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O processo de duplicação do DNA ocorre porque ele tem a capacidade de gerar novas moléculas, ocorrendo a cada divisão. A fase S é a fase de replicação ou síntese do DNA, onde as moléculas precisam gerar novas moléculas de DNA idênticas à molécula de DNA da célula original. Todo esse material deve ser duplicado antes da divisão celular. Cada cromossomo, quando não está duplicado (cromonema), é formado de uma única molécula de DNA. Quando está duplicado, esse cromossomo é composto de duas cromátides, chamadas de cromátides irmãs, as quais são formadas, cada uma, por uma molécula de DNA. A duplicação do material genético é semiconservativa, ou seja, a cada molécula original, são formadas duas moléculas filhas idênticas à original. A cadeia dupla de DNA precisa se abrir; cada uma das suas fitas simples servirá de molde para originar cópias pela complementariedade das bases nitrogenadas. O primeiro passo para o processo de duplicação é a separação da dupla fita de DNA, como um zíper que se abre. Quem separa essa dupla fita é a enzima helicase, que realiza a quebra das ligações de hidrogênio que une as bases. Essa enzima reconhece pontos de origem de replicação (os eucariotos possuem vários pontos de origem de replicação) e quebra as pontes de hidrogênio formando uma estrutura em forma de bolha. Se puxarmos essa bolha em cada um dos lados, a bolha se aumenta, formando o que chamamos de uma forquilha de replicação. A forquilha de replicação tem direção nos dois sentidos, ou seja, ela será copiada no sentido direito e esquerdo. Para facilitar a compreensão, pensamos em apenas um lado da forquilha. As fitas têm sentido anti-paralelo. Posteriormente à formação da forquilha, temos a formação da complementariedade ou a síntese de novas cadeias ou fitas de DNA. Esse processo de síntese envolve dois tipos de duplicação – um lado chamado de duplicação contínua e outro lado chamado de duplicação descontínua. No lado onde há a duplicação contínua ocorre a formação de um novo filamento de DNA de duplicação contínua. No lado onde há a duplicação descontínua, temos a formação de novos pequenos filamentos de DNA descontínuos, chamados de filamentos de Okasaky. Os dois tipos ocorrem ao mesmo tempo. A enzima que adiciona os nucleotídeos chama-se DNA polimerase lll, que só consegue adicionar nucleotídeos na extremidade 3’ OH livre. Para isso, é sintetizado um lugar para a DNA polimerase III se enganchar: a enzima primase sintetiza um primer (iniciador), composto por nucleotídeos de RNA na extremidade 5’ da nova fita de DNA, que corresponde à extremidade 3’ da fita de DNA original. Esse seguimento iniciador tem de 10 a 12 nucleotídeos (incluindo uracila) e possui um terminal 3’OH que serve como sinal para que haja a possibilidade da DNA polimerase lll adicionar nucleotídeos, crescendo no sentido 5’ para 3’ (da fita nova) de uma forma contínua. Os nucleotídeos entram na reação como trifosfatos de desoxirribonucleosídeo. Esse nucleotídeo a ser incorporado forma um par de bases com seu parceiro da fita molde. Ele é então acoplado à hidroxila 3’ livre na fita de DNA em crescimento. A nova fita de DNA é, portanto, sintetizada na direção 5’-3’. A quebra de uma ligação de fosfato de alta energia do trifosfato de nucleosídeo que está entrando – acompanhado pela liberação de pirofosfato – fornece a energia para a reação de polimerização. Posteriormente, a enzima DNA polimerase 1 remove os primers e adiciona no lugar desses, novos nucleotídeos de DNA. Esses pontos são chamados telômeros. A fita, nesse caso, é duplicada na direção contrária à direção da duplicação contínua. A enzima primase sintetiza um primer (iniciador) para fornecer um terminal livre para a atuação/enganchamento da enzima DNA polimerase l. Esse primer possui nucleotídeos de RNA e é adicionado à extremidade 5’ da nova fita de DNA, que corresponde à extremidade 3’ da fita de DNA original. A partir da extremidade 3’ do primer, a enzima DNA polimerase lll adiciona nucleotídeos de DNA à nova fita de DNA de forma que, em um determinado momento teremos vários seguimentos formados por primer + fita nova de DNA, chamados de fragmentos de Okazaki. Os fragmentos crescem no sentido 5’ para 3’ (da fita nova). Após, a DNA polimerase l vem e retira os primers dos fragmentos. Assim, as cadeias fragmentadas continuam crescendo até se unirem aos fragmentos adjacentes por intermédio da enzima DNA ligase. Proteínas de ligação unifilamentar impedem que os dois filamentos de DNA se liguem ou fechem. Topoisomerases chamadas girases mantém a forma de dupla hélice de DNA, impedindo que haja um super enrolamento da fita. DNA polimerase lll realiza a adição de novos nucleotídeos. DNA polimerase l faz a retirada dos primers. DNA ligase faz a união dos fragmentos de DNA. DNA primase produz os primers. Enzima helicase faz a quebra das ligações de hidrogênio, separando as fitas de DNA. As DNAs polimerases são enzimas diméricas. A duplicação de novas fitas de DNA, contínua e descontínua, ocorre sempre no sentido 5’-3’. Ou seja, a adição de nucleotídeos pela DNA polimerase lll ocorre no sentido 3’OH do primer, fazendo com que a direção da duplicação seja de 5’ para 3’. Por causa dessa dificuldade em completar a extremidade 5’ da nova fita de DNA, necessitando da formação de um primer e a posterior quebra do primer pela enzima DNA polimerase I, repetidos ciclos de duplicação geram moléculas de DNA cada vez mais curtas. Existe uma enzima telomerase que faz uma duplicação nessa região, mas a cada ciclo celular, um pedaço da região telomérica é perdida. Os telômeros são regiões localizadas nas extremidades dos cromossomos. É uma região em uma sequencia de DNA repetitiva, normalmente (TTAGGG)n, sendo n de 100 a 1.000 repetições. Com a idade, essas células ficam envelhecidas e seus telômeros, mais curtos. O tamanho do tamanho está relacionado à longevidade, à risco de mortalidade prematura e a doenças degenerativas. O tamanho dos telômeros indica quantas divisões a célula ainda pode sofrer, ou melhor, quantas duplicações o DNA poderá sofrer. A transcrição ocorre com a finalidade de expressar um gene, produzindo uma cadeia de resíduos de aminoácidos ao final do processo. Existem diferentes genes em cada molécula de DNA, que podem ser transcritos em momentos diferentes – quando há a necessidade da transcrição de um gene, ele será transcrito, independente da presença dos demais. É um processo de produção ou síntese de moléculas de RNA a partir de moléculas de DNA. É feita uma cópia dos nucleotídeos do gene a ser transcrito, trocando a timina pela uracila. Existem duas classes de RNA: 1. RNAs de informação: RNA mensageiro, que estará levando a informação para a síntese de proteínas. São traduzidos em polipeptídeos. RNAm: responsável por levar a informação até a região onde será realizada a síntese proteica. 2. RNAs funcionais: são RNA que fazem parte dos processos de transcrição e tradução. Não são traduzidos em polipeptídeos. RNAr: responsável por formar parte da estrutura dos ribossomos e participar da síntese de proteínas. RNAt: usado na síntese de proteínas como um adaptador entre RNAm e aminoácidos. A transcrição ou síntese de RNAm também é realizada no sentido 5’-3’, mas agora não temos a fita contínua e fita descontínua porque a transcrição ocorre em uma fita única de DNA. A fita a fita a ser transcrita é chamada de fita molde. Todo gene, anterior à sua região codificante, há uma região promotora, que vai sinalizar para a enzima responsável pela transcrição que o gene iniciará mais à frente. É onde a enzima se liga para poder fazer a transcrição.Posterior à região promotora, há a região codificante, onde se encontram as informações para a produção da proteína. Verde: promotor. Todo gene também tem uma região que sinaliza à enzima de transcrição que a região codificante acabou. Vermelho: terminação. Dentro da região codificante, há regiões chamadas íntrons – regiões que não codificam os genes – e os éxons – regiões codificantes. Depois que ocorre a transcrição, o RNA mensageiro será formado por íntrons e éxons. Nessa altura, a fita de RNA produzida ainda não é chamada de RNAm, mas sim de RNA transcrito primário. Isso se dá pelo fato de que deve ocorrer um processamento, chamado de splicing – retirada dos íntrons e união dos éxons. O RNAm é formado, então, por região promotora, éxons e região terminal. A transcrição é iniciada com a enzima RNA polimerase, que é feita de várias subunidades. A subunidade sigma da RNA polimerase se liga ao promotor (TATA box – sequência de A e T), reconhece os fatores de transcrição e faz com que se rompa as pontes de hidrogênio, abrindo a fita. A partir dali, ocorre a transcrição no sentido 5’-3’. Cada gene é transcrito em um momento diferente. Um dos filamentos de DNA serve como molde. Assim, acontece a fase de alongamento. A enzima RNA polimerase vai adicionando os ribonucleotídeos à fita de RNAm em formação, no sentido 5’-3’ até que ela encontre a região de término. Há um pareamento temporário entre os nucleotídeos complementares (fita de DNA e fita de RNA. Durante essa etapa, também acontece o processamento: adição de um cap – revestimento – pela enzima guaniltransferase à extremidade 5’ do RNAm e a adição de uma cauda poli-A no RNAm com cerca de 150-250 nucleotídeos de adenina pela enzima poli-A polimerase. Essas adições vão fazer com que as extremidades do RNAm primário fiquem protegidas, além de delimitar esse gene. Na finalização do processo, a enzima RNA polimerase se desprende da fita de RNA primário. Ocorre a separação da molécula de RNA da fita molde de DNA. Para dar início à transcrição, a RNA- polimerase II eucariótica necessita de um conjunto de fatores gerais de transcrição. O splicing é a retirada dos íntrons e união dos éxons para o RNA transcrito primário se torne, de fato, o RNA mensageiro ou final. Os íntrons e éxons estão alternados e possuem sequencias de bases específicas que determinam quando começa ou quando termina um ou outro. Esse processamento envolve um complexo de proteínas chamadas spliceossomos (snRNPs), que faz com que um éxon se una a outro éxon, formando um herping ou grampo da região do íntron. O íntron será retirado do modelo e o RNA maduro conterá somente os éxons. É o processo de síntese de proteínas – cadeias de aminoácidos – a partir de moléculas de RNAm. Em outras palavras, é uma maneira de traduzir a linguagem do RNA para a linguagem dos polipeptídeos. Desse processo, além do RNAm, participam os ribossomos, formados por RNAr + proteína, dividido em duas subunidades – menor e maior; RNAt traz o anticódon e aminoácido. O código genético é formado por uma combinação 3 a 3 (trinca) de bases nitrogenadas. A cada trinca, chamada códon, equivale a um aminoácido. Ele consta de 64 códons ou trincas. As propriedades do código genético são: Possui um início e um fim. Todo gene começa com o códon AUG (metionina). Três combinações podem ser o códon stop: UAA, UAG, UGA Não tem vírgula, são lidos de uma vez só, de trincas em trincas em uma mesma velocidade. Degenerado: se temos 64 códons e apenas 20 aminoácidos, diferentes códons podem gerar o mesmo aminoácido. Universal: salvas algumas exceções, o código genético é lido da mesma forma para todos os seres vivos. Não é sobreposto: uma trinca é traduzida atrás de outra. Não é ambíguo: cada códon codifica apenas um mesmo aminoácido. O RNA é uma molécula de fita simples, mas pode “dobrar” sobre si mesma para formar estruturas secundárias – RNAr. Os ribossomos, em eucariotos, são formados por duas subunidades 28s, 5s e 18s. Cada um dos ribossomos é uma dobra de fita de RNA associada a proteínas. A subunidade menor dos ribossomos se liga ao filamento de RNAm. Sítio A: aminoacil; Sítio P: peptidil. O RNAt ou RNA transportador também é uma molécula de RNA fita simples, curta, mas pode se dobrar sobre si mesma para formar estruturas secundárias. Em forma de folha de trevo Molécula com quatro hastes em fita dupla e três alças unifilamentares. Uma alça (azul) com uma trinca de nucleotídeos, chamada de alça do anticódon, carrega o anticódon. O anticódon se une a uma trinca correspondente específica de nucleotídeos – códon do RNAm. Cada RNAt é específico para trazer um determinado aminoácido que é transportado em sua extremidade 3’OH livre (ligação feita por 20 diferentes enzimas amino acil RNAt sintetases). O processo de tradução se inicia com a união das duas subunidades do ribossomo, reconhecendo a região promotora. Primeiro RNAt entra no sítio P. A incorporação de aminoácidos ocorre pelo sítio aminoacil. Formação de ligações peptídicas. Na fase de alongamento, os ribossomos caminham sobre a fita de RNAm no sentido 5’ para 3’. Na finalização desse processo, ao chegar ao códon de stop ou de finalização, onde vai ser reconhecido por fatores de liberação e tudo se desprenderá do modelo. A proteína estará pronta. A cadeia de aminoácido nascente é transferida sempre para o novo RNAt carregado ligado.
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