Science Mapping

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Science Mapping (Bibliometria) com R Studio, Bibliometrix e Índices Internacionais
Roquemar Baldam
roquemar3@gmail.com
(55) 27 – 99223-1561
Cope.ufes.br
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Bibliometria (Science Mapping) com R Studio e Ordinatio
O que é preciso para participar do Workshop?
Instalar versão atual do R: https://cran.r-project.org/bin/windows/base/ 
Instalar versão atual do RStudio: https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/ 
Excel instalado no seu computador.
Baixar os arquivos do workshop em uma pasta de seu computador, ou digite https://bit.ly/2XF1m7p 
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Para citar este trabalho
BALDAM, Roquemar. Science Mapping (Bibliometria) with R Studio, Bibliometrix and international indexes. Ufes: Vitória, 2020. Disponible: http://cope.ufes.br. Access: 10/06/2020.
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Qual a meta?
Informações típicas obtidas com o Science Mapping:
Periódicos mais relevantes em sua área de estudo.
Papers mais citados e os que possuem maior Fator de Impacto.
Autores mais produtivos.  
Palavras-Chave mais relevantes.
Países e Instituições mais produtivas.
Produção na área por ano, país.
Clusters e redes de pesquisa na área.
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Revisão de Literatura
Revisão Narrativa (Tradicional)
Revisão Sistemática
Com Meta-análise
Sem Meta-análise
Onde se encaixa a Science Mapping (Bibliometria)?
		Usualmente na Revisão Sistemática
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Porque a Science Mapping (Bibliometria)?
Por possuir o potencial de introduzir um processo de revisão sistemática, transparente e reproduzível, com base na medição estatística da ciência, dos cientistas ou da atividade científica.
(BROADUS, 1987; DIODATO, 1994; PRITCHARD, 1969) 
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Por que fazer uma Science Mapping (Bibliometria)?
Há anos o número de publicações acadêmicas está aumentando a um ritmo acelerado e é cada vez mais inviável manter-se atualizado com tudo o que está sendo publicado.
Ênfase nas contribuições empíricas resultou em fluxos de pesquisa volumosos e fragmentados.
Bibliometria guia o pesquisador para os trabalhos mais importantes.
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Razões para executar Science Mapping
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Mais comuns:
Conhecer o que há de mais qualificado/recente na área de interesse (estado da arte).
Quem e onde a pesquisa no tema está sendo executada em maior intensidade.
Identificar lacunas na pesquisa atual, a fim de sugerir áreas para uma investigação mais aprofundada.
Fornecer uma estrutura / plano de fundo para posicionar adequadamente novas atividades de pesquisa.
Resumir as evidências existentes sobre um método, tratamento, tendência ou tecnologia, para resumir a evidência empírica dos benefícios e limitações de um método específico.
Critério de avaliação da Capes para avaliação de Programas de Pós-Graduação, Internacionalização, ...
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Critérios Capes
Palestra do Prof. Paulo Jorge Santos é muito esclarecedora
Novo Qualis (SANTOS, 2020) https://www.youtube.com/CPGSS 
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Tipos de Revisão Sistemática mais comuns
(MUNN, 2015)
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Passo essencial:
Protocolo da Systematic Review
Exemplo de Protocolo para Systematic Review
Aqui entra a bibliometria
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Métodos bibliométricos
Empregam uma abordagem quantitativa para a descrição, avaliação e monitoramento de pesquisas publicadas.
Processo sistemático, transparente e reproduzível.
Mapeia o campo de pesquisa sem viés subjetivo.
Utilizam dados bibliográficos de trabalhos produzidos por outros cientistas .
Quando esses dados são agregados e analisados, geram insights sobre:
Estrutura do campo de pesquisa.
Redes sociais entre cientistas.
Tendências.
Subcampos de pesquisa.
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Referência principal para o Bibliometrix, usado neste Workshop.
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1 - Gerar arquivos com dados brutos de papers selecionados, em função dos critérios do Protocolo, nas bases de dados
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Palavras chave e critérios
Agrupar cada conjunto de termos com o identificador AND
"Asset management" OR "Facilit* maintenance" OR "Building maintenance" OR "Facilit* management system*" OR "Asset management system*" OR "Building maintenance system*" OR "BIM" OR "Building information modeling";
AND
"Public Administration*" OR "Public Management" OR "Public Sector Management" OR "public service*" OR "Public Organization*"
AND  
DOCTYPE ( ar )  
AND  
PUBYEAR  >  2014 
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https://journalfinder.elsevier.com/
Excelente ajuda a encontrar palavras chaves corretas!!!!
Ao começar a digitar uma Keyword, ele começa a listar se há em sua base as Keywords equivalentes
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Que bases podem ser utilizadas no Bibliometrix?
Em geral , acesso às bases é pago...
Mas podemos ter acesso...
Periódicos Capes
Periódicos Capes
Periódicos Capes
Cadastrando seu projeto na base
Via script e API do Bibliometrix
Free...
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Outras bases
Nativamente só há scripts no Bibliometrix para as cinco bases indicadas.
Considerar fortemente:
Não há nenhuma indicação de recusa dos periódicos em aceitar estas cinco bases propostas.
Estas cinco são inclusive as bases fonte para outras bases.
A maior parte de outras bases não possuem dados bibliométricos completos.
Lembrar: 
Conversor: Seria possível criar um conversor de outras bases (por exemplo de Scielo para Scopus) para importar. Mas convém? Os dados bibliométricos estão completos nestas bases?
Internacionalização é um dos objetivos aqui. Quanto temos bases que privilegiam periódicos de um só pais, esta ideia é derrubada.
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Apenas se estiver fora da Ufes ou do Ifes
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Apenas se estiver fora da Ufes ou do Ifes
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Apenas se estiver fora da Ufes ou do Ifes
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BASE 1 – WEB OF SCIENCE
Ou
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Limite de 500
Se tiver mais de 500 resultados, gerar dois ou mais arquivos
Salvar arquivo: será gerado um arquivo “savedrecs.bib” na área de downloads
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Muito importante: marcar sempre Registro completo e referencias citadas
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BASE 2 – SCOPUS
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Salvar arquivo
Salvar arquivo: será gerado um arquivo “scopus.bib” na área de downloads
Muito importante: marcar todas as opções de informação
Limite de 2.000
Se tiver mais de 2.000 resultados, gerar dois ou mais arquivos
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BASE 3 – Pubmed
Execute o Script “Pubmed - Extrair dados.R”, disponível nos arquivos baixados para este workshop.
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BASE 4 – Cochrane
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É gerado na sua área de download um arquivo “citation-export.bib”
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Web of Science: até 500 registros por vez.
Scopus: até 2.000 registros por vez.
O que fazer quando tenho mais registros que isso para exportar?
Dividir em várias exportações e depois juntar os arquivos BibTex em único arquivo (são arquivos texto editáveis com bloco de notas).
Cuidado! Se gerou tantos resultados assim:
Pode ser que sua consulta não esteja restritiva o suficiente! Poderia melhorar sendo mais restritivo?
Seleção muito ampla implicará que depois você terá que retirar muita coisa, pois é inviável ler milhares de papers!
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Colocar bases de dados brutos em local adequado
Crie uma pasta para guardar os arquivos da bibliometria: “c:\bib”.
Copie da área de download de seu computador os arquivos “scopus.bib” e “savedrecs.bib” para a pasta que acabou de criar ( “c:\bib”).
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2 – Obter, com R Studio e Bibliometrix, os dados conjuntos do Scopus e WoS
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Área para escrever os comandos
Resultado dos comandos
Objetos (Dados)
Imagens, Ajuda
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Copiar o texto do arquivo de script “Bibliometria.txt” e colar aqui
(Arquivos do workshop)
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Colocar endereço onde colocaráas informações de seu projeto
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Executar cada linha do comando clicando sobre ela e depois neste botão
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Tenha certeza que alterou este endereço também.
Ao executar este comando será gerado o “Arquivo de dados CSV para tratamento na planilha Excel Ordinatio”
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Após executar este comando:
 1- Copie este texto para um arquivo texto. Isto é o “Relatório bibliométrico básico dos dados brutos”.
 2 - Nesta linha, “k” é o número de dados que quer que apareça no resultado básico
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3 – Analisar Bibliometria no browse Biblioshiny() e obter dados bibliométricos primários
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Para visualizar os resultados via web-interface (browser) 
Execute esta linha.
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O que eu preciso obter de dados primários???
Muitas opções de dados e gráficos
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Análise dos dados com Biblioshiny() após limpeza da Planilha
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Importante, O Biblioshiny() só roda com o Bibliometrix carregado no R Studio.
Execute a linha “biblioshiny()” na área de script do R Studio. Será aberta uma interface de browser Web.
Carregue o arquivo CSV gerado no passo 2, conforme mostrado na figura.
Divirta-se!!!
Este arquivo foi gerado em C:\bib\
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4 - Importar dados oriundos do arquivo CSV no R Studio, ajustar dados e classificar conforme Critérios
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Abra a sua planilha “arquivo.csv” que está em “c:\bib\”
Copie todos os dados do arquivo, com exceção da 1ª linha.
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Se não abrir assim, siga estes passos:
Abrir nova planilha --> Dados> De texto ou Csv --> Carregar com delimitador "virgula"
Abra o arquivo 060 – Science Mapping
Copie todos os dados do “arquivo.csv”, sem os títulos, e cole na célula A3 da aba “Papers”
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Ao classificar em ordem decrescente pelo Ordinatio, você terá a classificação de todos os papers.
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O que é a Equação InOrdinatio*?
Método de MCDA (Multiple Criteria Decision Analysis) para classificação de papers. 
InOrdinatio = α* FI + β * [10-(Ano da Pesquisa – Ano da Publicação)] + γ*Ci
Onde:
α = Peso que se deseja dar ao Fator de Impacto. Originalmente 1. 
FI = Fator de Impacto no JCR do periódico onde o paper foi publicado.
β = Peso que se deseja dar ao quanto mais recente é a publicação. Usualmente 1, variando de 1 a 10 (sugestão dos autores). 
γ = Peso que se deseja dar à quantidade de Citações do paper. Originalmente 1. 
Ci = Quantidade de Citações do paper.
*Equação do Methodi Ordinatio
(PAGANI; KOVALESKI; RESENDE, 2015)
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5 - Excluir papers de acordo com critérios complementares do protocolo (Ex.: número de citações, somente papers, FI no JCR, ...) 
6 - Excluir papers após leitura de Título e Resumos
Feito exclusivamente com recursos da Planilha no Excel
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7 - Baixar papers selecionados
Feito nos moldes tradicionais, baixando nas bases:
Periódicos Capes
Google Scholar
Sites dos periódicos
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8 - Excluir papers após leitura do texto, obtendo lista de papers que irão compor o portfólio final da Bibliometria
Feito exclusivamente com recursos da Planilha no Excel
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Finalizando...
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Quantidade típica de referências em Revisão Sistemática nas áreas de Business e Computer Science (2018 à 10/3/2020)
Busca no Scopus:( TITLE-ABS-KEY ( "systematic review*" OR "systematic Literature review" OR "systematic mapping stud*" ) AND DOCTYPE ( ar ) AND PUBYEAR > 2017 AND ( LIMIT-TO ( SUBJAREA , "COMP" ) OR LIMIT-TO ( SUBJAREA , "BUSI" ) ) 
Quantidade : 1.927 papers. Destes, 420 com até 50 referências.
Média: 86 referências (máx. de 245) Desvio padrão: 46 Moda: 63
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Referências
ARIA, Massimo; CUCCURULLO, Corrado. Bibliometrix: An R-tool for comprehensive science mapping analysis. Journal of Informetrics, v. 11, n. 4, p. 959–975, 2017.
BALDAM, Roquemar. Science Mapping (Bibliometria) with R Studio, Bibliometrix and international indexes. Ufes: Vitória, 2020. Disponible: http://cope.ufes.br. Access: 10/06/2020.
FERREIRA, Adésio. Notas de aula Programação em R. Alegre: Ufes, 2020.
KITCHENHAM, Barbara; CHARTERS, Stuart. Guidelines for performing systematic literature reviews in software engineering. Technical report, Ver. 2.3 EBSE Technical Report. EBSE, 2007.
MUNN, Zachary et al. What kind of systematic review should i conduct? A proposed typology and guidance for systematic reviewers in the medical and health sciences. BMC Medical Research Methodology, v. 18, n. 1, p. 1–9, 2018.
PAGANI, Regina Negri; KOVALESKI, João Luiz; RESENDE, Luis Mauricio. Methodi Ordinatio: a proposed methodology to select and rank relevant scientific papers encompassing the impact factor, number of citation, and year of publication. Scientometrics, v. 105, n. 3, p. 2109–2135, 2015.
SANTOS, Paulo. Novo Qualis Periódicos - Palestra (2020). Disponível em: https://www.youtube.com/CPGSS. Acesso em: 20/08/2020.
TARDIN, Matheus. Bibliometrics: Class Notes. Vitória: Ufes, 2018.
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Fim do Workshop
Muito Obrigado
Roquemar Baldam
roquemar3@gmail.com
(55) 27 – 99223-1561
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Science Mapping (Bibliometria) com R Studio, Bibliometrix e Índices Internacionais 
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KeywordsCritérios de seleçãoProtocolo de PesquisaScience Mapping (Bibliometria)BibliometriaePapers mais relevantes
Realizar Bibliometria (R, Bibliometrix, Ordinatio e filtros)- R17Scopus Web of Science (WoS)CochranePubmedDimensions(via Periódicos Capes)Excel com Ordinatio (Planilha)R Studio com BibliometrixBiblioshiny ()Periódicos Capes, Google Scholar e outrosProtocolo da Systematic Review emitido1 - Gerar arquivos com dados brutos de papers selecionados, em função dos critérios do Protocolo, nas bases de dadosϮ�–�Obter dados conjuntos das bases :- Mesclar dados do Scopus e Wos (ou outras) em base única.- Extrair duplicatas.- Gerar relatório bibliométrico básico dos dados brutos.- Gerar arquivo de dados CSV para tratamento na planilha Ordinatio.- Gerar gráficos Bibliométricos dos dados brutos.4 - Importar dados do arquivo CSV no R Studio, ajustar dados e classificar conforme Ordinatio5 - Excluir papers de acordo com critérios complementares do protocolo (Ex.: número de citações, somente papers, FI no JCR, valor de Ordinatio) 6 - Excluir papers após leitura de Título e Resumos7 - Baixar papers selecionados8 - Excluir papers após leitura do texto, obtendo lista de papers que irão compor o portfolio final da Systematic ReviewDados bibliométricos obtidos Total de 1.869 papers (Scopus (1546) e WoS (323))*1.643*280*42*35** Apenas um exemplo de quantitativo de papers obtidos.42*Visite o site da disciplinaPPGGP - Copeϯ�–�Analisar Bibliometria no browse Biblioshiny() e obter dados bibliométricos primários1.643*1.643 (foram retirados os repetidos)*
Realizar Bibliometria (R, Bibliometrix, Ordinatio e filtros)- R17Scopus Web of Science (WoS)CochranePubmedDimensions(via Periódicos Capes)Excel com Ordinatio (Planilha)R Studio com BibliometrixBiblioshiny ()Periódicos Capes, Google Scholar e outrosProtocolo da Systematic Review emitido1 - Gerar arquivos com dados brutos de papers selecionados, em função dos critérios do Protocolo, nas bases de dadosϮ�–�Obter dados conjuntos das bases :- Mesclar dados do Scopus e Wos (ou outras) em base única.- Extrair duplicatas.- Gerar relatório bibliométrico básico dos dados brutos.- Gerar arquivo de dados CSV para tratamento na planilha Ordinatio.- Gerar gráficos Bibliométricos dos dados brutos.4 - Importar dados do arquivo CSV no R Studio, ajustar dados e classificar conforme Ordinatio5 - Excluir papers de acordo com critérios complementares do protocolo (Ex.: número de citações, somente papers, FI no JCR, valor de Ordinatio) 6 - Excluir papers após leitura de Título e Resumos7 - Baixar papers selecionados8 - Excluir papers após leitura do texto, obtendo lista de papers que irão compor o portfolio final da Systematic ReviewDados bibliométricos obtidos Total de 1.869 papers (Scopus(1546) e WoS (323))*1.643*280*42*35** Apenas um exemplo de quantitativo de papers obtidos.42*Visite o site da disciplinaPPGGP - Copeϯ�–�Analisar Bibliometria no browse Biblioshiny() e obter dados bibliométricos primários1.643*1.643 (foram retirados os repetidos)*