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1 Beatriz Machado de Almeida Bioquímica – Aula 1 Introdução Existem várias condições no metabolismo que, para manter o estado fisiológico, requerem que a atividade dessas moléculas seja regulada. Pode ser regulada pela simples presença do substrato (da molécula que será transformada em produto), pela atividade hormonal, pela mudança de PH. Ou seja, vários aspectos químicos vão realizar regulação. Às vezes tem enzimas que é regulada pelo próprio produto. Uma reação bioquímica não vai acontecer livre e espontaneamente por demanda do organismo. A maior parte das reações bioquímicas vai acontecer porque elas têm algum aspecto de regulação e esse aspecto é o que garante o estado fisiológico das células, e esse também é o principal aspecto em que é pautada a maior parte do mecanismo de ação dos fármacos. Eles visam regular a atividade enzimática, mimetizar a regulação enzimática que não está acontecendo por algum motivo, ou inibir a ação enzimática de patógenos. As enzimas tem relação química bastante significativa. Usa muito como ferramenta diagnóstica e exames laboratoriais e bioquímicos que visam identificar a presença de enzimas. Essas enzimas deveriam ser encontradas intracelularmente, dentro das células, mas por algum motivo estão no plasma, mostrando que teve aumento da atividade catalítica da célula ou necrose celular. • Proteínas notáveis, altamente especializadas: alto grau de especificidade com substratos; • Poder catalítico extraordinário: muito maior do que catalisadores sintéticos. • Aceleram reações químicas: em condições suaves de temperatura e PH. • São o centro e o objeto de estudo principal da bioquímica: atuando de forma organizada catalisam centenas de reações que degradam as moléculas dos nutrientes e conservam suas energias. • Doenças ocorrem quando elas não funcionam bem. • Importância clínica. Conceitos importantes • Catalisador: é toda e qualquer substância que aumenta a velocidade de uma reação, sem ser consumido durante o processo. • Enzima: é uma molécula orgânica (proteína ou RNA) que catalisa uma reação química específica: não afeta o equilíbrio da reação, aumenta a velocidade da reação e diminui a energia de ativação. As enzimas são catalisadores biológicos. Os elementos que estão presentes na catálise são: substrato, enzima que forma uma relação de conexão com o substrato. Velocidade da reação Enzima + substrato = enzima + produto. Essa relação do tempo que uma enzima fica pronta para uma nova reação catalítica é importante. Várias condições cinéticas avaliam esse turnover. Então várias condições são associadas como, por exemplo, os cofatores enzimáticos. Cofator Às vezes a literatura diverge: chama de cofator tanto para substâncias orgânicas e inorgânicas, ou chama de cofator apenas inorgânicos e coenzimas moléculas orgânicas. Essa atividade vai garantir uma propriedade química mais eficiente, ou seja, uma enzima tem uma afinidade pelo seu substrato, e hoje o que é válido é que a enzima pode modificar sua estrutura química para se apropriar de um determinado substrato. Antigamente tinha o modelo de chave e fechadura, mas o modelo de encaixe induzido depende de moléculas que vão melhorar essas ligações, e esse é o papel dos cofatores. O cofator modula, caracteriza e dá maior afinidade entre o substrato e a enzima. A maior parte das vitaminas, em especial as vitaminas do complexo B funcionam como cofatores no metabolismo. Regulação Enzimática 2 Beatriz Machado de Almeida Bioquímica – Aula 1 Enzima com sítio catalítico, sítio ativo ou centro ativo. O cofator gera ligações adicionais. A reação bioquímica (transformação do substrato em produto) iria acontecer sem o cofator, mas não há tempo para o metabolismo. Então, se atividade catalítica não é suficiente, é necessário a atuação do cofator para acelerar o processo. O cofator vai garantir propriedades catalíticas para esse metabolismo. Se a atividade catalítica não é eficiente (em relação ao tempo do processo), mesmo o metabolismo exigindo uma velocidade de controle, é como se a reação química não acontecesse. A eficiência catalítica é tão ou mais importante do que a capacidade de transformar quimicamente uma molécula em outra. Então o substrato seria transformado em produto independente da atividade catalítica, mas o tempo que isso iria acontecer não é compatível com os processos vitais. Mesma coisa quando fala do cofator. Uma enzima seria capaz de transformar o substrato em produto, mas a timidamente catalítica não seria no tempo necessário para garantir os processos metabólicos biológicos. Então, o cofator vai garantir propriedades catalíticas de eficiência para essa enzima. Uma enzima fica pronta para uma nova catálise enzimática, e isso leva um nome, que é uma constante chamada de Kcat. O Kcat está relacionada ao turnover da proteína para estar na sua conformação estrutural novamente e permitir a chegada de um novo substrato. Essa relação é importante, pois ajuda a determinar atividade de uma enzima. O cofator é um agente que vai propiciar um aumento das ligações. Coenzimas As coenzimas sempre vão auxiliar na catálise enzimática transferindo agrupamentos orgânicos, às vezes agrupamentos aminas ou carboxila. As vitaminas do complexo B vão transferir agrupamentos orgânicos ou elétrons para transformar o substrato em produto. Moléculas orgânicas sempre auxiliam na catálise enzimática por uma transferência de um grupo orgânico ou elétrons. COENZIMA A É carreadora de grupamentos acil, carrega acetato coA. É carreadora de um grupamento de carbonos e é associação de um nucleotídeo com uma vitamina do tipo B (ácido pantotenico). Então a coenzima A é um nucleotídeo + ácido pantotenico. NAD E FAD Coenzimas carreadoras de Hidrogênio. São formadas pelo nucleotídeo + vitamina do complexo B. NAD será coenzima de todas as oxidorredutases. Exemplo: redução do lactato em piruvato. Essa redução só é possível pela ação da lactato desidrogenase, que usa como coenzima o NAD, pois retira hidrogênio da molécula. Nas células neoplásicas, os processos catalíticos não são regulados, e por isso as células neoplásicas produzirão energia para a própria célula independente de vascularização. A timidamente catalítica dessa enzima não será regulada, independente da ação da coenzima. Em geral essas células que tendem a acidificar. Os principais aspectos estão diretamente relacionados ao não controle da atividade enzimática das células neoplásicas. NAD é a coenzima que propiciou o tamponamento ou equilíbrio dessa reação, porque o hidrogênio não foi desprendido no meio. Apesar do NAD ser uma coenzima pra lactato desidrogenase, ela não participa da atividade catalítica. Ela participa regulando e mantendo a homeostase. 3 Beatriz Machado de Almeida Bioquímica – Aula 1 KM Tem uma constante que é chamada de Km. A concentração do substrato afeta a velocidade das reações catalisadas por enzimas. • Km: É a concentração de substrato necessário para que a atividade catalítica atinja a metade da velocidade máxima. Se a enzima tem uma especificidade (afinidade) muito grande por esse substrato, a presença dele na célula vai ser percebida quimicamente pela enzima. Então, nesse caso, não precisa de uma quantidade muito grande de substrato para que a atividade catalítica chegue à metade da velocidade máxima. Por que metade da velocidade máxima? Porque um estudo em cinética química das enzimas elucidou que quando ocupa todos os sitos catalíticos que estão presentes naquela enzima, atinge metade da velocidade máxima, e atingir a velocidade máxima é só uma consequência da reação. Esse estudo foi importante para ajudar a determinar a concentração do fármaco. Se quer inibiruma determinada enzima, é necessário ter uma afinidade química por aquela enzima maior que o substrato que quer impedir. Então, o km tem essa relação de determinar qual a concentração do substrato que vai afetar e atingir metade da velocidade máxima. • O km é inversamente proporcional à afinidade. Quanto menor o Km, menor a concentração do substrato, maior é a afinidade (interação) entre enzima e substrato. Conhecer o Km das enzimas é importante pra estudar o comportamento das próprias enzimas. Se tem uma enzima com Km elevado, ela tem baixa afinidade pelo seu substrato. Só que precisa da agilidade catalítica, então é necessário mimetizar uma enzima que tem km menor ou um substrato que faça com que a enzima tenha um km menor. O km ajuda a modular a regulação enzimática das células. • É a relação da concentração de substrato para cada enzima. O km é inversamente proporcional à afinidade, mas isso não está relacionada a especificidade das reações químicas. A especificidade é a relação catalítica do substrato com a enzima. A afinidade é essa relação de precisar de uma concentração maior ou menor para identificar quimicamente. A enzima que faz a glicose ser aproveitada na célula é uma hexoquinase. Essa enzima está distribuída em todas as células que irão utilizar glicose. O fígado distribui a glicose para os outros tecidos, pois ele não usa a glicose como fonte de energia primária. Ele usa ácidos graxos, os aminoácidos. Então, no fígado existe uma isoforma da hexoquinase ou glicoquinase hepática que é diferente das glicoquinases de todos os outros tecidos. A diferença é que o Km da glicoquinase hepática é elevadíssimo, ou seja, toda glicose absorvida pelo trato gastrointestinal chega no fígado pelo sistema porta hepático. Toda insulina secretada pelo pâncreas passa primeiro pelo fígado e cerca de 60% dessa insulina fica retina no fígado, mas ele não utiliza glicose pelo Km da enzima que iria sequestrar a glicose e fosforilar nas células hepáticas. O Km é elevado, sendo esse Km elevado, dá tempo da glicose sair dos hepatócitos e voltar para a circulação. Quando não há mais necessidade de glicose nas outras células, ela permanece no fígado. O aumento da concentração é que modula a atividade da hexoquinase e garante o armazenamento em glicogênio. Propriedades das enzimas • Influenciadas por PH e temperatura. • Alta eficiência catalítica (grupos catalíticos que reagem com substrato). • Alto grau de especificidade pelos seus substratos. • Podem ser reguladas. Centro ou sítio ativo • Região que liga o substrato (parte pequena da mol). Representam fendas ou fenestras. • Liga o substrato por diversas atrações fracas. • Permite a especificidade: deriva da formação de múltiplas interações fracas entre a enzima. Regulação enzimática Concentração do substrato ou produto Às vezes o produto determina que está na hora de parar a reação. Ex: a glicose para entrar na célula 4 Beatriz Machado de Almeida Bioquímica – Aula 1 precisa ser fosforilada e quem faz isso é a hexoquinase. A diferença das hexoquinases extra- hepáticas para as hexoquinases hepáticas é o Km. Porém, essa enzima é modulada pelo próprio produto. Quando esse produto atinge uma determinada concentração na célula, ele inibe a atividade catalítica da enzima. Ou seja, essa enzima, se comparar as isoenzimas, ela é modulada pelo substrato (a concentração de substrato vai determinar a velocidade da reação). Em cada tecido ela é regulada pela concentração do produto. Se todas as hexoquinases do corpo fossem iguais, elas iriam ser reguladas apenas pelo produto. A concentração do produto inibe a atividade catalítica. Mas, no corpo humano tem isoenzimas, ou seja, formas diferentes dessa enzima, que vão atuar de maneira diferenciada nos tecidos. Regulada pelo substrato é o Km: a concentração de substrato vai interferir na velocidade da reação, vai regular atividade catalítica dela. Mas ela ainda é regulada pela concentração de produto. Regulação por inibição • Inibidores são substâncias que reduzem a atividade das enzimas. • Exemplo: fármacos, antibióticos e preservativos de alimentos e veneno. • Atuam como reguladores de vias metabólicas. • Muitas terapias por fármacos são baseadas na inibição enzimática. • Utilizados no desenvolvimento de técnicas para demonstrar a estrutura física e química, e as propriedades funcionais das enzimas. • Pode ser reversível ou irreversível. IRREVERSÍVEL • Se dissociam lentamente da enzima-alvo (ligação forte). Ex: DIPF (diisopropilfluorofosfato) atua na acetilcolinesterase; AAS na COX. Significa que haverá uma ligação química covalente (forte) entre a enzima e o inibidor. A ligação não irá se desfazer até que atinja a meia vida do inibidor. O AAS, em concentração de até 100 ml, vai inibir seletivamente a COX presente na mucosa gástrica. A meia vida do inibidor AAS é de 6-12 horas. Se quiser manter inibida constantemente, usa-se a mesma contração no número de horas da meia vida. REVERSÍVEL • São de rápida dissociação. • Competitiva: se ligam ao sítio catalítico e apresentam semelhança ao substrato, diminui a velocidade de catálise. • Não competitiva: inibidor e substrato pode se ligar simultaneamente a uma enzima. COMPETITIVA • Inibidor é análogo do substrato, pois tem a mesma estrutura química. • Aumento da concentração do substrato diminui a inibição. Há aumento de km. • Não há alteração da Vmax. • Ex: estatinas - se ligam a HMG-CoA redutase, transformando em colesterol. Ela atrasa a síntese do colesterol, mas não impede a síntese. Precisa ter muito HMG-Coa par acontecer. • Ex: propranolol - inibidor catalítico do receptor beta-adrenérgico. Se quiser antagonizar a ação do inibidor. Se falar da inibição competitiva, deve-se aumentar a concentração do substrato, pois se aumenta a concentração do substrato, interfere no Km do inibidor. Ex: o inibidor é um fármaco. Esse inibidor tem um Km menor para a enzima do que o substrato para a enzima. Se o Km é menor, a contração de escolha para o inibidor venceu a competição. Para reverter ou antagonizar, deve-se aumentar a concentração do substrato. Competitiva se liga ao sítio catalítico e diminui a velocidade. Venceu porque o Km do inibidor era menor do que o Km da enzima. Há aumento do Km porque se antes precisava de 1 molécula de substrato para atingir metade da velocidade máxima, agora precisa de mais, pois primeiro é necessário vencer a concentração do inibidor. A concentração do inibidor é o próprio Km. 5 Beatriz Machado de Almeida Bioquímica – Aula 1 NÃO COMPETITIVA • Inibidor não é análogo estrutural do substrato - não se liga ao sítio ativo. • Inibidor se liga a E e a ÉS. O inibidor está ligado em um lugar que não é o sítio ativo. A presença do inibidor vai impedir a saída do produto. Vai existir concentração de substrato, mas não é com a grande concentração que irá vencer a ligação do inibidor, pois eles não são análogos. Quando o inibidor se dissociar, irá permitir apenas a saída do produto, e não que a ligação aconteça, pois a ligação já aconteceu. Como tem substrato acumulado, mais substrato entra e irá ser transformado em produto, isso irá interferir na velocidade de reação, pois o primeiro substrato já estava ligado à enzima. Se for não competitiva, o inibidor está ligado em outro lugar e o substrato já está fazendo as transformações químicas. Quando o inibidor se dissocia, já começa a sair produto, deixando a velocidade maior, pois não precisa da concentração nenhuma de substrato. É como se o Km fosse nulo, pois o substrato já estava ligado. O substrato que foi transformado em produto já estava ligado à enzima, ele só estava sendo impedido de se transformar em produto. Nãoprecisou de maior concentração de substrato para a reação acontecer. Regulação alostérica • Inibidores alostéricos (regulador alostério) se ligam a um sítio afastado do centro ativo. Ele pode aumentar ou diminuir a atividade da enzima. • Provocam uma mudança conformacional na enzima que indiretamente reduz sua atividade; • Não pode ser descrito pelo modelo de Michaelis- Menten (resulta em uma sigmoide em vez de uma hipérbole). O regulador alostérico irá aumentar ou diminuir a atividade catalítica de uma determinada enzima. Nunca irá haver uma modulação do sítio de atividade. Um regulador alostérico se liga sempre no lado oposto do sítio catalítico. Se o regulador for por inibição, ocorre a mudança da conformação estrutural do sítio de atividade, passando a não reconhecer o substrato temporariamente. Ação do glucagon e insulina: agem regulando alostericamente as enzimas. • Efetor negativo: reduz a afinidade da enzima pelo substrato, diminuindo a velocidade da reação. • Efetor positivo: aumenta a afinidade da enzima pelo substrato, elevando a velocidade da reação. Mudança conformacional só tem na transformação alostérica ou covalente. Em geral, os hormônios regulam metabolismo bioquímico por regulação alostérica. Existem enzimas com vários sítios catalíticos. Não se deve utilizar Km para regulação alostérica, pois a modificação não é por uma molécula que irá mimetizar a atividade catalítica. Uma das propriedades do regulador alostérico é que ele se liga em um local diferente do sítio catalítico, portanto muda a conformação e não a afinidade do sítio catalítico. 6 Beatriz Machado de Almeida Bioquímica – Aula 1 Modificação covalente Ativa enzima → desfosforilação → enzima inativa → fosforilação enzima ativa. Regulação da expressão gênica Isoenzimas • Apresentam mesma atividade catalítica, porém distintas propriedades químicas. • Tecidos diferentes podem conter isoenzimas diferentes. • Importância nos diagnósticos. • Ex: amilase salivar e pancreática. Lactato desidrogenase (estrutura quaternária), perfil sérico associado a doenças. Aplicação clínica das enzimas Nem sempre quer dizer que houve lesão tecidual, porque se fosse assim, toda dosagem de enzima iria determinar grau e extensão de lesão. Tem enzimas que determinam grau e extensão de lesão e outras não. As troponinas são marcadores precoces mais específicos para infarto agudo do miocárdio. Pode acontecer de um paciente com infarto agudo gravíssimo que fez uma troponina de 9 e teve uma área de fibrose extensa. Além disso, pode ter também outro paciente com a troponina de 50 e essa lesão ser semelhante ao paciente com troponina de 9. Então, quem determina grau de extensão de lesão do músculo cardíaco é o ecocardiograma. Valor na corrente sanguínea é 0, mas pra determinar infarto é acima de 1. No fígado, ALT não determina grau de extensão de lesão, mas AST sim. Isso é explicado por ter AST também na mitocôndria. Enzimas no plasma, LCR, urina e exsudatos processo normal de destruição e reposição celular. Processo patológico lesão tecidual aumento da permeabilidade celular aumento da concentração do plasma. • Enzimas plasmáticas funcionais: lipoproteína lipase, proenzimas da coagulação. Atividade da enzima não é dentro da célula, por isso são plasmáticas. • Enzimas plasmáticas não funcionais: níveis até um milhão de vezes menor que nos tecidos. • Indicadores de lesão celular e tecidual: aumento da atividade destas no sangue. • A distribuição órgão-específica de albinas destas enzimas permite a localização.
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