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Universidade Federal de Ouro Preto – Departamento de Ciências Biológicas – ICEB-UFOP - Bioquímica Exercícios – Aminoácidos e peptídeos 1- Relação entre as estruturas e as propriedades químicas dos aminoácidos – As estruturas e as propriedades químicas dos aminoácidos são especiais para a compreensão de como as proteínas executam suas funções biológicas. As estruturas das cadeias laterais de 16 aminoácidos são dadas abaixo. Dê o nome do aminoácido que contém cada estrutura e associe ao grupo R com a descrição mais apropriada das suas propriedades, encontradas nos itens de a até m. Algumas descrições podem ser usadas mais de uma vez. a. Grupo R pequeno e polar contendo um grupo hidroxila. Este aminoácido é importante no sítio ativo de algumas enzimas. b. Provoca o menor impedimento estérico. c. O grupo R tem pKa 10,5, tornando-o carregado positivamente no pH fisiológico. d. Grupo R contendo enxofre, neutro em todos os pHs. e. Grupo R aromático, de natureza hidrofóbica e neutro em todos os pHs. f. Hidrocarboneto saturado importante em interações hidrofóbicas. g. O único aminoácido tendo, um grupo R ionizável com pKa próximo de 7. É um grupo importante no sítio ativo de algumas enzimas. h. O único aminoácido que tem grupo -amino substituído. Influencia o dobramento de proteínas forçando uma curva na cadeia polipeptídica. i. O grupo R tem pKa próximo de 4 e portanto está carregado negativamente em pH 7. j. Grupo R aromático capaz de formar pontes de hidrogênio, tem um pKa próximo de 10. k. Forma interligações dissulfeto entre as cadeias polipetídicas, o pKa do seu grupo funcional é próximo de 10. l. Grupo R com pKa 12, tornando-o carregado positivamente no pH fisiológico. m. Quando este grupo R polar, mas não-carregado, é hidrolisado, este aminoácido converte-se negativamente em pH próximo de 7. 2- Comparação dos valores de pKa de um aminoácido e seus peptídeos – A curva de titulação do aminoácido alanina mostra a ionização de dois grupos funcionais com valores de pKa de 2,34 e 9,69, correspondendo à ionização do grupo carboxila e à protonação dos grupos amino, respectivamente. A titulação de di, tri e oligopeptídeos de alanina mostra também a ionização de apenas dois grupos funcionais, embora o valor experimental dos pKa respectivos seja diferente. A tendência dos valores de pka está sumariada na tabela a seguir: Aminoácido ou peptídeo pK1 pK2 Ala 2,34 9,69 Ala-Ala 3,12 8,30 Ala-Ala-Ala 3,39 8,03 Ala-(Ala)n –Ala, n 4 3,42 7,94 a) Desenhe a estrutura de Ala-Ala-Ala. Identifique os grupos funcionais associados a pK1 e pK2. b) O valor de pK1 aumenta quando se vai de Ala para um oligopeptídio composto somente de Ala. Forneça uma explicação para esta tendência. c) O valor de pK2 diminui quando se vai de Ala para um oligopeptídio de Ala. Forneça uma explicação para esta tendência. 3- A figura abaixo representa a estrutura primária (seqüência de resíduos de aminoácidos) do hormônio peptídico Glucagon. Responda as seguintes questões: a. Identifique as ligações peptídicas do glucagon com um quadrado e circule as cadeias laterais dos resíduos de aminoácidos; b. Identique os aminoácidos correspondentes ao “N” e “C” terminais desse peptídeo; c. O glucagon possui algum aminoácido sulfurado? Se sim, identifique-o. Esse peptídeo possui alguma ponte dissulfeto? Explique. 4- Relação entre a curva de titulação e as propriedades acido-básicas da glicina – Um volume de 100ml de solução de glicina 0,1 M e com pH 1,72 foi titulado com solução de NaOH 2,0 M. Durante a titulação o pH foi acompanhado e os resultados lançados no gráfico abaixo. Os pontos-chave da titulação foram marcados de I a IV no gráfico. Para cada uma das afirmativas abaixo, identifique o ponto- chave na titulação e justifique sua escolha. a. Em qual ponto a glicina estará presente predominantemente como a espécie +H3N – CH2 – COOH? b. Metade das estruturas da glicina está a carga líquida +1. c. Metade dos grupos amino está no estado ionizado. d. O pH é igual ao valor do pKa da carboxila. e. O pH é igual ao valor do pKa do grupo amino. f. A glicina tem capacidade máxima de tamponamento. g. A carga média final da glicina é zero. h. O grupo carboxila da glicina está completamente titulado. i. A glicina está completamente titulada. j. A espécie predominante é +H3N – CH2 – COO-? k. A carga líquida média da glicina é –1? l. A glicina está presente predominantemente como uma mistura 50/50 de +H3N–CH2–COOH e +H3N–CH2–COO–? m. Ponto isoelétrico da glicina. n. Este é o ponto final da titulação. o. Os piores valores de pH para o tamponamento com glicina. 5- O gráfico abaixo representa a titulação de um dado aminoácido. Responda: a. Cite qual o provável aminoácido que está sendo titulado justificando adequadamente. b. Calcule seu ponto isolétrico (pI); c. Desenhe as estruturas de equilíbrio ao longo da titulação indicando suas cargas líquidas, do início ao fim da titulação. d. Esboce uma curva de titulação para os aminoácidos: Tirosina e Arginina (siga o exemplo do gráfico ao lado). Represente os equilíbrios químicos envolvidos para cada próton titulado (desenhando as estruturas químicas desses aminoácidos) e calcule seus pontos isoelétricos. 6- Represente uma reação de síntese de um tripeptídeo composto pelos aminoácidos Glicina, Ácido Glutâmico e Lisina em pH 7 e calcule sua carga líquida total nessa condição de pH. Por que nessa condição não é recomendado realizar o cálculo do pI do tripeptídeo utilizando uma tabela de pKa? Estrutura e algumas propriedades dos 20 aminoácidos comuns encontrados em proteínas
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