia Gliceraldeído-3-fosfato desidrogenase faz a reacção de oxidação do NAD+ a NADH e de fosforilação do gliceraldeído-3P a bifosfoglicerato. Fosfoglicerato cinase realiza reacção de fosforilação do bifosfoglicerato em 3- fosfoglicerato com formação de ATP Fosfoglicerato mutase realiza a reacção de isomeração do 3-fosfoglicerato a 2- fosfoglicerato Enolase realiza a desidratação (libertação de água) e formação do fosfoenolpiruvato. Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 32 Piruvato cinase fosforila o fosfoenolpiruvato a piruvato com formação de ATP. O piruvato resultante da glicólise pode ter dois destinos diferentes que dependem da presença ou não de O2: 1. Aerobiose 2 acetil-CoA 4 CO2+4H2O – Ciclo de Krebs+Ciclo do Ácido Cítrico) 2. Anaerobiose 2 lactato – fermentação láctica 2 etanol + CO2 – fermentação alcoólica O NADH produzido na glicólise se não for rapidamente oxidado e convertido em NAD+ leva a que reacção páre, uma vez que se acaba por esgotar todo o NAD+ disponível – a reacção pára no ponto 6 do esquema por falta de NAD+. O destino metabólico do piruvato (determinado pela ausência ou presença de O2) condiciona o destino e função do NADH. Em aerobiose: Piruvato entra na mitocondria onde é descaboxilado oxidativamente pela piruvato desidrogenase AcetilCoA que entra no ciclo do ácido cítrico. O NADH não tem transportadores para entrar na mitocondria, os seus electrões são transferidos por um mecanismo de shuttle (membrana interna é permeável ao NADH) – shuttle malato-aspartato ou shuttle glicerol-fosfato permite que entrem só os electrões e no citosol a NAD+ (logo no citosol continua a glicólise). Mecanismo de Shuttle de Glicerol-3-fosfato Funciona no cérebro e no músculo-esquelético. Não é reversível. Mecanismo de Shuttle de Malato-Aspartato Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 33 Funciona no coração, fígado e rins. É reversível. O NADH é um composto rico em energia uma vez que os electrões que liberta permitem a produção de ATP. A partir dos mecanismos shuttle consegue-se produzir ATP e regenerar o NAD+. Em anaerobiose: Piruvato permanece no citosol e segue para a fermentação. Fermentação alcoólica – libertam-se 2 etanol + 2 CO2 Fermentações láctica – libertam-se 2 lactatos. Regulação da glicólise Enzimas das reacções mais exergónicas (todas irreversíveis). Exemplo Fermentação Alcoólica: Num terreno alagado, as raízes começam com fermentação láctica mas como o pH baixa, recorrem à fermentação alcoólica. Na produção de pão, serve para o pão ficar mais fofo, o CO2 liberta-se para o glúten e formar bolhas. Exemplo Fermentação Láctica: Em actividade física intensa quando não há O2 suficiente o músculo recorre à fermentação láctica – os H+ baixam e não há acumulação de lactato. Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 34 Hexocinase; Fosfofrutocinase 1 Piruvato cinase Regulaçao alostérica – inactivadas pelo NADPH e pelo ATP e activadas pelo NAD+ e o ADP. Ciclo de Cori ou Ciclo do Ácido Láctico É mais um ciclo de transporte. É a ligação entre a glicólise e no músculo em actividade e a gluconeogénese no fígado. O ácido láctico produzido no músculo passa para o sangue e para o fígado, onde é convertido a glucose pela gluconeogénese e esta glucose volta para o músculo. Em condições de exercício físico violento, o metabolismo da glucose no músculo passa de aeróbio (CTE) a anaeróbio (fermentação) devido à falta de CO2. A sensação de fatiga não é devido à acumulação de ácido láctico mas sim devido ao abaixamento do pH provocado pela produção de ácido láctico. Aula 17 Gluconeogénese – processo de conversão de precursores que não carbohidratos para glucose e glicogénio. Ocorre no cérebro, nas células vermelhas do sangue, na medula do rim, na lente e córnea do olho e nos músculos em exercício. Durante o jejum prolongado a glucose pode ser formada a partir de precursores como o lactato, o piruvato, o glicerol e aminoácidos com glicogénio. Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 35 A formação de glucose não ocorre numa simples reversão da glicólise uma vez que o equilíbrio total da glicólise favorece fortemente a formação de piruvato. Tem de ocorrer através da via da gluconeogénese. Falhas na glucaneogénese podem ser fatais – hipoglicémia causa disfunção no cérebro, o que pode causa coma e até mesmo a morte. A glucose é importante para manter o nível de intermediários do Ciclo do Ácido Cítrico. A gluconeogénese limpa o lactato formado nos músculos e eritrócitos e glicerol produzido no tecido adiposo. Substratos para a gluconeogénese: piruvato, lactato, glicerol, aminoácidos e todos os intermediários do Ciclo do Ácido Cítrico. Os ácidos gordos não podem ser usados porque a maioria dos ácidos gordos gera apenas acetilCoA e este composto não pode entrar na síntese dos açúcares. O glicerol é libertado durante a hidrólise de triacilgliceróis no tecido adiposo e depois entregue ao fígado pelo sangue. O lactato é libertado na sangue por músculos em exercício intenso e por células sem mitocondrias (RBCs). Ciclo de Cori: Os aminoácidos são derivados da hidrólise de proteínas dos tecidos (maior fonte de glucose durante o jejum). A gluconeogénese ocorre principalmente no fígado e em menor extensão no rim e no intestino delgado. A síntese de glucose a partir do piruvato – glucaneogénese – usa muitas enzimas da glicólise. Existem 3 reacções da glicólise que tem um ΔG tão negativo que são irreversíveis: Hexocinase (1) – tem gasto de ATP Fosfofrutocinase (3) – formação de frutose-1,6-fosfato Piruvato cinase (10) – formação de ATP Todas as outras reacções ocorrem no sentido inverso. Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 36 Duas das reacções bypass envolvem reacções de hidrólise (reacções que na glicólise envolvem o gasto de ATP): Hexocinase na glicólise : Glucose + ATP Glucose-6P+ADP Glucose-6P fosfatase na gluconeogénese: Glucose-6P+H2O Glucose +Pi Enzima embebida na membrana do retículo endoplasmático das células do fígado e do rim. O músculo e o cérebro não contêm a glucose-6P fosfatase, pelo que aqui não ocorre gluconeogénese. Fosfofrutocinase na glicólise: Frutose-6P+ATP Frutose-1,6-bifosfato+ADP Frutose-1,6-bifosfasto na glucaneogénese: Frutose-1,6-bifosfato+H2O Frutose6P+Pi. É uma reacção termodinamicamente favorável. Reacção alostérica: citrato estimula; frutose 1,6BP e AMP inibem. Bypass da piruvato cinase (última reacção da glicólise): Piruvato cinase na glicólise: Fosfoenolpiruvato+ADP Piruvato + ATP PEP carboxilase na gluconeogénese: Piruvato + HCO3- +ATP Oxaloacetato + ADP +Pi PEP + GDP + CO2 Requerem a clivagem de 2 ligações fosfato: ΔG da clivagem de uma ligação de ATP é insuficiente para a síntese de PEP; PEP tem ΔG muito mais negativo na hidrólise do fosfato do que do ATP. É necessário muita energia para conduzir esta reacção. Esta energia provém de 2 lados: descarboxilação e hidrólise do GMP (GMP é equivalente ao ATP) 1ª reação da glucaneogénese tem duas vias: Ocorre na mitocôndria e no citosol; Ocorre apenas na mitocôndria Com transferência de NADH mitocondrial para o citosol. Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 37 No fim a glucose pode serconvertida em glúcidos de reserva ou estruturais. Reacção global Glucaneogénese: 2 Piruvato + 4 ATP + 2 GTP + 2 NADH + 2H+ + 6H2O Glucose + 4 ADP + 2 GDP + 2 NAD+ + 6 Pi. Glucose e gluconeogénese: se ambas as vias estivessem igualmente activas na célula iriam constituir um ciclo fútil que iria gastar energia – para prevenir esta situação, as duas vias são reguladas reciprocamente. Controlo local – inclui regulação alostérica recíproca por nucleótidos de adenina. Fosfofrutocinase (glicólise) é inibida pelo ATP e estimulada pelo AMP. Frutose-1,6-bifosfato (gluconeogénese) é inibida pelo AMP. Quando o ATP é alto (baixo AMP) a glucose não é degradada para produzir ATP. Quando o ATP é alto, torna-se mais útil para a célula armazenar glucose como glicogénio. Quando ATP é baixo (alto AMP), a célula não depende de energia para formar glucose. Controlo global – no fígado inclui efeitos recíprocos de uma cascata cíclica de AMP, quando os valores de glucose no sangue são baixos. A fosforilação de enzimas e proteínas regulatórias no fígado pela proteína cinase A resulta na inibição da glicólise e no estímulo da gluconeogénese. Faz com que a glucose esteja disponível para se libertar no sangue. Enzimas que são fosforiladas pela proteínas Cinase A: o Piruvato cinase – inibida quando fosforilada (glicólise); o CREB – activa o gene para a PEP carboxilase; o Ezimabi-funcional – faz e degrada um regulador alostérico (frutose-2,- bifosfato) Sem transferência do NADH mitocondrial. Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 38 Glucose Glucose-6- fosfato Frutose-6- fosfato Glicólise Ácido 6- fosfoglucónico Via Fosfatos da Pentose Glicose-1- fosfato Glicogénio A regulação recíproca pela frutose-2,6-bifosfato (estimula a glicólise): o Activa alostericamente a fosfofrutocinase; o Activa a transcrição do gene para a glucocinase (variante do fígado da hexocinase); o Inibe alostericamente a frutose-1,6-bifosfato. Destinos da glucose formada da Gluconeogénese Síntese de reservas glícidas: Amidos nas plantas; Glicogénio nos animais. Percurssor de intermediários de outras vias metabólicas (via dos fosfatos da pentose). A glicólise, glucaneogénese e a via dos fosfatos da pentose permitem ajustar às necessidades celulares os teores de NADPH, ATP, ribose-5-fosfato, ácido pirúvico e glucose. Via dos fosfatos da pentose Ocorre no fígado Funções: o Produção de NADPH (poder redutor); o Síntese de ribose (ácidos nucleicos e nucleótidos). Fases oxidativas – formação de NADPH (irreversível). Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 39 Fases não-oxidativas – produzem ribose-5-fosfato (reversível). Reacção global da vida dos fosfatos da pentose: 6 Glucose-6P + 12 NADP+ 5 Glucose-6P + 6 CO2 + 12 NADPH + 12 H+ + Pi Metabolização da glucose-6P: transformação da glucose em pentose sem utilização da glicólise. Formação de NADPH (fase oxidante): utilização como poder redutor para a síntese de ácidos gordos e outros lípidos que mantém o sistema antioxidante activo. Formação de ribose-5-fosfato (fase não-oxidante): precursor da síntese de nucleótidos (síntese proteica). Transcetolase: transfere uma unidade de 2C (quebra a ligação entre C2 e C3 de uma cetose), dador é uma cetose. Transaldolase: transfere um unidade de 3C (quebra a ligação entre C3 e C4 de uma cetose), dador é uma aldose. Transcetolase: transfere uma unidade de 2C de uma cetose para uma aldose Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 40 Muito mais NADPH do que ribose-5-fosfato • Dá-se o ciclo completo • Fase oxidante com produção de NADPH e da não oxidante com regeneração da glucose-6- fosfato. Em alternativa, a frutose-5-fosfato e o gliceraldeído-3-fosfato vão para a glicólise com produção de ATP. Muito mais ribose-5P do que NADPH • Dá-se a fase não oxidante no sentido inverso Ribose-5P e NADPH • Dá-se apenas a fase oxidante da via Regulação da vida dos fosfatos da pentose (intra-celular) Condições metabólicas em que ocorre a via: o Quando o organismo requer Aula 18 Em anaerobiose não ocorre oxidação total das moléculas orgânicas. Em aerobiose pode ocorrer oxidação total das moléculas orgânicas com formação de CO2 e H2O. O oxigénio é o aceitador final de electrões, formando-se água. Forma-se CO2 resultante do carbono existente nos glícidos. Grande parte da energia química contida nos glícidos é “guardada” na forma de ATP. Glucose Piruvato Etanol ou Lactato AcetilCoA Ciclo de Krebs Sem O2 Com O2 Transporte electrónico e reoxidação das enzimas reduzidas NADH e FADH2. Fosforilação oxidativa ADPATP Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 41 Ciclo de Krebs ou Ciclo do Ácido Cítrico Ocorre na mitocondria. Nos organismos aeróbios o piruvato é oxidado a CO2 e acetilCoA usando a coenzima-A. Carácter anfibólico: catabólico e anabólico. O piruvato move-se facilmente e passa os poros da membrana externa, transportado até ao encontro com a membrana interna, onde encontra o complexo multienzimático piruvato desidrogenase. Piruvato + CoA + NAD+ acetil-CoA + CO2 + NADH 24/04/2015 – Aula 20 – A bioenergética aplicada à bioquímica do metabolismo Relembrando a reacção de Keq Reagentes tem mais energia que os produtos – reacção exergónica ΔG<0 Os reagentes têm de passar por um estado de transição: Rp Para definir ponto de equilíbrio: Temos de considerar o nível de energia de cada uma das moléculas (reagentes e produtos); Qual o nº de moléculas de cada lado. Ponto de equilíbrio: mínimo de energia, não é só quando temos moléculas de produto. A ↔ B ΔGº’<0 – A tem mais energia do que B ↔ ΔGº’<0 Balanço: não há nenhuma reacção que ocorra 100% numa direcção. No equilíbrio, teremos mais moléculas com menos energia e menos moléculas com maior energia. No ponto de equilíbrio, teremos a mesma quantidade de energia dos 2 lados, tendo em conta a energia de cada molécula e a quantidade de moléculas que estão presentes em cada instante. Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 42 ΔG = ΔGº’ + RT × ln [𝑃] [𝑆] ΔGº’ refere-se à energia de cada molécula – energia RT × ln [𝑃] [𝑆] refere-se à proporção relativa (nº) ΔG (com ou sem enzimas) define a direcção da reacção dependendo de ΔG<0. A vida é um processo espontâneo, os processos de uma célula ocorrem quando ΔG<0. ΔGº’ – variação padrão de energia livre de Gibs (condições padrão: 1M, 1 atm e 25ºC) – condições padrão referem-se a 1M, tendo a mesma quantidade de moléculas, 1M de reagentes e 1M que produtos, a reacção dá-se do que tem mais energia para o que tem menos energia. R P – ΔGº’ = +3 Kcal/mol – a reacção iria dar-se da direita para a esquerda. Considerando a situação de equilíbrio, podemos ter: ΔGº’ = - RT × ln(𝐾𝑒𝑞) ΔGº’ é um parâmetro termodinâmico, mais uma forma de representar Keq: Keq>1 temos que ter mais P do que R, logo R tem de ter mais energia – logo ΔGº’<0 Keq<1 temos que P tem mais energia do que R – logo ΔGº’>0 Quanto menor Keq, maior ΔGº’. E vice-versa. Reacções dão-se espontaneamente quando ΔG<0. Podemos ter um número infinito de valores para ΔG, uma vez que variam as condições de P e S. Uma reacção dá-se sempre no sentido de atingir o ponto de equilíbrio. Decisão da direcção em que se dá a reacção, define-se pela soma dos 2 parâmetros. 1M 1M Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 43 Leis da termodinâmica 1. Conservação da energia; 2. Entropia do sistema aumenta sempre; 3. A entropia é zero quando para um cristal ser feito com o Kelvin ΔGº’ = ΔHº - TΔSº ΔHº - variação da entalpia ΔSº - variação da entropia. Conteúdo calórico: Exotérmico – liberta-se calor, contribuipara baixar o ΔG para que a reacção seja espontânea. Endotérmico – absorve calor do meio. No verão o ΔG<0 e a água evapora-se quando isto acontece absorve calor, logo é um processo endotérmico. Logo para que ΔG<0, TΔHº terá de ser maior – aumento de energia. O processo é sempre espontâneo se a entalpia diminuir e a entropia aumentar. Caso da água: Como é que a água se evapora à temperatura ambiente? H2O(l)H2O(g) ΔGº’>0. Vantagem da existência de enzimas 1ª reacção da glicólise: Glucose Glucose-6-fosfato Reacção endergónica porque glucose-6P é um composto mais rico em energia. É necessário acoplar as reacções com a hidrólise do ATP (hidrólise do ATP liberta energia). ΔGº’ = - n F ΔEº’ ΔEº’ – quando dois elementos partilham um electrão, quanto mais um átomo puxar o electrão para si, mais electronegativo ele é (este termo é só aplicado a elementos, no caso de compostos fala-se em afinidade) Como varia a eletronegatividade, segundo a tabela periódica: Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 44 Problemas 2) ΔG= = 0,9 kcal/mol = 0,9× 1000 𝑐𝑎𝑙 1 𝑘𝑐𝑎𝑙 = 900 𝑐𝑎𝑙/𝑚𝑜𝑙 ΔH = 57 kcal/mol = 57000 cal/mol T= 30ºC = 303 K pH = 2,5 a. Qual a variação da entropia? ΔGº’ = ΔHº - TΔSº 900 = 57000 – 303ΔS -56100 = -(303)ΔS ΔS= 185,15 calmol1K-1 3) a. -52,4 + 21,9 = -30,5 (soma) b. Ocorre espontaneamente porque ΔG<0 c. Eficiência = 𝑞𝑢𝑎𝑛𝑡𝑖𝑑𝑎𝑑𝑒 𝑑𝑒 𝑒𝑛𝑒𝑟𝑔𝑖𝑎 𝑞𝑢𝑒 𝑎 𝑐é𝑙𝑢𝑙𝑎 𝑡𝑒𝑚 𝑑𝑒 𝑢𝑠𝑎𝑟 𝑞𝑢𝑎𝑛𝑡𝑖𝑑𝑎𝑑𝑒 𝑑𝑒 𝑒𝑛𝑒𝑟𝑔𝑖𝑎 𝑑𝑖𝑠𝑝𝑜𝑛í𝑣𝑒𝑙 = 21,9 52,4 = 0,418 ≅ 42% Gases raros são mais electronegativos do que o fluor Razão para ser um composto muito rico em energia, tem uma força enorme para ceder os electrões. Se os electrões passassem directamente para o o O2, daria uma série de problemas, logo têm de existir elementos intermédios – assim os electrões vão libertando energia em pequenas quantidades e não se perde energia. Força enorme para receber os electrões Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 45 d. Energia que não é usada na fosforilação do ADP libertada sob a forma de calor ou aumento da energia. 08/05/2015 – Aula 21 – Catabolismo dos Lípidos Catabolismo dos Lípidos Degradação; β-oxidação Ocorre na mitocondria Carriers que intervêm no catabolismo: Relação O que transportam? ATP Molécula extremamente rica em energia Fosfato NADP+/NAD+ Relacionados com as reacções REDOX na célula e com as enzimas desidrogenases. Electrões de hidrogénio (H+) FAD/FADH2 Também relacionado com as desidrogenases Electrões de hidrogénio (H+) Coenzima A Tem na sua cauda um grupo teórico –SH importante nas cisteínas. Pode-se ligar a um acetil formando acetil-CoA Grupo Acetil Biotina carboxilada Importante na biossíntese de ácidos gordos Grupo carboxilo UDP Uridina difosfato glucose Glucose 1ª Etapa enzimática do catabolismo dos lípidos Hidrólise dos triacilglicéridos pelas lipases. Os lípidos normalmente encontram-se ligados ao glicerol – as lipases cotam as ligações libertando o ácido gordo do glicerol (ficando na forma livre). O ácido gordo não fica degradado. 2ª Etapa – activação pela coenzima A Os ácidos gordos estão sempre ligados à esfingosina ou ao glicerol. Quando fica livre tem de haver activação por um carrier. Ácido gordo + Coenzima A Acil-CoA (ácido gordo activado) ≠ acetil CoA A activação do ácido gordo requer energia – no inicio de todas as degradações é necessário é necessário o gasto de energia. Grupo carboxilo (do carbono 1) é o que se liga à CoA Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 46 Glicerolípidos Glicerol Piruvato Ácidos Gordos Activados p/ serem degradados Cada acilCoA origina muitos acetilCoA Um ácido gordo com 20C origina 10 acetilCoA Ciclo de Krebs 3º Etapa – transporte para a mitocôndria Uma vez que as mitocôndrias são o local onde ocorre a respiração. É necessário transpor a membrana interna para que se dê a β-oxidação. 4ºEtapa – β-oxidação dos ácidos gordos Hidrólise dos triacilglicéridos: Metabolismo do Glicerol: Glicerol para ser degradado tem de ser fosforilado pela glicerolcinase (as cinases são responsáveis pela transferência de grupos fosfato). Estando fosforilado sofre oxidação Glicerol-3-fosfato + NAD+ DHAP + NADH (pela glicerol-3-fosfato desidrogenase). O glicerol é depois degradado através da glicólise, originando piruvato. A mitocôndria tem duas membranas, isto leva a que seja muito difícil para a acilCoA entrar e atravessar a membrana interna. Então para conseguir atravessar a Reagente Inactivado Produto Activado Duas eliminações do grupo fosfato, energeticamente esta reacção conta como um desconto de ATP Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 47 membrana tem de ter um composto, transportador próprio, ligado a um composto azotado – carnitina. É um processo cíclico, ocorre mais uma β-oxidação e assim sucessivamente. Acetil CoA tem 3 destinos diferentes: 1. Maior parte entra no ciclo de Krebs; Complexo: 2 transferases mais uma translocase que só transporta acilcarnitina ou carnitina. A carnitina não se acumula dentro da mitocôndria. AcilCoA é o ácido gordo na forma activada pronto para ser degradado na β-oxidação. *O CO2 que entra liga-se ao ácido gordo remanescente = acilCoA (ligação entre o grupo teólico e o carbono β (agora carbono 1)) Oxidação com uma DH dependente ao DAD pede HS e fica com uma dupla ligação entre o carbono α e o β do tipo trans Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 48 2. Biossíntese de lípidos de reserva podem ser degradados para a síntese de lípidos de membrana; 3. Quando há excesso de acetil CoA – cetogenese (corpos cetónicos). Existe uma certa semelhança entre a β-oxidação e o ciclo de Krebs: Formação de acilCoA com menos 2C do que o inicial; Formação de acetil-CoA Hélice de Lynen – degradação sucessiva do ácido gordo Quando chega um a composto com 4 átomos de carbono, butiril CoA, já não sofre uma β-oxidação mas sim uma cisão que origina directamente 2 acetil-CoA. Por exemplo: 1 ácido gordo com 20C – dá 9 voltas ( 20 2 − 1) Em termos energéticos quantos ATP se formam? Não esquecer que por cada ácido gordo desconta-se 2 ATP da fase de activação. Por volta: forma-se 2 FADH2 + 1 NAD+ + H+ + 1 acetilCoA que entra 10 Ciclo de Krebs Cada acetil CoA forma: 3 NADH + 1 FADH2 + 1 ATP = 10 ATP Nº de voltas = 1º 𝐶 2 − 1 𝑛º 𝑑𝑒 𝐶 2 × 10 + 𝑛º 𝑑𝑒 𝑣𝑜𝑙𝑡𝑎𝑠 × 4 − 2 Exemplo: 16 carbonos 8 acetil CoA 7 voltas 8× 10 + 4 × 7 − 2 = 80 + 28 − 2 = 106 18 carbonos 9 acetilCoA 8 voltas 9× 10 + 4 × 8 − 2 = 120 Caso dos anoméricos: não necessitam de beber água porque degradam lípidos do tecido adiposo. Resulta em muita “água metabólica”. 1,5 + 2,5 = 4 ATP Cada NADH vale 2,5 ATP 3 × 2,5 = 7,5 ATP Cada FADH2 vale 1,5 ATP Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 49 Se houver duplas ligações e como são sempre do tipo cis, tem de haver uma isomerase para transformar a ligação em trans – isto é, já não é necessário a formação da dupla ligação. A β-oxidação realiza-se na matriz mitocondrial, muito perto do local onde se realiza o ciclo de krebs. No entanto, pode também ocorrer nos peroxissomas. A formação dos corpos cetónicos é feita no fígado. Deriva da acumulação de acetilCoA acetoacetil-CoA (2 moléculas). Isto acontece quando o ciclo de krebs pára. 13/05/2015 – aula 22 Anabolismo dos Lípidos Biossíntese de ácidos gordos saturados Ocorre no citosol (e também nos cloroplastos). A biotina carboxilada é outro carrier importante porque transporta o grupo COOH (carboxilo). 1ª Etapa – reacção de carboxilação Nos ácidos gordos o substratoinicial é o acetilCoA. Enzima: acetilCoA carboxilase. De onde vem este substrato? Degradação de aminoácidos; Degradação de lípidos; Glicólise; Shuttle citrato malato piruvato. 1) Carboxilação da biotinaque requer ATP 2) Trans-carboxilação da biotina – transferência de um grupo carboxilo para um outro substrato. Reacção importante de regulação da síntese: Se houver muitos ácidos gordos de cadeia longa está inactivada – inibição pelos produtos; activação pelo ácido cítrico – indução pelos substratos. Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 50 2ª Etapa – Formação de acetilACP e malonilACP O acetil-ACP e o malonil-ACP formam-se por ligação a uma proteína transportadora de grupos acil (ACP). Acil transferases e malonil transferases. 3ª Etapa – Adição sequencial de unidades de 2C As unidades de 2C são provenientes do acetil-CoA. Esta etapa tem reacções opostas à β-oxidação: o Condensação Redução Desidratação Redução Hélice de Wakil – adição sucessiva de 2 carbonos para a síntese de ácidos gordos. As 4 reacções realizam-se num complexo multienzimático – FAS (fatty acid sintase) que possui 3 dominios: 1. Unidade de ligação e condensação; 2. Unidade de redução; 3. Libertação do ácido palmítico. Elongases – podem ser microssomal (se estão no REL) ou mitocondrial (se estão na mitocondria). O que fazem? Elongação, isto é, aumentam o número de carbonos dos ácidos gordos sintetizados no citoplasma. Desnaturases – criam ligações cis duplas e tornam os ácidos gordos insaturados. Fazem desidrogenação oxidativa. NADPH Produzido na via dos fosfatos da pentose Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 51 Destino dos ácidos gordos sintetizados Energia β-oxidação; Lípidos de reserva nos tecidos adiposos em vesículas e nas sementes oleogenosas – triacilgliceróis. Lípidos de membrana fosfolípidos. Síntese do Colesterol: Acetil-CoA Ácido mevalónico Isopentenil pirofosfato Esqualeno Colesterol Regra do Isopreno: todos os compostos isoprónicos são constituídos por unidades ….. e provém de isopentil pirofosfato. 15/05/2015 – aula 23 – Metabolismo dos aminoácidos e proteínas: Catabolismo Degradação das proteínas Péptido + (n-1)H2O n aminoácidos ΔGº’ < 0 processo exergónico O proteoma de uma célula/organismo varia ao longo da vida da célula, devido às condições onde se encontra e à sua função, por exemplo. Qualquer célula colocada em situação de stress é capaz de mudar o seu proteoma. Como e porquê? A estratégia da célula passa a ser sobreviver: 1) Redução na K síntese de proteínas – house keeping proteins; 2) Aumento da degradação de proteínas (KD). Crescer e dividir-se – função de luxo proteínas de luxo. Célula não degrada proteínas envolvidas na síntese de ATP e ribossomas – funções de sobrevivência. 3) Síntese de proteínas que vão ajudar a resolver o stress Célula degrada proteínas para libertar aminoácidos e sintetizar proteínas de stress – processo mais rápido do que sintetizar a maquinaria toda (transcrição, etc.) Uma vez passada a fase de stress a célula pode voltar ao seu estado normal. As células estão constantemente a alterar as funções biológicas, alterando o seu proteoma. Turnover de proteínas – praticamente todas as proteínas estão constantemente a ser degradadas e sintetizadas. Excepções à regra: proteínas de cisteína formam-se e mantêm-se durante 70 anos. Se uma proteína tiver uma concentração constante Ks = KD Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 52 As células gastam energia a sintetizar proteínas mas também gastam energia para as degradar, que vantagem tem o turnover para as células? Reacções para a constante de síntese e degradação que explicam as funções fisiológicas do tunover: Regra geral: todas as enzimas/proteínas tem turnover mas as que têm um papel importante na regulação têm um processo de turnover mais acentuado/mais intenso para permitir ajustes mais rápidos. Qualquer situação de stress, qualquer situação que altera o proteoma, as taxas de Ks e KD alteram-se, permite a adaptação a novas condições ambientais. Em plantas como o trigo e a macieira: as folhas senescem no fim do ciclo vegetativo, todos os nutrientes são retirados e fica praticamente só celulose. 2 processos diferentes: Trigo: os nutrientes vão para o grão/semente – como não é autotrofico inicialmente permite que o embrião se desenvolva. Macieira: depois da colheita, os nutrientes vão para a casca do tronco e as raízes para que o crescimento inicial no ciclo seguinte seja feito à custa destas nas seivas. Proteínas estruturalmente anómalas – erro no processo de síntese. Exemplo: proteínas com domínios hidrofóbicos virados para fora gaiolas de água instavél – SE KD >>>>>>> 0 KS >>>>>>>0 Permite ajustamentos muito mais rápidos, resposta imediata Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 53 dpode funcionar como um núcleo para aglomeração/agregados; a partir de um certo ponto as proteases são incapazes de actuar. Degradação de proteínas Também serve para fornecer energia: hidratos de carbono, proteínas e lípidos. Ou então na glucaneogénese para sintetizar glucose. Proteases – designação genérica das proteínas que cortam/degradam/hidrolisam as ligações peptídicas. Pertencem ao grupo 3 das enzimas. Endopeptidases – corta dentro da proteína = proteinase. Exemplo: Insulina com um fragmento interno. Isopeptidases – corta as proteínas pelas pontas. Exopeptidase – de acordo com a extremidade C ou N Aminopeptidases (extremidade N) Carboxipeptidases (extremidade C) Endopeptidase Proteases de serina (tem uma serina no centro activo) Proteases asparticas (ácido aspártico no centro activo) Proteases de cisteína (cisteína no centro activo) Metaloproteases Para saber quais actuam basta usar inibidores. Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 54 Proteases animais – pepsina, serina (animais ruminantes); Proteases de plantas – papaína (latex), ceratinases. Vias de degradação das proteínas Vias que dependem directamente do consumo de ATP – via da ubiquitina- proteossoma. Vias que dependem indirectamente do consumo de ATP – vias lisossomais/vacuolares. Vias lisossomais: Abre-se uma bolsa (gasto de ATP) que agarra uma parte ao citosol e as proteinas são degradadas no interior inespecificamente. Tende a ser mais importante em casos de stress violentos. Via da ubiquitina: mais especificos. A ubiquitina é usada para marcar proteínas para destruíção – via proteolítica. A uma determinada altura uma proteína vai para a degradação (ninguém sabe porquê): 1. Decisão – não se sabe qual é; 2. Marcação – sistema de conjugação da ubiquitina – E1 E2 E3 3. Proteínas – está marcada, protease reconhece e a proteína é degradada. Sistema de conjugação da ubiquitina: 1. Ubiquitina activada pelo ATP através da E1; 2. E2 pára onde a ubiquitina é transferida depois de activada – conjugação; 3. E3 cataliza a formação de uma ligação isopeptidica entre o grupo 2 carboxilo e o grupo ϒ; 4. Ubiquitina está ligada à proteína, activado como sinalização. Catabolismo dos aminoácidos 1º passo – separação do grupo amina dos seus esqueletos de carbono Transaminases – amina transferases – permite converter todos os grupos amina a ácido glutâmico. 2º passo – Desaminação oxidativa Glutamato DH – faz a desaminação, isto é, oxida o esqueleto carbonado. Resultam num ácido 2-oxaloglutâmico + Amónio livre + NAD(P)H + H+ O amónio mata as células porque desaclopa a cadeia de transporte de electrões. Qual o mecanismo para evitar a toxicidade? Bioquímica 2014 Beatriz Pequeno | 55 Qual o destino do NH3? Animais amoniotélicos - excretam na forma de amónio. Exemplo: Peixes.
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