Não se considera o pulmão como órgão permanentemente estéril, visto que o conteúdo faringiano entra no trato respiratório inferior durante o sono. As pessoas aspiram conteúdo da orofaringe, principalmente aquelas que roncam. Apesar disso, não se desenvolvem infecções com frequência, a não ser quando ocorrem falhas nos mecanismos de defesa. No pulmão existem eficazes mecanismos de defesa capazes de eliminar os microrganismos antes que provoquem doenças. São eles:
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