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Replicação do DNA Abertura da dupla fita DNA helicase Reaproximação Tensão Ruptura Perda de informações genéticas Ação das topoisomerases Proteínas ligadoras de fita simples Se ligam a fita simples, impedindo a reaproximação Fitas separadas Girase Giros na molécula Relaxamento Impede a ruptura Construção das novas fitas de DNA DNA polimerase Enzima Une os monômeros através de ligações fosfodiéster Adiciona nucleotídeos à extremidade 3'OH livre Primer Ou iniciador, iniciam os 10 primeiros nucleotídeos, no fim são removidos e substituídos. EX: enzima RNA primase Direção da síntese: 5'-3' Helicase abre e são adicionados nucleotídeos. Helicase abre e adiciona-se o primer que polimeriza em 3'- 5' 1. 2. Formação de fragmentos de Okazaki Serão unidos por DNA-ligase formando a fita contínua O material genético é transmitido da célula-mãe para células-filhas na divisão celular, o que depende da capacidade de replicação das moléculas de DNA bifilamentar, em geral, as moléculas constituídas por centenas de milhões de pares de nucleotídeos são duplicadas com poucos erros. Propagação da informação genética O DNA é o material genético dos organismos celulares, capaz de se replicar para ser transmitido de uma célula a outra, contendo informações para orientar atividades celulares e guiar desenvolvimento, atividade e comportamento, com possibilidade de se modificar para se adaptar às circunstâncias. O processo de replicação baseia-se na natureza complementar dos filamentos que constituem as moléculas bifilamentares de DNA, mantidos unidos por ligações de H fracas entre pares de bases específicas. Quando as ligações se rompem, os filamentos separados servem de molde para a síntese de novos filamentos, montados pela incorporação gradual de nucleotídeos opostos aos do molde, seguindo a regra de pareamento de bases. No fim, cada filamento molde faz par com um filamento recém- sintetizado, criando 2 moléculas duplas idênticas a partir da catalização de algumas enzimas. É essencial que o mecanismo celular de replicação do DNA seja rápido e preciso, com correção de erros durante e imediamente após a replicação. A síntese de DNA tem 3 etapas: INICIAÇÃO DA CADEIA, EXTENSÃO DO ALONGAMENTO DA CADEIA e FINALIZAÇÃO DA CADEIA. Características básicas da replicação de DNA A replicação do DNA está diretamente relacionada à técnica de PCR (reação em cadeia polimerase) motivada pela divisão celular, assim, a célula apenas replica quando ela for dividir - na mitose, as células filhas são geneticamente idênticas a célula mãe, logo tem o mesmo DNA e a mesma quantidade de cromossomos (necessidade de replicação). Na replicação a partir de 1 molécula geram-se 2 moléculas, formando sempre o dobro de células (2 células originam 4 células, que geram 8, e assim sucessivamente). Além disso é preciso que essas células formadas ao final do processo tenham a mesma quantidade de cromossomos da célula mãe - isso se antes da divisão houver replicação. Na interfase, ocorre SÍNTESE DE DNA majoritariamente, cujo objetivo final é a transmissão de material genético para as células-filhas. Uma das características do processo de replicação é a semi-conservação (parcialmente conservativo) pois 1/2 do material genético é da fita mãe e a outra metade é uma fita nova, assim, os 2 filamentos complementares da dupla hélice se desenrolam e se separam, e cada filamento parental é usada como molde, e as restrições de pareamento de bases na dupla hélice determinam a sequência de bases no filamento recém-sintetizado, havendo conservação de 1/2 da molécula parental. Tipos de replicação LEGENDA: há uma dupla fita que se separa e cada um das fitas são usadas como molde para a construção da nova fita, então metade do material genético da fita mãe (semi- conservativa). IMPORTÂNCIA: por conta da replicação semi-conservativa, pode-se estabelecer vínculos genéticos, linhagens evolutivas, fazer teste de DNA, verificar a derivação do vírus (se há uma nova variante) e descoberta de uma nova espécie. Replicação semi-conservativa Nesse caso, a dupla-hélice parental seria conservada e uma nova dupla hélice seria sintetizada, assim, a replicação do DNA resulta em uma molécula formada por 2 fitas originais de DNA (idênticas à molécula original de DNA) e outra molécula formada por 2 novas fitas com a mesma sequência de molécula original. Replicação conservativa Neste tipo, segmentos de ambos os filamentos da molécula de DNA parental seriam conservados e usados como moldes para a síntese de segmentos complementares que seriam unidos para criar novos filamentos - ou seja, cada fita individual é uma colcha de retalhos do DNA novo e do original, resultando em 2 moléculas híbridas de DNA parental e da molécula filha. Replicação dispersiva Ocorre quando as moléculas são expostas a alta temperatura ou pH elevado, as ligações de hidrogênio e hidrofóbicos que unem os filamentos complementares na dupla hélice são quebradas e os 2 filamentos se separam (desnaturação), em geral, apresenta 1 bolha de replicação com 2 forquilhas de replicação que se movimentam e replicam o DNA em 2 sentidos opostos. Replicação bidirecional Layane Silva procariotos eucariotos1 cromossomo 46 cromossomos O DNA possui uma dupla fita fechada e helicoidal, ambas ligadas por pontes de hidrogênio, os nucleotídeos presentes estão conectados por ligações fosfodiéster, no entanto, para que a fita de DNA seja duplicada é preciso abri-las, utilizando componentes moleculares que auxiliam esse processo - o principal deles é a DNA helicase que age no início da replicação. Abertura da dupla fita presença dos nucleossomos que faz com que os fragmentos de Okazaki dos eucariontes sejam menores do que os dos procariontes. o cromossomo das bactérias contém um único replicon, enquanto os cromossomos dos organismos eucarióticos contêm vários. REPLICAÇÃO EM PROCARIOTOS: seres mais simples (como bactérias) apresentam apenas 1 ponto de início de replicação, assim, possuem DNA circular com apenas 1 cromossomo que forma 2 cromossomos circulares. Assim, os 2 novos filamentos sintetizados em cada forquilha de replicação estão sendo estendidos na mesma direção, como a síntese está ocorrendo na extremidade 5' de um filamento (3' - 5') e na extremidade 3' do outro filamento (5' - 3'). Contudo, as enzimas que catalisam a replicação do DNA, as DNA polimerases tem necessidade de um grupo 3'-hidroxila livre (só ocorre síntese em 5'-3'), por isso é preciso um eixo de rotação. REPLICAÇÃO EM EUCARIOTOS: seres mais complexos possuem DNA com maior quantidade de cromossomos (46) e, consequentemente, uma maior quantidade de moléculas de DNA para replicar, por isso, existem múltiplas origens (pontos de início da replicação ricos em adenina e timina) ao longo de toda a molécula de DNA, para que o processo seja mais rápido e efetivo, pois há mais DNA - existem múltiplos pontos de origem de replicação pois há maior quantidade de DNA que é também mais complexo. OUTRAS DIFERENÇAS ENTRE EUCARIOTOS E PROCARIOTOS: a necessidade de desempacotar o DNA das histonas para replicá-lo, que faz com que a forquilha de replicação no DNA eucariótico se mova com velocidade 10 vezes menor do que no DNA procariótico, ou seja, a cerca de 100 nucleotídeos por segundo. O material genético é formado por: A (adenina), T (timina), G (guanina) e C (citosina), existem ligações entre A - T com 2 pontes de H (ligação mais fraca) e entre G - C com 3 pontes de hidrogênio. Para a replicação do DNA é necessário haver inicialmente a desnaturação (quebra da dupla fita), sendo mais fácil separar A - T com apenas 2 pontes de hidrogênio, por isso que, evolutivamente, os pontos ricos em A - T tornaram- se os pontos de origem da replicação, a partir dos quais são formados as bolhas de replicação - passíveis de observação ao microscópio eletrônico, e indicam que o material genético está sendo replicado. Origens de replicação Estabeleceu-sea existência de um local de início ou origem de replicação no cromossomo circular, em geral, os bacterianos tem origem única por cromossomo, controlando a replicação de todo o cromossomo. Nos grandes cromossomos de eucariotos, múltiplas origens controlam coletivamente a replicação da molécula gigante de DNA de cada cromossomo em sítios específicos. Cada origem controle a replicação de uma unidade de DNA chamada réplicon, a origem (oriC) é rica em pares de base A e T, facilitando a formação de uma bolha de replicação para separação dos filamentos. LEGENDA: bolha de replicação de DNA vista no microscópio, que passa a crescer e se aproximar de outras bolhas formando forquilhas. O segmento de DNA que se replica a partir de uma origem de replicação é chamado replicon, já os sítios específicos nos quais o DNA é desenrolado e a iniciação da replicação ocorre são chamados de origens de replicação. Durante o processo, as bolhas inicialmente pequenas, crescem e se aproximam umas das outras formando bifurcações, chamadas forquilhas de replicação, assim, gradualmente, a replicação acontece até que seja possível replicar toda a molécula de DNA - deve haver obrigatoriamente a mesma quantidade de cromossomos nas 2 células filhas formadas. 1. a proteína iniciadora bacteriana DnaA se liga ao DNA na região das sequências repetidas de 9 nucleotídeos e interagem com o DNA nas regiões repetidas de 13 nucleotídeos; 2. forma complexo pela interação do DNA com as proteínas DnaA, que faz com que a hélice de DNA se abra em uma região adjacente; 3. DnaA recruta proteínas de replicação adicionais para o DNA de fita simples, incluindo a DNA helicase (DnaB) e a proteína carregadora da helicase (Dna C) - separadas pela interação com proteínas SSB; 4. conjunto das proteínas DnaB e DnaC se liga à extremidade oposta da região aberta da hélice, originando a um segundo complexo de início de replicação; 5. interações proteína-proteína entre a helicase e os componentes da forquilha de replicação promovem a organização da maquinaria de replicação, com proteínas se unem então a cada um dos 2 complexos; Etapas de formação do replissomo 6. helicase recruta a primase do DNA, que vai interagir com cada uma das cadeias do DNA e sintetizar o primer das cadeias leadings das forquilhas de replicação opostas; 7. cada primossomo se juntam 2 polimerases III do DNA, interagindo com uma das cadeias moldes na forquilha; 8. a montagem dos 2 replissomos que passam a se mover a partir da origem de replicação, em sentidos opostos (replicação bidirecional). Quebra Tensão Ruptura Perda de informação genética Ação das topoisomerases X X Existem varios tipos de DNA polimerase (polímero + ase - enzima), sendo a principal delas a DNA polimerase III, as outras enzimas atuam na polimerização, mas possuem funções mais específicas dentro do processo dereplicação, a exemplo da remoção de primers e correção de erros associados ao processo de polimerização. Enzima responsável por desfazer a dupla-hélice do DNA a partir da quebra de pontes de hidrogênio, assim, funciona como um zíper, pois promove a quebra dessas ligações que ligam as 2 fitas de DNA, separando a fita e desfazendo o formato helicoidal da dupla fita - atua juntamente com outras enzimas que participam do processo de abertura da fita de DNA. Como a DNA helicase abre as fitas, há uma tendência das fitas de se reaproximarem, visto que a quebra das pontes de hidrogênio gera uma tensão na região, que em função do formato helicoidal pode não suportar a tensão e gerar uma ruptura da molécula, causando perda das informações genéticas para formação de novas proteínas e outros conteúdos para o organismo inseridos nesta molécula. DNA helicase Grupo de enzimas que atuam desenrolando e relaxando a molécula de DNA, ou seja, auxiliam na abertura e evitam que a molécula de DNA sofra ruptura. GIRASE: topoisomerase fundamental para evitar ruptura da molécula de DNA, pois promove giros na molécula de DNA enquanto ela está sendo aberta pelo DNA helicase. À medida que a DNA helicase segue em um sentido quebrando as pontes de hidrogênio até que em determinado ponto com 2 fitas unidas, a girase atua girando a outra parte da fita, abrindo-a. provocando relaxamento da molécula, evitando possíveis rupturas e consequentemente a perda da informação genética. Topoisomerases As bases nitrogenadas se complementam e são unidas por pontes de hidrogênio e são afastadas durante a replicação, ainda com tendência a reaproximação, no entanto, é necessária a abertura completa da molécula para dar origem a novas moléculas, em função disso para evitar a reaproximação após a atuação da DNA helicase utiliza-se as proteínas ligadoras de fita simples. Estas tem afinidade e ligam-se à fita simples, que impedem a reconexão dessas fitas, mantendo-as separadas, e, assim, podem ser utilizadas para moldar e desenhar novas fitas de DNA para o processo de replicação. Proteínas ligadoras de fita simples Protagonista na replicação é responsável por estabelecer ligações fosfodiéster entre nucleotídeos vizinhos/adjacentes para construção da nova fita de DNA, logo após a abertura das moléculas, unindo os monômeros (nucleotídeos) através de ligações químicas (fosfodiéster - ligação entre o açúcar de 1 nucleotídeo e o fosfato de outro nucleotídeo). DNA polimerase DNA é um polímero, formado por monômeros, os que formam o polímero de DNA são os nucleotídeos, que também são os monômeros para o RNA. DNA POLIMERASE III: enzima que catalisa a adição de nucleotídeos à extremidades 3' de uma fita de DNA, no entanto, só consegue crescer a fita se ela encontrar uma extremidade 3' OH livre, sempre seguindo o "sentido da vida" (5'-3'), e precisará de um molde (fita velha) e um iniciador. Além disso, há mecanismos de mecanismos de correção de erros no sentindo 3'-5', assim, ao terminar toda a fita, ela é capaz de voltar no sentido contrário da polimerização e fazer uma revisão do que ela montou, corrigindo os possíveis erros cometidos. PRIMER: a enzima DNA polimerase necessita precisa sempre de um iniciador (primer) pois ela não consegue começar o trabalho do zero, assim, há uma fita molde e a nova fita, que ainda não foi adicionada pelo DNA polimerase, e será adicionada pela enzima RNA primase, que irá colocar os primeiros 10 nucleotídeos de RNA (primers), a partir dos quais a enzima DNA polimerase continuará o processo, polimerizando a nova fita de DNA até o final - deve haver obrigatoriamente uma região 3' com hidroxila livre (3'-OH) para estender a cadeia que estará presente no RNA. Posteriormente, haverá uma molécula híbrida com nucleotídeos de RNA e DNA, por isso, ao final do processo, os primers de RNA serão removidos e substituídos por nucleotídeos de DNA, pois há diferenças dos nucleotídeos de DNA (desoxirribonucleotídeos) e RNA (ribonucleotídeos), pois o primeiro será desoxigenado - deve ser mantido apenas DNA na constituição do material genético principal. DNA - nucleotídeos polímero - monômeros SÍNTESE CONTÍNUA DE UM FILAMENTO E DESCONTÍNUA DE OUTRO: no nível molecular, a síntese está ocorrendo em direções físicas opostas (processo bidirecional), mas os 2 novos filamentos são estendidos na direção 5'-3', a síntese do filamento contínuo (líder) é contínua, já no filamento descontínuo (atrasado) cresce pela síntese de fragmentos curtos e pela ligação covalente destes FRAGMENTOS DE OKASAKI (intermediários na replicação do DNA). SENTIDO 5'-3': as fitas de DNA são antiparalelas, ou seja, tem sentidos opostos, assim, a extremidade 3' sempre vai terminar com a pentose (açúcar do nucleotídeo, já a extremidade 5', sempre irá terminar com o fosfato na extremidade. Sentido da replicação Para a DNA polimerase é mais fácil sintetizar a fita líder (fita contínua - sentido de formação) do que a fita atrasada (descontínua), pois o sentido de formação acompanha o mesmosentido de abertura dessas fitas, acompanhando o sentido do trabalho da helicase, logo, à medida que a helicase vai abrindo a fita, serão adicionados nucleotídeos. Por outro lado, é mais dificil sintetizar a fita atrasada, pois o sentido é oposto a abertura da fita, assim, à medida que a helicase vai abrindo a fita, uma primer será colocado e ele "vai e volta" diversas vezes, fazendo a polimerização no sentido oposto da abertura, ou seja, a enzima realiza uma manobra para que a DNA polimerase "trabalhe para trás" a partir da forquilha de replicação, desse modo, a fita atrasada é formada em fragmentos de Okasaki. Ao final do processo de replicação, os fragmentos serão unidos por uma enzima DNA-ligase formando, então, uma fita contínua.
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