A acetilcolina atua principalmente no sistema nervoso central, com a função de memória, aprendizagem e neuroplasticidade. No sistema nervoso periférico, a acetilcolina pode auxiliar nas contrações cardíacas e nos músculos.
Além disso, ela pode ajudar nas funções sensoriais, como nos movimentos do corpo, na movimentação dos olhos durante o sono e também ao manter o foco. A falta deste composto pode causar uma doença autoimune rara e muito séria chamada miastenia gravis, que causa fraqueza nos músculos e fadiga crônica.
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