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Biomol Replicação do DNA 1 Fluxo da informação genica • A expressão genica é dada pelos mecanismos de transcrição e tradução, td se inicia no nucleo onde eles são transcritos em uma sequencia de RNA mensageiro que é exportado ate o citoplasma e traduzido pelos ribossomos em uma proteína • A cada divisão celular uma celular uma célula deve copiar seu genoma com extrema precisao e essa síntese de DNA é chamada de replicação • O DNA possui estrutura de dupla hélice formada por duas sequencias de nucleotídeos antiparalelos e que cada nulcetodieo é formada por uma pentose (desoxirribose) ligada a um fosfato e a uma base nitrogenada (adenina, timinina, citosina, guanina) essas duas sequencias antiparalelas estão associadas entre si através de pontes de hidrogênio entre as bases nitrogenadas • No ciclo celular quando a célula acaba de ser originada ela entra em fase g1, na qual ela cresce, há uma intensa produção de RNA m e proteínas e ocorre o amadurecimento dessa célula para que ela possa desempenhar a sua função • No determinado momento que a célula precisa entrar em divisão celular primeiramente ela deve copiar todo o seu genoma com extrema precisão e realizar a replicação do DNA que ocorre na fase S do ciclo celular (lembrar fase S=Sintese de DNA) • Depois que todo o genoma é replicado a célula sai da fase S e entra na fase G2 que é onde a célula se prepara para a divisão celular, pra entrar em mitose, então há a distribuição dos centrossomos, começa emitir microtubulos para que essa célula então percorra as cinco fases da mitose Replicação semi-conservativa • Na replicação do DNA cada fita da dupla hélice serve como molde pra replicação/pra copia de uma nova fita, então em cada uma das duplas hélices filhas vai possuir uma fita de DNA original e uma recém-sintetizada, por isso a replicação do DNA é SEMI conservativa • As regiões onde ocorrem o inicio da replicação do DNA são chamadas de origem de replicação, nesses locais há uma sequencia comum de aproximadamente 11 nucleotídeos na qual vai iniciar a separação da dupla fita de DNA, logo que ocorre a separação dessa dupla fita parte do DNA começa a ser replicado e esse pedacinho de DNA que começa a ser replicado nas origens de replicação são chamadas de replicon Biomol Replicação do DNA 2 • Com o avanço da replicação formam- se bolhas de replicação cujo tamanho aumenta na medida que tamanhos maiores de DNA dupla fita são separadas, tb é possível observar nas duas extremidades dessa bolha (apontadas pelas setas em vermelho na imagem) uma estrutura em formato de Y que são chamadas de forquilhas de replicação • Nas células procariontes a replicação inicia-se a partir de uma origem de replicação já a replicação de uma molécula de DNA em células eucariontes inicia-se em diversos sítios e a existência dessa grande quantidade de origens de replicação é fundamental pra que as enormes moléculas de DNA dos eucariontes se repliquem em períodos de tempo curto, compatíveis com o tempo de duração do ciclo celular • Pelo fato do DNA ser formado por duas fitas antiparalelas (uma 3’ 5’ e a outra 5’ 3’) todo processo de replicação exige a presença de proteínas com muitas funções enzimáticas • As DNA-polimerases são enzimas necessárias, em todos os organismos, tanto para a replicac ̧ão do DNA como para os processos de reparac ̧ão do DNA. As DNA-polimerases de todos os organismos realizam a mesma reac ̧ão enzimática, que consiste na incorporac ̧ão de nucleotídeos trifosfatados na extremidade 3'-OH livre, sintetizando a fita no sentido 5'→3'. Portanto, para que a DNA-polimerase possa realizar a incorporac ̧ão de bases no DNA é necessária a síntese prévia de pequenas sequências de ribonucleotídeos, denomina- dos iniciadores (primers), pela proteína primase. A selec ̧ão do nucleotídeo a ser adicionado depende exclusivamente da complemetaridade de bases com a fita-molde. Assim, a ligac ̧ão fosfodiéster é realizada entre a extremidade 5'-P do nucleotídeo incorporado com a extremidade 3'-OH do nucleotídeo ja ́ pareado Helicase • Essa enzima tem a propriedade de romper as pontes de hidrogênio entre as bases nitrogenadas das duas fitas de DNA, então ela tem como principal função separar as duas fitas que compõe o DNA helicase apontada pela seta azul Proteínas ligadoras de fita simples SSBP Biomol Replicação do DNA 3 • Logo após a helicase romper as pontes de hidrogênio e separar as duas fitas pequenas proteínas que são as proteínas ligadoras de fita simples se ligam a cada uma das fitas elas impedem que essas fitas se reassociem formando uma novamente a dupla fita de DNA apontadas por seta em vermelho Topoisomerase • Logo a frente a forquilha de replicação pode-se observar a presença da topoisomerase que é associada a dupla hélice e ela desfaz o super enrolamento dessa dupla hélice de DNA apontada por seta verde Síntese • A síntese do DNA, ou seja a replicação do DNA, sempre vai ocorrer no sentido 5’ 3’ • A DNA polimerase adiciona um nucleotídeo por vez na extremidade 3’ livre na cadeia de DNA em formação Biomol Replicação do DNA 4 • A partir do momento em que o nucleotídeo esta posicionado corretamente a DNA polimerase catalisar uma reação fosfodiester entre a extremidade 3’ livre da cadeia de DNA existente e o fosfato 5’ do nucleotídeo que foi adicionado • A hidrolise do nucleotídeo trifosfato é que fornece energia pra que ocorra essa polimerização Pq a síntese não pode ser 3’ -> 5’? • A molécula de DNA é formada por duas fitas antiparalelas e a DNA polimerase so sintetiza uma nova molécula de DNA no sentido 5’ 3’ • A DNA polimerase não consegue sintetizar 3’ 5’ Atividade exonucleolitica • A DNA poliemerase so adiciona um novo nucleotídeo se o ultimo estiver corretamente posicionado, se isso não ocorrer a DNA polimerase remove (atividade exonucleotidea), mecanismo autocorretor que permite corrigir seus próprios erros de incorporação a medida que a molécula vai sendo sintetizada • 1: um novo nucleotídeo é adicionado a extremidade 3’ livre da cadeia que esta sendo sintetizada (ocorre hidrolise do nucleotídeo trifosfato que fornece energia pra que ocorra a ligação fosfodiester entre a extremidade 3’ livre ligada ao DNA e a 5’ ligada ao fosfato) • 2: a DNA polimerase percebeu que o nucleotídeo esta incorreto, então vai ocorrer a atividade exonucleolitica, ela vai retirar o nucleotídeo incorreto • 3: DNA polimerase tirando o nucleotídeo incorreto • 4: DNA polimerase adicionando o correto, fazendo a autocorreção • Entre 4 e 5 é possível ver a hidrolise do nucleotídeo fornecendo a energia pra ligação fosfodiester Imaginando uma DNA polimerase hipotética capaz de sintetizar 3’ 5’ Biomol Replicação do DNA 5 • Pra que ocorra a incorporação de um nucleotídeo na extremidade 5’ precisa ocorrer hidrolise pra que seja possível ocorrer a ligação fosfodiester • Então ocorre a hidrolise dos tres fosfatos e dessa maneira há energia suficiente pro prox nucleotídeo se ligar na extremidade 5’ livre (mostrado ate numero 2) • Imaginando que o nucleotídeo foi incorporado de maneira incorreta (assim como no exemplo acima) a DNA polimerase precisa fazer a atividade exonucleolitica (tirar o nucleotídeo incorreto pra adicionar o novo) • Em 3 esta mostrando o nucleotídeo já tirado, da pra ver q dps que o nucleotídeo foi tirado na extremidade 5’ não tem mais os trifosfatos, pois o nucleotídeo foi tirado, a DNA polimerase tenta adicionar um novo nucleotídeo, mas a extremidade 5’ so pode se ligar a 3’ livre, mas a energia vem da hidrolise dos 3 fosfatos, que foram retirados junto do nucleotídeo errado, assim não tem energia pra fazer a ligação fosfodiester, assim a síntese da cadeia é interrompida • A atividade exonucleolitica é importante pq a taxa de incorporação de nucleotídeos é alta mais ou menos 1:100000Fita tardia • Na forquilha de replicação uma das cadeias é sintetizada continuamente no sentido 5’ 3’ pela DNA polimerase que se move no mesmo sentido do deslocamento da forquilha de replicação, essa nova cadeia formada é chamada de cadeia líder ou continua, como mostrado em vermelho • Já a cadeia que tem como molde a cadeia 5’ 3’ da fita original é sintetizada no sentido inverso ao deslocamento da forquilha de replicação, isso so é possível pq a polimerase sintetiza pequenos pedaços que crescem no sentido 5’ 3’, esse pedaço (fragmento de okazaki) são ligados depois pra formar uma cadeia continua, esta nova cadeia que foi sintetizada no sentido contrario da forquilha de replicação e foi realizada aos pedaços é chamada de cadeia tardia ou descontinua (em azul) • As DNA polimerases precisam de uma extremidade 3’ livre pra adicionar os novos nucleotídeos na cadeia de DNA que esta sendo sintetizada, por isso a DNA polimerase sozinha não consegue iniciar a síntese de uma cadeia de DNA, pra que essa DNA polimerase inicie a replicação é necessário que uma outra enzima adicione nucleotídeos, essa enzima é chamada de primase que é uma RNA polimerase que catalisa a síntese de um pequeno fragmento de RNA sobre a cadeia molde do DNA o qual atua como um iniciador ou primer pra que a DNA polimerase possa adicionar os nucleotídeos dando continuidade a síntese da cadeia de DNA (ISSO OCORRE PRA FITA LIDER E PRA TARDIA!!!!1) Replicação da fita tardia Biomol Replicação do DNA 6 • Considerando a replicação da fita tardia ou descontinua do DNA não podemos ter uma sequencia de DNA com pedacinhos do primer/pedacinhos de RNA então após a replicação de toda a sequencia do DNA há uma enzima chamada de RNAse H que identifica esse primers/sequencia de RNA e degrada esses híbridos de RNA/DNA • Em seguida vem a DNA polimerase preenche o espaço vazio deixado por esse primer • Posteriormente a enzima ligase une os fragmentos formando uma cadeia recém- sintetizada continua Resumindo... • A helicase é a enzima que separa as fitas de DNA rompendo as pontes de hidrogênio, pra que as fitas não se rearranjem formando dnv a dupla fita as enzimas SSB (proteínas ligantes) não permitem que isso ocorra • Depois tem a adição dos primers pela primase o Na fita líder o primer adiciona na extremidade 5’ e a DNA polimerase da continuidade a síntese da nova cadeia de DNA o Já do lado direito há a formação dos fragmentos de okazaki, então os primers são adicionados com uma distancia de alguns nucleotídeos pra que a DNA polimerase possa dar continuidade a essa polimerização na forma de pedaços, então no final temos pedaços sintetizados que vao passar por todas as etapas da seção acima (replicação da fita tardia); primer removido, DNA polimerase preenche espaço deixado pelo primer e a DNA ligase liga fragmentos • As duas DNA polimerases formam dímero e conseguem seguir a forquilha de replicação na mesma direção, o molde da fita tardia forma como se fosse um grampo pra inverter a direção da síntese
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